src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.gui.Help.HelpId;
  29 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  30 import jalview.io.JalviewFileView;
  31 import jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours;
  32 import jalview.schemes.FeatureColour;
  33 import jalview.util.Format;
  34 import jalview.util.MessageManager;
  35 import jalview.util.Platform;
  36 import jalview.util.QuickSort;
  37 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  38 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  39
  40 import java.awt.BorderLayout;
  41 import java.awt.Color;
  42 import java.awt.Component;
  43 import java.awt.Dimension;
  44 import java.awt.Font;
  45 import java.awt.Graphics;
  46 import java.awt.GridLayout;
  47 import java.awt.Rectangle;
  48 import java.awt.event.ActionEvent;
  49 import java.awt.event.ActionListener;
  50 import java.awt.event.ItemEvent;
  51 import java.awt.event.ItemListener;
  52 import java.awt.event.MouseAdapter;
  53 import java.awt.event.MouseEvent;
  54 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  55 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  56 import java.beans.PropertyChangeListener;
  57 import java.io.File;
  58 import java.io.FileInputStream;
  59 import java.io.FileOutputStream;
  60 import java.io.InputStreamReader;
  61 import java.io.OutputStreamWriter;
  62 import java.io.PrintWriter;
  63 import java.util.Arrays;
  64 import java.util.HashSet;
  65 import java.util.Hashtable;
  66 import java.util.Iterator;
  67 import java.util.List;
  68 import java.util.Map;
  69 import java.util.Set;
  70 import java.util.Vector;
  71
  72 import javax.help.HelpSetException;
  73 import javax.swing.AbstractCellEditor;
  74 import javax.swing.BorderFactory;
  75 import javax.swing.Icon;
  76 import javax.swing.JButton;
  77 import javax.swing.JCheckBox;
  78 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  79 import javax.swing.JColorChooser;
  80 import javax.swing.JDialog;
  81 import javax.swing.JInternalFrame;
  82 import javax.swing.JLabel;
  83 import javax.swing.JLayeredPane;
  84 import javax.swing.JMenuItem;
  85 import javax.swing.JPanel;
  86 import javax.swing.JPopupMenu;
  87 import javax.swing.JScrollPane;
  88 import javax.swing.JSlider;
  89 import javax.swing.JTabbedPane;
  90 import javax.swing.JTable;
  91 import javax.swing.ListSelectionModel;
  92 import javax.swing.SwingConstants;
  93 import javax.swing.SwingUtilities;
  94 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  95 import javax.swing.event.ChangeListener;
  96 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  97 import javax.swing.table.TableCellEditor;
  98 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
  99
 100 public class FeatureSettings extends JPanel
 101         implements FeatureSettingsControllerI
 102 {
 103   DasSourceBrowser dassourceBrowser;
 104
 105   jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher dasFeatureFetcher;
 106
 107   JPanel settingsPane = new JPanel();
 108
 109   JPanel dasSettingsPane = new JPanel();
 110
 111   final FeatureRenderer fr;
 112
 113   public final AlignFrame af;
 114
 115   Object[][] originalData;
 116
 117   private float originalTransparency;
 118
 119   final JInternalFrame frame;
 120
 121   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
 122
 123   JTable table;
 124
 125   JPanel groupPanel;
 126
 127   JSlider transparency = new JSlider();
 128
 129   JPanel transPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
 130
 131   private static final int MIN_WIDTH = 400;
 132
 133   private static final int MIN_HEIGHT = 400;
 134
 135   /**
 136    * when true, constructor is still executing - so ignore UI events
 137    */
 138   protected volatile boolean inConstruction = true;
 139
 140   /**
 141    * Constructor
 142    *
 143    * @param af
 144    */
 145   public FeatureSettings(AlignFrame af)
 146   {
 147     this.af = af;
 148     fr = af.getFeatureRenderer();
 149     // allow transparency to be recovered
 150     transparency.setMaximum(100
 151             - (int) ((originalTransparency = fr.getTransparency()) * 100));
 152
 153     try
 154     {
 155       jbInit();
 156     } catch (Exception ex)
 157     {
 158       ex.printStackTrace();
 159     }
 160
 161     table = new JTable()
 162     {
 163       @Override
 164       public String getToolTipText(MouseEvent e)
 165       {
 166         if (table.columnAtPoint(e.getPoint()) == 0)
 167         {
 168           /*
 169            * Tooltip for feature name only
 170            */
 171           return JvSwingUtils.wrapTooltip(true, MessageManager
 172                   .getString("label.feature_settings_click_drag"));
 173         }
 174         return null;
 175       }
 176     };
 177     table.getTableHeader().setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 178     table.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 179     table.setDefaultRenderer(Color.class, new ColorRenderer());
 180
 181     table.setDefaultEditor(Color.class, new ColorEditor(this));
 182
 183     table.setDefaultEditor(FeatureColour.class, new ColorEditor(this));
 184     table.setDefaultRenderer(FeatureColour.class, new ColorRenderer());
 185     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 186
 187     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
 188     {
 189       @Override
 190       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 191       {
 192         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 193         if (evt.isPopupTrigger())
 194         {
 195           popupSort(selectedRow, (String) table.getValueAt(selectedRow, 0),
 196                   table.getValueAt(selectedRow, 1), fr.getMinMax(),
 197                   evt.getX(), evt.getY());
 198         }
 199         else if (evt.getClickCount() == 2)
 200         {
 201           boolean invertSelection = evt.isAltDown();
 202           boolean toggleSelection = Platform.isControlDown(evt);
 203           boolean extendSelection = evt.isShiftDown();
 204           fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 205                   invertSelection, extendSelection, toggleSelection,
 206                   (String) table.getValueAt(selectedRow, 0));
 207         }
 208       }
 209
 210       // isPopupTrigger fires on mouseReleased on Windows
 211       @Override
 212       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 213       {
 214         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 215         if (evt.isPopupTrigger())
 216         {
 217           popupSort(selectedRow, (String) table.getValueAt(selectedRow, 0),
 218                   table.getValueAt(selectedRow, 1), fr.getMinMax(),
 219                   evt.getX(), evt.getY());
 220         }
 221       }
 222     });
 223
 224     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 225     {
 226       @Override
 227       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 228       {
 229         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 230         if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
 231         {
 232           /*
