src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.bin.Jalview;
  27 import jalview.io.FileLoader;
  28 import jalview.io.FormatAdapter;
  29 import jalview.io.IdentifyFile;
  30 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  31 import jalview.io.JalviewFileView;
  32 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  33 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  34 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  35 import jalview.util.ImageMaker;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37 import jalview.util.Platform;
  38 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  39 import jalview.ws.params.ParamManager;
  40
  41 import java.awt.BorderLayout;
  42 import java.awt.Color;
  43 import java.awt.Dimension;
  44 import java.awt.FontMetrics;
  45 import java.awt.Graphics;
  46 import java.awt.GridLayout;
  47 import java.awt.Point;
  48 import java.awt.Rectangle;
  49 import java.awt.Toolkit;
  50 import java.awt.Window;
  51 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  52 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  53 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  54 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  55 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  56 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  57 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  58 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  59 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  60 import java.awt.event.ActionEvent;
  61 import java.awt.event.ActionListener;
  62 import java.awt.event.FocusEvent;
  63 import java.awt.event.FocusListener;
  64 import java.awt.event.KeyEvent;
  65 import java.awt.event.MouseAdapter;
  66 import java.awt.event.MouseEvent;
  67 import java.awt.event.WindowAdapter;
  68 import java.awt.event.WindowEvent;
  69 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  70 import java.beans.PropertyChangeListener;
  71 import java.io.BufferedInputStream;
  72 import java.io.File;
  73 import java.io.FileOutputStream;
  74 import java.net.URL;
  75 import java.util.ArrayList;
  76 import java.util.Hashtable;
  77 import java.util.List;
  78 import java.util.StringTokenizer;
  79 import java.util.Vector;
  80 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  81 import java.util.concurrent.Executors;
  82 import java.util.concurrent.Semaphore;
  83
  84 import javax.swing.AbstractAction;
  85 import javax.swing.Box;
  86 import javax.swing.BoxLayout;
  87 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
  88 import javax.swing.DesktopManager;
  89 import javax.swing.JButton;
  90 import javax.swing.JCheckBox;
  91 import javax.swing.JComboBox;
  92 import javax.swing.JComponent;
  93 import javax.swing.JDesktopPane;
  94 import javax.swing.JFrame;
  95 import javax.swing.JInternalFrame;
  96 import javax.swing.JLabel;
  97 import javax.swing.JMenuItem;
  98 import javax.swing.JOptionPane;
  99 import javax.swing.JPanel;
 100 import javax.swing.JPopupMenu;
 101 import javax.swing.JProgressBar;
 102 import javax.swing.KeyStroke;
 103 import javax.swing.SwingUtilities;
 104 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
 105 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
 106 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
 107 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
 108 import javax.swing.event.MenuEvent;
 109 import javax.swing.event.MenuListener;
 110
 111 /**
 112  * Jalview Desktop
 113  *
 114  *
 115  * @author $author$
 116  * @version $Revision: 1.155 $
 117  */
 118 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop implements
 119         DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 120         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 121 {
 122
 123   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 124
 125   /**
 126    * news reader - null if it was never started.
 127    */
 128   private BlogReader jvnews = null;
 129
 130   private File projectFile;
 131
 132   /**
 133    * @param listener
 134    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 135    */
 136   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 137           PropertyChangeListener listener)
 138   {
 139     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 140   }
 141
 142   /**
 143    * @param propertyName
 144    * @param listener
 145    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 146    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 147    */
 148   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 149           PropertyChangeListener listener)
 150   {
 151     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 152   }
 153
 154   /**
 155    * @param propertyName
 156    * @param listener
 157    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 158    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 159    */
 160   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 161           PropertyChangeListener listener)
 162   {
 163     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 164             listener);
 165   }
 166
 167   /** Singleton Desktop instance */
 168   public static Desktop instance;
 169
 170   public static MyDesktopPane desktop;
 171
 172   static int openFrameCount = 0;
 173
 174   static final int xOffset = 30;
 175
 176   static final int yOffset = 30;
 177
 178   public static jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 179
 180   public static Object[] jalviewClipboard;
 181
 182   public static boolean internalCopy = false;
 183
 184   static int fileLoadingCount = 0;
 185
 186   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 187   {
 188
 189     private DesktopManager delegate;
 190
 191     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 192     {
 193       this.delegate = delegate;
 194     }
 195
 196     @Override
 197     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 198     {
 199       try
 200       {
 201         delegate.activateFrame(f);
 202       } catch (NullPointerException npe)
 203       {
 204         Point p = getMousePosition();
 205         instance.showPasteMenu(p.x, p.y);
 206       }
 207     }
 208
 209     @Override
 210     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 211     {
 212       delegate.beginDraggingFrame(f);
 213     }
 214
 215     @Override
 216     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 217     {
 218       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 219     }
 220
 221     @Override
 222     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 223     {
 224       delegate.closeFrame(f);
 225     }
 226
 227     @Override
 228     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 229     {
 230       delegate.deactivateFrame(f);
 231     }
 232
 233     @Override
 234     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 235     {
 236       delegate.deiconifyFrame(f);
 237     }
 238
 239     @Override
 240     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 241     {
 242       if (newY < 0)
 243       {
 244         newY = 0;
 245       }
 246       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 247     }
 248
 249     @Override
 250     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 251     {
 252       delegate.endDraggingFrame(f);
 253     }
 254
 255     @Override
 256     public void endResizingFrame(JComponent f)
 257     {
 258       delegate.endResizingFrame(f);
 259     }
 260
 261     @Override
 262     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 263     {
 264       delegate.iconifyFrame(f);
 265     }
 266
 267     @Override
 268     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 269     {
 270       delegate.maximizeFrame(f);
 271     }
 272
 273     @Override
 274     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 275     {
 276       delegate.minimizeFrame(f);
 277     }
 278
 279     @Override
 280     public void openFrame(JInternalFrame f)
 281     {
 282       delegate.openFrame(f);
 283     }
 284
 285     @Override
 286     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 287             int newHeight)
 288     {
 289       if (newY < 0)
 290       {
 291         newY = 0;
 292       }
 293       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 294     }
 295
 296     @Override
 297     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 298             int newWidth, int newHeight)
 299     {
 300       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 301     }
 302
 303     // All other methods, simply delegate
 304
 305   }
 306
 307   /**
 308    * Creates a new Desktop object.
 309    */
 310   public Desktop()
 311   {
 312     /**
 313      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
 314      * block are spawned off as threads rather than waited for during this
 315      * constructor.
 316      */
 317     instance = this;
 318     doVamsasClientCheck();
 319
 320     groovyShell = new JMenuItem();
 321     groovyShell.setText(MessageManager.getString("label.groovy_console"));
 322     groovyShell.addActionListener(new ActionListener()
 323     {
 324       @Override
 325       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 326       {
 327         groovyShell_actionPerformed();
 328       }
 329     });
 330     toolsMenu.add(groovyShell);
 331     groovyShell.setVisible(true);
 332
 333     doConfigureStructurePrefs();
 334     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
 335     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 336     boolean selmemusage = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE",
 337             false);
 338     boolean showjconsole = jalview.bin.Cache.getDefault(
 339             "SHOW_JAVA_CONSOLE", false);
 340     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
 341     if (Platform.isAMac())
 342     {
 343       desktop.setDoubleBuffered(false);
 344     }
 345     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 346     desktop.setBackground(Color.white);
 347     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 348     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 349     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 350     // sp.getViewport().setView(desktop);
 351     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 352     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
 353     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 354
 355     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 356     // if previous window was maximised
 357     desktop.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
 358             new DefaultDesktopManager()));
 359
 360     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 361     if (dims != null)
 362     {
 363       setBounds(dims);
 364     }
 365     else
 366     {
 367       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 368       setBounds((screenSize.width - 900) / 2,
 369               (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 370     }
 371     jconsole = new Console(this, showjconsole);
 372     // add essential build information
 373     jconsole.setHeader("Jalview Version: "
 374             + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "\n"
 375             + "Jalview Installation: "
 376             + jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown")
 377             + "\n" + "Build Date: "
 378             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown") + "\n"
 379             + "Java version: " + System.getProperty("java.version") + "\n"
 380             + System.getProperty("os.arch") + " "
 381             + System.getProperty("os.name") + " "
 382             + System.getProperty("os.version"));
 383
 384     showConsole(showjconsole);
 385
 386     showNews.setVisible(false);
 387
 388     checkURLLinks();
 389
 390     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 391     {
 392       @Override
 393       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 394       {
 395         quit();
 396       }
 397     });
 398
 399     MouseAdapter ma;
 400     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 401     {
 402       @Override
 403       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 404       {
 405         if (evt.isPopupTrigger()) // Mac
 406         {
 407           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 408         }
 409       }
 410
 411       @Override
 412       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 413       {
 414         if (evt.isPopupTrigger()) // Windows
 415         {
 416           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 417         }
 418       }
 419     });
 420     desktop.addMouseListener(ma);
 421
 422     this.addFocusListener(new FocusListener()
 423     {
 424
 425       @Override
 426       public void focusLost(FocusEvent e)
 427       {
 428         // TODO Auto-generated method stub
 429
 430       }
 431
 432       @Override
 433       public void focusGained(FocusEvent e)
 434       {
 435         Cache.log.debug("Relaying windows after focus gain");
 436         // make sure that we sort windows properly after we gain focus
 437         instance.relayerWindows();
 438       }
 439     });
 440     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 441     // Spawn a thread that shows the splashscreen
 442     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 443     {
 444       @Override
 445       public void run()
 446       {
 447         new SplashScreen();
 448       }
 449     });
 450
 451     // displayed.
 452     // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time it
 453     // takes to open it later on.
