src/jalview/gui/FeatureRenderer.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import java.awt.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 \r
   8 public class FeatureRenderer\r
   9 {\r
  10   AlignViewport av;\r
  11 \r
  12   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  13   SequenceGroup [] allGroups = null;\r
  14   Color resBoxColour;\r
  15   Graphics graphics;\r
  16 \r
  17   public FeatureRenderer(AlignViewport av)\r
  18   {\r
  19     this.av = av;\r
  20   }\r
  21 \r
  22 \r
  23   public void drawSequence(Graphics g,SequenceI seq,SequenceGroup [] sg, int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
  24   {\r
  25     Vector features = seq.getSequenceFeatures();\r
  26     Enumeration e = features.elements();\r
  27     while( e.hasMoreElements() )\r
  28     {\r
  29       SequenceFeature sf = (SequenceFeature)e.nextElement();\r
  30       if(sf.getStart()>seq.getEnd())\r
  31         continue;\r
  32 \r
  33       int fstart = seq.findIndex(sf.getStart())-1;\r
  34       int fend = seq.findIndex(sf.getEnd())-1;\r
  35 \r
  36       if(   (fstart<=end && fend>=start)  )\r
  37       {\r
  38         if(fstart<0) // fix for if the feature we have starts before the sequence start,\r
  39           fstart = 0;// but the feature end is still valid!!\r
  40 \r
  41         if(fstart==fend)\r
  42         {\r
  43           g.setColor(Color.red);\r
  44           g.fillRoundRect( (fstart - start) * width, y1, width, height, 4,4);\r
  45           g.setColor(Color.white);\r
  46 \r
  47           char s = seq.getSequence().charAt(fstart);\r
  48           FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
  49           int charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
  50           int pady = height/5;\r
  51           g.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (fstart - start), y1 + height - pady);\r
  52 \r
  53         }\r
  54         else\r
  55         {\r
  56           for (int i = fstart; i <= fend; i++)\r
  57           {\r
  58             char s = seq.getSequence().charAt(i);\r
  59             if( jalview.util.Comparison.isGap(s) )\r
  60               continue;\r
  61 \r
  62             g.setColor(Color.blue);\r
  63             g.fillRect( (i-start) * width, y1, width, height);\r
  64 \r
  65             g.setColor(Color.white);\r
  66 \r
  67             FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
  68             int charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
  69             int pady = height / 5;\r
  70             g.drawString(String.valueOf(s),\r
  71                          charOffset + x1 + width * (i-start),\r
  72                          y1 + height - pady);\r
  73           }\r
  74         }\r
  75       }\r
  76 \r
  77     }\r
  78    }\r
  79 \r
  80 }\r