src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherI;
  28 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  29 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  30 import jalview.gui.Help.HelpId;
  31 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  32 import jalview.io.JalviewFileView;
  33 import jalview.schemabinding.version2.Filter;
  34 import jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours;
  35 import jalview.schemabinding.version2.MatcherSet;
  36 import jalview.schemes.FeatureColour;
  37 import jalview.util.MessageManager;
  38 import jalview.util.Platform;
  39 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel.FeatureSettingsBean;
  40
  41 import java.awt.BorderLayout;
  42 import java.awt.Color;
  43 import java.awt.Component;
  44 import java.awt.Dimension;
  45 import java.awt.Font;
  46 import java.awt.Graphics;
  47 import java.awt.GridLayout;
  48 import java.awt.Point;
  49 import java.awt.Rectangle;
  50 import java.awt.event.ActionEvent;
  51 import java.awt.event.ActionListener;
  52 import java.awt.event.ItemEvent;
  53 import java.awt.event.ItemListener;
  54 import java.awt.event.MouseAdapter;
  55 import java.awt.event.MouseEvent;
  56 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  57 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  58 import java.beans.PropertyChangeListener;
  59 import java.io.File;
  60 import java.io.FileInputStream;
  61 import java.io.FileOutputStream;
  62 import java.io.InputStreamReader;
  63 import java.io.OutputStreamWriter;
  64 import java.io.PrintWriter;
  65 import java.util.Arrays;
  66 import java.util.Comparator;
  67 import java.util.HashMap;
  68 import java.util.HashSet;
  69 import java.util.Hashtable;
  70 import java.util.Iterator;
  71 import java.util.List;
  72 import java.util.Map;
  73 import java.util.Set;
  74
  75 import javax.help.HelpSetException;
  76 import javax.swing.AbstractCellEditor;
  77 import javax.swing.BorderFactory;
  78 import javax.swing.Icon;
  79 import javax.swing.JButton;
  80 import javax.swing.JCheckBox;
  81 import javax.swing.JColorChooser;
  82 import javax.swing.JDialog;
  83 import javax.swing.JInternalFrame;
  84 import javax.swing.JLabel;
  85 import javax.swing.JLayeredPane;
  86 import javax.swing.JMenuItem;
  87 import javax.swing.JPanel;
  88 import javax.swing.JPopupMenu;
  89 import javax.swing.JScrollPane;
  90 import javax.swing.JSlider;
  91 import javax.swing.JTable;
  92 import javax.swing.ListSelectionModel;
  93 import javax.swing.SwingConstants;
  94 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  95 import javax.swing.event.ChangeListener;
  96 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  97 import javax.swing.table.TableCellEditor;
  98 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
  99 import javax.swing.table.TableColumn;
 100
 101 public class FeatureSettings extends JPanel
 102         implements FeatureSettingsControllerI
 103 {
 104   private static final String SEQUENCE_FEATURE_COLOURS = MessageManager
 105           .getString("label.sequence_feature_colours");
 106
 107   /*
 108    * column indices of fields in Feature Settings table
 109    */
 110   static final int TYPE_COLUMN = 0;
 111
 112   static final int COLOUR_COLUMN = 1;
 113
 114   static final int FILTER_COLUMN = 2;
 115
 116   static final int SHOW_COLUMN = 3;
 117
 118   private static final int COLUMN_COUNT = 4;
 119
 120   private static final int MIN_WIDTH = 400;
 121
 122   private static final int MIN_HEIGHT = 400;
 123
 124   final FeatureRenderer fr;
 125
 126   public final AlignFrame af;
 127
 128   /*
 129    * 'original' fields hold settings to restore on Cancel
 130    */
 131   Object[][] originalData;
 132
 133   private float originalTransparency;
 134
 135   private Map<String, FeatureMatcherSetI> originalFilters;
 136
 137   final JInternalFrame frame;
 138
 139   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
 140
 141   JTable table;
 142
 143   JPanel groupPanel;
 144
 145   JSlider transparency = new JSlider();
 146
 147   /*
 148    * when true, constructor is still executing - so ignore UI events
 149    */
 150   protected volatile boolean inConstruction = true;
 151
 152   int selectedRow = -1;
 153
 154   JButton fetchDAS = new JButton();
 155
 156   JButton saveDAS = new JButton();
 157
 158   JButton cancelDAS = new JButton();
 159
 160   boolean resettingTable = false;
 161
 162   /*
 163    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 164    */
 165   private boolean handlingUpdate = false;
 166
 167   /*
 168    * holds {featureCount, totalExtent} for each feature type
 169    */
 170   Map<String, float[]> typeWidth = null;
 171
 172   /**
 173    * Constructor
 174    *
 175    * @param af
 176    */
 177   public FeatureSettings(AlignFrame alignFrame)
 178   {
 179     this.af = alignFrame;
 180     fr = af.getFeatureRenderer();
 181
 182     // save transparency for restore on Cancel
 183     originalTransparency = fr.getTransparency();
 184     int originalTransparencyAsPercent = (int) (originalTransparency * 100);
 185     transparency.setMaximum(100 - originalTransparencyAsPercent);
 186
 187     originalFilters = new HashMap<>(fr.getFeatureFilters()); // shallow copy
 188
 189     try
 190     {
 191       jbInit();
 192     } catch (Exception ex)
 193     {
 194       ex.printStackTrace();
 195     }
 196
 197     table = new JTable()
 198     {
 199       @Override
 200       public String getToolTipText(MouseEvent e)
 201       {
 202         String tip = null;
 203         int column = table.columnAtPoint(e.getPoint());
 204         switch (column)
 205         {
 206         case TYPE_COLUMN:
 207           tip = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, MessageManager
 208                   .getString("label.feature_settings_click_drag"));
 209           break;
 210         case FILTER_COLUMN:
 211           int row = table.rowAtPoint(e.getPoint());
 212           FeatureMatcherSet o = (FeatureMatcherSet) table.getValueAt(row,
 213                   column);
 214           tip = o.isEmpty()
 215                   ? MessageManager
 216                           .getString("label.configure_feature_tooltip")
 217                   : o.toString();
 218           break;
 219         default:
 220           break;
 221         }
 222         return tip;
 223       }
 224     };
 225     table.getTableHeader().setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 226     table.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 227
 228     // table.setDefaultRenderer(Color.class, new ColorRenderer());
 229     // table.setDefaultEditor(Color.class, new ColorEditor(this));
 230     //
 231     table.setDefaultEditor(FeatureColour.class, new ColorEditor(this));
 232     table.setDefaultRenderer(FeatureColour.class, new ColorRenderer());
 233
 234     table.setDefaultEditor(FeatureMatcherSet.class, new FilterEditor(this));
 235     table.setDefaultRenderer(FeatureMatcherSet.class, new FilterRenderer());
 236
 237     TableColumn colourColumn = new TableColumn(COLOUR_COLUMN, 75,
 238             new ColorRenderer(), new ColorEditor(this));
