src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  26 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  27 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  28 import jalview.api.FeaturesSourceI;
  29 import jalview.bin.Jalview;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  31 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.io.AlignmentFileI;
  34 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  35 import jalview.io.DataSourceType;
  36 import jalview.io.FileFormatException;
  37 import jalview.io.FileFormatI;
  38 import jalview.io.FormatAdapter;
  39 import jalview.io.IdentifyFile;
  40 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  41 import jalview.io.JalviewFileView;
  42 import jalview.jbgui.GCutAndPasteTransfer;
  43 import jalview.json.binding.biojson.v1.ColourSchemeMapper;
  44 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  45 import jalview.util.MessageManager;
  46
  47 import java.awt.Toolkit;
  48 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  49 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  50 import java.awt.datatransfer.StringSelection;
  51 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  52 import java.awt.event.ActionEvent;
  53 import java.awt.event.ActionListener;
  54 import java.awt.event.MouseEvent;
  55
  56 import javax.swing.JMenuItem;
  57 import javax.swing.JOptionPane;
  58 import javax.swing.JPopupMenu;
  59 import javax.swing.SwingUtilities;
  60
  61 /**
  62  * Cut'n'paste files into the desktop See JAL-1105
  63  *
  64  * @author $author$
  65  * @version $Revision$
  66  */
  67 public class CutAndPasteTransfer extends GCutAndPasteTransfer
  68 {
  69
  70   AlignmentViewPanel alignpanel;
  71
  72   AlignViewportI viewport;
  73
  74   AlignmentFileI source = null;
  75
  76   public CutAndPasteTransfer()
  77   {
  78     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  79     {
  80       @Override
  81       public void run()
  82       {
  83         textarea.requestFocus();
  84       }
  85     });
  86
  87   }
  88
  89   /**
  90    * DOCUMENT ME!
  91    */
  92   public void setForInput(AlignmentViewPanel viewpanel)
  93   {
  94     this.alignpanel = viewpanel;
  95     if (alignpanel != null)
  96     {
  97       this.viewport = alignpanel.getAlignViewport();
  98     }
  99     if (viewport != null)
 100     {
 101       ok.setText(MessageManager.getString("action.add"));
 102     }
 103
 104     getContentPane().add(inputButtonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 105   }
 106
 107   /**
 108    * DOCUMENT ME!
 109    *
 110    * @return DOCUMENT ME!
 111    */
 112   public String getText()
 113   {
 114     return textarea.getText();
 115   }
 116
 117   /**
 118    * DOCUMENT ME!
 119    *
 120    * @param text
 121    *          DOCUMENT ME!
 122    */
 123   public void setText(String text)
 124   {
 125     textarea.setText(text);
 126   }
 127
 128   public void appendText(String text)
 129   {
 130     textarea.append(text);
 131   }
 132
 133   @Override
 134   public void save_actionPerformed(ActionEvent e)
 135   {
 136     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 137             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 138
 139     chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);
 140     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 141     chooser.setDialogTitle(MessageManager
 142             .getString("label.save_text_to_file"));
 143     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 144
 145     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 146
 147     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 148     {
 149       try
 150       {
 151         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 152                 new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));
 153
 154         out.print(getText());
 155         out.close();
 156       } catch (Exception ex)
 157       {
 158         ex.printStackTrace();
 159       }
 160
 161     }
 162   }
 163
 164   /**
 165    * DOCUMENT ME!
 166    *
 167    * @param e
 168    *          DOCUMENT ME!
 169    */
 170   @Override
 171   public void copyItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 172   {
 173     textarea.getSelectedText();
 174     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 175     c.setContents(new StringSelection(textarea.getSelectedText()), null);
 176   }
 177
 178   /**
 179    * DOCUMENT ME!
 180    *
 181    * @param e
 182    *          DOCUMENT ME!
 183    */
 184   @Override
 185   public void pasteMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 186   {
 187     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 188     Transferable contents = c.getContents(this);
 189
 190     if (contents == null)
 191     {
 192       return;
 193     }
 194
 195     try
 196     {
 197       textarea.append((String) contents
 198               .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor));
 199     } catch (Exception ex)
 200     {
 201     }
 202   }
 203
 204   /**
 205    * DOCUMENT ME!
 206    *
 207    * @param e
 208    *          DOCUMENT ME!
 209    */
 210   @Override
 211   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 212   {
 213     String text = getText();
 214     if (text.trim().length() < 1)
 215     {
 216       return;
 217     }
 218
 219     FileFormatI format = null;
 220     try
 221     {
 222       format = new IdentifyFile().identify(text, DataSourceType.PASTE);
 223     } catch (FileFormatException e1)
 224     {
 225       // leave as null
 226     }
 227     if (format == null)
 228     {
 229       System.err.println(MessageManager
 230               .getString("label.couldnt_read_data"));
 231       if (!Jalview.isHeadlessMode())
 232       {
 233         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 234                 AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS,
 235                 MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 236                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 237       }
 238       return;
 239     }
 240
 241     // TODO: identify feature, annotation or tree file and parse appropriately.
