src/jalview/gui/FeatureTypeSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.FeatureColourI;
  25 import jalview.datamodel.GraphLine;
  26 import jalview.datamodel.features.FeatureAttributes;
  27 import jalview.datamodel.features.FeatureAttributes.Datatype;
  28 import jalview.schemes.FeatureColour;
  29 import jalview.util.ColorUtils;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31 import jalview.util.matcher.Condition;
  32 import jalview.util.matcher.KeyedMatcher;
  33 import jalview.util.matcher.KeyedMatcherI;
  34 import jalview.util.matcher.KeyedMatcherSet;
  35 import jalview.util.matcher.KeyedMatcherSetI;
  36
  37 import java.awt.BorderLayout;
  38 import java.awt.Color;
  39 import java.awt.Dimension;
  40 import java.awt.FlowLayout;
  41 import java.awt.LayoutManager;
  42 import java.awt.event.ActionEvent;
  43 import java.awt.event.ActionListener;
  44 import java.awt.event.FocusAdapter;
  45 import java.awt.event.FocusEvent;
  46 import java.awt.event.ItemEvent;
  47 import java.awt.event.ItemListener;
  48 import java.awt.event.MouseAdapter;
  49 import java.awt.event.MouseEvent;
  50 import java.util.ArrayList;
  51 import java.util.List;
  52
  53 import javax.swing.BorderFactory;
  54 import javax.swing.BoxLayout;
  55 import javax.swing.ButtonGroup;
  56 import javax.swing.JButton;
  57 import javax.swing.JCheckBox;
  58 import javax.swing.JColorChooser;
  59 import javax.swing.JComboBox;
  60 import javax.swing.JLabel;
  61 import javax.swing.JPanel;
  62 import javax.swing.JRadioButton;
  63 import javax.swing.JSlider;
  64 import javax.swing.JTabbedPane;
  65 import javax.swing.JTextField;
  66 import javax.swing.SwingConstants;
  67 import javax.swing.border.LineBorder;
  68 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  69 import javax.swing.event.ChangeListener;
  70 import javax.swing.plaf.basic.BasicArrowButton;
  71
  72 /**
  73  * A dialog where the user can configure colour scheme, and any filters, for one
  74  * feature type
  75  * <p>
  76  * (Was FeatureColourChooser prior to Jalview 1.11, renamed with the addition of
  77  * filter options)
  78  */
  79 public class FeatureTypeSettings extends JalviewDialog
  80 {
  81   private static final int RADIO_WIDTH = 130;
  82
  83   private static final String COLON = ":";
  84
  85   private static final int MAX_TOOLTIP_LENGTH = 50;
  86
  87   private static final int NO_COLOUR_OPTION = 0;
  88
  89   private static final int MIN_COLOUR_OPTION = 1;
  90
  91   private static final int MAX_COLOUR_OPTION = 2;
  92
  93   private static final int ABOVE_THRESHOLD_OPTION = 1;
  94
  95   private static final int BELOW_THRESHOLD_OPTION = 2;
  96
  97   /*
  98    * FeatureRenderer holds colour scheme and filters for feature types
  99    */
 100   private final FeatureRenderer fr; // todo refactor to allow interface type here
 101
 102   /*
 103    * the view panel to update when settings change
 104    */
 105   private final AlignmentViewPanel ap;
 106
 107   private final String featureType;
 108
 109   /*
 110    * the colour and filters to reset to on Cancel
 111    */
 112   private final FeatureColourI originalColour;
 113
 114   private final KeyedMatcherSetI originalFilter;
 115
 116   /*
 117    * set flag to true when setting values programmatically,
 118    * to avoid invocation of action handlers
 119    */
 120   private boolean adjusting = false;
 121
 122   private float min;
 123
 124   private float max;
 125
 126   private float scaleFactor;
 127
 128   /*
 129    * radio button group, to select what to colour by:
 130    * simple colour, by category (text), or graduated
 131    */
 132   private JRadioButton simpleColour = new JRadioButton();
 133
 134   private JRadioButton byCategory = new JRadioButton();
 135
 136   private JRadioButton graduatedColour = new JRadioButton();
 137
 138   private JPanel singleColour = new JPanel();
 139
 140   private JPanel minColour = new JPanel();
 141
 142   private JPanel maxColour = new JPanel();
 143
 144   private JComboBox<String> threshold = new JComboBox<>();
 145
 146   private JSlider slider = new JSlider();
 147
 148   private JTextField thresholdValue = new JTextField(20);
 149
 150   private JCheckBox thresholdIsMin = new JCheckBox();
 151
 152   private GraphLine threshline;
 153
 154   private ActionListener featureSettings = null;
 155
 156   private ActionListener changeColourAction;
 157
 158   /*
 159    * choice of option for 'colour for no value'
 160    */
 161   private JComboBox<String> noValueCombo;
 162
 163   /*
 164    * choice of what to colour by text (Label or attribute)
 165    */
 166   private JComboBox<String> colourByTextCombo;
 167
 168   /*
 169    * choice of what to colour by range (Score or attribute)
 170    */
 171   private JComboBox<String> colourByRangeCombo;
 172
 173   private JRadioButton andFilters;
 174
 175   private JRadioButton orFilters;
 176
 177   /*
 178    * filters for the currently selected feature type
 179    */
 180   private List<KeyedMatcherI> filters;
 181
 182   // set white normally, black to debug layout
 183   private Color debugBorderColour = Color.white;
 184
 185   private JPanel chooseFiltersPanel;
 186
 187   private JTabbedPane tabbedPane;
 188
 189   /**
 190    * Constructor
 191    *
 192    * @param frender
 193    * @param theType
 194    */
 195   public FeatureTypeSettings(FeatureRenderer frender, String theType)
 196   {
 197     this(frender, false, theType);
 198   }
 199
 200   /**
 201    * Constructor, with option to make a blocking dialog (has to complete in the
 202    * AWT event queue thread). Currently this option is always set to false.
