src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.io.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.datatransfer.*;
  25 import java.awt.dnd.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import javax.swing.*;
  29
  30
  31 /**
  32  * DOCUMENT ME!
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
  38     implements DropTargetListener
  39 {
  40     /** DOCUMENT ME!! */
  41     public static JDesktopPane desktop;
  42     static int openFrameCount = 0;
  43     static final int xOffset = 30;
  44     static final int yOffset = 30;
  45     public static jalview.ws.Discoverer discoverer;
  46
  47     public static Object [] jalviewClipboard;
  48
  49
  50     /**
  51      * Creates a new Desktop object.
  52      */
  53     public Desktop()
  54     {
  55         Image image = null;
  56
  57
  58         try
  59         {
  60             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");
  61
  62             if (url != null)
  63             {
  64                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  65
  66                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
  67                 mt.addImage(image, 0);
  68                 mt.waitForID(0);
  69                 setIconImage(image);
  70             }
  71         }
  72         catch (Exception ex)
  73         {
  74         }
  75
  76         setTitle("Jalview "+jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
  77         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  78         desktop = new JDesktopPane();
  79         desktop.setBackground(Color.white);
  80         setContentPane(desktop);
  81         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
  82
  83         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
  84         // if previous window was maximised
  85         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());
  86
  87         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
  88         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");
  89         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");
  90         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");
  91         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");
  92
  93         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
  94         {
  95             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),
  96                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));
  97         }
  98         else
  99         {
 100             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,
 101                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 102         }
 103
 104         this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 105             {
 106                 public void windowClosing(WindowEvent evt)
 107                 {
 108                     quit();
 109                 }
 110             });
 111
 112         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 113
 114         /////////Add a splashscreen on startup
 115         /////////Add a splashscreen on startup
 116         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
 117
 118         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);
 119         frame.setContentPane(splash);
 120         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 121         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),
 122             (int) ((getHeight() - 160) / 2));
 123
 124         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);
 125
 126         discoverer=new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.
 127
 128     }
 129
 130     /**
 131      * DOCUMENT ME!
 132      *
 133      * @param frame DOCUMENT ME!
 134      * @param title DOCUMENT ME!
 135      * @param w DOCUMENT ME!
 136      * @param h DOCUMENT ME!
 137      */
 138     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 139         String title, int w, int h)
 140     {
 141         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 142     }
 143
 144     /**
 145      * DOCUMENT ME!
 146      *
 147      * @param frame DOCUMENT ME!
 148      * @param title DOCUMENT ME!
 149      * @param w DOCUMENT ME!
 150      * @param h DOCUMENT ME!
 151      * @param resizable DOCUMENT ME!
 152      */
 153     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 154         String title, int w, int h, boolean resizable)
 155     {
 156
 157       frame.setTitle(title);
 158       if(frame.getWidth()<1 || frame.getHeight()<1)
 159       {
 160         frame.setSize(w, h);
 161       }
 162       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 163       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 164       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 165       /////////////////////////////////////////////////
 166       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 167           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 168       {
 169         return;
 170       }
 171
 172
 173         openFrameCount++;
 174
 175         frame.setVisible(true);
 176         frame.setClosable(true);
 177         frame.setResizable(resizable);
 178         frame.setMaximizable(resizable);
 179         frame.setIconifiable(resizable);
 180         frame.setFrameIcon(null);
 181
 182         if (frame.getX()<1 && frame.getY()<1)
 183        {
 184          frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * ((openFrameCount-1)%10)+yOffset);
 185        }
 186
 187         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 188         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 189             {
 190               public void internalFrameActivated(javax.swing.event.
