src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.io.FileLoader;
  25 import jalview.io.FormatAdapter;
  26 import jalview.io.IdentifyFile;
  27 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  28 import jalview.io.JalviewFileView;
  29 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  30 import jalview.util.ImageMaker;
  31 import jalview.util.MessageManager;
  32 import jalview.ws.params.ParamManager;
  33
  34 import java.awt.BorderLayout;
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.Dimension;
  37 import java.awt.FontMetrics;
  38 import java.awt.Graphics;
  39 import java.awt.GridLayout;
  40 import java.awt.Point;
  41 import java.awt.Rectangle;
  42 import java.awt.Toolkit;
  43 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  44 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  45 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  46 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  47 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  48 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  49 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  50 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  51 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  52 import java.awt.event.ActionEvent;
  53 import java.awt.event.ActionListener;
  54 import java.awt.event.FocusEvent;
  55 import java.awt.event.FocusListener;
  56 import java.awt.event.MouseAdapter;
  57 import java.awt.event.MouseEvent;
  58 import java.awt.event.MouseListener;
  59 import java.awt.event.WindowAdapter;
  60 import java.awt.event.WindowEvent;
  61 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  62 import java.beans.PropertyChangeListener;
  63 import java.beans.PropertyVetoException;
  64 import java.io.BufferedInputStream;
  65 import java.io.File;
  66 import java.io.FileOutputStream;
  67 import java.lang.reflect.Constructor;
  68 import java.net.URL;
  69 import java.util.ArrayList;
  70 import java.util.Hashtable;
  71 import java.util.StringTokenizer;
  72 import java.util.Vector;
  73 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  74 import java.util.concurrent.Executors;
  75 import java.util.concurrent.Semaphore;
  76
  77 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
  78 import javax.swing.DesktopManager;
  79 import javax.swing.JButton;
  80 import javax.swing.JComboBox;
  81 import javax.swing.JComponent;
  82 import javax.swing.JDesktopPane;
  83 import javax.swing.JFrame;
  84 import javax.swing.JInternalFrame;
  85 import javax.swing.JLabel;
  86 import javax.swing.JMenuItem;
  87 import javax.swing.JOptionPane;
  88 import javax.swing.JPanel;
  89 import javax.swing.JPopupMenu;
  90 import javax.swing.JProgressBar;
  91 import javax.swing.SwingUtilities;
  92 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
  93 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
  94 import javax.swing.event.MenuEvent;
  95 import javax.swing.event.MenuListener;
  96
  97 /**
  98  * Jalview Desktop
  99  *
 100  *
 101  * @author $author$
 102  * @version $Revision: 1.155 $
 103  */
 104 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop implements
 105         DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 106         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 107 {
 108
 109   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 110
 111   /**
 112    * news reader - null if it was never started.
 113    */
 114   private BlogReader jvnews = null;
 115
 116   /**
 117    * @param listener
 118    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 119    */
 120   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 121           PropertyChangeListener listener)
 122   {
 123     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 124   }
 125
 126   /**
 127    * @param propertyName
 128    * @param listener
 129    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 130    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 131    */
 132   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 133           PropertyChangeListener listener)
 134   {
 135     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 136   }
 137
 138   /**
 139    * @param propertyName
 140    * @param listener
 141    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 142    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 143    */
 144   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 145           PropertyChangeListener listener)
 146   {
 147     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 148             listener);
 149   }
 150
 151   /** Singleton Desktop instance */
 152   public static Desktop instance;
 153
 154   public static MyDesktopPane desktop;
 155
 156   static int openFrameCount = 0;
 157
 158   static final int xOffset = 30;
 159
 160   static final int yOffset = 30;
 161
 162   public static jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 163
 164   public static Object[] jalviewClipboard;
 165
 166   public static boolean internalCopy = false;
 167
 168   static int fileLoadingCount = 0;
 169
 170   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 171   {
 172
 173     private DesktopManager delegate;
 174
 175     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 176     {
 177       this.delegate = delegate;
 178     }
 179
 180     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 181     {
 182       try
 183       {
 184         delegate.activateFrame(f);
 185       } catch (NullPointerException npe)
 186       {
 187         Point p = getMousePosition();
 188         instance.showPasteMenu(p.x, p.y);
 189       }
 190     }
 191
 192     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 193     {
 194       delegate.beginDraggingFrame(f);
 195     }
 196
 197     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 198     {
 199       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 200     }
 201
 202     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 203     {
 204       delegate.closeFrame(f);
 205     }
 206
 207     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 208     {
 209       delegate.deactivateFrame(f);
 210     }
 211
 212     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 213     {
 214       delegate.deiconifyFrame(f);
 215     }
 216
 217     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 218     {
 219       if (newY < 0)
 220       {
 221         newY = 0;
 222       }
 223       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 224     }
 225
 226     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 227     {
 228       delegate.endDraggingFrame(f);
 229     }
 230
 231     public void endResizingFrame(JComponent f)
 232     {
 233       delegate.endResizingFrame(f);
 234     }
 235
 236     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 237     {
 238       delegate.iconifyFrame(f);
 239     }
 240
 241     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 242     {
 243       delegate.maximizeFrame(f);
 244     }
 245
 246     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 247     {
 248       delegate.minimizeFrame(f);
 249     }
 250
 251     public void openFrame(JInternalFrame f)
 252     {
 253       delegate.openFrame(f);
 254     }
 255
 256     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 257             int newHeight)
 258     {
 259       Rectangle b = desktop.getBounds();
 260       if (newY < 0)
 261       {
 262         newY = 0;
 263       }
 264       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 265     }
 266
 267     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 268             int newWidth, int newHeight)
 269     {
 270       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 271     }
 272
 273     // All other methods, simply delegate
 274
 275   }
 276
 277   /**
 278    * Creates a new Desktop object.
 279    */
 280   public Desktop()
 281   {
 282     /**
 283      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
 284      * block are spawned off as threads rather than waited for during this
 285      * constructor.
 286      */
 287     instance = this;
 288     doVamsasClientCheck();
 289     doGroovyCheck();
 290     doConfigureStructurePrefs();
 291     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
 292     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 293     boolean selmemusage = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE",
 294             false);
 295     boolean showjconsole = jalview.bin.Cache.getDefault(
 296             "SHOW_JAVA_CONSOLE", false);
 297     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
 298     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 299     desktop.setBackground(Color.white);
 300     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 301     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 302     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 303     // sp.getViewport().setView(desktop);
 304     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 305     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
 306     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 307
 308     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 309     // if previous window was maximised
 310     desktop.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
 311             new DefaultDesktopManager()));
 312
 313     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 314     if (dims != null)
 315     {
 316       setBounds(dims);
 317     }
 318     else
 319     {
 320       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 321       setBounds((screenSize.width - 900) / 2,
 322               (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 323     }
 324     jconsole = new Console(this, showjconsole);
 325     // add essential build information
 326     jconsole.setHeader("Jalview Version: "
 327             + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "\n"
 328             + "Jalview Installation: "
 329             + jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown")
 330             + "\n"
 331             + "Build Date: "
 332             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown") + "\n"
 333             + "Java version: " + System.getProperty("java.version") + "\n"
 334             + System.getProperty("os.arch") + " "
 335             + System.getProperty("os.name") + " "
 336             + System.getProperty("os.version"));
 337
 338     showConsole(showjconsole);
 339
 340     showNews.setVisible(false);
 341
 342     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 343     {
 344       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 345       {
 346         quit();
 347       }
 348     });
 349
 350     MouseAdapter ma;
 351     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 352     {
 353       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 354       {
 355         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 356         {
 357           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 358         }
 359       }
 360     });
 361     desktop.addMouseListener(ma);
 362
 363     this.addFocusListener(new FocusListener()
 364     {
 365
 366       @Override
 367       public void focusLost(FocusEvent e)
 368       {
 369         // TODO Auto-generated method stub
 370
 371       }
 372
 373       @Override
 374       public void focusGained(FocusEvent e)
 375       {
 376         Cache.log.debug("Relaying windows after focus gain");
 377         // make sure that we sort windows properly after we gain focus
 378         instance.relayerWindows();
 379       }
 380     });
 381     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 382     // Spawn a thread that shows the splashscreen
 383     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 384     {
 385       public void run()
 386       {
 387         new SplashScreen();
 388       }
 389     });
 390
 391     // displayed.
