src/jalview/gui/ChimeraViewFrame.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.FeatureRenderer;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.ext.rbvi.chimera.JalviewChimeraBinding;
  30 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  31 import jalview.io.DataSourceType;
  32 import jalview.io.StructureFile;
  33 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  34 import jalview.util.BrowserLauncher;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36 import jalview.util.Platform;
  37 import jalview.ws.dbsources.Pdb;
  38
  39 import java.awt.event.ActionEvent;
  40 import java.awt.event.ActionListener;
  41 import java.awt.event.MouseAdapter;
  42 import java.awt.event.MouseEvent;
  43 import java.io.File;
  44 import java.io.FileInputStream;
  45 import java.io.IOException;
  46 import java.io.InputStream;
  47 import java.util.ArrayList;
  48 import java.util.Collections;
  49 import java.util.List;
  50
  51 import javax.swing.JInternalFrame;
  52 import javax.swing.JMenu;
  53 import javax.swing.JMenuItem;
  54 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  55 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  56
  57 /**
  58  * GUI elements for handling an external chimera display
  59  *
  60  * @author jprocter
  61  *
  62  */
  63 public class ChimeraViewFrame extends StructureViewerBase
  64 {
  65   private JalviewChimeraBinding jmb;
  66
  67   /*
  68    * Path to Chimera session file. This is set when an open Jalview/Chimera
  69    * session is saved, or on restore from a Jalview project (if it holds the
  70    * filename of any saved Chimera sessions).
  71    */
  72   private String chimeraSessionFile = null;
  73
  74   private int myWidth = 500;
  75
  76   private int myHeight = 150;
  77
  78   /**
  79    * Initialise menu options.
  80    */
  81   @Override
  82   protected void initMenus()
  83   {
  84     super.initMenus();
  85
  86     viewerActionMenu.setText(MessageManager.getString("label.chimera"));
  87
  88     viewerColour
  89             .setText(MessageManager.getString("label.colour_with_chimera"));
  90     viewerColour.setToolTipText(MessageManager
  91             .getString("label.let_chimera_manage_structure_colours"));
  92
  93     helpItem.setText(MessageManager.getString("label.chimera_help"));
  94     savemenu.setVisible(false); // not yet implemented
  95     viewMenu.add(fitToWindow);
  96
  97     JMenuItem writeFeatures = new JMenuItem(
  98             MessageManager.getString("label.create_chimera_attributes"));
  99     writeFeatures.setToolTipText(MessageManager
 100             .getString("label.create_chimera_attributes_tip"));
 101     writeFeatures.addActionListener(new ActionListener()
 102     {
 103       @Override
 104       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 105       {
 106         sendFeaturesToChimera();
 107       }
 108     });
 109     viewerActionMenu.add(writeFeatures);
 110
 111     final JMenu fetchAttributes = new JMenu(
 112             MessageManager.getString("label.fetch_chimera_attributes"));
 113     fetchAttributes.setToolTipText(
 114             MessageManager.getString("label.fetch_chimera_attributes_tip"));
 115     fetchAttributes.addMouseListener(new MouseAdapter()
 116     {
 117
 118       @Override
 119       public void mouseEntered(MouseEvent e)
 120       {
 121         buildAttributesMenu(fetchAttributes);
 122       }
 123     });
 124     viewerActionMenu.add(fetchAttributes);
 125   }
 126
 127   /**
 128    * Query Chimera for its residue attribute names and add them as items off the
 129    * attributes menu
 130    *
 131    * @param attributesMenu
 132    */
 133   protected void buildAttributesMenu(JMenu attributesMenu)
 134   {
 135     List<String> atts = jmb.getChimeraAttributes();
 136     attributesMenu.removeAll();
 137     Collections.sort(atts);
 138     for (String attName : atts)
 139     {
 140       JMenuItem menuItem = new JMenuItem(attName);
 141       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 142       {
 143         @Override