 191                                                  InternalFrameEvent evt)
 192               {
 193                 JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 194                 if (itf != null)
 195                   itf.requestFocus();
 196
 197               }
 198
 199                 public void internalFrameClosed(
 200                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 201                 {
 202                     openFrameCount--;
 203                     windowMenu.remove(menuItem);
 204                     JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 205                        if (itf != null)
 206                         itf.requestFocus();
 207                 }
 208                 ;
 209             });
 210
 211         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 212             {
 213                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 214                 {
 215                     try
 216                     {
 217                         frame.setSelected(true);
 218                         frame.setIcon(false);
 219                     }
 220                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 221                     {
 222
 223                     }
 224                 }
 225             });
 226
 227         windowMenu.add(menuItem);
 228
 229         desktop.add(frame);
 230         frame.toFront();
 231         try{
 232           frame.setSelected(true);
 233           frame.requestFocus();
 234         }catch(java.beans.PropertyVetoException ve)
 235         {}
 236     }
 237
 238     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 239     {}
 240
 241     public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 242     {}
 243
 244     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 245     {}
 246
 247     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 248     {}
 249
 250     /**
 251      * DOCUMENT ME!
 252      *
 253      * @param evt DOCUMENT ME!
 254      */
 255     public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 256     {
 257         Transferable t = evt.getTransferable();
 258         java.util.List files = null;
 259
 260         try
 261         {
 262           DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor("text/uri-list;class=java.lang.String");
 263           if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 264           {
 265             //Works on Windows and MacOSX
 266             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 267             files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 268           }
 269           else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
 270           {
 271             // This is used by Unix drag system
 272             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 273             String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
 274             files = new java.util.ArrayList(1);
 275             for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
 276                 data,
 277                 "\r\n");
 278                  st.hasMoreTokens(); )
 279             {
 280               String s = st.nextToken();
 281               if (s.startsWith("#"))
 282               {
 283                 // the line is a comment (as per the RFC 2483)
 284                 continue;
 285               }
 286
 287               java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
 288               java.io.File file = new java.io.File(uri);
 289               files.add(file);
 290             }
 291           }
 292         }
 293         catch (Exception e)
 294         {
 295           e.printStackTrace();
 296         }
 297
 298         if (files != null)
 299         {
 300           try
 301           {
 302             for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 303             {
 304               String file = files.get(i).toString();
 305               String protocol = "File";
 306               String format = null;
 307
 308               if (file.endsWith(".jar"))
 309               {
 310                 format = "Jalview";
 311
 312               }
 313               else
 314               {
 315                 format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,
 316                                                           protocol);
 317               }
 318               LoadFile(file, protocol, format);
 319             }
 320           }
 321           catch (Exception ex)
 322           {
 323             ex.printStackTrace();
 324           }
 325         }
 326     }
 327
 328     /**
 329      * DOCUMENT ME!
 330      *
 331      * @param e DOCUMENT ME!
 332      */
 333     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 334     {
 335         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 336                     "LAST_DIRECTORY"),
 337                 new String[]
 338                 {
 339                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",
 340                     "jar"
 341                 },
 342                 new String[]
 343                 {
 344                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"
 345                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 346
 347         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 348         chooser.setDialogTitle("Open local file");
 349         chooser.setToolTipText("Open");
 350
 351         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 352
 353         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 354         {
 355             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 356             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 357                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 358
 359             String format = null;
 360             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 361             {
 362               format = "Jalview";
 363             }
 364             else
 365             {
 366                 format = IdentifyFile.Identify(choice, "File");
 367             }
 368
 369             jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);
 370             LoadFile(choice, "File", format);
 371         }
 372     }
 373
 374     /**
 375      * DOCUMENT ME!
 376      *
 377      * @param file DOCUMENT ME!
 378      * @param protocol DOCUMENT ME!
 379      * @param format DOCUMENT ME!
 380      */
 381     public void LoadFile(String file, String protocol, String format)
 382     {
 383       FileLoader fileLoader = new FileLoader();
 384       fileLoader.LoadFile(file, protocol, format);
 385     }
 386
 387     /**
 388      * DOCUMENT ME!
 389      *
 390      * @param e DOCUMENT ME!