 239     table.addColumn(colourColumn);
 240
 241     TableColumn filterColumn = new TableColumn(FILTER_COLUMN, 75,
 242             new FilterRenderer(), new FilterEditor(this));
 243     table.addColumn(filterColumn);
 244
 245     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 246
 247     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
 248     {
 249       @Override
 250       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 251       {
 252         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 253         String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 254         if (evt.isPopupTrigger())
 255         {
 256           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 257           popupSort(selectedRow, type, colour, fr.getMinMax(), evt.getX(),
 258                   evt.getY());
 259         }
 260         else if (evt.getClickCount() == 2)
 261         {
 262           boolean invertSelection = evt.isAltDown();
 263           boolean toggleSelection = Platform.isControlDown(evt);
 264           boolean extendSelection = evt.isShiftDown();
 265           fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 266                   invertSelection, extendSelection, toggleSelection, type);
 267         }
 268       }
 269
 270       // isPopupTrigger fires on mouseReleased on Windows
 271       @Override
 272       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 273       {
 274         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 275         if (evt.isPopupTrigger())
 276         {
 277           String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 278           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 279           popupSort(selectedRow, type, colour, fr.getMinMax(), evt.getX(),
 280                   evt.getY());
 281         }
 282       }
 283     });
 284
 285     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 286     {
 287       @Override
 288       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 289       {
 290         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 291         if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
 292         {
 293           /*
 294            * reposition 'selectedRow' to 'newRow' (the dragged to location)
 295            * this could be more than one row away for a very fast drag action
 296            * so just swap it with adjacent rows until we get it there
 297            */
 298           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 299                   .getData();
 300           int direction = newRow < selectedRow ? -1 : 1;
 301           for (int i = selectedRow; i != newRow; i += direction)
 302           {
 303             Object[] temp = data[i];
 304             data[i] = data[i + direction];
 305             data[i + direction] = temp;
 306           }
 307           updateFeatureRenderer(data);
 308           table.repaint();
 309           selectedRow = newRow;
 310         }
 311       }
 312     });
 313     // table.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 314     // MessageManager.getString("label.feature_settings_click_drag")));
 315     scrollPane.setViewportView(table);
 316
 317     if (af.getViewport().isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())
 318     {
 319       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 320     }
 321
 322     discoverAllFeatureData();
 323     final PropertyChangeListener change;
 324     final FeatureSettings fs = this;
 325     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 326     {
 327       @Override
 328       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 329       {
 330         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 331         {
 332           fs.handlingUpdate = true;
 333           fs.resetTable(null);
 334           // new groups may be added with new sequence feature types only
 335           fs.handlingUpdate = false;
 336         }
 337       }
 338
 339     });
 340
 341     frame = new JInternalFrame();
 342     frame.setContentPane(this);
 343     if (Platform.isAMac())
 344     {
 345       Desktop.addInternalFrame(frame,
 346               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 347               600, 480);
 348     }
 349     else
 350     {
 351       Desktop.addInternalFrame(frame,
 352               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 353               600, 450);
 354     }
 355     frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 356
 357     frame.addInternalFrameListener(
 358             new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 359             {
 360               @Override
 361               public void internalFrameClosed(
 362                       javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 363               {
 364                 fr.removePropertyChangeListener(change);
 365               };
 366             });
 367     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 368     inConstruction = false;
 369   }
 370
 371   protected void popupSort(final int rowSelected, final String type,
 372           final Object typeCol, final Map<String, float[][]> minmax, int x,
 373           int y)
 374   {
 375     final FeatureColourI featureColour = (FeatureColourI) typeCol;
 376
 377     JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager
 378             .formatMessage("label.settings_for_param", new String[]
 379             { type }));
 380     JMenuItem scr = new JMenuItem(
 381             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 382     men.add(scr);
 383     final FeatureSettings me = this;
 384     scr.addActionListener(new ActionListener()
 385     {
 386
 387       @Override
 388       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 389       {
 390         me.af.avc
 391                 .sortAlignmentByFeatureScore(Arrays.asList(new String[]
 392                 { type }));
 393       }
 394
 395     });
 396     JMenuItem dens = new JMenuItem(
 397             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 398     dens.addActionListener(new ActionListener()
 399     {
 400
 401       @Override
 402       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 403       {
 404         me.af.avc
 405                 .sortAlignmentByFeatureDensity(Arrays.asList(new String[]
 406                 { type }));
 407       }
 408
 409     });
 410     men.add(dens);
 411
 412     JMenuItem selCols = new JMenuItem(
 413             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 414     selCols.addActionListener(new ActionListener()
 415     {
 416       @Override
 417       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 418       {
 419         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 420                 false, type);
 421       }
 422     });
 423     JMenuItem clearCols = new JMenuItem(MessageManager
 424             .getString("label.select_columns_not_containing"));
 425     clearCols.addActionListener(new ActionListener()
 426     {
 427       @Override
 428       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 429       {
