src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.io.*;
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.datatransfer.*;
  24 import java.awt.dnd.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.lang.reflect.Constructor;
  27 import java.util.*;
  28
  29 import javax.swing.*;
  30
  31 /**
  32  * DOCUMENT ME!
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class Desktop
  38     extends jalview.jbgui.GDesktop implements DropTargetListener,
  39     ClipboardOwner
  40 {
  41   /** DOCUMENT ME!! */
  42   public static Desktop instance;
  43
  44   //Need to decide if the Memory Usage is to be included in
  45   //Next release or not.
  46  // public static MyDesktopPane desktop;
  47    public static JDesktopPane desktop;
  48
  49
  50   static int openFrameCount = 0;
  51   static final int xOffset = 30;
  52   static final int yOffset = 30;
  53   public static jalview.ws.Discoverer discoverer;
  54
  55   public static Object[] jalviewClipboard;
  56   public static boolean internalCopy = false;
  57
  58   static int fileLoadingCount = 0;
  59
  60   /**
  61    * Creates a new Desktop object.
  62    */
  63   public Desktop()
  64   {
  65     instance = this;
  66     doVamsasClientCheck();
  67     doGroovyCheck();
  68
  69
  70     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
  71     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  72
  73     desktop = new JDesktopPane();
  74     desktop.setBackground(Color.white);
  75     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
  76     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
  77     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
  78
  79     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
  80     // if previous window was maximised
  81     desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());
  82
  83     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
  84     String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");
  85     String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");
  86     String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");
  87     String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");
  88
  89     if ( (x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
  90     {
  91       setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),
  92                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));
  93     }
  94     else
  95     {
  96       setBounds( (int) (screenSize.width - 900) / 2,
  97                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
  98     }
  99
 100     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 101     {
 102       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 103       {
 104         quit();
 105       }
 106     });
 107
 108     this.addMouseListener(new MouseAdapter()
 109         {
 110           public void mousePressed(MouseEvent evt)
 111           {
 112             if(SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 113             {
 114               showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 115             }
 116           }
 117         });
 118
 119
 120     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 121
 122     /////////Add a splashscreen on startup
 123     /////////Add a splashscreen on startup
 124     new SplashScreen();
 125
 126
 127     discoverer = new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.
 128   }
 129
 130   private void doVamsasClientCheck()
 131   {
 132     if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 133     {
 134       VamsasMenu.setVisible(true);
 135       vamsasLoad.setVisible(true);
 136     }
 137   }
 138
 139   void showPasteMenu(int x, int y)
 140   {
 141     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 142     JMenuItem item = new JMenuItem("Paste To New Window");
 143     item.addActionListener(new ActionListener()
 144     {
 145       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 146       {
 147         paste();
 148       }
 149     });
 150
 151     popup.add(item);
 152     popup.show(this, x, y);
 153   }
 154
 155   public void paste()
 156   {
 157     try
 158     {
 159       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 160       Transferable contents = c.getContents(this);
 161
 162       if (contents != null)
 163       {
 164         String file = (String) contents
 165             .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 166
 167         String format = new IdentifyFile().Identify(file,
 168                                                     FormatAdapter.PASTE);
 169
 170         new FileLoader().LoadFile(file, FormatAdapter.PASTE, format);
 171
 172       }
 173     }
 174     catch (Exception ex)
 175     {
 176       System.out.println("Unable to paste alignment from system clipboard:\n"
 177                          + ex);
 178     }
 179   }
 180
 181   /**
 182    * DOCUMENT ME!
 183    *
 184    * @param frame DOCUMENT ME!
 185    * @param title DOCUMENT ME!
 186    * @param w DOCUMENT ME!
 187    * @param h DOCUMENT ME!
 188    */
 189   public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 190       String title, int w, int h)
 191   {
 192     addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 193   }
 194
 195   /**
 196    * DOCUMENT ME!
 197    *
 198    * @param frame DOCUMENT ME!
 199    * @param title DOCUMENT ME!
 200    * @param w DOCUMENT ME!
 201    * @param h DOCUMENT ME!
 202    * @param resizable DOCUMENT ME!