 144         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 145         {
 146           getChimeraAttributes(attName);
 147         }
 148       });
 149       attributesMenu.add(menuItem);
 150     }
 151   }
 152
 153   /**
 154    * Read residues in Chimera with the given attribute name, and set as features
 155    * on the corresponding sequence positions (if any)
 156    *
 157    * @param attName
 158    */
 159   protected void getChimeraAttributes(String attName)
 160   {
 161     jmb.copyStructureAttributesToFeatures(attName, getAlignmentPanel());
 162   }
 163
 164   /**
 165    * Send a command to Chimera to create residue attributes for Jalview features
 166    * <p>
 167    * The syntax is: setattr r <attName> <attValue> <atomSpec>
 168    * <p>
 169    * For example: setattr r jv:chain "Ferredoxin-1, Chloroplastic" #0:94.A
 170    */
 171   protected void sendFeaturesToChimera()
 172   {
 173     int count = jmb.sendFeaturesToViewer(getAlignmentPanel());
 174     statusBar.setText(
 175             MessageManager.formatMessage("label.attributes_set", count));
 176   }
 177
 178   /**
 179    * open a single PDB structure in a new Chimera view
 180    *
 181    * @param pdbentry
 182    * @param seq
 183    * @param chains
 184    * @param ap
 185    */
 186   public ChimeraViewFrame(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 187           String[] chains, final AlignmentPanel ap)
 188   {
 189     this();
 190
 191     openNewChimera(ap, new PDBEntry[] { pdbentry },
 192             new SequenceI[][]
 193             { seq });
 194   }
 195
 196   /**
 197    * Create a helper to manage progress bar display
 198    */
 199   protected void createProgressBar()
 200   {
 201     if (getProgressIndicator() == null)
 202     {
 203       setProgressIndicator(new ProgressBar(statusPanel, statusBar));
 204     }
 205   }
 206
 207   private void openNewChimera(AlignmentPanel ap, PDBEntry[] pdbentrys,
 208           SequenceI[][] seqs)
 209   {
 210     createProgressBar();
 211     jmb = new JalviewChimeraBindingModel(this,
 212             ap.getStructureSelectionManager(), pdbentrys, seqs, null);
 213     addAlignmentPanel(ap);
 214     useAlignmentPanelForColourbyseq(ap);
 215
 216     if (pdbentrys.length > 1)
 217     {
 218       useAlignmentPanelForSuperposition(ap);
 219     }
 220     jmb.setColourBySequence(true);
 221     setSize(myWidth, myHeight);
 222     initMenus();
 223
 224     addingStructures = false;
 225     worker = new Thread(this);
 226     worker.start();
 227
 228     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 229     {
 230       @Override
 231       public void internalFrameClosing(
 232               InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 233       {
 234         closeViewer(false);
 235       }
 236     });
 237
 238   }
 239
 240   /**
 241    * Create a new viewer from saved session state data including Chimera session
 242    * file
 243    *
 244    * @param chimeraSessionFile
 245    * @param alignPanel
 246    * @param pdbArray
 247    * @param seqsArray
 248    * @param colourByChimera
 249    * @param colourBySequence
 250    * @param newViewId
 251    */
 252   public ChimeraViewFrame(String chimeraSessionFile,
 253           AlignmentPanel alignPanel, PDBEntry[] pdbArray,
 254           SequenceI[][] seqsArray, boolean colourByChimera,
 255           boolean colourBySequence, String newViewId)
 256   {
 257     this();
 258     setViewId(newViewId);
 259     this.chimeraSessionFile = chimeraSessionFile;
 260     openNewChimera(alignPanel, pdbArray, seqsArray);
 261     if (colourByChimera)
 262     {
 263       jmb.setColourBySequence(false);
 264       seqColour.setSelected(false);
 265       viewerColour.setSelected(true);
 266     }
 267     else if (colourBySequence)
 268     {
 269       jmb.setColourBySequence(true);
 270       seqColour.setSelected(true);
 271       viewerColour.setSelected(false);
 272     }
 273   }
 274
 275   /**
 276    * create a new viewer containing several structures, optionally superimposed
 277    * using the given alignPanel.
