src/jalview/gui/FeatureTypeSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.FeatureColourI;
  25 import jalview.datamodel.GraphLine;
  26 import jalview.datamodel.features.FeatureAttributes;
  27 import jalview.datamodel.features.FeatureAttributes.Datatype;
  28 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  29 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherI;
  30 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  31 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  32 import jalview.schemes.FeatureColour;
  33 import jalview.util.ColorUtils;
  34 import jalview.util.MessageManager;
  35 import jalview.util.matcher.Condition;
  36
  37 import java.awt.BorderLayout;
  38 import java.awt.Color;
  39 import java.awt.Dimension;
  40 import java.awt.FlowLayout;
  41 import java.awt.GridLayout;
  42 import java.awt.event.ActionEvent;
  43 import java.awt.event.ActionListener;
  44 import java.awt.event.FocusAdapter;
  45 import java.awt.event.FocusEvent;
  46 import java.awt.event.ItemEvent;
  47 import java.awt.event.ItemListener;
  48 import java.awt.event.MouseAdapter;
  49 import java.awt.event.MouseEvent;
  50 import java.text.DecimalFormat;
  51 import java.util.ArrayList;
  52 import java.util.List;
  53
  54 import javax.swing.BorderFactory;
  55 import javax.swing.BoxLayout;
  56 import javax.swing.ButtonGroup;
  57 import javax.swing.JButton;
  58 import javax.swing.JCheckBox;
  59 import javax.swing.JColorChooser;
  60 import javax.swing.JComboBox;
  61 import javax.swing.JLabel;
  62 import javax.swing.JPanel;
  63 import javax.swing.JRadioButton;
  64 import javax.swing.JSlider;
  65 import javax.swing.JTextField;
  66 import javax.swing.SwingConstants;
  67 import javax.swing.border.LineBorder;
  68 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  69 import javax.swing.event.ChangeListener;
  70 import javax.swing.plaf.basic.BasicArrowButton;
  71
  72 /**
  73  * A dialog where the user can configure colour scheme, and any filters, for one
  74  * feature type
  75  * <p>
  76  * (Was FeatureColourChooser prior to Jalview 1.11, renamed with the addition of
  77  * filter options)
  78  */
  79 public class FeatureTypeSettings extends JalviewDialog
  80 {
  81   private final static String LABEL_18N = MessageManager
  82           .getString("label.label");
  83
  84   private final static String SCORE_18N = MessageManager
  85           .getString("label.score");
  86
  87   private static final int RADIO_WIDTH = 130;
  88
  89   private static final String COLON = ":";
  90
  91   private static final int MAX_TOOLTIP_LENGTH = 50;
  92
  93   private static final int NO_COLOUR_OPTION = 0;
  94
  95   private static final int MIN_COLOUR_OPTION = 1;
  96
  97   private static final int MAX_COLOUR_OPTION = 2;
  98
  99   private static final int ABOVE_THRESHOLD_OPTION = 1;
 100
 101   private static final int BELOW_THRESHOLD_OPTION = 2;
 102
 103   private static final DecimalFormat DECFMT_2_2 = new DecimalFormat(
 104           "##.##");
 105
 106   /*
 107    * FeatureRenderer holds colour scheme and filters for feature types
 108    */
 109   private final FeatureRenderer fr; // todo refactor to allow interface type
 110                                     // here
 111
 112   /*
 113    * the view panel to update when settings change
 114    */
 115   private final AlignmentViewPanel ap;
 116
 117   private final String featureType;
 118
 119   /*
 120    * the colour and filters to reset to on Cancel
 121    */
 122   private final FeatureColourI originalColour;
 123
 124   private final FeatureMatcherSetI originalFilter;
 125
 126   /*
 127    * set flag to true when setting values programmatically,
 128    * to avoid invocation of action handlers
 129    */
 130   private boolean adjusting = false;
 131
 132   /*
 133    * minimum of the value range for graduated colour
 134    * (may be for feature score or for a numeric attribute)
 135    */
 136   private float min;
 137
 138   /*
 139    * maximum of the value range for graduated colour
 140    */
 141   private float max;
 142
 143   /*
 144    * scale factor for conversion between absolute min-max and slider
 145    */
 146   private float scaleFactor;
 147
 148   /*
 149    * radio button group, to select what to colour by:
 150    * simple colour, by category (text), or graduated
 151    */
 152   private JRadioButton simpleColour = new JRadioButton();
 153
 154   private JRadioButton byCategory = new JRadioButton();
 155
 156   private JRadioButton graduatedColour = new JRadioButton();
 157
 158   /**
 159    * colours and filters are shown in tabbed view or single content pane
 160    */
 161   JPanel coloursPanel, filtersPanel;
 162
 163   JPanel singleColour = new JPanel();
 164
 165   private JPanel minColour = new JPanel();
 166
 167   private JPanel maxColour = new JPanel();
 168
 169   private JComboBox<String> threshold = new JComboBox<>();
 170
 171   private JSlider slider = new JSlider();
 172
 173   private JTextField thresholdValue = new JTextField(20);
 174
 175   private JCheckBox thresholdIsMin = new JCheckBox();
 176
 177   private GraphLine threshline;
 178
 179   private ActionListener featureSettings = null;
 180
 181   private ActionListener changeColourAction;
 182
 183   /*
 184    * choice of option for 'colour for no value'
 185    */
 186   private JComboBox<String> noValueCombo;
 187
 188   /*
 189    * choice of what to colour by text (Label or attribute)
 190    */
 191   private JComboBox<String> colourByTextCombo;
 192
 193   /*
 194    * choice of what to colour by range (Score or attribute)
 195    */
 196   private JComboBox<String> colourByRangeCombo;
 197
 198   private JRadioButton andFilters;
 199
 200   private JRadioButton orFilters;
 201
 202   /*
 203    * filters for the currently selected feature type
 204    */
 205   private List<FeatureMatcherI> filters;
 206
 207   private JPanel chooseFiltersPanel;
 208
 209   /**
 210    * Constructor
 211    *
 212    * @param frender
 213    * @param theType
 214    */
 215   public FeatureTypeSettings(FeatureRenderer frender, String theType)
 216   {
 217     this.fr = frender;
 218     this.featureType = theType;
 219     ap = fr.ap;
 220     originalFilter = fr.getFeatureFilter(theType);
 221     originalColour = fr.getFeatureColours().get(theType);
 222
 223     adjusting = true;
 224
 225     try
 226     {
 227       initialise();
 228     } catch (Exception ex)
 229     {
 230       ex.printStackTrace();
 231       return;
 232     }
 233
 234     updateColoursTab();
 235
 236     updateFiltersTab();
 237
 238     adjusting = false;
 239
 240     colourChanged(false);
 241
 242     String title = MessageManager
 243             .formatMessage("label.display_settings_for", new String[]
 244             { theType });
 245     initDialogFrame(this, true, false, title, 500, 500);
 246
 247     waitForInput();
 248   }
 249
 250   /**
 251    * Configures the widgets on the Colours tab according to the current feature
 252    * colour scheme
 253    */
 254   private void updateColoursTab()
 255   {
