src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.Toolkit;
  24 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  25 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  26 import java.awt.datatransfer.StringSelection;
  27 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  28 import java.awt.event.ActionEvent;
  29 import java.awt.event.ActionListener;
  30 import java.awt.event.MouseEvent;
  31
  32 import javax.swing.JMenuItem;
  33 import javax.swing.JOptionPane;
  34 import javax.swing.JPopupMenu;
  35 import javax.swing.SwingUtilities;
  36
  37 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  38 import jalview.datamodel.Alignment;
  39 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;
  41 import jalview.io.FileParse;
  42 import jalview.io.FormatAdapter;
  43 import jalview.io.IdentifyFile;
  44 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  45 import jalview.io.JalviewFileView;
  46 import jalview.jbgui.GCutAndPasteTransfer;
  47 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  48 import jalview.util.MessageManager;
  49
  50 /**
  51  * Cut'n'paste files into the desktop See JAL-1105
  52  *
  53  * @author $author$
  54  * @version $Revision$
  55  */
  56 public class CutAndPasteTransfer extends GCutAndPasteTransfer
  57 {
  58
  59   AlignViewport viewport;
  60
  61   FileParse source = null;
  62   public CutAndPasteTransfer()
  63   {
  64     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  65     {
  66       public void run()
  67       {
  68         textarea.requestFocus();
  69       }
  70     });
  71
  72   }
  73
  74   /**
  75    * DOCUMENT ME!
  76    */
  77   public void setForInput(AlignViewport viewport)
  78   {
  79     this.viewport = viewport;
  80     if (viewport != null)
  81     {
  82       ok.setText(MessageManager.getString("action.add"));
  83     }
  84
  85     getContentPane().add(inputButtonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
  86   }
  87
  88   /**
  89    * DOCUMENT ME!
  90    *
  91    * @return DOCUMENT ME!
  92    */
  93   public String getText()
  94   {
  95     return textarea.getText();
  96   }
  97
  98   /**
  99    * DOCUMENT ME!
 100    *
 101    * @param text
 102    *          DOCUMENT ME!
 103    */
 104   public void setText(String text)
 105   {
 106     textarea.setText(text);
 107   }
 108
 109   public void appendText(String text)
 110   {
 111     textarea.append(text);
 112   }
 113
 114   public void save_actionPerformed(ActionEvent e)
 115   {
 116     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 117             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 118
 119     chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);
 120     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 121     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_text_to_file"));
 122     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 123
 124     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 125
 126     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 127     {
 128       try
 129       {
 130         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 131                 new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));
 132
 133         out.print(getText());
 134         out.close();
 135       } catch (Exception ex)
 136       {
 137         ex.printStackTrace();
 138       }
 139
 140     }
 141   }
 142
 143   /**
 144    * DOCUMENT ME!
 145    *
 146    * @param e
 147    *          DOCUMENT ME!
 148    */
 149   public void copyItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 150   {
 151     textarea.getSelectedText();
 152     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 153     c.setContents(new StringSelection(textarea.getSelectedText()), null);
 154   }
 155
 156   /**
 157    * DOCUMENT ME!
 158    *
 159    * @param e
 160    *          DOCUMENT ME!
 161    */
 162   public void pasteMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 163   {
 164     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 165     Transferable contents = c.getContents(this);
 166
 167     if (contents == null)
 168     {
 169       return;
 170     }
 171
 172     try
 173     {
 174       textarea.append((String) contents
 175               .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor));
 176     } catch (Exception ex)
 177     {
 178     }
 179   }
 180
 181   /**
 182    * DOCUMENT ME!
 183    *
 184    * @param e
 185    *          DOCUMENT ME!
 186    */
 187   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 188   {
 189     String format = new IdentifyFile().Identify(getText(), "Paste");
 190     // TODO: identify feature, annotation or tree file and parse appropriately.
 191     Alignment al = null;
 192
 193     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 194     {
 195       try
 196       {
 197         FormatAdapter fa = new FormatAdapter(viewport);
 198         al = fa.readFile(getText(), "Paste", format);
 199         source = fa.getAlignFile();
 200
 201       } catch (java.io.IOException ex)
 202       {
 203         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 204                 MessageManager.formatMessage(
 205                         "label.couldnt_read_pasted_text", new String[]
 206                         { ex.toString() }), MessageManager
 207                         .getString("label.error_parsing_text"),
 208                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 209       }
 210     }
 211
 212     if (al != null)
 213     {
 214       String title = MessageManager.formatMessage(
 215               "label.input_cut_paste_params", new String[]
 216               { format });
 217       if (viewport != null)
 218       {
 219         viewport.addAlignment(al, title);
 220       }
 221       else
 222       {
 223
 224         AlignFrame af;
 225         if (source instanceof ComplexAlignFile)
 226         {
 227           ColumnSelection colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 228                   .getColumnSelection();
 229           SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 230                   .getHiddenSequences();
 231           boolean showSeqFeatures = ((ComplexAlignFile) source)
 232                   .isShowSeqFeatures();
 233           ColourSchemeI cs = ((ComplexAlignFile) source).getColourScheme();
 234           af = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 235                   AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 236                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 237
 238           af.getViewport().setShowSequenceFeatures(showSeqFeatures);
 239           af.changeColour(cs);
 240           // ((HtmlFile) source).applySettingsToAlignmentView(af);
 241         }
 242         // else if (source instanceof JSONFile)
 243         // {
 244         // ColumnSelection colSel = ((JSONFile) source).getColumnSelection();
 245         // SequenceI[] hiddenSeqs = ((JSONFile) source).getHiddenSequences();
 246         // boolean showSeqFeatures = ((HtmlFile) source).isShowSeqFeatures();
 247         // ColourSchemeI cs = ((HtmlFile) source).getColourScheme();
 248         // af = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 249         // AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 250         // AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 251         // af.getViewport().setShowSequenceFeatures(showSeqFeatures);
 252         // af.changeColour(cs);
 253         // // ((JSONFile) source).applySettingsToAlignmentView(af);
 254         // }
 255         else
 256         {
 257           af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 258                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 259         }
 260
 261         af.currentFileFormat = format;
 262         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 263                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 264         af.statusBar.setText(MessageManager
 265                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 266
 267         try
 268         {
 269           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 270                   false));
 271         } catch (Exception ex)
 272         {
 273         }
 274       }
 275     }
 276   }
 277
 278
 279   /**
 280    * DOCUMENT ME!
 281    *
 282    * @param e
 283    *          DOCUMENT ME!
 284    */
 285   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 286   {
 287     try
 288     {
 289       this.setClosed(true);
 290     } catch (Exception ex)
 291     {
 292     }
 293   }
 294
 295   public void textarea_mousePressed(MouseEvent e)
 296   {
 297     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 298     {
 299       JPopupMenu popup = new JPopupMenu(
 300               MessageManager.getString("action.edit"));
 301       JMenuItem item = new JMenuItem(
 302               MessageManager.getString("action.copy"));
 303       item.addActionListener(new ActionListener()
 304       {
 305         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 306         {
 307           copyItem_actionPerformed(e);
 308         }
 309       });
 310       popup.add(item);
 311       item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.paste"));
 312       item.addActionListener(new ActionListener()
 313       {
 314         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 315         {
 316           pasteMenu_actionPerformed(e);
 317         }
 318       });
 319       popup.add(item);
 320       popup.show(this, e.getX() + 10, e.getY() + textarea.getY() + 40);
 321
 322     }
 323   }
 324
 325 }