 392     // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time it
 393     // takes to open it later on.
 394     new Thread(new Runnable()
 395     {
 396       public void run()
 397       {
 398         Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 399         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 400                 jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 401                 jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
 402                 jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
 403                 jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 404         Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 405       }
 406     }).start();
 407     // Add the service change listener
 408     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 409             new PropertyChangeListener()
 410             {
 411
 412               @Override
 413               public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 414               {
 415                 Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 416                         + evt.getNewValue());
 417                 JalviewServicesChanged(evt);
 418               }
 419
 420             });
 421   }
 422
 423   public void doConfigureStructurePrefs()
 424   {
 425     // configure services
 426     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 427             .getStructureSelectionManager(this);
 428     if (jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 429     {
 430       ssm.setAddTempFacAnnot(jalview.bin.Cache.getDefault(
 431               Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 432     ssm.setProcessSecondaryStructure(jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 433     ssm.setSecStructServices(jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.USE_RNAVIEW,
 434             true));
 435     }
 436     else
 437     {
 438       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 439       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 440       ssm.setSecStructServices(false);
 441     }
 442   }
 443
 444   public void checkForNews()
 445   {
 446     final Desktop me = this;
 447     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 448     addDialogThread(new Runnable()
 449     {
 450       @Override
 451       public void run()
 452       {
 453         Cache.log.debug("Starting news thread.");
 454
 455         jvnews = new BlogReader(me);
 456         showNews.setVisible(true);
 457         Cache.log.debug("Completed news thread.");
 458       }
 459     });
 460   }
 461
 462   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 463   {
 464     showNews(showNews.isSelected());
 465   }
 466
 467   void showNews(boolean visible)
 468   {
 469     {
 470       Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 471       showNews.setSelected(visible);
 472       if (visible && !jvnews.isVisible())
 473       {
 474         new Thread(new Runnable()
 475         {
 476           @Override
 477           public void run()
 478           {
 479             long instance = System.currentTimeMillis();
 480             Desktop.instance.setProgressBar(MessageManager.getString("status.refreshing_news"), instance);
 481             jvnews.refreshNews();
 482             Desktop.instance.setProgressBar(null, instance);
 483             jvnews.showNews();
 484           }
 485         }).start();
 486       }
 487     }
 488   }
 489
 490   /**
 491    * recover the last known dimensions for a jalview window
 492    *
 493    * @param windowName
 494    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 495    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 496    *         window geom was known)
 497    */
 498   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 499   {
 500     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 501     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 502     String x = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 503     String y = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 504     String width = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 505             + "SCREEN_WIDTH");
 506     String height = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 507             + "SCREEN_HEIGHT");
 508     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 509     {
 510       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y), iw = Integer
 511               .parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 512       if (jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 513       {
 514         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 515         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 516         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 517         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer
 518                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 519                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 520         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer
 521                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 522                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 523         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 524         ix = (int) (ix * sw);
 525         iw = (int) (iw * sw);
 526         iy = (int) (iy * sh);
 527         ih = (int) (ih * sh);
 528         while (ix >= screenSize.width)
 529         {
 530           jalview.bin.Cache.log
 531                   .debug("Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 532           ix -= screenSize.width;
 533         }
 534         while (iy >= screenSize.height)
 535         {
 536           jalview.bin.Cache.log
 537                   .debug("Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 538           iy -= screenSize.height;
 539         }
 540         jalview.bin.Cache.log.debug("Got last known dimensions for "
 541                 + windowName + ": x:" + ix + " y:" + iy + " width:" + iw
 542                 + " height:" + ih);
 543       }
 544       // return dimensions for new instance
 545       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 546     }
 547     return null;
 548   }
 549
 550   private void doVamsasClientCheck()
 551   {
 552     if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 553     {
 554       setupVamsasDisconnectedGui();
 555       VamsasMenu.setVisible(true);
 556       final Desktop us = this;
 557       VamsasMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 558       {
 559         // this listener remembers when the menu was first selected, and
 560         // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 561         // reselected again.
 562         boolean refresh = true;
 563
 564         public void menuCanceled(MenuEvent e)
 565         {
 566           refresh = true;
 567         }
 568
 569         public void menuDeselected(MenuEvent e)
 570         {
 571           refresh = true;
 572         }
 573
 574         public void menuSelected(MenuEvent e)
 575         {
 576           if (refresh)
 577           {
 578             us.buildVamsasStMenu();
 579             refresh = false;
 580           }
 581         }
 582       });
 583       vamsasStart.setVisible(true);
 584     }
 585   }
 586
 587   void showPasteMenu(int x, int y)
 588   {
 589     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 590     JMenuItem item = new JMenuItem(
 591             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 592     item.addActionListener(new ActionListener()
 593     {
 594       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 595       {
 596         paste();
 597       }
 598     });
 599
 600     popup.add(item);
 601     popup.show(this, x, y);
 602   }
 603
 604   public void paste()
 605   {
 606     try
 607     {
 608       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 609       Transferable contents = c.getContents(this);
 610
 611       if (contents != null)
 612       {
 613         String file = (String) contents
 614                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 615
 616         String format = new IdentifyFile().Identify(file,
 617                 FormatAdapter.PASTE);
 618
 619         new FileLoader().LoadFile(file, FormatAdapter.PASTE, format);
 620
 621       }
 622     } catch (Exception ex)
 623     {
 624       System.out
 625               .println("Unable to paste alignment from system clipboard:\n"
 626                       + ex);
 627     }
 628   }
 629
 630   /**
 631    * Adds and opens the given frame to the desktop
 632    *
 633    * @param frame
 634    *          DOCUMENT ME!
 635    * @param title
 636    *          DOCUMENT ME!
 637    * @param w
 638    *          DOCUMENT ME!
 639    * @param h
 640    *          DOCUMENT ME!
 641    */
 642   public static synchronized void addInternalFrame(
 643           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 644   {
 645     addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 646   }
 647
 648   /**
 649    * DOCUMENT ME!
 650    *
 651    * @param frame
 652    *          DOCUMENT ME!
 653    * @param title
 654    *          DOCUMENT ME!
 655    * @param w
 656    *          DOCUMENT ME!
 657    * @param h
 658    *          DOCUMENT ME!
 659    * @param resizable
 660    *          DOCUMENT ME!
 661    */
 662   public static synchronized void addInternalFrame(
 663           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 664           boolean resizable)
 665   {
 666
 667     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 668     // bounds object).
