src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.io.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.datatransfer.*;
  25 import java.awt.dnd.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import javax.swing.*;
  29
  30
  31 /**
  32  * DOCUMENT ME!
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
  38     implements DropTargetListener
  39 {
  40     /** DOCUMENT ME!! */
  41     public static JDesktopPane desktop;
  42     static int openFrameCount = 0;
  43     static final int xOffset = 30;
  44     static final int yOffset = 30;
  45     public static jalview.ws.Discoverer discoverer;
  46
  47     public static Object [] jalviewClipboard;
  48
  49
  50     /**
  51      * Creates a new Desktop object.
  52      */
  53     public Desktop()
  54     {
  55         Image image = null;
  56
  57
  58         try
  59         {
  60             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");
  61
  62             if (url != null)
  63             {
  64                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  65
  66                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
  67                 mt.addImage(image, 0);
  68                 mt.waitForID(0);
  69                 setIconImage(image);
  70             }
  71         }
  72         catch (Exception ex)
  73         {
  74         }
  75
  76         setTitle("Jalview "+jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
  77         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  78         desktop = new JDesktopPane();
  79         desktop.setBackground(Color.white);
  80         setContentPane(desktop);
  81         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
  82
  83         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
  84         // if previous window was maximised
  85         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());
  86
  87         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
  88         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");
  89         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");
  90         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");
  91         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");
  92
  93         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
  94         {
  95             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),
  96                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));
  97         }
  98         else
  99         {
 100             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,
 101                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 102         }
 103
 104         this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 105             {
 106                 public void windowClosing(WindowEvent evt)
 107                 {
 108                     quit();
 109                 }
 110             });
 111
 112         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 113
 114         /////////Add a splashscreen on startup
 115         /////////Add a splashscreen on startup
 116         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
 117
 118         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);
 119         frame.setContentPane(splash);
 120         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 121         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),
 122             (int) ((getHeight() - 160) / 2));
 123
 124         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);
 125
 126         discoverer=new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.
 127
 128     }
 129
 130     /**
 131      * DOCUMENT ME!
 132      *
 133      * @param frame DOCUMENT ME!
 134      * @param title DOCUMENT ME!
 135      * @param w DOCUMENT ME!
 136      * @param h DOCUMENT ME!
 137      */
 138     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 139         String title, int w, int h)
 140     {
 141         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 142     }
 143
 144     /**
 145      * DOCUMENT ME!
 146      *
 147      * @param frame DOCUMENT ME!
 148      * @param title DOCUMENT ME!
 149      * @param w DOCUMENT ME!
 150      * @param h DOCUMENT ME!
 151      * @param resizable DOCUMENT ME!
 152      */
 153     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 154         String title, int w, int h, boolean resizable)
 155     {
 156
 157       frame.setTitle(title);
 158       if(frame.getWidth()<1 || frame.getHeight()<1)
 159       {
 160         frame.setSize(w, h);
 161       }
 162       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 163       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 164       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 165       /////////////////////////////////////////////////
 166       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 167           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 168       {
 169         return;
 170       }
 171
 172
 173         openFrameCount++;
 174
 175         frame.setVisible(true);
 176         frame.setClosable(true);
 177         frame.setResizable(resizable);
 178         frame.setMaximizable(resizable);
 179         frame.setIconifiable(resizable);
 180         frame.setFrameIcon(null);
 181
 182         if (frame.getX()<1 && frame.getY()<1)
 183        {
 184          frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * ((openFrameCount-1)%10)+yOffset);
 185        }
 186
 187         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 188         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 189             {
 190               public void internalFrameActivated(javax.swing.event.
 191                                                  InternalFrameEvent evt)
 192               {
 193                 JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 194                 if (itf != null)
 195                   itf.requestFocus();
 196
 197               }
 198
 199                 public void internalFrameClosed(
 200                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 201                 {
 202                     openFrameCount--;
 203                     windowMenu.remove(menuItem);
 204                     JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 205                        if (itf != null)
 206                         itf.requestFocus();
 207                 }
 208                 ;
 209             });
 210
 211         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 212             {
 213                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 214                 {
 215                     try
 216                     {
 217                         frame.setSelected(true);
 218                         frame.setIcon(false);
 219                     }
 220                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 221                     {
 222
 223                     }
 224                 }
 225             });
 226
 227         windowMenu.add(menuItem);
 228
 229         desktop.add(frame);
 230         frame.toFront();
 231         try{
 232           frame.setSelected(true);
 233           frame.requestFocus();
 234         }catch(java.beans.PropertyVetoException ve)
 235         {}
 236     }
 237
 238
 239     /**
 240      * DOCUMENT ME!
 241      *
 242      * @param evt DOCUMENT ME!
 243      */
 244     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 245     {
 246     }
 247
 248     /**
 249      * DOCUMENT ME!
 250      *
 251      * @param evt DOCUMENT ME!
 252      */
 253     public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 254     {
 255     }
 256
 257     /**
 258      * DOCUMENT ME!
 259      *
 260      * @param evt DOCUMENT ME!
 261      */
 262     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 263     {
 264     }
 265
 266     /**
 267      * DOCUMENT ME!
 268      *
 269      * @param evt DOCUMENT ME!
 270      */
 271     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 272     {
 273     }
 274
 275     /**
 276      * DOCUMENT ME!
 277      *
 278      * @param evt DOCUMENT ME!