 203    *
 204    * @param frender
 205    * @param blocking
 206    * @param theType
 207    */
 208   FeatureTypeSettings(FeatureRenderer frender, boolean blocking,
 209           String theType)
 210   {
 211     this.fr = frender;
 212     this.featureType = theType;
 213     ap = fr.ap;
 214     originalFilter = fr.getFeatureFilter(theType);
 215     originalColour = fr.getFeatureColours().get(theType);
 216
 217     adjusting = true;
 218
 219     try
 220     {
 221       initialise();
 222     } catch (Exception ex)
 223     {
 224       ex.printStackTrace();
 225       return;
 226     }
 227
 228     updateColoursTab();
 229
 230     updateFiltersTab();
 231
 232     adjusting = false;
 233
 234     colourChanged(false);
 235
 236     String title = MessageManager
 237             .formatMessage("label.display_settings_for", new String[]
 238             { theType });
 239     initDialogFrame(this, true, blocking, title, 600, 360);
 240
 241     waitForInput();
 242   }
 243
 244   /**
 245    * Configures the widgets on the Colours tab according to the current feature
 246    * colour scheme
 247    */
 248   private void updateColoursTab()
 249   {
 250     FeatureColourI fc = fr.getFeatureColours().get(featureType);
 251
 252     /*
 253      * suppress action handling while updating values programmatically
 254      */
 255     adjusting = true;
 256     try
 257     {
 258       /*
 259        * single colour
 260        */
 261       if (fc.isSimpleColour())
 262       {
 263         simpleColour.setSelected(true);
 264         singleColour.setBackground(fc.getColour());
 265         singleColour.setForeground(fc.getColour());
 266       }
 267
 268       /*
 269        * colour by text (Label or attribute text)
 270        */
 271       if (fc.isColourByLabel())
 272       {
 273         byCategory.setSelected(true);
 274         colourByTextCombo.setEnabled(colourByTextCombo.getItemCount() > 1);
 275         if (fc.isColourByAttribute())
 276         {
 277           String[] attributeName = fc.getAttributeName();
 278           colourByTextCombo
 279                   .setSelectedItem(toAttributeDisplayName(attributeName));
 280         }
 281         else
 282         {
 283           colourByTextCombo
 284                   .setSelectedItem(MessageManager.getString("label.label"));
 285         }
 286       }
 287       else
 288       {
 289         colourByTextCombo.setEnabled(false);
 290       }
 291
 292       if (!fc.isGraduatedColour())
 293       {
 294         colourByRangeCombo.setEnabled(false);
 295         minColour.setEnabled(false);
 296         maxColour.setEnabled(false);
 297         noValueCombo.setEnabled(false);
 298         threshold.setEnabled(false);
 299         slider.setEnabled(false);
 300         thresholdValue.setEnabled(false);
 301         thresholdIsMin.setEnabled(false);
 302         return;
 303       }
 304
 305       /*
 306        * Graduated colour, by score or attribute value range
 307        */
 308       graduatedColour.setSelected(true);
 309       colourByRangeCombo.setEnabled(colourByRangeCombo.getItemCount() > 1);
 310       minColour.setEnabled(true);
 311       maxColour.setEnabled(true);
 312       noValueCombo.setEnabled(true);
 313       threshold.setEnabled(true);
 314       minColour.setBackground(fc.getMinColour());
 315       maxColour.setBackground(fc.getMaxColour());
 316
 317       if (fc.isColourByAttribute())
 318       {
 319         String[] attributeName = fc.getAttributeName();
 320         colourByRangeCombo
 321                 .setSelectedItem(toAttributeDisplayName(attributeName));
 322       }
 323       else
 324       {
 325         colourByRangeCombo
 326                 .setSelectedItem(MessageManager.getString("label.score"));
 327       }
 328       Color noColour = fc.getNoColour();
 329       if (noColour == null)
 330       {
 331         noValueCombo.setSelectedIndex(NO_COLOUR_OPTION);
 332       }
 333       else if (noColour.equals(fc.getMinColour()))
 334       {
 335         noValueCombo.setSelectedIndex(MIN_COLOUR_OPTION);
 336       }
 337       else if (noColour.equals(fc.getMaxColour()))
 338       {
 339         noValueCombo.setSelectedIndex(MAX_COLOUR_OPTION);
 340       }
 341
 342       /*
 343        * update min-max scaling if there is a range to work with,
 344        * else disable the widgets (this shouldn't happen if only
 345        * valid options are offered in the combo box)
 346        */
 347       scaleFactor = (max == min) ? 1f : 100f / (max - min);
 348       float range = (max - min) * scaleFactor;
 349       slider.setMinimum((int) (min * scaleFactor));
 350       slider.setMaximum((int) (max * scaleFactor));
 351       slider.setMajorTickSpacing((int) (range / 10f));
 352
 353       threshline = new GraphLine((max - min) / 2f, "Threshold",
 354               Color.black);
 355       threshline.value = fc.getThreshold();
 356
 357       if (fc.hasThreshold())
 358       {
 359         threshold.setSelectedIndex(
 360                 fc.isAboveThreshold() ? ABOVE_THRESHOLD_OPTION
 361                         : BELOW_THRESHOLD_OPTION);
 362         slider.setEnabled(true);
 363         slider.setValue((int) (fc.getThreshold() * scaleFactor));
 364         thresholdValue.setText(String.valueOf(getRoundedSliderValue()));
 365         thresholdValue.setEnabled(true);
 366         thresholdIsMin.setEnabled(true);
 367       }
 368       else
 369       {
 370         slider.setEnabled(false);
 371         thresholdValue.setEnabled(false);
 372         thresholdIsMin.setEnabled(false);
 373       }
 374       thresholdIsMin.setSelected(!fc.isAutoScaled());
 375     } finally
 376     {
 377       adjusting = false;
 378     }
 379   }
 380
 381   /**
 382    * Configures the initial layout
 383    */
 384   private void initialise()
 385   {
 386     this.setLayout(new BorderLayout());
 387     tabbedPane = new JTabbedPane();
 388     this.add(tabbedPane, BorderLayout.CENTER);
 389
 390     /*
 391      * an ActionListener that applies colour changes
 392      */
 393     changeColourAction = new ActionListener()
 394     {
 395       @Override
 396       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 397       {
 398         colourChanged(true);
 399       }
 400     };
 401
 402     /*
 403      * first tab: colour options
 404      */
 405     JPanel coloursPanel = initialiseColoursPanel();
 406     tabbedPane.addTab(MessageManager.getString("action.colour"),
 407             coloursPanel);
 408
 409     /*
 410      * second tab: filter options
 411      */
 412     JPanel filtersPanel = initialiseFiltersPanel();
 413     tabbedPane.addTab(MessageManager.getString("label.filters"),
 414             filtersPanel);
 415
 416     JPanel okCancelPanel = initialiseOkCancelPanel();
 417
 418     this.add(okCancelPanel, BorderLayout.SOUTH);
 419   }
 420
 421   /**
 422    * Updates the min-max range if Colour By selected item is Score, or an
 423    * attribute, with a min-max range
 424    */