 430         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 431                 false, type);
 432       }
 433     });
 434     JMenuItem hideCols = new JMenuItem(
 435             MessageManager.getString("label.hide_columns_containing"));
 436     hideCols.addActionListener(new ActionListener()
 437     {
 438       @Override
 439       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 440       {
 441         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, true);
 442       }
 443     });
 444     JMenuItem hideOtherCols = new JMenuItem(
 445             MessageManager.getString("label.hide_columns_not_containing"));
 446     hideOtherCols.addActionListener(new ActionListener()
 447     {
 448       @Override
 449       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 450       {
 451         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, false);
 452       }
 453     });
 454     men.add(selCols);
 455     men.add(clearCols);
 456     men.add(hideCols);
 457     men.add(hideOtherCols);
 458     men.show(table, x, y);
 459   }
 460
 461   @Override
 462   synchronized public void discoverAllFeatureData()
 463   {
 464     Set<String> allGroups = new HashSet<>();
 465     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 466
 467     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 468     {
 469       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(i);
 470       for (String group : seq.getFeatures().getFeatureGroups(true))
 471       {
 472         if (group != null && !allGroups.contains(group))
 473         {
 474           allGroups.add(group);
 475           checkGroupState(group);
 476         }
 477       }
 478     }
 479
 480     resetTable(null);
 481
 482     validate();
 483   }
 484
 485   /**
 486    * Synchronise gui group list and check visibility of group
 487    *
 488    * @param group
 489    * @return true if group is visible
 490    */
 491   private boolean checkGroupState(String group)
 492   {
 493     boolean visible = fr.checkGroupVisibility(group, true);
 494
 495     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 496     {
 497       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 498       {
 499         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 500         return visible;
 501       }
 502     }
 503
 504     final String grp = group;
 505     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 506     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 507     check.setToolTipText(group);
 508     check.addItemListener(new ItemListener()
 509     {
 510       @Override
 511       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 512       {
 513         fr.setGroupVisibility(check.getText(), check.isSelected());
 514         resetTable(new String[] { grp });
 515         af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
 516       }
 517     });
 518     groupPanel.add(check);
 519     return visible;
 520   }
 521
 522   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 523   {
 524     if (resettingTable)
 525     {
 526       return;
 527     }
 528     resettingTable = true;
 529     typeWidth = new Hashtable<>();
 530     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 531     // rather than float
 532
 533     Set<String> displayableTypes = new HashSet<>();
 534     Set<String> foundGroups = new HashSet<>();
 535
 536     /*
 537      * determine which feature types may be visible depending on
 538      * which groups are selected, and recompute average width data
 539      */
 540     for (int i = 0; i < af.getViewport().getAlignment().getHeight(); i++)
 541     {
 542
 543       SequenceI seq = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i);
 544
 545       /*
 546        * get the sequence's groups for positional features
 547        * and keep track of which groups are visible
 548        */
 549       Set<String> groups = seq.getFeatures().getFeatureGroups(true);
 550       Set<String> visibleGroups = new HashSet<>();
 551       for (String group : groups)
 552       {
 553         if (group == null || checkGroupState(group))
 554         {
 555           visibleGroups.add(group);
 556         }
 557       }
 558       foundGroups.addAll(groups);
 559
 560       /*
 561        * get distinct feature types for visible groups
 562        * record distinct visible types, and their count and total length
 563        */
 564       Set<String> types = seq.getFeatures().getFeatureTypesForGroups(true,
 565               visibleGroups.toArray(new String[visibleGroups.size()]));
 566       for (String type : types)
 567       {
 568         displayableTypes.add(type);
 569         float[] avWidth = typeWidth.get(type);
 570         if (avWidth == null)
 571         {
 572           avWidth = new float[2];
 573           typeWidth.put(type, avWidth);
 574         }
 575         // todo this could include features with a non-visible group
 576         // - do we greatly care?
 577         // todo should we include non-displayable features here, and only
 578         // update when features are added?
 579         avWidth[0] += seq.getFeatures().getFeatureCount(true, type);
 580         avWidth[1] += seq.getFeatures().getTotalFeatureLength(type);
 581       }
 582     }
 583
 584     Object[][] data = new Object[displayableTypes.size()][COLUMN_COUNT];
 585     int dataIndex = 0;
 586
 587     if (fr.hasRenderOrder())
 588     {
 589       if (!handlingUpdate)
 590       {
 591         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 592         // colourschemes. but don't
 593         // affect display
 594         // First add the checks in the previous render order,
 595         // in case the window has been closed and reopened
 596       }
 597       List<String> frl = fr.getRenderOrder();
 598       for (int ro = frl.size() - 1; ro > -1; ro--)
 599       {
 600         String type = frl.get(ro);
 601
 602         if (!displayableTypes.contains(type))
 603         {
 604           continue;
 605         }
 606
 607         data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 608         data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 609         FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 610         data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 611                 ? new FeatureMatcherSet()
 612                 : featureFilter;
 613         data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(
 614                 af.getViewport().getFeaturesDisplayed().isVisible(type));
 615         dataIndex++;
 616         displayableTypes.remove(type);
 617       }
 618     }
 619
 620     /*
 621      * process any extra features belonging only to
 622      * a group which was just selected
 623      */
 624     while (!displayableTypes.isEmpty())
 625     {
 626       String type = displayableTypes.iterator().next();
 627       data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 628
 629       data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 630       if (data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] == null)
 631       {
 632         // "Colour has been updated in another view!!"
