src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.io.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.datatransfer.*;\r
  25 import java.awt.dnd.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 import javax.swing.*;\r
  30 \r
  31 \r
  32 /**\r
  33  * DOCUMENT ME!\r
  34  *\r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop\r
  39     implements DropTargetListener, ClipboardOwner\r
  40 {\r
  41     /** DOCUMENT ME!! */\r
  42     public static Desktop instance;\r
  43     public static JDesktopPane desktop;\r
  44     static int openFrameCount = 0;\r
  45     static final int xOffset = 30;\r
  46     static final int yOffset = 30;\r
  47     public static jalview.ws.Discoverer discoverer;\r
  48 \r
  49     public static Object [] jalviewClipboard;\r
  50 \r
  51 \r
  52     /**\r
  53      * Creates a new Desktop object.\r
  54      */\r
  55     public Desktop()\r
  56     {\r
  57         instance = this;\r
  58 \r
  59         Image image = null;\r
  60 \r
  61         try\r
  62         {\r
  63             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");\r
  64 \r
  65             if (url != null)\r
  66             {\r
  67                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);\r
  68 \r
  69                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);\r
  70                 mt.addImage(image, 0);\r
  71                 mt.waitForID(0);\r
  72                 setIconImage(image);\r
  73             }\r
  74         }\r
  75         catch (Exception ex)\r
  76         {\r
  77         }\r
  78 \r
  79         setTitle("Jalview "+jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));\r
  80         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);\r
  81         desktop = new JDesktopPane();\r
  82         desktop.setBackground(Color.white);\r
  83         setContentPane(desktop);\r
  84         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);\r
  85 \r
  86         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum\r
  87         // if previous window was maximised\r
  88         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());\r
  89 \r
  90         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();\r
  91         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");\r
  92         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");\r
  93         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");\r
  94         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");\r
  95 \r
  96         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))\r
  97         {\r
  98             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),\r
  99                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));\r
 100         }\r
 101         else\r
 102         {\r
 103             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,\r
 104                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);\r
 105         }\r
 106 \r
 107         this.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 108             {\r
 109                 public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
 110                 {\r
 111                     quit();\r
 112                 }\r
 113             });\r
 114 \r
 115         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));\r
 116 \r
 117         /////////Add a splashscreen on startup\r
 118         /////////Add a splashscreen on startup\r
 119         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
 120 \r
 121         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);\r
 122         frame.setContentPane(splash);\r
 123         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 124         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),\r
 125             (int) ((getHeight() - 160) / 2));\r
 126 \r
 127         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);\r
 128 \r
 129         discoverer=new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.\r
 130 \r
 131     }\r
 132 \r
 133     /**\r
 134      * DOCUMENT ME!\r
 135      *\r
 136      * @param frame DOCUMENT ME!\r
 137      * @param title DOCUMENT ME!\r
 138      * @param w DOCUMENT ME!\r
 139      * @param h DOCUMENT ME!\r
 140      */\r
 141     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,\r
 142         String title, int w, int h)\r
 143     {\r
 144         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);\r
 145     }\r
 146 \r
 147     /**\r
 148      * DOCUMENT ME!\r
 149      *\r
 150      * @param frame DOCUMENT ME!\r
 151      * @param title DOCUMENT ME!\r
 152      * @param w DOCUMENT ME!\r
 153      * @param h DOCUMENT ME!\r
 154      * @param resizable DOCUMENT ME!\r
 155      */\r
 156     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,\r
 157         String title, int w, int h, boolean resizable)\r
 158     {\r
 159 \r
 160       frame.setTitle(title);\r
 161       if(frame.getWidth()<1 || frame.getHeight()<1)\r
 162       {\r
 163         frame.setSize(w, h);\r
 164       }\r
 165       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN\r
 166       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN\r
 167       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS\r
 168       /////////////////////////////////////////////////\r
 169       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 170           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
 171       {\r
 172         return;\r
 173       }\r
 174 \r
 175 \r
 176         openFrameCount++;\r
 177 \r
 178         frame.setVisible(true);\r
 179         frame.setClosable(true);\r