 256     FeatureColourI fc = fr.getFeatureColours().get(featureType);
 257
 258     /*
 259      * suppress action handling while updating values programmatically
 260      */
 261     adjusting = true;
 262     try
 263     {
 264       /*
 265        * single colour
 266        */
 267       if (fc.isSimpleColour())
 268       {
 269         singleColour.setBackground(fc.getColour());
 270         singleColour.setForeground(fc.getColour());
 271         simpleColour.setSelected(true);
 272       }
 273
 274       /*
 275        * colour by text (Label or attribute text)
 276        */
 277       if (fc.isColourByLabel())
 278       {
 279         byCategory.setSelected(true);
 280         colourByTextCombo.setEnabled(colourByTextCombo.getItemCount() > 1);
 281         if (fc.isColourByAttribute())
 282         {
 283           String[] attributeName = fc.getAttributeName();
 284           colourByTextCombo.setSelectedItem(
 285                   FeatureMatcher.toAttributeDisplayName(attributeName));
 286         }
 287         else
 288         {
 289           colourByTextCombo.setSelectedItem(LABEL_18N);
 290         }
 291       }
 292       else
 293       {
 294         colourByTextCombo.setEnabled(false);
 295       }
 296
 297       if (!fc.isGraduatedColour())
 298       {
 299         colourByRangeCombo.setEnabled(false);
 300         minColour.setEnabled(false);
 301         maxColour.setEnabled(false);
 302         noValueCombo.setEnabled(false);
 303         threshold.setEnabled(false);
 304         slider.setEnabled(false);
 305         thresholdValue.setEnabled(false);
 306         thresholdIsMin.setEnabled(false);
 307         return;
 308       }
 309
 310       /*
 311        * Graduated colour, by score or attribute value range
 312        */
 313       graduatedColour.setSelected(true);
 314       updateColourMinMax(); // ensure min, max are set
 315       colourByRangeCombo.setEnabled(colourByRangeCombo.getItemCount() > 1);
 316       minColour.setEnabled(true);
 317       maxColour.setEnabled(true);
 318       noValueCombo.setEnabled(true);
 319       threshold.setEnabled(true);
 320       minColour.setBackground(fc.getMinColour());
 321       maxColour.setBackground(fc.getMaxColour());
 322
 323       if (fc.isColourByAttribute())
 324       {
 325         String[] attributeName = fc.getAttributeName();
 326         colourByRangeCombo.setSelectedItem(
 327                 FeatureMatcher.toAttributeDisplayName(attributeName));
 328       }
 329       else
 330       {
 331         colourByRangeCombo.setSelectedItem(SCORE_18N);
 332       }
 333       Color noColour = fc.getNoColour();
 334       if (noColour == null)
 335       {
 336         noValueCombo.setSelectedIndex(NO_COLOUR_OPTION);
 337       }
 338       else if (noColour.equals(fc.getMinColour()))
 339       {
 340         noValueCombo.setSelectedIndex(MIN_COLOUR_OPTION);
 341       }
 342       else if (noColour.equals(fc.getMaxColour()))
 343       {
 344         noValueCombo.setSelectedIndex(MAX_COLOUR_OPTION);
 345       }
 346
 347       /*
 348        * update min-max scaling if there is a range to work with,
 349        * else disable the widgets (this shouldn't happen if only
 350        * valid options are offered in the combo box)
 351        */
 352       scaleFactor = (max == min) ? 1f : 100f / (max - min);
 353       float range = (max - min) * scaleFactor;
 354       slider.setMinimum((int) (min * scaleFactor));
 355       slider.setMaximum((int) (max * scaleFactor));
 356       slider.setMajorTickSpacing((int) (range / 10f));
 357
 358       threshline = new GraphLine((max - min) / 2f, "Threshold",
 359               Color.black);
 360       threshline.value = fc.getThreshold();
 361
 362       if (fc.hasThreshold())
 363       {
 364         threshold.setSelectedIndex(
 365                 fc.isAboveThreshold() ? ABOVE_THRESHOLD_OPTION
 366                         : BELOW_THRESHOLD_OPTION);
 367         slider.setEnabled(true);
 368         slider.setValue((int) (fc.getThreshold() * scaleFactor));
 369         thresholdValue.setText(String.valueOf(getRoundedSliderValue()));
 370         thresholdValue.setEnabled(true);
 371         thresholdIsMin.setEnabled(true);
 372       }
 373       else
 374       {
 375         slider.setEnabled(false);
 376         thresholdValue.setEnabled(false);
 377         thresholdIsMin.setEnabled(false);
 378       }
 379       thresholdIsMin.setSelected(!fc.isAutoScaled());
 380     } finally
 381     {
 382       adjusting = false;
 383     }
 384   }
 385
 386   /**
 387    * Configures the initial layout
 388    */
 389   private void initialise()
 390   {
 391     this.setLayout(new BorderLayout());
 392
 393     /*
 394      * an ActionListener that applies colour changes
 395      */
 396     changeColourAction = new ActionListener()
 397     {
 398       @Override
 399       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 400       {
 401         colourChanged(true);
 402       }
 403     };
 404
 405     /*
 406      * first panel/tab: colour options
 407      */
 408     JPanel coloursPanel = initialiseColoursPanel();
 409     this.add(coloursPanel, BorderLayout.NORTH);
 410
 411     /*
 412      * second panel/tab: filter options
 413      */
 414     JPanel filtersPanel = initialiseFiltersPanel();
 415     this.add(filtersPanel, BorderLayout.CENTER);
 416
 417     JPanel okCancelPanel = initialiseOkCancelPanel();
 418
 419     this.add(okCancelPanel, BorderLayout.SOUTH);
 420   }
 421
 422   /**
 423    * Updates the min-max range if Colour By selected item is Score, or an
 424    * attribute, with a min-max range
 425    */
 426   protected void updateColourMinMax()
 427   {
 428     if (!graduatedColour.isSelected())
 429     {
 430       return;
 431     }
 432
 433     String colourBy = (String) colourByRangeCombo.getSelectedItem();
 434     float[] minMax = getMinMax(colourBy);
 435
 436     if (minMax != null)
 437     {
 438       min = minMax[0];
 439       max = minMax[1];
 440     }
 441   }
 442
 443   /**
 444    * Retrieves the min-max range:
 445    * <ul>
 446    * <li>of feature score, if colour or filter is by Score</li>
 447    * <li>else of the selected attribute</li>
 448    * </ul>
 449    *
 450    * @param attName
 451    * @return
 452    */
 453   private float[] getMinMax(String attName)
 454   {
 455     float[] minMax = null;
 456     if (SCORE_18N.equals(attName))
 457     {
 458       minMax = fr.getMinMax().get(featureType)[0];
 459     }
 460     else
 461     {
 462       // colour by attribute range
 463       minMax = FeatureAttributes.getInstance().getMinMax(featureType,
 464               FeatureMatcher.fromAttributeDisplayName(attName));
 465     }
 466     return minMax;
 467   }
 468
 469   /**
 470    * Lay out fields for graduated colour (by score or attribute value)
 471    *
 472    * @return
 473    */
 474   private JPanel initialiseGraduatedColourPanel()
 475   {
 476     JPanel graduatedColourPanel = new JPanel();
 477     graduatedColourPanel.setLayout(
 478             new BoxLayout(graduatedColourPanel, BoxLayout.Y_AXIS));