 233            * reposition 'selectedRow' to 'newRow' (the dragged to location)
 234            * this could be more than one row away for a very fast drag action
 235            * so just swap it with adjacent rows until we get it there
 236            */
 237           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 238                   .getData();
 239           int direction = newRow < selectedRow ? -1 : 1;
 240           for (int i = selectedRow; i != newRow; i += direction)
 241           {
 242             Object[] temp = data[i];
 243             data[i] = data[i + direction];
 244             data[i + direction] = temp;
 245           }
 246           updateFeatureRenderer(data);
 247           table.repaint();
 248           selectedRow = newRow;
 249         }
 250       }
 251     });
 252     // table.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 253     // MessageManager.getString("label.feature_settings_click_drag")));
 254     scrollPane.setViewportView(table);
 255
 256     dassourceBrowser = new DasSourceBrowser(this);
 257     dasSettingsPane.add(dassourceBrowser, BorderLayout.CENTER);
 258
 259     if (af.getViewport().isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())
 260     {
 261       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 262     }
 263
 264     discoverAllFeatureData();
 265     final PropertyChangeListener change;
 266     final FeatureSettings fs = this;
 267     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 268     {
 269       @Override
 270       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 271       {
 272         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 273         {
 274           fs.handlingUpdate = true;
 275           fs.resetTable(null); // new groups may be added with new seuqence
 276           // feature types only
 277           fs.handlingUpdate = false;
 278         }
 279       }
 280
 281     });
 282
 283     frame = new JInternalFrame();
 284     frame.setContentPane(this);
 285     if (Platform.isAMac())
 286     {
 287       Desktop.addInternalFrame(frame,
 288               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 289               475, 480);
 290     }
 291     else
 292     {
 293       Desktop.addInternalFrame(frame,
 294               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 295               400, 450);
 296     }
 297     frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 298
 299     frame.addInternalFrameListener(
 300             new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 301             {
 302               @Override
 303               public void internalFrameClosed(
 304                       javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 305               {
 306                 fr.removePropertyChangeListener(change);
 307                 dassourceBrowser.fs = null;
 308               };
 309             });
 310     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 311     inConstruction = false;
 312   }
 313
 314   protected void popupSort(final int selectedRow, final String type,
 315           final Object typeCol, final Map<String, float[][]> minmax, int x,
 316           int y)
 317   {
 318     final FeatureColourI featureColour = (FeatureColourI) typeCol;
 319
 320     JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager
 321             .formatMessage("label.settings_for_param", new String[]
 322             { type }));
 323     JMenuItem scr = new JMenuItem(
 324             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 325     men.add(scr);
 326     final FeatureSettings me = this;
 327     scr.addActionListener(new ActionListener()
 328     {
 329
 330       @Override
 331       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 332       {
 333         me.af.avc
 334                 .sortAlignmentByFeatureScore(Arrays.asList(new String[]
 335                 { type }));
 336       }
 337
 338     });
 339     JMenuItem dens = new JMenuItem(
 340             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 341     dens.addActionListener(new ActionListener()
 342     {
 343
 344       @Override
 345       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 346       {
 347         me.af.avc
 348                 .sortAlignmentByFeatureDensity(Arrays.asList(new String[]
 349                 { type }));
 350       }
 351
 352     });
 353     men.add(dens);
 354     if (minmax != null)
 355     {
 356       final float[][] typeMinMax = minmax.get(type);
 357       /*
 358        * final JCheckBoxMenuItem chb = new JCheckBoxMenuItem("Vary Height"); //
 359        * this is broken at the moment and isn't that useful anyway!
 360        * chb.setSelected(minmax.get(type) != null); chb.addActionListener(new
 361        * ActionListener() {
 362        *
 363        * public void actionPerformed(ActionEvent e) {
 364        * chb.setState(chb.getState()); if (chb.getState()) { minmax.put(type,
 365        * null); } else { minmax.put(type, typeMinMax); } }
 366        *
 367        * });
 368        *
 369        * men.add(chb);
 370        */
 371       if (typeMinMax != null && typeMinMax[0] != null)
 372       {
 373         // if (table.getValueAt(row, column));
 374         // graduated colourschemes for those where minmax exists for the
 375         // positional features
 376         final JCheckBoxMenuItem mxcol = new JCheckBoxMenuItem(
 377                 "Graduated Colour");
 378         mxcol.setSelected(!featureColour.isSimpleColour());
 379         men.add(mxcol);
 380         mxcol.addActionListener(new ActionListener()
 381         {
 382           JColorChooser colorChooser;
 383
 384           @Override
 385           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 386           {
 387             if (e.getSource() == mxcol)
 388             {
 389               if (featureColour.isSimpleColour())
 390               {
 391                 FeatureColourChooser fc = new FeatureColourChooser(me.fr,
 392                         type);
 393                 fc.addActionListener(this);
 394               }
 395               else
 396               {
 397                 // bring up simple color chooser
 398                 colorChooser = new JColorChooser();
 399                 JDialog dialog = JColorChooser.createDialog(me,
 400                         "Select new Colour", true, // modal
 401                         colorChooser, this, // OK button handler
 402                         null); // no CANCEL button handler
 403                 colorChooser.setColor(featureColour.getMaxColour());
 404                 dialog.setVisible(true);
 405               }
 406             }
 407             else
 408             {
 409               if (e.getSource() instanceof FeatureColourChooser)
 410               {
 411                 FeatureColourChooser fc = (FeatureColourChooser) e
 412                         .getSource();
 413                 table.setValueAt(fc.getLastColour(), selectedRow, 1);
 414                 table.validate();
 415               }
 416               else
 417               {
 418                 // probably the color chooser!
