src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.jbgui.*;\r
  22 import javax.swing.table.AbstractTableModel;\r
  23 import javax.swing.event.*;\r
  24 import jalview.util.TableSorter;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 import org.biojava.dasobert.dasregistry.DasCoordinateSystem;\r
  31 import org.biojava.dasobert.dasregistry.DasSource;\r
  32 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;\r
  33 import java.awt.BorderLayout;\r
  34 \r
  35 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser\r
  36     implements Runnable, ListSelectionListener\r
  37 {\r
  38   static DasSource[] dasSources = null;\r
  39 \r
  40   Hashtable localSources = null;\r
  41 \r
  42   Vector selectedSources;\r
  43 \r
  44 \r
  45   public DasSourceBrowser()\r
  46   {\r
  47     registryURL.setText(jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_REGISTRY_URL",\r
  48         "http://das.sanger.ac.uk/registry/das1/sources/") );\r
  49 \r
  50     setSelectedFromProperties();\r
  51 \r
  52     displayFullDetails(null);\r
  53     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);\r
  54 \r
  55     filter1.addListSelectionListener(this);\r
  56     filter2.addListSelectionListener(this);\r
  57     filter3.addListSelectionListener(this);\r
  58 \r
  59     //Ask to be notified of selection changes.\r
  60     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();\r
  61     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()\r
  62     {\r
  63       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)\r
  64       {\r
  65         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();\r
  66         if (!lsm.isSelectionEmpty())\r
  67         {\r
  68           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();\r
  69           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());\r
  70         }\r
  71       }\r
  72     });\r
  73 \r
  74     table.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  75         {\r
  76           public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
  77           {\r
  78             if(evt.getClickCount()==2\r
  79                || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  80               editRemoveLocalSource(evt);\r
  81           }\r
  82         });\r
  83 \r
  84     if(dasSources==null)\r
  85     {\r
  86     Thread worker = new Thread(this);\r
  87     worker.start();\r
  88     }\r
  89     else\r
  90      {\r
  91        init();\r
  92      }\r
  93   }\r
  94 \r
  95   void init()\r
  96   {\r
  97     int dSize = dasSources.length;\r
  98     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
  99     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 100     {\r
 101       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 102       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 103           getNickname()));\r
 104     }\r
 105 \r
 106     refreshTableData(data);\r
 107     setCapabilities(dasSources);\r
 108 \r
 109     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 110         {\r
 111           public void run()\r
 112           {\r
 113             TableSorter sorter = (TableSorter)table.getModel();\r
 114             sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);\r
 115             sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);\r
 116           }\r
 117         });\r
 118 \r
 119     progressBar.setIndeterminate(false);\r
 120     progressBar.setVisible(false);\r
 121     addLocal.setVisible(true);\r
 122     refresh.setVisible(true);\r
 123   }\r
 124 \r
 125 \r
 126   public void refreshTableData(Object[][] data)\r
 127   {\r
 128     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));\r
 129     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());\r
 130     table.setModel(sorter);\r
 131   }\r
 132 \r
 133   void displayFullDetails(String nickName)\r
 134   {\r
 135 \r
 136     StringBuffer text = new StringBuffer(\r
 137         "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");\r
 138 \r
 139     if (nickName == null)\r
 140     {\r
 141       fullDetails.setText(text +\r
 142                           "Select a DAS service from the table"\r
 143                           + " to read a full description here.</font></html>");\r
 144       return;\r
 145     }\r
 146 \r
 147     int dSize = dasSources.length;\r
 148     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 149     {\r
