src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  *******************************************************************************/
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import javax.swing.JOptionPane;
  21 import javax.xml.parsers.ParserConfigurationException;
  22
  23 import org.xml.sax.SAXException;
  24
  25 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  26 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  27 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionPermissionDenied;
  28
  29 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.io.FileParse;
  33 import jalview.io.IdentifyFile;
  34
  35 /**
  36  * GUI related routines for associating PDB files with sequences
  37  * @author JimP
  38  *
  39  */
  40 public class AssociatePdbFileWithSeq
  41 {
  42
  43 /**
  44  * assocate the given PDB file with
  45  * @param choice
  46  * @param sequence
  47  * @throws SAXException
  48  * @throws ParserConfigurationException
  49  * @throws ExceptionFileFormatOrSyntax
  50  * @throws ExceptionLoadingFailed
  51  * @throws ExceptionPermissionDenied
  52  * @throws InterruptedException
  53  */
  54   public PDBEntry associatePdbWithSeq(String choice, String protocol, SequenceI sequence, boolean prompt) throws ExceptionFileFormatOrSyntax, ParserConfigurationException, SAXException, ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed, InterruptedException
  55   {
  56     PDBEntry entry = new PDBEntry();
  57     try
  58     {
  59
  60                 System.out.println("This is a annotation PDB");
  61
  62
  63       MCview.PDBfile pdbfile = new MCview.PDBfile(choice,
  64               protocol);
  65
  66       if (pdbfile.id == null)
  67       {
  68         String reply = null;
  69
  70         if (prompt) { reply = JOptionPane
  71                 .showInternalInputDialog(
  72                         Desktop.desktop,
  73                         "Couldn't find a PDB id in the file supplied."
  74                                 + "Please enter an Id to identify this structure.",
  75                         "No PDB Id in File", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);}
  76         if (reply == null)
  77         {
  78           return null;
  79         }
  80
  81         entry.setId(reply);
  82       }
  83       else
  84       {
  85         entry.setId(pdbfile.id);
  86       }
  87
  88     } catch (java.io.IOException ex)
  89     {
  90       ex.printStackTrace();
  91     }
  92
  93     entry.setFile(choice);
  94     sequence.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
  95     return entry;
  96
  97   }
  98
  99 }