 419                 table.setValueAt(new FeatureColour(colorChooser.getColor()),
 420                         selectedRow, 1);
 421                 table.validate();
 422                 me.updateFeatureRenderer(
 423                         ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData(),
 424                         false);
 425               }
 426             }
 427           }
 428
 429         });
 430       }
 431     }
 432     JMenuItem selCols = new JMenuItem(
 433             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 434     selCols.addActionListener(new ActionListener()
 435     {
 436       @Override
 437       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 438       {
 439         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 440                 false, type);
 441       }
 442     });
 443     JMenuItem clearCols = new JMenuItem(MessageManager
 444             .getString("label.select_columns_not_containing"));
 445     clearCols.addActionListener(new ActionListener()
 446     {
 447       @Override
 448       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 449       {
 450         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 451                 false, type);
 452       }
 453     });
 454     JMenuItem hideCols = new JMenuItem(
 455             MessageManager.getString("label.hide_columns_containing"));
 456     hideCols.addActionListener(new ActionListener()
 457     {
 458       @Override
 459       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 460       {
 461         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, true);
 462       }
 463     });
 464     JMenuItem hideOtherCols = new JMenuItem(
 465             MessageManager.getString("label.hide_columns_not_containing"));
 466     hideOtherCols.addActionListener(new ActionListener()
 467     {
 468       @Override
 469       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 470       {
 471         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, false);
 472       }
 473     });
 474     men.add(selCols);
 475     men.add(clearCols);
 476     men.add(hideCols);
 477     men.add(hideOtherCols);
 478     men.show(table, x, y);
 479   }
 480
 481   /**
 482    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 483    */
 484   private boolean handlingUpdate = false;
 485
 486   /**
 487    * holds {featureCount, totalExtent} for each feature type
 488    */
 489   Map<String, float[]> typeWidth = null;
 490
 491   @Override
 492   synchronized public void discoverAllFeatureData()
 493   {
 494     Set<String> allGroups = new HashSet<>();
 495     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 496
 497     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 498     {
 499       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(i);
 500       for (String group : seq.getFeatures().getFeatureGroups(true))
 501       {
 502         if (group != null && !allGroups.contains(group))
 503         {
 504           allGroups.add(group);
 505           checkGroupState(group);
 506         }
 507       }
 508     }
 509
 510     resetTable(null);
 511
 512     validate();
 513   }
 514
 515   /**
 516    * Synchronise gui group list and check visibility of group
 517    *
 518    * @param group
 519    * @return true if group is visible
 520    */
 521   private boolean checkGroupState(String group)
 522   {
 523     boolean visible = fr.checkGroupVisibility(group, true);
 524
 525     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 526     {
 527       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 528       {
 529         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 530         return visible;
 531       }
 532     }
 533
 534     final String grp = group;
 535     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 536     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 537     check.setToolTipText(group);
 538     check.addItemListener(new ItemListener()
 539     {
 540       @Override
 541       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 542       {
 543         fr.setGroupVisibility(check.getText(), check.isSelected());
 544         resetTable(new String[] { grp });
 545         af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
 546       }
 547     });
 548     groupPanel.add(check);
 549     return visible;
 550   }
 551
 552   boolean resettingTable = false;
 553
 554   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 555   {
 556     if (resettingTable)
 557     {
 558       return;
 559     }
 560     resettingTable = true;
 561     typeWidth = new Hashtable<>();
 562     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 563     // rather than float
 564
 565     Set<String> displayableTypes = new HashSet<>();
 566     Set<String> foundGroups = new HashSet<>();
 567
 568     /*
 569      * determine which feature types may be visible depending on
 570      * which groups are selected, and recompute average width data
 571      */
 572     for (int i = 0; i < af.getViewport().getAlignment().getHeight(); i++)
 573     {
 574
 575       SequenceI seq = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i);
 576
 577       /*
 578        * get the sequence's groups for positional features
 579        * and keep track of which groups are visible
 580        */
 581       Set<String> groups = seq.getFeatures().getFeatureGroups(true);
 582       Set<String> visibleGroups = new HashSet<>();
 583       for (String group : groups)
 584       {
 585         if (group == null || checkGroupState(group))
 586         {
 587           visibleGroups.add(group);
 588         }
 589       }
 590       foundGroups.addAll(groups);
 591
 592       /*
 593        * get distinct feature types for visible groups
 594        * record distinct visible types, and their count and total length
 595        */
 596       Set<String> types = seq.getFeatures().getFeatureTypesForGroups(true,
 597               visibleGroups.toArray(new String[visibleGroups.size()]));
 598       for (String type : types)
 599       {
 600         displayableTypes.add(type);
 601         float[] avWidth = typeWidth.get(type);
 602         if (avWidth == null)
 603         {
 604           avWidth = new float[2];
 605           typeWidth.put(type, avWidth);
 606         }
 607         // todo this could include features with a non-visible group
 608         // - do we greatly care?
 609         // todo should we include non-displayable features here, and only
 610         // update when features are added?
 611         avWidth[0] += seq.getFeatures().getFeatureCount(true, type);
 612         avWidth[1] += seq.getFeatures().getTotalFeatureLength(type);
 613       }
 614     }
 615
 616     Object[][] data = new Object[displayableTypes.size()][3];
 617     int dataIndex = 0;
 618
 619     if (fr.hasRenderOrder())
 620     {
 621       if (!handlingUpdate)
 622       {
 623         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 624         // colourschemes. but don't
 625         // affect display
 626         // First add the checks in the previous render order,
 627         // in case the window has been closed and reopened
 628       }
 629       List<String> frl = fr.getRenderOrder();
 630       for (int ro = frl.size() - 1; ro > -1; ro--)
 631       {
 632         String type = frl.get(ro);
 633
 634         if (!displayableTypes.contains(type))
 635         {
 636           continue;
 637         }
 638
 639         data[dataIndex][0] = type;
 640         data[dataIndex][1] = fr.getFeatureStyle(type);
 641         data[dataIndex][2] = new Boolean(
 642                 af.getViewport().getFeaturesDisplayed().isVisible(type));
 643         dataIndex++;
 644         displayableTypes.remove(type);
 645       }
 646     }
 647
 648     /*
 649      * process any extra features belonging only to
 650      * a group which was just selected
 651      */
 652     while (!displayableTypes.isEmpty())
 653     {
 654       String type = displayableTypes.iterator().next();
 655       data[dataIndex][0] = type;
 656
 657       data[dataIndex][1] = fr.getFeatureStyle(type);
 658       if (data[dataIndex][1] == null)
 659       {
 660         // "Colour has been updated in another view!!"
