src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.io.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.datatransfer.*;\r
  25 import java.awt.dnd.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 import javax.swing.*;\r
  30 \r
  31 \r
  32 /**\r
  33  * DOCUMENT ME!\r
  34  *\r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop\r
  39     implements DropTargetListener, ClipboardOwner\r
  40 {\r
  41     /** DOCUMENT ME!! */\r
  42     public static Desktop instance;\r
  43     public static JDesktopPane desktop;\r
  44     static int openFrameCount = 0;\r
  45     static final int xOffset = 30;\r
  46     static final int yOffset = 30;\r
  47     public static jalview.ws.Discoverer discoverer;\r
  48 \r
  49     public static Object [] jalviewClipboard;\r
  50 \r
  51     static int fileLoadingCount= 0;\r
  52 \r
  53     /**\r
  54      * Creates a new Desktop object.\r
  55      */\r
  56     public Desktop()\r
  57     {\r
  58         instance = this;\r
  59 \r
  60         Image image = null;\r
  61 \r
  62         try\r
  63         {\r
  64             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");\r
  65 \r
  66             if (url != null)\r
  67             {\r
  68                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);\r
  69 \r
  70                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);\r
  71                 mt.addImage(image, 0);\r
  72                 mt.waitForID(0);\r
  73                 setIconImage(image);\r
  74             }\r
  75         }\r
  76         catch (Exception ex)\r
  77         {\r
  78         }\r
  79 \r
  80         setTitle("Jalview "+jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));\r
  81         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);\r
  82         desktop = new JDesktopPane();\r
  83         desktop.setBackground(Color.white);\r
  84         getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
  85         getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);\r
  86         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);\r
  87 \r
  88         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum\r
  89         // if previous window was maximised\r
  90         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());\r
  91 \r
  92         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();\r
  93         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");\r
  94         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");\r
  95         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");\r
  96         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");\r
  97 \r
  98         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))\r
  99         {\r
 100             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),\r
 101                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));\r
 102         }\r
 103         else\r
 104         {\r
 105             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,\r
 106                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);\r
 107         }\r
 108 \r
 109         this.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 110             {\r
 111                 public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
 112                 {\r
 113                     quit();\r
 114                 }\r
 115             });\r
 116 \r
 117         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));\r
 118 \r
 119         /////////Add a splashscreen on startup\r
 120         /////////Add a splashscreen on startup\r
 121         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
 122 \r
 123         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);\r
 124         frame.setContentPane(splash);\r
 125         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 126         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),\r
 127             (int) ((getHeight() - 160) / 2));\r
 128 \r
 129         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);\r
 130 \r
 131         discoverer=new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.\r
 132 \r
 133     }\r
 134 \r
 135     /**\r
 136      * DOCUMENT ME!\r
 137      *\r
 138      * @param frame DOCUMENT ME!\r
 139      * @param title DOCUMENT ME!\r
 140      * @param w DOCUMENT ME!\r
 141      * @param h DOCUMENT ME!\r
 142      */\r
 143     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,\r
 144         String title, int w, int h)\r
 145     {\r
 146         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);\r
 147     }\r
 148 \r
 149     /**\r
 150      * DOCUMENT ME!\r
 151      *\r
 152      * @param frame DOCUMENT ME!\r
 153      * @param title DOCUMENT ME!\r
 154      * @param w DOCUMENT ME!\r
 155      * @param h DOCUMENT ME!\r
 156      * @param resizable DOCUMENT ME!\r
 157      */\r
 158     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,\r
 159         String title, int w, int h, boolean resizable)\r
 160     {\r
 161 \r
 162       frame.setTitle(title);\r
 163       if(frame.getWidth()<1 || frame.getHeight()<1)\r
 164       {\r
 165         frame.setSize(w, h);\r
 166       }\r
 167       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN\r
 168       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN\r
 169       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS\r