 479     JvSwingUtils.createTitledBorder(graduatedColourPanel,
 480             MessageManager.getString("label.graduated_colour"), true);
 481     graduatedColourPanel.setBackground(Color.white);
 482
 483     /*
 484      * first row: graduated colour radio button, score/attribute drop-down
 485      */
 486     JPanel graduatedChoicePanel = new JPanel(
 487             new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 488     graduatedChoicePanel.setBackground(Color.white);
 489     graduatedColour = new JRadioButton(
 490             MessageManager.getString("label.by_range_of") + COLON);
 491     graduatedColour.setPreferredSize(new Dimension(RADIO_WIDTH, 20));
 492     graduatedColour.addItemListener(new ItemListener()
 493     {
 494       @Override
 495       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 496       {
 497         if (graduatedColour.isSelected())
 498         {
 499           colourChanged(true);
 500         }
 501       }
 502     });
 503     graduatedChoicePanel.add(graduatedColour);
 504
 505     List<String[]> attNames = FeatureAttributes.getInstance()
 506             .getAttributes(featureType);
 507     colourByRangeCombo = populateAttributesDropdown(attNames, true, false);
 508     colourByRangeCombo.addItemListener(new ItemListener()
 509     {
 510       @Override
 511       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 512       {
 513         colourChanged(true);
 514       }
 515     });
 516
 517     /*
 518      * disable graduated colour option if no range found
 519      */
 520     graduatedColour.setEnabled(colourByRangeCombo.getItemCount() > 0);
 521
 522     graduatedChoicePanel.add(colourByRangeCombo);
 523     graduatedColourPanel.add(graduatedChoicePanel);
 524
 525     /*
 526      * second row - min/max/no colours
 527      */
 528     JPanel colourRangePanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 529     colourRangePanel.setBackground(Color.white);
 530     graduatedColourPanel.add(colourRangePanel);
 531
 532     minColour.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 533     minColour.setBorder(BorderFactory.createLineBorder(Color.black));
 534     minColour.setPreferredSize(new Dimension(40, 20));
 535     minColour.setToolTipText(MessageManager.getString("label.min_colour"));
 536     minColour.addMouseListener(new MouseAdapter()
 537     {
 538       @Override
 539       public void mousePressed(MouseEvent e)
 540       {
 541         if (minColour.isEnabled())
 542         {
 543           showColourChooser(minColour, "label.select_colour_minimum_value");
 544         }
 545       }
 546     });
 547
 548     maxColour.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 549     maxColour.setBorder(BorderFactory.createLineBorder(Color.black));
 550     maxColour.setPreferredSize(new Dimension(40, 20));
 551     maxColour.setToolTipText(MessageManager.getString("label.max_colour"));
 552     maxColour.addMouseListener(new MouseAdapter()
 553     {
 554       @Override
 555       public void mousePressed(MouseEvent e)
 556       {
 557         if (maxColour.isEnabled())
 558         {
 559           showColourChooser(maxColour, "label.select_colour_maximum_value");
 560         }
 561       }
 562     });
 563     maxColour.setBorder(new LineBorder(Color.black));
 564
 565     /*
 566      * default max colour to last plain colour;
 567      * make min colour a pale version of max colour
 568      */
 569     FeatureColourI fc = fr.getFeatureColours().get(featureType);
 570     Color bg = fc.getColour() == null ? Color.BLACK : fc.getColour();
 571     maxColour.setBackground(bg);
 572     minColour.setBackground(ColorUtils.bleachColour(bg, 0.9f));
 573
 574     noValueCombo = new JComboBox<>();
 575     noValueCombo.addItem(MessageManager.getString("label.no_colour"));
 576     noValueCombo.addItem(MessageManager.getString("label.min_colour"));
 577     noValueCombo.addItem(MessageManager.getString("label.max_colour"));
 578     noValueCombo.addItemListener(new ItemListener()
 579     {
 580       @Override
 581       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 582       {
 583         colourChanged(true);
 584       }
 585     });
 586
 587     JLabel minText = new JLabel(
 588             MessageManager.getString("label.min_value") + COLON);
 589     minText.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 590     JLabel maxText = new JLabel(
 591             MessageManager.getString("label.max_value") + COLON);
 592     maxText.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 593     JLabel noText = new JLabel(
 594             MessageManager.getString("label.no_value") + COLON);
 595     noText.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 596
 597     colourRangePanel.add(minText);
 598     colourRangePanel.add(minColour);
 599     colourRangePanel.add(maxText);
 600     colourRangePanel.add(maxColour);
 601     colourRangePanel.add(noText);
 602     colourRangePanel.add(noValueCombo);
 603
 604     /*
 605      * third row - threshold options and value
 606      */
 607     JPanel thresholdPanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 608     thresholdPanel.setBackground(Color.white);
 609     graduatedColourPanel.add(thresholdPanel);
 610
 611     threshold.addActionListener(changeColourAction);
 612     threshold.setToolTipText(MessageManager
 613             .getString("label.threshold_feature_display_by_score"));
 614     threshold.addItem(MessageManager
 615             .getString("label.threshold_feature_no_threshold")); // index 0
 616     threshold.addItem(MessageManager
 617             .getString("label.threshold_feature_above_threshold")); // index 1
 618     threshold.addItem(MessageManager
 619             .getString("label.threshold_feature_below_threshold")); // index 2
 620
 621     thresholdValue.addActionListener(new ActionListener()
 622     {
 623       @Override
 624       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 625       {
 626         thresholdValue_actionPerformed();
 627       }
 628     });
 629     thresholdValue.addFocusListener(new FocusAdapter()
 630     {
 631       @Override
 632       public void focusLost(FocusEvent e)
 633       {
 634         thresholdValue_actionPerformed();
 635       }
 636     });
 637     slider.setPaintLabels(false);
 638     slider.setPaintTicks(true);
 639     slider.setBackground(Color.white);
 640     slider.setEnabled(false);
 641     slider.setOpaque(false);
 642     slider.setPreferredSize(new Dimension(100, 32));
 643     slider.setToolTipText(
 644             MessageManager.getString("label.adjust_threshold"));
 645
 646     slider.addChangeListener(new ChangeListener()
 647     {
 648       @Override
 649       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 650       {
 651         if (!adjusting)
 652         {
 653           thresholdValue
 654                   .setText(String.valueOf(slider.getValue() / scaleFactor));
 655           sliderValueChanged();
 656         }
 657       }
 658     });
 659     slider.addMouseListener(new MouseAdapter()
 660     {