 661         fr.clearRenderOrder();
 662         return;
 663       }
 664
 665       data[dataIndex][2] = new Boolean(true);
 666       dataIndex++;
 667       displayableTypes.remove(type);
 668     }
 669
 670     if (originalData == null)
 671     {
 672       originalData = new Object[data.length][3];
 673       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 674       {
 675         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, 3);
 676       }
 677     }
 678     else
 679     {
 680       updateOriginalData(data);
 681     }
 682
 683     table.setModel(new FeatureTableModel(data));
 684     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 685
 686     groupPanel.setLayout(
 687             new GridLayout(fr.getFeatureGroupsSize() / 4 + 1, 4));
 688     pruneGroups(foundGroups);
 689     groupPanel.validate();
 690
 691     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 692     resettingTable = false;
 693   }
 694
 695   /**
 696    * Updates 'originalData' (used for restore on Cancel) if we detect that
 697    * changes have been made outwith this dialog
 698    * <ul>
 699    * <li>a new feature type added (and made visible)</li>
 700    * <li>a feature colour changed (in the Amend Features dialog)</li>
 701    * </ul>
 702    *
 703    * @param foundData
 704    */
 705   protected void updateOriginalData(Object[][] foundData)
 706   {
 707     // todo LinkedHashMap instead of Object[][] would be nice
 708
 709     Object[][] currentData = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 710             .getData();
 711     for (Object[] row : foundData)
 712     {
 713       String type = (String) row[0];
 714       boolean found = false;
 715       for (Object[] current : currentData)
 716       {
 717         if (type.equals(current[0]))
 718         {
 719           found = true;
 720           /*
 721            * currently dependent on object equality here;
 722            * really need an equals method on FeatureColour
 723            */
 724           if (!row[1].equals(current[1]))
 725           {
 726             /*
 727              * feature colour has changed externally - update originalData
 728              */
 729             for (Object[] original : originalData)
 730             {
 731               if (type.equals(original[0]))
 732               {
 733                 original[1] = row[1];
 734                 break;
 735               }
 736             }
 737           }
 738           break;
 739         }
 740       }
 741       if (!found)
 742       {
 743         /*
 744          * new feature detected - add to original data (on top)
 745          */
 746         Object[][] newData = new Object[originalData.length + 1][3];
 747         for (int i = 0; i < originalData.length; i++)
 748         {
 749           System.arraycopy(originalData[i], 0, newData[i + 1], 0, 3);
 750         }
 751         newData[0] = row;
 752         originalData = newData;
 753       }
 754     }
 755   }
 756
 757   /**
 758    * Remove from the groups panel any checkboxes for groups that are not in the
 759    * foundGroups set. This enables removing a group from the display when the
 760    * last feature in that group is deleted.
 761    *
 762    * @param foundGroups
 763    */
 764   protected void pruneGroups(Set<String> foundGroups)
 765   {
 766     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 767     {
 768       JCheckBox checkbox = (JCheckBox) groupPanel.getComponent(g);
 769       if (!foundGroups.contains(checkbox.getText()))
 770       {
 771         groupPanel.remove(checkbox);
 772       }
 773     }
 774   }
 775
 776   /**
 777    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 778    *
 779    * @param data
 780    */
 781   private void ensureOrder(Object[][] data)
 782   {
 783     boolean sort = false;
 784     float[] order = new float[data.length];
 785     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 786     {
 787       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 788       if (order[i] < 0)
 789       {
 790         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 791       }
 792       if (i > 1)
 793       {
 794         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 795       }
 796     }
 797     if (sort)
 798     {
 799       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 800     }
 801   }
 802
 803   void load()
 804   {
 805     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 806             "Sequence Feature Colours");
 807     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 808     chooser.setDialogTitle(
 809             MessageManager.getString("label.load_feature_colours"));
 810     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 811
 812     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 813
 814     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 815     {
 816       File file = chooser.getSelectedFile();
 817
 818       try
 819       {
 820         InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 821                 new FileInputStream(file), "UTF-8");
 822
 823         JalviewUserColours jucs = JalviewUserColours.unmarshal(in);
 824
 825         for (int i = jucs.getColourCount() - 1; i >= 0; i--)
 826         {
 827           String name;
 828           jalview.schemabinding.version2.Colour newcol = jucs.getColour(i);
 829           if (newcol.hasMax())
 830           {
 831             Color mincol = null, maxcol = null;
 832             try
 833             {
 834               mincol = new Color(Integer.parseInt(newcol.getMinRGB(), 16));
 835               maxcol = new Color(Integer.parseInt(newcol.getRGB(), 16));
 836
 837             } catch (Exception e)
 838             {
 839               Cache.log.warn("Couldn't parse out graduated feature color.",
 840                       e);
 841             }
 842             FeatureColourI gcol = new FeatureColour(mincol, maxcol,
 843                     newcol.getMin(), newcol.getMax());
 844             if (newcol.hasAutoScale())
 845             {
 846               gcol.setAutoScaled(newcol.getAutoScale());
 847             }
 848             if (newcol.hasColourByLabel())
 849             {
 850               gcol.setColourByLabel(newcol.getColourByLabel());
 851             }
 852             if (newcol.hasThreshold())
 853             {
 854               gcol.setThreshold(newcol.getThreshold());
 855             }
 856             if (newcol.getThreshType().length() > 0)
 857             {
 858               String ttyp = newcol.getThreshType();
 859               if (ttyp.equalsIgnoreCase("ABOVE"))
 860               {
 861                 gcol.setAboveThreshold(true);
 862               }
 863               if (ttyp.equalsIgnoreCase("BELOW"))
 864               {
 865                 gcol.setBelowThreshold(true);
 866               }
 867             }
 868             fr.setColour(name = newcol.getName(), gcol);
 869           }
 870           else
 871           {
 872             Color color = new Color(
 873                     Integer.parseInt(jucs.getColour(i).getRGB(), 16));
 874             fr.setColour(name = jucs.getColour(i).getName(),
 875                     new FeatureColour(color));
 876           }
 877           fr.setOrder(name, (i == 0) ? 0 : i / jucs.getColourCount());
 878         }
 879         if (table != null)
 880         {
 881           resetTable(null);
 882           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 883                   .getData();
 884           ensureOrder(data);
 885           updateFeatureRenderer(data, false);
 886           table.repaint();
 887         }
 888       } catch (Exception ex)
 889       {
 890         System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);
 891       }
 892     }
 893   }
 894
 895   void save()
 896   {
 897     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 898             "Sequence Feature Colours");
 899     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 900     chooser.setDialogTitle(
 901             MessageManager.getString("label.save_feature_colours"));
 902     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 903