 454     new Thread(new Runnable()
 455     {
 456       @Override
 457       public void run()
 458       {
 459         Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 460         new JalviewFileChooser(
 461                 jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 462                 jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
 463                 jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
 464                 jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 465         Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 466       }
 467     }).start();
 468     // Add the service change listener
 469     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 470             new PropertyChangeListener()
 471             {
 472
 473               @Override
 474               public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 475               {
 476                 Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 477                         + evt.getNewValue());
 478                 JalviewServicesChanged(evt);
 479               }
 480
 481             });
 482   }
 483
 484   public void doConfigureStructurePrefs()
 485   {
 486     // configure services
 487     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 488             .getStructureSelectionManager(this);
 489     if (jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 490     {
 491       ssm.setAddTempFacAnnot(jalview.bin.Cache.getDefault(
 492               Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 493       ssm.setProcessSecondaryStructure(jalview.bin.Cache.getDefault(
 494               Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 495       ssm.setSecStructServices(jalview.bin.Cache.getDefault(
 496               Preferences.USE_RNAVIEW, true));
 497     }
 498     else
 499     {
 500       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 501       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 502       ssm.setSecStructServices(false);
 503     }
 504   }
 505
 506   public void checkForNews()
 507   {
 508     final Desktop me = this;
 509     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 510     addDialogThread(new Runnable()
 511     {
 512       @Override
 513       public void run()
 514       {
 515         Cache.log.debug("Starting news thread.");
 516
 517         jvnews = new BlogReader(me);
 518         showNews.setVisible(true);
 519         Cache.log.debug("Completed news thread.");
 520       }
 521     });
 522   }
 523
 524   @Override
 525   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 526   {
 527     showNews(showNews.isSelected());
 528   }
 529
 530   void showNews(boolean visible)
 531   {
 532     {
 533       Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 534       showNews.setSelected(visible);
 535       if (visible && !jvnews.isVisible())
 536       {
 537         new Thread(new Runnable()
 538         {
 539           @Override
 540           public void run()
 541           {
 542             long now = System.currentTimeMillis();
 543             Desktop.instance.setProgressBar(
 544                     MessageManager.getString("status.refreshing_news"), now);
 545             jvnews.refreshNews();
 546             Desktop.instance.setProgressBar(null, now);
 547             jvnews.showNews();
 548           }
 549         }).start();
 550       }
 551     }
 552   }
 553
 554   /**
 555    * recover the last known dimensions for a jalview window
 556    *
 557    * @param windowName
 558    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 559    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 560    *         window geom was known)
 561    */
 562   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 563   {
 564     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 565     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 566     String x = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 567     String y = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 568     String width = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 569             + "SCREEN_WIDTH");
 570     String height = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 571             + "SCREEN_HEIGHT");
 572     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 573     {
 574       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y), iw = Integer
 575               .parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 576       if (jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 577       {
 578         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 579         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 580         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 581         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer
 582                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 583                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 584         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer
 585                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 586                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 587         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 588         ix = (int) (ix * sw);
 589         iw = (int) (iw * sw);
 590         iy = (int) (iy * sh);
 591         ih = (int) (ih * sh);
 592         while (ix >= screenSize.width)
 593         {
 594           jalview.bin.Cache.log
 595                   .debug("Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 596           ix -= screenSize.width;
 597         }
 598         while (iy >= screenSize.height)
 599         {
 600           jalview.bin.Cache.log
 601                   .debug("Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 602           iy -= screenSize.height;
 603         }
 604         jalview.bin.Cache.log.debug("Got last known dimensions for "
 605                 + windowName + ": x:" + ix + " y:" + iy + " width:" + iw
 606                 + " height:" + ih);
 607       }
 608       // return dimensions for new instance
 609       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 610     }
 611     return null;
 612   }
 613
 614   private void doVamsasClientCheck()
 615   {
 616     if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 617     {
 618       setupVamsasDisconnectedGui();
 619       VamsasMenu.setVisible(true);
 620       final Desktop us = this;
 621       VamsasMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 622       {
 623         // this listener remembers when the menu was first selected, and
 624         // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 625         // reselected again.
 626         boolean refresh = true;
 627
 628         @Override
 629         public void menuCanceled(MenuEvent e)
 630         {
 631           refresh = true;
 632         }
 633
 634         @Override
 635         public void menuDeselected(MenuEvent e)
 636         {
 637           refresh = true;
 638         }
 639
 640         @Override
 641         public void menuSelected(MenuEvent e)
 642         {
 643           if (refresh)
 644           {
 645             us.buildVamsasStMenu();
 646             refresh = false;
 647           }
 648         }
 649       });
 650       vamsasStart.setVisible(true);
 651     }
 652   }
 653
 654   void showPasteMenu(int x, int y)
 655   {
 656     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 657     JMenuItem item = new JMenuItem(
 658             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 659     item.addActionListener(new ActionListener()
 660     {
 661       @Override
 662       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 663       {
 664         paste();
 665       }
 666     });
 667
 668     popup.add(item);
 669     popup.show(this, x, y);
 670   }
 671
 672   public void paste()
 673   {
 674     try
 675     {
 676       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 677       Transferable contents = c.getContents(this);
 678
 679       if (contents != null)
 680       {
 681         String file = (String) contents
 682                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 683
 684         String format = new IdentifyFile().identify(file,
 685                 FormatAdapter.PASTE);
 686
 687         new FileLoader().LoadFile(file, FormatAdapter.PASTE, format);
 688
 689       }
 690     } catch (Exception ex)
 691     {
 692       System.out
 693               .println("Unable to paste alignment from system clipboard:\n"
 694                       + ex);
 695     }
 696   }
 697
 698   /**
 699    * Adds and opens the given frame to the desktop
 700    *
 701    * @param frame
 702    *          Frame to show
 703    * @param title
 704    *          Visible Title
 705    * @param w
 706    *          width
 707    * @param h
 708    *          height
 709    */
 710   public static synchronized void addInternalFrame(
 711           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 712   {
 713     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, true);
 714   }
 715
 716   /**
 717    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 718    *
 719    * @param frame
 720    *          Frame to show
 721    * @param title
 722    *          Visible Title
 723    * @param makeVisible
 724    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 725    *          setVisible themselves.
 726    * @param w
 727    *          width
 728    * @param h
 729    *          height
 730    */
 731   public static synchronized void addInternalFrame(
 732           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 733           int w, int h)
 734   {
 735     addInternalFrame(frame, title, makeVisible, w, h, true);
 736   }
 737
 738   /**
 739    * Add an internal frame to the Jalview desktop and make it visible
 740    *
 741    * @param frame
 742    *          Frame to show
 743    * @param title
 744    *          Visible Title
 745    * @param w
 746    *          width
 747    * @param h
 748    *          height
 749    * @param resizable
 750    *          Allow resize
 751    */
 752   public static synchronized void addInternalFrame(
 753           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 754           boolean resizable)
 755   {
 756     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, resizable);
 757   }
 758
 759   /**
 760    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 761    *
 762    * @param frame
 763    *          Frame to show
 764    * @param title
 765    *          Visible Title
 766    * @param makeVisible
 767    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 768    *          setVisible themselves.
 769    * @param w
 770    *          width
 771    * @param h
 772    *          height
 773    * @param resizable
 774    *          Allow resize
 775    */
 776   public static synchronized void addInternalFrame(
 777           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 778           int w, int h, boolean resizable)
 779   {
 780
 781     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 782     // bounds object).
 783     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 784     // the current window title
 785
 786     frame.setTitle(title);
 787     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 788     {
 789       frame.setSize(w, h);
 790     }
 791     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 792     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 793     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 794     // ///////////////////////////////////////////////
 795     if (instance == null
 796             || (System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 797                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 798     {
 799       return;
 800     }
 801
 802     openFrameCount++;
 803
 804     frame.setVisible(makeVisible);
 805     frame.setClosable(true);
 806     frame.setResizable(resizable);
 807     frame.setMaximizable(resizable);
 808     frame.setIconifiable(resizable);
 809     if (Platform.isAMac())
 810     {
 811       frame.setIconifiable(false);
 812       frame.setFrameIcon(null);
 813       // frame.setDesktopIcon(null);
 814       frame.setDoubleBuffered(false);
 815     }
 816     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 817     {
 818       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset
 819               * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 820     }
 821
 822     /*
 823      * add an entry for the new frame in the Window menu
 824      * (and remove it when the frame is closed)
 825      */
 826     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 827     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 828     {
 829       @Override
 830       public void internalFrameActivated(InternalFrameEvent evt)
 831       {
 832         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 833         if (itf != null)
 834         {
 835           itf.requestFocus();
 836         }
 837       }
 838
 839       @Override
 840       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 841       {
 842         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 843
 844         /*
 845          * defensive check to prevent frames being
 846          * added half off the window
 847          */
 848         if (openFrameCount > 0)
 849         {
 850           openFrameCount--;
 851         }
 852
 853         /*
 854          * ensure no reference to alignFrame retained by menu item listener
 855          */
 856         if (menuItem.getActionListeners().length > 0)
 857         {
 858           menuItem.removeActionListener(menuItem.getActionListeners()[0]);
 859         }
 860         windowMenu.remove(menuItem);
 861         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 862         if (itf != null)
 863         {
 864           itf.requestFocus();
 865           if (itf instanceof AlignFrame)
 866           {
 867             Jalview.setCurrentAlignFrame((AlignFrame) itf);
 868           }
 869         }
 870         System.gc();
 871       };
 872     });
 873
 874     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 875     {
 876       @Override
 877       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 878       {
 879         try
 880         {
 881           frame.setSelected(true);
 882           frame.setIcon(false);
 883         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 884         {
 885
 886         }
 887       }
 888     });
 889
 890     windowMenu.add(menuItem);
 891
 892     desktop.add(frame);
 893     frame.toFront();
 894     try
 895     {
 896       frame.setSelected(true);
 897       frame.requestFocus();
 898     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 899     {
 900     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
 901     {
 902       Cache.log
 903               .warn("Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
 904                       cex);
 905     }
 906   }
 907
 908   @Override
 909   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 910   {
 911     if (!internalCopy)
 912     {
 913       Desktop.jalviewClipboard = null;
 914     }
 915
 916     internalCopy = false;
 917   }
 918
 919   @Override
 920   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 921   {
 922   }
 923
 924   @Override
 925   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 926   {
 927   }
 928
 929   @Override
 930   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 931   {
 932   }
 933
 934   @Override
 935   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 936   {
 937   }
 938
 939   /**
 940    * DOCUMENT ME!