 180         frame.setResizable(resizable);\r
 181         frame.setMaximizable(resizable);\r
 182         frame.setIconifiable(resizable);\r
 183         frame.setFrameIcon(null);\r
 184 \r
 185         if (frame.getX()<1 && frame.getY()<1)\r
 186        {\r
 187          frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * ((openFrameCount-1)%10)+yOffset);\r
 188        }\r
 189 \r
 190         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);\r
 191         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
 192             {\r
 193               public void internalFrameActivated(javax.swing.event.\r
 194                                                  InternalFrameEvent evt)\r
 195               {\r
 196                 JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();\r
 197                 if (itf != null)\r
 198                   itf.requestFocus();\r
 199 \r
 200               }\r
 201 \r
 202                 public void internalFrameClosed(\r
 203                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
 204                 {\r
 205                     openFrameCount--;\r
 206                     windowMenu.remove(menuItem);\r
 207                     JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();\r
 208                        if (itf != null)\r
 209                         itf.requestFocus();\r
 210                 }\r
 211                 ;\r
 212             });\r
 213 \r
 214         menuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 215             {\r
 216                 public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 217                 {\r
 218                     try\r
 219                     {\r
 220                         frame.setSelected(true);\r
 221                         frame.setIcon(false);\r
 222                     }\r
 223                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)\r
 224                     {\r
 225 \r
 226                     }\r
 227                 }\r
 228             });\r
 229 \r
 230         windowMenu.add(menuItem);\r
 231 \r
 232         desktop.add(frame);\r
 233         frame.toFront();\r
 234         try{\r
 235           frame.setSelected(true);\r
 236           frame.requestFocus();\r
 237         }catch(java.beans.PropertyVetoException ve)\r
 238         {}\r
 239     }\r
 240 \r
 241     public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)\r
 242     {\r
 243       Desktop.jalviewClipboard = null;\r
 244     }\r
 245 \r
 246     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)\r
 247     {}\r
 248 \r
 249     public void dragExit(DropTargetEvent evt)\r
 250     {}\r
 251 \r
 252     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)\r
 253     {}\r
 254 \r
 255     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)\r
 256     {}\r
 257 \r
 258     /**\r
 259      * DOCUMENT ME!\r
 260      *\r
 261      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 262      */\r
 263     public void drop(DropTargetDropEvent evt)\r
 264     {\r
 265         Transferable t = evt.getTransferable();\r
 266         java.util.List files = null;\r
 267 \r
 268         try\r
 269         {\r
 270           DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor("text/uri-list;class=java.lang.String");\r
 271           if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))\r
 272           {\r
 273             //Works on Windows and MacOSX\r
 274             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);\r
 275             files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);\r
 276           }\r
 277           else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))\r
 278           {\r
 279             // This is used by Unix drag system\r
 280             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);\r
 281             String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);\r
 282             files = new java.util.ArrayList(1);\r
 283             for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(\r
 284                 data,\r
 285                 "\r\n");\r
 286                  st.hasMoreTokens(); )\r
 287             {\r
 288               String s = st.nextToken();\r
 289               if (s.startsWith("#"))\r
 290               {\r
 291                 // the line is a comment (as per the RFC 2483)\r
 292                 continue;\r
 293               }\r
 294 \r
 295               java.net.URI uri = new java.net.URI(s);\r
 296               java.io.File file = new java.io.File(uri);\r
 297               files.add(file);\r
 298             }\r
 299           }\r
 300         }\r
 301         catch (Exception e)\r
 302         {\r
 303           e.printStackTrace();\r
 304         }\r
 305 \r
 306         if (files != null)\r
 307         {\r
 308           try\r
 309           {\r
 310             for (int i = 0; i < files.size(); i++)\r
 311             {\r
 312               String file = files.get(i).toString();\r
 313               String protocol = FormatAdapter.FILE;\r
 314               String format = null;\r
 315 \r
 316               if (file.endsWith(".jar"))\r
 317               {\r
 318                 format = "Jalview";\r
 319 \r
 320               }\r
 321               else\r
 322               {\r
 323                 format = new IdentifyFile().Identify(file,\r
 324                                                           protocol);\r
 325               }\r
 326 \r
 327 \r
 328               new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);\r
 329 \r
 330             }\r
 331           }\r
 332           catch (Exception ex)\r
 333           {\r