 150       if (!dasSources[i].getNickname().equals(nickName))\r
 151         continue;\r
 152 \r
 153       DasSource ds = dasSources[i];\r
 154 \r
 155       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> " + dasSources[i].getId() +\r
 156                   "<br>");\r
 157       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> " +\r
 158                   dasSources[i].getNickname() + "<br>");\r
 159       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> " + dasSources[i].getUrl() +\r
 160                   "<br>");\r
 161 \r
 162       text.append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"\r
 163                   +dasSources[i].getAdminemail()\r
 164                   +"\">"+dasSources[i].getAdminemail()+"</a>" +\r
 165                   "<br>");\r
 166 \r
 167 \r
 168       text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> " + dasSources[i].getRegisterDate() +\r
 169                         "<br>");\r
 170 \r
 171       text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> " + dasSources[i].getLeaseDate() +\r
 172                         "<br>");\r
 173 \r
 174       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");\r
 175       for(int s=0; s<dasSources[i].getLabels().length; s++)\r
 176       {\r
 177         text.append( dasSources[i].getLabels()[s]);\r
 178         if(s<dasSources[i].getLabels().length-1)\r
 179           text.append(",");\r
 180         text.append(" ");\r
 181       }\r
 182       text.append("<br>");\r
 183 \r
 184 \r
 185 \r
 186       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");\r
 187       String[] scap = dasSources[i].getCapabilities();\r
 188       for (int j = 0; j < scap.length; j++)\r
 189       {\r
 190         text.append(scap[j]);\r
 191         if (j < scap.length - 1)\r
 192           text.append(", ");\r
 193       }\r
 194       text.append("<br>");\r
 195 \r
 196       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font> ");\r
 197       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 198       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 199       {\r
 200         text.append("(" + dcs[j].getUniqueId() + ") "\r
 201                     + dcs[j].getCategory() + ", " + dcs[j].getName());\r
 202         if (dcs[j].getNCBITaxId() != 0)\r
 203           text.append(", " + dcs[j].getNCBITaxId());\r
 204         if (dcs[j].getOrganismName().length() > 0)\r
 205           text.append(", " + dcs[j].getOrganismName());\r
 206 \r
 207         text.append("<br>");\r
 208       }\r
 209 \r
 210       text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> " +\r
 211                   dasSources[i].getDescription() + "<br>");\r
 212 \r
 213 \r
 214       if (dasSources[i].getHelperurl()!=null\r
 215           && dasSources[i].getHelperurl().length() > 0)\r
 216       {\r
 217         text.append("<font color=\"#0000FF\"><a href=\"" +\r
 218                     dasSources[i].getHelperurl()\r
 219                     + "\">Go to site</a></font<br>");\r
 220       }\r
 221 \r
 222       text.append("</font></html>");\r
 223 \r
 224       break;\r
 225     }\r
 226 \r
 227     fullDetails.setText(text.toString());\r
 228     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 229     {\r
 230       public void run()\r
 231       {\r
 232         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);\r
 233       }\r
 234     });\r
 235   }\r
 236 \r
 237 \r
 238   public void run()\r
 239   {\r
 240     addLocal.setVisible(false);\r
 241     refresh.setVisible(false);\r
 242     progressBar.setVisible(true);\r
 243     progressBar.setIndeterminate(true);\r
 244 \r
 245     dasSources = jalview.io.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 246 \r
 247     appendLocalSources();\r
 248 \r
 249     init();\r
 250 \r
 251   }\r
 252 \r
 253   public Vector getSelectedSources()\r
 254   {\r
 255     Vector selected = new Vector();\r
 256     for (int r = 0; r < selectedSources.size(); r++)\r
 257     {\r
 258         for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 259         {\r
 260           if (dasSources[i].getNickname().equals(\r
 261               selectedSources.elementAt(r)))\r
 262           {\r
 263             selected.addElement(dasSources[i]);\r
 264             break;\r
 265           }\r
 266         }\r
 267     }\r
 268 \r
 269     return selected;\r
 270   }\r
 271 \r
 272   public DasSource[] getDASSource()\r