 904     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 905
 906     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 907     {
 908       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 909       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours ucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 910       ucs.setSchemeName("Sequence Features");
 911       try
 912       {
 913         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 914                 new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));
 915
 916         Set<String> fr_colours = fr.getAllFeatureColours();
 917         Iterator<String> e = fr_colours.iterator();
 918         float[] sortOrder = new float[fr_colours.size()];
 919         String[] sortTypes = new String[fr_colours.size()];
 920         int i = 0;
 921         while (e.hasNext())
 922         {
 923           sortTypes[i] = e.next();
 924           sortOrder[i] = fr.getOrder(sortTypes[i]);
 925           i++;
 926         }
 927         QuickSort.sort(sortOrder, sortTypes);
 928         sortOrder = null;
 929         for (i = 0; i < sortTypes.length; i++)
 930         {
 931           jalview.schemabinding.version2.Colour col = new jalview.schemabinding.version2.Colour();
 932           col.setName(sortTypes[i]);
 933           FeatureColourI fcol = fr.getFeatureStyle(sortTypes[i]);
 934           if (fcol.isSimpleColour())
 935           {
 936             col.setRGB(Format.getHexString(fcol.getColour()));
 937           }
 938           else
 939           {
 940             col.setRGB(Format.getHexString(fcol.getMaxColour()));
 941             col.setMin(fcol.getMin());
 942             col.setMax(fcol.getMax());
 943             col.setMinRGB(
 944                     jalview.util.Format.getHexString(fcol.getMinColour()));
 945             col.setAutoScale(fcol.isAutoScaled());
 946             col.setThreshold(fcol.getThreshold());
 947             col.setColourByLabel(fcol.isColourByLabel());
 948             col.setThreshType(fcol.isAboveThreshold() ? "ABOVE"
 949                     : (fcol.isBelowThreshold() ? "BELOW" : "NONE"));
 950           }
 951           ucs.addColour(col);
 952         }
 953         ucs.marshal(out);
 954         out.close();
 955       } catch (Exception ex)
 956       {
 957         ex.printStackTrace();
 958       }
 959     }
 960   }
 961
 962   public void invertSelection()
 963   {
 964     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
 965     for (int i = 0; i < data.length; i++)
 966     {
 967       data[i][2] = !(Boolean) data[i][2];
 968     }
 969     updateFeatureRenderer(data, true);
 970     table.repaint();
 971   }
 972
 973   public void orderByAvWidth()
 974   {
 975     if (table == null || table.getModel() == null)
 976     {
 977       return;
 978     }
 979     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
 980     float[] width = new float[data.length];
 981     float[] awidth;
 982     float max = 0;
 983     int num = 0;
 984     for (int i = 0; i < data.length; i++)
 985     {
 986       awidth = typeWidth.get(data[i][0]);
 987       if (awidth[0] > 0)
 988       {
 989         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
 990         // weight - but have to make per
 991         // sequence, too (awidth[2])
 992         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
 993         num++;
 994       }
 995       else
 996       {
 997         width[i] = 0;
 998       }
 999       if (max < width[i])
1000       {
1001         max = width[i];
1002       }
1003     }
1004     boolean sort = false;
1005     for (int i = 0; i < width.length; i++)
1006     {
1007       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
1008       if (width[i] == 0)
1009       {
1010         width[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
1011         if (width[i] < 0)
1012         {
1013           width[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / data.length);
1014         }
1015       }
1016       else
1017       {
1018         width[i] /= max; // normalize
1019         fr.setOrder(data[i][0].toString(), width[i]); // store for later
1020       }
1021       if (i > 0)
1022       {
1023         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
1024       }
1025     }
1026     if (sort)
1027     {
1028       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
1029       // update global priority order
1030     }
1031
1032     updateFeatureRenderer(data, false);
1033     table.repaint();
1034   }
1035
1036   public void close()
1037   {
1038     try
1039     {
1040       frame.setClosed(true);
1041     } catch (Exception exe)
1042     {
1043     }
1044
1045   }
1046
1047   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
1048   {
1049     updateFeatureRenderer(data, true);
1050   }
1051
1052   /**
1053    * Update the priority order of features; only repaint if this changed the
1054    * order of visible features
1055    *
1056    * @param data
1057    * @param visibleNew
1058    */
1059   private void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
1060   {
1061     if (fr.setFeaturePriority(data, visibleNew))
1062     {
1063       af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1064     }
1065   }
1066
1067   int selectedRow = -1;
1068
1069   JTabbedPane tabbedPane = new JTabbedPane();
1070
1071   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
1072
1073   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
1074
1075   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
1076
1077   JPanel bigPanel = new JPanel();
1078
1079   BorderLayout borderLayout4 = new BorderLayout();
1080
1081   JButton invert = new JButton();
1082
1083   JPanel buttonPanel = new JPanel();
1084
1085   JButton cancel = new JButton();
1086
1087   JButton ok = new JButton();
1088
1089   JButton loadColours = new JButton();
1090
1091   JButton saveColours = new JButton();
1092
1093   JPanel dasButtonPanel = new JPanel();
1094
1095   JButton fetchDAS = new JButton();
1096
1097   JButton saveDAS = new JButton();
1098
1099   JButton cancelDAS = new JButton();
1100
1101   JButton optimizeOrder = new JButton();
1102
1103   JButton sortByScore = new JButton();
1104
1105   JButton sortByDens = new JButton();
1106
1107   JButton help = new JButton();
1108
1109   JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
1110
1111   private void jbInit() throws Exception
1112   {
1113     this.setLayout(borderLayout1);
1114     settingsPane.setLayout(borderLayout2);
1115     dasSettingsPane.setLayout(borderLayout3);
1116     bigPanel.setLayout(borderLayout4);
1117
1118     groupPanel = new JPanel();
1119     bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
1120
1121     invert.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1122     invert.setText(MessageManager.getString("label.invert_selection"));
1123     invert.addActionListener(new ActionListener()
1124     {
1125       @Override
1126       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1127       {
1128         invertSelection();
1129       }
1130     });
1131     optimizeOrder.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1132     optimizeOrder.setText(MessageManager.getString("label.optimise_order"));
1133     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
1134     {
1135       @Override
1136       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1137       {
1138         orderByAvWidth();
1139       }
1140     });
1141     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1142     sortByScore
1143             .setText(MessageManager.getString("label.seq_sort_by_score"));
1144     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
1145     {
1146       @Override
1147       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1148       {
1149         af.avc.sortAlignmentByFeatureScore(null);
1150       }
1151     });
1152     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1153     sortByDens.setText(
1154             MessageManager.getString("label.sequence_sort_by_density"));
1155     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
1156     {
1157       @Override
1158       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1159       {
