src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.io.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.datatransfer.*;
  25 import java.awt.dnd.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import javax.swing.*;
  29
  30
  31 /**
  32  * DOCUMENT ME!
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
  38     implements DropTargetListener
  39 {
  40     /** DOCUMENT ME!! */
  41     public static JDesktopPane desktop;
  42     static int openFrameCount = 0;
  43     static final int xOffset = 30;
  44     static final int yOffset = 30;
  45     public static jalview.ws.Discoverer discoverer;
  46     /**
  47      * Creates a new Desktop object.
  48      */
  49     public Desktop()
  50     {
  51         Image image = null;
  52
  53         try
  54         {
  55             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");
  56
  57             if (url != null)
  58             {
  59                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  60
  61                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
  62                 mt.addImage(image, 0);
  63                 mt.waitForID(0);
  64                 setIconImage(image);
  65             }
  66         }
  67         catch (Exception ex)
  68         {
  69         }
  70
  71         setTitle("Jalview 2005");
  72         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  73         desktop = new JDesktopPane();
  74         desktop.setBackground(Color.white);
  75         setContentPane(desktop);
  76         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
  77
  78         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
  79         // if previous window was maximised
  80         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());
  81
  82         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
  83         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");
  84         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");
  85         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");
  86         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");
  87
  88         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
  89         {
  90             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),
  91                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));
  92         }
  93         else
  94         {
  95             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,
  96                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
  97         }
  98
  99         this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 100             {
 101                 public void windowClosing(WindowEvent evt)
 102                 {
 103                     quit();
 104                 }
 105             });
 106
 107         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 108
 109         /////////Add a splashscreen on startup
 110         /////////Add a splashscreen on startup
 111         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
 112
 113         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);
 114         frame.setContentPane(splash);
 115         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 116         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),
 117             (int) ((getHeight() - 160) / 2));
 118
 119         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);
 120
 121         discoverer=new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.
 122
 123     }
 124
 125     /**
 126      * DOCUMENT ME!
 127      *
 128      * @param frame DOCUMENT ME!
 129      * @param title DOCUMENT ME!
 130      * @param w DOCUMENT ME!
 131      * @param h DOCUMENT ME!
 132      */
 133     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 134         String title, int w, int h)
 135     {
 136         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 137     }
 138
 139     /**
 140      * DOCUMENT ME!
 141      *
 142      * @param frame DOCUMENT ME!
 143      * @param title DOCUMENT ME!
 144      * @param w DOCUMENT ME!
 145      * @param h DOCUMENT ME!
 146      * @param resizable DOCUMENT ME!
 147      */
 148     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 149         String title, int w, int h, boolean resizable)
 150     {
 151
 152       frame.setTitle(title);
 153       if(frame.getWidth()<1 || frame.getHeight()<1)
 154       {
 155         frame.setSize(w, h);
 156       }
 157       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 158       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 159       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 160       /////////////////////////////////////////////////
 161       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 162           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 163       {
 164         return;
 165       }
 166
 167
 168         openFrameCount++;
 169
 170         frame.setVisible(true);
 171         frame.setClosable(true);
 172         frame.setResizable(resizable);
 173         frame.setMaximizable(resizable);
 174         frame.setIconifiable(resizable);
 175         frame.setFrameIcon(null);
 176
 177         if (frame.getX()<1 && frame.getY()<1)
 178        {
 179          frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * ((openFrameCount-1)%10)+yOffset);
 180        }
 181
 182         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 183         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 184             {
 185                 public void internalFrameClosed(
 186                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 187                 {
 188                     openFrameCount--;
 189                     windowMenu.remove(menuItem);
 190                     JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 191                        if (itf != null)
 192                         itf.requestFocus();
 193                 }
 194                 ;
 195             });
 196
 197         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 198             {
 199                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 200                 {
 201                     try
 202                     {
 203                         frame.setSelected(true);
 204                         frame.setIcon(false);
 205                     }
 206                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 207                     {
 208
 209                     }
 210                 }
 211             });
 212
 213         windowMenu.add(menuItem);
 214
 215         desktop.add(frame);
 216         frame.toFront();
 217         try{
 218           frame.setSelected(true);
 219           frame.requestFocus();
 220         }catch(java.beans.PropertyVetoException ve)
 221         {}
 222     }
 223
 224     /**
 225      * DOCUMENT ME!
 226      *
 227      * @param evt DOCUMENT ME!
 228      */
 229     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 230     {
 231     }
 232
 233     /**
 234      * DOCUMENT ME!
 235      *
 236      * @param evt DOCUMENT ME!
 237      */
 238     public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 239     {
 240     }
 241
 242     /**
 243      * DOCUMENT ME!
 244      *
 245      * @param evt DOCUMENT ME!
 246      */
 247     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 248     {
 249     }
 250
 251     /**
 252      * DOCUMENT ME!
 253      *
 254      * @param evt DOCUMENT ME!
 255      */
 256     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 257     {
 258     }
 259
 260     /**
 261      * DOCUMENT ME!
 262      *
 263      * @param evt DOCUMENT ME!