 273   {\r
 274     if(dasSources==null)\r
 275     {\r
 276      dasSources = jalview.io.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 277      appendLocalSources();\r
 278     }\r
 279 \r
 280     return dasSources;\r
 281   }\r
 282 \r
 283   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 284   {\r
 285     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);\r
 286 \r
 287     Thread worker = new Thread(this);\r
 288     worker.start();\r
 289   }\r
 290 \r
 291   private void setCapabilities(DasSource[] sources)\r
 292   {\r
 293     Vector authority = new Vector();\r
 294     Vector type = new Vector();\r
 295     Vector label = new Vector();\r
 296 \r
 297     authority.addElement("Any");\r
 298     type.addElement("Any");\r
 299     label.addElement("Any");\r
 300 \r
 301     for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 302     {\r
 303       DasSource ds = sources[i];\r
 304 \r
 305       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 306 \r
 307       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 308       {\r
 309         if (!type.contains(dcs[j].getCategory()))\r
 310           type.addElement(dcs[j].getCategory());\r
 311 \r
 312         if (!authority.contains(dcs[j].getName()))\r
 313           authority.addElement(dcs[j].getName());\r
 314       }\r
 315 \r
 316       String[] slabels = ds.getLabels();\r
 317       for (int s = 0; s < slabels.length; s++)\r
 318       {\r
 319         if (!label.contains(slabels[s]))\r
 320         {\r
 321           label.addElement(slabels[s]);\r
 322         }\r
 323       }\r
 324 \r
 325     }\r
 326 \r
 327     filter1.setListData(authority);\r
 328     filter2.setListData(type);\r
 329     filter3.setListData(label);\r
 330 \r
 331     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 332     {\r
 333       public void run()\r
 334       {\r
 335         filter1.setSelectedIndex(0);\r
 336         filter2.setSelectedIndex(0);\r
 337         filter3.setSelectedIndex(0);\r
 338       }\r
 339     });\r
 340   }\r
 341 \r
 342   public void amendLocal(boolean newSource)\r
 343   {\r
 344     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";\r
 345 \r
 346     if(!newSource)\r
 347     {\r
 348       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 349       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 350       url = ((DasSource)localSources.get(nickname)).getUrl();\r
 351     }\r
 352 \r
 353     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);\r
 354     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);\r
 355 \r
 356     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 357     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 358     pane12.add(new JLabel("Nickname: "), BorderLayout.CENTER);\r
 359     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);\r
 360     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);\r
 361     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 362     pane12.add(new JLabel("URL: "), BorderLayout.CENTER);\r
 363     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);\r
 364     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);\r
 365 \r
 366 \r
 367     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 368         panel, "Enter Nickname & URL of Local DAS Source",\r
 369         JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);\r
 370 \r
 371        if (reply != JOptionPane.OK_OPTION )\r
 372        {\r
 373            return;\r
 374        }\r
 375 \r
 376        if(!urltf.getText().endsWith("/"))\r
 377          urltf.setText(urltf.getText()+"/");\r
 378 \r
 379        Das1Source local = new Das1Source();\r
 380 \r
 381        local.setUrl(urltf.getText());\r
 382        local.setNickname(nametf.getText());\r
 383 \r
 384 \r
 385        if(localSources==null)\r
 386          localSources = new Hashtable();\r
 387 \r
 388        localSources.put(local.getNickname(), local);\r
 389 \r
 390        if(!newSource && !nickname.equals(nametf.getText()))\r
 391        {\r
 392          localSources.remove(nickname);\r
 393        }\r
 394 \r
 395        int size = dasSources.length;\r
 396        int adjust = newSource ? 1 : 0;\r
 397 \r
 398        Object[][] data = new Object[size+adjust][2];\r
 399        for (int i = 0; i < size; i++)\r
 400        {\r
 401          if(!newSource && dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 402          {\r