1160         af.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(null);
1161       }
1162     });
1163     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1164     help.setText(MessageManager.getString("action.help"));
1165     help.addActionListener(new ActionListener()
1166     {
1167       @Override
1168       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1169       {
1170         try
1171         {
1172           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1173         } catch (HelpSetException e1)
1174         {
1175           e1.printStackTrace();
1176         }
1177       }
1178     });
1179     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1180     help.setText(MessageManager.getString("action.help"));
1181     help.addActionListener(new ActionListener()
1182     {
1183       @Override
1184       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1185       {
1186         try
1187         {
1188           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1189         } catch (HelpSetException e1)
1190         {
1191           e1.printStackTrace();
1192         }
1193       }
1194     });
1195     cancel.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1196     cancel.setText(MessageManager.getString("action.cancel"));
1197     cancel.addActionListener(new ActionListener()
1198     {
1199       @Override
1200       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1201       {
1202         fr.setTransparency(originalTransparency);
1203         updateFeatureRenderer(originalData);
1204         close();
1205       }
1206     });
1207     ok.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1208     ok.setText(MessageManager.getString("action.ok"));
1209     ok.addActionListener(new ActionListener()
1210     {
1211       @Override
1212       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1213       {
1214         close();
1215       }
1216     });
1217     loadColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1218     loadColours.setText(MessageManager.getString("label.load_colours"));
1219     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
1220     {
1221       @Override
1222       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1223       {
1224         load();
1225       }
1226     });
1227     saveColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1228     saveColours.setText(MessageManager.getString("label.save_colours"));
1229     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
1230     {
1231       @Override
1232       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1233       {
1234         save();
1235       }
1236     });
1237     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
1238     {
1239       @Override
1240       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
1241       {
1242         if (!inConstruction)
1243         {
1244           fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
1245           af.alignPanel.paintAlignment(true,true);
1246         }
1247       }
1248     });
1249
1250     transparency.setMaximum(70);
1251     transparency.setToolTipText(
1252             MessageManager.getString("label.transparency_tip"));
1253     fetchDAS.setText(MessageManager.getString("label.fetch_das_features"));
1254     fetchDAS.addActionListener(new ActionListener()
1255     {
1256       @Override
1257       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1258       {
1259         fetchDAS_actionPerformed(e);
1260       }
1261     });
1262     saveDAS.setText(MessageManager.getString("action.save_as_default"));
1263     saveDAS.addActionListener(new ActionListener()
1264     {
1265       @Override
1266       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1267       {
1268         saveDAS_actionPerformed(e);
1269       }
1270     });
1271     dasButtonPanel.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());
1272     dasSettingsPane.setBorder(null);
1273     cancelDAS.setEnabled(false);
1274     cancelDAS.setText(MessageManager.getString("action.cancel_fetch"));
1275     cancelDAS.addActionListener(new ActionListener()
1276     {
1277       @Override
1278       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1279       {
1280         cancelDAS_actionPerformed(e);
1281       }
1282     });
1283     this.add(tabbedPane, java.awt.BorderLayout.CENTER);
1284     tabbedPane.addTab(MessageManager.getString("label.feature_settings"),
1285             settingsPane);
1286     tabbedPane.addTab(MessageManager.getString("label.das_settings"),
1287             dasSettingsPane);
1288     bigPanel.add(transPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
1289     transbuttons.add(optimizeOrder);
1290     transbuttons.add(invert);
1291     transbuttons.add(sortByScore);
1292     transbuttons.add(sortByDens);
1293     transbuttons.add(help);
1294     JPanel sliderPanel = new JPanel();
1295     sliderPanel.add(transparency);
1296     transPanel.add(transparency);
1297     transPanel.add(transbuttons);
1298     buttonPanel.add(ok);
1299     buttonPanel.add(cancel);
1300     buttonPanel.add(loadColours);
1301     buttonPanel.add(saveColours);
1302     bigPanel.add(scrollPane, java.awt.BorderLayout.CENTER);
1303     dasSettingsPane.add(dasButtonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
1304     dasButtonPanel.add(fetchDAS);
1305     dasButtonPanel.add(cancelDAS);
1306     dasButtonPanel.add(saveDAS);
1307     settingsPane.add(bigPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
1308     settingsPane.add(buttonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
1309   }
1310
1311   public void fetchDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1312   {
1313     fetchDAS.setEnabled(false);
1314     cancelDAS.setEnabled(true);
1315     dassourceBrowser.setGuiEnabled(false);
1316     Vector<jalviewSourceI> selectedSources = dassourceBrowser
1317             .getSelectedSources();
1318     doDasFeatureFetch(selectedSources, true, true);
1319   }
1320
1321   /**
1322    * get the features from selectedSources for all or the current selection
1323    *
1324    * @param selectedSources
1325    * @param checkDbRefs
1326    * @param promptFetchDbRefs
1327    */
1328   private void doDasFeatureFetch(List<jalviewSourceI> selectedSources,
1329           boolean checkDbRefs, boolean promptFetchDbRefs)
1330   {
1331     SequenceI[] dataset, seqs;
1332     int iSize;
1333     AlignmentViewport vp = af.getViewport();
1334     if (vp.getSelectionGroup() != null
1335             && vp.getSelectionGroup().getSize() > 0)
1336     {
1337       iSize = vp.getSelectionGroup().getSize();
1338       dataset = new SequenceI[iSize];
1339       seqs = vp.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(vp.getAlignment());
1340     }
1341     else
1342     {
1343       iSize = vp.getAlignment().getHeight();
1344       seqs = vp.getAlignment().getSequencesArray();
1345     }
1346
1347     dataset = new SequenceI[iSize];
1348     for (int i = 0; i < iSize; i++)
1349     {
1350       dataset[i] = seqs[i].getDatasetSequence();
1351     }
1352
1353     cancelDAS.setEnabled(true);
1354     dasFeatureFetcher = new jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher(dataset,
1355             this, selectedSources, checkDbRefs, promptFetchDbRefs);
1356     af.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);
1357     af.showSeqFeatures.setSelected(true);
1358   }
1359
1360   /**
1361    * blocking call to initialise the das source browser
1362    */
1363   public void initDasSources()
1364   {
1365     dassourceBrowser.initDasSources();
1366   }
1367
1368   /**
1369    * examine the current list of das sources and return any matching the given
1370    * nicknames in sources
1371    *
1372    * @param sources
1373    *          Vector of Strings to resolve to DAS source nicknames.
1374    * @return sources that are present in source list.
1375    */
1376   public List<jalviewSourceI> resolveSourceNicknames(Vector<String> sources)
1377   {
1378     return dassourceBrowser.sourceRegistry.resolveSourceNicknames(sources);
1379   }
1380
1381   /**
1382    * get currently selected das sources. ensure you have called initDasSources
1383    * before calling this.