 661       @Override
 662       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 663       {
 664         /*
 665          * only update Overview and/or structure colouring
 666          * when threshold slider drag ends (mouse up)
 667          */
 668         if (ap != null)
 669         {
 670           ap.paintAlignment(true, true);
 671         }
 672       }
 673     });
 674
 675     thresholdValue.setEnabled(false);
 676     thresholdValue.setColumns(7);
 677
 678     thresholdPanel.add(threshold);
 679     thresholdPanel.add(slider);
 680     thresholdPanel.add(thresholdValue);
 681
 682     thresholdIsMin.setBackground(Color.white);
 683     thresholdIsMin
 684             .setText(MessageManager.getString("label.threshold_minmax"));
 685     thresholdIsMin.setToolTipText(MessageManager
 686             .getString("label.toggle_absolute_relative_display_threshold"));
 687     thresholdIsMin.addActionListener(changeColourAction);
 688     thresholdPanel.add(thresholdIsMin);
 689
 690     return graduatedColourPanel;
 691   }
 692
 693   /**
 694    * Lay out OK and Cancel buttons
 695    *
 696    * @return
 697    */
 698   private JPanel initialiseOkCancelPanel()
 699   {
 700     JPanel okCancelPanel = new JPanel();
 701     // okCancelPanel.setBackground(Color.white);
 702     okCancelPanel.add(ok);
 703     okCancelPanel.add(cancel);
 704     return okCancelPanel;
 705   }
 706
 707   /**
 708    * Lay out Colour options panel, containing
 709    * <ul>
 710    * <li>plain colour, with colour picker</li>
 711    * <li>colour by text, with choice of Label or other attribute</li>
 712    * <li>colour by range, of score or other attribute, when available</li>
 713    * </ul>
 714    *
 715    * @return
 716    */
 717   private JPanel initialiseColoursPanel()
 718   {
 719     JPanel colourByPanel = new JPanel();
 720     colourByPanel.setBackground(Color.white);
 721     colourByPanel.setLayout(new BoxLayout(colourByPanel, BoxLayout.Y_AXIS));
 722     JvSwingUtils.createTitledBorder(colourByPanel,
 723             MessageManager.getString("action.colour"), true);
 724
 725     /*
 726      * simple colour radio button and colour picker
 727      */
 728     JPanel simpleColourPanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 729     simpleColourPanel.setBackground(Color.white);
 730     colourByPanel.add(simpleColourPanel);
 731
 732     simpleColour = new JRadioButton(
 733             MessageManager.getString("label.simple_colour"));
 734     simpleColour.setPreferredSize(new Dimension(RADIO_WIDTH, 20));
 735     simpleColour.addItemListener(new ItemListener()
 736     {
 737       @Override
 738       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 739       {
 740         if (simpleColour.isSelected() && !adjusting)
 741         {
 742           colourChanged(true);
 743         }
 744       }
 745     });
 746
 747     singleColour.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 748     singleColour.setBorder(BorderFactory.createLineBorder(Color.black));
 749     singleColour.setPreferredSize(new Dimension(40, 20));
 750     if (originalColour.isGraduatedColour())
 751     {
 752       singleColour.setBackground(originalColour.getMaxColour());
 753       singleColour.setForeground(originalColour.getMaxColour());
 754     }
 755     else
 756     {
 757       singleColour.setBackground(originalColour.getColour());
 758       singleColour.setForeground(originalColour.getColour());
 759     }
 760     singleColour.addMouseListener(new MouseAdapter()
 761     {
 762       @Override
 763       public void mousePressed(MouseEvent e)
 764       {
 765         if (simpleColour.isSelected())
 766         {
 767           showColourChooser(singleColour, "label.select_colour");
 768         }
 769       }
 770     });
 771     simpleColourPanel.add(simpleColour); // radio button
 772     simpleColourPanel.add(singleColour); // colour picker button
 773
 774     /*
 775      * colour by text (category) radio button and drop-down choice list
 776      */
 777     JPanel byTextPanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 778     byTextPanel.setBackground(Color.white);
 779     JvSwingUtils.createTitledBorder(byTextPanel,
 780             MessageManager.getString("label.colour_by_text"), true);
 781     colourByPanel.add(byTextPanel);
 782     byCategory = new JRadioButton(
 783             MessageManager.getString("label.by_text_of") + COLON);
 784     byCategory.setPreferredSize(new Dimension(RADIO_WIDTH, 20));
 785     byCategory.addItemListener(new ItemListener()
 786     {
 787       @Override
 788       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 789       {
 790         if (byCategory.isSelected())
 791         {
 792           colourChanged(true);
 793         }
 794       }
 795     });
 796     byTextPanel.add(byCategory);
 797
 798     List<String[]> attNames = FeatureAttributes.getInstance()
 799             .getAttributes(featureType);
 800     colourByTextCombo = populateAttributesDropdown(attNames, false, true);
 801     colourByTextCombo.addItemListener(new ItemListener()
 802     {
 803       @Override
 804       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 805       {
 806         colourChanged(true);
 807       }
 808     });
 809     byTextPanel.add(colourByTextCombo);
 810
 811     /*
 812      * graduated colour panel
 813      */
 814     JPanel graduatedColourPanel = initialiseGraduatedColourPanel();
 815     colourByPanel.add(graduatedColourPanel);
 816
 817     /*
 818      * 3 radio buttons select between simple colour,
 819      * by category (text), or graduated
 820      */
 821     ButtonGroup bg = new ButtonGroup();
 822     bg.add(simpleColour);
 823     bg.add(byCategory);
 824     bg.add(graduatedColour);
 825
 826     return colourByPanel;
 827   }
 828
 829   private void showColourChooser(JPanel colourPanel, String key)
 830   {
 831     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 832             MessageManager.getString(key), colourPanel.getBackground());
 833     if (col != null)
 834     {
 835       colourPanel.setBackground(col);
 836       colourPanel.setForeground(col);
 837     }
 838     colourPanel.repaint();
 839     colourChanged(true);
 840   }
 841
 842   /**
 843    * Constructs and sets the selected colour options as the colour for the
 844    * feature type, and repaints the alignment, and optionally the Overview
 845    * and/or structure viewer if open
 846    *
 847    * @param updateStructsAndOverview
 848    */
 849   void colourChanged(boolean updateStructsAndOverview)
 850   {
 851     if (adjusting)
 852     {
 853       /*
 854        * ignore action handlers while setting values programmatically
 855        */
 856       return;
 857     }
 858
 859     /*
 860      * ensure min-max range is for the latest choice of
 861      * 'graduated colour by'
 862      */
 863     updateColourMinMax();
 864
 865     FeatureColourI acg = makeColourFromInputs();
 866
 867     /*
 868      * save the colour, and repaint stuff
 869      */
 870     fr.setColour(featureType, acg);