 278    *
 279    * @param pe
 280    * @param seqs
 281    * @param ap
 282    */
 283   public ChimeraViewFrame(PDBEntry[] pe, boolean alignAdded,
 284           SequenceI[][] seqs,
 285           AlignmentPanel ap)
 286   {
 287     this();
 288     setAlignAddedStructures(alignAdded);
 289     openNewChimera(ap, pe, seqs);
 290   }
 291
 292   /**
 293    * Default constructor
 294    */
 295   public ChimeraViewFrame()
 296   {
 297     super();
 298
 299     /*
 300      * closeViewer will decide whether or not to close this frame
 301      * depending on whether user chooses to Cancel or not
 302      */
 303     setDefaultCloseOperation(JInternalFrame.DO_NOTHING_ON_CLOSE);
 304   }
 305
 306   /**
 307    * Launch Chimera. If we have a chimera session file name, send Chimera the
 308    * command to open its saved session file.
 309    */
 310   void initChimera()
 311   {
 312     jmb.setFinishedInit(false);
 313     Desktop.addInternalFrame(this,
 314             jmb.getViewerTitle(getViewerName(), true), getBounds().width,
 315             getBounds().height);
 316
 317     if (!jmb.launchChimera())
 318     {
 319       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
 320               MessageManager.getString("label.chimera_failed"),
 321               MessageManager.getString("label.error_loading_file"),
 322               JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 323       this.dispose();
 324       return;
 325     }
 326
 327     if (this.chimeraSessionFile != null)
 328     {
 329       boolean opened = jmb.openSession(chimeraSessionFile);
 330       if (!opened)
 331       {
 332         System.err.println("An error occurred opening Chimera session file "
 333                 + chimeraSessionFile);
 334       }
 335     }
 336
 337     jmb.startChimeraListener();
 338   }
 339
 340   /**
 341    * Close down this instance of Jalview's Chimera viewer, giving the user the
 342    * option to close the associated Chimera window (process). They may wish to
 343    * keep it open until they have had an opportunity to save any work.
 344    *
 345    * @param closeChimera
 346    *          if true, close any linked Chimera process; if false, prompt first
 347    */
 348   @Override
 349   public void closeViewer(boolean closeChimera)
 350   {
 351     if (jmb != null && jmb.isChimeraRunning())
 352     {
 353       if (!closeChimera)
 354       {
 355         String prompt = MessageManager
 356                 .formatMessage("label.confirm_close_chimera", new Object[]
 357                 { jmb.getViewerTitle(getViewerName(), false) });
 358         prompt = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, prompt);
 359         int confirm = JvOptionPane.showConfirmDialog(this, prompt,
 360                 MessageManager.getString("label.close_viewer"),
 361                 JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION);
 362         /*
 363          * abort closure if user hits escape or Cancel
 364          */
 365         if (confirm == JvOptionPane.CANCEL_OPTION
 366                 || confirm == JvOptionPane.CLOSED_OPTION)
 367         {
 368           return;
 369         }
 370         closeChimera = confirm == JvOptionPane.YES_OPTION;
 371       }
 372       jmb.closeViewer(closeChimera);
 373     }
 374     setAlignmentPanel(null);
 375     _aps.clear();
 376     _alignwith.clear();
 377     _colourwith.clear();
 378     // TODO: check for memory leaks where instance isn't finalised because jmb
 379     // holds a reference to the window
 380     jmb = null;
 381     dispose();
 382   }
 383
 384   /**
 385    * Open any newly added PDB structures in Chimera, having first fetched data
 386    * from PDB (if not already saved).
 387    */
 388   @Override
 389   public void run()
 390   {
 391     _started = true;
 392     // todo - record which pdbids were successfully imported.
