src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.io.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.datatransfer.*;
  25 import java.awt.dnd.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27 import java.util.*;
  28
  29 import javax.swing.*;
  30
  31
  32 /**
  33  * DOCUMENT ME!
  34  *
  35  * @author $author$
  36  * @version $Revision$
  37  */
  38 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
  39     implements DropTargetListener, ClipboardOwner
  40 {
  41     /** DOCUMENT ME!! */
  42     public static Desktop instance;
  43     public static JDesktopPane desktop;
  44     static int openFrameCount = 0;
  45     static final int xOffset = 30;
  46     static final int yOffset = 30;
  47     public static jalview.ws.Discoverer discoverer;
  48
  49     public static Object [] jalviewClipboard;
  50
  51     static int fileLoadingCount= 0;
  52
  53     /**
  54      * Creates a new Desktop object.
  55      */
  56     public Desktop()
  57     {
  58         instance = this;
  59         doVamsasClientCheck();
  60         Image image = null;
  61
  62         try
  63         {
  64             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");
  65
  66             if (url != null)
  67             {
  68                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  69
  70                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
  71                 mt.addImage(image, 0);
  72                 mt.waitForID(0);
  73                 setIconImage(image);
  74             }
  75         }
  76         catch (Exception ex)
  77         {
  78         }
  79
  80         setTitle("Jalview "+jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
  81         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  82         desktop = new JDesktopPane();
  83         desktop.setBackground(Color.white);
  84         getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
  85         getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
  86         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
  87
  88         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
  89         // if previous window was maximised
  90         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());
  91
  92         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
  93         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");
  94         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");
  95         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");
  96         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");
  97
  98         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
  99         {
 100             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),
 101                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));
 102         }
 103         else
 104         {
 105             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,
 106                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 107         }
 108
 109         this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 110             {
 111                 public void windowClosing(WindowEvent evt)
 112                 {
 113                     quit();
 114                 }
 115             });
 116
 117         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 118
 119         /////////Add a splashscreen on startup
 120         /////////Add a splashscreen on startup
 121         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
 122
 123         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);
 124         frame.setContentPane(splash);
 125         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 126         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),
 127             (int) ((getHeight() - 160) / 2));
 128
 129         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);
 130
 131         discoverer=new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.
 132     }
 133
 134     private void doVamsasClientCheck() {
 135       if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent()) {
 136         VamsasMenu.setVisible(true);
 137         vamsasLoad.setVisible(true);
 138       }
 139
 140     }
 141
 142     /**
 143      * DOCUMENT ME!
 144      *
 145      * @param frame DOCUMENT ME!
 146      * @param title DOCUMENT ME!
 147      * @param w DOCUMENT ME!
 148      * @param h DOCUMENT ME!
 149      */
 150     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 151         String title, int w, int h)
 152     {
 153         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 154     }
 155
 156     /**
 157      * DOCUMENT ME!
 158      *
 159      * @param frame DOCUMENT ME!
 160      * @param title DOCUMENT ME!
 161      * @param w DOCUMENT ME!
 162      * @param h DOCUMENT ME!
 163      * @param resizable DOCUMENT ME!
 164      */
 165     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 166         String title, int w, int h, boolean resizable)
 167     {
 168
 169       frame.setTitle(title);
 170       if(frame.getWidth()<1 || frame.getHeight()<1)
 171       {
 172         frame.setSize(w, h);
 173       }
 174       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 175       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 176       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 177       /////////////////////////////////////////////////
 178       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 179           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 180       {
 181         return;
 182       }
 183
 184
 185         openFrameCount++;
 186
 187         frame.setVisible(true);
 188         frame.setClosable(true);
 189         frame.setResizable(resizable);
 190         frame.setMaximizable(resizable);
 191         frame.setIconifiable(resizable);
 192         frame.setFrameIcon(null);
 193
 194         if (frame.getX()<1 && frame.getY()<1)
 195        {
 196          frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * ((openFrameCount-1)%10)+yOffset);
 197        }
 198
 199         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 200         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 201             {
 202               public void internalFrameActivated(javax.swing.event.