 403            ((DasSource)dasSources[i]).setNickname(local.getNickname());\r
 404            ((DasSource)dasSources[i]).setUrl(local.getUrl());\r
 405            data[i][0] = local.getNickname();\r
 406            data[i][1] = new Boolean(true);\r
 407          }\r
 408          else\r
 409          {\r
 410            data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 411            data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 412                getNickname()));\r
 413          }\r
 414        }\r
 415 \r
 416        if(newSource)\r
 417        {\r
 418          data[size][0] = local.getNickname();\r
 419          data[size][1] = new Boolean(true);\r
 420          selectedSources.add(local.getNickname());\r
 421        }\r
 422 \r
 423        DasSource [] tmp = new DasSource[size+adjust];\r
 424 \r
 425        System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 426 \r
 427        if(newSource)\r
 428          tmp[size] = local;\r
 429 \r
 430        dasSources = tmp;\r
 431 \r
 432        refreshTableData(data);\r
 433 \r
 434        SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 435        {\r
 436          public void run()\r
 437          {\r
 438            scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 439                scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum()\r
 440                );\r
 441          }\r
 442        });\r
 443 \r
 444        displayFullDetails(local.getNickname());\r
 445      }\r
 446 \r
 447     public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)\r
 448     {\r
 449       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 450       if(selectedRow==-1)\r
 451         return;\r
 452 \r
 453       String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 454 \r
 455       if (!localSources.containsKey(nickname))\r
 456       {\r
 457         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 458         "You can only edit or remove local DAS Sources!",\r
 459          "Public DAS source - not editable",\r
 460          JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 461         return;\r
 462       }\r
 463 \r
 464 \r
 465       Object[] options = {"Edit", "Remove", "Cancel"};\r
 466       int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,\r
 467     "Do you want to edit or remove "+nickname+"?",\r
 468     "Edit / Remove Local DAS Source",\r
 469     JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION,\r
 470     JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 471     null,\r
 472     options,\r
 473     options[2]);\r
 474 \r
 475       switch(choice)\r
 476       {\r
 477         case 0: amendLocal(false);   break;\r
 478         case 1:\r
 479           localSources.remove(nickname);\r
 480           selectedSources.remove(nickname);\r
 481           Object[][] data = new Object[dasSources.length-1][2];\r
 482           DasSource [] tmp = new DasSource[dasSources.length-1];\r
 483           int index = 0;\r
 484           for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 485           {\r
 486             if (dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 487             {\r
 488               continue;\r
 489             }\r
 490             else\r
 491             {\r
 492               tmp[index] = dasSources[i];\r
 493               data[index][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 494               data[index][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 495                   getNickname()));\r
 496               index++;\r
 497             }\r
 498           }\r
 499            dasSources = tmp;\r
 500            refreshTableData(data);\r
 501            SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 502            {\r
 503              public void run()\r
 504              {\r
 505                scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 506                    scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum()\r
 507                    );\r
 508              }\r
 509            });\r
 510 \r
 511           break;\r
 512       }\r
 513     }\r
 514 \r
 515     void appendLocalSources()\r
 516     {\r
 517       if(localSources==null)\r
 518         return;\r
 519 \r
 520       int size = dasSources!=null ? dasSources.length : 0;\r
 521       int lsize = localSources.size();\r
 522 \r
 523       Object[][] data = new Object[size+lsize][2];\r
 524       for (int i = 0; i < size; i++)\r