 393     StringBuilder errormsgs = new StringBuilder(128);
 394     StringBuilder files = new StringBuilder(128);
 395     List<PDBEntry> filePDB = new ArrayList<>();
 396     List<Integer> filePDBpos = new ArrayList<>();
 397     PDBEntry thePdbEntry = null;
 398     StructureFile pdb = null;
 399     try
 400     {
 401       String[] curfiles = jmb.getStructureFiles(); // files currently in viewer
 402       // TODO: replace with reference fetching/transfer code (validate PDBentry
 403       // as a DBRef?)
 404       for (int pi = 0; pi < jmb.getPdbCount(); pi++)
 405       {
 406         String file = null;
 407         thePdbEntry = jmb.getPdbEntry(pi);
 408         if (thePdbEntry.getFile() == null)
 409         {
 410           /*
 411            * Retrieve PDB data, save to file, attach to PDBEntry
 412            */
 413           file = fetchPdbFile(thePdbEntry);
 414           if (file == null)
 415           {
 416             errormsgs.append("'" + thePdbEntry.getId() + "' ");
 417           }
 418         }
 419         else
 420         {
 421           /*
 422            * Got file already - ignore if already loaded in Chimera.
 423            */
 424           file = new File(thePdbEntry.getFile()).getAbsoluteFile()
 425                   .getPath();
 426           if (curfiles != null && curfiles.length > 0)
 427           {
 428             addingStructures = true; // already files loaded.
 429             for (int c = 0; c < curfiles.length; c++)
 430             {
 431               if (curfiles[c].equals(file))
 432               {
 433                 file = null;
 434                 break;
 435               }
 436             }
 437           }
 438         }
 439         if (file != null)
 440         {
 441           filePDB.add(thePdbEntry);
 442           filePDBpos.add(Integer.valueOf(pi));
 443           files.append(" \"" + Platform.escapeBackslashes(file) + "\"");
 444         }
 445       }
 446     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 447     {
 448       new OOMWarning("Retrieving PDB files: " + thePdbEntry.getId(),
 449               oomerror);
 450     } catch (Exception ex)
 451     {
 452       ex.printStackTrace();
 453       errormsgs.append(
 454               "When retrieving pdbfiles for '" + thePdbEntry.getId() + "'");
 455     }
 456     if (errormsgs.length() > 0)
 457     {
 458
 459       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 460               MessageManager.formatMessage(
 461                       "label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved", new Object[]
 462                       { errormsgs.toString() }),
 463               MessageManager.getString("label.couldnt_load_file"),
 464               JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 465     }
 466
 467     if (files.length() > 0)
 468     {
 469       jmb.setFinishedInit(false);
 470       if (!addingStructures)
 471       {
 472         try
 473         {
 474           initChimera();
 475         } catch (Exception ex)
 476         {
 477           Cache.log.error("Couldn't open Chimera viewer!", ex);
 478         }
 479       }
 480       int num = -1;
 481       for (PDBEntry pe : filePDB)
 482       {
 483         num++;
 484         if (pe.getFile() != null)
 485         {
 486           try
 487           {
 488             int pos = filePDBpos.get(num).intValue();
 489             long startTime = startProgressBar(getViewerName() + " "
 490                     + MessageManager.getString("status.opening_file_for")
 491                     + " " + pe.getId());
 492             jmb.openFile(pe);
 493             jmb.addSequence(pos, jmb.getSequence()[pos]);
 494             File fl = new File(pe.getFile());
 495             DataSourceType protocol = DataSourceType.URL;
 496             try
 497             {
 498               if (fl.exists())
 499               {
 500                 protocol = DataSourceType.FILE;
 501               }
 502             } catch (Throwable e)
 503             {
 504             } finally
 505             {