 669     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 670     // the current window title
 671
 672     frame.setTitle(title);
 673     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 674     {
 675       frame.setSize(w, h);
 676     }
 677     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 678     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 679     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 680     // ///////////////////////////////////////////////
 681     if (instance == null
 682             || (System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 683                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 684     {
 685       return;
 686     }
 687
 688     openFrameCount++;
 689
 690     frame.setVisible(true);
 691     frame.setClosable(true);
 692     frame.setResizable(resizable);
 693     frame.setMaximizable(resizable);
 694     frame.setIconifiable(resizable);
 695     frame.setFrameIcon(null);
 696
 697     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 698     {
 699       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset
 700               * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 701     }
 702
 703     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 704     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 705     {
 706       public void internalFrameActivated(
 707               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 708       {
 709         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 710         if (itf != null)
 711         {
 712           itf.requestFocus();
 713         }
 714
 715       }
 716
 717       public void internalFrameClosed(
 718               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 719       {
 720         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 721         openFrameCount--;
 722         windowMenu.remove(menuItem);
 723         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 724         if (itf != null)
 725         {
 726           itf.requestFocus();
 727         }
 728         System.gc();
 729       };
 730     });
 731
 732     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 733     {
 734       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 735       {
 736         try
 737         {
 738           frame.setSelected(true);
 739           frame.setIcon(false);
 740         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 741         {
 742
 743         }
 744       }
 745     });
 746     menuItem.addMouseListener(new MouseListener()
 747     {
 748
 749       @Override
 750       public void mouseReleased(MouseEvent e)
 751       {
 752       }
 753
 754       @Override
 755       public void mousePressed(MouseEvent e)
 756       {
 757       }
 758
 759       @Override
 760       public void mouseExited(MouseEvent e)
 761       {
 762         try
 763         {
 764           frame.setSelected(false);
 765         } catch (PropertyVetoException e1)
 766         {
 767         }
 768       }
 769
 770       @Override
 771       public void mouseEntered(MouseEvent e)
 772       {
 773         try
 774         {
 775           frame.setSelected(true);
 776         } catch (PropertyVetoException e1)
 777         {
 778         }
 779       }
 780
 781       @Override
 782       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 783       {
 784
 785       }
 786     });
 787
 788     windowMenu.add(menuItem);
 789
 790     desktop.add(frame);
 791     frame.toFront();
 792     try
 793     {
 794       frame.setSelected(true);
 795       frame.requestFocus();
 796     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 797     {
 798     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
 799     {
 800       Cache.log
 801               .warn("Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
 802                       cex);
 803     }
 804   }
 805
 806   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 807   {
 808     if (!internalCopy)
 809     {
 810       Desktop.jalviewClipboard = null;
 811     }
 812
 813     internalCopy = false;
 814   }
 815
 816   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 817   {
 818   }
 819
 820   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 821   {
 822   }
 823
 824   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 825   {
 826   }
 827
 828   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 829   {
 830   }
 831
 832   /**
 833    * DOCUMENT ME!
 834    *
 835    * @param evt
 836    *          DOCUMENT ME!
 837    */
 838   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 839   {
 840     boolean success = true;
 841     Transferable t = evt.getTransferable();
 842     java.util.List files = null;
 843     java.util.List protocols = null;
 844
 845     try
 846     {
 847       DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
 848               "text/uri-list;class=java.lang.String");
 849       if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 850       {
 851         // Works on Windows and MacOSX
 852         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 853         files = (java.util.List) t
 854                 .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 855       }
 856       else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
 857       {
 858         // This is used by Unix drag system
 859         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 860         String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
 861         files = new java.util.ArrayList(1);
 862         protocols = new java.util.ArrayList(1);
 863         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
 864                 data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
 865         {
 866           String s = st.nextToken();
 867           if (s.startsWith("#"))
 868           {
 869             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
 870             continue;
 871           }
 872           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
 873           if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
 874           {
 875             protocols.add(FormatAdapter.URL);
 876             files.add(uri.toString());
 877           }
 878           else
 879           {
 880             // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
 881             java.io.File file = new java.io.File(uri);
 882             protocols.add(FormatAdapter.FILE);
 883             files.add(file.toString());
 884           }
 885         }
 886       }
 887     } catch (Exception e)
 888     {
 889       success = false;
 890     }
 891
 892     if (files != null)
 893     {
 894       try
 895       {
 896         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 897         {
 898           String file = files.get(i).toString();
 899           String protocol = (protocols == null) ? FormatAdapter.FILE
 900                   : (String) protocols.get(i);
 901           String format = null;
 902
 903           if (file.endsWith(".jar"))
 904           {
 905             format = "Jalview";
 906
 907           }
 908           else
 909           {
 910             format = new IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 911           }
 912
 913           new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 914
 915         }
 916       } catch (Exception ex)
 917       {
 918         success = false;
 919       }
 920     }
 921     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
 922                                // transfered to any new windows created
 923   }
 924
 925   /**
 926    * DOCUMENT ME!
 927    *
 928    * @param e
 929    *          DOCUMENT ME!
 930    */
 931   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 932   {
 933     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 934             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 935             jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
 936             jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
 937             jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 938
 939     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 940     chooser.setDialogTitle(MessageManager
 941             .getString("label.open_local_file"));
 942     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
 943
 944     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 945
 946     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 947     {
 948       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 949       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 950               .getSelectedFile().getParent());
 951
 952       String format = null;
 953       if (chooser.getSelectedFormat() != null
 954               && chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 955       {
 956         format = "Jalview";
 957       }
 958       else
 959       {
 960         format = new IdentifyFile().Identify(choice, FormatAdapter.FILE);
 961       }
 962
 963       if (viewport != null)
 964       {
 965         new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE,
 966                 format);
 967       }
 968       else
 969       {
 970         new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);
 971       }
 972     }
 973   }
 974
 975   /**
 976    * DOCUMENT ME!
 977    *
 978    * @param e
 979    *          DOCUMENT ME!
 980    */
 981   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 982   {
 983     // This construct allows us to have a wider textfield
 984     // for viewing
 985     JLabel label = new JLabel(
 986             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
 987     final JComboBox history = new JComboBox();
 988
 989     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
 990     panel.add(label);
 991     panel.add(history);
 992     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
 993     history.setEditable(true);
 994     history.addItem("http://www.");
 995
 996     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
 997
 998     StringTokenizer st;
 999
1000     if (historyItems != null)
1001     {
1002       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
1003
1004       while (st.hasMoreTokens())
1005       {
1006         history.addItem(st.nextElement());
1007       }
1008     }
1009
1010     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop, panel,
1011             MessageManager.getString("label.input_alignment_from_url"),
1012             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
1013
1014     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
1015     {
1016       return;
1017     }
1018
1019     String url = history.getSelectedItem().toString();
1020
1021     if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
1022     {
1023       if (viewport != null)
1024       {
1025         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL,
1026                 "Jalview");
1027       }
1028       else
1029       {
1030         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
1031       }
1032     }
1033     else
1034     {
1035       String format = new IdentifyFile().Identify(url, FormatAdapter.URL);
1036
1037       if (format.equals("URL NOT FOUND"))
1038       {
1039         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1040                 MessageManager.formatMessage("label.couldnt_locate", new String[]{url}), MessageManager.getString("label.url_not_found"),
1041                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1042
1043         return;
1044       }
1045
1046       if (viewport != null)
1047       {
1048         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);
1049       }
1050       else
1051       {
1052         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);
1053       }
1054     }
1055   }
1056
1057   /**
1058    * DOCUMENT ME!
1059    *
1060    * @param e
1061    *          DOCUMENT ME!
1062    */
1063   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1064   {
1065     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1066     cap.setForInput(viewport);
1067     Desktop.addInternalFrame(cap,
1068             MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"),
1069             true, 600, 500);
1070   }
1071
1072   /*
1073    * Exit the program
1074    */
1075   public void quit()
1076   {
1077     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1078     jalview.bin.Cache
1079             .setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH", screen.width + "");
1080     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT", screen.height
1081             + "");
1082     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x,
1083             getBounds().y, getWidth(), getHeight()));
1084
1085     if (jconsole != null)
1086     {
1087       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1088       jconsole.stopConsole();
1089     }
1090     if (jvnews != null)
1091     {
1092       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1093
1094     }
1095     if (dialogExecutor != null)
1096     {
1097       dialogExecutor.shutdownNow();
1098     }
1099
1100     System.exit(0);
1101   }
1102
1103   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1104   {
1105     jalview.bin.Cache.log.debug("Storing last known dimensions for "
1106             + string + ": x:" + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width
1107             + " height:" + jc.height);
1108
1109     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1110     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1111     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1112     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1113   }
1114
1115   /**
1116    * DOCUMENT ME!
1117    *
1118    * @param e
1119    *          DOCUMENT ME!