 941    *
 942    * @param evt
 943    *          DOCUMENT ME!
 944    */
 945   @Override
 946   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 947   {
 948     boolean success = true;
 949     // JAL-1552 - acceptDrop required before getTransferable call for
 950     // Java's Transferable for native dnd
 951     evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 952     Transferable t = evt.getTransferable();
 953     java.util.List<String> files = new ArrayList<String>();
 954     java.util.List<String> protocols = new ArrayList<String>();
 955
 956     try
 957     {
 958       Desktop.transferFromDropTarget(files, protocols, evt, t);
 959     } catch (Exception e)
 960     {
 961       e.printStackTrace();
 962       success = false;
 963     }
 964
 965     if (files != null)
 966     {
 967       try
 968       {
 969         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 970         {
 971           String file = files.get(i).toString();
 972           String protocol = (protocols == null) ? FormatAdapter.FILE
 973                   : (String) protocols.get(i);
 974           String format = null;
 975
 976           if (file.endsWith(".jar"))
 977           {
 978             format = "Jalview";
 979
 980           }
 981           else
 982           {
 983             format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 984           }
 985
 986           new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 987
 988         }
 989       } catch (Exception ex)
 990       {
 991         success = false;
 992       }
 993     }
 994     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
 995                                // transfered to any new windows created
 996   }
 997
 998   /**
 999    * DOCUMENT ME!
1000    *
1001    * @param e
1002    *          DOCUMENT ME!
1003    */
1004   @Override
1005   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1006   {
1007     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1008             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
1009             jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
1010             jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
1011             jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
1012
1013     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1014     chooser.setDialogTitle(MessageManager
1015             .getString("label.open_local_file"));
1016     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
1017
1018     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1019
1020     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1021     {
1022       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
1023       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
1024               .getSelectedFile().getParent());
1025
1026       String format = null;
1027       if (chooser.getSelectedFormat() != null
1028               && chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
1029       {
1030         format = "Jalview";
1031       }
1032       else
1033       {
1034         format = new IdentifyFile().identify(choice, FormatAdapter.FILE);
1035       }
1036
1037       if (viewport != null)
1038       {
1039         new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE,
1040                 format);
1041       }
1042       else
1043       {
1044         new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);
1045       }
1046     }
1047   }
1048
1049   /**
1050    * DOCUMENT ME!
1051    *
1052    * @param e
1053    *          DOCUMENT ME!
1054    */
1055   @Override
1056   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1057   {
1058     // This construct allows us to have a wider textfield
1059     // for viewing
1060     JLabel label = new JLabel(
1061             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
1062     final JComboBox history = new JComboBox();
1063
1064     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
1065     panel.add(label);
1066     panel.add(history);
1067     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
1068     history.setEditable(true);
1069     history.addItem("http://www.");
1070
1071     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
1072
1073     StringTokenizer st;
1074
1075     if (historyItems != null)
1076     {
1077       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
1078
1079       while (st.hasMoreTokens())
1080       {
1081         history.addItem(st.nextElement());
1082       }
1083     }
1084
1085     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop, panel,
1086             MessageManager.getString("label.input_alignment_from_url"),
1087             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
1088
1089     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
1090     {
1091       return;
1092     }
1093
1094     String url = history.getSelectedItem().toString();
1095
1096     if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
1097     {
1098       if (viewport != null)
1099       {
1100         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL,
1101                 "Jalview");
1102       }
1103       else
1104       {
1105         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
1106       }
1107     }
1108     else
1109     {
1110       String format = new IdentifyFile().identify(url, FormatAdapter.URL);
1111
1112       if (format.equals("URL NOT FOUND"))
1113       {
1114         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1115                 MessageManager.formatMessage("label.couldnt_locate",
1116                         new Object[] { url }), MessageManager
1117                         .getString("label.url_not_found"),
1118                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1119
1120         return;
1121       }
1122
1123       if (viewport != null)
1124       {
1125         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);
1126       }
1127       else
1128       {
1129         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);
1130       }
1131     }
1132   }
1133
1134   /**
1135    * Opens the CutAndPaste window for the user to paste an alignment in to
1136    *
1137    * @param viewPanel
1138    *          - if not null, the pasted alignment is added to the current
1139    *          alignment; if null, to a new alignment window
1140    */
1141   @Override
1142   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(
1143           AlignmentViewPanel viewPanel)
1144   {
1145     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1146     cap.setForInput(viewPanel);
1147     Desktop.addInternalFrame(cap,
1148             MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"),
1149             true, 600, 500);
1150   }
1151
1152   /*
1153    * Exit the program
1154    */
1155   @Override
1156   public void quit()
1157   {
1158     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1159     jalview.bin.Cache
1160             .setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH", screen.width + "");
1161     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT", screen.height
1162             + "");
1163     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x,
1164             getBounds().y, getWidth(), getHeight()));
1165
1166     if (jconsole != null)
1167     {
1168       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1169       jconsole.stopConsole();
1170     }
1171     if (jvnews != null)
1172     {
1173       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1174
1175     }
1176     if (dialogExecutor != null)
1177     {
1178       dialogExecutor.shutdownNow();
1179     }
1180     closeAll_actionPerformed(null);
1181
1182     if (groovyConsole != null)
1183     {
1184       // suppress a possible repeat prompt to save script
1185       groovyConsole.setDirty(false);
1186       groovyConsole.exit();
1187     }
1188     System.exit(0);
1189   }
1190
1191   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1192   {
1193     jalview.bin.Cache.log.debug("Storing last known dimensions for "
1194             + string + ": x:" + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width
1195             + " height:" + jc.height);
1196
1197     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1198     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1199     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1200     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1201   }
1202
1203   /**
1204    * DOCUMENT ME!
1205    *
1206    * @param e
1207    *          DOCUMENT ME!
1208    */
1209   @Override
1210   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1211   {
1212     // StringBuffer message = getAboutMessage(false);
1213     // JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1214     //
1215     // message.toString(), "About Jalview", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1216     new Thread(new Runnable()
1217     {
1218       @Override
1219       public void run()
1220       {
1221         new SplashScreen(true);
1222       }
1223     }).start();
1224   }
1225
1226   public StringBuffer getAboutMessage(boolean shortv)
1227   {
1228     StringBuffer message = new StringBuffer();
1229     message.append("<html>");
1230     if (shortv)
1231     {
1232       message.append("<h1><strong>Version: "
1233               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "</strong></h1>");
1234       message.append("<strong>Last Updated: <em>"
1235               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
1236               + "</em></strong>");
1237
1238     }
1239     else
1240     {
1241
1242       message.append("<strong>Version "
1243               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1244               + "; last updated: "
1245               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1246     }
1247
1248     if (jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking").equals(
1249             "Checking"))
1250     {
1251       message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1252     }
1253     else if (!jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1254             .equals(jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
1255     {
1256       boolean red = false;
1257       if (jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1258               .indexOf("automated build") == -1)
1259       {
1260         red = true;
1261         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1262         // version is not a development build
1263         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1264       }
1265
1266       message.append("<br>!! Version "
1267               + jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION",
1268                       "..Checking..")
1269               + " is available for download from "
1270               + jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
1271                       "http://www.jalview.org") + " !!");
1272       if (red)
1273       {
1274         message.append("</div>");
1275       }
1276     }
1277     message.append("<br>Authors:  "
1278             + jalview.bin.Cache
1279                     .getDefault("AUTHORFNAMES",
1280                             "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)")
1281             + "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
1282             + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
1283             + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
1284             + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
1285             + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
1286             + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033"
1287             + "</html>");
1288     return message;
1289   }
1290
1291   /**
1292    * DOCUMENT ME!
1293    *
1294    * @param e
1295    *          DOCUMENT ME!
1296    */
1297   @Override
1298   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1299   {
1300     try
1301     {
1302       Help.showHelpWindow();
1303     } catch (Exception ex)
1304     {
1305     }
1306   }
1307
1308   @Override
1309   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1310   {
1311     // TODO show a progress bar while closing?