1384    *
1385    * @return vector of selected das source nicknames
1386    */
1387   public Vector<jalviewSourceI> getSelectedSources()
1388   {
1389     return dassourceBrowser.getSelectedSources();
1390   }
1391
1392   /**
1393    * properly initialise DAS fetcher and then initiate a new thread to fetch
1394    * features from the named sources (rather than any turned on by default)
1395    *
1396    * @param sources
1397    * @param block
1398    *          if true then runs in same thread, otherwise passes to the Swing
1399    *          executor
1400    */
1401   public void fetchDasFeatures(Vector<String> sources, boolean block)
1402   {
1403     initDasSources();
1404     List<jalviewSourceI> resolved = dassourceBrowser.sourceRegistry
1405             .resolveSourceNicknames(sources);
1406     if (resolved.size() == 0)
1407     {
1408       resolved = dassourceBrowser.getSelectedSources();
1409     }
1410     if (resolved.size() > 0)
1411     {
1412       final List<jalviewSourceI> dassources = resolved;
1413       fetchDAS.setEnabled(false);
1414       // cancelDAS.setEnabled(true); doDasFetch does this.
1415       Runnable fetcher = new Runnable()
1416       {
1417
1418         @Override
1419         public void run()
1420         {
1421           doDasFeatureFetch(dassources, true, false);
1422
1423         }
1424       };
1425       if (block)
1426       {
1427         fetcher.run();
1428       }
1429       else
1430       {
1431         SwingUtilities.invokeLater(fetcher);
1432       }
1433     }
1434   }
1435
1436   public void saveDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1437   {
1438     dassourceBrowser
1439             .saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);
1440   }
1441
1442   public void complete()
1443   {
1444     fetchDAS.setEnabled(true);
1445     cancelDAS.setEnabled(false);
1446     dassourceBrowser.setGuiEnabled(true);
1447
1448   }
1449
1450   public void cancelDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1451   {
1452     if (dasFeatureFetcher != null)
1453     {
1454       dasFeatureFetcher.cancel();
1455     }
1456     complete();
1457   }
1458
1459   public void noDasSourceActive()
1460   {
1461     complete();
1462     JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
1463             MessageManager.getString("label.no_das_sources_selected_warn"),
1464             MessageManager.getString("label.no_das_sources_selected_title"),
1465             JvOptionPane.DEFAULT_OPTION, JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1466   }
1467
1468   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1469   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1470   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1471   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1472   {
1473     FeatureTableModel(Object[][] data)
1474     {
1475       this.data = data;
1476     }
1477
1478     private String[] columnNames = {
1479         MessageManager.getString("label.feature_type"),
1480         MessageManager.getString("action.colour"),
1481         MessageManager.getString("label.display") };
1482
1483     private Object[][] data;
1484
1485     public Object[][] getData()
1486     {
1487       return data;
1488     }
1489
1490     public void setData(Object[][] data)
1491     {
1492       this.data = data;
1493     }
1494
1495     @Override
1496     public int getColumnCount()
1497     {
1498       return columnNames.length;
1499     }
1500
1501     public Object[] getRow(int row)
1502     {
1503       return data[row];
1504     }
1505
1506     @Override
1507     public int getRowCount()
1508     {
1509       return data.length;
1510     }
1511
1512     @Override
1513     public String getColumnName(int col)
1514     {
1515       return columnNames[col];
1516     }
1517
1518     @Override
1519     public Object getValueAt(int row, int col)
1520     {
1521       return data[row][col];
1522     }
1523
1524     @Override
1525     public Class getColumnClass(int c)
1526     {
1527       return getValueAt(0, c).getClass();
1528     }
1529
1530     @Override
1531     public boolean isCellEditable(int row, int col)
1532     {
1533       return col == 0 ? false : true;
1534     }
1535
1536     @Override
1537     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1538     {
1539       data[row][col] = value;
1540       fireTableCellUpdated(row, col);
1541       updateFeatureRenderer(data);
1542     }
1543
1544   }
1545
1546   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1547   {
1548     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1549
1550     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1551
1552     final String baseTT = "Click to edit, right/apple click for menu.";
1553
1554     public ColorRenderer()
1555     {
1556       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1557       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1558       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1559     }
1560
1561     @Override
1562     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl, Object color,
1563             boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column)
1564     {
1565       FeatureColourI cellColour = (FeatureColourI) color;
1566       // JLabel comp = new JLabel();
1567       // comp.
1568       setOpaque(true);
1569       // comp.
1570       // setBounds(getBounds());
1571       Color newColor;
1572       setToolTipText(baseTT);
1573       setBackground(tbl.getBackground());
1574       if (!cellColour.isSimpleColour())
1575       {
1576         Rectangle cr = tbl.getCellRect(row, column, false);
1577         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, cellColour,
1578                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
1579
1580       }
1581       else
1582       {
1583         this.setText("");
1584         this.setIcon(null);
1585         newColor = cellColour.getColour();
1586         setBackground(newColor);
1587       }
1588       if (isSelected)
1589       {
1590         if (selectedBorder == null)
1591         {
1592           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1593                   tbl.getSelectionBackground());
1594         }
1595         setBorder(selectedBorder);
1596       }
1597       else
1598       {
1599         if (unselectedBorder == null)
1600         {
1601           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1602                   tbl.getBackground());
1603         }
1604         setBorder(unselectedBorder);
1605       }
1606
1607       return this;
1608     }
1609   }
1610
1611   /**
1612    * update comp using rendering settings from gcol
1613    *
1614    * @param comp
1615    * @param gcol
1616    */
1617   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol)
1618   {
1619     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
1620     if (w < 20)
1621     {
1622       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
1623       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
1624       if (w < 20)
1625       {
1626         w = 80;
1627         h = 12;
1628       }
1629     }
1630     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
1631   }
1632
1633   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol,
1634           int w, int h)
1635   {
1636     boolean thr = false;
1637     String tt = "";