 170       /////////////////////////////////////////////////\r
 171       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 172           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
 173       {\r
 174         return;\r
 175       }\r
 176 \r
 177 \r
 178         openFrameCount++;\r
 179 \r
 180         frame.setVisible(true);\r
 181         frame.setClosable(true);\r
 182         frame.setResizable(resizable);\r
 183         frame.setMaximizable(resizable);\r
 184         frame.setIconifiable(resizable);\r
 185         frame.setFrameIcon(null);\r
 186 \r
 187         if (frame.getX()<1 && frame.getY()<1)\r
 188        {\r
 189          frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * ((openFrameCount-1)%10)+yOffset);\r
 190        }\r
 191 \r
 192         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);\r
 193         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
 194             {\r
 195               public void internalFrameActivated(javax.swing.event.\r
 196                                                  InternalFrameEvent evt)\r
 197               {\r
 198                 JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();\r
 199                 if (itf != null)\r
 200                   itf.requestFocus();\r
 201 \r
 202               }\r
 203 \r
 204                 public void internalFrameClosed(\r
 205                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
 206                 {\r
 207                     openFrameCount--;\r
 208                     windowMenu.remove(menuItem);\r
 209                     JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();\r
 210                        if (itf != null)\r
 211                         itf.requestFocus();\r
 212                 }\r
 213                 ;\r
 214             });\r
 215 \r
 216         menuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 217             {\r
 218                 public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 219                 {\r
 220                     try\r
 221                     {\r
 222                         frame.setSelected(true);\r
 223                         frame.setIcon(false);\r
 224                     }\r
 225                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)\r
 226                     {\r
 227 \r
 228                     }\r
 229                 }\r
 230             });\r
 231 \r
 232         windowMenu.add(menuItem);\r
 233 \r
 234         desktop.add(frame);\r
 235         frame.toFront();\r
 236         try{\r
 237           frame.setSelected(true);\r
 238           frame.requestFocus();\r
 239         }catch(java.beans.PropertyVetoException ve)\r
 240         {}\r
 241     }\r
 242 \r
 243     public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)\r
 244     {\r
 245       Desktop.jalviewClipboard = null;\r
 246     }\r
 247 \r
 248     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)\r
 249     {}\r
 250 \r
 251     public void dragExit(DropTargetEvent evt)\r
 252     {}\r
 253 \r
 254     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)\r
 255     {}\r
 256 \r
 257     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)\r
 258     {}\r
 259 \r
 260     /**\r
 261      * DOCUMENT ME!\r
 262      *\r
 263      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 264      */\r
 265     public void drop(DropTargetDropEvent evt)\r
 266     {\r
 267         Transferable t = evt.getTransferable();\r
 268         java.util.List files = null;\r
 269 \r
 270         try\r
 271         {\r
 272           DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor("text/uri-list;class=java.lang.String");\r
 273           if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))\r
 274           {\r
 275             //Works on Windows and MacOSX\r
 276             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);\r
 277             files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);\r
 278           }\r
 279           else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))\r
 280           {\r
 281             // This is used by Unix drag system\r
 282             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);\r
 283             String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);\r
 284             files = new java.util.ArrayList(1);\r
 285             for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(\r
 286                 data,\r
 287                 "\r\n");\r
 288                  st.hasMoreTokens(); )\r
 289             {\r
 290               String s = st.nextToken();\r
 291               if (s.startsWith("#"))\r
 292               {\r
 293                 // the line is a comment (as per the RFC 2483)\r
 294                 continue;\r
 295               }\r
 296 \r
 297               java.net.URI uri = new java.net.URI(s);\r
 298               java.io.File file = new java.io.File(uri);\r
 299               files.add(file);\r
 300             }\r
 301           }\r
 302         }\r
 303         catch (Exception e)\r
 304         {\r
 305           e.printStackTrace();\r
 306         }\r
 307 \r
 308         if (files != null)\r
 309         {\r
 310           try\r
 311           {\r
 312             for (int i = 0; i < files.size(); i++)\r
 313             {\r
 314               String file = files.get(i).toString();\r