1120    */
1121   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1122   {
1123     // StringBuffer message = getAboutMessage(false);
1124     // JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1125     //
1126     // message.toString(), "About Jalview", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1127     new Thread(new Runnable()
1128     {
1129       public void run()
1130       {
1131         new SplashScreen(true);
1132       }
1133     }).start();
1134   }
1135
1136   public StringBuffer getAboutMessage(boolean shortv)
1137   {
1138     StringBuffer message = new StringBuffer();
1139     message.append("<html>");
1140     if (shortv)
1141     {
1142       message.append("<h1><strong>Version: "
1143               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1144               + "</strong></h1>");
1145       message.append("<strong>Last Updated: <em>"
1146               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
1147               + "</em></strong>");
1148
1149     }
1150     else
1151     {
1152
1153       message.append("<strong>Version "
1154               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1155               + "; last updated: "
1156               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1157     }
1158
1159     if (jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking").equals(
1160             "Checking"))
1161     {
1162       message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1163     }
1164     else if (!jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1165             .equals(jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
1166     {
1167       boolean red = false;
1168       if (jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1169               .indexOf("automated build") == -1)
1170       {
1171         red = true;
1172         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1173         // version is not a development build
1174         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1175       }
1176
1177       message.append("<br>!! Version "
1178               + jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION",
1179                       "..Checking..")
1180               + " is available for download from "
1181               + jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
1182                       "http://www.jalview.org") + " !!");
1183       if (red)
1184       {
1185         message.append("</div>");
1186       }
1187     }
1188     message.append("<br>Authors:  "
1189             + jalview.bin.Cache
1190                     .getDefault(
1191                             "AUTHORFNAMES",
1192                             "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)")
1193             + "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
1194             + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
1195             + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
1196             + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
1197             + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
1198             + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033"
1199             + "</html>");
1200     return message;
1201   }
1202
1203   /**
1204    * DOCUMENT ME!
1205    *
1206    * @param e
1207    *          DOCUMENT ME!
1208    */
1209   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1210   {
1211     try
1212     {
1213       Help.showHelpWindow();
1214     } catch (Exception ex)
1215     {
1216     }
1217   }
1218
1219   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1220   {
1221     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1222     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1223     {
1224       try
1225       {
1226         frames[i].setClosed(true);
1227       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1228       {
1229       }
1230     }
1231     System.out.println("ALL CLOSED");
1232     if (v_client != null)
1233     {
1234       // TODO clear binding to vamsas document objects on close_all
1235
1236     }
1237   }
1238
1239   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1240   {
1241     reorderAssociatedWindows(false, false);
1242   }
1243
1244   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1245   {
1246     reorderAssociatedWindows(true, false);
1247   }
1248
1249   void closeAssociatedWindows()
1250   {
1251     reorderAssociatedWindows(false, true);
1252   }
1253
1254   /*
1255    * (non-Javadoc)
1256    *
1257    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1258    * ActionEvent)
1259    */
1260   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1261   {
1262     // We simply collect the garbage
1263     jalview.bin.Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1264     System.gc();
1265     jalview.bin.Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1266   }
1267
1268   /*
1269    * (non-Javadoc)
1270    *
1271    * @see
1272    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1273    * )
1274    */
1275   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1276   {
1277     desktop.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1278   }
1279
1280   /*
1281    * (non-Javadoc)
1282    *
1283    * @see
1284    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1285    * )
1286    */
1287   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1288   {
1289     showConsole(showConsole.isSelected());
1290   }
1291
1292   Console jconsole = null;
1293
1294   /**
1295    * control whether the java console is visible or not
1296    *
1297    * @param selected
1298    */
1299   void showConsole(boolean selected)
1300   {
1301     showConsole.setSelected(selected);
1302     // TODO: decide if we should update properties file
1303     Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE", Boolean.valueOf(selected)
1304             .toString());
1305     jconsole.setVisible(selected);
1306   }
1307
1308   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1309   {
1310     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1311     if (frames == null || frames.length < 1)
1312     {
1313       return;
1314     }
1315
1316     AlignViewport source = null, target = null;
1317     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1318     {
1319       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1320     }
1321     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1322     {
1323       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1324     }
1325     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1326     {
1327       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1328     }
1329     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1330     {
1331       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1332     }
1333
1334     if (source != null)
1335     {
1336       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1337       {
1338         target = null;
1339         if (frames[i] == null)
1340         {
1341           continue;
1342         }
1343         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1344         {
1345           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1346         }
1347         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1348         {
1349           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1350         }
1351         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1352         {
1353           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1354         }
1355         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1356         {
1357           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1358         }
1359
1360         if (source == target)
1361         {
1362           try
1363           {
1364             if (close)
1365             {
1366               frames[i].setClosed(true);
1367             }
1368             else
1369             {
1370               frames[i].setIcon(minimize);
1371               if (!minimize)
1372               {
1373                 frames[i].toFront();
1374               }
1375             }
1376
1377           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1378           {
1379           }
1380         }
1381       }
1382     }
1383   }
1384
1385   /**
1386    * DOCUMENT ME!
1387    *
1388    * @param e
1389    *          DOCUMENT ME!
1390    */
1391   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1392   {
1393     new Preferences();
1394   }
1395
1396   /**
1397    * DOCUMENT ME!
1398    *
1399    * @param e
1400    *          DOCUMENT ME!
1401    */
1402   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
1403   {
1404     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1405             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
1406             { "jvp" }, new String[]
1407             { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
1408
1409     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1410     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1411
1412     int value = chooser.showSaveDialog(this);
1413
1414     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1415     {
1416       final Desktop me = this;
1417       final java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
1418       new Thread(new Runnable()
1419       {
1420         public void run()
1421         {
1422
1423           setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.saving_jalview_project", new String[]{choice.getName()}),
1424                   choice.hashCode());
1425           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1426                   choice.getParent());
1427           // TODO catch and handle errors for savestate
1428           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1429           try
1430           {
1431             new Jalview2XML().SaveState(choice);
1432           } catch (OutOfMemoryError oom)
1433           {
1434             new OOMWarning("Whilst saving current state to "
1435                     + choice.getName(), oom);
1436           } catch (Exception ex)
1437           {
1438             Cache.log.error(
1439                     "Problems whilst trying to save to " + choice.getName(),
1440                     ex);
1441             JOptionPane.showMessageDialog(
1442                     me,
1443                     MessageManager.formatMessage("label.error_whilst_saving_current_state_to", new String[]{ choice.getName()}),
1444                     MessageManager.getString("label.couldnt_save_project"),
1445                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1446           }
1447           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1448         }
1449       }).start();
1450     }
1451   }
1452
1453   /**
1454    * DOCUMENT ME!
1455    *
1456    * @param e
1457    *          DOCUMENT ME!
