src/jalview/gui/FeatureRenderer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class FeatureRenderer\r
  28 {\r
  29   AlignViewport av;\r
  30   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  31   SequenceGroup[] allGroups = null;\r
  32   Color resBoxColour;\r
  33   Graphics graphics;\r
  34 \r
  35   public FeatureRenderer(AlignViewport av)\r
  36   {\r
  37     this.av = av;\r
  38   }\r
  39 \r
  40   public void drawSequence(Graphics g, SequenceI seq, SequenceGroup[] sg,\r
  41                            int start, int end, int x1, int y1, int width,\r
  42                            int height)\r
  43   {\r
  44     Vector features = seq.getSequenceFeatures();\r
  45     Enumeration e = features.elements();\r
  46 \r
  47     while (e.hasMoreElements())\r
  48     {\r
  49       SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
  50 \r
  51       if (sf.getStart() > seq.getEnd())\r
  52       {\r
  53         continue;\r
  54       }\r
  55 \r
  56       int fstart = seq.findIndex(sf.getStart()) - 1;\r
  57       int fend = seq.findIndex(sf.getEnd()) - 1;\r
  58 \r
  59       if ( ( (fstart <= end) && (fend >= start)))\r
  60       {\r
  61         if (fstart < start)\r
  62         { // fix for if the feature we have starts before the sequence start,\r
  63           fstart = start; // but the feature end is still valid!!\r
  64         }\r
  65         if(fend >=end)\r
  66           fend = end;\r
  67 \r
  68         if (fstart == fend)\r
  69         {\r
  70           g.setColor(Color.red);\r
  71           g.fillRoundRect( (fstart - start) * width, y1, width,\r
  72                           height, 4, 4);\r
  73           g.setColor(Color.white);\r
  74 \r
  75           char s = seq.getSequence().charAt(fstart);\r
  76           FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
  77           int charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
  78           int pady = height / 5;\r
  79           g.drawString(String.valueOf(s),\r
  80                        charOffset + x1 + (width * (fstart - start)),\r
  81                        (y1 + height) - pady);\r
  82         }\r
  83         else\r
  84         {\r
  85           for (int i = fstart; i <= fend; i++)\r
  86           {\r
  87             char s = seq.getSequence().charAt(i);\r
  88 \r
  89             if (jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
  90             {\r
  91               continue;\r
  92             }\r
  93 \r
  94             g.setColor(Color.blue);\r
  95             g.fillRect( (i - start) * width, y1, width, height);\r
  96 \r
  97             g.setColor(Color.white);\r
  98 \r
  99             FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
 100             int charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 101             int pady = height / 5;\r
 102             g.drawString(String.valueOf(s),\r
 103                          charOffset + x1 + (width * (i - start)),\r
 104                          (y1 + height) - pady);\r
 105           }\r
 106         }\r
 107       }\r
 108     }\r
 109   }\r
 110 }\r