1312     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1313     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1314     {
1315       try
1316       {
1317         frames[i].setClosed(true);
1318       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1319       {
1320       }
1321     }
1322     Jalview.setCurrentAlignFrame(null);
1323     System.out.println("ALL CLOSED");
1324     if (v_client != null)
1325     {
1326       // TODO clear binding to vamsas document objects on close_all
1327     }
1328
1329     /*
1330      * reset state of singleton objects as appropriate (clear down session state
1331      * when all windows are closed)
1332      */
1333     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
1334             .getStructureSelectionManager(this);
1335     if (ssm != null)
1336     {
1337       ssm.resetAll();
1338     }
1339     System.gc();
1340   }
1341
1342   @Override
1343   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1344   {
1345     reorderAssociatedWindows(false, false);
1346   }
1347
1348   @Override
1349   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1350   {
1351     reorderAssociatedWindows(true, false);
1352   }
1353
1354   void closeAssociatedWindows()
1355   {
1356     reorderAssociatedWindows(false, true);
1357   }
1358
1359   /*
1360    * (non-Javadoc)
1361    *
1362    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1363    * ActionEvent)
1364    */
1365   @Override
1366   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1367   {
1368     // We simply collect the garbage
1369     jalview.bin.Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1370     System.gc();
1371     jalview.bin.Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1372   }
1373
1374   /*
1375    * (non-Javadoc)
1376    *
1377    * @see
1378    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1379    * )
1380    */
1381   @Override
1382   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1383   {
1384     desktop.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1385   }
1386
1387   /*
1388    * (non-Javadoc)
1389    *
1390    * @see
1391    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1392    * )
1393    */
1394   @Override
1395   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1396   {
1397     showConsole(showConsole.isSelected());
1398   }
1399
1400   Console jconsole = null;
1401
1402   /**
1403    * control whether the java console is visible or not
1404    *
1405    * @param selected
1406    */
1407   void showConsole(boolean selected)
1408   {
1409     showConsole.setSelected(selected);
1410     // TODO: decide if we should update properties file
1411     Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE", Boolean.valueOf(selected)
1412             .toString());
1413     jconsole.setVisible(selected);
1414   }
1415
1416   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1417   {
1418     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1419     if (frames == null || frames.length < 1)
1420     {
1421       return;
1422     }
1423
1424     AlignmentViewport source = null, target = null;
1425     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1426     {
1427       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1428     }
1429     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1430     {
1431       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1432     }
1433     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1434     {
1435       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1436     }
1437     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1438     {
1439       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1440     }
1441
1442     if (source != null)
1443     {
1444       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1445       {
1446         target = null;
1447         if (frames[i] == null)
1448         {
1449           continue;
1450         }
1451         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1452         {
1453           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1454         }
1455         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1456         {
1457           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1458         }
1459         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1460         {
1461           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1462         }
1463         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1464         {
1465           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1466         }
1467
1468         if (source == target)
1469         {
1470           try
1471           {
1472             if (close)
1473             {
1474               frames[i].setClosed(true);
1475             }
1476             else
1477             {
1478               frames[i].setIcon(minimize);
1479               if (!minimize)
1480               {
1481                 frames[i].toFront();
1482               }
1483             }
1484
1485           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1486           {
1487           }
1488         }
1489       }
1490     }
1491   }
1492
1493   /**
1494    * DOCUMENT ME!
1495    *
1496    * @param e
1497    *          DOCUMENT ME!
1498    */
1499   @Override
1500   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1501   {
1502     new Preferences();
1503   }
1504
1505   /**
1506    * DOCUMENT ME!
1507    *
1508    * @param e
1509    *          DOCUMENT ME!
1510    */
1511   @Override
1512   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
1513   {
1514     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1515             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
1516             new String[] { "jvp" }, new String[] { "Jalview Project" },
1517             "Jalview Project");
1518
1519     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1520     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1521
1522     int value = chooser.showSaveDialog(this);
1523
1524     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1525     {
1526       final Desktop me = this;
1527       final java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
1528       setProjectFile(choice);
1529
1530       new Thread(new Runnable()
1531       {
1532         @Override
1533         public void run()
1534         {
1535           // TODO: refactor to Jalview desktop session controller action.
1536           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1537                   "label.saving_jalview_project",
1538                   new Object[] { choice.getName() }), choice.hashCode());
1539           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1540                   choice.getParent());
1541           // TODO catch and handle errors for savestate
1542           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1543           try
1544           {
1545             new Jalview2XML().saveState(choice);
1546           } catch (OutOfMemoryError oom)
1547           {
1548             new OOMWarning("Whilst saving current state to "
1549                     + choice.getName(), oom);
1550           } catch (Exception ex)
1551           {
1552             Cache.log.error(
1553                     "Problems whilst trying to save to " + choice.getName(),
1554                     ex);
1555             JOptionPane.showMessageDialog(me, MessageManager.formatMessage(
1556                     "label.error_whilst_saving_current_state_to",
1557                     new Object[] { choice.getName() }), MessageManager
1558                     .getString("label.couldnt_save_project"),
1559                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1560           }
1561           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1562         }
1563       }).start();
1564     }
1565   }
1566
1567   private void setProjectFile(File choice)
1568   {
1569     this.projectFile = choice;
1570   }
1571
1572   public File getProjectFile()
1573   {
1574     return this.projectFile;
1575   }
1576
1577   /**
1578    * DOCUMENT ME!
1579    *
1580    * @param e
1581    *          DOCUMENT ME!
1582    */
1583   @Override
1584   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
1585   {
1586     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1587             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[] {
1588                 "jvp", "jar" }, new String[] { "Jalview Project",
1589                 "Jalview Project (old)" }, "Jalview Project");
1590     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1591     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1592
1593     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1594
1595     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1596     {
1597       final File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1598       setProjectFile(selectedFile);
1599       final String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
1600       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1601               selectedFile.getParent());
1602       new Thread(new Runnable()
1603       {
1604         @Override
1605         public void run()
1606         {
1607           setProgressBar(
1608                   MessageManager.formatMessage(
1609                           "label.loading_jalview_project",
1610                           new Object[] { choice }), choice.hashCode());
1611           try
1612           {
1613             new Jalview2XML().loadJalviewAlign(choice);
1614           } catch (OutOfMemoryError oom)
1615           {
1616             new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1617           } catch (Exception ex)
1618           {
1619             Cache.log.error("Problems whilst loading project from "
1620                     + choice, ex);
1621             JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
1622                     .formatMessage(
1623                             "label.error_whilst_loading_project_from",
1624                             new Object[] { choice }), MessageManager
1625                     .getString("label.couldnt_load_project"),
1626                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1627           }
1628           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1629         }
1630       }).start();
1631     }
1632   }
1633
1634   @Override
1635   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1636   {
1637     new SequenceFetcher(this);
1638   }
1639
1640   JPanel progressPanel;
1641
1642   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<JPanel>();
1643
1644   public void startLoading(final String fileName)
1645   {
1646     if (fileLoadingCount == 0)
1647     {
1648       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager.formatMessage(
1649               "label.loading_file", new Object[] { fileName })));
1650     }
1651     fileLoadingCount++;
1652   }
1653
1654   private JPanel addProgressPanel(String string)
1655   {
1656     if (progressPanel == null)
1657     {
1658       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1659       totalProgressCount = 0;
1660       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1661     }
1662     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1663     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1664     progressBar.setIndeterminate(true);
1665
1666     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1667
1668     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1669     progressPanel.add(thisprogress);
1670     ((GridLayout) progressPanel.getLayout())
1671             .setRows(((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1672     ++totalProgressCount;
1673     instance.validate();
1674     return thisprogress;
1675   }
1676
1677   int totalProgressCount = 0;
1678
1679   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1680   {
1681     if (progressPanel != null)
1682     {
1683       synchronized (progressPanel)
1684       {
1685         progressPanel.remove(progbar);
1686         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1687         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1688         if (--totalProgressCount < 1)
1689         {
1690           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1691           progressPanel = null;
1692         }
1693       }
1694     }
1695     validate();
1696   }
1697
1698   public void stopLoading()
1699   {
1700     fileLoadingCount--;
1701     if (fileLoadingCount < 1)
1702     {
1703       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1704       {
1705         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1706       }
1707       fileLoadingPanels.clear();
1708       fileLoadingCount = 0;
1709     }
1710     validate();
1711   }
1712
1713   public static int getViewCount(String alignmentId)
1714   {
1715     AlignmentViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1716     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1717   }
1718
1719   /**
1720    *
1721    * @param alignmentId
1722    *          - if null, all sets are returned
1723    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1724    */
1725   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1726   {
1727     if (Desktop.desktop == null)
1728     {
1729       // no frames created and in headless mode
1730       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1731       return null;
1732     }
1733     List<AlignmentPanel> aps = new ArrayList<AlignmentPanel>();
1734     AlignFrame[] frames = getAlignFrames();
1735     if (frames == null)
1736     {
1737       return null;
1738     }
1739     for (AlignFrame af : frames)
1740     {
1741       for (AlignmentPanel ap : af.alignPanels)
1742       {
1743         if (alignmentId == null
1744                 || alignmentId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1745         {
1746           aps.add(ap);
1747         }
1748       }
1749     }
1750     if (aps.size() == 0)
1751     {
1752       return null;
1753     }
1754     AlignmentPanel[] vap = aps.toArray(new AlignmentPanel[aps.size()]);
1755     return vap;
1756   }
1757
1758   /**
1759    * get all the viewports on an alignment.
1760    *
1761    * @param sequenceSetId
1762    *          unique alignment id (may be null - all viewports returned in that
1763    *          case)
1764    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
1765    */
1766   public static AlignmentViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
1767   {
1768     List<AlignmentViewport> viewp = new ArrayList<AlignmentViewport>();
1769     if (desktop != null)
1770     {
1771       AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1772
1773       for (AlignFrame afr : frames)
1774       {
1775         if (sequenceSetId == null
1776                 || afr.getViewport().getSequenceSetId()
1777                         .equals(sequenceSetId))
1778         {
1779           if (afr.alignPanels != null)
1780           {
1781             for (AlignmentPanel ap : afr.alignPanels)
1782             {
1783               if (sequenceSetId == null
1784                       || sequenceSetId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1785               {
1786                 viewp.add(ap.av);
1787               }
1788             }
1789           }
1790           else
1791           {
1792             viewp.add(afr.getViewport());
1793           }
1794         }
1795       }
1796       if (viewp.size() > 0)
1797       {
1798         return viewp.toArray(new AlignmentViewport[viewp.size()]);
1799       }
1800     }
1801     return null;
1802   }
1803
1804   /**
1805    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame
1806    *
1807    * @param af
1808    */
1809   public static void explodeViews(AlignFrame af)
1810   {
1811     int size = af.alignPanels.size();
1812     if (size < 2)
1813     {
1814       return;
1815     }
1816
1817     for (int i = 0; i < size; i++)
1818     {
1819       AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(i);
1820       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
1821
1822       /*
1823        * Restore the view's last exploded frame geometry if known. Multiple
1824        * views from one exploded frame share and restore the same (frame)
1825        * position and size.