 633         fr.clearRenderOrder();
 634         return;
 635       }
 636       FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 637       data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 638               ? new FeatureMatcherSet()
 639               : featureFilter;
 640       data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(true);
 641       dataIndex++;
 642       displayableTypes.remove(type);
 643     }
 644
 645     if (originalData == null)
 646     {
 647       originalData = new Object[data.length][COLUMN_COUNT];
 648       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 649       {
 650         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, COLUMN_COUNT);
 651       }
 652     }
 653     else
 654     {
 655       updateOriginalData(data);
 656     }
 657
 658     table.setModel(new FeatureTableModel(data));
 659     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 660
 661     groupPanel.setLayout(
 662             new GridLayout(fr.getFeatureGroupsSize() / 4 + 1, 4));
 663     pruneGroups(foundGroups);
 664     groupPanel.validate();
 665
 666     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 667     resettingTable = false;
 668   }
 669
 670   /**
 671    * Updates 'originalData' (used for restore on Cancel) if we detect that changes
 672    * have been made outwith this dialog
 673    * <ul>
 674    * <li>a new feature type added (and made visible)</li>
 675    * <li>a feature colour changed (in the Amend Features dialog)</li>
 676    * </ul>
 677    *
 678    * @param foundData
 679    */
 680   protected void updateOriginalData(Object[][] foundData)
 681   {
 682     // todo LinkedHashMap instead of Object[][] would be nice
 683
 684     Object[][] currentData = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 685             .getData();
 686     for (Object[] row : foundData)
 687     {
 688       String type = (String) row[TYPE_COLUMN];
 689       boolean found = false;
 690       for (Object[] current : currentData)
 691       {
 692         if (type.equals(current[TYPE_COLUMN]))
 693         {
 694           found = true;
 695           /*
 696            * currently dependent on object equality here;
 697            * really need an equals method on FeatureColour
 698            */
 699           if (!row[COLOUR_COLUMN].equals(current[COLOUR_COLUMN]))
 700           {
 701             /*
 702              * feature colour has changed externally - update originalData
 703              */
 704             for (Object[] original : originalData)
 705             {
 706               if (type.equals(original[TYPE_COLUMN]))
 707               {
 708                 original[COLOUR_COLUMN] = row[COLOUR_COLUMN];
 709                 break;
 710               }
 711             }
 712           }
 713           break;
 714         }
 715       }
 716       if (!found)
 717       {
 718         /*
 719          * new feature detected - add to original data (on top)
 720          */
 721         Object[][] newData = new Object[originalData.length
 722                 + 1][COLUMN_COUNT];
 723         for (int i = 0; i < originalData.length; i++)
 724         {
 725           System.arraycopy(originalData[i], 0, newData[i + 1], 0,
 726                   COLUMN_COUNT);
 727         }
 728         newData[0] = row;
 729         originalData = newData;
 730       }
 731     }
 732   }
 733
 734   /**
 735    * Remove from the groups panel any checkboxes for groups that are not in the
 736    * foundGroups set. This enables removing a group from the display when the last
 737    * feature in that group is deleted.
 738    *
 739    * @param foundGroups
 740    */
 741   protected void pruneGroups(Set<String> foundGroups)
 742   {
 743     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 744     {
 745       JCheckBox checkbox = (JCheckBox) groupPanel.getComponent(g);
 746       if (!foundGroups.contains(checkbox.getText()))
 747       {
 748         groupPanel.remove(checkbox);
 749       }
 750     }
 751   }
 752
 753   /**
 754    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 755    *
 756    * @param data
 757    */
 758   private void ensureOrder(Object[][] data)
 759   {
 760     boolean sort = false;
 761     float[] order = new float[data.length];
 762     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 763     {
 764       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 765       if (order[i] < 0)
 766       {
 767         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 768       }
 769       if (i > 1)
 770       {
 771         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 772       }
 773     }
 774     if (sort)
 775     {
 776       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 777     }
 778   }
 779
 780   /**
 781    * Offers a file chooser dialog, and then loads the feature colours and
 782    * filters from file in XML format and unmarshals to Jalview feature settings
 783    */
 784   void load()
 785   {
 786     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 787             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 788     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 789     chooser.setDialogTitle(
 790             MessageManager.getString("label.load_feature_colours"));
 791     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 792
 793     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 794
 795     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 796     {
 797       File file = chooser.getSelectedFile();
 798       load(file);
 799     }
 800   }
 801
 802   /**
 803    * Loads feature colours and filters from XML stored in the given file
 804    *
 805    * @param file
 806    */
 807   void load(File file)
 808   {
 809     try
 810     {
 811       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 812               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 813
 814       JalviewUserColours jucs = JalviewUserColours.unmarshal(in);
 815
 816       /*
 817        * load feature colours
 818        */
 819       for (int i = jucs.getColourCount() - 1; i >= 0; i--)
 820       {
 821         jalview.schemabinding.version2.Colour newcol = jucs.getColour(i);
 822         FeatureColourI colour = Jalview2XML.unmarshalColour(newcol);
 823         fr.setColour(newcol.getName(), colour);
 824         fr.setOrder(newcol.getName(), i / (float) jucs.getColourCount());
 825       }
 826
 827       /*
 828        * load feature filters; loaded filters will replace any that are
 829        * currently defined, other defined filters are left unchanged
 830        */
 831       for (int i = 0; i < jucs.getFilterCount(); i++)
 832       {
 833         jalview.schemabinding.version2.Filter filterModel = jucs
 834                 .getFilter(i);
 835         String featureType = filterModel.getFeatureType();
 836         FeatureMatcherSetI filter = Jalview2XML.unmarshalFilter(featureType,
 837                 filterModel.getMatcherSet());
 838         if (!filter.isEmpty())
 839         {
 840           fr.setFeatureFilter(featureType, filter);
 841         }
 842       }
 843
 844       /*
 845        * update feature settings table
 846        */
 847       if (table != null)
 848       {
 849         resetTable(null);
 850         Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 851                 .getData();
 852         ensureOrder(data);
 853         updateFeatureRenderer(data, false);
 854         table.repaint();
 855       }
 856     } catch (Exception ex)
 857     {
 858       System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);
 859     }
 860   }
 861
 862   /**
 863    * Offers a file chooser dialog, and then saves the current feature colours
 864    * and any filters to the selected file in XML format
 865    */
 866   void save()
 867   {
 868     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 869             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 870     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 871     chooser.setDialogTitle(