 425   protected void updateMinMax()
 426   {
 427     if (!graduatedColour.isSelected())
 428     {
 429       return;
 430     }
 431
 432     float[] minMax = null;
 433     String colourBy = (String) colourByRangeCombo.getSelectedItem();
 434     if (MessageManager.getString("label.score").equals(colourBy))
 435     {
 436       minMax = fr.getMinMax().get(featureType)[0];
 437     }
 438     else
 439     {
 440       // colour by attribute range
 441       String[] attNames = fromAttributeDisplayName(colourBy);
 442       minMax = FeatureAttributes.getInstance().getMinMax(featureType,
 443               attNames);
 444     }
 445
 446     if (minMax != null)
 447     {
 448       min = minMax[0];
 449       max = minMax[1];
 450     }
 451   }
 452
 453   /**
 454    * Lay out fields for graduated colour (by score or attribute value)
 455    *
 456    * @return
 457    */
 458   private JPanel initialiseGraduatedColourPanel()
 459   {
 460     JPanel graduatedColourPanel = new JPanel();
 461     graduatedColourPanel.setLayout(
 462             new BoxLayout(graduatedColourPanel, BoxLayout.Y_AXIS));
 463     JvSwingUtils.createTitledBorder(graduatedColourPanel,
 464             MessageManager.getString("label.graduated_colour"), true);
 465     graduatedColourPanel.setBackground(Color.white);
 466
 467     /*
 468      * first row: graduated colour radio button, score/attribute drop-down
 469      */
 470     JPanel graduatedChoicePanel = new JPanel(
 471             new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 472     graduatedChoicePanel.setBackground(Color.white);
 473     graduatedColour = new JRadioButton(
 474             MessageManager.getString("label.by_range_of") + COLON);
 475     graduatedColour.setPreferredSize(new Dimension(RADIO_WIDTH, 20));
 476     graduatedColour.addItemListener(new ItemListener()
 477     {
 478       @Override
 479       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 480       {
 481         if (graduatedColour.isSelected())
 482         {
 483           colourChanged(true);
 484         }
 485       }
 486     });
 487     graduatedChoicePanel.add(graduatedColour);
 488
 489     List<String[]> attNames = FeatureAttributes.getInstance()
 490             .getAttributes(featureType);
 491     colourByRangeCombo = populateAttributesDropdown(attNames, true, false);
 492     colourByRangeCombo.addItemListener(new ItemListener()
 493     {
 494       @Override
 495       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 496       {
 497         colourChanged(true);
 498       }
 499     });
 500
 501     /*
 502      * disable graduated colour option if no range found
 503      */
 504     graduatedColour.setEnabled(colourByRangeCombo.getItemCount() > 0);
 505
 506     graduatedChoicePanel.add(colourByRangeCombo);
 507     graduatedColourPanel.add(graduatedChoicePanel);
 508
 509     /*
 510      * second row - min/max/no colours
 511      */
 512     JPanel colourRangePanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 513     colourRangePanel.setBackground(Color.white);
 514     graduatedColourPanel.add(colourRangePanel);
 515
 516     minColour.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 517     minColour.setBorder(BorderFactory.createLineBorder(Color.black));
 518     minColour.setPreferredSize(new Dimension(40, 20));
 519     minColour.setToolTipText(MessageManager.getString("label.min_colour"));
 520     minColour.addMouseListener(new MouseAdapter()
 521     {
 522       @Override
 523       public void mousePressed(MouseEvent e)
 524       {
 525         if (minColour.isEnabled())
 526         {
 527           showColourChooser(minColour, "label.select_colour_minimum_value");
 528         }
 529       }
 530     });
 531
 532     maxColour.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 533     maxColour.setBorder(BorderFactory.createLineBorder(Color.black));
 534     maxColour.setPreferredSize(new Dimension(40, 20));
 535     maxColour.setToolTipText(MessageManager.getString("label.max_colour"));
 536     maxColour.addMouseListener(new MouseAdapter()
 537     {
 538       @Override
 539       public void mousePressed(MouseEvent e)
 540       {
 541         if (maxColour.isEnabled())
 542         {
 543           showColourChooser(maxColour, "label.select_colour_maximum_value");
 544         }
 545       }
 546     });
 547     maxColour.setBorder(new LineBorder(Color.black));
 548
 549     /*
 550      * default max colour to current colour (if a plain colour),
 551      * or to Black if colour by label;  make min colour a pale
 552      * version of max colour
 553      */
 554     FeatureColourI fc = fr.getFeatureColours().get(featureType);
 555     Color bg = fc.isSimpleColour() ? fc.getColour() : Color.BLACK;
 556     maxColour.setBackground(bg);
 557     minColour.setBackground(ColorUtils.bleachColour(bg, 0.9f));
 558
 559     noValueCombo = new JComboBox<>();
 560     noValueCombo.addItem(MessageManager.getString("label.no_colour"));
 561     noValueCombo.addItem(MessageManager.getString("label.min_colour"));
 562     noValueCombo.addItem(MessageManager.getString("label.max_colour"));
 563     noValueCombo.addItemListener(new ItemListener()
 564     {
 565       @Override
 566       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 567       {
 568         colourChanged(true);
 569       }
 570     });
 571
 572     JLabel minText = new JLabel(
 573             MessageManager.getString("label.min_value") + COLON);
 574     minText.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 575     JLabel maxText = new JLabel(
 576             MessageManager.getString("label.max_value") + COLON);
 577     maxText.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 578     JLabel noText = new JLabel(
 579             MessageManager.getString("label.no_value") + COLON);
 580     noText.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 581
 582     colourRangePanel.add(minText);
 583     colourRangePanel.add(minColour);
 584     colourRangePanel.add(maxText);
 585     colourRangePanel.add(maxColour);
 586     colourRangePanel.add(noText);
 587     colourRangePanel.add(noValueCombo);
 588
 589     /*
 590      * third row - threshold options and value
 591      */
 592     JPanel thresholdPanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 593     thresholdPanel.setBackground(Color.white);
 594     graduatedColourPanel.add(thresholdPanel);
 595
 596     threshold.addActionListener(changeColourAction);
 597     threshold.setToolTipText(MessageManager
 598             .getString("label.threshold_feature_display_by_score"));
 599     threshold.addItem(MessageManager
 600             .getString("label.threshold_feature_no_threshold")); // index 0
 601     threshold.addItem(MessageManager
 602             .getString("label.threshold_feature_above_threshold")); // index 1
 603     threshold.addItem(MessageManager
 604             .getString("label.threshold_feature_below_threshold")); // index 2
 605
 606     thresholdValue.addActionListener(new ActionListener()