 871     ap.paintAlignment(updateStructsAndOverview, updateStructsAndOverview);
 872
 873     updateColoursTab();
 874   }
 875
 876   /**
 877    * Converts the input values into an instance of FeatureColour
 878    *
 879    * @return
 880    */
 881   private FeatureColourI makeColourFromInputs()
 882   {
 883     /*
 884      * easiest case - a single colour
 885      */
 886     if (simpleColour.isSelected())
 887     {
 888       return new FeatureColour(singleColour.getBackground());
 889     }
 890
 891     /*
 892      * next easiest case - colour by Label, or attribute text
 893      */
 894     if (byCategory.isSelected())
 895     {
 896       Color c = singleColour.getBackground();
 897       FeatureColourI fc = new FeatureColour(c);
 898       fc.setColourByLabel(true);
 899       String byWhat = (String) colourByTextCombo.getSelectedItem();
 900       if (!LABEL_18N.equals(byWhat))
 901       {
 902         fc.setAttributeName(
 903                 FeatureMatcher.fromAttributeDisplayName(byWhat));
 904       }
 905       return fc;
 906     }
 907
 908     /*
 909      * remaining case - graduated colour by score, or attribute value
 910      */
 911     Color noColour = null;
 912     if (noValueCombo.getSelectedIndex() == MIN_COLOUR_OPTION)
 913     {
 914       noColour = minColour.getBackground();
 915     }
 916     else if (noValueCombo.getSelectedIndex() == MAX_COLOUR_OPTION)
 917     {
 918       noColour = maxColour.getBackground();
 919     }
 920
 921     float thresh = 0f;
 922     try
 923     {
 924       thresh = Float.valueOf(thresholdValue.getText());
 925     } catch (NumberFormatException e)
 926     {
 927       // invalid inputs are already handled on entry
 928     }
 929
 930     /*
 931      * min-max range is to (or from) threshold value if
 932      * 'threshold is min/max' is selected
 933      */
 934     float minValue = min;
 935     float maxValue = max;
 936     final int thresholdOption = threshold.getSelectedIndex();
 937     if (thresholdIsMin.isSelected()
 938             && thresholdOption == ABOVE_THRESHOLD_OPTION)
 939     {
 940       minValue = thresh;
 941     }
 942     if (thresholdIsMin.isSelected()
 943             && thresholdOption == BELOW_THRESHOLD_OPTION)
 944     {
 945       maxValue = thresh;
 946     }
 947
 948     /*
 949      * make the graduated colour
 950      */
 951     FeatureColourI fc = new FeatureColour(minColour.getBackground(),
 952             maxColour.getBackground(), noColour, minValue, maxValue);
 953
 954     /*
 955      * set attribute to colour by if selected
 956      */
 957     String byWhat = (String) colourByRangeCombo.getSelectedItem();
 958     if (!SCORE_18N.equals(byWhat))
 959     {
 960       fc.setAttributeName(FeatureMatcher.fromAttributeDisplayName(byWhat));
 961     }
 962
 963     /*
 964      * set threshold options and 'autoscaled' which is
 965      * false if 'threshold is min/max' is selected
 966      * else true (colour range is on actual range of values)
 967      */
 968     fc.setThreshold(thresh);
 969     fc.setAutoScaled(!thresholdIsMin.isSelected());
 970     fc.setAboveThreshold(thresholdOption == ABOVE_THRESHOLD_OPTION);
 971     fc.setBelowThreshold(thresholdOption == BELOW_THRESHOLD_OPTION);
 972
 973     if (threshline == null)
 974     {
 975       /*
 976        * todo not yet implemented: visual indication of feature threshold
 977        */
 978       threshline = new GraphLine((max - min) / 2f, "Threshold",
 979               Color.black);
 980     }
 981
 982     return fc;
 983   }
 984
 985   @Override
 986   protected void raiseClosed()
 987   {
 988     if (this.featureSettings != null)
 989     {
 990       featureSettings.actionPerformed(new ActionEvent(this, 0, "CLOSED"));
 991     }
 992   }
 993
 994   /**
 995    * Action on OK is just to dismiss the dialog - any changes have already been
 996    * applied
 997    */
 998   @Override
 999   public void okPressed()
1000   {
1001   }
1002
1003   /**
1004    * Action on Cancel is to restore colour scheme and filters as they were when
1005    * the dialog was opened
1006    */
1007   @Override
1008   public void cancelPressed()
1009   {
1010     fr.setColour(featureType, originalColour);
1011     fr.setFeatureFilter(featureType, originalFilter);
1012     ap.paintAlignment(true, true);
1013   }
1014
1015   /**
1016    * Action on text entry of a threshold value
1017    */
1018   protected void thresholdValue_actionPerformed()
1019   {
1020     try
1021     {
1022       adjusting = true;
1023       float f = Float.parseFloat(thresholdValue.getText());
1024       slider.setValue((int) (f * scaleFactor));
1025       threshline.value = f;
1026       thresholdValue.setBackground(Color.white); // ok
1027
1028       /*
1029        * force repaint of any Overview window or structure
1030        */
1031       ap.paintAlignment(true, true);
1032     } catch (NumberFormatException ex)
1033     {
1034       thresholdValue.setBackground(Color.red); // not ok
1035     } finally
1036     {
1037       adjusting = false;
1038     }
1039   }
1040
1041   /**
1042    * Action on change of threshold slider value. This may be done interactively
1043    * (by moving the slider), or programmatically (to update the slider after
1044    * manual input of a threshold value).
1045    */
1046   protected void sliderValueChanged()
1047   {
1048     threshline.value = getRoundedSliderValue();
1049
1050     /*
1051      * repaint alignment, but not Overview or structure,
1052      * to avoid overload while dragging the slider
1053      */
1054     colourChanged(false);
1055   }
1056
1057   /**
1058    * Converts the slider value to its absolute value by dividing by the
1059    * scaleFactor. Rounding errors are squashed by forcing min/max of slider
1060    * range to the actual min/max of feature score range
1061    *
1062    * @return
1063    */
1064   private float getRoundedSliderValue()
1065   {
1066     int value = slider.getValue();
1067     float f = value == slider.getMaximum() ? max
1068             : (value == slider.getMinimum() ? min : value / scaleFactor);
1069     return f;
1070   }
1071
1072   void addActionListener(ActionListener listener)
1073   {
1074     if (featureSettings != null)
1075     {
1076       System.err.println(
1077               "IMPLEMENTATION ISSUE: overwriting action listener for FeatureColourChooser");
1078     }
1079     featureSettings = listener;
1080   }
1081
1082   /**
1083    * A helper method to build the drop-down choice of attributes for a feature.
1084    * If 'withRange' is true, then Score, and any attributes with a min-max
1085    * range, are added. If 'withText' is true, Label and any known attributes are
1086    * added. This allows 'categorical numerical' attributes e.g. codon position
1087    * to be coloured by text.
1088    * <p>
1089    * Where metadata is available with a description for an attribute, that is
1090    * added as a tooltip.
1091    * <p>
1092    * Attribute names may be 'simple' e.g. "AC" or 'compound' e.g. {"CSQ",
1093    * "Allele"}. Compound names are rendered for display as (e.g.) CSQ:Allele.