 506               stopProgressBar("", startTime);
 507             }
 508             // Explicitly map to the filename used by Chimera ;
 509
 510             pdb = jmb.getSsm().setMapping(jmb.getSequence()[pos],
 511                     jmb.getChains()[pos], pe.getFile(), protocol,
 512                     getProgressIndicator());
 513             stashFoundChains(pdb, pe.getFile());
 514
 515           } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 516           {
 517             new OOMWarning(
 518                     "When trying to open and map structures from Chimera!",
 519                     oomerror);
 520           } catch (Exception ex)
 521           {
 522             Cache.log.error(
 523                     "Couldn't open " + pe.getFile() + " in Chimera viewer!",
 524                     ex);
 525           } finally
 526           {
 527             Cache.log.debug("File locations are " + files);
 528           }
 529         }
 530       }
 531
 532       jmb.refreshGUI();
 533       jmb.setFinishedInit(true);
 534       jmb.setLoadingFromArchive(false);
 535
 536       /*
 537        * ensure that any newly discovered features (e.g. RESNUM)
 538        * are added to any open feature settings dialog
 539        */
 540       FeatureRenderer fr = getBinding().getFeatureRenderer(null);
 541       if (fr != null)
 542       {
 543         fr.featuresAdded();
 544       }
 545
 546       // refresh the sequence colours for the new structure(s)
 547       for (AlignmentViewPanel ap : _colourwith)
 548       {
 549         jmb.updateColours(ap);
 550       }
 551       // do superposition if asked to
 552       if (alignAddedStructures)
 553       {
 554         new Thread(new Runnable()
 555         {
 556           @Override
 557           public void run()
 558           {
 559             alignStructs_withAllAlignPanels();
 560           }
 561         }).start();
 562       }
 563       addingStructures = false;
 564     }
 565     _started = false;
 566     worker = null;
 567   }
 568
 569   /**
 570    * Fetch PDB data and save to a local file. Returns the full path to the file,
 571    * or null if fetch fails. TODO: refactor to common with Jmol ? duplication
 572    *
 573    * @param processingEntry
 574    * @return
 575    * @throws Exception
 576    */
 577
 578   private void stashFoundChains(StructureFile pdb, String file)
 579   {
 580     for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
 581     {
 582       String chid = new String(
 583               pdb.getId() + ":" + pdb.getChains().elementAt(i).id);
 584       jmb.getChainNames().add(chid);
 585       jmb.addChainFile(chid, file);
 586     }
 587   }
 588
 589   private String fetchPdbFile(PDBEntry processingEntry) throws Exception
 590   {
 591     String filePath = null;
 592     Pdb pdbclient = new Pdb();
 593     AlignmentI pdbseq = null;
 594     String pdbid = processingEntry.getId();
 595     long handle = System.currentTimeMillis()
 596             + Thread.currentThread().hashCode();
 597
 598     /*
 599      * Write 'fetching PDB' progress on AlignFrame as we are not yet visible
 600      */
 601     String msg = MessageManager.formatMessage("status.fetching_pdb",
 602             new Object[]
 603             { pdbid });
 604     getAlignmentPanel().alignFrame.setProgressBar(msg, handle);
 605     // long hdl = startProgressBar(MessageManager.formatMessage(
 606     // "status.fetching_pdb", new Object[]
 607     // { pdbid }));
 608     try
 609     {
 610       pdbseq = pdbclient.getSequenceRecords(pdbid);
 611     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 612     {
 613       new OOMWarning("Retrieving PDB id " + pdbid, oomerror);
 614     } finally
 615     {
 616       msg = pdbid + " " + MessageManager.getString("label.state_completed");
 617       getAlignmentPanel().alignFrame.setProgressBar(msg, handle);
 618       // stopProgressBar(msg, hdl);
 619     }
 620     /*
 621      * If PDB data were saved and are not invalid (empty alignment), return the
 622      * file path.