 315               String protocol = FormatAdapter.FILE;\r
 316               String format = null;\r
 317 \r
 318               if (file.endsWith(".jar"))\r
 319               {\r
 320                 format = "Jalview";\r
 321 \r
 322               }\r
 323               else\r
 324               {\r
 325                 format = new IdentifyFile().Identify(file,\r
 326                                                           protocol);\r
 327               }\r
 328 \r
 329 \r
 330               new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);\r
 331 \r
 332             }\r
 333           }\r
 334           catch (Exception ex)\r
 335           {\r
 336             ex.printStackTrace();\r
 337           }\r
 338         }\r
 339     }\r
 340 \r
 341     /**\r
 342      * DOCUMENT ME!\r
 343      *\r
 344      * @param e DOCUMENT ME!\r
 345      */\r
 346     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)\r
 347     {\r
 348         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 349                     "LAST_DIRECTORY"),\r
 350                 new String[]\r
 351                 {\r
 352                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",\r
 353                     "jar"\r
 354                 },\r
 355                 new String[]\r
 356                 {\r
 357                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"\r
 358                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));\r
 359 \r
 360         chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 361         chooser.setDialogTitle("Open local file");\r
 362         chooser.setToolTipText("Open");\r
 363 \r
 364         int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 365 \r
 366         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 367         {\r
 368             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 369             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 370                 chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 371 \r
 372             String format = null;\r
 373             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))\r
 374             {\r
 375                 format = "Jalview";\r
 376             }\r
 377             else\r
 378             {\r
 379                 format = new IdentifyFile().Identify(choice, FormatAdapter.FILE);\r
 380             }\r
 381 \r
 382             if (viewport != null)\r
 383               new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE, format);\r
 384             else\r
 385               new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);\r
 386         }\r
 387     }\r
 388 \r
 389 \r
 390 \r
 391     /**\r
 392      * DOCUMENT ME!\r
 393      *\r
 394      * @param e DOCUMENT ME!\r
 395      */\r
 396     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)\r
 397     {\r
 398       // This construct allows us to have a wider textfield\r
 399       // for viewing\r
 400       JLabel label = new JLabel("Enter URL of Input File");\r
 401       final JComboBox history = new JComboBox();\r
 402 \r
 403       JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2,1));\r
 404       panel.add(label);\r
 405       panel.add(history);\r
 406       history.setPreferredSize(new Dimension(400,20));\r
 407       history.setEditable(true);\r
 408       history.addItem("http://www.");\r
 409 \r
 410       String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");\r
 411 \r
 412       StringTokenizer st;\r
 413 \r
 414       if (historyItems != null)\r
 415       {\r
 416         st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");\r
 417 \r
 418         while (st.hasMoreTokens())\r
 419         {\r
 420           history.addItem(st.nextElement());\r
 421         }\r
 422       }\r
 423 \r
 424        int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop,\r
 425           panel, "Input Alignment From URL",\r
 426           JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION );\r
 427 \r
 428 \r
 429         if (reply != JOptionPane.OK_OPTION )\r
 430         {\r
 431             return;\r
 432         }\r
 433 \r
 434         String url = history.getSelectedItem().toString();\r
 435 \r
 436         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))\r
 437         {\r
 438           if (viewport != null)\r
 439             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, "Jalview");\r
 440           else\r
 441             new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");\r
 442         }\r
 443         else\r
 444         {\r
 445           String format = new IdentifyFile().Identify(url, FormatAdapter.URL);\r
 446 \r
 447           if (format.equals("URL NOT FOUND"))\r
 448           {\r
 449             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 450                                                   "Couldn't locate " + url,\r
 451                                                   "URL not found",\r
 452                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 453 \r
 454             return;\r
 455           }\r
 456 \r
 457           if (viewport != null)\r
 458             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);\r
 459           else\r
 460             new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);\r
 461         }\r
 462     }\r
 463 \r
 464     /**\r