 203    */
 204   public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 205       String title, int w, int h, boolean resizable)
 206   {
 207
 208     frame.setTitle(title);
 209     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 210     {
 211       frame.setSize(w, h);
 212     }
 213     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 214     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 215     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 216     /////////////////////////////////////////////////
 217     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 218         && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 219     {
 220       return;
 221     }
 222
 223     openFrameCount++;
 224
 225     frame.setVisible(true);
 226     frame.setClosable(true);
 227     frame.setResizable(resizable);
 228     frame.setMaximizable(resizable);
 229     frame.setIconifiable(resizable);
 230     frame.setFrameIcon(null);
 231
 232     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 233     {
 234       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount,
 235                         yOffset * ( (openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 236     }
 237
 238     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 239     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 240     {
 241       public void internalFrameActivated(javax.swing.event.
 242                                          InternalFrameEvent evt)
 243       {
 244         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 245         if (itf != null)
 246         {
 247           itf.requestFocus();
 248         }
 249
 250       }
 251
 252       public void internalFrameClosed(
 253           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 254       {
 255         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 256         openFrameCount--;
 257         windowMenu.remove(menuItem);
 258         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 259         if (itf != null)
 260         {
 261           itf.requestFocus();
 262         }
 263         System.gc();
 264       }
 265       ;
 266     });
 267
 268     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 269     {
 270       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 271       {
 272         try
 273         {
 274           frame.setSelected(true);
 275           frame.setIcon(false);
 276         }
 277         catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 278         {
 279
 280         }
 281       }
 282     });
 283
 284     windowMenu.add(menuItem);
 285
 286     desktop.add(frame);
 287     frame.toFront();
 288     try
 289     {
 290       frame.setSelected(true);
 291       frame.requestFocus();
 292     }
 293     catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 294     {}
 295   }
 296
 297   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 298   {
 299     if (!internalCopy)
 300     {
 301       Desktop.jalviewClipboard = null;
 302     }
 303
 304     internalCopy = false;
 305   }
 306
 307   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 308   {}
 309
 310   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 311   {}
 312
 313   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 314   {}
 315
 316   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 317   {}
 318
 319   /**
 320    * DOCUMENT ME!
 321    *
 322    * @param evt DOCUMENT ME!
 323    */
 324   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 325   {
 326     Transferable t = evt.getTransferable();
 327     java.util.List files = null;
 328
 329     try
 330     {
 331       DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
 332           "text/uri-list;class=java.lang.String");
 333       if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 334       {
 335         //Works on Windows and MacOSX
 336         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 337         files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.
 338             javaFileListFlavor);
 339       }
 340       else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
 341       {
 342         // This is used by Unix drag system
 343         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 344         String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
 345         files = new java.util.ArrayList(1);
 346         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
 347             data,
 348             "\r\n");
 349              st.hasMoreTokens(); )
 350         {
 351           String s = st.nextToken();
 352           if (s.startsWith("#"))
 353           {
 354             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
 355             continue;
 356           }
 357
 358           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
 359           java.io.File file = new java.io.File(uri);
 360           files.add(file);
 361         }
 362       }
 363     }
 364     catch (Exception e)
 365     {}
 366
 367     if (files != null)
 368     {
 369       try
 370       {
 371         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 372         {
 373           String file = files.get(i).toString();
 374           String protocol = FormatAdapter.FILE;
 375           String format = null;
 376
 377           if (file.endsWith(".jar"))
 378           {
 379             format = "Jalview";
 380
 381           }
 382           else
 383           {
 384             format = new IdentifyFile().Identify(file,
 385                                                  protocol);
 386           }
 387
 388           new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 389
 390         }
 391       }
 392       catch (Exception ex)
 393       {}
 394     }
 395   }
 396
 397   /**
 398    * DOCUMENT ME!
 399    *
 400    * @param e DOCUMENT ME!