 872             MessageManager.getString("label.save_feature_colours"));
 873     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 874
 875     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 876
 877     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 878     {
 879       save(chooser.getSelectedFile());
 880     }
 881   }
 882
 883   /**
 884    * Saves feature colours and filters to the given file
 885    *
 886    * @param file
 887    */
 888   void save(File file)
 889   {
 890     JalviewUserColours ucs = new JalviewUserColours();
 891     ucs.setSchemeName("Sequence Features");
 892     try
 893     {
 894       PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 895               new FileOutputStream(file), "UTF-8"));
 896
 897       /*
 898        * sort feature types by colour order, from 0 (highest)
 899        * to 1 (lowest)
 900        */
 901       Set<String> fr_colours = fr.getAllFeatureColours();
 902       String[] sortedTypes = fr_colours
 903               .toArray(new String[fr_colours.size()]);
 904       Arrays.sort(sortedTypes, new Comparator<String>()
 905       {
 906         @Override
 907         public int compare(String type1, String type2)
 908         {
 909           return Float.compare(fr.getOrder(type1), fr.getOrder(type2));
 910         }
 911       });
 912
 913       /*
 914        * save feature colours
 915        */
 916       for (String featureType : sortedTypes)
 917       {
 918         FeatureColourI fcol = fr.getFeatureStyle(featureType);
 919         jalview.schemabinding.version2.Colour col = Jalview2XML.marshalColour(
 920                 featureType, fcol);
 921         ucs.addColour(col);
 922       }
 923
 924       /*
 925        * save any feature filters
 926        */
 927       for (String featureType : sortedTypes)
 928       {
 929         FeatureMatcherSetI filter = fr.getFeatureFilter(featureType);
 930         if (filter != null && !filter.isEmpty())
 931         {
 932           Iterator<FeatureMatcherI> iterator = filter.getMatchers().iterator();
 933           FeatureMatcherI firstMatcher = iterator.next();
 934           MatcherSet ms = Jalview2XML.marshalFilter(firstMatcher, iterator,
 935                   filter.isAnded());
 936           Filter filterModel = new Filter();
 937           filterModel.setFeatureType(featureType);
 938           filterModel.setMatcherSet(ms);
 939           ucs.addFilter(filterModel);
 940         }
 941       }
 942
 943       ucs.marshal(out);
 944       out.close();
 945     } catch (Exception ex)
 946     {
 947       ex.printStackTrace();
 948     }
 949   }
 950
 951   public void invertSelection()
 952   {
 953     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
 954     for (int i = 0; i < data.length; i++)
 955     {
 956       data[i][SHOW_COLUMN] = !(Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
 957     }
 958     updateFeatureRenderer(data, true);
 959     table.repaint();
 960   }
 961
 962   public void orderByAvWidth()
 963   {
 964     if (table == null || table.getModel() == null)
 965     {
 966       return;
 967     }
 968     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
 969     float[] width = new float[data.length];
 970     float[] awidth;
 971     float max = 0;
 972
 973     for (int i = 0; i < data.length; i++)
 974     {
 975       awidth = typeWidth.get(data[i][TYPE_COLUMN]);
 976       if (awidth[0] > 0)
 977       {
 978         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
 979         // weight - but have to make per
 980         // sequence, too (awidth[2])
 981         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
 982       }
 983       else
 984       {
 985         width[i] = 0;
 986       }
 987       if (max < width[i])
 988       {
 989         max = width[i];
 990       }
 991     }
 992     boolean sort = false;
 993     for (int i = 0; i < width.length; i++)
 994     {
 995       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
 996       if (width[i] == 0)
 997       {
 998         width[i] = fr.getOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString());
 999         if (width[i] < 0)
1000         {
1001           width[i] = fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(),
1002                   i / data.length);
1003         }
1004       }
1005       else
1006       {
1007         width[i] /= max; // normalize
1008         fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(), width[i]); // store for later
1009       }
1010       if (i > 0)
1011       {
1012         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
1013       }
1014     }
1015     if (sort)
1016     {
1017       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
1018       // update global priority order
1019     }
1020
1021     updateFeatureRenderer(data, false);
1022     table.repaint();
1023   }
1024
1025   public void close()
1026   {
1027     try
1028     {
1029       frame.setClosed(true);
1030     } catch (Exception exe)
1031     {
1032     }
1033
1034   }
1035
1036   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
1037   {
1038     updateFeatureRenderer(data, true);
1039   }
1040
1041   /**
1042    * Update the priority order of features; only repaint if this changed the order
1043    * of visible features
1044    *
1045    * @param data
1046    * @param visibleNew
1047    */
1048   private void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
1049   {
1050     FeatureSettingsBean[] rowData = getTableAsBeans(data);
1051
1052     if (fr.setFeaturePriority(rowData, visibleNew))
1053     {
1054       af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1055     }
1056   }
1057
1058   /**
1059    * Converts table data into an array of data beans
1060    */
1061   private FeatureSettingsBean[] getTableAsBeans(Object[][] data)
1062   {
1063     FeatureSettingsBean[] rowData = new FeatureSettingsBean[data.length];
1064     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1065     {
1066       String type = (String) data[i][TYPE_COLUMN];
1067       FeatureColourI colour = (FeatureColourI) data[i][COLOUR_COLUMN];
1068       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) data[i][FILTER_COLUMN];
1069       Boolean isShown = (Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1070       rowData[i] = new FeatureSettingsBean(type, colour, theFilter,
1071               isShown);
1072     }
1073     return rowData;
1074   }
1075
1076   private void jbInit() throws Exception
1077   {
1078     this.setLayout(new BorderLayout());
1079
1080     JPanel settingsPane = new JPanel();
1081     settingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1082
1083     JPanel bigPanel = new JPanel();
1084     bigPanel.setLayout(new BorderLayout());
1085
1086     groupPanel = new JPanel();
1087     bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
1088
1089     JButton invert = new JButton(
1090             MessageManager.getString("label.invert_selection"));
1091     invert.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1092     invert.addActionListener(new ActionListener()
1093     {
1094       @Override
1095       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1096       {
1097         invertSelection();
1098       }
1099     });
1100
1101     JButton optimizeOrder = new JButton(
1102             MessageManager.getString("label.optimise_order"));
1103     optimizeOrder.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1104     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
1105     {
1106       @Override
1107       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1108       {
1109         orderByAvWidth();
1110       }
1111     });
1112
1113     JButton sortByScore = new JButton(
1114             MessageManager.getString("label.seq_sort_by_score"));
1115     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1116     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