 465      * DOCUMENT ME!\r
 466      *\r
 467      * @param e DOCUMENT ME!\r
 468      */\r
 469     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)\r
 470     {\r
 471         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 472         cap.setForInput(viewport);\r
 473         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);\r
 474     }\r
 475 \r
 476     /*\r
 477      * Exit the program\r
 478      */\r
 479     public void quit()\r
 480     {\r
 481         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");\r
 482         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");\r
 483         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");\r
 484         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");\r
 485         System.exit(0);\r
 486     }\r
 487 \r
 488     /**\r
 489      * DOCUMENT ME!\r
 490      *\r
 491      * @param e DOCUMENT ME!\r
 492      */\r
 493     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 494     {\r
 495       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView version " +\r
 496                                               jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 497           "VERSION") +\r
 498                                               "; last updated: " +\r
 499                                               jalview.bin.\r
 500                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));\r
 501 \r
 502       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(\r
 503           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))\r
 504       {\r
 505         message.append("\n\n!! Jalview version "\r
 506                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")\r
 507                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");\r
 508 \r
 509       }\r
 510 \r
 511       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +\r
 512             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +\r
 513             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +\r
 514             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +\r
 515             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +\r
 516             "\nBioinformatics,  2004 20;426-7.");\r
 517 \r
 518         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 519 \r
 520            message.toString(), "About Jalview",\r
 521             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 522     }\r
 523 \r
 524     /**\r
 525      * DOCUMENT ME!\r
 526      *\r
 527      * @param e DOCUMENT ME!\r
 528      */\r
 529     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 530     {\r
 531         try\r
 532         {\r
 533             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();\r
 534             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");\r
 535             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);\r
 536 \r
 537             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();\r
 538             hb.setCurrentID("home");\r
 539             hb.setDisplayed(true);\r
 540         }\r
 541         catch (Exception ex)\r
 542         {\r
 543             ex.printStackTrace();\r
 544         }\r
 545     }\r
 546 \r
 547     /**\r
 548      * DOCUMENT ME!\r
 549      *\r
 550      * @param e DOCUMENT ME!\r
 551      */\r
 552     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 553     {\r
 554         new Preferences();\r
 555     }\r
 556 \r
 557     /**\r
 558      * DOCUMENT ME!\r
 559      *\r
 560      * @param e DOCUMENT ME!\r
 561      */\r
 562     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 563     {\r
 564         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 565                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },\r
 566                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");\r
 567 \r
 568         chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 569         chooser.setDialogTitle("Save State");\r
 570 \r
 571         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 572 \r
 573         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 574         {\r
 575             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();\r
 576             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());\r
 577             new Jalview2XML().SaveState(choice);\r
 578         }\r
 579     }\r
 580 \r
 581     /**\r
 582      * DOCUMENT ME!\r
 583      *\r
 584      * @param e DOCUMENT ME!\r
 585      */\r
 586     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 587     {\r
 588         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 589                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },\r
 590                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");\r
 591         chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 592         chooser.setDialogTitle("Restore state");\r
 593 \r
 594         int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 595 \r
 596         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 597         {\r
 598             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();\r
 599             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 600                 chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 601             new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(choice);\r