1094    * <p>
1095    * This method does not add any ActionListener to the JComboBox.
1096    *
1097    * @param attNames
1098    * @param withRange
1099    * @param withText
1100    */
1101   protected JComboBox<String> populateAttributesDropdown(
1102           List<String[]> attNames, boolean withRange, boolean withText)
1103   {
1104     List<String> displayAtts = new ArrayList<>();
1105     List<String> tooltips = new ArrayList<>();
1106
1107     if (withText)
1108     {
1109       displayAtts.add(LABEL_18N);
1110       tooltips.add(MessageManager.getString("label.description"));
1111     }
1112     if (withRange)
1113     {
1114       float[][] minMax = fr.getMinMax().get(featureType);
1115       if (minMax != null && minMax[0][0] != minMax[0][1])
1116       {
1117         displayAtts.add(SCORE_18N);
1118         tooltips.add(SCORE_18N);
1119       }
1120     }
1121
1122     FeatureAttributes fa = FeatureAttributes.getInstance();
1123     for (String[] attName : attNames)
1124     {
1125       float[] minMax = fa.getMinMax(featureType, attName);
1126       boolean hasRange = minMax != null && minMax[0] != minMax[1];
1127       if (!withText && !hasRange)
1128       {
1129         continue;
1130       }
1131       displayAtts.add(FeatureMatcher.toAttributeDisplayName(attName));
1132       String desc = fa.getDescription(featureType, attName);
1133       if (desc != null && desc.length() > MAX_TOOLTIP_LENGTH)
1134       {
1135         desc = desc.substring(0, MAX_TOOLTIP_LENGTH) + "...";
1136       }
1137       tooltips.add(desc == null ? "" : desc);
1138     }
1139
1140     JComboBox<String> attCombo = JvSwingUtils
1141             .buildComboWithTooltips(displayAtts, tooltips);
1142
1143     return attCombo;
1144   }
1145
1146   /**
1147    * Populates initial layout of the feature attribute filters panel
1148    */
1149   private JPanel initialiseFiltersPanel()
1150   {
1151     filters = new ArrayList<>();
1152
1153     JPanel filtersPanel = new JPanel();
1154     filtersPanel.setLayout(new BoxLayout(filtersPanel, BoxLayout.Y_AXIS));
1155     filtersPanel.setBackground(Color.white);
1156     JvSwingUtils.createTitledBorder(filtersPanel,
1157             MessageManager.getString("label.filters"), true);
1158
1159     JPanel andOrPanel = initialiseAndOrPanel();
1160     filtersPanel.add(andOrPanel);
1161
1162     /*
1163      * panel with filters - populated by refreshFiltersDisplay,
1164      * which also sets the layout manager
1165      */
1166     chooseFiltersPanel = new JPanel();
1167     chooseFiltersPanel.setBackground(Color.white);
1168     filtersPanel.add(chooseFiltersPanel);
1169
1170     return filtersPanel;
1171   }
1172
1173   /**
1174    * Lays out the panel with radio buttons to AND or OR filter conditions
1175    *
1176    * @return
1177    */
1178   private JPanel initialiseAndOrPanel()
1179   {
1180     JPanel andOrPanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
1181     andOrPanel.setBackground(Color.white);
1182     andFilters = new JRadioButton(MessageManager.getString("label.and"));
1183     orFilters = new JRadioButton(MessageManager.getString("label.or"));
1184     ActionListener actionListener = new ActionListener()
1185     {
1186       @Override
1187       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1188       {
1189         filtersChanged();
1190       }
1191     };
1192     andFilters.addActionListener(actionListener);
1193     orFilters.addActionListener(actionListener);
1194     ButtonGroup andOr = new ButtonGroup();
1195     andOr.add(andFilters);
1196     andOr.add(orFilters);
1197     andFilters.setSelected(true);
1198     andOrPanel.add(
1199             new JLabel(MessageManager.getString("label.join_conditions")));
1200     andOrPanel.add(andFilters);
1201     andOrPanel.add(orFilters);
1202     return andOrPanel;
1203   }
1204
1205   /**
1206    * Refreshes the display to show any filters currently configured for the
1207    * selected feature type (editable, with 'remove' option), plus one extra row
1208    * for adding a condition. This should be called after a filter has been
1209    * removed, added or amended.
1210    */
1211   private void updateFiltersTab()
1212   {
1213     /*
1214      * clear the panel and list of filter conditions
1215      */
1216     chooseFiltersPanel.removeAll();
1217     filters.clear();
1218
1219     /*
1220      * look up attributes known for feature type
1221      */
1222     List<String[]> attNames = FeatureAttributes.getInstance()
1223             .getAttributes(featureType);
1224
1225     /*
1226      * if this feature type has filters set, load them first
1227      */
1228     FeatureMatcherSetI featureFilters = fr.getFeatureFilter(featureType);
1229     if (featureFilters != null)
1230     {
1231       if (!featureFilters.isAnded())
1232       {
1233         orFilters.setSelected(true);
1234       }
1235       featureFilters.getMatchers().forEach(matcher -> filters.add(matcher));
1236     }
1237
1238     /*
1239      * and an empty filter for the user to populate (add)
1240      */
1241     filters.add(FeatureMatcher.NULL_MATCHER);
1242
1243     /*
1244      * use GridLayout to 'justify' rows to the top of the panel, until
1245      * there are too many to fit in, then fall back on BoxLayout
1246      */
1247     if (filters.size() <= 5)
1248     {
1249       chooseFiltersPanel.setLayout(new GridLayout(5, 1));
1250     }
1251     else
1252     {
1253       chooseFiltersPanel.setLayout(
1254               new BoxLayout(chooseFiltersPanel, BoxLayout.Y_AXIS));
1255     }
1256
1257     /*
1258      * render the conditions in rows, each in its own JPanel
1259      */
1260     int filterIndex = 0;
1261     for (FeatureMatcherI filter : filters)
1262     {
1263       JPanel row = addFilter(filter, attNames, filterIndex);
1264       chooseFiltersPanel.add(row);
1265       filterIndex++;
1266     }
1267
1268     this.validate();
1269     this.repaint();
1270   }
1271
1272   /**
1273    * A helper method that constructs a row (panel) with one filter condition:
1274    * <ul>
1275    * <li>a drop-down list of Label, Score and attribute names to choose
1276    * from</li>
1277    * <li>a drop-down list of conditions to choose from</li>
1278    * <li>a text field for input of a match pattern</li>
1279    * <li>optionally, a 'remove' button</li>
1280    * </ul>
1281    * The filter values are set as defaults for the input fields. The 'remove'
1282    * button is added unless the pattern is empty (incomplete filter condition).
