src/jalview/gui/FeatureTypeSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.FeatureColourI;
  25 import jalview.datamodel.GraphLine;
  26 import jalview.datamodel.features.FeatureAttributes;
  27 import jalview.datamodel.features.FeatureAttributes.Datatype;
  28 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  29 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherI;
  30 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  31 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  32 import jalview.schemes.FeatureColour;
  33 import jalview.util.ColorUtils;
  34 import jalview.util.MessageManager;
  35 import jalview.util.matcher.Condition;
  36
  37 import java.awt.BorderLayout;
  38 import java.awt.Color;
  39 import java.awt.Dimension;
  40 import java.awt.FlowLayout;
  41 import java.awt.GridLayout;
  42 import java.awt.event.ActionEvent;
  43 import java.awt.event.ActionListener;
  44 import java.awt.event.FocusAdapter;
  45 import java.awt.event.FocusEvent;
  46 import java.awt.event.ItemEvent;
  47 import java.awt.event.ItemListener;
  48 import java.awt.event.MouseAdapter;
  49 import java.awt.event.MouseEvent;
  50 import java.text.DecimalFormat;
  51 import java.util.ArrayList;
  52 import java.util.List;
  53
  54 import javax.swing.BorderFactory;
  55 import javax.swing.BoxLayout;
  56 import javax.swing.ButtonGroup;
  57 import javax.swing.JButton;
  58 import javax.swing.JCheckBox;
  59 import javax.swing.JColorChooser;
  60 import javax.swing.JComboBox;
  61 import javax.swing.JLabel;
  62 import javax.swing.JPanel;
  63 import javax.swing.JRadioButton;
  64 import javax.swing.JSlider;
  65 import javax.swing.JTextField;
  66 import javax.swing.SwingConstants;
  67 import javax.swing.border.LineBorder;
  68 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  69 import javax.swing.event.ChangeListener;
  70 import javax.swing.plaf.basic.BasicArrowButton;
  71
  72 /**
  73  * A dialog where the user can configure colour scheme, and any filters, for one
  74  * feature type
  75  * <p>
  76  * (Was FeatureColourChooser prior to Jalview 1.11, renamed with the addition of
  77  * filter options)
  78  */
  79 public class FeatureTypeSettings extends JalviewDialog
  80 {
  81   private final static String LABEL_18N = MessageManager
  82           .getString("label.label");
  83
  84   private final static String SCORE_18N = MessageManager
  85           .getString("label.score");
  86
  87   private static final int RADIO_WIDTH = 130;
  88
  89   private static final String COLON = ":";
  90
  91   private static final int MAX_TOOLTIP_LENGTH = 50;
  92
  93   private static final int NO_COLOUR_OPTION = 0;
  94
  95   private static final int MIN_COLOUR_OPTION = 1;
  96
  97   private static final int MAX_COLOUR_OPTION = 2;
  98
  99   private static final int ABOVE_THRESHOLD_OPTION = 1;
 100
 101   private static final int BELOW_THRESHOLD_OPTION = 2;
 102
 103   private static final DecimalFormat DECFMT_2_2 = new DecimalFormat(
 104           "##.##");
 105
 106   /*
 107    * FeatureRenderer holds colour scheme and filters for feature types
 108    */
 109   private final FeatureRenderer fr; // todo refactor to allow interface type
 110                                     // here
 111
 112   /*
 113    * the view panel to update when settings change
 114    */
 115   private final AlignmentViewPanel ap;
 116
 117   private final String featureType;
 118
 119   /*
 120    * the colour and filters to reset to on Cancel
 121    */
 122   private final FeatureColourI originalColour;
 123
 124   private final FeatureMatcherSetI originalFilter;
 125
 126   /*
 127    * set flag to true when setting values programmatically,
 128    * to avoid invocation of action handlers
 129    */
 130   private boolean adjusting = false;
 131
 132   /*
 133    * minimum of the value range for graduated colour
 134    * (may be for feature score or for a numeric attribute)
 135    */
 136   private float min;
 137
 138   /*
 139    * maximum of the value range for graduated colour
 140    */
 141   private float max;
 142
 143   /*
 144    * scale factor for conversion between absolute min-max and slider
 145    */
 146   private float scaleFactor;
 147
 148   /*
 149    * radio button group, to select what to colour by:
 150    * simple colour, by category (text), or graduated
 151    */
 152   private JRadioButton simpleColour = new JRadioButton();
 153
 154   private JRadioButton byCategory = new JRadioButton();
 155
 156   private JRadioButton graduatedColour = new JRadioButton();
 157
 158   /**
 159    * colours and filters are shown in tabbed view or single content pane
 160    */
 161   JPanel coloursPanel, filtersPanel;
 162
 163   JPanel singleColour = new JPanel();
 164
 165   private JPanel minColour = new JPanel();
 166
 167   private JPanel maxColour = new JPanel();
 168
 169   private JComboBox<String> threshold = new JComboBox<>();
 170
 171   private JSlider slider = new JSlider();
 172
 173   private JTextField thresholdValue = new JTextField(20);
 174
 175   private JCheckBox thresholdIsMin = new JCheckBox();
 176
 177   private GraphLine threshline;
 178
 179   private ActionListener featureSettings = null;
 180
 181   private ActionListener changeColourAction;
 182
 183   /*
 184    * choice of option for 'colour for no value'
 185    */
 186   private JComboBox<String> noValueCombo;
 187
 188   /*
 189    * choice of what to colour by text (Label or attribute)
 190    */
 191   private JComboBox<String> colourByTextCombo;
 192
 193   /*
 194    * choice of what to colour by range (Score or attribute)
 195    */
 196   private JComboBox<String> colourByRangeCombo;
 197
 198   private JRadioButton andFilters;
 199
 200   private JRadioButton orFilters;
 201
 202   /*
 203    * filters for the currently selected feature type
 204    */
 205   private List<FeatureMatcherI> filters;
 206
 207   private JPanel chooseFiltersPanel;
 208
 209   /**
 210    * Constructor
 211    *
 212    * @param frender
 213    * @param theType
 214    */
 215   public FeatureTypeSettings(FeatureRenderer frender, String theType)
 216   {
 217     this.fr = frender;
 218     this.featureType = theType;
 219     ap = fr.ap;
 220     originalFilter = fr.getFeatureFilter(theType);
 221     originalColour = fr.getFeatureColours().get(theType);
 222
 223     adjusting = true;
 224
 225     try
 226     {
 227       initialise();
 228     } catch (Exception ex)
 229     {
 230       ex.printStackTrace();
 231       return;
 232     }
 233
 234     updateColoursTab();
 235
 236     updateFiltersTab();
 237
 238     adjusting = false;
 239
 240     colourChanged(false);
 241
 242     String title = MessageManager
 243             .formatMessage("label.display_settings_for", new String[]
 244             { theType });
 245     initDialogFrame(this, true, false, title, 580, 500);
 246     waitForInput();
 247   }
 248
 249   /**
 250    * Configures the widgets on the Colours tab according to the current feature
 251    * colour scheme
 252    */
 253   private void updateColoursTab()
 254   {
 255     FeatureColourI fc = fr.getFeatureColours().get(featureType);