1826        */
1827       Rectangle geometry = ap.av.getExplodedGeometry();
1828       if (geometry != null)
1829       {
1830         newaf.setBounds(geometry);
1831       }
1832
1833       ap.av.setGatherViewsHere(false);
1834
1835       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
1836               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
1837     }
1838
1839     af.alignPanels.clear();
1840     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1841
1842   }
1843
1844   /**
1845    * Gather expanded views (separate AlignFrame's) with the same sequence set
1846    * identifier back in to this frame as additional views, and close the
1847    * expanded views. Note the expanded frames may themselves have multiple
1848    * views. We take the lot.
1849    *
1850    * @param source
1851    */
1852   public void gatherViews(AlignFrame source)
1853   {
1854     source.viewport.setGatherViewsHere(true);
1855     source.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
1856     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1857     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
1858
1859     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1860     {
1861       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
1862       {
1863         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
1864         boolean gatherThis = false;
1865         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
1866         {
1867           AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(a);
1868           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1869           {
1870             gatherThis = true;
1871             ap.av.setGatherViewsHere(false);
1872             ap.av.setExplodedGeometry(af.getBounds());
1873             source.addAlignmentPanel(ap, false);
1874           }
1875         }
1876
1877         if (gatherThis)
1878         {
1879           af.alignPanels.clear();
1880           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1881         }
1882       }
1883     }
1884
1885   }
1886
1887   jalview.gui.VamsasApplication v_client = null;
1888
1889   @Override
1890   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
1891   {
1892     if (v_client == null)
1893     {
1894       // Load and try to start a session.
1895       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1896               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
1897
1898       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1899       chooser.setDialogTitle(MessageManager
1900               .getString("label.open_saved_vamsas_session"));
1901       chooser.setToolTipText(MessageManager
1902               .getString("label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session"));
1903
1904       int value = chooser.showOpenDialog(this);
1905
1906       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1907       {
1908         String fle = chooser.getSelectedFile().toString();
1909         if (!vamsasImport(chooser.getSelectedFile()))
1910         {
1911           JOptionPane
1912                   .showInternalMessageDialog(
1913                           Desktop.desktop,
1914                           MessageManager.formatMessage(
1915                                   "label.couldnt_import_as_vamsas_session",
1916                                   new Object[] { fle }),
1917                           MessageManager
1918                                   .getString("label.vamsas_document_import_failed"),
1919                           JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1920         }
1921       }
1922     }
1923     else
1924     {
1925       jalview.bin.Cache.log
1926               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1927     }
1928   }
1929
1930   /**
1931    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1932    *
1933    * @param file
1934    * @return true if import was a success and a session was started.
1935    */
1936   public boolean vamsasImport(URL url)
1937   {
1938     // TODO: create progress bar
1939     if (v_client != null)
1940     {
1941
1942       jalview.bin.Cache.log
1943               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1944       return false;
1945     }
1946
1947     try
1948     {
1949       // copy the URL content to a temporary local file
1950       // TODO: be a bit cleverer here with nio (?!)
1951       File file = File.createTempFile("vdocfromurl", ".vdj");
1952       FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file);
1953       BufferedInputStream bis = new BufferedInputStream(url.openStream());
1954       byte[] buffer = new byte[2048];
1955       int ln;
1956       while ((ln = bis.read(buffer)) > -1)
1957       {
1958         fos.write(buffer, 0, ln);
1959       }
1960       bis.close();
1961       fos.close();
1962       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file,
1963               url.toExternalForm());
1964     } catch (Exception ex)
1965     {
1966       jalview.bin.Cache.log.error(
1967               "Failed to create new vamsas session from contents of URL "
1968                       + url, ex);
1969       return false;
1970     }
1971     setupVamsasConnectedGui();
1972     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
1973     return v_client.inSession();
1974   }
1975
1976   /**
1977    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1978    *
1979    * @param file
1980    * @return true if import was a success and a session was started.
1981    */
1982   public boolean vamsasImport(File file)
1983   {
1984     if (v_client != null)
1985     {
1986
1987       jalview.bin.Cache.log
1988               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1989       return false;
1990     }
1991
1992     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1993             "status.importing_vamsas_session_from",
1994             new Object[] { file.getName() }), file.hashCode());
1995     try
1996     {
1997       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file, null);
1998     } catch (Exception ex)
1999     {
2000       setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2001               "status.importing_vamsas_session_from",
2002               new Object[] { file.getName() }), file.hashCode());
2003       jalview.bin.Cache.log.error(
2004               "New vamsas session from existing session file failed:", ex);
2005       return false;
2006     }
2007     setupVamsasConnectedGui();
2008     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2009     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2010             "status.importing_vamsas_session_from",
2011             new Object[] { file.getName() }), file.hashCode());
2012     return v_client.inSession();
2013   }
2014
2015   public boolean joinVamsasSession(String mysesid)
2016   {
2017     if (v_client != null)
2018     {
2019       throw new Error(
2020               MessageManager
2021                       .getString("error.try_join_vamsas_session_another"));
2022     }
2023     if (mysesid == null)
2024     {
2025       throw new Error(
2026               MessageManager.getString("error.invalid_vamsas_session_id"));
2027     }
2028     v_client = new VamsasApplication(this, mysesid);
2029     setupVamsasConnectedGui();
2030     v_client.initial_update();
2031     return (v_client.inSession());
2032   }
2033
2034   @Override
2035   public void vamsasStart_actionPerformed(ActionEvent e)
2036   {
2037     if (v_client == null)
2038     {
2039       // Start a session.
2040       // we just start a default session for moment.
2041       /*
2042        * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
2043        * getProperty("LAST_DIRECTORY"));
2044        *
2045        * chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2046        * chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
2047        * chooser.setToolTipText("Import");
2048        *
2049        * int value = chooser.showOpenDialog(this);
2050        *
2051        * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { v_client = new
2052        * jalview.gui.VamsasApplication(this, chooser.getSelectedFile());
2053        */
2054       v_client = new VamsasApplication(this);
2055       setupVamsasConnectedGui();
2056       v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2057     }
2058     else
2059     {
2060       // store current data in session.
2061       v_client.push_update(); // TODO: thread
2062     }
2063   }
2064
2065   protected void setupVamsasConnectedGui()
2066   {
2067     vamsasStart.setText(MessageManager.getString("label.session_update"));
2068     vamsasSave.setVisible(true);
2069     vamsasStop.setVisible(true);
2070     vamsasImport.setVisible(false); // Document import to existing session is
2071     // not possible for vamsas-client-1.0.
2072   }
2073
2074   protected void setupVamsasDisconnectedGui()
2075   {
2076     vamsasSave.setVisible(false);
2077     vamsasStop.setVisible(false);
2078     vamsasImport.setVisible(true);
2079     vamsasStart.setText(MessageManager
2080             .getString("label.new_vamsas_session"));
2081   }
2082
2083   @Override
2084   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
2085   {
2086     if (v_client != null)
2087     {
2088       v_client.end_session();
2089       v_client = null;
2090       setupVamsasDisconnectedGui();
2091     }
2092   }
2093
2094   protected void buildVamsasStMenu()
2095   {
2096     if (v_client == null)
2097     {
2098       String[] sess = null;
2099       try
2100       {
2101         sess = VamsasApplication.getSessionList();
2102       } catch (Exception e)
2103       {
2104         jalview.bin.Cache.log.warn(
2105                 "Problem getting current sessions list.", e);
2106         sess = null;
2107       }
2108       if (sess != null)
2109       {
2110         jalview.bin.Cache.log.debug("Got current sessions list: "
2111                 + sess.length + " entries.");
2112         VamsasStMenu.removeAll();
2113         for (int i = 0; i < sess.length; i++)
2114         {
2115           JMenuItem sessit = new JMenuItem();
2116           sessit.setText(sess[i]);
2117           sessit.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
2118                   "label.connect_to_session", new Object[] { sess[i] }));
2119           final Desktop dsktp = this;
2120           final String mysesid = sess[i];
2121           sessit.addActionListener(new ActionListener()
2122           {
2123
2124             @Override
2125             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2126             {
2127               if (dsktp.v_client == null)
2128               {
2129                 Thread rthr = new Thread(new Runnable()
2130                 {
2131
2132                   @Override
2133                   public void run()
2134                   {
2135                     dsktp.v_client = new VamsasApplication(dsktp, mysesid);
2136                     dsktp.setupVamsasConnectedGui();
2137                     dsktp.v_client.initial_update();
2138                   }
2139
2140                 });
2141                 rthr.start();
2142               }
2143             };
2144           });
2145           VamsasStMenu.add(sessit);
2146         }
2147         // don't show an empty menu.
2148         VamsasStMenu.setVisible(sess.length > 0);
2149
2150       }
2151       else
2152       {
2153         jalview.bin.Cache.log.debug("No current vamsas sessions.");
2154         VamsasStMenu.removeAll();
2155         VamsasStMenu.setVisible(false);
2156       }
2157     }
2158     else
2159     {
2160       // Not interested in the content. Just hide ourselves.