 401    */
 402   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 403   {
 404     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 405         getProperty(
 406             "LAST_DIRECTORY"),
 407         new String[]
 408         {
 409         "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",
 410         "jar"
 411     },
 412         new String[]
 413         {
 414         "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"
 415     }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 416
 417     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 418     chooser.setDialogTitle("Open local file");
 419     chooser.setToolTipText("Open");
 420
 421     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 422
 423     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 424     {
 425       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 426       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 427                                     chooser.getSelectedFile().getParent());
 428
 429       String format = null;
 430       if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 431       {
 432         format = "Jalview";
 433       }
 434       else
 435       {
 436         format = new IdentifyFile().Identify(choice, FormatAdapter.FILE);
 437       }
 438
 439       if (viewport != null)
 440       {
 441         new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE, format);
 442       }
 443       else
 444       {
 445         new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);
 446       }
 447     }
 448   }
 449
 450   /**
 451    * DOCUMENT ME!
 452    *
 453    * @param e DOCUMENT ME!
 454    */
 455   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 456   {
 457     // This construct allows us to have a wider textfield
 458     // for viewing
 459     JLabel label = new JLabel("Enter URL of Input File");
 460     final JComboBox history = new JComboBox();
 461
 462     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
 463     panel.add(label);
 464     panel.add(history);
 465     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
 466     history.setEditable(true);
 467     history.addItem("http://www.");
 468
 469     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
 470
 471     StringTokenizer st;
 472
 473     if (historyItems != null)
 474     {
 475       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
 476
 477       while (st.hasMoreTokens())
 478       {
 479         history.addItem(st.nextElement());
 480       }
 481     }
 482
 483     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop,
 484         panel, "Input Alignment From URL",
 485         JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
 486
 487     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
 488     {
 489       return;
 490     }
 491
 492     String url = history.getSelectedItem().toString();
 493
 494     if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
 495     {
 496       if (viewport != null)
 497       {
 498         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
 499       }
 500       else
 501       {
 502         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
 503       }
 504     }
 505     else
 506     {
 507       String format = new IdentifyFile().Identify(url, FormatAdapter.URL);
 508
 509       if (format.equals("URL NOT FOUND"))
 510       {
 511         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 512                                               "Couldn't locate " + url,
 513                                               "URL not found",
 514                                               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 515
 516         return;
 517       }
 518
 519       if (viewport != null)
 520       {
 521         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);
 522       }
 523       else
 524       {
 525         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);
 526       }
 527     }
 528   }
 529
 530   /**
 531    * DOCUMENT ME!
 532    *
 533    * @param e DOCUMENT ME!
 534    */
 535   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 536   {
 537     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 538     cap.setForInput(viewport);
 539     Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
 540   }
 541
 542   /*
 543    * Exit the program
 544    */
 545   public void quit()
 546   {
 547     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");
 548     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");
 549     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");
 550     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");
 551     System.exit(0);
 552   }
 553
 554   /**
 555    * DOCUMENT ME!
 556    *
 557    * @param e DOCUMENT ME!
 558    */
 559   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 560   {
 561     StringBuffer message = new StringBuffer("JalView version " +
 562                                             jalview.bin.Cache.getProperty(
 563                                                 "VERSION") +
 564                                             "; last updated: " +
 565                                             jalview.bin.
 566                                             Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 567         "unknown"));
 568
 569     if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
 570         jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
 571     {
 572       message.append("\n\n!! Jalview version "
 573                      + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
 574                      +
 575           " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");
 576
 577     }
 578
 579     message.append("\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +
 580                    "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +
 581                    "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +
 582                    "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +
 583                    "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +
 584                    "\nBioinformatics,  2004 20;426-7.");
 585
 586     JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 587
 588                                           message.toString(), "About Jalview",
 589                                           JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 590   }
 591
 592   /**
 593    * DOCUMENT ME!
 594    *
 595    * @param e DOCUMENT ME!