 256
 257     /*
 258      * suppress action handling while updating values programmatically
 259      */
 260     adjusting = true;
 261     try
 262     {
 263       /*
 264        * single colour
 265        */
 266       if (fc.isSimpleColour())
 267       {
 268         singleColour.setBackground(fc.getColour());
 269         singleColour.setForeground(fc.getColour());
 270         simpleColour.setSelected(true);
 271       }
 272
 273       /*
 274        * colour by text (Label or attribute text)
 275        */
 276       if (fc.isColourByLabel())
 277       {
 278         byCategory.setSelected(true);
 279         colourByTextCombo.setEnabled(colourByTextCombo.getItemCount() > 1);
 280         if (fc.isColourByAttribute())
 281         {
 282           String[] attributeName = fc.getAttributeName();
 283           colourByTextCombo.setSelectedItem(
 284                   FeatureMatcher.toAttributeDisplayName(attributeName));
 285         }
 286         else
 287         {
 288           colourByTextCombo.setSelectedItem(LABEL_18N);
 289         }
 290       }
 291       else
 292       {
 293         colourByTextCombo.setEnabled(false);
 294       }
 295
 296       if (!fc.isGraduatedColour())
 297       {
 298         colourByRangeCombo.setEnabled(false);
 299         minColour.setEnabled(false);
 300         maxColour.setEnabled(false);
 301         noValueCombo.setEnabled(false);
 302         threshold.setEnabled(false);
 303         slider.setEnabled(false);
 304         thresholdValue.setEnabled(false);
 305         thresholdIsMin.setEnabled(false);
 306         return;
 307       }
 308
 309       /*
 310        * Graduated colour, by score or attribute value range
 311        */
 312       graduatedColour.setSelected(true);
 313       updateColourMinMax(); // ensure min, max are set
 314       colourByRangeCombo.setEnabled(colourByRangeCombo.getItemCount() > 1);
 315       minColour.setEnabled(true);
 316       maxColour.setEnabled(true);
 317       noValueCombo.setEnabled(true);
 318       threshold.setEnabled(true);
 319       minColour.setBackground(fc.getMinColour());
 320       maxColour.setBackground(fc.getMaxColour());
 321
 322       if (fc.isColourByAttribute())
 323       {
 324         String[] attributeName = fc.getAttributeName();
 325         colourByRangeCombo.setSelectedItem(
 326                 FeatureMatcher.toAttributeDisplayName(attributeName));
 327       }
 328       else
 329       {
 330         colourByRangeCombo.setSelectedItem(SCORE_18N);
 331       }
 332       Color noColour = fc.getNoColour();
 333       if (noColour == null)
 334       {
 335         noValueCombo.setSelectedIndex(NO_COLOUR_OPTION);
 336       }
 337       else if (noColour.equals(fc.getMinColour()))
 338       {
 339         noValueCombo.setSelectedIndex(MIN_COLOUR_OPTION);
 340       }
 341       else if (noColour.equals(fc.getMaxColour()))
 342       {
 343         noValueCombo.setSelectedIndex(MAX_COLOUR_OPTION);
 344       }
 345
 346       /*
 347        * update min-max scaling if there is a range to work with,
 348        * else disable the widgets (this shouldn't happen if only
 349        * valid options are offered in the combo box)
 350        */
 351       scaleFactor = (max == min) ? 1f : 100f / (max - min);
 352       float range = (max - min) * scaleFactor;
 353       slider.setMinimum((int) (min * scaleFactor));
 354       slider.setMaximum((int) (max * scaleFactor));
 355       slider.setMajorTickSpacing((int) (range / 10f));
 356
 357       threshline = new GraphLine((max - min) / 2f, "Threshold",
 358               Color.black);
 359       threshline.value = fc.getThreshold();
 360
 361       if (fc.hasThreshold())
 362       {
 363         threshold.setSelectedIndex(
 364                 fc.isAboveThreshold() ? ABOVE_THRESHOLD_OPTION
 365                         : BELOW_THRESHOLD_OPTION);
 366         slider.setEnabled(true);
 367         slider.setValue((int) (fc.getThreshold() * scaleFactor));
 368         thresholdValue.setText(String.valueOf(fc.getThreshold()));
 369         thresholdValue.setEnabled(true);
 370         thresholdIsMin.setEnabled(true);
 371       }
 372       else
 373       {
 374         slider.setEnabled(false);
 375         thresholdValue.setEnabled(false);
 376         thresholdIsMin.setEnabled(false);
 377       }
 378       thresholdIsMin.setSelected(!fc.isAutoScaled());
 379     } finally
 380     {
 381       adjusting = false;
 382     }
 383   }
 384
 385   /**
 386    * Configures the initial layout
 387    */
 388   private void initialise()
 389   {
 390     this.setLayout(new BorderLayout());
 391
 392     /*
 393      * an ActionListener that applies colour changes
 394      */
 395     changeColourAction = new ActionListener()
 396     {
 397       @Override
 398       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 399       {
 400         colourChanged(true);
 401       }
 402     };
 403
 404     /*
 405      * first panel/tab: colour options
 406      */
 407     JPanel coloursPanel = initialiseColoursPanel();
 408     this.add(coloursPanel, BorderLayout.NORTH);
 409
 410     /*
 411      * second panel/tab: filter options
 412      */
 413     JPanel filtersPanel = initialiseFiltersPanel();
 414     this.add(filtersPanel, BorderLayout.CENTER);
 415
 416     JPanel okCancelPanel = initialiseOkCancelPanel();
 417
 418     this.add(okCancelPanel, BorderLayout.SOUTH);
 419   }
 420
 421   /**
 422    * Updates the min-max range if Colour By selected item is Score, or an
 423    * attribute, with a min-max range
 424    */
 425   protected void updateColourMinMax()
 426   {
 427     if (!graduatedColour.isSelected())
 428     {
 429       return;
 430     }
 431
 432     String colourBy = (String) colourByRangeCombo.getSelectedItem();
 433     float[] minMax = getMinMax(colourBy);
 434
 435     if (minMax != null)
 436     {
 437       min = minMax[0];
 438       max = minMax[1];
 439     }
 440   }
 441
 442   /**
 443    * Retrieves the min-max range:
 444    * <ul>
 445    * <li>of feature score, if colour or filter is by Score</li>
 446    * <li>else of the selected attribute</li>
 447    * </ul>
 448    *
 449    * @param attName
 450    * @return
 451    */
 452   private float[] getMinMax(String attName)
 453   {
 454     float[] minMax = null;
 455     if (SCORE_18N.equals(attName))
 456     {
 457       minMax = fr.getMinMax().get(featureType)[0];
 458     }
 459     else
 460     {
 461       // colour by attribute range
 462       minMax = FeatureAttributes.getInstance().getMinMax(featureType,
 463               FeatureMatcher.fromAttributeDisplayName(attName));
 464     }
 465     return minMax;
 466   }
 467
 468   /**
 469    * Lay out fields for graduated colour (by score or attribute value)
 470    *
 471    * @return
 472    */
 473   private JPanel initialiseGraduatedColourPanel()
 474   {
 475     JPanel graduatedColourPanel = new JPanel();
 476     graduatedColourPanel.setLayout(
 477             new BoxLayout(graduatedColourPanel, BoxLayout.Y_AXIS));
 478     JvSwingUtils.createTitledBorder(graduatedColourPanel,
 479             MessageManager.getString("label.graduated_colour"), true);