 607     {
 608       @Override
 609       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 610       {
 611         thresholdValue_actionPerformed();
 612       }
 613     });
 614     thresholdValue.addFocusListener(new FocusAdapter()
 615     {
 616       @Override
 617       public void focusLost(FocusEvent e)
 618       {
 619         thresholdValue_actionPerformed();
 620       }
 621     });
 622     slider.setPaintLabels(false);
 623     slider.setPaintTicks(true);
 624     slider.setBackground(Color.white);
 625     slider.setEnabled(false);
 626     slider.setOpaque(false);
 627     slider.setPreferredSize(new Dimension(100, 32));
 628     slider.setToolTipText(
 629             MessageManager.getString("label.adjust_threshold"));
 630
 631     slider.addChangeListener(new ChangeListener()
 632     {
 633       @Override
 634       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 635       {
 636         if (!adjusting)
 637         {
 638           thresholdValue
 639                   .setText(String.valueOf(slider.getValue() / scaleFactor));
 640           sliderValueChanged();
 641         }
 642       }
 643     });
 644     slider.addMouseListener(new MouseAdapter()
 645     {
 646       @Override
 647       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 648       {
 649         /*
 650          * only update Overview and/or structure colouring
 651          * when threshold slider drag ends (mouse up)
 652          */
 653         if (ap != null)
 654         {
 655           ap.paintAlignment(true, true);
 656         }
 657       }
 658     });
 659
 660     thresholdValue.setEnabled(false);
 661     thresholdValue.setColumns(7);
 662
 663     thresholdPanel.add(threshold);
 664     thresholdPanel.add(slider);
 665     thresholdPanel.add(thresholdValue);
 666
 667     thresholdIsMin.setBackground(Color.white);
 668     thresholdIsMin
 669             .setText(MessageManager.getString("label.threshold_minmax"));
 670     thresholdIsMin.setToolTipText(MessageManager
 671             .getString("label.toggle_absolute_relative_display_threshold"));
 672     thresholdIsMin.addActionListener(changeColourAction);
 673     thresholdPanel.add(thresholdIsMin);
 674
 675     return graduatedColourPanel;
 676   }
 677
 678   /**
 679    * Lay out OK and Cancel buttons
 680    *
 681    * @return
 682    */
 683   private JPanel initialiseOkCancelPanel()
 684   {
 685     JPanel okCancelPanel = new JPanel();
 686     // okCancelPanel.setBackground(Color.white);
 687     okCancelPanel.add(ok);
 688     okCancelPanel.add(cancel);
 689     return okCancelPanel;
 690   }
 691
 692   /**
 693    * Lay out Colour options panel, containing
 694    * <ul>
 695    * <li>plain colour, with colour picker</li>
 696    * <li>colour by text, with choice of Label or other attribute</li>
 697    * <li>colour by range, of score or other attribute, when available</li>
 698    * </ul>
 699    *
 700    * @return
 701    */
 702   private JPanel initialiseColoursPanel()
 703   {
 704     JPanel colourByPanel = new JPanel();
 705     colourByPanel.setLayout(new BoxLayout(colourByPanel, BoxLayout.Y_AXIS));
 706
 707     /*
 708      * simple colour radio button and colour picker
 709      */
 710     JPanel simpleColourPanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 711     simpleColourPanel.setBackground(Color.white);
 712     JvSwingUtils.createTitledBorder(simpleColourPanel,
 713             MessageManager.getString("label.simple"), true);
 714     colourByPanel.add(simpleColourPanel);
 715
 716     simpleColour = new JRadioButton(
 717             MessageManager.getString("label.simple_colour"));
 718     simpleColour.setPreferredSize(new Dimension(RADIO_WIDTH, 20));
 719     simpleColour.addItemListener(new ItemListener()
 720     {
 721       @Override
 722       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 723       {
 724         if (simpleColour.isSelected() && !adjusting)
 725         {
 726           showColourChooser(singleColour, "label.select_colour");
 727         }
 728       }
 729
 730     });
 731
 732     singleColour.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 733     singleColour.setBorder(BorderFactory.createLineBorder(Color.black));
 734     singleColour.setPreferredSize(new Dimension(40, 20));
 735     singleColour.addMouseListener(new MouseAdapter()
 736     {
 737       @Override
 738       public void mousePressed(MouseEvent e)
 739       {
 740         if (simpleColour.isSelected())
 741         {
 742           showColourChooser(singleColour, "label.select_colour");
 743         }
 744       }
 745     });
 746     simpleColourPanel.add(simpleColour); // radio button
 747     simpleColourPanel.add(singleColour); // colour picker button
 748
 749     /*
 750      * colour by text (category) radio button and drop-down choice list
 751      */
 752     JPanel byTextPanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 753     byTextPanel.setBackground(Color.white);
 754     JvSwingUtils.createTitledBorder(byTextPanel,
 755             MessageManager.getString("label.colour_by_text"), true);
 756     colourByPanel.add(byTextPanel);
 757     byCategory = new JRadioButton(
 758             MessageManager.getString("label.by_text_of") + COLON);
 759     byCategory.setPreferredSize(new Dimension(RADIO_WIDTH, 20));
 760     byCategory.addItemListener(new ItemListener()
 761     {
 762       @Override
 763       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 764       {
 765         if (byCategory.isSelected())
 766         {
 767           colourChanged(true);
 768         }
 769       }
 770     });
 771     byTextPanel.add(byCategory);
 772
 773     List<String[]> attNames = FeatureAttributes.getInstance()
 774             .getAttributes(featureType);
 775     colourByTextCombo = populateAttributesDropdown(attNames, false, true);
 776     colourByTextCombo.addItemListener(new ItemListener()
 777     {
 778       @Override
 779       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 780       {
 781         colourChanged(true);
 782       }
 783     });
 784     byTextPanel.add(colourByTextCombo);
 785
 786     /*
 787      * graduated colour panel
 788      */
 789     JPanel graduatedColourPanel = initialiseGraduatedColourPanel();
 790     colourByPanel.add(graduatedColourPanel);
 791
 792     /*
 793      * 3 radio buttons select between simple colour,
 794      * by category (text), or graduated
 795      */
 796     ButtonGroup bg = new ButtonGroup();
 797     bg.add(simpleColour);
 798     bg.add(byCategory);
 799     bg.add(graduatedColour);
 800
 801     return colourByPanel;
 802   }
 803
 804   private void showColourChooser(JPanel colourPanel, String key)
 805   {
 806     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 807             MessageManager.getString(key), colourPanel.getBackground());
 808     if (col != null)
 809     {
 810       colourPanel.setBackground(col);
 811       colourPanel.setForeground(col);
 812     }