 596    */
 597   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 598   {
 599     try
 600     {
 601       ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
 602       java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
 603       javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
 604
 605       javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
 606       hb.setCurrentID("home");
 607       hb.setDisplayed(true);
 608     }
 609     catch (Exception ex)
 610     {}
 611   }
 612
 613   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
 614   {
 615     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 616     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 617     {
 618       try
 619       {
 620         frames[i].setClosed(true);
 621       }
 622       catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 623       {}
 624     }
 625     System.out.println("ALL CLOSED");
 626
 627   }
 628
 629   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
 630   {
 631     reorderAssociatedWindows(false, false);
 632   }
 633
 634   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
 635   {
 636     reorderAssociatedWindows(true, false);
 637   }
 638
 639   void closeAssociatedWindows()
 640   {
 641     reorderAssociatedWindows(false, true);
 642   }
 643
 644   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
 645   {
 646     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 647     if (frames == null || frames.length < 1)
 648     {
 649       return;
 650     }
 651
 652     AlignViewport source = null, target = null;
 653     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
 654     {
 655       source = ( (AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
 656     }
 657     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
 658     {
 659       source = ( (TreePanel) frames[0]).getViewPort();
 660     }
 661     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
 662     {
 663       source = ( (PCAPanel) frames[0]).av;
 664     }
 665     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
 666     {
 667       source = ( (PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
 668     }
 669
 670     if (source != null)
 671     {
 672       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 673       {
 674         target = null;
 675         if (frames[i] == null)
 676         {
 677           continue;
 678         }
 679         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
 680         {
 681           target = ( (AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
 682         }
 683         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
 684         {
 685           target = ( (TreePanel) frames[i]).getViewPort();
 686         }
 687         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
 688         {
 689           target = ( (PCAPanel) frames[i]).av;
 690         }
 691         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
 692         {
 693           target = ( (PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
 694         }
 695
 696         if (source == target)
 697         {
 698           try
 699           {
 700             if (close)
 701             {
 702               frames[i].setClosed(true);
 703             }
 704             else
 705             {
 706               frames[i].setIcon(minimize);
 707               if (!minimize)
 708               {
 709                 frames[i].toFront();
 710               }
 711             }
 712
 713           }
 714           catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 715           {}
 716         }
 717       }
 718     }
 719   }
 720
 721   /**
 722    * DOCUMENT ME!
 723    *
 724    * @param e DOCUMENT ME!
 725    */
 726   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
 727   {
 728     new Preferences();
 729   }
 730
 731   /**
 732    * DOCUMENT ME!
 733    *
 734    * @param e DOCUMENT ME!
 735    */
 736   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
 737   {
 738     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 739         getProperty(
 740             "LAST_DIRECTORY"), new String[]
 741         {"jar"},
 742         new String[]
 743         {"Jalview Project"}, "Jalview Project");
 744
 745     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 746     chooser.setDialogTitle("Save State");
 747
 748     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 749
 750     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 751     {
 752       java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
 753       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 754       new Jalview2XML().SaveState(choice);
 755     }
 756   }
 757
 758   /**
 759    * DOCUMENT ME!
 760    *
 761    * @param e DOCUMENT ME!
 762    */
 763   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
 764   {
 765     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 766         getProperty(
 767             "LAST_DIRECTORY"), new String[]
 768         {"jar"},
 769         new String[]
 770         {"Jalview Project"}, "Jalview Project");
 771     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 772     chooser.setDialogTitle("Restore state");
 773
 774     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 775
 776     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 777     {
 778       String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
 779       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 780                                     chooser.getSelectedFile().getParent());
 781       new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(choice);
 782     }
 783   }
 784
 785   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
 786   {
 787     new SequenceFetcher(null);
 788   }
 789
 790   JPanel progressPanel;
 791
 792   public void startLoading(final String fileName)
 793   {
 794     if (fileLoadingCount == 0)
 795     {
 796       progressPanel = new JPanel(new BorderLayout());
 797       JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 798       progressBar.setIndeterminate(true);
 799
 800       progressPanel.add(new JLabel("Loading File: " + fileName + "   "),
 801                         BorderLayout.WEST);
 802
 803       progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 804
 805       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
 806     }
 807     fileLoadingCount++;
 808     validate();
 809   }
 810
 811   public void stopLoading()
 812   {
 813     fileLoadingCount--;
 814     if (fileLoadingCount < 1)
 815     {
 816       if (progressPanel != null)
 817       {
 818         this.getContentPane().remove(progressPanel);
 819         progressPanel = null;
 820       }
 821       fileLoadingCount = 0;
 822     }
 823     validate();
 824   }
 825
 826   public static int getViewCount(String viewId)
 827   {
 828     int count = 0;
 829     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
 830     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
 831     {
 832       if (frames[t] instanceof AlignFrame)
 833       {
 834         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
 835         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
 836         {
 837           if (viewId.equals(
 838               ( (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(a)).av.