 480     graduatedColourPanel.setBackground(Color.white);
 481
 482     /*
 483      * first row: graduated colour radio button, score/attribute drop-down
 484      */
 485     JPanel graduatedChoicePanel = new JPanel(
 486             new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 487     graduatedChoicePanel.setBackground(Color.white);
 488     graduatedColour = new JRadioButton(
 489             MessageManager.getString("label.by_range_of") + COLON);
 490     graduatedColour.setPreferredSize(new Dimension(RADIO_WIDTH, 20));
 491     graduatedColour.addItemListener(new ItemListener()
 492     {
 493       @Override
 494       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 495       {
 496         if (graduatedColour.isSelected())
 497         {
 498           colourChanged(true);
 499         }
 500       }
 501     });
 502     graduatedChoicePanel.add(graduatedColour);
 503
 504     List<String[]> attNames = FeatureAttributes.getInstance()
 505             .getAttributes(featureType);
 506     colourByRangeCombo = populateAttributesDropdown(attNames, true, false);
 507     colourByRangeCombo.addItemListener(new ItemListener()
 508     {
 509       @Override
 510       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 511       {
 512         colourChanged(true);
 513       }
 514     });
 515
 516     /*
 517      * disable graduated colour option if no range found
 518      */
 519     graduatedColour.setEnabled(colourByRangeCombo.getItemCount() > 0);
 520
 521     graduatedChoicePanel.add(colourByRangeCombo);
 522     graduatedColourPanel.add(graduatedChoicePanel);
 523
 524     /*
 525      * second row - min/max/no colours
 526      */
 527     JPanel colourRangePanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 528     colourRangePanel.setBackground(Color.white);
 529     graduatedColourPanel.add(colourRangePanel);
 530
 531     minColour.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 532     minColour.setBorder(BorderFactory.createLineBorder(Color.black));
 533     minColour.setPreferredSize(new Dimension(40, 20));
 534     minColour.setToolTipText(MessageManager.getString("label.min_colour"));
 535     minColour.addMouseListener(new MouseAdapter()
 536     {
 537       @Override
 538       public void mousePressed(MouseEvent e)
 539       {
 540         if (minColour.isEnabled())
 541         {
 542           showColourChooser(minColour, "label.select_colour_minimum_value");
 543         }
 544       }
 545     });
 546
 547     maxColour.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 548     maxColour.setBorder(BorderFactory.createLineBorder(Color.black));
 549     maxColour.setPreferredSize(new Dimension(40, 20));
 550     maxColour.setToolTipText(MessageManager.getString("label.max_colour"));
 551     maxColour.addMouseListener(new MouseAdapter()
 552     {
 553       @Override
 554       public void mousePressed(MouseEvent e)
 555       {
 556         if (maxColour.isEnabled())
 557         {
 558           showColourChooser(maxColour, "label.select_colour_maximum_value");
 559         }
 560       }
 561     });
 562     maxColour.setBorder(new LineBorder(Color.black));
 563
 564     /*
 565      * default max colour to last plain colour;
 566      * make min colour a pale version of max colour
 567      */
 568     FeatureColourI fc = fr.getFeatureColours().get(featureType);
 569     Color bg = fc.getColour() == null ? Color.BLACK : fc.getColour();
 570     maxColour.setBackground(bg);
 571     minColour.setBackground(ColorUtils.bleachColour(bg, 0.9f));
 572
 573     noValueCombo = new JComboBox<>();
 574     noValueCombo.addItem(MessageManager.getString("label.no_colour"));
 575     noValueCombo.addItem(MessageManager.getString("label.min_colour"));
 576     noValueCombo.addItem(MessageManager.getString("label.max_colour"));
 577     noValueCombo.addItemListener(new ItemListener()
 578     {
 579       @Override
 580       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 581       {
 582         colourChanged(true);
 583       }
 584     });
 585
 586     JLabel minText = new JLabel(
 587             MessageManager.getString("label.min_value") + COLON);
 588     minText.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 589     JLabel maxText = new JLabel(
 590             MessageManager.getString("label.max_value") + COLON);
 591     maxText.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 592     JLabel noText = new JLabel(
 593             MessageManager.getString("label.no_value") + COLON);
 594     noText.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 595
 596     colourRangePanel.add(minText);
 597     colourRangePanel.add(minColour);
 598     colourRangePanel.add(maxText);
 599     colourRangePanel.add(maxColour);
 600     colourRangePanel.add(noText);
 601     colourRangePanel.add(noValueCombo);
 602
 603     /*
 604      * third row - threshold options and value
 605      */
 606     JPanel thresholdPanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 607     thresholdPanel.setBackground(Color.white);
 608     graduatedColourPanel.add(thresholdPanel);
 609
 610     threshold.addActionListener(changeColourAction);
 611     threshold.setToolTipText(MessageManager
 612             .getString("label.threshold_feature_display_by_score"));
 613     threshold.addItem(MessageManager
 614             .getString("label.threshold_feature_no_threshold")); // index 0
 615     threshold.addItem(MessageManager
 616             .getString("label.threshold_feature_above_threshold")); // index 1
 617     threshold.addItem(MessageManager
 618             .getString("label.threshold_feature_below_threshold")); // index 2
 619
 620     thresholdValue.addActionListener(new ActionListener()
 621     {
 622       @Override
 623       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 624       {
 625         thresholdValue_actionPerformed();
 626       }
 627     });
 628     thresholdValue.addFocusListener(new FocusAdapter()
 629     {
 630       @Override
 631       public void focusLost(FocusEvent e)
 632       {
 633         thresholdValue_actionPerformed();
 634       }
 635     });
 636     slider.setPaintLabels(false);
 637     slider.setPaintTicks(true);
 638     slider.setBackground(Color.white);
 639     slider.setEnabled(false);
 640     slider.setOpaque(false);
 641     slider.setPreferredSize(new Dimension(100, 32));
 642     slider.setToolTipText(
 643             MessageManager.getString("label.adjust_threshold"));
 644
 645     slider.addChangeListener(new ChangeListener()
 646     {
 647       @Override
 648       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 649       {
 650         if (!adjusting)
 651         {
 652           thresholdValue
 653                   .setText(String.valueOf(slider.getValue() / scaleFactor));
 654           thresholdValue.setBackground(Color.white); // to reset red for invalid
 655           sliderValueChanged();
 656         }
 657       }
 658     });
 659     slider.addMouseListener(new MouseAdapter()
 660     {
 661       @Override
 662       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 663       {