 525       {\r
 526         data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 527         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 528             getNickname()));\r
 529       }\r
 530 \r
 531       DasSource [] tmp = new DasSource[size+lsize];\r
 532       if(dasSources!=null)\r
 533         System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 534 \r
 535       Enumeration en = localSources.keys();\r
 536       int index = size;\r
 537       while(en.hasMoreElements())\r
 538       {\r
 539         String key = en.nextElement().toString();\r
 540         data[index][0] = key;\r
 541         data[index][1] = new Boolean(false);\r
 542         tmp[index] = new Das1Source();\r
 543         tmp[index].setNickname(key);\r
 544         tmp[index].setUrl( ((DasSource)localSources.get(key)).getUrl() );\r
 545 \r
 546         index++;\r
 547       }\r
 548 \r
 549       dasSources = tmp;\r
 550 \r
 551       refreshTableData(data);\r
 552   }\r
 553 \r
 554   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)\r
 555   {\r
 556     //Called when the MainTable selection changes\r
 557     if (evt.getValueIsAdjusting() )\r
 558     {\r
 559       return;\r
 560     }\r
 561 \r
 562 \r
 563     displayFullDetails(null);\r
 564 \r
 565     // Filter the displayed data sources\r
 566     int dSize = dasSources.length;\r
 567 \r
 568 \r
 569     ArrayList names = new ArrayList();\r
 570     ArrayList selected = new ArrayList();\r
 571     DasSource ds;\r
 572 \r
 573     //The features filter is not visible, but we must still\r
 574     //filter the das source list here.\r
 575     //July 2006 - only 6 sources fo not serve features\r
 576     Object [] dummyFeatureList = new Object[]{"features"};\r
 577 \r
 578     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 579     {\r
 580       ds = dasSources[i];\r
 581       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 582 \r
 583       if (dcs.length == 0 && ds.getCapabilities().length == 0\r
 584           && filter1.getSelectedIndex() == 0\r
 585           && filter2.getSelectedIndex() == 0\r
 586           && filter3.getSelectedIndex() == 0)\r
 587       {\r
 588         //THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT\r
 589         //HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT\r
 590         //IS ADDED FROM THE REGISTRY\r
 591         names.add(ds.getNickname());\r
 592         selected.add(new Boolean(\r
 593               selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 594         continue;\r
 595       }\r
 596 \r
 597 \r
 598       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilities())\r
 599       ||  !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),\r
 600                           ds.getLabels()))\r
 601       {\r
 602         continue;\r
 603       }\r
 604 \r
 605       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 606       {\r
 607         if (   selectedInList(filter1.getSelectedValues(),\r
 608                            new String[]\r
 609                            {dcs[j].getName()})\r
 610             && selectedInList(filter2.getSelectedValues(),\r
 611                               new String[]\r
 612                               {dcs[j].getCategory()}))\r
 613         {\r
 614           names.add(ds.getNickname());\r
 615           selected.add(new Boolean(\r
 616               selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 617           break;\r
 618         }\r
 619       }\r
 620     }\r
 621 \r
 622     dSize = names.size();\r
 623     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 624     for (int d = 0; d < dSize; d++)\r
 625     {\r
 626       data[d][0] = names.get(d);\r
 627       data[d][1] = selected.get(d);\r
 628     }\r
 629 \r
 630     refreshTableData(data);\r
 631   }\r
 632 \r
 633   boolean selectedInList(Object [] selection, String[] items)\r
 634   {\r
 635     for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 636     {\r
 637       if (selection[i].equals("Any") )\r
 638         return true;\r
 639 \r
 640       for (int j = 0; j < items.length; j++)\r
 641       {\r
 642         if (selection[i].equals(items[j]))\r
 643           return true;\r
 644       }\r
 645     }\r
 646 \r
 647     return false;\r
 648   }\r
 649 \r
 650   void setSelectedFromProperties()\r
 651   {\r
 652      String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE", "uniprot");\r