1283    * <p>
1284    * Action handlers on these fields provide for
1285    * <ul>
1286    * <li>validate pattern field - should be numeric if condition is numeric</li>
1287    * <li>save filters and refresh display on any (valid) change</li>
1288    * <li>remove filter and refresh on 'Remove'</li>
1289    * <li>update conditions list on change of Label/Score/Attribute</li>
1290    * <li>refresh value field tooltip with min-max range on change of
1291    * attribute</li>
1292    * </ul>
1293    *
1294    * @param filter
1295    * @param attNames
1296    * @param filterIndex
1297    * @return
1298    */
1299   protected JPanel addFilter(FeatureMatcherI filter,
1300           List<String[]> attNames, int filterIndex)
1301   {
1302     String[] attName = filter.getAttribute();
1303     Condition cond = filter.getMatcher().getCondition();
1304     String pattern = filter.getMatcher().getPattern();
1305
1306     JPanel filterRow = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
1307     filterRow.setBackground(Color.white);
1308
1309     /*
1310      * drop-down choice of attribute, with description as a tooltip
1311      * if we can obtain it
1312      */
1313     final JComboBox<String> attCombo = populateAttributesDropdown(attNames,
1314             true, true);
1315     String filterBy = setSelectedAttribute(attCombo, filter);
1316
1317     JComboBox<Condition> condCombo = new JComboBox<>();
1318
1319     JTextField patternField = new JTextField(8);
1320     patternField.setText(pattern);
1321
1322     /*
1323      * action handlers that validate and (if valid) apply changes
1324      */
1325     ActionListener actionListener = new ActionListener()
1326     {
1327       @Override
1328       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1329       {
1330         if (validateFilter(patternField, condCombo))
1331         {
1332           if (updateFilter(attCombo, condCombo, patternField, filterIndex))
1333           {
1334             filtersChanged();
1335           }
1336         }
1337       }
1338     };
1339     ItemListener itemListener = new ItemListener()
1340     {
1341       @Override
1342       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
1343       {
1344         actionListener.actionPerformed(null);
1345       }
1346     };
1347
1348     if (filter == FeatureMatcher.NULL_MATCHER) // the 'add a condition' row
1349     {
1350       attCombo.setSelectedIndex(0);
1351     }
1352     else
1353     {
1354       attCombo.setSelectedItem(
1355               FeatureMatcher.toAttributeDisplayName(attName));
1356     }
1357     attCombo.addItemListener(new ItemListener()
1358     {
1359       @Override
1360       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
1361       {
1362         /*
1363          * on change of attribute, refresh the conditions list to
1364          * ensure it is appropriate for the attribute datatype
1365          */
1366         populateConditions((String) attCombo.getSelectedItem(),
1367                 (Condition) condCombo.getSelectedItem(), condCombo,
1368                 patternField);
1369         actionListener.actionPerformed(null);
1370       }
1371     });
1372
1373     filterRow.add(attCombo);
1374
1375     /*
1376      * drop-down choice of test condition
1377      */
1378     populateConditions(filterBy, cond, condCombo, patternField);
1379     condCombo.setPreferredSize(new Dimension(150, 20));
1380     condCombo.addItemListener(itemListener);
1381     filterRow.add(condCombo);
1382
1383     /*
1384      * pattern to match against
1385      */
1386     patternField.addActionListener(actionListener);
1387     patternField.addFocusListener(new FocusAdapter()
1388     {
1389       @Override
1390       public void focusLost(FocusEvent e)
1391       {
1392         actionListener.actionPerformed(null);
1393       }
1394     });
1395     filterRow.add(patternField);
1396
1397     /*
1398      * disable pattern field for condition 'Present / NotPresent'
1399      */
1400     Condition selectedCondition = (Condition) condCombo.getSelectedItem();
1401     patternField.setEnabled(selectedCondition.needsAPattern());
1402
1403     /*
1404      * if a numeric condition is selected, show the value range
1405      * as a tooltip on the value input field
1406      */
1407     setNumericHints(filterBy, selectedCondition, patternField);
1408
1409     /*
1410      * add remove button if filter is populated (non-empty pattern)
1411      */
1412     if (!patternField.isEnabled()
1413             || (pattern != null && pattern.trim().length() > 0))
1414     {
1415       // todo: gif for button drawing '-' or 'x'
1416       JButton removeCondition = new BasicArrowButton(SwingConstants.WEST);
1417       removeCondition
1418               .setToolTipText(MessageManager.getString("label.delete_row"));
1419       removeCondition.addActionListener(new ActionListener()
1420       {
1421         @Override
1422         public void actionPerformed(ActionEvent e)
1423         {
1424           filters.remove(filterIndex);
1425           filtersChanged();
1426         }
1427       });
1428       filterRow.add(removeCondition);
1429     }
1430
1431     return filterRow;
1432   }
1433
1434   /**
1435    * Sets the selected item in the Label/Score/Attribute drop-down to match the
1436    * filter
1437    *
1438    * @param attCombo
1439    * @param filter
1440    */
1441   private String setSelectedAttribute(JComboBox<String> attCombo,
1442           FeatureMatcherI filter)
1443   {
1444     String item = null;
1445     if (filter.isByScore())
1446     {
1447       item = SCORE_18N;
1448     }
1449     else if (filter.isByLabel())
1450     {
1451       item = LABEL_18N;
1452     }
1453     else
1454     {
1455       item = FeatureMatcher.toAttributeDisplayName(filter.getAttribute());
1456     }
1457     attCombo.setSelectedItem(item);
1458     return item;
1459   }
1460
1461   /**
1462    * If a numeric comparison condition is selected, retrieves the min-max range
1463    * for the value (score or attribute), and sets it as a tooltip on the value
1464    * field. If the field is currently empty, then pre-populates it with
1465    * <ul>
1466    * <li>the minimum value, if condition is > or >=</li>
1467    * <li>the maximum value, if condition is < or <=</li>
1468    * </ul>
1469    *
1470    * @param attName
1471    * @param selectedCondition
1472    * @param patternField
1473    */
1474   private void setNumericHints(String attName, Condition selectedCondition,
1475           JTextField patternField)
1476   {
1477     patternField.setToolTipText("");
1478
1479     if (selectedCondition.isNumeric())
1480     {
1481       float[] minMax = getMinMax(attName);
1482       if (minMax != null)
1483       {
1484         String minFormatted = DECFMT_2_2.format(minMax[0]);
1485         String maxFormatted = DECFMT_2_2.format(minMax[1]);
1486         String tip = String.format("(%s - %s)", minFormatted, maxFormatted);
1487         patternField.setToolTipText(tip);
1488         if (patternField.getText().isEmpty())
1489         {
1490           if (selectedCondition == Condition.GE
1491                   || selectedCondition == Condition.GT)
1492           {
1493             patternField.setText(minFormatted);
1494           }
1495           else
1496           {
1497             if (selectedCondition == Condition.LE
1498                     || selectedCondition == Condition.LT)
1499             {
1500               patternField.setText(maxFormatted);
1501             }
1502           }
1503         }
1504       }
1505     }
1506   }
1507
1508   /**
1509    * Populates the drop-down list of comparison conditions for the given
1510    * attribute name. The conditions added depend on the datatype of the
1511    * attribute values. The supplied condition is set as the selected item in the
1512    * list, provided it is in the list. If the pattern is now invalid
1513    * (non-numeric pattern for a numeric condition), it is cleared.