 839               getSequenceSetId())
 840               )
 841           {
 842             count++;
 843           }
 844         }
 845       }
 846     }
 847
 848     return count;
 849   }
 850
 851   public void explodeViews(AlignFrame af)
 852   {
 853     int size = af.alignPanels.size();
 854     if (size < 2)
 855     {
 856       return;
 857     }
 858
 859     for (int i = 0; i < size; i++)
 860     {
 861       AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(i);
 862       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
 863       if (ap.av.explodedPosition != null &&
 864           !ap.av.explodedPosition.equals(af.getBounds()))
 865       {
 866         newaf.setBounds(ap.av.explodedPosition);
 867       }
 868
 869       ap.av.gatherViewsHere = false;
 870
 871       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(),
 872                        AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 873                        AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 874     }
 875
 876     af.alignPanels.clear();
 877     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 878
 879   }
 880
 881   public void gatherViews(AlignFrame source)
 882   {
 883     source.viewport.gatherViewsHere = true;
 884     source.viewport.explodedPosition = source.getBounds();
 885     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 886     String viewId = source.viewport.sequenceSetID;
 887
 888     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
 889     {
 890       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
 891       {
 892         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
 893         boolean gatherThis = false;
 894         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
 895         {
 896           AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(a);
 897           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
 898           {
 899             gatherThis = true;
 900             ap.av.gatherViewsHere = false;
 901             ap.av.explodedPosition = af.getBounds();
 902             source.addAlignmentPanel(ap, false);
 903           }
 904         }
 905
 906         if (gatherThis)
 907         {
 908           af.alignPanels.clear();
 909           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 910         }
 911       }
 912     }
 913
 914   }
 915
 916   jalview.gui.VamsasApplication v_client = null;
 917   public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)
 918   {
 919     if (v_client == null)
 920     {
 921       // Start a session.
 922       // we just start a default session for moment.
 923       /*
 924       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 925           getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 926
 927       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 928       chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
 929       chooser.setToolTipText("Import");
 930
 931       int value = chooser.showOpenDialog(this);
 932
 933       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 934       {
 935         v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this,
 936                                                 chooser.getSelectedFile());
 937                                                 *
 938                                                 */
 939       v_client = new VamsasApplication(this);
 940       vamsasLoad.setText("Session Update");
 941       vamsasStop.setVisible(true);
 942       v_client.initial_update();
 943     }
 944     else
 945     {
 946       // store current data in session.
 947       v_client.push_update();
 948     }
 949   }
 950
 951   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
 952   {
 953     if (v_client != null)
 954     {
 955       v_client.end_session();
 956       v_client = null;
 957       this.vamsasStop.setVisible(false);
 958       this.vamsasLoad.setText("Start Vamsas Session...");
 959     }
 960   }
 961
 962   /**
 963    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
 964    * @param b true to hide gui, false to reveal gui
 965    */
 966   public void setVamsasUpdate(boolean b)
 967   {
 968     jalview.bin.Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update " +
 969                                 (b ? "in progress" : "finished"));
 970     vamsasLoad.setVisible(!b);
 971     vamsasStop.setVisible(!b);
 972
 973   }
 974
 975   public JInternalFrame[] getAllFrames()
 976   {
 977     return desktop.getAllFrames();
 978   }
 979
 980
 981   /**
 982    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that
 983    * the user should be informed of a new questionnaire.