 813     colourPanel.repaint();
 814     colourChanged(true);
 815   }
 816
 817   /**
 818    * Constructs and sets the selected colour options as the colour for the feature
 819    * type, and repaints the alignment, and optionally the Overview and/or
 820    * structure viewer if open
 821    *
 822    * @param updateStructsAndOverview
 823    */
 824   void colourChanged(boolean updateStructsAndOverview)
 825   {
 826     if (adjusting)
 827     {
 828       /*
 829        * ignore action handlers while setting values programmatically
 830        */
 831       return;
 832     }
 833
 834     /*
 835      * ensure min-max range is for the latest choice of
 836      * 'graduated colour by'
 837      */
 838     updateMinMax();
 839
 840     FeatureColourI acg = makeColourFromInputs();
 841
 842     /*
 843      * save the colour, and repaint stuff
 844      */
 845     fr.setColour(featureType, acg);
 846     ap.paintAlignment(updateStructsAndOverview, updateStructsAndOverview);
 847
 848     updateColoursTab();
 849   }
 850
 851   /**
 852    * Converts the input values into an instance of FeatureColour
 853    *
 854    * @return
 855    */
 856   private FeatureColourI makeColourFromInputs()
 857   {
 858     /*
 859      * easiest case - a single colour
 860      */
 861     if (simpleColour.isSelected())
 862     {
 863       return new FeatureColour(singleColour.getBackground());
 864     }
 865
 866     /*
 867      * next easiest case - colour by Label, or attribute text
 868      */
 869     if (byCategory.isSelected())
 870     {
 871       Color c = this.getBackground();
 872       FeatureColourI fc = new FeatureColour(c, c, null, 0f, 0f);
 873       fc.setColourByLabel(true);
 874       String byWhat = (String) colourByTextCombo.getSelectedItem();
 875       if (!MessageManager.getString("label.label").equals(byWhat))
 876       {
 877         fc.setAttributeName(fromAttributeDisplayName(byWhat));
 878       }
 879       return fc;
 880     }
 881
 882     /*
 883      * remaining case - graduated colour by score, or attribute value
 884      */
 885     Color noColour = null;
 886     if (noValueCombo.getSelectedIndex() == MIN_COLOUR_OPTION)
 887     {
 888       noColour = minColour.getBackground();
 889     }
 890     else if (noValueCombo.getSelectedIndex() == MAX_COLOUR_OPTION)
 891     {
 892       noColour = maxColour.getBackground();
 893     }
 894
 895     float thresh = 0f;
 896     try
 897     {
 898       thresh = Float.valueOf(thresholdValue.getText());
 899     } catch (NumberFormatException e)
 900     {
 901       // invalid inputs are already handled on entry
 902     }
 903
 904     /*
 905      * min-max range is to (or from) threshold value if
 906      * 'threshold is min/max' is selected
 907      */
 908     float minValue = min;
 909     float maxValue = max;
 910     final int thresholdOption = threshold.getSelectedIndex();
 911     if (thresholdIsMin.isSelected()
 912             && thresholdOption == ABOVE_THRESHOLD_OPTION)
 913     {
 914       minValue = thresh;
 915     }
 916     if (thresholdIsMin.isSelected()
 917             && thresholdOption == BELOW_THRESHOLD_OPTION)
 918     {
 919       maxValue = thresh;
 920     }
 921
 922     /*
 923      * make the graduated colour
 924      */
 925     FeatureColourI fc = new FeatureColour(minColour.getBackground(),
 926             maxColour.getBackground(), noColour, minValue, maxValue);
 927
 928     /*
 929      * set attribute to colour by if selected
 930      */
 931     String byWhat = (String) colourByRangeCombo.getSelectedItem();
 932     if (!MessageManager.getString("label.score").equals(byWhat))
 933     {
 934       fc.setAttributeName(fromAttributeDisplayName(byWhat));
 935     }
 936
 937     /*
 938      * set threshold options and 'autoscaled' which is
 939      * false if 'threshold is min/max' is selected
 940      * else true (colour range is on actual range of values)
 941      */
 942     fc.setThreshold(thresh);
 943     fc.setAutoScaled(!thresholdIsMin.isSelected());
 944     fc.setAboveThreshold(thresholdOption == ABOVE_THRESHOLD_OPTION);
 945     fc.setBelowThreshold(thresholdOption == BELOW_THRESHOLD_OPTION);
 946
 947     if (threshline == null)
 948     {
 949       /*
 950        * todo not yet implemented: visual indication of feature threshold
 951        */
 952       threshline = new GraphLine((max - min) / 2f, "Threshold",
 953               Color.black);
 954     }
 955
 956     return fc;
 957   }
 958
 959   /**
 960    * A helper method that converts a 'compound' attribute name from its display
 961    * form, e.g. CSQ:PolyPhen to array form, e.g. { "CSQ", "PolyPhen" }
 962    *
 963    * @param attribute
 964    * @return
 965    */
 966   private String[] fromAttributeDisplayName(String attribute)
 967   {
 968     return attribute == null ? null : attribute.split(COLON);
 969   }
 970
 971   /**
 972    * A helper method that converts a 'compound' attribute name to its display
 973    * form, e.g. CSQ:PolyPhen from its array form, e.g. { "CSQ", "PolyPhen" }
 974    *
 975    * @param attName
 976    * @return
 977    */
 978   private String toAttributeDisplayName(String[] attName)
 979   {
 980     return attName == null ? "" : String.join(COLON, attName);
 981   }
 982
 983   @Override
 984   protected void raiseClosed()
 985   {
 986     if (this.featureSettings != null)
 987     {
 988       featureSettings.actionPerformed(new ActionEvent(this, 0, "CLOSED"));
 989     }
 990   }
 991
 992   /**
 993    * Action on OK is just to dismiss the dialog - any changes have already been
 994    * applied
 995    */
 996   @Override
 997   public void okPressed()
 998   {
 999   }
1000
1001   /**
1002    * Action on Cancel is to restore colour scheme and filters as they were when
1003    * the dialog was opened
1004    */
1005   @Override
1006   public void cancelPressed()
1007   {
1008     fr.setColour(featureType, originalColour);
1009     fr.setFeatureFilter(featureType, originalFilter);
1010     ap.paintAlignment(true, true);
1011   }
1012
1013   /**
1014    * Action on text entry of a threshold value
1015    */
1016   protected void thresholdValue_actionPerformed()
1017   {
1018     try
1019     {
1020       adjusting = true;
1021       float f = Float.parseFloat(thresholdValue.getText());
1022       slider.setValue((int) (f * scaleFactor));
1023       threshline.value = f;
1024       thresholdValue.setBackground(Color.white); // ok
1025
1026       /*
1027        * force repaint of any Overview window or structure
1028        */
1029       ap.paintAlignment(true, true);
1030     } catch (NumberFormatException ex)
1031     {
1032       thresholdValue.setBackground(Color.red); // not ok
1033     } finally
1034     {
1035       adjusting = false;
1036     }
1037   }
1038
1039   /**
1040    * Action on change of threshold slider value. This may be done interactively
1041    * (by moving the slider), or programmatically (to update the slider after
1042    * manual input of a threshold value).