 203                                                  InternalFrameEvent evt)
 204               {
 205                 JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 206                 if (itf != null)
 207                   itf.requestFocus();
 208
 209               }
 210
 211
 212                 public void internalFrameClosed(
 213                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 214                 {
 215                     PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 216                     openFrameCount--;
 217                     windowMenu.remove(menuItem);
 218                     JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 219                        if (itf != null)
 220                         itf.requestFocus();
 221                 }
 222                 ;
 223             });
 224
 225         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 226             {
 227                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 228                 {
 229                     try
 230                     {
 231                         frame.setSelected(true);
 232                         frame.setIcon(false);
 233                     }
 234                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 235                     {
 236
 237                     }
 238                 }
 239             });
 240
 241         windowMenu.add(menuItem);
 242
 243         desktop.add(frame);
 244         frame.toFront();
 245         try{
 246           frame.setSelected(true);
 247           frame.requestFocus();
 248         }catch(java.beans.PropertyVetoException ve)
 249         {   }
 250     }
 251
 252     public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 253     {
 254       Desktop.jalviewClipboard = null;
 255     }
 256
 257     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 258     {}
 259
 260     public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 261     {}
 262
 263     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 264     {}
 265
 266     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 267     {}
 268
 269     /**
 270      * DOCUMENT ME!
 271      *
 272      * @param evt DOCUMENT ME!
 273      */
 274     public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 275     {
 276         Transferable t = evt.getTransferable();
 277         java.util.List files = null;
 278
 279         try
 280         {
 281           DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor("text/uri-list;class=java.lang.String");
 282           if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 283           {
 284             //Works on Windows and MacOSX
 285             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 286             files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 287           }
 288           else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
 289           {
 290             // This is used by Unix drag system
 291             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 292             String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
 293             files = new java.util.ArrayList(1);
 294             for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
 295                 data,
 296                 "\r\n");
 297                  st.hasMoreTokens(); )
 298             {
 299               String s = st.nextToken();
 300               if (s.startsWith("#"))
 301               {
 302                 // the line is a comment (as per the RFC 2483)
 303                 continue;
 304               }
 305
 306               java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
 307               java.io.File file = new java.io.File(uri);
 308               files.add(file);
 309             }
 310           }
 311         }
 312         catch (Exception e)
 313         {      }
 314
 315         if (files != null)
 316         {
 317           try
 318           {
 319             for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 320             {
 321               String file = files.get(i).toString();
 322               String protocol = FormatAdapter.FILE;
 323               String format = null;
 324
 325               if (file.endsWith(".jar"))
 326               {
 327                 format = "Jalview";
 328
 329               }
 330               else
 331               {
 332                 format = new IdentifyFile().Identify(file,
 333                                                           protocol);
 334               }
 335
 336
 337               new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 338
 339             }
 340           }
 341           catch (Exception ex)
 342           {      }
 343         }
 344     }
 345
 346     /**
 347      * DOCUMENT ME!
 348      *
 349      * @param e DOCUMENT ME!
 350      */
 351     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 352     {
 353         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 354                     "LAST_DIRECTORY"),
 355                 new String[]
 356                 {
 357                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",
 358                     "jar"
 359                 },
 360                 new String[]
 361                 {
 362                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"
 363                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 364
 365         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 366         chooser.setDialogTitle("Open local file");
 367         chooser.setToolTipText("Open");
 368
 369         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 370
 371         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 372         {
 373             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 374             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 375                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 376
 377             String format = null;
 378             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 379             {
 380                 format = "Jalview";
 381             }
 382             else
 383             {
 384                 format = new IdentifyFile().Identify(choice, FormatAdapter.FILE);
 385             }
 386
 387             if (viewport != null)
 388               new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE, format);
 389             else
 390               new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);
 391         }
 392     }
 393
 394
 395
 396     /**
 397      * DOCUMENT ME!
 398      *
 399      * @param e DOCUMENT ME!
 400      */
 401     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 402     {
 403       // This construct allows us to have a wider textfield
 404       // for viewing
 405       JLabel label = new JLabel("Enter URL of Input File");
 406       final JComboBox history = new JComboBox();
 407
 408       JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2,1));
 409       panel.add(label);
 410       panel.add(history);
 411       history.setPreferredSize(new Dimension(400,20));
 412       history.setEditable(true);
 413       history.addItem("http://www.");
 414
 415       String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
 416
 417       StringTokenizer st;
 418
 419       if (historyItems != null)
 420       {
 421         st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
 422
 423         while (st.hasMoreTokens())
 424         {
 425           history.addItem(st.nextElement());
 426         }
 427       }
 428
 429        int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop,
 430           panel, "Input Alignment From URL",
 431           JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION );
 432
 433
 434         if (reply != JOptionPane.OK_OPTION )
 435         {
 436             return;
 437         }
 438
 439         String url = history.getSelectedItem().toString();
 440
 441         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
 442         {
 443           if (viewport != null)
 444             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
 445           else
 446             new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
 447         }
 448         else
 449         {
 450           String format = new IdentifyFile().Identify(url, FormatAdapter.URL);
 451
 452           if (format.equals("URL NOT FOUND"))
 453           {
 454             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 455                                                   "Couldn't locate " + url,
 456                                                   "URL not found",
 457                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 458
 459             return;
 460           }
 461
 462           if (viewport != null)
 463             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);
 464           else
 465             new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);
 466         }
 467     }
 468
 469     /**
 470      * DOCUMENT ME!