1458    */
1459   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
1460   {
1461     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1462             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
1463             { "jvp", "jar" }, new String[]
1464             { "Jalview Project", "Jalview Project (old)" },
1465             "Jalview Project");
1466     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1467     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1468
1469     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1470
1471     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1472     {
1473       final String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
1474       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
1475               .getSelectedFile().getParent());
1476       new Thread(new Runnable()
1477       {
1478         public void run()
1479         {
1480           setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.loading_jalview_project", new String[]{choice}),
1481                   choice.hashCode());
1482           try
1483           {
1484             new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(choice);
1485           } catch (OutOfMemoryError oom)
1486           {
1487             new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1488           } catch (Exception ex)
1489           {
1490             Cache.log.error("Problems whilst loading project from "
1491                     + choice, ex);
1492             JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
1493                         MessageManager.formatMessage("label.error_whilst_loading_project_from", new String[]{choice}),
1494                     MessageManager.getString("label.couldnt_load_project"), JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1495           }
1496           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1497         }
1498       }).start();
1499     }
1500   }
1501
1502   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1503   {
1504     new SequenceFetcher(this);
1505   }
1506
1507   JPanel progressPanel;
1508
1509   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<JPanel>();
1510
1511   public void startLoading(final String fileName)
1512   {
1513     if (fileLoadingCount == 0)
1514     {
1515       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager.formatMessage("label.loading_file", new String[]{fileName})));
1516     }
1517     fileLoadingCount++;
1518   }
1519
1520   private JPanel addProgressPanel(String string)
1521   {
1522     if (progressPanel == null)
1523     {
1524       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1525       totalProgressCount = 0;
1526       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1527     }
1528     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1529     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1530     progressBar.setIndeterminate(true);
1531
1532     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1533
1534     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1535     progressPanel.add(thisprogress);
1536     ((GridLayout) progressPanel.getLayout())
1537             .setRows(((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1538     ++totalProgressCount;
1539     instance.validate();
1540     return thisprogress;
1541   }
1542
1543   int totalProgressCount = 0;
1544
1545   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1546   {
1547     if (progressPanel != null)
1548     {
1549       synchronized (progressPanel)
1550       {
1551         progressPanel.remove(progbar);
1552         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1553         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1554         if (--totalProgressCount < 1)
1555         {
1556           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1557           progressPanel = null;
1558         }
1559       }
1560     }
1561     validate();
1562   }
1563
1564   public void stopLoading()
1565   {
1566     fileLoadingCount--;
1567     if (fileLoadingCount < 1)
1568     {
1569       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1570       {
1571         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1572       }
1573       fileLoadingPanels.clear();
1574       fileLoadingCount = 0;
1575     }
1576     validate();
1577   }
1578
1579   public static int getViewCount(String alignmentId)
1580   {
1581     AlignViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1582     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1583   }
1584
1585   /**
1586    *
1587    * @param alignmentId
1588    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1589    */
1590   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1591   {
1592     int count = 0;
1593     if (Desktop.desktop == null)
1594     {
1595       // no frames created and in headless mode
1596       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1597       return null;
1598     }
1599     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
1600     ArrayList aps = new ArrayList();
1601     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1602     {
1603       if (frames[t] instanceof AlignFrame)
1604       {
1605         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
1606         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
1607         {
1608           if (alignmentId.equals(((AlignmentPanel) af.alignPanels
1609                   .elementAt(a)).av.getSequenceSetId()))
1610           {
1611             aps.add(af.alignPanels.elementAt(a));
1612           }
1613         }
1614       }
1615     }
1616     if (aps.size() == 0)
1617     {
1618       return null;
1619     }
1620     AlignmentPanel[] vap = new AlignmentPanel[aps.size()];
1621     for (int t = 0; t < vap.length; t++)
1622     {
1623       vap[t] = (AlignmentPanel) aps.get(t);
1624     }
1625     return vap;
1626   }
1627
1628   /**
1629    * get all the viewports on an alignment.
1630    *
1631    * @param sequenceSetId
1632    *          unique alignment id
1633    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
1634    */
1635   public static AlignViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
1636   {
1637     Vector viewp = new Vector();
1638     if (desktop != null)
1639     {
1640       javax.swing.JInternalFrame[] frames = instance.getAllFrames();
1641
1642       for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1643       {
1644         if (frames[t] instanceof AlignFrame)
1645         {
1646           AlignFrame afr = ((AlignFrame) frames[t]);
1647           if (afr.getViewport().getSequenceSetId().equals(sequenceSetId))
1648           {
1649             if (afr.alignPanels != null)
1650             {
1651               for (int a = 0; a < afr.alignPanels.size(); a++)
1652               {
1653                 if (sequenceSetId.equals(((AlignmentPanel) afr.alignPanels
1654                         .elementAt(a)).av.getSequenceSetId()))
1655                 {
1656                   viewp.addElement(((AlignmentPanel) afr.alignPanels
1657                           .elementAt(a)).av);
1658                 }
1659               }
1660             }
1661             else
1662             {
1663               viewp.addElement(((AlignFrame) frames[t]).getViewport());
1664             }
1665           }
1666         }
1667       }
1668       if (viewp.size() > 0)
1669       {
1670         AlignViewport[] vp = new AlignViewport[viewp.size()];
1671         viewp.copyInto(vp);
1672         return vp;
1673       }
1674     }
1675     return null;
1676   }
1677
1678   public void explodeViews(AlignFrame af)
1679   {
1680     int size = af.alignPanels.size();
1681     if (size < 2)
1682     {
1683       return;
1684     }
1685
1686     for (int i = 0; i < size; i++)
1687     {
1688       AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(i);
1689       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
1690       if (ap.av.explodedPosition != null
1691               && !ap.av.explodedPosition.equals(af.getBounds()))
1692       {
1693         newaf.setBounds(ap.av.explodedPosition);
1694       }
1695
1696       ap.av.gatherViewsHere = false;
1697
1698       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
1699               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
1700     }
1701
1702     af.alignPanels.clear();
1703     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1704
1705   }
1706
1707   public void gatherViews(AlignFrame source)
1708   {
1709     source.viewport.gatherViewsHere = true;
1710     source.viewport.explodedPosition = source.getBounds();
1711     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1712     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
1713
1714     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1715     {
1716       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
1717       {
1718         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
1719         boolean gatherThis = false;
1720         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
1721         {
1722           AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(a);
1723           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1724           {
1725             gatherThis = true;
1726             ap.av.gatherViewsHere = false;
1727             ap.av.explodedPosition = af.getBounds();
1728             source.addAlignmentPanel(ap, false);
1729           }
1730         }
1731
1732         if (gatherThis)
1733         {
1734           af.alignPanels.clear();
1735           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1736         }
1737       }
1738     }
1739
1740   }
1741
1742   jalview.gui.VamsasApplication v_client = null;
1743
1744   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
1745   {
1746     if (v_client == null)
1747     {
1748       // Load and try to start a session.
1749       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1750               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
1751
1752       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1753       chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.open_saved_vamsas_session"));
1754       chooser.setToolTipText(MessageManager
1755               .getString("label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session"));
1756
1757       int value = chooser.showOpenDialog(this);
1758
1759       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1760       {
1761         String fle = chooser.getSelectedFile().toString();
1762         if (!vamsasImport(chooser.getSelectedFile()))
1763         {
1764           JOptionPane
1765                   .showInternalMessageDialog(
1766                           Desktop.desktop,
1767                           MessageManager.formatMessage(
1768                                   "label.couldnt_import_as_vamsas_session",
1769                                   new String[]
1770                                   { fle }),
1771                           MessageManager
1772                                   .getString("label.vamsas_document_import_failed"),
1773                           JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1774         }
1775       }
1776     }
1777     else
1778     {
1779       jalview.bin.Cache.log
1780               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1781     }
1782   }
1783
1784   /**
1785    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1786    *
1787    * @param file
1788    * @return true if import was a success and a session was started.
1789    */
1790   public boolean vamsasImport(URL url)
1791   {
1792     // TODO: create progress bar
1793     if (v_client != null)
1794     {
1795
1796       jalview.bin.Cache.log
1797               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1798       return false;
1799     }
1800
1801     try
1802     {
1803       // copy the URL content to a temporary local file
1804       // TODO: be a bit cleverer here with nio (?!)
1805       File file = File.createTempFile("vdocfromurl", ".vdj");
1806       FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file);
1807       BufferedInputStream bis = new BufferedInputStream(url.openStream());
1808       byte[] buffer = new byte[2048];
1809       int ln;
1810       while ((ln = bis.read(buffer)) > -1)
1811       {
1812         fos.write(buffer, 0, ln);
1813       }
1814       bis.close();
1815       fos.close();
1816       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file,
1817               url.toExternalForm());
1818     } catch (Exception ex)
1819     {
1820       jalview.bin.Cache.log.error(
1821               "Failed to create new vamsas session from contents of URL "
1822                       + url, ex);
1823       return false;
1824     }
1825     setupVamsasConnectedGui();
1826     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
1827     return v_client.inSession();
1828   }
1829
1830   /**
1831    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1832    *
1833    * @param file
1834    * @return true if import was a success and a session was started.