1043    */
1044   protected void sliderValueChanged()
1045   {
1046     threshline.value = getRoundedSliderValue();
1047
1048     /*
1049      * repaint alignment, but not Overview or structure,
1050      * to avoid overload while dragging the slider
1051      */
1052     colourChanged(false);
1053   }
1054
1055   /**
1056    * Converts the slider value to its absolute value by dividing by the
1057    * scaleFactor. Rounding errors are squashed by forcing min/max of slider range
1058    * to the actual min/max of feature score range
1059    *
1060    * @return
1061    */
1062   private float getRoundedSliderValue()
1063   {
1064     int value = slider.getValue();
1065     float f = value == slider.getMaximum() ? max
1066             : (value == slider.getMinimum() ? min : value / scaleFactor);
1067     return f;
1068   }
1069
1070   void addActionListener(ActionListener listener)
1071   {
1072     if (featureSettings != null)
1073     {
1074       System.err.println(
1075               "IMPLEMENTATION ISSUE: overwriting action listener for FeatureColourChooser");
1076     }
1077     featureSettings = listener;
1078   }
1079
1080   /**
1081    * A helper method to build the drop-down choice of attributes for a feature. If
1082    * 'withRange' is true, then Score, and any attributes with a min-max range, are
1083    * added. If 'withText' is true, Label and any known attributes are added. This
1084    * allows 'categorical numerical' attributes e.g. codon position to be coloured
1085    * by text.
1086    * <p>
1087    * Where metadata is available with a description for an attribute, that is
1088    * added as a tooltip.
1089    * <p>
1090    * Attribute names may be 'simple' e.g. "AC" or 'compound' e.g. {"CSQ",
1091    * "Allele"}. Compound names are rendered for display as (e.g.) CSQ:Allele.
1092    * <p>
1093    * This method does not add any ActionListener to the JComboBox.
1094    *
1095    * @param attNames
1096    * @param withRange
1097    * @param withText
1098    */
1099   protected JComboBox<String> populateAttributesDropdown(
1100           List<String[]> attNames, boolean withRange, boolean withText)
1101   {
1102     List<String> displayAtts = new ArrayList<>();
1103     List<String> tooltips = new ArrayList<>();
1104
1105     if (withText)
1106     {
1107       displayAtts.add(MessageManager.getString("label.label"));
1108       tooltips.add(MessageManager.getString("label.description"));
1109     }
1110     if (withRange)
1111     {
1112       float[][] minMax = fr.getMinMax().get(featureType);
1113       if (minMax != null && minMax[0][0] != minMax[0][1])
1114       {
1115         displayAtts.add(MessageManager.getString("label.score"));
1116         tooltips.add(MessageManager.getString("label.score"));
1117       }
1118     }
1119
1120     FeatureAttributes fa = FeatureAttributes.getInstance();
1121     for (String[] attName : attNames)
1122     {
1123       float[] minMax = fa.getMinMax(featureType, attName);
1124       boolean hasRange = minMax != null && minMax[0] != minMax[1];
1125       if (!withText && !hasRange)
1126       {
1127         continue;
1128       }
1129       displayAtts.add(toAttributeDisplayName(attName));
1130       String desc = fa.getDescription(featureType, attName);
1131       if (desc != null && desc.length() > MAX_TOOLTIP_LENGTH)
1132       {
1133         desc = desc.substring(0, MAX_TOOLTIP_LENGTH) + "...";
1134       }
1135       tooltips.add(desc == null ? "" : desc);
1136     }
1137
1138     JComboBox<String> attCombo = JvSwingUtils
1139             .buildComboWithTooltips(displayAtts, tooltips);
1140
1141     return attCombo;
1142   }
1143
1144   /**
1145    * Populates initial layout of the feature attribute filters panel
1146    */
1147   private JPanel initialiseFiltersPanel()
1148   {
1149     filters = new ArrayList<>();
1150
1151     JPanel filtersPanel = new JPanel();
1152     filtersPanel.setLayout(new BoxLayout(filtersPanel, BoxLayout.Y_AXIS));
1153     filtersPanel.setBackground(Color.white);
1154     JvSwingUtils.createTitledBorder(filtersPanel,
1155             MessageManager.getString("label.filters"), true);
1156
1157     JPanel andOrPanel = initialiseAndOrPanel();
1158     filtersPanel.add(andOrPanel);
1159
1160     /*
1161      * panel with filters - populated by refreshFiltersDisplay
1162      */
1163     chooseFiltersPanel = new JPanel();
1164     LayoutManager box = new BoxLayout(chooseFiltersPanel, BoxLayout.Y_AXIS);
1165     chooseFiltersPanel.setLayout(box);
1166     filtersPanel.add(chooseFiltersPanel);
1167
1168     return filtersPanel;
1169   }
1170
1171   /**
1172    * Lays out the panel with radio buttons to AND or OR filter conditions
1173    *
1174    * @return
1175    */
1176   private JPanel initialiseAndOrPanel()
1177   {
1178     JPanel andOrPanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
1179     andOrPanel.setBackground(Color.white);
1180     andOrPanel.setBorder(BorderFactory.createLineBorder(debugBorderColour));
1181     andFilters = new JRadioButton(MessageManager.getString("label.and"));
1182     orFilters = new JRadioButton(MessageManager.getString("label.or"));
1183     ActionListener actionListener = new ActionListener()
1184     {
1185       @Override
1186       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1187       {
1188         filtersChanged();
1189       }
1190     };
1191     andFilters.addActionListener(actionListener);
1192     orFilters.addActionListener(actionListener);
1193     ButtonGroup andOr = new ButtonGroup();
1194     andOr.add(andFilters);
1195     andOr.add(orFilters);
1196     andFilters.setSelected(true);
1197     andOrPanel.add(
1198             new JLabel(MessageManager.getString("label.join_conditions")));
1199     andOrPanel.add(andFilters);
1200     andOrPanel.add(orFilters);
1201     return andOrPanel;
1202   }
1203
1204   /**
1205    * Refreshes the display to show any filters currently configured for the
1206    * selected feature type (editable, with 'remove' option), plus one extra row
1207    * for adding a condition. This should be called after a filter has been
1208    * removed, added or amended.