 664         /*
 665          * only update Overview and/or structure colouring
 666          * when threshold slider drag ends (mouse up)
 667          */
 668         if (ap != null)
 669         {
 670           ap.paintAlignment(true, true);
 671         }
 672       }
 673     });
 674
 675     thresholdValue.setEnabled(false);
 676     thresholdValue.setColumns(7);
 677
 678     thresholdPanel.add(threshold);
 679     thresholdPanel.add(slider);
 680     thresholdPanel.add(thresholdValue);
 681
 682     thresholdIsMin.setBackground(Color.white);
 683     thresholdIsMin
 684             .setText(MessageManager.getString("label.threshold_minmax"));
 685     thresholdIsMin.setToolTipText(MessageManager
 686             .getString("label.toggle_absolute_relative_display_threshold"));
 687     thresholdIsMin.addActionListener(changeColourAction);
 688     thresholdPanel.add(thresholdIsMin);
 689
 690     return graduatedColourPanel;
 691   }
 692
 693   /**
 694    * Lay out OK and Cancel buttons
 695    *
 696    * @return
 697    */
 698   private JPanel initialiseOkCancelPanel()
 699   {
 700     JPanel okCancelPanel = new JPanel();
 701     // okCancelPanel.setBackground(Color.white);
 702     okCancelPanel.add(ok);
 703     okCancelPanel.add(cancel);
 704     return okCancelPanel;
 705   }
 706
 707   /**
 708    * Lay out Colour options panel, containing
 709    * <ul>
 710    * <li>plain colour, with colour picker</li>
 711    * <li>colour by text, with choice of Label or other attribute</li>
 712    * <li>colour by range, of score or other attribute, when available</li>
 713    * </ul>
 714    *
 715    * @return
 716    */
 717   private JPanel initialiseColoursPanel()
 718   {
 719     JPanel colourByPanel = new JPanel();
 720     colourByPanel.setBackground(Color.white);
 721     colourByPanel.setLayout(new BoxLayout(colourByPanel, BoxLayout.Y_AXIS));
 722     JvSwingUtils.createTitledBorder(colourByPanel,
 723             MessageManager.getString("action.colour"), true);
 724
 725     /*
 726      * simple colour radio button and colour picker
 727      */
 728     JPanel simpleColourPanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 729     simpleColourPanel.setBackground(Color.white);
 730     colourByPanel.add(simpleColourPanel);
 731
 732     simpleColour = new JRadioButton(
 733             MessageManager.getString("label.simple_colour"));
 734     simpleColour.setPreferredSize(new Dimension(RADIO_WIDTH, 20));
 735     simpleColour.addItemListener(new ItemListener()
 736     {
 737       @Override
 738       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 739       {
 740         if (simpleColour.isSelected() && !adjusting)
 741         {
 742           colourChanged(true);
 743         }
 744       }
 745     });
 746
 747     singleColour.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 748     singleColour.setBorder(BorderFactory.createLineBorder(Color.black));
 749     singleColour.setPreferredSize(new Dimension(40, 20));
 750     if (originalColour.isGraduatedColour())
 751     {
 752       singleColour.setBackground(originalColour.getMaxColour());
 753       singleColour.setForeground(originalColour.getMaxColour());
 754     }
 755     else
 756     {
 757       singleColour.setBackground(originalColour.getColour());
 758       singleColour.setForeground(originalColour.getColour());
 759     }
 760     singleColour.addMouseListener(new MouseAdapter()
 761     {
 762       @Override
 763       public void mousePressed(MouseEvent e)
 764       {
 765         if (simpleColour.isSelected())
 766         {
 767           showColourChooser(singleColour, "label.select_colour");
 768         }
 769       }
 770     });
 771     simpleColourPanel.add(simpleColour); // radio button
 772     simpleColourPanel.add(singleColour); // colour picker button
 773
 774     /*
 775      * colour by text (category) radio button and drop-down choice list
 776      */
 777     JPanel byTextPanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 778     byTextPanel.setBackground(Color.white);
 779     JvSwingUtils.createTitledBorder(byTextPanel,
 780             MessageManager.getString("label.colour_by_text"), true);
 781     colourByPanel.add(byTextPanel);
 782     byCategory = new JRadioButton(
 783             MessageManager.getString("label.by_text_of") + COLON);
 784     byCategory.setPreferredSize(new Dimension(RADIO_WIDTH, 20));
 785     byCategory.addItemListener(new ItemListener()
 786     {
 787       @Override
 788       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 789       {
 790         if (byCategory.isSelected())
 791         {
 792           colourChanged(true);
 793         }
 794       }
 795     });
 796     byTextPanel.add(byCategory);
 797
 798     List<String[]> attNames = FeatureAttributes.getInstance()
 799             .getAttributes(featureType);
 800     colourByTextCombo = populateAttributesDropdown(attNames, false, true);
 801     colourByTextCombo.addItemListener(new ItemListener()
 802     {
 803       @Override
 804       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 805       {
 806         colourChanged(true);
 807       }
 808     });
 809     byTextPanel.add(colourByTextCombo);
 810
 811     /*
 812      * graduated colour panel
 813      */
 814     JPanel graduatedColourPanel = initialiseGraduatedColourPanel();
 815     colourByPanel.add(graduatedColourPanel);
 816
 817     /*
 818      * 3 radio buttons select between simple colour,
 819      * by category (text), or graduated
 820      */
 821     ButtonGroup bg = new ButtonGroup();
 822     bg.add(simpleColour);
 823     bg.add(byCategory);
 824     bg.add(graduatedColour);
 825
 826     return colourByPanel;
 827   }
 828
 829   private void showColourChooser(JPanel colourPanel, String key)
 830   {
 831     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 832             MessageManager.getString(key), colourPanel.getBackground());
 833     if (col != null)
 834     {
 835       colourPanel.setBackground(col);
 836       colourPanel.setForeground(col);
 837     }
 838     colourPanel.repaint();
 839     colourChanged(true);
 840   }
 841
 842   /**
 843    * Constructs and sets the selected colour options as the colour for the
 844    * feature type, and repaints the alignment, and optionally the Overview
 845    * and/or structure viewer if open
 846    *
 847    * @param updateStructsAndOverview
 848    */
 849   void colourChanged(boolean updateStructsAndOverview)
 850   {
 851     if (adjusting)
 852     {
 853       /*
 854        * ignore action handlers while setting values programmatically
 855        */
 856       return;
 857     }
 858
 859     /*
 860      * ensure min-max range is for the latest choice of
 861      * 'graduated colour by'
 862      */
 863     updateColourMinMax();
 864
 865     FeatureColourI acg = makeColourFromInputs();
 866
 867     /*
 868      * save the colour, and repaint stuff
 869      */
 870     fr.setColour(featureType, acg);
 871     ap.paintAlignment(updateStructsAndOverview, updateStructsAndOverview);
 872
 873     updateColoursTab();
 874   }
 875
 876   /**