1835    */
1836   public boolean vamsasImport(File file)
1837   {
1838     if (v_client != null)
1839     {
1840
1841       jalview.bin.Cache.log
1842               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1843       return false;
1844     }
1845
1846     setProgressBar(MessageManager.formatMessage("status.importing_vamsas_session_from", new String[]{file.getName()}),
1847             file.hashCode());
1848     try
1849     {
1850       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file, null);
1851     } catch (Exception ex)
1852     {
1853         setProgressBar(MessageManager.formatMessage("status.importing_vamsas_session_from", new String[]{file.getName()}),
1854                 file.hashCode());
1855       jalview.bin.Cache.log.error(
1856               "New vamsas session from existing session file failed:", ex);
1857       return false;
1858     }
1859     setupVamsasConnectedGui();
1860     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
1861     setProgressBar(MessageManager.formatMessage("status.importing_vamsas_session_from", new String[]{file.getName()}),
1862             file.hashCode());
1863     return v_client.inSession();
1864   }
1865
1866   public boolean joinVamsasSession(String mysesid)
1867   {
1868     if (v_client != null)
1869     {
1870       throw new Error(MessageManager.getString("error.try_join_vamsas_session_another"));
1871     }
1872     if (mysesid == null)
1873     {
1874       throw new Error(MessageManager.getString("error.invalid_vamsas_session_id"));
1875     }
1876     v_client = new VamsasApplication(this, mysesid);
1877     setupVamsasConnectedGui();
1878     v_client.initial_update();
1879     return (v_client.inSession());
1880   }
1881
1882   public void vamsasStart_actionPerformed(ActionEvent e)
1883   {
1884     if (v_client == null)
1885     {
1886       // Start a session.
1887       // we just start a default session for moment.
1888       /*
1889        * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
1890        * getProperty("LAST_DIRECTORY"));
1891        *
1892        * chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1893        * chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
1894        * chooser.setToolTipText("Import");
1895        *
1896        * int value = chooser.showOpenDialog(this);
1897        *
1898        * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { v_client = new
1899        * jalview.gui.VamsasApplication(this, chooser.getSelectedFile());
1900        */
1901       v_client = new VamsasApplication(this);
1902       setupVamsasConnectedGui();
1903       v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
1904     }
1905     else
1906     {
1907       // store current data in session.
1908       v_client.push_update(); // TODO: thread
1909     }
1910   }
1911
1912   protected void setupVamsasConnectedGui()
1913   {
1914     vamsasStart.setText(MessageManager.getString("label.session_update"));
1915     vamsasSave.setVisible(true);
1916     vamsasStop.setVisible(true);
1917     vamsasImport.setVisible(false); // Document import to existing session is
1918     // not possible for vamsas-client-1.0.
1919   }
1920
1921   protected void setupVamsasDisconnectedGui()
1922   {
1923     vamsasSave.setVisible(false);
1924     vamsasStop.setVisible(false);
1925     vamsasImport.setVisible(true);
1926     vamsasStart.setText(MessageManager
1927             .getString("label.new_vamsas_session"));
1928   }
1929
1930   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
1931   {
1932     if (v_client != null)
1933     {
1934       v_client.end_session();
1935       v_client = null;
1936       setupVamsasDisconnectedGui();
1937     }
1938   }
1939
1940   protected void buildVamsasStMenu()
1941   {
1942     if (v_client == null)
1943     {
1944       String[] sess = null;
1945       try
1946       {
1947         sess = VamsasApplication.getSessionList();
1948       } catch (Exception e)
1949       {
1950         jalview.bin.Cache.log.warn(
1951                 "Problem getting current sessions list.", e);
1952         sess = null;
1953       }
1954       if (sess != null)
1955       {
1956         jalview.bin.Cache.log.debug("Got current sessions list: "
1957                 + sess.length + " entries.");
1958         VamsasStMenu.removeAll();
1959         for (int i = 0; i < sess.length; i++)
1960         {
1961           JMenuItem sessit = new JMenuItem();
1962           sessit.setText(sess[i]);
1963           sessit.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
1964                   "label.connect_to_session", new String[]
1965                   { sess[i] }));
1966           final Desktop dsktp = this;
1967           final String mysesid = sess[i];
1968           sessit.addActionListener(new ActionListener()
1969           {
1970
1971             public void actionPerformed(ActionEvent e)
1972             {
1973               if (dsktp.v_client == null)
1974               {
1975                 Thread rthr = new Thread(new Runnable()
1976                 {
1977
1978                   public void run()
1979                   {
1980                     dsktp.v_client = new VamsasApplication(dsktp, mysesid);
1981                     dsktp.setupVamsasConnectedGui();
1982                     dsktp.v_client.initial_update();
1983                   }
1984
1985                 });
1986                 rthr.start();
1987               }
1988             };
1989           });
1990           VamsasStMenu.add(sessit);
1991         }
1992         // don't show an empty menu.
1993         VamsasStMenu.setVisible(sess.length > 0);
1994
1995       }
1996       else
1997       {
1998         jalview.bin.Cache.log.debug("No current vamsas sessions.");
1999         VamsasStMenu.removeAll();
2000         VamsasStMenu.setVisible(false);
2001       }
2002     }
2003     else
2004     {
2005       // Not interested in the content. Just hide ourselves.
2006       VamsasStMenu.setVisible(false);
2007     }
2008   }
2009
2010   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
2011   {
2012     if (v_client != null)
2013     {
2014       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
2015               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
2016               { "vdj" }, // TODO: VAMSAS DOCUMENT EXTENSION is VDJ
2017               new String[]
2018               { "Vamsas Document" }, "Vamsas Document");
2019
2020       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2021       chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_vamsas_document_archive"));
2022
2023       int value = chooser.showSaveDialog(this);
2024
2025       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2026       {
2027         java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
2028         JPanel progpanel = addProgressPanel(MessageManager.formatMessage("label.saving_vamsas_doc", new String[]{choice.getName()}));
2029         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
2030         String warnmsg = null;
2031         String warnttl = null;
2032         try
2033         {
2034           v_client.vclient.storeDocument(choice);
2035         } catch (Error ex)
2036         {
2037           warnttl = "Serious Problem saving Vamsas Document";
2038           warnmsg = ex.toString();
2039           jalview.bin.Cache.log.error("Error Whilst saving document to "
2040                   + choice, ex);
2041
2042         } catch (Exception ex)
2043         {
2044           warnttl = "Problem saving Vamsas Document.";
2045           warnmsg = ex.toString();
2046           jalview.bin.Cache.log.warn("Exception Whilst saving document to "
2047                   + choice, ex);
2048
2049         }
2050         removeProgressPanel(progpanel);
2051         if (warnmsg != null)
2052         {
2053           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2054
2055           warnmsg, warnttl, JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2056         }
2057       }
2058     }
2059   }
2060
2061   JPanel vamUpdate = null;
2062
2063   /**
2064    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
2065    *
2066    * @param b
2067    *          true to hide gui, false to reveal gui
2068    */
2069   public void setVamsasUpdate(boolean b)
2070   {
2071     jalview.bin.Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "
2072             + (b ? "in progress" : "finished"));
2073
2074     if (vamUpdate != null)
2075     {
2076       this.removeProgressPanel(vamUpdate);
2077     }
2078     if (b)
2079     {
2080       vamUpdate = this.addProgressPanel(MessageManager.getString("label.updating_vamsas_session"));
2081     }
2082     vamsasStart.setVisible(!b);
2083     vamsasStop.setVisible(!b);
2084     vamsasSave.setVisible(!b);
2085   }
2086
2087   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2088   {
2089     return desktop.getAllFrames();
2090   }
2091
2092   /**
2093    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2094    * should be informed of a new questionnaire.
2095    *
2096    * @param url
2097    */
2098   public void checkForQuestionnaire(String url)
2099   {
2100     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2101     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2102     new Thread(jvq).start();
2103   }
2104
2105   /**
2106    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2107    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs
2108    * low.