1209    */
1210   private void updateFiltersTab()
1211   {
1212     /*
1213      * clear the panel and list of filter conditions
1214      */
1215     chooseFiltersPanel.removeAll();
1216     filters.clear();
1217
1218     /*
1219      * look up attributes known for feature type
1220      */
1221     List<String[]> attNames = FeatureAttributes.getInstance()
1222             .getAttributes(featureType);
1223
1224     /*
1225      * if this feature type has filters set, load them first
1226      */
1227     KeyedMatcherSetI featureFilters = fr.getFeatureFilter(featureType);
1228     if (featureFilters != null)
1229     {
1230       if (!featureFilters.isAnded())
1231       {
1232         orFilters.setSelected(true);
1233       }
1234       featureFilters.getMatchers().forEach(matcher -> filters.add(matcher));
1235     }
1236
1237     /*
1238      * and an empty filter for the user to populate (add)
1239      */
1240     KeyedMatcherI noFilter = new KeyedMatcher(Condition.values()[0], "",
1241             (String) null);
1242     filters.add(noFilter);
1243
1244     /*
1245      * render the conditions in rows, each in its own JPanel
1246      */
1247     int filterIndex = 0;
1248     for (KeyedMatcherI filter : filters)
1249     {
1250       String[] attName = filter.getKey();
1251       Condition condition = filter.getMatcher().getCondition();
1252       String pattern = filter.getMatcher().getPattern();
1253       JPanel row = addFilter(attName, attNames, condition, pattern,
1254               filterIndex);
1255       row.setBorder(BorderFactory.createLineBorder(debugBorderColour));
1256       chooseFiltersPanel.add(row);
1257       filterIndex++;
1258     }
1259
1260     this.validate();
1261     this.repaint();
1262   }
1263
1264   /**
1265    * A helper method that constructs a row (panel) with one filter condition:
1266    * <ul>
1267    * <li>a drop-down list of attribute names to choose from</li>
1268    * <li>a drop-down list of conditions to choose from</li>
1269    * <li>a text field for input of a match pattern</li>
1270    * <li>optionally, a 'remove' button</li>
1271    * </ul>
1272    * If attribute, condition or pattern are not null, they are set as defaults for
1273    * the input fields. The 'remove' button is added unless the pattern is null or
1274    * empty (incomplete filter condition).
1275    *
1276    * @param attName
1277    * @param attNames
1278    * @param cond
1279    * @param pattern
1280    * @param filterIndex
1281    * @return
1282    */
1283   protected JPanel addFilter(String[] attName, List<String[]> attNames,
1284           Condition cond, String pattern, int filterIndex)
1285   {
1286     JPanel filterRow = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
1287     filterRow.setBackground(Color.white);
1288
1289     /*
1290      * drop-down choice of attribute, with description as a tooltip
1291      * if we can obtain it
1292      */
1293     final JComboBox<String> attCombo = populateAttributesDropdown(attNames,
1294             true, true);
1295     JComboBox<Condition> condCombo = new JComboBox<>();
1296     JTextField patternField = new JTextField(8);
1297
1298     /*
1299      * action handlers that validate and (if valid) apply changes
1300      */
1301     ActionListener actionListener = new ActionListener()
1302     {
1303       @Override
1304       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1305       {
1306         if (attCombo.getSelectedItem() != null)
1307         {
1308           if (validateFilter(patternField, condCombo))
1309           {
1310             updateFilter(attCombo, condCombo, patternField, filterIndex);
1311             filtersChanged();
1312           }
1313         }
1314       }
1315     };
1316     ItemListener itemListener = new ItemListener()
1317     {
1318       @Override
1319       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
1320       {
1321         actionListener.actionPerformed(null);
1322       }
1323     };
1324
1325     if (attName == null) // the 'add a condition' row
1326     {
1327       attCombo.setSelectedIndex(0);
1328     }
1329     else
1330     {
1331       attCombo.setSelectedItem(toAttributeDisplayName(attName));
1332     }
1333     attCombo.addItemListener(new ItemListener()
1334     {
1335       @Override
1336       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
1337       {
1338         /*
1339          * on change of attribute, refresh the conditions list to
1340          * ensure it is appropriate for the attribute datatype
1341          */
1342         populateConditions((String) attCombo.getSelectedItem(),
1343                 (Condition) condCombo.getSelectedItem(), condCombo);
1344         actionListener.actionPerformed(null);
1345       }
1346     });
1347
1348     filterRow.add(attCombo);
1349
1350     /*
1351      * drop-down choice of test condition
1352      */
1353     populateConditions((String) attCombo.getSelectedItem(), cond,
1354             condCombo);
1355     condCombo.addItemListener(itemListener);
1356     filterRow.add(condCombo);
1357
1358     /*
1359      * pattern to match against
1360      */
1361     patternField.setText(pattern);
1362     patternField.addActionListener(actionListener);
1363     patternField.addFocusListener(new FocusAdapter()
1364     {
1365       @Override
1366       public void focusLost(FocusEvent e)
1367       {
1368         actionListener.actionPerformed(null);
1369       }
1370     });
1371     filterRow.add(patternField);
1372
1373     /*
1374      * add remove button if filter is populated (non-empty pattern)
1375      */
1376     if (pattern != null && pattern.trim().length() > 0)
1377     {
1378       // todo: gif for button drawing '-' or 'x'
1379       JButton removeCondition = new BasicArrowButton(SwingConstants.WEST);
1380       removeCondition
1381               .setToolTipText(MessageManager.getString("label.delete_row"));
1382       removeCondition.addActionListener(new ActionListener()
1383       {
1384         @Override
1385         public void actionPerformed(ActionEvent e)
1386         {
1387           filters.remove(filterIndex);
1388           filtersChanged();
1389         }
1390       });
1391       filterRow.add(removeCondition);
1392     }
1393
1394     return filterRow;
1395   }
1396
1397   /**
1398    * Populates the drop-down list of comparison conditions for the given attribute
1399    * name. The conditions added depend on the datatype of the attribute values.