 279      */
 280     public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 281     {
 282         Transferable t = evt.getTransferable();
 283
 284         if (!t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 285         {
 286             return;
 287         }
 288
 289         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 290
 291         try
 292         {
 293             java.util.List files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 294
 295             for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 296             {
 297                 String file = files.get(i).toString();
 298                 String protocol = "File";
 299                 String format = null;
 300
 301                 if (file.endsWith(".jar"))
 302                 {
 303                   format = "Jalview";
 304
 305                 }
 306                 else
 307                 {
 308                     format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,
 309                             protocol);
 310                 }
 311                 LoadFile(file, protocol, format);
 312             }
 313         }
 314         catch (Exception ex)
 315         {
 316             ex.printStackTrace();
 317         }
 318     }
 319
 320     /**
 321      * DOCUMENT ME!
 322      *
 323      * @param e DOCUMENT ME!
 324      */
 325     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 326     {
 327         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 328                     "LAST_DIRECTORY"),
 329                 new String[]
 330                 {
 331                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",
 332                     "jar"
 333                 },
 334                 new String[]
 335                 {
 336                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"
 337                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 338
 339         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 340         chooser.setDialogTitle("Open local file");
 341         chooser.setToolTipText("Open");
 342
 343         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 344
 345         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 346         {
 347             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 348             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 349                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 350
 351             String format = null;
 352             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 353             {
 354               format = "Jalview";
 355             }
 356             else
 357             {
 358                 format = IdentifyFile.Identify(choice, "File");
 359             }
 360
 361             jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);
 362             LoadFile(choice, "File", format);
 363         }
 364     }
 365
 366     /**
 367      * DOCUMENT ME!
 368      *
 369      * @param file DOCUMENT ME!
 370      * @param protocol DOCUMENT ME!
 371      * @param format DOCUMENT ME!
 372      */
 373     public void LoadFile(String file, String protocol, String format)
 374     {
 375       FileLoader fileLoader = new FileLoader();
 376       fileLoader.LoadFile(file, protocol, format);
 377     }
 378
 379     /**
 380      * DOCUMENT ME!
 381      *
 382      * @param e DOCUMENT ME!
 383      */
 384     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 385     {
 386         Object reply = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,
 387                 "Enter url of input file", "Input alignment from URL",
 388                 JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, null, null, "http://www.");
 389
 390         if (reply == null)
 391         {
 392             return;
 393         }
 394
 395         String url = reply.toString().trim();
 396
 397         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
 398         {
 399                jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", "Jalview");
 400                Jalview2XML.LoadJalviewAlign(url);
 401         }
 402         else
 403         {
 404
 405           String format = IdentifyFile.Identify(url, "URL");
 406
 407           if (format.equals("URL NOT FOUND"))
 408           {
 409             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 410                                                   "Couldn't locate " + url,
 411                                                   "URL not found",
 412                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 413
 414             return;
 415           }
 416
 417           LoadFile(url, "URL", format);
 418         }
 419     }
 420
 421     /**
 422      * DOCUMENT ME!
 423      *
 424      * @param e DOCUMENT ME!
 425      */
 426     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 427     {
 428         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 429         cap.setForInput();
 430         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
 431     }
 432
 433     /*
 434      * Exit the program
 435      */
 436     public void quit()
 437     {
 438         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");
 439         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");
 440         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");
 441         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");
 442         System.exit(0);
 443     }
 444
 445     /**
 446      * DOCUMENT ME!
 447      *
 448      * @param e DOCUMENT ME!
 449      */
 450     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 451     {
 452       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView version " +
 453                                               jalview.bin.Cache.getProperty(
 454           "VERSION") +
 455                                               "; last updated: " +
 456                                               jalview.bin.
 457                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
 458
 459       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
 460           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
 461       {
 462         message.append("\n\n!! Jalview version "
 463                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
 464                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");
 465
 466       }
 467
 468       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +
 469             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +
 470             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +
 471             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +
 472             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +
 473             "\nBioinformatics,  2004 12;426-7.");
 474
 475         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 476
 477            message.toString(), "About Jalview",
 478             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 479     }
 480
 481     /**
 482      * DOCUMENT ME!
 483      *
 484      * @param e DOCUMENT ME!
 485      */
 486     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 487     {
 488         try
 489         {
 490             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
 491             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
 492             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
 493
 494             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
 495             hb.setCurrentID("home");
 496             hb.setDisplayed(true);
 497         }
 498         catch (Exception ex)
 499         {
 500             ex.printStackTrace();
 501         }
 502     }
 503
 504     /**
 505      * DOCUMENT ME!
 506      *
 507      * @param e DOCUMENT ME!
 508      */
 509     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
 510     {
 511         new Preferences();
 512     }
 513
 514     /**
 515      * DOCUMENT ME!
 516      *
 517      * @param e DOCUMENT ME!
 518      */
 519     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
 520     {
 521         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 522                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 523                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 524
 525         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 526         chooser.setDialogTitle("Save State");
 527
 528         int value = chooser.showSaveDialog(this);
 529
 530         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 531         {
 532             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
 533             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 534             Jalview2XML.SaveState(choice);
 535         }
 536     }
 537
 538     /**
 539      * DOCUMENT ME!
 540      *
 541      * @param e DOCUMENT ME!
 542      */
 543     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
 544     {
 545         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 546                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 547                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 548         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 549         chooser.setDialogTitle("Restore state");
 550
 551         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 552
 553         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 554         {
 555             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
 556             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 557                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 558             Jalview2XML.LoadJalviewAlign(choice);
 559         }
 560     }
 561
 562   /*  public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)
 563     {
 564       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 565           getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 566
 567       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 568       chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
 569       chooser.setToolTipText("Import");
 570
 571       int value = chooser.showOpenDialog(this);
 572
 573       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 574       {
 575         jalview.io.VamsasDatastore vs = new jalview.io.VamsasDatastore(null);
 576         vs.load(
 577             chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath()
 578             );
 579       }
 580
 581     }*/
 582
 583
 584     public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
 585     {
 586       SequenceFetcher sf = new SequenceFetcher(null);
 587     }
 588 }
 589