2109    *
2110    * @author AMW
2111    */
2112   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
2113   {
2114
2115     boolean showMemoryUsage = false;
2116
2117     Runtime runtime;
2118
2119     java.text.NumberFormat df;
2120
2121     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2122             percentUsage;
2123
2124     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2125     {
2126       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2127     }
2128
2129     public void showMemoryUsage(boolean showMemoryUsage)
2130     {
2131       this.showMemoryUsage = showMemoryUsage;
2132       if (showMemoryUsage)
2133       {
2134         Thread worker = new Thread(this);
2135         worker.start();
2136       }
2137     }
2138
2139     public boolean isShowMemoryUsage()
2140     {
2141       return showMemoryUsage;
2142     }
2143
2144     public void run()
2145     {
2146       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2147       df.setMaximumFractionDigits(2);
2148       runtime = Runtime.getRuntime();
2149
2150       while (showMemoryUsage)
2151       {
2152         try
2153         {
2154           maxMemory = runtime.maxMemory() / 1048576f;
2155           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / 1048576f;
2156           freeMemory = runtime.freeMemory() / 1048576f;
2157           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2158
2159           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2160
2161           // if (percentUsage < 20)
2162           {
2163             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2164             // Color.red);
2165             // instance.set.setBorder(border1);
2166           }
2167           repaint();
2168           // sleep after showing usage
2169           Thread.sleep(3000);
2170         } catch (Exception ex)
2171         {
2172           ex.printStackTrace();
2173         }
2174       }
2175     }
2176
2177     public void paintComponent(Graphics g)
2178     {
2179       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2180       {
2181         if (percentUsage < 20)
2182         {
2183           g.setColor(Color.red);
2184         }
2185         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2186         if (fm != null)
2187         {
2188           g.drawString(MessageManager.formatMessage(
2189                   "label.memory_stats",
2190                   new String[]
2191                   { df.format(totalFreeMemory), df.format(maxMemory),
2192                       df.format(percentUsage) }), 10,
2193                   getHeight() - fm.getHeight());
2194         }
2195       }
2196     }
2197   }
2198
2199   /**
2200    * fixes stacking order after a modal dialog to ensure windows that should be
2201    * on top actually are
2202    */
2203   public void relayerWindows()
2204   {
2205
2206   }
2207
2208   protected JMenuItem groovyShell;
2209
2210   public void doGroovyCheck()
2211   {
2212     if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
2213     {
2214       groovyShell = new JMenuItem();
2215       groovyShell.setText(MessageManager.getString("label.groovy_console"));
2216       groovyShell.addActionListener(new ActionListener()
2217       {
2218         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2219         {
2220           groovyShell_actionPerformed(e);
2221         }
2222       });
2223       toolsMenu.add(groovyShell);
2224       groovyShell.setVisible(true);
2225     }
2226   }
2227
2228   /**
2229    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2230    */
2231   public static AlignFrame[] getAlignframes()
2232   {
2233     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2234
2235     if (frames == null)
2236     {
2237       return null;
2238     }
2239     Vector avp = new Vector();
2240     try
2241     {
2242       // REVERSE ORDER
2243       for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2244       {
2245         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2246         {
2247           AlignFrame af = (AlignFrame) frames[i];
2248           avp.addElement(af);
2249         }
2250       }
2251     } catch (Exception ex)
2252     {
2253       ex.printStackTrace();
2254     }
2255     if (avp.size() == 0)
2256     {
2257       return null;
2258     }
2259     AlignFrame afs[] = new AlignFrame[avp.size()];
2260     for (int i = 0, j = avp.size(); i < j; i++)
2261     {
2262       afs[i] = (AlignFrame) avp.elementAt(i);
2263     }
2264     avp.clear();
2265     return afs;
2266   }
2267
2268   public AppJmol[] getJmols()
2269   {
2270     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2271
2272     if (frames == null)
2273     {
2274       return null;
2275     }
2276     Vector avp = new Vector();
2277     try
2278     {
2279       // REVERSE ORDER
2280       for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2281       {
2282         if (frames[i] instanceof AppJmol)
2283         {
2284           AppJmol af = (AppJmol) frames[i];
2285           avp.addElement(af);
2286         }
2287       }
2288     } catch (Exception ex)
2289     {
2290       ex.printStackTrace();
2291     }
2292     if (avp.size() == 0)
2293     {
2294       return null;
2295     }
2296     AppJmol afs[] = new AppJmol[avp.size()];
2297     for (int i = 0, j = avp.size(); i < j; i++)
2298     {
2299       afs[i] = (AppJmol) avp.elementAt(i);
2300     }
2301     avp.clear();
2302     return afs;
2303   }
2304
2305   /**
2306    * Add Groovy Support to Jalview
2307    */
2308   public void groovyShell_actionPerformed(ActionEvent e)
2309   {
2310     // use reflection to avoid creating compilation dependency.
2311     if (!jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
2312     {
2313       throw new Error(MessageManager.getString("error.implementation_error_cannot_create_groovyshell"));
2314     }
2315     try
2316     {
2317       Class gcClass = Desktop.class.getClassLoader().loadClass(
2318               "groovy.ui.Console");
2319       Constructor gccons = gcClass.getConstructor(null);
2320       java.lang.reflect.Method setvar = gcClass.getMethod("setVariable",
2321               new Class[]
2322               { String.class, Object.class });
2323       java.lang.reflect.Method run = gcClass.getMethod("run", null);
2324       Object gc = gccons.newInstance(null);
2325       setvar.invoke(gc, new Object[]
2326       { "Jalview", this });
2327       run.invoke(gc, null);
2328     } catch (Exception ex)
2329     {
2330       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2331       JOptionPane
2332               .showInternalMessageDialog(
2333                       Desktop.desktop,
2334
2335                       MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2336                       MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2337                       JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2338     }
2339   }
2340
2341   /**
2342    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2343    */
2344   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2345
2346   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2347
2348   /*
2349    * (non-Javadoc)
2350    *
2351    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2352    */
2353   public void setProgressBar(String message, long id)
2354   {
2355     if (progressBars == null)
2356     {
2357       progressBars = new Hashtable<Long, JPanel>();
2358       progressBarHandlers = new Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler>();
2359     }
2360
2361     if (progressBars.get(new Long(id)) != null)
2362     {
2363       JPanel progressPanel = progressBars.remove(new Long(id));
2364       if (progressBarHandlers.contains(new Long(id)))
2365       {
2366         progressBarHandlers.remove(new Long(id));
2367       }
2368       removeProgressPanel(progressPanel);
2369     }
2370     else
2371     {
2372       progressBars.put(new Long(id), addProgressPanel(message));
2373     }
2374   }
2375
2376   /*
2377    * (non-Javadoc)
2378    *
2379    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2380    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2381    */
2382   public void registerHandler(final long id,
2383           final IProgressIndicatorHandler handler)
2384   {
2385     if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(new Long(id)))
2386     {
2387       throw new Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2388     }
2389     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
2390     final JPanel progressPanel = progressBars.get(new Long(id));
2391     if (handler.canCancel())
2392     {
2393       JButton cancel = new JButton(
2394               MessageManager.getString("action.cancel"));
2395       final IProgressIndicator us = this;
2396       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2397       {
2398
2399         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2400         {
2401           handler.cancelActivity(id);
2402           us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params", new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
2403         }
2404       });
2405       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2406     }
2407   }
2408
2409   /**
2410    *
2411    * @return true if any progress bars are still active
2412    */
2413   @Override
2414   public boolean operationInProgress()
2415   {
2416     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2417     {
2418       return true;
2419     }
2420     return false;
2421   }
2422
2423   /**
2424    * This will return the first AlignFrame viewing AlignViewport av. It will
2425    * break if there are more than one AlignFrames viewing a particular av. This
2426    *
2427    * @param av
2428    * @return alignFrame for av
2429    */
2430   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewport av)
2431   {
2432     if (desktop != null)
2433     {
2434       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(av.getSequenceSetId());
2435       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2436       {
2437         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == av)
2438         {
2439           return aps[panel].alignFrame;
2440         }
2441       }
2442     }
2443     return null;
2444   }
2445
2446   public VamsasApplication getVamsasApplication()
2447   {
2448     return v_client;
2449
2450   }
2451
2452   /**
2453    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
2454    */
2455   private boolean inBatchMode = false;
2456
2457   /**
2458    * check if jalview GUI is being operated programmatically
2459    *
2460    * @return inBatchMode
2461    */
2462   public boolean isInBatchMode()
2463   {
2464     return inBatchMode;
2465   }
2466
2467   /**
2468    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
2469    *
2470    * @param inBatchMode
2471    */
2472   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
2473   {
2474     this.inBatchMode = inBatchMode;
2475   }
2476
2477   public void startServiceDiscovery()
2478   {
2479     startServiceDiscovery(false);
2480   }
2481
2482   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
2483   {
2484     boolean alive = true;
2485     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
2486     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
2487     if (true)
2488     {
2489       // todo: changesupport handlers need to be transferred
2490       if (discoverer == null)
2491       {
2492         discoverer = new jalview.ws.jws1.Discoverer();
2493         // register PCS handler for desktop.