2161       VamsasStMenu.setVisible(false);
2162     }
2163   }
2164
2165   @Override
2166   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
2167   {
2168     if (v_client != null)
2169     {
2170       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
2171               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
2172               { "vdj" }, // TODO: VAMSAS DOCUMENT EXTENSION is VDJ
2173               new String[] { "Vamsas Document" }, "Vamsas Document");
2174
2175       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2176       chooser.setDialogTitle(MessageManager
2177               .getString("label.save_vamsas_document_archive"));
2178
2179       int value = chooser.showSaveDialog(this);
2180
2181       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2182       {
2183         java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
2184         JPanel progpanel = addProgressPanel(MessageManager.formatMessage(
2185                 "label.saving_vamsas_doc",
2186                 new Object[] { choice.getName() }));
2187         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
2188         String warnmsg = null;
2189         String warnttl = null;
2190         try
2191         {
2192           v_client.vclient.storeDocument(choice);
2193         } catch (Error ex)
2194         {
2195           warnttl = "Serious Problem saving Vamsas Document";
2196           warnmsg = ex.toString();
2197           jalview.bin.Cache.log.error("Error Whilst saving document to "
2198                   + choice, ex);
2199
2200         } catch (Exception ex)
2201         {
2202           warnttl = "Problem saving Vamsas Document.";
2203           warnmsg = ex.toString();
2204           jalview.bin.Cache.log.warn("Exception Whilst saving document to "
2205                   + choice, ex);
2206
2207         }
2208         removeProgressPanel(progpanel);
2209         if (warnmsg != null)
2210         {
2211           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2212
2213           warnmsg, warnttl, JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2214         }
2215       }
2216     }
2217   }
2218
2219   JPanel vamUpdate = null;
2220
2221   /**
2222    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
2223    *
2224    * @param b
2225    *          true to hide gui, false to reveal gui
2226    */
2227   public void setVamsasUpdate(boolean b)
2228   {
2229     jalview.bin.Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "
2230             + (b ? "in progress" : "finished"));
2231
2232     if (vamUpdate != null)
2233     {
2234       this.removeProgressPanel(vamUpdate);
2235     }
2236     if (b)
2237     {
2238       vamUpdate = this.addProgressPanel(MessageManager
2239               .getString("label.updating_vamsas_session"));
2240     }
2241     vamsasStart.setVisible(!b);
2242     vamsasStop.setVisible(!b);
2243     vamsasSave.setVisible(!b);
2244   }
2245
2246   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2247   {
2248     return desktop.getAllFrames();
2249   }
2250
2251   /**
2252    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2253    * should be informed of a new questionnaire.
2254    *
2255    * @param url
2256    */
2257   public void checkForQuestionnaire(String url)
2258   {
2259     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2260     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2261     new Thread(jvq).start();
2262   }
2263
2264   public void checkURLLinks()
2265   {
2266     // Thread off the URL link checker
2267     addDialogThread(new Runnable()
2268     {
2269       @Override
2270       public void run()
2271       {
2272         if (Cache.getDefault("CHECKURLLINKS", true))
2273         {
2274           // check in case URL links use old style tokens ($SEQUENCE_ID$ for
2275           // sequence id _or_ accession id)
2276           JPanel msgPanel = new JPanel();
2277           msgPanel.setLayout(new BoxLayout(msgPanel, BoxLayout.PAGE_AXIS));
2278           msgPanel.add(Box.createVerticalGlue());
2279           JLabel msg = new JLabel(
2280                   MessageManager
2281                           .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1"));
2282           JLabel msg2 = new JLabel(
2283                   MessageManager
2284                           .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2"));
2285           msgPanel.add(msg);
2286           msgPanel.add(msg2);
2287
2288           final JCheckBox jcb = new JCheckBox(
2289                   MessageManager.getString("label.do_not_display_again"));
2290           jcb.addActionListener(new ActionListener()
2291           {
2292
2293             @Override
2294             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2295             {
2296               // update Cache settings if checkbox is selected
2297               if (jcb.isSelected())
2298               {
2299                 Cache.setProperty("CHECKURLLINKS", "false");
2300               }
2301             }
2302           });
2303           msgPanel.add(jcb);
2304
2305           JOptionPane.showMessageDialog(null, msgPanel, MessageManager
2306                   .getString("label.SEQUENCE_ID_no_longer_used"),
2307                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2308         }
2309       }
2310     });
2311     }
2312
2313   /**
2314    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2315    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs
2316    * low.
2317    *
2318    * @author AMW
2319    */
2320   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
2321   {
2322
2323     private static final float ONE_MB = 1048576f;
2324
2325     boolean showMemoryUsage = false;
2326
2327     Runtime runtime;
2328
2329     java.text.NumberFormat df;
2330
2331     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2332             percentUsage;
2333
2334     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2335     {
2336       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2337     }
2338
2339     public void showMemoryUsage(boolean showMemory)
2340     {
2341       this.showMemoryUsage = showMemory;
2342       if (showMemory)
2343       {
2344         Thread worker = new Thread(this);
2345         worker.start();
2346       }
2347     }
2348
2349     public boolean isShowMemoryUsage()
2350     {
2351       return showMemoryUsage;
2352     }
2353
2354     @Override
2355     public void run()
2356     {
2357       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2358       df.setMaximumFractionDigits(2);
2359       runtime = Runtime.getRuntime();
2360
2361       while (showMemoryUsage)
2362       {
2363         try
2364         {
2365           maxMemory = runtime.maxMemory() / ONE_MB;
2366           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / ONE_MB;
2367           freeMemory = runtime.freeMemory() / ONE_MB;
2368           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2369
2370           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2371
2372           // if (percentUsage < 20)
2373           {
2374             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2375             // Color.red);
2376             // instance.set.setBorder(border1);
2377           }
2378           repaint();
2379           // sleep after showing usage
2380           Thread.sleep(3000);
2381         } catch (Exception ex)
2382         {
2383           ex.printStackTrace();
2384         }
2385       }
2386     }
2387
2388     @Override
2389     public void paintComponent(Graphics g)
2390     {
2391       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2392       {
2393         if (percentUsage < 20)
2394         {
2395           g.setColor(Color.red);
2396         }
2397         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2398         if (fm != null)
2399         {
2400           g.drawString(MessageManager.formatMessage(
2401                   "label.memory_stats",
2402                   new Object[] { df.format(totalFreeMemory),
2403                       df.format(maxMemory), df.format(percentUsage) }), 10,
2404                   getHeight() - fm.getHeight());
2405         }
2406       }
2407     }
2408   }
2409
2410   /**
2411    * fixes stacking order after a modal dialog to ensure windows that should be
2412    * on top actually are
2413    */
2414   public void relayerWindows()
2415   {
2416
2417   }
2418
2419   protected JMenuItem groovyShell;
2420
2421   /**
2422    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2423    *
2424    * @return an array of AlignFrame, or null if none found
2425    */
2426   public static AlignFrame[] getAlignFrames()
2427   {
2428     if (Jalview.isHeadlessMode())
2429     {
2430       // Desktop.desktop is null in headless mode
2431       return new AlignFrame[] { Jalview.currentAlignFrame };
2432     }
2433
2434     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2435
2436     if (frames == null)
2437     {
2438       return null;
2439     }
2440     List<AlignFrame> avp = new ArrayList<AlignFrame>();
2441     // REVERSE ORDER
2442     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2443     {
2444       if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2445       {
2446         avp.add((AlignFrame) frames[i]);
2447       }
2448       else if (frames[i] instanceof SplitFrame)
2449       {
2450         /*
2451          * Also check for a split frame containing an AlignFrame
2452          */
2453         GSplitFrame sf = (GSplitFrame) frames[i];
2454         if (sf.getTopFrame() instanceof AlignFrame)
2455         {
2456           avp.add((AlignFrame) sf.getTopFrame());
2457         }
2458         if (sf.getBottomFrame() instanceof AlignFrame)
2459         {
2460           avp.add((AlignFrame) sf.getBottomFrame());
2461         }
2462       }
2463     }
2464     if (avp.size() == 0)
2465     {
2466       return null;
2467     }
2468     AlignFrame afs[] = avp.toArray(new AlignFrame[avp.size()]);
2469     return afs;
2470   }
2471
2472   /**
2473    * Returns an array of any AppJmol frames in the Desktop (or null if none).
2474    *
2475    * @return
2476    */
2477   public GStructureViewer[] getJmols()
2478   {
2479     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2480
2481     if (frames == null)
2482     {
2483       return null;
2484     }
2485     List<GStructureViewer> avp = new ArrayList<GStructureViewer>();
2486     // REVERSE ORDER
2487     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2488     {
2489       if (frames[i] instanceof AppJmol)
2490       {
2491         GStructureViewer af = (GStructureViewer) frames[i];
2492         avp.add(af);
2493       }
2494     }
2495     if (avp.size() == 0)
2496     {
2497       return null;
2498     }
2499     GStructureViewer afs[] = avp.toArray(new GStructureViewer[avp.size()]);
2500     return afs;
2501   }
2502
2503   /**
2504    * Add Groovy Support to Jalview
2505    */
2506   public void groovyShell_actionPerformed()
2507   {
2508     try
2509     {
2510       openGroovyConsole();
2511     } catch (Exception ex)
2512     {
2513       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2514       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2515
2516       MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2517               MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2518               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2519     }
2520   }
2521
2522   /**
2523    * Open the Groovy console
2524    */
2525   void openGroovyConsole()
2526   {
2527     if (groovyConsole == null)
2528     {
2529       groovyConsole = new groovy.ui.Console();
2530       groovyConsole.setVariable("Jalview", this);
2531       groovyConsole.run();
2532
2533       /*
2534        * We allow only one console at a time, so that AlignFrame menu option
2535        * 'Calculate | Run Groovy script' is unambiguous.