 471      *
 472      * @param e DOCUMENT ME!
 473      */
 474     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 475     {
 476         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 477         cap.setForInput(viewport);
 478         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
 479     }
 480
 481     /*
 482      * Exit the program
 483      */
 484     public void quit()
 485     {
 486         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");
 487         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");
 488         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");
 489         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");
 490         System.exit(0);
 491     }
 492
 493     /**
 494      * DOCUMENT ME!
 495      *
 496      * @param e DOCUMENT ME!
 497      */
 498     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 499     {
 500       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView version " +
 501                                               jalview.bin.Cache.getProperty(
 502           "VERSION") +
 503                                               "; last updated: " +
 504                                               jalview.bin.
 505                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
 506
 507       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
 508           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
 509       {
 510         message.append("\n\n!! Jalview version "
 511                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
 512                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");
 513
 514       }
 515
 516       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +
 517             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +
 518             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +
 519             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +
 520             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +
 521             "\nBioinformatics,  2004 20;426-7.");
 522
 523         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 524
 525            message.toString(), "About Jalview",
 526             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 527     }
 528
 529     /**
 530      * DOCUMENT ME!
 531      *
 532      * @param e DOCUMENT ME!
 533      */
 534     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 535     {
 536         try
 537         {
 538             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
 539             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
 540             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
 541
 542             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
 543             hb.setCurrentID("home");
 544             hb.setDisplayed(true);
 545         }
 546         catch (Exception ex)
 547         {     }
 548     }
 549
 550     public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
 551     {
 552       JInternalFrame [] frames = desktop.getAllFrames();
 553       for(int i=0; i<frames.length; i++)
 554       {
 555         try{
 556         frames[i].setClosed(true);
 557       }catch(java.beans.PropertyVetoException ex){}
 558       }
 559     }
 560
 561     public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
 562     {
 563       reorderAssociatedWindows(false, false);
 564     }
 565
 566     public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
 567     {
 568       reorderAssociatedWindows(true, false);
 569     }
 570
 571     void closeAssociatedWindows()
 572     {
 573       reorderAssociatedWindows(false, true);
 574     }
 575
 576     void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
 577     {
 578       JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 579       if (frames == null || frames.length<1)
 580         return;
 581
 582       AlignViewport source = null, target = null;
 583       if (frames[0] instanceof AlignFrame)
 584         source = ( (AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
 585       else if (frames[0] instanceof TreePanel)
 586         source = ( (TreePanel) frames[0]).getViewPort();
 587       else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
 588         source = ( (PCAPanel) frames[0]).av;
 589       else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
 590         source = ((PairwiseAlignPanel)frames[0].getContentPane()).av;
 591
 592
 593       if (source != null)
 594         for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 595         {
 596           target = null;
 597           if(frames[i]==null)
 598           {
 599             continue;
 600           }
 601           if (frames[i] instanceof AlignFrame)
 602             target = ( (AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
 603           else if (frames[i] instanceof TreePanel)
 604             target = ( (TreePanel) frames[i]).getViewPort();
 605           else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
 606             target = ( (PCAPanel) frames[i]).av;
 607           else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
 608             target = ( (PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
 609
 610           if (source == target)
 611           {
 612             try
 613             {
 614               if (close)
 615                 frames[i].setClosed(true);
 616               else
 617               {
 618                 frames[i].setIcon(minimize);
 619                 if (!minimize)
 620                 {
 621                   frames[i].toFront();
 622                 }
 623               }
 624
 625             }
 626             catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 627             {       }
 628           }
 629         }
 630     }
 631
 632
 633
 634     /**
 635      * DOCUMENT ME!
 636      *
 637      * @param e DOCUMENT ME!