 623      */
 624     if (pdbseq != null && pdbseq.getHeight() > 0)
 625     {
 626       // just use the file name from the first sequence's first PDBEntry
 627       filePath = new File(pdbseq.getSequenceAt(0).getAllPDBEntries()
 628               .elementAt(0).getFile()).getAbsolutePath();
 629       processingEntry.setFile(filePath);
 630     }
 631     return filePath;
 632   }
 633
 634   @Override
 635   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 636   {
 637     throw new Error(MessageManager
 638             .getString("error.eps_generation_not_implemented"));
 639   }
 640
 641   @Override
 642   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 643   {
 644     throw new Error(MessageManager
 645             .getString("error.png_generation_not_implemented"));
 646   }
 647
 648   @Override
 649   public void showHelp_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 650   {
 651     try
 652     {
 653       String url = jmb.isChimeraX()
 654               ? "http://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/index.html"
 655               : "https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide";
 656       BrowserLauncher.openURL(url);
 657     } catch (IOException ex)
 658     {
 659       System.err
 660               .println("Show Chimera help failed with: " + ex.getMessage());
 661     }
 662   }
 663
 664   @Override
 665   public AAStructureBindingModel getBinding()
 666   {
 667     return jmb;
 668   }
 669
 670   /**
 671    * Ask Chimera to save its session to the designated file path, or to a
 672    * temporary file if the path is null. Returns the file path if successful,
 673    * else null.
 674    *
 675    * @param filepath
 676    * @see getStateInfo
 677    */
 678   protected String saveSession(String filepath)
 679   {
 680     String pathUsed = filepath;
 681     try
 682     {
 683       if (pathUsed == null)
 684       {
 685         String suffix = jmb.isChimeraX() ? ".cxs" : ".py";
 686         File tempFile = File.createTempFile("chimera", suffix);
 687         tempFile.deleteOnExit();
 688         pathUsed = tempFile.getPath();
 689       }
 690       boolean result = jmb.saveSession(pathUsed);
 691       if (result)
 692       {
 693         this.chimeraSessionFile = pathUsed;
 694         return pathUsed;
 695       }
 696     } catch (IOException e)
 697     {
 698     }
 699     return null;
 700   }
 701
 702   /**
 703    * Returns a string representing the state of the Chimera session. This is
 704    * done by requesting Chimera to save its session to a temporary file, then
 705    * reading the file contents. Returns an empty string on any error.
 706    */
 707   @Override
 708   public String getStateInfo()
 709   {
 710     String sessionFile = saveSession(null);
 711     if (sessionFile == null)
 712     {
 713       return "";
 714     }
 715     InputStream is = null;
 716     try
 717     {
 718       File f = new File(sessionFile);
 719       byte[] bytes = new byte[(int) f.length()];
 720       is = new FileInputStream(sessionFile);
 721       is.read(bytes);
 722       return new String(bytes);
 723     } catch (IOException e)
 724     {
 725       return "";
 726     } finally
 727     {
 728       if (is != null)
 729       {
 730         try
 731         {
 732           is.close();
 733         } catch (IOException e)
 734         {
 735           // ignore
 736         }
 737       }
 738     }
 739   }
 740
 741   @Override
 742   protected void fitToWindow_actionPerformed()
 743   {
 744     jmb.focusView();
 745   }
 746
 747   @Override
 748   public ViewerType getViewerType()
 749   {
 750     return ViewerType.CHIMERA;
 751   }
 752
 753   @Override
 754   protected String getViewerName()
 755   {
 756     return "Chimera";
 757   }
 758
 759   /**
 760    * Sends commands to align structures according to associated alignment(s).
 761    *
 762    * @return
 763    */
 764   @Override
 765   protected String alignStructs_withAllAlignPanels()
 766   {
 767     String reply = super.alignStructs_withAllAlignPanels();
 768     if (reply != null)
 769     {
 770       statusBar.setText("Superposition failed: " + reply);
 771     }
 772     return reply;
 773   }
 774 }