2536        * Disable 'Groovy Console', and enable 'Run script', when the console is
2537        * opened, and the reverse when it is closed
2538        */
2539       Window window = (Window) groovyConsole.getFrame();
2540       window.addWindowListener(new WindowAdapter()
2541       {
2542         @Override
2543         public void windowClosed(WindowEvent e)
2544         {
2545           /*
2546            * rebind CMD-Q from Groovy Console to Jalview Quit
2547            */
2548           addQuitHandler();
2549           enableExecuteGroovy(false);
2550         }
2551       });
2552     }
2553
2554     /*
2555      * show Groovy console window (after close and reopen)
2556      */
2557     ((Window) groovyConsole.getFrame()).setVisible(true);
2558
2559     /*
2560      * if we got this far, enable 'Run Groovy' in AlignFrame menus
2561      * and disable opening a second console
2562      */
2563     enableExecuteGroovy(true);
2564   }
2565
2566   /**
2567    * Bind Ctrl/Cmd-Q to Quit - for reset as Groovy Console takes over this
2568    * binding when opened
2569    */
2570   protected void addQuitHandler()
2571   {
2572     getRootPane().getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW).put(
2573             KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_Q, Toolkit
2574                     .getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask()), "Quit");
2575     getRootPane().getActionMap().put("Quit", new AbstractAction()
2576     {
2577       @Override
2578       public void actionPerformed(ActionEvent e)
2579       {
2580         quit();
2581       }
2582     });
2583   }
2584
2585   /**
2586    * Enable or disable 'Run Groovy script' in AlignFrame calculate menus
2587    *
2588    * @param enabled
2589    *          true if Groovy console is open
2590    */
2591   public void enableExecuteGroovy(boolean enabled)
2592   {
2593     /*
2594      * disable opening a second Groovy console
2595      * (or re-enable when the console is closed)
2596      */
2597     groovyShell.setEnabled(!enabled);
2598
2599     AlignFrame[] alignFrames = getAlignFrames();
2600     if (alignFrames != null)
2601     {
2602       for (AlignFrame af : alignFrames)
2603       {
2604         af.setGroovyEnabled(enabled);
2605       }
2606     }
2607   }
2608
2609   /**
2610    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2611    */
2612   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2613
2614   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2615
2616   /*
2617    * (non-Javadoc)
2618    *
2619    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2620    */
2621   @Override
2622   public void setProgressBar(String message, long id)
2623   {
2624     if (progressBars == null)
2625     {
2626       progressBars = new Hashtable<Long, JPanel>();
2627       progressBarHandlers = new Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler>();
2628     }
2629
2630     if (progressBars.get(new Long(id)) != null)
2631     {
2632       JPanel panel = progressBars.remove(new Long(id));
2633       if (progressBarHandlers.contains(new Long(id)))
2634       {
2635         progressBarHandlers.remove(new Long(id));
2636       }
2637       removeProgressPanel(panel);
2638     }
2639     else
2640     {
2641       progressBars.put(new Long(id), addProgressPanel(message));
2642     }
2643   }
2644
2645   /*
2646    * (non-Javadoc)
2647    *
2648    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2649    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2650    */
2651   @Override
2652   public void registerHandler(final long id,
2653           final IProgressIndicatorHandler handler)
2654   {
2655     if (progressBarHandlers == null
2656             || !progressBars.containsKey(new Long(id)))
2657     {
2658       throw new Error(
2659               MessageManager
2660                       .getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2661     }
2662     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
2663     final JPanel progressPanel = progressBars.get(new Long(id));
2664     if (handler.canCancel())
2665     {
2666       JButton cancel = new JButton(
2667               MessageManager.getString("action.cancel"));
2668       final IProgressIndicator us = this;
2669       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2670       {
2671
2672         @Override
2673         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2674         {
2675           handler.cancelActivity(id);
2676           us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2677                   "label.cancelled_params",
2678                   new Object[] { ((JLabel) progressPanel.getComponent(0))
2679                           .getText() }), id);
2680         }
2681       });
2682       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2683     }
2684   }
2685
2686   /**
2687    *
2688    * @return true if any progress bars are still active
2689    */
2690   @Override
2691   public boolean operationInProgress()
2692   {
2693     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2694     {
2695       return true;
2696     }
2697     return false;
2698   }
2699
2700   /**
2701    * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance.
2702    * It will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular
2703    * av.
2704    *
2705    * @param viewport
2706    * @return alignFrame for viewport
2707    */
2708   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewportI viewport)
2709   {
2710     if (desktop != null)
2711     {
2712       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(viewport.getSequenceSetId());
2713       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2714       {
2715         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == viewport)
2716         {
2717           return aps[panel].alignFrame;
2718         }
2719       }
2720     }
2721     return null;
2722   }
2723
2724   public VamsasApplication getVamsasApplication()
2725   {
2726     return v_client;
2727
2728   }
2729
2730   /**
2731    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
2732    */
2733   private boolean inBatchMode = false;
2734
2735   /**
2736    * check if jalview GUI is being operated programmatically
2737    *
2738    * @return inBatchMode
2739    */
2740   public boolean isInBatchMode()
2741   {
2742     return inBatchMode;
2743   }
2744
2745   /**
2746    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
2747    *
2748    * @param inBatchMode
2749    */
2750   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
2751   {
2752     this.inBatchMode = inBatchMode;
2753   }
2754
2755   public void startServiceDiscovery()
2756   {
2757     startServiceDiscovery(false);
2758   }
2759
2760   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
2761   {
2762     boolean alive = true;
2763     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
2764     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
2765     if (true)
2766     {
2767       // todo: changesupport handlers need to be transferred
2768       if (discoverer == null)
2769       {
2770         discoverer = new jalview.ws.jws1.Discoverer();
2771         // register PCS handler for desktop.
2772         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
2773       }
2774       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
2775       // until we phase out completely
2776       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
2777     }
2778
2779     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
2780     {
2781       if (jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().isRunning())
2782       {
2783         jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().setAborted(true);
2784       }
2785       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().startDiscoverer(
2786               changeSupport);
2787
2788     }
2789     Thread t3 = null;
2790     {
2791       // TODO: do rest service discovery
2792     }
2793     if (blocking)
2794     {
2795       while (alive)
2796       {
2797         try
2798         {
2799           Thread.sleep(15);
2800         } catch (Exception e)
2801         {
2802         }
2803         alive = (t1 != null && t1.isAlive())
2804                 || (t2 != null && t2.isAlive())
2805                 || (t3 != null && t3.isAlive())
2806                 || (t0 != null && t0.isAlive());
2807       }
2808     }
2809   }
2810
2811   /**
2812    * called to check if the service discovery process completed successfully.
2813    *
2814    * @param evt
2815    */
2816   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
2817   {
2818     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
2819     {
2820       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2821               .getErrorMessages();
2822       if (ermsg != null)
2823       {
2824         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
2825         {
2826           if (serviceChangedDialog == null)
2827           {
2828             // only run if we aren't already displaying one of these.
2829             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
2830             {
2831               @Override
2832               public void run()
2833               {
2834
2835                 /*
2836                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
2837                  *
2838                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
2839                  * Auto-generated method stub
2840                  *
2841                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
2842                  * Auto-generated method stub
2843                  *
2844                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
2845                  * Auto-generated method stub
2846                  *
2847                  * } }; jd.initDialogFrame(new
2848                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
2849                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
2850                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
2851                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
2852                  * +
2853                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
2854                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
2855                  * 400);
2856                  *
2857                  * jd.waitForInput();
2858                  */
2859                 JOptionPane
2860                         .showConfirmDialog(
2861                                 Desktop.desktop,
2862                                 new JLabel(
2863                                         "<html><table width=\"450\"><tr><td>"
2864                                                 + ermsg
2865                                                 + "</td></tr></table>"
2866                                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
2867                                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
2868                                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
2869                                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
2870                                 "Web Service Configuration Problem",
2871                                 JOptionPane.DEFAULT_OPTION,
2872                                 JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2873                 serviceChangedDialog = null;
2874
2875               }
2876             });
2877           }
2878         }
2879         else
2880         {
2881           Cache.log
2882                   .error("Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
2883                           + ermsg);
2884         }
2885       }
2886     }
2887   }
2888
2889   private Runnable serviceChangedDialog = null;
2890
2891   /**
2892    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
2893    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
2894    * to open the URL.
2895    *
2896    * @param url
2897    */
2898   public static void showUrl(final String url)
2899   {
2900     showUrl(url, Desktop.instance);
2901   }
2902
2903   /**
2904    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
2905    *
2906    * @param url
2907    * @param progress
2908    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
2909    */
2910   public static void showUrl(final String url,
2911           final IProgressIndicator progress)
2912   {
2913     new Thread(new Runnable()
2914     {
2915       @Override
2916       public void run()
2917       {
2918         try
2919         {
2920           if (progress != null)
2921           {
2922             progress.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2923                     "status.opening_params", new Object[] { url }), this
2924                     .hashCode());
2925           }
2926           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
2927         } catch (Exception ex)
2928         {
2929           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2930                   MessageManager
2931                           .getString("label.web_browser_not_found_unix"),
2932                   MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
2933                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2934
2935           ex.printStackTrace();
2936         }
2937         if (progress != null)
2938         {
2939           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
2940         }
2941       }
2942     }).start();
2943   }
2944
2945   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
2946
2947   public static ParamManager getUserParameterStore()
2948   {
2949     if (wsparamManager == null)
2950     {
2951       wsparamManager = new WsParamSetManager();
2952     }
2953     return wsparamManager;
2954   }
2955
2956   /**
2957    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
2958    *
2959    * @param e
2960    */
2961   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
2962   {
2963     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
2964     {
2965       String url = null;
2966       try
2967       {
2968         url = e.getURL().toString();
2969         Desktop.showUrl(url);
2970       } catch (Exception x)
2971       {
2972         if (url != null)
2973         {
2974           if (Cache.log != null)
2975           {
2976             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
2977           }
2978           else
2979           {
2980             System.err.println("Couldn't handle string " + url
2981                     + " as a URL.");
2982           }
2983         }
2984         // ignore any exceptions due to dud links.
2985       }
2986
2987     }
2988   }
2989
2990   /**
2991    * single thread that handles display of dialogs to user.