 877    * Converts the input values into an instance of FeatureColour
 878    *
 879    * @return
 880    */
 881   private FeatureColourI makeColourFromInputs()
 882   {
 883     /*
 884      * easiest case - a single colour
 885      */
 886     if (simpleColour.isSelected())
 887     {
 888       return new FeatureColour(singleColour.getBackground());
 889     }
 890
 891     /*
 892      * next easiest case - colour by Label, or attribute text
 893      */
 894     if (byCategory.isSelected())
 895     {
 896       Color c = singleColour.getBackground();
 897       FeatureColourI fc = new FeatureColour(c);
 898       fc.setColourByLabel(true);
 899       String byWhat = (String) colourByTextCombo.getSelectedItem();
 900       if (!LABEL_18N.equals(byWhat))
 901       {
 902         fc.setAttributeName(
 903                 FeatureMatcher.fromAttributeDisplayName(byWhat));
 904       }
 905       return fc;
 906     }
 907
 908     /*
 909      * remaining case - graduated colour by score, or attribute value
 910      */
 911     Color noColour = null;
 912     if (noValueCombo.getSelectedIndex() == MIN_COLOUR_OPTION)
 913     {
 914       noColour = minColour.getBackground();
 915     }
 916     else if (noValueCombo.getSelectedIndex() == MAX_COLOUR_OPTION)
 917     {
 918       noColour = maxColour.getBackground();
 919     }
 920
 921     float thresh = 0f;
 922     try
 923     {
 924       thresh = Float.valueOf(thresholdValue.getText());
 925     } catch (NumberFormatException e)
 926     {
 927       // invalid inputs are already handled on entry
 928     }
 929
 930     /*
 931      * min-max range is to (or from) threshold value if
 932      * 'threshold is min/max' is selected
 933      */
 934     float minValue = min;
 935     float maxValue = max;
 936     final int thresholdOption = threshold.getSelectedIndex();
 937     if (thresholdIsMin.isSelected()
 938             && thresholdOption == ABOVE_THRESHOLD_OPTION)
 939     {
 940       minValue = thresh;
 941     }
 942     if (thresholdIsMin.isSelected()
 943             && thresholdOption == BELOW_THRESHOLD_OPTION)
 944     {
 945       maxValue = thresh;
 946     }
 947
 948     /*
 949      * make the graduated colour
 950      */
 951     FeatureColourI fc = new FeatureColour(minColour.getBackground(),
 952             maxColour.getBackground(), noColour, minValue, maxValue);
 953
 954     /*
 955      * set attribute to colour by if selected
 956      */
 957     String byWhat = (String) colourByRangeCombo.getSelectedItem();
 958     if (!SCORE_18N.equals(byWhat))
 959     {
 960       fc.setAttributeName(FeatureMatcher.fromAttributeDisplayName(byWhat));
 961     }
 962
 963     /*
 964      * set threshold options and 'autoscaled' which is
 965      * false if 'threshold is min/max' is selected
 966      * else true (colour range is on actual range of values)
 967      */
 968     fc.setThreshold(thresh);
 969     fc.setAutoScaled(!thresholdIsMin.isSelected());
 970     fc.setAboveThreshold(thresholdOption == ABOVE_THRESHOLD_OPTION);
 971     fc.setBelowThreshold(thresholdOption == BELOW_THRESHOLD_OPTION);
 972
 973     if (threshline == null)
 974     {
 975       /*
 976        * todo not yet implemented: visual indication of feature threshold
 977        */
 978       threshline = new GraphLine((max - min) / 2f, "Threshold",
 979               Color.black);
 980     }
 981
 982     return fc;
 983   }
 984
 985   @Override
 986   protected void raiseClosed()
 987   {
 988     if (this.featureSettings != null)
 989     {
 990       featureSettings.actionPerformed(new ActionEvent(this, 0, "CLOSED"));
 991     }
 992   }
 993
 994   /**
 995    * Action on OK is just to dismiss the dialog - any changes have already been
 996    * applied
 997    */
 998   @Override
 999   public void okPressed()
1000   {
1001   }
1002
1003   /**
1004    * Action on Cancel is to restore colour scheme and filters as they were when
1005    * the dialog was opened
1006    */
1007   @Override
1008   public void cancelPressed()
1009   {
1010     fr.setColour(featureType, originalColour);
1011     fr.setFeatureFilter(featureType, originalFilter);
1012     ap.paintAlignment(true, true);
1013   }
1014
1015   /**
1016    * Action on text entry of a threshold value
1017    */
1018   protected void thresholdValue_actionPerformed()
1019   {
1020     try
1021     {
1022       /*
1023        * set 'adjusting' flag while moving the slider, so it
1024        * doesn't then in turn change the value (with rounding)
1025        */
1026       adjusting = true;
1027       float f = Float.parseFloat(thresholdValue.getText());
1028       f = Float.max(f,  this.min);
1029       f = Float.min(f, this.max);
1030       thresholdValue.setText(String.valueOf(f));
1031       slider.setValue((int) (f * scaleFactor));
1032       threshline.value = f;
1033       thresholdValue.setBackground(Color.white); // ok
1034       adjusting = false;
1035       colourChanged(true);
1036     } catch (NumberFormatException ex)
1037     {
1038       thresholdValue.setBackground(Color.red); // not ok
1039       adjusting = false;
1040     }
1041   }
1042
1043   /**
1044    * Action on change of threshold slider value. This may be done interactively
1045    * (by moving the slider), or programmatically (to update the slider after
1046    * manual input of a threshold value).
1047    */
1048   protected void sliderValueChanged()
1049   {
1050     threshline.value = getRoundedSliderValue();
1051
1052     /*
1053      * repaint alignment, but not Overview or structure,
1054      * to avoid overload while dragging the slider
1055      */
1056     colourChanged(false);
1057   }
1058
1059   /**
1060    * Converts the slider value to its absolute value by dividing by the
1061    * scaleFactor. Rounding errors are squashed by forcing min/max of slider
1062    * range to the actual min/max of feature score range
1063    *
1064    * @return
1065    */
1066   private float getRoundedSliderValue()
1067   {
1068     int value = slider.getValue();
1069     float f = value == slider.getMaximum() ? max
1070             : (value == slider.getMinimum() ? min : value / scaleFactor);
1071     return f;
1072   }
1073
1074   void addActionListener(ActionListener listener)
1075   {
1076     if (featureSettings != null)
1077     {
1078       System.err.println(
1079               "IMPLEMENTATION ISSUE: overwriting action listener for FeatureColourChooser");
1080     }
1081     featureSettings = listener;
1082   }
1083
1084   /**
1085    * A helper method to build the drop-down choice of attributes for a feature.
1086    * If 'withRange' is true, then Score, and any attributes with a min-max
1087    * range, are added. If 'withText' is true, Label and any known attributes are
1088    * added. This allows 'categorical numerical' attributes e.g. codon position
1089    * to be coloured by text.
1090    * <p>
1091    * Where metadata is available with a description for an attribute, that is
1092    * added as a tooltip.
1093    * <p>
1094    * Attribute names may be 'simple' e.g. "AC" or 'compound' e.g. {"CSQ",
1095    * "Allele"}. Compound names are rendered for display as (e.g.) CSQ:Allele.