 638      */
 639     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
 640     {
 641         new Preferences();
 642     }
 643
 644     /**
 645      * DOCUMENT ME!
 646      *
 647      * @param e DOCUMENT ME!
 648      */
 649     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
 650     {
 651         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 652                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 653                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 654
 655         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 656         chooser.setDialogTitle("Save State");
 657
 658         int value = chooser.showSaveDialog(this);
 659
 660         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 661         {
 662             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
 663             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 664             new Jalview2XML().SaveState(choice);
 665         }
 666     }
 667
 668     /**
 669      * DOCUMENT ME!
 670      *
 671      * @param e DOCUMENT ME!
 672      */
 673     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
 674     {
 675         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 676                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 677                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 678         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 679         chooser.setDialogTitle("Restore state");
 680
 681         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 682
 683         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 684         {
 685             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
 686             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 687                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 688             new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(choice);
 689         }
 690     }
 691
 692   /*  public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)
 693     {
 694       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 695           getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 696
 697       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 698       chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
 699       chooser.setToolTipText("Import");
 700
 701       int value = chooser.showOpenDialog(this);
 702
 703       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 704       {
 705         jalview.io.VamsasDatastore vs = new jalview.io.VamsasDatastore(null);
 706         vs.load(
 707             chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath()
 708             );
 709       }
 710
 711     }*/
 712
 713
 714     public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
 715     {
 716       new SequenceFetcher(null);
 717     }
 718
 719     JPanel progressPanel;
 720
 721     public void startLoading(final String fileName)
 722     {
 723       if (fileLoadingCount == 0)
 724       {
 725         progressPanel = new JPanel(new BorderLayout());
 726         JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 727         progressBar.setIndeterminate(true);
 728
 729         progressPanel.add(new JLabel("Loading File: " + fileName + "   "),
 730                           BorderLayout.WEST);
 731
 732         progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 733
 734         instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
 735       }
 736       fileLoadingCount++;
 737       validate();
 738     }
 739
 740     public void stopLoading()
 741     {
 742       fileLoadingCount--;
 743       if (fileLoadingCount < 1)
 744       {
 745         if(progressPanel!=null)
 746         {
 747           this.getContentPane().remove(progressPanel);
 748           progressPanel = null;
 749         }
 750         fileLoadingCount = 0;
 751       }
 752       validate();
 753     }
 754
 755     public static int getViewCount(String viewId)
 756     {
 757       int count = 0;
 758       JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
 759       for (int t = 0; t < frames.length; t++)
 760       {
 761         if (frames[t] instanceof AlignFrame)
 762         {
 763           AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
 764           for(int a=0; a<af.alignPanels.size(); a++)
 765           {
 766             if(viewId.equals(
 767                 ((AlignmentPanel)af.alignPanels.elementAt(a)).av.getSequenceSetId() )
 768                 )
 769             count ++;
 770           }
 771         }
 772       }
 773
 774       return count;
 775     }
 776
 777     public void explodeViews(AlignFrame af)
 778     {
 779       int size = af.alignPanels.size();
 780       if(size<2)
 781         return;
 782
 783       for(int i=0; i<size; i++)
 784       {
 785         AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel)af.alignPanels.elementAt(i);
 786         AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
 787         if(ap.av.explodedPosition!=null)
 788           newaf.setBounds(ap.av.explodedPosition);
 789
 790         ap.av.gatherViewsHere = false;
 791
 792         addInternalFrame(newaf, af.getTitle(),
 793                          AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 794                          AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 795       }
 796
 797       af.alignPanels.clear();
 798       af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 799
 800     }
 801
 802     public void gatherViews(AlignFrame source)
 803     {
 804       source.viewport.gatherViewsHere = true;
 805       source.viewport.explodedPosition = source.getBounds();
 806       JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 807       String viewId = source.viewport.sequenceSetID;
 808
 809       for (int t = 0; t < frames.length; t++)
 810       {
 811         if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
 812         {
 813           AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
 814           boolean gatherThis = false;
 815           for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
 816           {
 817             AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(a);
 818             if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
 819             {
 820               gatherThis = true;
 821               ap.av.gatherViewsHere = false;
 822               ap.av.explodedPosition = af.getBounds();
 823               source.addAlignmentPanel(ap, false);
 824             }
 825           }
 826
 827           if (gatherThis)
 828           {
 829             af.alignPanels.clear();
 830             af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 831           }
 832         }
 833       }
 834
 835     }
 836
 837
 838 }
 839