2992    */
2993   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
2994
2995   /**
2996    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
2997    */
2998   private volatile boolean dialogPause = true;
2999
3000   /**
3001    * pause the queue
3002    */
3003   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
3004
3005   private static groovy.ui.Console groovyConsole;
3006
3007   /**
3008    * add another dialog thread to the queue
3009    *
3010    * @param prompter
3011    */
3012   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
3013   {
3014     dialogExecutor.submit(new Runnable()
3015     {
3016       @Override
3017       public void run()
3018       {
3019         if (dialogPause)
3020         {
3021           try
3022           {
3023             block.acquire();
3024           } catch (InterruptedException x)
3025           {
3026           }
3027           ;
3028         }
3029         if (instance == null)
3030         {
3031           return;
3032         }
3033         try
3034         {
3035           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
3036         } catch (Exception q)
3037         {
3038           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
3039         }
3040       }
3041     });
3042   }
3043
3044   public void startDialogQueue()
3045   {
3046     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
3047     // the current task to begin
3048     dialogPause = false;
3049     block.release();
3050   }
3051
3052   @Override
3053   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
3054   {
3055     invalidate();
3056     File of;
3057     ImageMaker im = new jalview.util.ImageMaker(this, ImageMaker.TYPE.EPS,
3058             "View of Desktop", getWidth(), getHeight(), of = new File(
3059                     "Jalview_snapshot" + System.currentTimeMillis()
3060                             + ".eps"), "View of desktop", null, 0, false);
3061     try
3062     {
3063       paintAll(im.getGraphics());
3064       im.writeImage();
3065     } catch (Exception q)
3066     {
3067       Cache.log.error("Couldn't write snapshot to " + of.getAbsolutePath(),
3068               q);
3069       return;
3070     }
3071     Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "
3072             + of.getAbsolutePath());
3073   }
3074
3075   /**
3076    * Explode the views in the given SplitFrame into separate SplitFrame windows.
3077    * This respects (remembers) any previous 'exploded geometry' i.e. the size
3078    * and location last time the view was expanded (if any). However it does not
3079    * remember the split pane divider location - this is set to match the
3080    * 'exploding' frame.
3081    *
3082    * @param sf
3083    */
3084   public void explodeViews(SplitFrame sf)
3085   {
3086     AlignFrame oldTopFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3087     AlignFrame oldBottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3088     List<? extends AlignmentViewPanel> topPanels = oldTopFrame
3089             .getAlignPanels();
3090     List<? extends AlignmentViewPanel> bottomPanels = oldBottomFrame
3091             .getAlignPanels();
3092     int viewCount = topPanels.size();
3093     if (viewCount < 2)
3094     {
3095       return;
3096     }
3097
3098     /*
3099      * Processing in reverse order works, forwards order leaves the first panels
3100      * not visible. I don't know why!
3101      */
3102     for (int i = viewCount - 1; i >= 0; i--)
3103     {
3104       /*
3105        * Make new top and bottom frames. These take over the respective
3106        * AlignmentPanel objects, including their AlignmentViewports, so the
3107        * cdna/protein relationships between the viewports is carried over to the
3108        * new split frames.
3109        *
3110        * explodedGeometry holds the (x, y) position of the previously exploded
3111        * SplitFrame, and the (width, height) of the AlignFrame component
3112        */
3113       AlignmentPanel topPanel = (AlignmentPanel) topPanels.get(i);
3114       AlignFrame newTopFrame = new AlignFrame(topPanel);
3115       newTopFrame.setSize(oldTopFrame.getSize());
3116       newTopFrame.setVisible(true);
3117       Rectangle geometry = ((AlignViewport) topPanel.getAlignViewport())
3118               .getExplodedGeometry();
3119       if (geometry != null)
3120       {
3121         newTopFrame.setSize(geometry.getSize());
3122       }
3123
3124       AlignmentPanel bottomPanel = (AlignmentPanel) bottomPanels.get(i);
3125       AlignFrame newBottomFrame = new AlignFrame(bottomPanel);
3126       newBottomFrame.setSize(oldBottomFrame.getSize());
3127       newBottomFrame.setVisible(true);
3128       geometry = ((AlignViewport) bottomPanel.getAlignViewport())
3129               .getExplodedGeometry();
3130       if (geometry != null)
3131       {
3132         newBottomFrame.setSize(geometry.getSize());
3133       }
3134
3135       topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3136       bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3137       JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(newTopFrame,
3138               newBottomFrame);
3139       if (geometry != null)
3140       {
3141         splitFrame.setLocation(geometry.getLocation());
3142       }
3143       Desktop.addInternalFrame(splitFrame, sf.getTitle(), -1, -1);
3144     }
3145
3146     /*
3147      * Clear references to the panels (now relocated in the new SplitFrames)
3148      * before closing the old SplitFrame.
3149      */
3150     topPanels.clear();
3151     bottomPanels.clear();
3152     sf.close();
3153   }
3154
3155   /**
3156    * Gather expanded split frames, sharing the same pairs of sequence set ids,
3157    * back into the given SplitFrame as additional views. Note that the gathered
3158    * frames may themselves have multiple views.
3159    *
3160    * @param source
3161    */
3162   public void gatherViews(GSplitFrame source)
3163   {
3164     /*
3165      * special handling of explodedGeometry for a view within a SplitFrame: - it
3166      * holds the (x, y) position of the enclosing SplitFrame, and the (width,
3167      * height) of the AlignFrame component
3168      */
3169     AlignFrame myTopFrame = (AlignFrame) source.getTopFrame();
3170     AlignFrame myBottomFrame = (AlignFrame) source.getBottomFrame();
3171     myTopFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3172             source.getY(), myTopFrame.getWidth(), myTopFrame.getHeight()));
3173     myBottomFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3174             source.getY(), myBottomFrame.getWidth(), myBottomFrame
3175                     .getHeight()));
3176     myTopFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3177     myBottomFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3178     String topViewId = myTopFrame.viewport.getSequenceSetId();
3179     String bottomViewId = myBottomFrame.viewport.getSequenceSetId();
3180
3181     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
3182     for (JInternalFrame frame : frames)
3183     {
3184       if (frame instanceof SplitFrame && frame != source)
3185       {
3186         SplitFrame sf = (SplitFrame) frame;
3187         AlignFrame topFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3188         AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3189         boolean gatherThis = false;
3190         for (int a = 0; a < topFrame.alignPanels.size(); a++)
3191         {
3192           AlignmentPanel topPanel = topFrame.alignPanels.get(a);
3193           AlignmentPanel bottomPanel = bottomFrame.alignPanels.get(a);
3194           if (topViewId.equals(topPanel.av.getSequenceSetId())
3195                   && bottomViewId.equals(bottomPanel.av.getSequenceSetId()))
3196           {
3197             gatherThis = true;
3198             topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3199             bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3200             topPanel.av.setExplodedGeometry(new Rectangle(sf.getLocation(),
3201                     topFrame.getSize()));
3202             bottomPanel.av.setExplodedGeometry(new Rectangle(sf
3203                     .getLocation(), bottomFrame.getSize()));
3204             myTopFrame.addAlignmentPanel(topPanel, false);
3205             myBottomFrame.addAlignmentPanel(bottomPanel, false);
3206           }
3207         }
3208
3209         if (gatherThis)
3210         {
3211           topFrame.getAlignPanels().clear();
3212           bottomFrame.getAlignPanels().clear();
3213           sf.close();
3214         }
3215       }
3216     }
3217
3218     /*
3219      * The dust settles...give focus to the tab we did this from.
3220      */
3221     myTopFrame.setDisplayedView(myTopFrame.alignPanel);
3222   }
3223
3224   public static groovy.ui.Console getGroovyConsole()
3225   {
3226     return groovyConsole;
3227   }
3228
3229   public static void transferFromDropTarget(List<String> files,
3230           List<String> protocols, DropTargetDropEvent evt, Transferable t)
3231           throws Exception
3232   {
3233
3234     DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
3235             "text/uri-list;class=java.lang.String");
3236     if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3237     {
3238       // Works on Windows and MacOSX
3239       Cache.log.debug("Drop handled as javaFileListFlavor");
3240       for (Object file : (List) t
3241               .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3242       {
3243         files.add(((File) file).toString());
3244         protocols.add(FormatAdapter.FILE);
3245       }
3246     }
3247     else
3248     {
3249       // Unix like behaviour
3250       boolean added = false;
3251       String data = null;
3252       if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
3253       {
3254         Cache.log.debug("Drop handled as uriListFlavor");
3255         // This is used by Unix drag system
3256         data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
3257       }
3258       if (data == null)
3259       {
3260         // fallback to text: workaround - on OSX where there's a JVM bug
3261         Cache.log.debug("standard URIListFlavor failed. Trying text");
3262         // try text fallback
3263         data = (String) t.getTransferData(new DataFlavor(
3264                 "text/plain;class=java.lang.String"));
3265         if (Cache.log.isDebugEnabled())
3266         {
3267           Cache.log.debug("fallback returned " + data);
3268         }
3269       }
3270       while (protocols.size() < files.size())
3271       {
3272         Cache.log.debug("Adding missing FILE protocol for "
3273                 + files.get(protocols.size()));
3274         protocols.add(FormatAdapter.FILE);
3275       }
3276       for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
3277               data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
3278       {
3279         added = true;
3280         String s = st.nextToken();
3281         if (s.startsWith("#"))
3282         {
3283           // the line is a comment (as per the RFC 2483)
3284           continue;
3285         }
3286         java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
3287         if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
3288         {
3289           protocols.add(FormatAdapter.URL);
3290           files.add(uri.toString());
3291         }
3292         else
3293         {
3294           // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
3295           java.io.File file = new java.io.File(uri);
3296           protocols.add(FormatAdapter.FILE);
3297           files.add(file.toString());
3298         }
3299       }
3300       if (Cache.log.isDebugEnabled())
3301       {
3302         if (data == null || !added)
3303         {
3304           Cache.log
3305                   .debug("Couldn't resolve drop data. Here are the supported flavors:");
3306           for (DataFlavor fl : t.getTransferDataFlavors())
3307           {
3308             Cache.log.debug("Supported transfer dataflavor: "
3309                     + fl.toString());
3310             Object df = t.getTransferData(fl);
3311             if (df != null)
3312             {
3313               Cache.log.debug("Retrieves: " + df);
3314             }
3315             else
3316             {
3317               Cache.log.debug("Retrieved nothing");
3318             }
3319           }
3320         }
3321       }
3322     }
3323   }
3324 }