1117     {
1118       @Override
1119       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1120       {
1121         af.avc.sortAlignmentByFeatureScore(null);
1122       }
1123     });
1124     JButton sortByDens = new JButton(
1125             MessageManager.getString("label.sequence_sort_by_density"));
1126     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1127     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
1128     {
1129       @Override
1130       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1131       {
1132         af.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(null);
1133       }
1134     });
1135
1136     JButton help = new JButton(MessageManager.getString("action.help"));
1137     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1138     help.addActionListener(new ActionListener()
1139     {
1140       @Override
1141       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1142       {
1143         try
1144         {
1145           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1146         } catch (HelpSetException e1)
1147         {
1148           e1.printStackTrace();
1149         }
1150       }
1151     });
1152     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1153     help.setText(MessageManager.getString("action.help"));
1154     help.addActionListener(new ActionListener()
1155     {
1156       @Override
1157       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1158       {
1159         try
1160         {
1161           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1162         } catch (HelpSetException e1)
1163         {
1164           e1.printStackTrace();
1165         }
1166       }
1167     });
1168
1169     JButton cancel = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
1170     cancel.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1171     cancel.addActionListener(new ActionListener()
1172     {
1173       @Override
1174       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1175       {
1176         fr.setTransparency(originalTransparency);
1177         fr.setFeatureFilters(originalFilters);
1178         updateFeatureRenderer(originalData);
1179         close();
1180       }
1181     });
1182
1183     JButton ok = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
1184     ok.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1185     ok.addActionListener(new ActionListener()
1186     {
1187       @Override
1188       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1189       {
1190         close();
1191       }
1192     });
1193
1194     JButton loadColours = new JButton(
1195             MessageManager.getString("label.load_colours"));
1196     loadColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1197     loadColours.setToolTipText(
1198             MessageManager.getString("label.load_colours_tooltip"));
1199     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
1200     {
1201       @Override
1202       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1203       {
1204         load();
1205       }
1206     });
1207
1208     JButton saveColours = new JButton(
1209             MessageManager.getString("label.save_colours"));
1210     saveColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1211     saveColours.setToolTipText(
1212             MessageManager.getString("label.save_colours_tooltip"));
1213     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
1214     {
1215       @Override
1216       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1217       {
1218         save();
1219       }
1220     });
1221     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
1222     {
1223       @Override
1224       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
1225       {
1226         if (!inConstruction)
1227         {
1228           fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
1229           af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1230         }
1231       }
1232     });
1233
1234     transparency.setMaximum(70);
1235     transparency.setToolTipText(
1236             MessageManager.getString("label.transparency_tip"));
1237
1238     JPanel transPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
1239     bigPanel.add(transPanel, BorderLayout.SOUTH);
1240
1241     JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
1242     transbuttons.add(optimizeOrder);
1243     transbuttons.add(invert);
1244     transbuttons.add(sortByScore);
1245     transbuttons.add(sortByDens);
1246     transbuttons.add(help);
1247     transPanel.add(transparency);
1248     transPanel.add(transbuttons);
1249
1250     JPanel buttonPanel = new JPanel();
1251     buttonPanel.add(ok);
1252     buttonPanel.add(cancel);
1253     buttonPanel.add(loadColours);
1254     buttonPanel.add(saveColours);
1255     bigPanel.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
1256     settingsPane.add(bigPanel, BorderLayout.CENTER);
1257     settingsPane.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1258     this.add(settingsPane);
1259   }
1260
1261   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1262   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1263   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1264   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1265   {
1266     private String[] columnNames = {
1267         MessageManager.getString("label.feature_type"),
1268         MessageManager.getString("action.colour"),
1269         MessageManager.getString("label.configuration"),
1270         MessageManager.getString("label.show") };
1271
1272     private Object[][] data;
1273
1274     FeatureTableModel(Object[][] data)
1275     {
1276       this.data = data;
1277     }
1278
1279     public Object[][] getData()
1280     {
1281       return data;
1282     }
1283
1284     public void setData(Object[][] data)
1285     {
1286       this.data = data;
1287     }
1288
1289     @Override
1290     public int getColumnCount()
1291     {
1292       return columnNames.length;
1293     }
1294
1295     public Object[] getRow(int row)
1296     {
1297       return data[row];
1298     }
1299
1300     @Override
1301     public int getRowCount()
1302     {
1303       return data.length;
1304     }
1305
1306     @Override
1307     public String getColumnName(int col)
1308     {
1309       return columnNames[col];
1310     }
1311
1312     @Override
1313     public Object getValueAt(int row, int col)
1314     {
1315       return data[row][col];
1316     }
1317
1318     /**
1319      * Answers the class of the object in column c of the first row of the table
1320      */
1321     @Override
1322     public Class<?> getColumnClass(int c)
1323     {
1324       Object v = getValueAt(0, c);
1325       return v == null ? null : v.getClass();
1326     }
1327
1328     @Override
1329     public boolean isCellEditable(int row, int col)
1330     {
1331       return col == 0 ? false : true;
1332     }
1333
1334     @Override
1335     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1336     {
1337       data[row][col] = value;
1338       fireTableCellUpdated(row, col);
1339       updateFeatureRenderer(data);
1340     }
1341
1342   }
1343
1344   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1345   {
1346     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1347
1348     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1349
1350     final String baseTT = "Click to edit, right/apple click for menu.";
1351
1352     public ColorRenderer()
1353     {
1354       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1355       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1356       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1357     }
1358
1359     @Override
1360     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl, Object color,
1361             boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column)
1362     {
1363       FeatureColourI cellColour = (FeatureColourI) color;
1364       setOpaque(true);