2494         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
2495       }
2496       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
2497       // until we phase out completely
2498       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
2499     }
2500
2501     // ENFIN services are EOLed as of Jalview 2.8.1 release
2502     if (false)
2503     {
2504       try
2505       {
2506         if (Cache.getDefault("SHOW_ENFIN_SERVICES", true))
2507         {
2508           // EnfinEnvision web service menu entries are rebuild every time the
2509           // menu is shown, so no changeSupport events are needed.
2510           jalview.ws.EnfinEnvision2OneWay.getInstance();
2511           (t1 = new Thread(jalview.ws.EnfinEnvision2OneWay.getInstance()))
2512                   .start();
2513         }
2514       } catch (Exception e)
2515       {
2516         Cache.log
2517                 .info("Exception when trying to launch Envision2 workflow discovery.",
2518                         e);
2519         Cache.log.info(e.getStackTrace());
2520       }
2521     }
2522
2523     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
2524     {
2525       if (jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().isRunning())
2526       {
2527         jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().setAborted(true);
2528       }
2529       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().startDiscoverer(
2530               changeSupport);
2531
2532     }
2533     Thread t3 = null;
2534     {
2535       // TODO: do rest service discovery
2536     }
2537     if (blocking)
2538     {
2539       while (alive)
2540       {
2541         try
2542         {
2543           Thread.sleep(15);
2544         } catch (Exception e)
2545         {
2546         }
2547         alive = (t1 != null && t1.isAlive())
2548                 || (t2 != null && t2.isAlive())
2549                 || (t3 != null && t3.isAlive())
2550                 || (t0 != null && t0.isAlive());
2551       }
2552     }
2553   }
2554
2555   /**
2556    * called to check if the service discovery process completed successfully.
2557    *
2558    * @param evt
2559    */
2560   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
2561   {
2562     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
2563     {
2564       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2565               .getErrorMessages();
2566       if (ermsg != null)
2567       {
2568         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
2569         {
2570           if (serviceChangedDialog == null)
2571           {
2572             // only run if we aren't already displaying one of these.
2573             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
2574             {
2575               public void run()
2576               {
2577
2578                 /*
2579                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
2580                  *
2581                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
2582                  * Auto-generated method stub
2583                  *
2584                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
2585                  * Auto-generated method stub
2586                  *
2587                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
2588                  * Auto-generated method stub
2589                  *
2590                  * } }; jd.initDialogFrame(new
2591                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
2592                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
2593                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
2594                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
2595                  * +
2596                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
2597                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
2598                  * 400);
2599                  *
2600                  * jd.waitForInput();
2601                  */
2602                 JOptionPane
2603                         .showConfirmDialog(
2604                                 Desktop.desktop,
2605                                 new JLabel(
2606                                         "<html><table width=\"450\"><tr><td>"
2607                                                 + ermsg
2608                                                 + "</td></tr></table>"
2609                                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
2610                                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
2611                                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
2612                                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
2613                                 "Web Service Configuration Problem",
2614                                 JOptionPane.DEFAULT_OPTION,
2615                                 JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2616                 serviceChangedDialog = null;
2617
2618               }
2619             });
2620           }
2621         }
2622         else
2623         {
2624           Cache.log
2625                   .error("Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
2626                           + ermsg);
2627         }
2628       }
2629     }
2630   }
2631
2632   private Runnable serviceChangedDialog = null;
2633
2634   /**
2635    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
2636    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
2637    * to open the URL.
2638    *
2639    * @param url
2640    */
2641   public static void showUrl(final String url)
2642   {
2643     showUrl(url, Desktop.instance);
2644   }
2645
2646   /**
2647    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
2648    *
2649    * @param url
2650    * @param progress
2651    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
2652    */
2653   public static void showUrl(final String url,
2654           final IProgressIndicator progress)
2655   {
2656     new Thread(new Runnable()
2657     {
2658       public void run()
2659       {
2660         try
2661         {
2662           if (progress != null)
2663           {
2664             progress.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("status.opening_params", new String[]{url}), this.hashCode());
2665           }
2666           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
2667         } catch (Exception ex)
2668         {
2669           JOptionPane
2670                   .showInternalMessageDialog(
2671                           Desktop.desktop,
2672                           MessageManager.getString("label.web_browser_not_found_unix"),
2673                           MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
2674                           JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2675
2676           ex.printStackTrace();
2677         }
2678         if (progress != null)
2679         {
2680           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
2681         }
2682       }
2683     }).start();
2684   }
2685
2686   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
2687
2688   public static ParamManager getUserParameterStore()
2689   {
2690     if (wsparamManager == null)
2691     {
2692       wsparamManager = new WsParamSetManager();
2693     }
2694     return wsparamManager;
2695   }
2696
2697   /**
2698    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
2699    *
2700    * @param e
2701    */
2702   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
2703   {
2704     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
2705     {
2706       String url = null;
2707       try
2708       {
2709         url = e.getURL().toString();
2710         Desktop.showUrl(url);
2711       } catch (Exception x)
2712       {
2713         if (url != null)
2714         {
2715           if (Cache.log != null)
2716           {
2717             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
2718           }
2719           else
2720           {
2721             System.err.println("Couldn't handle string " + url
2722                     + " as a URL.");
2723           }
2724         }
2725         // ignore any exceptions due to dud links.
2726       }
2727
2728     }
2729   }
2730
2731   /**
2732    * single thread that handles display of dialogs to user.
2733    */
2734   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
2735
2736   /**
2737    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
2738    */
2739   private volatile boolean dialogPause = true;
2740
2741   /**
2742    * pause the queue
2743    */
2744   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
2745
2746   /**
2747    * add another dialog thread to the queue
2748    *
2749    * @param prompter
2750    */
2751   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
2752   {
2753     dialogExecutor.submit(new Runnable()
2754     {
2755       public void run()
2756       {
2757         if (dialogPause)
2758         {
2759           try
2760           {
2761             block.acquire();
2762           } catch (InterruptedException x)
2763           {
2764           }
2765           ;
2766         }
2767         if (instance == null)
2768         {
2769           return;
2770         }
2771         try
2772         {
2773           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
2774         } catch (Exception q)
2775         {
2776           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
2777         }
2778       }
2779     });
2780   }
2781
2782   public void startDialogQueue()
2783   {
2784     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
2785     // the current task to begin
2786     dialogPause = false;
2787     block.release();
2788   }
2789   @Override
2790   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
2791   {
2792     invalidate();
2793     File of;
2794     ImageMaker im = new jalview.util.ImageMaker(this, ImageMaker.TYPE.EPS,
2795             "View of Desktop", getWidth(), getHeight(), of = new File(
2796                     "Jalview_snapshot" + System.currentTimeMillis()
2797                             + ".eps"), "View of desktop");
2798     try {
2799       paintAll(im.getGraphics());
2800       im.writeImage();
2801     } catch (Exception q)
2802     {
2803       Cache.log.error("Couldn't write snapshot to "+of.getAbsolutePath(),q);
2804       return;
2805     }
2806     Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "+of.getAbsolutePath());
2807   }
2808 }