 653      StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 654      selectedSources = new Vector();\r
 655      while(st.hasMoreTokens())\r
 656      {\r
 657        selectedSources.addElement(st.nextToken());\r
 658      }\r
 659 \r
 660      String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");\r
 661      if(local!=null)\r
 662      {\r
 663        if(localSources == null)\r
 664          localSources = new Hashtable();\r
 665 \r
 666        st = new StringTokenizer(local, "\t");\r
 667        while(st.hasMoreTokens())\r
 668        {\r
 669          String token = st.nextToken();\r
 670          int bar = token.indexOf("|");\r
 671          Das1Source source = new Das1Source();\r
 672 \r
 673          source.setUrl(token.substring(bar + 1));\r
 674          source.setNickname(token.substring(0, bar));\r
 675 \r
 676          localSources.put(source.getNickname(), source);\r
 677        }\r
 678      }\r
 679   }\r
 680 \r
 681   public void saveProperties(Properties properties)\r
 682   {\r
 683     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)\r
 684       properties.remove("DAS_REGISTRY_URL");\r
 685     else\r
 686       properties.setProperty("DAS_REGISTRY_URL", registryURL.getText());\r
 687 \r
 688     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 689     for(int r=0; r<table.getModel().getRowCount(); r++)\r
 690     {\r
 691       if( ((Boolean)table.getValueAt(r,1)).booleanValue())\r
 692       {\r
 693         sb.append(table.getValueAt(r,0)+"\t");\r
 694       }\r
 695     }\r
 696 \r
 697     properties.setProperty("DAS_ACTIVE_SOURCE", sb.toString() );\r
 698 \r
 699     if(localSources!=null)\r
 700     {\r
 701       sb = new StringBuffer();\r
 702       Enumeration en = localSources.keys();\r
 703       while(en.hasMoreElements())\r
 704       {\r
 705         String token = en.nextElement().toString();\r
 706         sb.append(token+"|"\r
 707                   + ((DasSource)localSources.get(token)).getUrl()\r
 708                   +"\t");\r
 709       }\r
 710 \r
 711       properties.setProperty("DAS_LOCAL_SOURCE", sb.toString());\r
 712     }\r
 713 \r
 714   }\r
 715 \r
 716   class DASTableModel\r
 717       extends AbstractTableModel\r
 718   {\r
 719 \r
 720     public DASTableModel(Object[][] data)\r
 721     {\r
 722       this.data = data;\r
 723     }\r
 724 \r
 725     private String[] columnNames = new String[]  {"Nickname", "Use Source"};\r
 726 \r
 727     private Object[][] data;\r
 728 \r
 729     public int getColumnCount()\r
 730     {\r
 731       return columnNames.length;\r
 732     }\r
 733 \r
 734     public int getRowCount()\r
 735     {\r
 736       return data.length;\r
 737     }\r
 738 \r
 739     public String getColumnName(int col)\r
 740     {\r
 741       return columnNames[col];\r
 742     }\r
 743 \r
 744     public Object getValueAt(int row, int col)\r
 745     {\r
 746       return data[row][col];\r
 747     }\r
 748 \r
 749     /*\r
 750      * JTable uses this method to determine the default renderer/\r
 751      * editor for each cell.  If we didn't implement this method,\r
 752      * then the last column would contain text ("true"/"false"),\r
 753      * rather than a check box.\r
 754      */\r
 755     public Class getColumnClass(int c)\r
 756     {\r
 757       return getValueAt(0, c).getClass();\r
 758     }\r
 759 \r
 760     /*\r
 761      * Don't need to implement this method unless your table's\r
 762      * editable.\r
 763      */\r
 764     public boolean isCellEditable(int row, int col)\r
 765     {\r
 766       //Note that the data/cell address is constant,\r
 767       //no matter where the cell appears onscreen.\r
 768       return col == 1;\r
 769 \r
 770     }\r
 771 \r
 772     /*\r
 773      * Don't need to implement this method unless your table's\r
 774      * data can change.\r
 775      */\r
 776     public void setValueAt(Object value, int row, int col)\r
 777     {\r
 778       data[row][col] = value;\r
 779       fireTableCellUpdated(row, col);\r
 780 \r
 781       String name = getValueAt(row,0).toString();\r
 782       boolean selected = ((Boolean)value).booleanValue();\r
 783 \r
 784       if(selectedSources.contains(name) && !selected)\r
 785         selectedSources.remove(name);\r
 786 \r
 787       if(!selectedSources.contains(name) && selected)\r
 788         selectedSources.add(name);\r
 789     }\r
 790   }\r
 791 }\r
 792 \r
 793 \r