 242     AlignmentI al = null;
 243
 244     try
 245     {
 246       FormatAdapter fa = new FormatAdapter(alignpanel);
 247       al = fa.readFile(getText(), DataSourceType.PASTE, format);
 248       source = fa.getAlignFile();
 249
 250     } catch (java.io.IOException ex)
 251     {
 252       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
 253               .formatMessage("label.couldnt_read_pasted_text", new String[]
 254               { ex.toString() }), MessageManager
 255               .getString("label.error_parsing_text"),
 256               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 257     }
 258
 259     if (al != null && al.hasValidSequence())
 260     {
 261       String title = MessageManager.formatMessage(
 262               "label.input_cut_paste_params",
 263               new String[] { format.toString() });
 264       FeatureSettingsModelI proxyColourScheme = source
 265               .getFeatureColourScheme();
 266
 267       /*
 268        * if the view panel was closed its alignment is nulled
 269        * and this is an orphaned cut and paste window
 270        */
 271       if (viewport != null && viewport.getAlignment() != null)
 272       {
 273         if (proxyColourScheme != null)
 274         {
 275           viewport.applyFeaturesStyle(proxyColourScheme);
 276         }
 277         ((AlignViewport) viewport).addAlignment(al, title);
 278       }
 279       else
 280       {
 281
 282         AlignFrame af;
 283         if (source instanceof ComplexAlignFile)
 284         {
 285           ColumnSelection colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 286                   .getColumnSelection();
 287           SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 288                   .getHiddenSequences();
 289           boolean showSeqFeatures = ((ComplexAlignFile) source)
 290                   .isShowSeqFeatures();
 291           String colourSchemeName = ((ComplexAlignFile) source)
 292                   .getGlobalColourScheme();
 293           FeaturesDisplayedI fd = ((ComplexAlignFile) source)
 294                   .getDisplayedFeatures();
 295           af = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 296                   AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 297           af.getViewport().setShowSequenceFeatures(showSeqFeatures);
 298           af.getViewport().setFeaturesDisplayed(fd);
 299           ColourSchemeI cs = ColourSchemeMapper.getJalviewColourScheme(
 300                   colourSchemeName, al);
 301           if (cs != null)
 302           {
 303             af.changeColour(cs);
 304           }
 305         }
 306         else
 307         {
 308           af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 309                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 310           if (source instanceof FeaturesSourceI)
 311           {
 312             af.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);
 313           }
 314         }
 315         if (proxyColourScheme != null)
 316         {
 317           af.getViewport().applyFeaturesStyle(proxyColourScheme);
 318         }
 319         af.currentFileFormat = format;
 320         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 321                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 322         af.statusBar.setText(MessageManager
 323                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 324
 325         try
 326         {
 327           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 328                   false));
 329         } catch (Exception ex)
 330         {
 331         }
 332       }
 333     }
 334     else
 335     {
 336       System.err.println(MessageManager
 337               .getString("label.couldnt_read_data"));
 338       if (!Jalview.isHeadlessMode())
 339       {
 340         javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 341                 AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS,
 342                 MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 343                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 344       }
 345     }
 346   }
 347
 348   /**
 349    * DOCUMENT ME!
 350    *
 351    * @param e
 352    *          DOCUMENT ME!
 353    */
 354   @Override
 355   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 356   {
 357     try
 358     {
 359       this.setClosed(true);
 360     } catch (Exception ex)
 361     {
 362     }
 363   }
 364
 365   @Override
 366   public void textarea_mousePressed(MouseEvent e)
 367   {
 368     /*
 369      * isPopupTrigger is checked in mousePressed on Mac,
 370      * in mouseReleased on Windows
 371      */
 372     if (e.isPopupTrigger())
 373     {
 374       JPopupMenu popup = new JPopupMenu(
 375               MessageManager.getString("action.edit"));
 376       JMenuItem item = new JMenuItem(
 377               MessageManager.getString("action.copy"));
 378       item.addActionListener(new ActionListener()
 379       {
 380         @Override
 381         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 382         {
 383           copyItem_actionPerformed(e);
 384         }
 385       });
 386       popup.add(item);
 387       item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.paste"));
 388       item.addActionListener(new ActionListener()
 389       {
 390         @Override
 391         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 392         {
 393           pasteMenu_actionPerformed(e);
 394         }
 395       });
 396       popup.add(item);
 397       popup.show(this, e.getX() + 10, e.getY() + textarea.getY() + 40);
 398
 399     }
 400   }
 401
 402 }