 334             ex.printStackTrace();\r
 335           }\r
 336         }\r
 337     }\r
 338 \r
 339     /**\r
 340      * DOCUMENT ME!\r
 341      *\r
 342      * @param e DOCUMENT ME!\r
 343      */\r
 344     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(jalview.datamodel.AlignmentI alignment)\r
 345     {\r
 346         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 347                     "LAST_DIRECTORY"),\r
 348                 new String[]\r
 349                 {\r
 350                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",\r
 351                     "jar"\r
 352                 },\r
 353                 new String[]\r
 354                 {\r
 355                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"\r
 356                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));\r
 357 \r
 358         chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 359         chooser.setDialogTitle("Open local file");\r
 360         chooser.setToolTipText("Open");\r
 361 \r
 362         int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 363 \r
 364         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 365         {\r
 366             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 367             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 368                 chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 369 \r
 370             String format = null;\r
 371             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))\r
 372             {\r
 373                 format = "Jalview";\r
 374             }\r
 375             else\r
 376             {\r
 377                 format = new IdentifyFile().Identify(choice, FormatAdapter.FILE);\r
 378             }\r
 379 \r
 380             if (alignment != null)\r
 381               new FileLoader().LoadFile(alignment, choice, FormatAdapter.FILE, format);\r
 382             else\r
 383               new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);\r
 384         }\r
 385     }\r
 386 \r
 387 \r
 388 \r
 389     /**\r
 390      * DOCUMENT ME!\r
 391      *\r
 392      * @param e DOCUMENT ME!\r
 393      */\r
 394     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(jalview.datamodel.AlignmentI alignment)\r
 395     {\r
 396       // This construct allows us to have a wider textfield\r
 397       // for viewing\r
 398       JLabel label = new JLabel("Enter URL of Input File");\r
 399       final JComboBox history = new JComboBox();\r
 400       JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 401       panel.add(label, BorderLayout.NORTH);\r
 402       panel.add(history, BorderLayout.CENTER);\r
 403       history.setPreferredSize(new Dimension(400,20));\r
 404       history.setEditable(true);\r
 405       history.addItem("http://www.");\r
 406 \r
 407       String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");\r
 408 \r
 409       StringTokenizer st;\r
 410 \r
 411       if (historyItems != null)\r
 412       {\r
 413         st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");\r
 414 \r
 415         while (st.hasMoreTokens())\r
 416         {\r
 417           history.addItem(st.nextElement());\r
 418         }\r
 419       }\r
 420 \r
 421        int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop,\r
 422           panel, "Input Alignment From URL",\r
 423           JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION );\r
 424 \r
 425 \r
 426         if (reply != JOptionPane.OK_OPTION )\r
 427         {\r
 428             return;\r
 429         }\r
 430 \r
 431         String url = history.getSelectedItem().toString();\r
 432 \r
 433         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))\r
 434         {\r
 435           if (alignment != null)\r
 436             new FileLoader().LoadFile(alignment, url, FormatAdapter.URL, "Jalview");\r
 437           else\r
 438             new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");\r
 439         }\r
 440         else\r
 441         {\r
 442           String format = new IdentifyFile().Identify(url, FormatAdapter.URL);\r
 443 \r
 444           if (format.equals("URL NOT FOUND"))\r
 445           {\r
 446             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 447                                                   "Couldn't locate " + url,\r
 448                                                   "URL not found",\r
 449                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 450 \r
 451             return;\r
 452           }\r
 453 \r
 454           if (alignment != null)\r
 455             new FileLoader().LoadFile(alignment, url, FormatAdapter.URL, format);\r
 456           else\r
 457             new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);\r
 458         }\r
 459     }\r
 460 \r
 461     /**\r
 462      * DOCUMENT ME!\r
 463      *\r
 464      * @param e DOCUMENT ME!\r
 465      */\r
 466     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(jalview.datamodel.AlignmentI alignment)\r
 467     {\r
 468         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 469         cap.setForInput(alignment);\r
 470         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);\r
 471     }\r
 472 \r
 473     /*\r
 474      * Exit the program\r
 475      */\r
 476     public void quit()\r
 477     {\r
 478         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");\r
 479         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");\r
 480         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");\r
 481         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");\r
 482         System.exit(0);\r