 984    * @param url
 985    */
 986   public void checkForQuestionnaire(String url)
 987   {
 988     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
 989     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
 990   }
 991
 992   /*DISABLED
 993    class  MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
 994   {
 995     boolean showMemoryUsage = false;
 996     Runtime runtime;
 997     java.text.NumberFormat df;
 998
 999     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory, percentUsage;
1000
1001     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
1002     {
1003       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
1004     }
1005
1006     public void showMemoryUsage(boolean showMemoryUsage)
1007     {
1008       this.showMemoryUsage = showMemoryUsage;
1009       if (showMemoryUsage)
1010       {
1011         Thread worker = new Thread(this);
1012         worker.start();
1013       }
1014     }
1015
1016     public void run()
1017     {
1018       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
1019       df.setMaximumFractionDigits(2);
1020       runtime = Runtime.getRuntime();
1021
1022       while (showMemoryUsage)
1023       {
1024         try
1025         {
1026           Thread.sleep(3000);
1027           maxMemory = runtime.maxMemory() / 1048576f;
1028           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / 1048576f;
1029           freeMemory = runtime.freeMemory() / 1048576f;
1030           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
1031
1032           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
1033
1034         //  if (percentUsage < 20)
1035           {
1036             //   border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12, Color.red);
1037             //    instance.set.setBorder(border1);
1038           }
1039           repaint();
1040
1041         }
1042         catch (Exception ex)
1043         {
1044           ex.printStackTrace();
1045         }
1046       }
1047     }
1048
1049     public void paintComponent(Graphics g)
1050     {
1051       if(showMemoryUsage)
1052       {
1053         if (percentUsage < 20)
1054           g.setColor(Color.red);
1055
1056         g.drawString("Total Free Memory: " + df.format(totalFreeMemory)
1057                      + "MB; Max Memory: " + df.format(maxMemory)
1058                      + "MB; " + df.format(percentUsage) + "%", 10,
1059                      getHeight() - g.getFontMetrics().getHeight());
1060       }
1061     }
1062   }*/
1063   protected JMenuItem groovyShell;
1064   public void doGroovyCheck() {
1065     if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
1066     {
1067       groovyShell = new JMenuItem();
1068       groovyShell.setText("Groovy Shell...");
1069       groovyShell.addActionListener(new ActionListener()
1070       {
1071           public void actionPerformed(ActionEvent e) {
1072               groovyShell_actionPerformed(e);
1073           }
1074       });
1075       toolsMenu.add(groovyShell);
1076       groovyShell.setVisible(true);
1077     }
1078   }
1079   /**
1080    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames
1081    * loaded.
1082    */
1083   protected AlignFrame[] getAlignframes() {
1084     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
1085
1086     if (frames == null)
1087     {
1088       return null;
1089       }
1090       Vector avp=new Vector();
1091       try
1092       {
1093           //REVERSE ORDER
1094           for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
1095           {
1096               if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1097               {
1098                   AlignFrame af = (AlignFrame) frames[i];
1099                   avp.addElement(af);
1100               }
1101           }
1102       }
1103       catch (Exception ex)
1104       {
1105           ex.printStackTrace();
1106       }
1107       if (avp.size()==0)
1108       {
1109           return null;
1110       }
1111       AlignFrame afs[] = new AlignFrame[avp.size()];
1112       for (int i=0,j=avp.size(); i<j; i++) {
1113           afs[i] = (AlignFrame) avp.elementAt(i);
1114       }
1115       avp.clear();
1116       return afs;
1117   }
1118
1119   /**
1120     * Add Groovy Support to Jalview
1121     */
1122   public void groovyShell_actionPerformed(ActionEvent e) {
1123     // use reflection to avoid creating compilation dependency.
1124     if (!jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
1125     {
1126       throw new Error("Implementation Error. Cannot create groovyShell without Groovy on the classpath!");
1127     }
1128     try {
1129     Class gcClass = Desktop.class.getClassLoader().loadClass("groovy.ui.Console");
1130     Constructor gccons = gcClass.getConstructor(null);
1131     java.lang.reflect.Method setvar = gcClass.getMethod("setVariable", new Class[] { String.class, Object.class} );
1132     java.lang.reflect.Method run = gcClass.getMethod("run", null);
1133     Object gc = gccons.newInstance(null);
1134     setvar.invoke(gc, new Object[] { "Jalview", this});
1135     run.invoke(gc, null);
1136     }
1137     catch (Exception ex)
1138     {
1139       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.",ex);
1140       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1141
1142               "Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.", "Jalview Groovy Support Failed",
1143               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1144     }
1145   }
1146 }