 391      */
 392     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 393     {
 394       // This construct allows us to have a wider textfield
 395       // for viewing
 396       JLabel label = new JLabel("Enter URL of Input File");
 397       JTextField textinput = new JTextField("http://www.", 40);
 398       JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());
 399       panel.add(label, BorderLayout.NORTH);
 400       panel.add(textinput, BorderLayout.SOUTH);
 401
 402
 403        int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop,
 404           panel, "Input Alignment From URL",
 405           JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION );
 406
 407
 408         if (reply != JOptionPane.OK_OPTION )
 409         {
 410             return;
 411         }
 412
 413         String url = textinput.getText();
 414
 415         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
 416         {
 417                jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", "Jalview");
 418                Jalview2XML.LoadJalviewAlign(url);
 419         }
 420         else
 421         {
 422
 423           String format = IdentifyFile.Identify(url, "URL");
 424
 425           if (format.equals("URL NOT FOUND"))
 426           {
 427             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 428                                                   "Couldn't locate " + url,
 429                                                   "URL not found",
 430                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 431
 432             return;
 433           }
 434
 435           LoadFile(url, "URL", format);
 436         }
 437     }
 438
 439     /**
 440      * DOCUMENT ME!
 441      *
 442      * @param e DOCUMENT ME!
 443      */
 444     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 445     {
 446         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 447         cap.setForInput();
 448         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
 449     }
 450
 451     /*
 452      * Exit the program
 453      */
 454     public void quit()
 455     {
 456         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");
 457         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");
 458         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");
 459         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");
 460         System.exit(0);
 461     }
 462
 463     /**
 464      * DOCUMENT ME!
 465      *
 466      * @param e DOCUMENT ME!
 467      */
 468     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 469     {
 470       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView version " +
 471                                               jalview.bin.Cache.getProperty(
 472           "VERSION") +
 473                                               "; last updated: " +
 474                                               jalview.bin.
 475                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
 476
 477       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
 478           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
 479       {
 480         message.append("\n\n!! Jalview version "
 481                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
 482                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");
 483
 484       }
 485
 486       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +
 487             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +
 488             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +
 489             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +
 490             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +
 491             "\nBioinformatics,  2004 12;426-7.");
 492
 493         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 494
 495            message.toString(), "About Jalview",
 496             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 497     }
 498
 499     /**
 500      * DOCUMENT ME!
 501      *
 502      * @param e DOCUMENT ME!
 503      */
 504     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 505     {
 506         try
 507         {
 508             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
 509             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
 510             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
 511
 512             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
 513             hb.setCurrentID("home");
 514             hb.setDisplayed(true);
 515         }
 516         catch (Exception ex)
 517         {
 518             ex.printStackTrace();
 519         }
 520     }
 521
 522     /**
 523      * DOCUMENT ME!
 524      *
 525      * @param e DOCUMENT ME!
 526      */
 527     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
 528     {
 529         new Preferences();
 530     }
 531
 532     /**
 533      * DOCUMENT ME!
 534      *
 535      * @param e DOCUMENT ME!
 536      */
 537     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
 538     {
 539         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 540                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 541                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 542
 543         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 544         chooser.setDialogTitle("Save State");
 545
 546         int value = chooser.showSaveDialog(this);
 547
 548         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 549         {
 550             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
 551             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 552             Jalview2XML.SaveState(choice);
 553         }
 554     }
 555
 556     /**
 557      * DOCUMENT ME!
 558      *
 559      * @param e DOCUMENT ME!
 560      */
 561     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
 562     {
 563         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 564                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 565                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 566         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 567         chooser.setDialogTitle("Restore state");
 568
 569         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 570
 571         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 572         {
 573             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
 574             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 575                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 576             Jalview2XML.LoadJalviewAlign(choice);
 577         }
 578     }
 579
 580   /*  public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)
 581     {
 582       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 583           getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 584
 585       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 586       chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
 587       chooser.setToolTipText("Import");
 588
 589       int value = chooser.showOpenDialog(this);
 590
 591       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 592       {
 593         jalview.io.VamsasDatastore vs = new jalview.io.VamsasDatastore(null);
 594         vs.load(
 595             chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath()
 596             );
 597       }
 598
 599     }*/
 600
 601
 602     public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
 603     {
 604       SequenceFetcher sf = new SequenceFetcher(null);
 605     }
 606 }
 607