1096    * <p>
1097    * This method does not add any ActionListener to the JComboBox.
1098    *
1099    * @param attNames
1100    * @param withRange
1101    * @param withText
1102    */
1103   protected JComboBox<String> populateAttributesDropdown(
1104           List<String[]> attNames, boolean withRange, boolean withText)
1105   {
1106     List<String> displayAtts = new ArrayList<>();
1107     List<String> tooltips = new ArrayList<>();
1108
1109     if (withText)
1110     {
1111       displayAtts.add(LABEL_18N);
1112       tooltips.add(MessageManager.getString("label.description"));
1113     }
1114     if (withRange)
1115     {
1116       float[][] minMax = fr.getMinMax().get(featureType);
1117       if (minMax != null && minMax[0][0] != minMax[0][1])
1118       {
1119         displayAtts.add(SCORE_18N);
1120         tooltips.add(SCORE_18N);
1121       }
1122     }
1123
1124     FeatureAttributes fa = FeatureAttributes.getInstance();
1125     for (String[] attName : attNames)
1126     {
1127       float[] minMax = fa.getMinMax(featureType, attName);
1128       boolean hasRange = minMax != null && minMax[0] != minMax[1];
1129       if (!withText && !hasRange)
1130       {
1131         continue;
1132       }
1133       displayAtts.add(FeatureMatcher.toAttributeDisplayName(attName));
1134       String desc = fa.getDescription(featureType, attName);
1135       if (desc != null && desc.length() > MAX_TOOLTIP_LENGTH)
1136       {
1137         desc = desc.substring(0, MAX_TOOLTIP_LENGTH) + "...";
1138       }
1139       tooltips.add(desc == null ? "" : desc);
1140     }
1141
1142     JComboBox<String> attCombo = JvSwingUtils
1143             .buildComboWithTooltips(displayAtts, tooltips);
1144
1145     return attCombo;
1146   }
1147
1148   /**
1149    * Populates initial layout of the feature attribute filters panel
1150    */
1151   private JPanel initialiseFiltersPanel()
1152   {
1153     filters = new ArrayList<>();
1154
1155     JPanel filtersPanel = new JPanel();
1156     filtersPanel.setLayout(new BoxLayout(filtersPanel, BoxLayout.Y_AXIS));
1157     filtersPanel.setBackground(Color.white);
1158     JvSwingUtils.createTitledBorder(filtersPanel,
1159             MessageManager.getString("label.filters"), true);
1160
1161     JPanel andOrPanel = initialiseAndOrPanel();
1162     filtersPanel.add(andOrPanel);
1163
1164     /*
1165      * panel with filters - populated by refreshFiltersDisplay,
1166      * which also sets the layout manager
1167      */
1168     chooseFiltersPanel = new JPanel();
1169     chooseFiltersPanel.setBackground(Color.white);
1170     filtersPanel.add(chooseFiltersPanel);
1171
1172     return filtersPanel;
1173   }
1174
1175   /**
1176    * Lays out the panel with radio buttons to AND or OR filter conditions
1177    *
1178    * @return
1179    */
1180   private JPanel initialiseAndOrPanel()
1181   {
1182     JPanel andOrPanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
1183     andOrPanel.setBackground(Color.white);
1184     andFilters = new JRadioButton(MessageManager.getString("label.and"));
1185     orFilters = new JRadioButton(MessageManager.getString("label.or"));
1186     ActionListener actionListener = new ActionListener()
1187     {
1188       @Override
1189       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1190       {
1191         filtersChanged();
1192       }
1193     };
1194     andFilters.addActionListener(actionListener);
1195     orFilters.addActionListener(actionListener);
1196     ButtonGroup andOr = new ButtonGroup();
1197     andOr.add(andFilters);
1198     andOr.add(orFilters);
1199     andFilters.setSelected(true);
1200     andOrPanel.add(
1201             new JLabel(MessageManager.getString("label.join_conditions")));
1202     andOrPanel.add(andFilters);
1203     andOrPanel.add(orFilters);
1204     return andOrPanel;
1205   }
1206
1207   /**
1208    * Refreshes the display to show any filters currently configured for the
1209    * selected feature type (editable, with 'remove' option), plus one extra row
1210    * for adding a condition. This should be called after a filter has been
1211    * removed, added or amended.
1212    */
1213   private void updateFiltersTab()
1214   {
1215     /*
1216      * clear the panel and list of filter conditions
1217      */
1218     chooseFiltersPanel.removeAll();
1219     filters.clear();
1220
1221     /*
1222      * look up attributes known for feature type
1223      */
1224     List<String[]> attNames = FeatureAttributes.getInstance()
1225             .getAttributes(featureType);
1226
1227     /*
1228      * if this feature type has filters set, load them first
1229      */
1230     FeatureMatcherSetI featureFilters = fr.getFeatureFilter(featureType);
1231     if (featureFilters != null)
1232     {
1233       if (!featureFilters.isAnded())
1234       {
1235         orFilters.setSelected(true);
1236       }
1237       featureFilters.getMatchers().forEach(matcher -> filters.add(matcher));
1238     }
1239
1240     /*
1241      * and an empty filter for the user to populate (add)
1242      */
1243     filters.add(FeatureMatcher.NULL_MATCHER);
1244
1245     /*
1246      * use GridLayout to 'justify' rows to the top of the panel, until
1247      * there are too many to fit in, then fall back on BoxLayout
1248      */
1249     if (filters.size() <= 5)
1250     {
1251       chooseFiltersPanel.setLayout(new GridLayout(5, 1));
1252     }
1253     else
1254     {
1255       chooseFiltersPanel.setLayout(
1256               new BoxLayout(chooseFiltersPanel, BoxLayout.Y_AXIS));
1257     }
1258
1259     /*
1260      * render the conditions in rows, each in its own JPanel
1261      */
1262     int filterIndex = 0;
1263     for (FeatureMatcherI filter : filters)
1264     {
1265       JPanel row = addFilter(filter, attNames, filterIndex);
1266       chooseFiltersPanel.add(row);
1267       filterIndex++;
1268     }
1269
1270     this.validate();
1271     this.repaint();
1272   }
1273
1274   /**
1275    * A helper method that constructs a row (panel) with one filter condition:
1276    * <ul>
1277    * <li>a drop-down list of Label, Score and attribute names to choose
1278    * from</li>
1279    * <li>a drop-down list of conditions to choose from</li>
1280    * <li>a text field for input of a match pattern</li>
1281    * <li>optionally, a 'remove' button</li>
1282    * </ul>
1283    * The filter values are set as defaults for the input fields. The 'remove'
1284    * button is added unless the pattern is empty (incomplete filter condition).