1514    *
1515    * @param attName
1516    * @param cond
1517    * @param condCombo
1518    * @param patternField
1519    */
1520   private void populateConditions(String attName, Condition cond,
1521           JComboBox<Condition> condCombo, JTextField patternField)
1522   {
1523     Datatype type = FeatureAttributes.getInstance().getDatatype(featureType,
1524             FeatureMatcher.fromAttributeDisplayName(attName));
1525     if (LABEL_18N.equals(attName))
1526     {
1527       type = Datatype.Character;
1528     }
1529     else if (SCORE_18N.equals(attName))
1530     {
1531       type = Datatype.Number;
1532     }
1533
1534     /*
1535      * remove itemListener before starting
1536      */
1537     ItemListener listener = condCombo.getItemListeners()[0];
1538     condCombo.removeItemListener(listener);
1539     boolean condIsValid = false;
1540
1541     condCombo.removeAllItems();
1542     for (Condition c : Condition.values())
1543     {
1544       if ((c.isNumeric() && type == Datatype.Number)
1545               || (!c.isNumeric() && type != Datatype.Number))
1546       {
1547         condCombo.addItem(c);
1548         if (c == cond)
1549         {
1550           condIsValid = true;
1551         }
1552       }
1553     }
1554
1555     /*
1556      * set the selected condition (does nothing if not in the list)
1557      */
1558     if (condIsValid)
1559     {
1560       condCombo.setSelectedItem(cond);
1561     }
1562     else
1563     {
1564       condCombo.setSelectedIndex(0);
1565     }
1566
1567     /*
1568      * clear pattern if it is now invalid for condition
1569      */
1570     if (((Condition) condCombo.getSelectedItem()).isNumeric())
1571     {
1572       try
1573       {
1574         String pattern = patternField.getText().trim();
1575         if (pattern.length() > 0)
1576         {
1577           Float.valueOf(pattern);
1578         }
1579       } catch (NumberFormatException e)
1580       {
1581         patternField.setText("");
1582       }
1583     }
1584
1585     /*
1586      * restore the listener
1587      */
1588     condCombo.addItemListener(listener);
1589   }
1590
1591   /**
1592    * Answers true unless a numeric condition has been selected with a
1593    * non-numeric value. Sets the value field to RED with a tooltip if in error.
1594    * <p>
1595    * If the pattern is expected but is empty, this method returns false, but
1596    * does not mark the field as invalid. This supports selecting an attribute
1597    * for a new condition before a match pattern has been entered.
1598    *
1599    * @param value
1600    * @param condCombo
1601    */
1602   protected boolean validateFilter(JTextField value,
1603           JComboBox<Condition> condCombo)
1604   {
1605     if (value == null || condCombo == null)
1606     {
1607       return true; // fields not populated
1608     }
1609
1610     Condition cond = (Condition) condCombo.getSelectedItem();
1611     if (!cond.needsAPattern())
1612     {
1613       return true;
1614     }
1615
1616     value.setBackground(Color.white);
1617     value.setToolTipText("");
1618     String v1 = value.getText().trim();
1619     if (v1.length() == 0)
1620     {
1621       // return false;
1622     }
1623
1624     if (cond.isNumeric() && v1.length() > 0)
1625     {
1626       try
1627       {
1628         Float.valueOf(v1);
1629       } catch (NumberFormatException e)
1630       {
1631         value.setBackground(Color.red);
1632         value.setToolTipText(
1633                 MessageManager.getString("label.numeric_required"));
1634         return false;
1635       }
1636     }
1637
1638     return true;
1639   }
1640
1641   /**
1642    * Constructs a filter condition from the given input fields, and replaces the
1643    * condition at filterIndex with the new one. Does nothing if the pattern
1644    * field is blank (unless the match condition is one that doesn't require a
1645    * pattern, e.g. 'Is present'). Answers true if the filter was updated, else
1646    * false.
1647    * <p>
1648    * This method may update the tooltip on the filter value field to show the
1649    * value range, if a numeric condition is selected. This ensures the tooltip
1650    * is updated when a numeric valued attribute is chosen on the last 'add a
1651    * filter' row.
1652    *
1653    * @param attCombo
1654    * @param condCombo
1655    * @param valueField
1656    * @param filterIndex
1657    */
1658   protected boolean updateFilter(JComboBox<String> attCombo,
1659           JComboBox<Condition> condCombo, JTextField valueField,
1660           int filterIndex)
1661   {
1662     String attName = (String) attCombo.getSelectedItem();
1663     Condition cond = (Condition) condCombo.getSelectedItem();
1664     String pattern = valueField.getText().trim();
1665
1666     setNumericHints(attName, cond, valueField);
1667
1668     if (pattern.length() == 0 && cond.needsAPattern())
1669     {
1670       valueField.setEnabled(true); // ensure pattern field is enabled!
1671       return false;
1672     }
1673
1674     /*
1675      * Construct a matcher that operates on Label, Score,
1676      * or named attribute
1677      */
1678     FeatureMatcherI km = null;
1679     if (LABEL_18N.equals(attName))
1680     {
1681       km = FeatureMatcher.byLabel(cond, pattern);
1682     }
1683     else if (SCORE_18N.equals(attName))
1684     {
1685       km = FeatureMatcher.byScore(cond, pattern);
1686     }
1687     else
1688     {
1689       km = FeatureMatcher.byAttribute(cond, pattern,
1690               FeatureMatcher.fromAttributeDisplayName(attName));
1691     }
1692
1693     filters.set(filterIndex, km);
1694
1695     return true;
1696   }
1697
1698   /**
1699    * Action on any change to feature filtering, namely
1700    * <ul>
1701    * <li>change of selected attribute</li>
1702    * <li>change of selected condition</li>
1703    * <li>change of match pattern</li>
1704    * <li>removal of a condition</li>
1705    * </ul>
1706    * The inputs are parsed into a combined filter and this is set for the
1707    * feature type, and the alignment redrawn.
1708    */
1709   protected void filtersChanged()
1710   {
1711     /*
1712      * update the filter conditions for the feature type
1713      */
1714     boolean anded = andFilters.isSelected();
1715     FeatureMatcherSetI combined = new FeatureMatcherSet();
1716
1717     for (FeatureMatcherI filter : filters)
1718     {
1719       String pattern = filter.getMatcher().getPattern();
1720       Condition condition = filter.getMatcher().getCondition();
1721       if (pattern.trim().length() > 0 || !condition.needsAPattern())
1722       {
1723         if (anded)
1724         {
1725           combined.and(filter);
1726         }
1727         else
1728         {
1729           combined.or(filter);
1730         }
1731       }
1732     }
1733
1734     /*
1735      * save the filter conditions in the FeatureRenderer
1736      * (note this might now be an empty filter with no conditions)
1737      */
1738     fr.setFeatureFilter(featureType, combined.isEmpty() ? null : combined);
1739     ap.paintAlignment(true, true);
1740
1741     updateFiltersTab();
1742   }
1743 }