1365       setToolTipText(baseTT);
1366       setBackground(tbl.getBackground());
1367       if (!cellColour.isSimpleColour())
1368       {
1369         Rectangle cr = tbl.getCellRect(row, column, false);
1370         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, cellColour,
1371                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
1372       }
1373       else
1374       {
1375         this.setText("");
1376         this.setIcon(null);
1377         setBackground(cellColour.getColour());
1378       }
1379       if (isSelected)
1380       {
1381         if (selectedBorder == null)
1382         {
1383           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1384                   tbl.getSelectionBackground());
1385         }
1386         setBorder(selectedBorder);
1387       }
1388       else
1389       {
1390         if (unselectedBorder == null)
1391         {
1392           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1393                   tbl.getBackground());
1394         }
1395         setBorder(unselectedBorder);
1396       }
1397
1398       return this;
1399     }
1400   }
1401
1402   class FilterRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1403   {
1404     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1405
1406     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1407
1408     public FilterRenderer()
1409     {
1410       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1411       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1412       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1413     }
1414
1415     @Override
1416     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl,
1417             Object filter, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
1418             int column)
1419     {
1420       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) filter;
1421       setOpaque(true);
1422       String asText = theFilter.toString();
1423       setBackground(tbl.getBackground());
1424       this.setText(asText);
1425       this.setIcon(null);
1426
1427       if (isSelected)
1428       {
1429         if (selectedBorder == null)
1430         {
1431           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1432                   tbl.getSelectionBackground());
1433         }
1434         setBorder(selectedBorder);
1435       }
1436       else
1437       {
1438         if (unselectedBorder == null)
1439         {
1440           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1441                   tbl.getBackground());
1442         }
1443         setBorder(unselectedBorder);
1444       }
1445
1446       return this;
1447     }
1448   }
1449
1450   /**
1451    * update comp using rendering settings from gcol
1452    *
1453    * @param comp
1454    * @param gcol
1455    */
1456   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol)
1457   {
1458     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
1459     if (w < 20)
1460     {
1461       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
1462       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
1463       if (w < 20)
1464       {
1465         w = 80;
1466         h = 12;
1467       }
1468     }
1469     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
1470   }
1471
1472   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol,
1473           int w, int h)
1474   {
1475     boolean thr = false;
1476     StringBuilder tt = new StringBuilder();
1477     StringBuilder tx = new StringBuilder();
1478
1479     if (gcol.isColourByAttribute())
1480     {
1481       tx.append(String.join(":", gcol.getAttributeName()));
1482     }
1483     else if (!gcol.isColourByLabel())
1484     {
1485       tx.append(MessageManager.getString("label.score"));
1486     }
1487     tx.append(" ");
1488     if (gcol.isAboveThreshold())
1489     {
1490       thr = true;
1491       tx.append(">");
1492       tt.append("Thresholded (Above ").append(gcol.getThreshold())
1493               .append(") ");
1494     }
1495     if (gcol.isBelowThreshold())
1496     {
1497       thr = true;
1498       tx.append("<");
1499       tt.append("Thresholded (Below ").append(gcol.getThreshold())
1500               .append(") ");
1501     }
1502     if (gcol.isColourByLabel())
1503     {
1504       tt.append("Coloured by label text. ").append(tt);
1505       if (thr)
1506       {
1507         tx.append(" ");
1508       }
1509       if (!gcol.isColourByAttribute())
1510       {
1511         tx.append("Label");
1512       }
1513       comp.setIcon(null);
1514     }
1515     else
1516     {
1517       Color newColor = gcol.getMaxColour();
1518       comp.setBackground(newColor);
1519       // System.err.println("Width is " + w / 2);
1520       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w, h, thr);
1521       comp.setIcon(ficon);
1522       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
1523       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
1524       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
1525       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
1526     }
1527     comp.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
1528     comp.setText(tx.toString());
1529     if (tt.length() > 0)
1530     {
1531       if (comp.getToolTipText() == null)
1532       {
1533         comp.setToolTipText(tt.toString());
1534       }
1535       else
1536       {
1537         comp.setToolTipText(
1538                 tt.append(" ").append(comp.getToolTipText()).toString());
1539       }
1540     }
1541   }
1542
1543   class ColorEditor extends AbstractCellEditor
1544           implements TableCellEditor, ActionListener
1545   {
1546     FeatureSettings me;
1547
1548     FeatureColourI currentColor;
1549
1550     FeatureTypeSettings chooser;
1551
1552     String type;
1553
1554     JButton button;
1555
1556     JColorChooser colorChooser;
1557
1558     JDialog dialog;
1559
1560     protected static final String EDIT = "edit";
1561
1562     int rowSelected = 0;
1563
1564     public ColorEditor(FeatureSettings me)
1565     {
1566       this.me = me;
1567       // Set up the editor (from the table's point of view),
1568       // which is a button.
1569       // This button brings up the color chooser dialog,
1570       // which is the editor from the user's point of view.
1571       button = new JButton();
1572       button.setActionCommand(EDIT);
1573       button.addActionListener(this);
1574       button.setBorderPainted(false);
1575       // Set up the dialog that the button brings up.
1576       colorChooser = new JColorChooser();
1577       dialog = JColorChooser.createDialog(button,
1578               MessageManager.getString("label.select_colour"), true, // modal
1579               colorChooser, this, // OK button handler
1580               null); // no CANCEL button handler
1581     }
1582
1583     /**
1584      * Handles events from the editor button and from the dialog's OK button.
1585      */
1586     @Override
1587     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1588     {
1589       // todo test e.getSource() instead here
1590       if (EDIT.equals(e.getActionCommand()))
1591       {
1592         // The user has clicked the cell, so
1593         // bring up the dialog.
1594         if (currentColor.isSimpleColour())
1595         {
1596           // bring up simple color chooser
1597           button.setBackground(currentColor.getColour());
1598           colorChooser.setColor(currentColor.getColour());
1599           dialog.setVisible(true);
1600         }
1601         else
1602         {
1603           // bring up graduated chooser.
1604           chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
1605           /**
1606            * @j2sNative
1607            */
1608           {
1609             chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1610             chooser.requestFocus();
1611           }
1612           chooser.addActionListener(this);
1613           // Make the renderer reappear.