 602         }\r
 603     }\r
 604 \r
 605   /*  public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 606     {\r
 607       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 608           getProperty("LAST_DIRECTORY"));\r
 609 \r
 610       chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 611       chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");\r
 612       chooser.setToolTipText("Import");\r
 613 \r
 614       int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 615 \r
 616       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 617       {\r
 618         jalview.io.VamsasDatastore vs = new jalview.io.VamsasDatastore(null);\r
 619         vs.load(\r
 620             chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath()\r
 621             );\r
 622       }\r
 623 \r
 624     }*/\r
 625 \r
 626 \r
 627     public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 628     {\r
 629       new SequenceFetcher(null);\r
 630     }\r
 631 \r
 632     JPanel progressPanel;\r
 633 \r
 634     public void startLoading(final String fileName)\r
 635     {\r
 636       if (fileLoadingCount == 0)\r
 637       {\r
 638         progressPanel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 639         JProgressBar progressBar = new JProgressBar();\r
 640         progressBar.setIndeterminate(true);\r
 641 \r
 642         progressPanel.add(new JLabel("Loading File: " + fileName + "   "),\r
 643                           BorderLayout.WEST);\r
 644 \r
 645         progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);\r
 646 \r
 647         instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);\r
 648       }\r
 649       fileLoadingCount++;\r
 650       validate();\r
 651     }\r
 652 \r
 653     public void stopLoading()\r
 654     {\r
 655       fileLoadingCount--;\r
 656       if (fileLoadingCount < 1)\r
 657       {\r
 658         if(progressPanel!=null)\r
 659         {\r
 660           this.getContentPane().remove(progressPanel);\r
 661           progressPanel = null;\r
 662         }\r
 663         fileLoadingCount = 0;\r
 664       }\r
 665       validate();\r
 666     }\r
 667 \r
 668     public static int getViewCount(String viewId)\r
 669     {\r
 670       int count = 0;\r
 671       JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();\r
 672       for (int t = 0; t < frames.length; t++)\r
 673       {\r
 674         if (frames[t] instanceof AlignFrame)\r
 675         {\r
 676           AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];\r
 677           for(int a=0; a<af.alignPanels.size(); a++)\r
 678           {\r
 679             if(viewId.equals(\r
 680                 ((AlignmentPanel)af.alignPanels.elementAt(a)).av.getSequenceSetId() )\r
 681                 )\r
 682             count ++;\r
 683           }\r
 684         }\r
 685       }\r
 686 \r
 687       return count;\r
 688     }\r
 689 \r
 690     public void explodeViews(AlignFrame af)\r
 691     {\r
 692       int size = af.alignPanels.size();\r
 693       if(size<2)\r
 694         return;\r
 695       af.closeMenuItem_actionPerformed(null);\r
 696 \r
 697       for(int i=0; i<size; i++)\r
 698       {\r
 699         AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel)af.alignPanels.elementAt(i);\r
 700         AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);\r
 701         if(ap.av.explodedPosition!=null)\r
 702           newaf.setBounds(ap.av.explodedPosition);\r
 703 \r
 704         ap.av.gatherViewsHere = false;\r
 705 \r
 706         PaintRefresher.Register(ap.seqPanel.seqCanvas, ap.av.getSequenceSetId());\r
 707         PaintRefresher.Register(ap.idPanel.idCanvas, ap.av.getSequenceSetId());\r
 708         PaintRefresher.Register(ap, ap.av.getSequenceSetId());\r
 709 \r
 710 \r
 711         newaf.viewport = ap.av;\r
 712         addInternalFrame(newaf, af.getTitle(),\r
 713                          AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
 714                          AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 715       }\r
 716 \r
 717     }\r
 718 \r
 719     public void gatherViews(AlignFrame source)\r
 720     {\r
 721       source.viewport.gatherViewsHere = true;\r
 722       source.viewport.explodedPosition = source.getBounds();\r
 723       JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();\r
 724       String viewId = source.viewport.sequenceSetID;\r
 725 \r
 726       for (int t = 0; t < frames.length; t++)\r
 727       {\r
 728         if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)\r
 729         {\r
 730           AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];\r
 731           boolean gatherThis = false;\r
 732           for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)\r
 733           {\r
 734             AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(a);\r
 735             if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))\r
 736             {\r
 737               gatherThis = true;\r
 738               ap.av.gatherViewsHere = false;\r
 739               ap.av.explodedPosition = af.getBounds();\r
 740               source.addAlignmentPanel(ap);\r
 741             }\r
 742           }\r
 743           if (gatherThis)\r
 744             af.closeMenuItem_actionPerformed(null);\r
 745         }\r
 746       }\r
 747 \r
 748     }\r
 749 \r
 750 \r
 751 }\r
 752 \r