 264      */
 265     public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 266     {
 267         Transferable t = evt.getTransferable();
 268
 269         if (!t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 270         {
 271             return;
 272         }
 273
 274         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 275
 276         try
 277         {
 278             java.util.List files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 279
 280             for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 281             {
 282                 String file = files.get(i).toString();
 283                 String protocol = "File";
 284                 String format = null;
 285
 286                 if (file.endsWith(".jar"))
 287                 {
 288                   format = "Jalview";
 289
 290                 }
 291                 else
 292                 {
 293                     format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,
 294                             protocol);
 295                 }
 296                 LoadFile(file, protocol, format);
 297             }
 298         }
 299         catch (Exception ex)
 300         {
 301             ex.printStackTrace();
 302         }
 303     }
 304
 305     /**
 306      * DOCUMENT ME!
 307      *
 308      * @param e DOCUMENT ME!
 309      */
 310     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 311     {
 312         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 313                     "LAST_DIRECTORY"),
 314                 new String[]
 315                 {
 316                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",
 317                     "jar"
 318                 },
 319                 new String[]
 320                 {
 321                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"
 322                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 323
 324         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 325         chooser.setDialogTitle("Open local file");
 326         chooser.setToolTipText("Open");
 327
 328         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 329
 330         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 331         {
 332             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 333             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 334                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 335
 336             String format = null;
 337             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 338             {
 339               format = "Jalview";
 340             }
 341             else
 342             {
 343                 format = IdentifyFile.Identify(choice, "File");
 344             }
 345
 346             jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);
 347             LoadFile(choice, "File", format);
 348         }
 349     }
 350
 351     /**
 352      * DOCUMENT ME!
 353      *
 354      * @param file DOCUMENT ME!
 355      * @param protocol DOCUMENT ME!
 356      * @param format DOCUMENT ME!
 357      */
 358     public void LoadFile(String file, String protocol, String format)
 359     {
 360       FileLoader fileLoader = new FileLoader();
 361       fileLoader.LoadFile(file, protocol, format);
 362     }
 363
 364     /**
 365      * DOCUMENT ME!
 366      *
 367      * @param e DOCUMENT ME!
 368      */
 369     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 370     {
 371         Object reply = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,
 372                 "Enter url of input file", "Input alignment from URL",
 373                 JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, null, null, "http://www.");
 374
 375         if (reply == null)
 376         {
 377             return;
 378         }
 379
 380         String url = reply.toString().trim();
 381
 382         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
 383         {
 384                jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", "Jalview");
 385                Jalview2XML.LoadJalviewAlign(url);
 386         }
 387         else
 388         {
 389
 390           String format = IdentifyFile.Identify(url, "URL");
 391
 392           if (format.equals("URL NOT FOUND"))
 393           {
 394             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 395                                                   "Couldn't locate " + url,
 396                                                   "URL not found",
 397                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 398
 399             return;
 400           }
 401
 402           LoadFile(url, "URL", format);
 403         }
 404     }
 405
 406     /**
 407      * DOCUMENT ME!
 408      *
 409      * @param e DOCUMENT ME!
 410      */
 411     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 412     {
 413         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 414         cap.setForInput();
 415         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
 416     }
 417
 418     /*
 419      * Exit the program
 420      */
 421     public void quit()
 422     {
 423         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");
 424         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");
 425         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");
 426         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");
 427         System.exit(0);
 428     }
 429
 430     /**
 431      * DOCUMENT ME!
 432      *
 433      * @param e DOCUMENT ME!
 434      */
 435     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 436     {
 437       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView 2005 version " +
 438                                               jalview.bin.Cache.getProperty(
 439           "VERSION") +
 440                                               "; last updated: " +
 441                                               jalview.bin.
 442                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
 443
 444       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
 445           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
 446       {
 447         message.append("\n\n!! Jalview version "
 448                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
 449                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");
 450
 451       }
 452
 453       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +
 454             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +
 455             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +
 456             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +
 457             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +
 458             "\nBioinformatics,  2004 12;426-7.");
 459
 460         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 461
 462            message.toString(), "About Jalview",
 463             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 464     }
 465
 466     /**
 467      * DOCUMENT ME!
 468      *
 469      * @param e DOCUMENT ME!
 470      */
 471     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 472     {
 473         try
 474         {
 475             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
 476             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
 477             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
 478
 479             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
 480             hb.setCurrentID("home");
 481             hb.setDisplayed(true);
 482         }
 483         catch (Exception ex)
 484         {
 485             ex.printStackTrace();
 486         }
 487     }
 488
 489     /**
 490      * DOCUMENT ME!
 491      *
 492      * @param e DOCUMENT ME!
 493      */
 494     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
 495     {
 496         new Preferences();
 497     }
 498
 499     /**
 500      * DOCUMENT ME!
 501      *
 502      * @param e DOCUMENT ME!
 503      */
 504     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
 505     {
 506         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 507                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 508                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 509
 510         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 511         chooser.setDialogTitle("Save State");
 512
 513         int value = chooser.showSaveDialog(this);
 514
 515         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 516         {
 517             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
 518             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 519             Jalview2XML.SaveState(choice);
 520         }
 521     }
 522
 523     /**
 524      * DOCUMENT ME!
 525      *
 526      * @param e DOCUMENT ME!
 527      */
 528     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
 529     {
 530         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 531                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 532                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 533         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 534         chooser.setDialogTitle("Restore state");
 535
 536         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 537
 538         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 539         {
 540             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
 541             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 542                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 543             Jalview2XML.LoadJalviewAlign(choice);
 544         }
 545     }
 546
 547 }
 548