 483     }\r
 484 \r
 485     /**\r
 486      * DOCUMENT ME!\r
 487      *\r
 488      * @param e DOCUMENT ME!\r
 489      */\r
 490     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 491     {\r
 492       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView version " +\r
 493                                               jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 494           "VERSION") +\r
 495                                               "; last updated: " +\r
 496                                               jalview.bin.\r
 497                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));\r
 498 \r
 499       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(\r
 500           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))\r
 501       {\r
 502         message.append("\n\n!! Jalview version "\r
 503                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")\r
 504                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");\r
 505 \r
 506       }\r
 507 \r
 508       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +\r
 509             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +\r
 510             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +\r
 511             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +\r
 512             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +\r
 513             "\nBioinformatics,  2004 12;426-7.");\r
 514 \r
 515         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 516 \r
 517            message.toString(), "About Jalview",\r
 518             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 519     }\r
 520 \r
 521     /**\r
 522      * DOCUMENT ME!\r
 523      *\r
 524      * @param e DOCUMENT ME!\r
 525      */\r
 526     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 527     {\r
 528         try\r
 529         {\r
 530             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();\r
 531             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");\r
 532             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);\r
 533 \r
 534             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();\r
 535             hb.setCurrentID("home");\r
 536             hb.setDisplayed(true);\r
 537         }\r
 538         catch (Exception ex)\r
 539         {\r
 540             ex.printStackTrace();\r
 541         }\r
 542     }\r
 543 \r
 544     /**\r
 545      * DOCUMENT ME!\r
 546      *\r
 547      * @param e DOCUMENT ME!\r
 548      */\r
 549     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 550     {\r
 551         new Preferences();\r
 552     }\r
 553 \r
 554     /**\r
 555      * DOCUMENT ME!\r
 556      *\r
 557      * @param e DOCUMENT ME!\r
 558      */\r
 559     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 560     {\r
 561         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 562                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },\r
 563                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");\r
 564 \r
 565         chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 566         chooser.setDialogTitle("Save State");\r
 567 \r
 568         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 569 \r
 570         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 571         {\r
 572             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();\r
 573             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());\r
 574             new Jalview2XML().SaveState(choice);\r
 575         }\r
 576     }\r
 577 \r
 578     /**\r
 579      * DOCUMENT ME!\r
 580      *\r
 581      * @param e DOCUMENT ME!\r
 582      */\r
 583     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 584     {\r
 585         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 586                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },\r
 587                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");\r
 588         chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 589         chooser.setDialogTitle("Restore state");\r
 590 \r
 591         int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 592 \r
 593         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 594         {\r
 595             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();\r
 596             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 597                 chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 598             new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(choice);\r
 599         }\r
 600     }\r
 601 \r
 602   /*  public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 603     {\r
 604       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 605           getProperty("LAST_DIRECTORY"));\r
 606 \r
 607       chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 608       chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");\r
 609       chooser.setToolTipText("Import");\r
 610 \r
 611       int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 612 \r
 613       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 614       {\r
 615         jalview.io.VamsasDatastore vs = new jalview.io.VamsasDatastore(null);\r
 616         vs.load(\r
 617             chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath()\r
 618             );\r
 619       }\r
 620 \r
 621     }*/\r
 622 \r
 623 \r
 624     public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 625     {\r
 626       SequenceFetcher sf = new SequenceFetcher(null);\r
 627     }\r
 628 }\r
 629 \r