1638     String tx = "";
1639     if (gcol.isAboveThreshold())
1640     {
1641       thr = true;
1642       tx += ">";
1643       tt += "Thresholded (Above " + gcol.getThreshold() + ") ";
1644     }
1645     if (gcol.isBelowThreshold())
1646     {
1647       thr = true;
1648       tx += "<";
1649       tt += "Thresholded (Below " + gcol.getThreshold() + ") ";
1650     }
1651     if (gcol.isColourByLabel())
1652     {
1653       tt = "Coloured by label text. " + tt;
1654       if (thr)
1655       {
1656         tx += " ";
1657       }
1658       tx += "Label";
1659       comp.setIcon(null);
1660     }
1661     else
1662     {
1663       Color newColor = gcol.getMaxColour();
1664       comp.setBackground(newColor);
1665       // System.err.println("Width is " + w / 2);
1666       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w, h, thr);
1667       comp.setIcon(ficon);
1668       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
1669       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
1670       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
1671       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
1672     }
1673     comp.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
1674     comp.setText(tx);
1675     if (tt.length() > 0)
1676     {
1677       if (comp.getToolTipText() == null)
1678       {
1679         comp.setToolTipText(tt);
1680       }
1681       else
1682       {
1683         comp.setToolTipText(tt + " " + comp.getToolTipText());
1684       }
1685     }
1686   }
1687 }
1688
1689 class FeatureIcon implements Icon
1690 {
1691   FeatureColourI gcol;
1692
1693   Color backg;
1694
1695   boolean midspace = false;
1696
1697   int width = 50, height = 20;
1698
1699   int s1, e1; // start and end of midpoint band for thresholded symbol
1700
1701   Color mpcolour = Color.white;
1702
1703   FeatureIcon(FeatureColourI gfc, Color bg, int w, int h, boolean mspace)
1704   {
1705     gcol = gfc;
1706     backg = bg;
1707     width = w;
1708     height = h;
1709     midspace = mspace;
1710     if (midspace)
1711     {
1712       s1 = width / 3;
1713       e1 = s1 * 2;
1714     }
1715     else
1716     {
1717       s1 = width / 2;
1718       e1 = s1;
1719     }
1720   }
1721
1722   @Override
1723   public int getIconWidth()
1724   {
1725     return width;
1726   }
1727
1728   @Override
1729   public int getIconHeight()
1730   {
1731     return height;
1732   }
1733
1734   @Override
1735   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
1736   {
1737
1738     if (gcol.isColourByLabel())
1739     {
1740       g.setColor(backg);
1741       g.fillRect(0, 0, width, height);
1742       // need an icon here.
1743       g.setColor(gcol.getMaxColour());
1744
1745       g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9));
1746
1747       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
1748       // AffineTransform.getScaleInstance(
1749       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
1750       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
1751
1752       g.drawString(MessageManager.getString("label.label"), 0, 0);
1753
1754     }
1755     else
1756     {
1757       Color minCol = gcol.getMinColour();
1758       g.setColor(minCol);
1759       g.fillRect(0, 0, s1, height);
1760       if (midspace)
1761       {
1762         g.setColor(Color.white);
1763         g.fillRect(s1, 0, e1 - s1, height);
1764       }
1765       g.setColor(gcol.getMaxColour());
1766       g.fillRect(0, e1, width - e1, height);
1767     }
1768   }
1769 }
1770
1771 class ColorEditor extends AbstractCellEditor
1772         implements TableCellEditor, ActionListener
1773 {
1774   FeatureSettings me;
1775
1776   FeatureColourI currentColor;
1777
1778   FeatureColourChooser chooser;
1779
1780   String type;
1781
1782   JButton button;
1783
1784   JColorChooser colorChooser;
1785
1786   JDialog dialog;
1787
1788   protected static final String EDIT = "edit";
1789
1790   int selectedRow = 0;
1791
1792   public ColorEditor(FeatureSettings me)
1793   {
1794     this.me = me;
1795     // Set up the editor (from the table's point of view),
1796     // which is a button.
1797     // This button brings up the color chooser dialog,
1798     // which is the editor from the user's point of view.
1799     button = new JButton();
1800     button.setActionCommand(EDIT);
1801     button.addActionListener(this);
1802     button.setBorderPainted(false);
1803     // Set up the dialog that the button brings up.
1804     colorChooser = new JColorChooser();
1805     dialog = JColorChooser.createDialog(button, "Select new Colour", true, // modal
1806             colorChooser, this, // OK button handler
1807             null); // no CANCEL button handler
1808   }
1809
1810   /**
1811    * Handles events from the editor button and from the dialog's OK button.
1812    */
1813   @Override
1814   public void actionPerformed(ActionEvent e)
1815   {
1816
1817     if (EDIT.equals(e.getActionCommand()))
1818     {
1819       // The user has clicked the cell, so
1820       // bring up the dialog.
1821       if (currentColor.isSimpleColour())
1822       {
1823         // bring up simple color chooser
1824         button.setBackground(currentColor.getColour());
1825         colorChooser.setColor(currentColor.getColour());
1826         dialog.setVisible(true);
1827       }
1828       else
1829       {
1830         // bring up graduated chooser.
1831         chooser = new FeatureColourChooser(me.fr, type);
1832         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1833         chooser.requestFocus();
1834         chooser.addActionListener(this);
1835       }
1836       // Make the renderer reappear.
1837       fireEditingStopped();
1838
1839     }
1840     else
1841     { // User pressed dialog's "OK" button.
1842       if (currentColor.isSimpleColour())
1843       {
1844         currentColor = new FeatureColour(colorChooser.getColor());
1845       }
1846       else
1847       {
1848         currentColor = chooser.getLastColour();
1849       }
1850       me.table.setValueAt(getCellEditorValue(), selectedRow, 1);
1851       fireEditingStopped();
1852       me.table.validate();
1853     }
1854   }
1855
1856   // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
1857   @Override
1858   public Object getCellEditorValue()
1859   {
1860     return currentColor;
1861   }
1862
1863   // Implement the one method defined by TableCellEditor.
1864   @Override
1865   public Component getTableCellEditorComponent(JTable table, Object value,
1866           boolean isSelected, int row, int column)
1867   {
1868     currentColor = (FeatureColourI) value;
1869     this.selectedRow = row;
1870     type = me.table.getValueAt(row, 0).toString();
1871     button.setOpaque(true);
1872     button.setBackground(me.getBackground());
1873     if (!currentColor.isSimpleColour())
1874     {
1875       JLabel btn = new JLabel();
1876       btn.setSize(button.getSize());
1877       FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentColor);
1878       button.setBackground(btn.getBackground());
1879       button.setIcon(btn.getIcon());
1880       button.setText(btn.getText());
1881     }
1882     else
1883     {
1884       button.setText("");
1885       button.setIcon(null);
1886       button.setBackground(currentColor.getColour());
1887     }
1888     return button;
1889   }
1890 }