1285    * <p>
1286    * Action handlers on these fields provide for
1287    * <ul>
1288    * <li>validate pattern field - should be numeric if condition is numeric</li>
1289    * <li>save filters and refresh display on any (valid) change</li>
1290    * <li>remove filter and refresh on 'Remove'</li>
1291    * <li>update conditions list on change of Label/Score/Attribute</li>
1292    * <li>refresh value field tooltip with min-max range on change of
1293    * attribute</li>
1294    * </ul>
1295    *
1296    * @param filter
1297    * @param attNames
1298    * @param filterIndex
1299    * @return
1300    */
1301   protected JPanel addFilter(FeatureMatcherI filter,
1302           List<String[]> attNames, int filterIndex)
1303   {
1304     String[] attName = filter.getAttribute();
1305     Condition cond = filter.getMatcher().getCondition();
1306     String pattern = filter.getMatcher().getPattern();
1307
1308     JPanel filterRow = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
1309     filterRow.setBackground(Color.white);
1310
1311     /*
1312      * drop-down choice of attribute, with description as a tooltip
1313      * if we can obtain it
1314      */
1315     final JComboBox<String> attCombo = populateAttributesDropdown(attNames,
1316             true, true);
1317     String filterBy = setSelectedAttribute(attCombo, filter);
1318
1319     JComboBox<Condition> condCombo = new JComboBox<>();
1320
1321     JTextField patternField = new JTextField(8);
1322     patternField.setText(pattern);
1323
1324     /*
1325      * action handlers that validate and (if valid) apply changes
1326      */
1327     ActionListener actionListener = new ActionListener()
1328     {
1329       @Override
1330       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1331       {
1332         if (validateFilter(patternField, condCombo))
1333         {
1334           if (updateFilter(attCombo, condCombo, patternField, filterIndex))
1335           {
1336             filtersChanged();
1337           }
1338         }
1339       }
1340     };
1341     ItemListener itemListener = new ItemListener()
1342     {
1343       @Override
1344       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
1345       {
1346         actionListener.actionPerformed(null);
1347       }
1348     };
1349
1350     if (filter == FeatureMatcher.NULL_MATCHER) // the 'add a condition' row
1351     {
1352       attCombo.setSelectedIndex(0);
1353     }
1354     else
1355     {
1356       attCombo.setSelectedItem(
1357               FeatureMatcher.toAttributeDisplayName(attName));
1358     }
1359     attCombo.addItemListener(new ItemListener()
1360     {
1361       @Override
1362       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
1363       {
1364         /*
1365          * on change of attribute, refresh the conditions list to
1366          * ensure it is appropriate for the attribute datatype
1367          */
1368         populateConditions((String) attCombo.getSelectedItem(),
1369                 (Condition) condCombo.getSelectedItem(), condCombo,
1370                 patternField);
1371         actionListener.actionPerformed(null);
1372       }
1373     });
1374
1375     filterRow.add(attCombo);
1376
1377     /*
1378      * drop-down choice of test condition
1379      */
1380     populateConditions(filterBy, cond, condCombo, patternField);
1381     condCombo.setPreferredSize(new Dimension(150, 20));
1382     condCombo.addItemListener(itemListener);
1383     filterRow.add(condCombo);
1384
1385     /*
1386      * pattern to match against
1387      */
1388     patternField.addActionListener(actionListener);
1389     patternField.addFocusListener(new FocusAdapter()
1390     {
1391       @Override
1392       public void focusLost(FocusEvent e)
1393       {
1394         actionListener.actionPerformed(null);
1395       }
1396     });
1397     filterRow.add(patternField);
1398
1399     /*
1400      * disable pattern field for condition 'Present / NotPresent'
1401      */
1402     Condition selectedCondition = (Condition) condCombo.getSelectedItem();
1403     patternField.setEnabled(selectedCondition.needsAPattern());
1404
1405     /*
1406      * if a numeric condition is selected, show the value range
1407      * as a tooltip on the value input field
1408      */
1409     setNumericHints(filterBy, selectedCondition, patternField);
1410
1411     /*
1412      * add remove button if filter is populated (non-empty pattern)
1413      */
1414     if (!patternField.isEnabled()
1415             || (pattern != null && pattern.trim().length() > 0))
1416     {
1417       // todo: gif for button drawing '-' or 'x'
1418       JButton removeCondition = new BasicArrowButton(SwingConstants.WEST);
1419       removeCondition
1420               .setToolTipText(MessageManager.getString("label.delete_row"));
1421       removeCondition.addActionListener(new ActionListener()
1422       {
1423         @Override
1424         public void actionPerformed(ActionEvent e)
1425         {
1426           filters.remove(filterIndex);
1427           filtersChanged();
1428         }
1429       });
1430       filterRow.add(removeCondition);
1431     }
1432
1433     return filterRow;
1434   }
1435
1436   /**
1437    * Sets the selected item in the Label/Score/Attribute drop-down to match the
1438    * filter
1439    *
1440    * @param attCombo
1441    * @param filter
1442    */
1443   private String setSelectedAttribute(JComboBox<String> attCombo,
1444           FeatureMatcherI filter)
1445   {
1446     String item = null;
1447     if (filter.isByScore())
1448     {
1449       item = SCORE_18N;
1450     }
1451     else if (filter.isByLabel())
1452     {
1453       item = LABEL_18N;
1454     }
1455     else
1456     {
1457       item = FeatureMatcher.toAttributeDisplayName(filter.getAttribute());
1458     }
1459     attCombo.setSelectedItem(item);
1460     return item;
1461   }
1462
1463   /**
1464    * If a numeric comparison condition is selected, retrieves the min-max range
1465    * for the value (score or attribute), and sets it as a tooltip on the value
1466    * field. If the field is currently empty, then pre-populates it with
1467    * <ul>
1468    * <li>the minimum value, if condition is > or >=</li>
1469    * <li>the maximum value, if condition is < or <=</li>
1470    * </ul>
1471    *
1472    * @param attName
1473    * @param selectedCondition
1474    * @param patternField
1475    */
1476   private void setNumericHints(String attName, Condition selectedCondition,
1477           JTextField patternField)
1478   {
1479     patternField.setToolTipText("");
1480
1481     if (selectedCondition.isNumeric())
1482     {
1483       float[] minMax = getMinMax(attName);
1484       if (minMax != null)
1485       {
1486         String minFormatted = DECFMT_2_2.format(minMax[0]);
1487         String maxFormatted = DECFMT_2_2.format(minMax[1]);
1488         String tip = String.format("(%s - %s)", minFormatted, maxFormatted);
1489         patternField.setToolTipText(tip);
1490         if (patternField.getText().isEmpty())
1491         {
1492           if (selectedCondition == Condition.GE
1493                   || selectedCondition == Condition.GT)
1494           {
1495             patternField.setText(minFormatted);
1496           }
1497           else
1498           {
1499             if (selectedCondition == Condition.LE
1500                     || selectedCondition == Condition.LT)
1501             {
1502               patternField.setText(maxFormatted);
1503             }
1504           }
1505         }
1506       }
1507     }
1508   }
1509
1510   /**
1511    * Populates the drop-down list of comparison conditions for the given
1512    * attribute name. The conditions added depend on the datatype of the
1513    * attribute values. The supplied condition is set as the selected item in the
1514    * list, provided it is in the list. If the pattern is now invalid
1515    * (non-numeric pattern for a numeric condition), it is cleared.