1614           fireEditingStopped();
1615         }
1616       }
1617       else
1618       {
1619         if (currentColor.isSimpleColour())
1620         {
1621           /*
1622            * read off colour picked in colour chooser after OK pressed
1623            */
1624           currentColor = new FeatureColour(colorChooser.getColor());
1625           me.table.setValueAt(currentColor, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
1626         }
1627         else
1628         {
1629           /*
1630            * after OK in variable colour dialog, any changes to colour
1631            * (or filters!) are already set in FeatureRenderer, so just
1632            * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1633            */
1634           currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1635           FeatureMatcherSetI currentFilter = me.fr.getFeatureFilter(type);
1636           if (currentFilter == null)
1637           {
1638             currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1639           }
1640           Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1641                   .getData()[rowSelected];
1642           data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1643           data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1644         }
1645         fireEditingStopped();
1646         me.table.validate();
1647       }
1648     }
1649
1650     // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
1651     @Override
1652     public Object getCellEditorValue()
1653     {
1654       return currentColor;
1655     }
1656
1657     // Implement the one method defined by TableCellEditor.
1658     @Override
1659     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
1660             boolean isSelected, int row, int column)
1661     {
1662       currentColor = (FeatureColourI) value;
1663       this.rowSelected = row;
1664       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
1665       button.setOpaque(true);
1666       button.setBackground(me.getBackground());
1667       if (!currentColor.isSimpleColour())
1668       {
1669         JLabel btn = new JLabel();
1670         btn.setSize(button.getSize());
1671         FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentColor);
1672         button.setBackground(btn.getBackground());
1673         button.setIcon(btn.getIcon());
1674         button.setText(btn.getText());
1675       }
1676       else
1677       {
1678         button.setText("");
1679         button.setIcon(null);
1680         button.setBackground(currentColor.getColour());
1681       }
1682       return button;
1683     }
1684   }
1685
1686   /**
1687    * The cell editor for the Filter column. It displays the text of any filters
1688    * for the feature type in that row (in full as a tooltip, possible abbreviated
1689    * as display text). On click in the cell, opens the Feature Display Settings
1690    * dialog at the Filters tab.
1691    */
1692   class FilterEditor extends AbstractCellEditor
1693           implements TableCellEditor, ActionListener
1694   {
1695     FeatureSettings me;
1696
1697     FeatureMatcherSetI currentFilter;
1698
1699     Point lastLocation;
1700
1701     String type;
1702
1703     JButton button;
1704
1705     protected static final String EDIT = "edit";
1706
1707     int rowSelected = 0;
1708
1709     public FilterEditor(FeatureSettings me)
1710     {
1711       this.me = me;
1712       button = new JButton();
1713       button.setActionCommand(EDIT);
1714       button.addActionListener(this);
1715       button.setBorderPainted(false);
1716     }
1717
1718     /**
1719      * Handles events from the editor button
1720      */
1721     @Override
1722     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1723     {
1724       if (button == e.getSource())
1725       {
1726         FeatureTypeSettings chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
1727         chooser.addActionListener(this);
1728         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1729         chooser.requestFocus();
1730         if (lastLocation != null)
1731         {
1732           // todo open at its last position on screen
1733           chooser.setBounds(lastLocation.x, lastLocation.y,
1734                   chooser.getWidth(), chooser.getHeight());
1735           chooser.validate();
1736         }
1737         fireEditingStopped();
1738       }
1739       else if (e.getSource() instanceof Component)
1740       {
1741
1742         /*
1743          * after OK in variable colour dialog, any changes to filter
1744          * (or colours!) are already set in FeatureRenderer, so just
1745          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1746          */
1747         FeatureColourI currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1748         currentFilter = me.fr.getFeatureFilter(type);
1749         if (currentFilter == null)
1750         {
1751           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1752         }
1753         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1754                 .getData()[rowSelected];
1755         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1756         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1757         fireEditingStopped();
1758         me.table.validate();
1759       }
1760     }
1761
1762     @Override
1763     public Object getCellEditorValue()
1764     {
1765       return currentFilter;
1766     }
1767
1768     @Override
1769     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
1770             boolean isSelected, int row, int column)
1771     {
1772       currentFilter = (FeatureMatcherSetI) value;
1773       this.rowSelected = row;
1774       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
1775       button.setOpaque(true);
1776       button.setBackground(me.getBackground());
1777       button.setText(currentFilter.toString());
1778       button.setToolTipText(currentFilter.toString());
1779       button.setIcon(null);
1780       return button;
1781     }
1782   }
1783 }
1784
1785 class FeatureIcon implements Icon
1786 {
1787   FeatureColourI gcol;
1788
1789   Color backg;
1790
1791   boolean midspace = false;
1792
1793   int width = 50, height = 20;
1794
1795   int s1, e1; // start and end of midpoint band for thresholded symbol
1796
1797   Color mpcolour = Color.white;
1798
1799   FeatureIcon(FeatureColourI gfc, Color bg, int w, int h, boolean mspace)
1800   {
1801     gcol = gfc;
1802     backg = bg;
1803     width = w;
1804     height = h;
1805     midspace = mspace;
1806     if (midspace)
1807     {
1808       s1 = width / 3;
1809       e1 = s1 * 2;
1810     }
1811     else
1812     {
1813       s1 = width / 2;
1814       e1 = s1;
1815     }
1816   }
1817
1818   @Override
1819   public int getIconWidth()
1820   {
1821     return width;
1822   }
1823
1824   @Override
1825   public int getIconHeight()
1826   {
1827     return height;
1828   }
1829
1830   @Override
1831   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
1832   {
1833
1834     if (gcol.isColourByLabel())
1835     {
1836       g.setColor(backg);
1837       g.fillRect(0, 0, width, height);
1838       // need an icon here.
1839       g.setColor(gcol.getMaxColour());
1840
1841       g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9));
1842
1843       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
1844       // AffineTransform.getScaleInstance(
1845       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
1846       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
1847
1848       g.drawString(MessageManager.getString("label.label"), 0, 0);
1849
1850     }
1851     else
1852     {
1853       Color minCol = gcol.getMinColour();
1854       g.setColor(minCol);
1855       g.fillRect(0, 0, s1, height);
1856       if (midspace)
1857       {
1858         g.setColor(Color.white);
1859         g.fillRect(s1, 0, e1 - s1, height);
1860       }
1861       g.setColor(gcol.getMaxColour());
1862       g.fillRect(0, e1, width - e1, height);
1863     }
1864   }
1865 }