1400    * The supplied condition is set as the selected item in the list, provided it
1401    * is in the list.
1402    *
1403    * @param attName
1404    * @param cond
1405    * @param condCombo
1406    */
1407   private void populateConditions(String attName, Condition cond,
1408           JComboBox<Condition> condCombo)
1409   {
1410     Datatype type = FeatureAttributes.getInstance().getDatatype(featureType,
1411             fromAttributeDisplayName(attName));
1412     if (MessageManager.getString("label.label").equals(attName))
1413     {
1414       type = Datatype.Character;
1415     }
1416     else if (MessageManager.getString("label.score").equals(attName))
1417     {
1418       type = Datatype.Number;
1419     }
1420
1421     /*
1422      * remove itemListener before starting
1423      */
1424     ItemListener listener = condCombo.getItemListeners()[0];
1425     condCombo.removeItemListener(listener);
1426     boolean condIsValid = false;
1427     condCombo.removeAllItems();
1428     for (Condition c : Condition.values())
1429     {
1430       if ((c.isNumeric() && type != Datatype.Character)
1431               || (!c.isNumeric() && type != Datatype.Number))
1432       {
1433         condCombo.addItem(c);
1434         if (c == cond)
1435         {
1436           condIsValid = true;
1437         }
1438       }
1439     }
1440
1441     /*
1442      * set the selected condition (does nothing if not in the list)
1443      */
1444     if (condIsValid)
1445     {
1446       condCombo.setSelectedItem(cond);
1447     }
1448     else
1449     {
1450       condCombo.setSelectedIndex(0);
1451     }
1452
1453     condCombo.addItemListener(listener);
1454   }
1455
1456   /**
1457    * Answers true unless a numeric condition has been selected with a non-numeric
1458    * value. Sets the value field to RED with a tooltip if in error.
1459    * <p>
1460    * If the pattern entered is empty, this method returns false, but does not mark
1461    * the field as invalid. This supports selecting an attribute for a new
1462    * condition before a match pattern has been entered.
1463    *
1464    * @param value
1465    * @param condCombo
1466    */
1467   protected boolean validateFilter(JTextField value,
1468           JComboBox<Condition> condCombo)
1469   {
1470     if (value == null || condCombo == null)
1471     {
1472       return true; // fields not populated
1473     }
1474
1475     Condition cond = (Condition) condCombo.getSelectedItem();
1476     value.setBackground(Color.white);
1477     value.setToolTipText("");
1478     String v1 = value.getText().trim();
1479     if (v1.length() == 0)
1480     {
1481       return false;
1482     }
1483
1484     if (cond.isNumeric())
1485     {
1486       try
1487       {
1488         Float.valueOf(v1);
1489       } catch (NumberFormatException e)
1490       {
1491         value.setBackground(Color.red);
1492         value.setToolTipText(
1493                 MessageManager.getString("label.numeric_required"));
1494         return false;
1495       }
1496     }
1497
1498     return true;
1499   }
1500
1501   /**
1502    * Constructs a filter condition from the given input fields, and replaces the
1503    * condition at filterIndex with the new one
1504    *
1505    * @param attCombo
1506    * @param condCombo
1507    * @param valueField
1508    * @param filterIndex
1509    */
1510   protected void updateFilter(JComboBox<String> attCombo,
1511           JComboBox<Condition> condCombo, JTextField valueField,
1512           int filterIndex)
1513   {
1514     String attName = (String) attCombo.getSelectedItem();
1515     Condition cond = (Condition) condCombo.getSelectedItem();
1516     String pattern = valueField.getText();
1517     KeyedMatcherI km = new KeyedMatcher(cond, pattern,
1518             fromAttributeDisplayName(attName));
1519
1520     filters.set(filterIndex, km);
1521   }
1522
1523   /**
1524    * Makes the dialog visible, at the Feature Colour tab or at the Filters tab
1525    *
1526    * @param coloursTab
1527    */
1528   public void showTab(boolean coloursTab)
1529   {
1530     setVisible(true);
1531     tabbedPane.setSelectedIndex(coloursTab ? 0 : 1);
1532   }
1533
1534   /**
1535    * Action on any change to feature filtering, namely
1536    * <ul>
1537    * <li>change of selected attribute</li>
1538    * <li>change of selected condition</li>
1539    * <li>change of match pattern</li>
1540    * <li>removal of a condition</li>
1541    * </ul>
1542    * The inputs are parsed into a combined filter and this is set for the feature
1543    * type, and the alignment redrawn.
1544    */
1545   protected void filtersChanged()
1546   {
1547     /*
1548      * update the filter conditions for the feature type
1549      */
1550     boolean anded = andFilters.isSelected();
1551     KeyedMatcherSetI combined = new KeyedMatcherSet();
1552
1553     for (KeyedMatcherI filter : filters)
1554     {
1555       String pattern = filter.getMatcher().getPattern();
1556       if (pattern.trim().length() > 0)
1557       {
1558         if (anded)
1559         {
1560           combined.and(filter);
1561         }
1562         else
1563         {
1564           combined.or(filter);
1565         }
1566       }
1567     }
1568
1569     /*
1570      * save the filter conditions in the FeatureRenderer
1571      * (note this might now be an empty filter with no conditions)
1572      */
1573     fr.setFeatureFilter(featureType, combined.isEmpty() ? null : combined);
1574     ap.paintAlignment(true, true);
1575
1576     updateFiltersTab();
1577   }
1578 }