1516    *
1517    * @param attName
1518    * @param cond
1519    * @param condCombo
1520    * @param patternField
1521    */
1522   private void populateConditions(String attName, Condition cond,
1523           JComboBox<Condition> condCombo, JTextField patternField)
1524   {
1525     Datatype type = FeatureAttributes.getInstance().getDatatype(featureType,
1526             FeatureMatcher.fromAttributeDisplayName(attName));
1527     if (LABEL_18N.equals(attName))
1528     {
1529       type = Datatype.Character;
1530     }
1531     else if (SCORE_18N.equals(attName))
1532     {
1533       type = Datatype.Number;
1534     }
1535
1536     /*
1537      * remove itemListener before starting
1538      */
1539     ItemListener listener = condCombo.getItemListeners()[0];
1540     condCombo.removeItemListener(listener);
1541     boolean condIsValid = false;
1542
1543     condCombo.removeAllItems();
1544     for (Condition c : Condition.values())
1545     {
1546       if ((c.isNumeric() && type == Datatype.Number)
1547               || (!c.isNumeric() && type != Datatype.Number))
1548       {
1549         condCombo.addItem(c);
1550         if (c == cond)
1551         {
1552           condIsValid = true;
1553         }
1554       }
1555     }
1556
1557     /*
1558      * set the selected condition (does nothing if not in the list)
1559      */
1560     if (condIsValid)
1561     {
1562       condCombo.setSelectedItem(cond);
1563     }
1564     else
1565     {
1566       condCombo.setSelectedIndex(0);
1567     }
1568
1569     /*
1570      * clear pattern if it is now invalid for condition
1571      */
1572     if (((Condition) condCombo.getSelectedItem()).isNumeric())
1573     {
1574       try
1575       {
1576         String pattern = patternField.getText().trim();
1577         if (pattern.length() > 0)
1578         {
1579           Float.valueOf(pattern);
1580         }
1581       } catch (NumberFormatException e)
1582       {
1583         patternField.setText("");
1584       }
1585     }
1586
1587     /*
1588      * restore the listener
1589      */
1590     condCombo.addItemListener(listener);
1591   }
1592
1593   /**
1594    * Answers true unless a numeric condition has been selected with a
1595    * non-numeric value. Sets the value field to RED with a tooltip if in error.
1596    * <p>
1597    * If the pattern is expected but is empty, this method returns false, but
1598    * does not mark the field as invalid. This supports selecting an attribute
1599    * for a new condition before a match pattern has been entered.
1600    *
1601    * @param value
1602    * @param condCombo
1603    */
1604   protected boolean validateFilter(JTextField value,
1605           JComboBox<Condition> condCombo)
1606   {
1607     if (value == null || condCombo == null)
1608     {
1609       return true; // fields not populated
1610     }
1611
1612     Condition cond = (Condition) condCombo.getSelectedItem();
1613     if (!cond.needsAPattern())
1614     {
1615       return true;
1616     }
1617
1618     value.setBackground(Color.white);
1619     value.setToolTipText("");
1620     String v1 = value.getText().trim();
1621     if (v1.length() == 0)
1622     {
1623       // return false;
1624     }
1625
1626     if (cond.isNumeric() && v1.length() > 0)
1627     {
1628       try
1629       {
1630         Float.valueOf(v1);
1631       } catch (NumberFormatException e)
1632       {
1633         value.setBackground(Color.red);
1634         value.setToolTipText(
1635                 MessageManager.getString("label.numeric_required"));
1636         return false;
1637       }
1638     }
1639
1640     return true;
1641   }
1642
1643   /**
1644    * Constructs a filter condition from the given input fields, and replaces the
1645    * condition at filterIndex with the new one. Does nothing if the pattern
1646    * field is blank (unless the match condition is one that doesn't require a
1647    * pattern, e.g. 'Is present'). Answers true if the filter was updated, else
1648    * false.
1649    * <p>
1650    * This method may update the tooltip on the filter value field to show the
1651    * value range, if a numeric condition is selected. This ensures the tooltip
1652    * is updated when a numeric valued attribute is chosen on the last 'add a
1653    * filter' row.
1654    *
1655    * @param attCombo
1656    * @param condCombo
1657    * @param valueField
1658    * @param filterIndex
1659    */
1660   protected boolean updateFilter(JComboBox<String> attCombo,
1661           JComboBox<Condition> condCombo, JTextField valueField,
1662           int filterIndex)
1663   {
1664     String attName = (String) attCombo.getSelectedItem();
1665     Condition cond = (Condition) condCombo.getSelectedItem();
1666     String pattern = valueField.getText().trim();
1667
1668     setNumericHints(attName, cond, valueField);
1669
1670     if (pattern.length() == 0 && cond.needsAPattern())
1671     {
1672       valueField.setEnabled(true); // ensure pattern field is enabled!
1673       return false;
1674     }
1675
1676     /*
1677      * Construct a matcher that operates on Label, Score,
1678      * or named attribute
1679      */
1680     FeatureMatcherI km = null;
1681     if (LABEL_18N.equals(attName))
1682     {
1683       km = FeatureMatcher.byLabel(cond, pattern);
1684     }
1685     else if (SCORE_18N.equals(attName))
1686     {
1687       km = FeatureMatcher.byScore(cond, pattern);
1688     }
1689     else
1690     {
1691       km = FeatureMatcher.byAttribute(cond, pattern,
1692               FeatureMatcher.fromAttributeDisplayName(attName));
1693     }
1694
1695     filters.set(filterIndex, km);
1696
1697     return true;
1698   }
1699
1700   /**
1701    * Action on any change to feature filtering, namely
1702    * <ul>
1703    * <li>change of selected attribute</li>
1704    * <li>change of selected condition</li>
1705    * <li>change of match pattern</li>
1706    * <li>removal of a condition</li>
1707    * </ul>
1708    * The inputs are parsed into a combined filter and this is set for the
1709    * feature type, and the alignment redrawn.
1710    */
1711   protected void filtersChanged()
1712   {
1713     /*
1714      * update the filter conditions for the feature type
1715      */
1716     boolean anded = andFilters.isSelected();
1717     FeatureMatcherSetI combined = new FeatureMatcherSet();
1718
1719     for (FeatureMatcherI filter : filters)
1720     {
1721       String pattern = filter.getMatcher().getPattern();
1722       Condition condition = filter.getMatcher().getCondition();
1723       if (pattern.trim().length() > 0 || !condition.needsAPattern())
1724       {
1725         if (anded)
1726         {
1727           combined.and(filter);
1728         }
1729         else
1730         {
1731           combined.or(filter);
1732         }
1733       }
1734     }
1735
1736     /*
1737      * save the filter conditions in the FeatureRenderer
1738      * (note this might now be an empty filter with no conditions)
1739      */
1740     fr.setFeatureFilter(featureType, combined.isEmpty() ? null : combined);
1741     ap.paintAlignment(true, true);
1742
1743     updateFiltersTab();
1744   }
1745 }