src/jalview/gui/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.jbgui.GFinder;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  30
  31 import java.awt.Dimension;
  32 import java.awt.event.ActionEvent;
  33 import java.awt.event.KeyEvent;
  34 import java.util.ArrayList;
  35 import java.util.List;
  36 import java.util.Vector;
  37 import java.util.regex.Pattern;
  38 import java.util.regex.PatternSyntaxException;
  39
  40 import javax.swing.AbstractAction;
  41 import javax.swing.JComponent;
  42 import javax.swing.JInternalFrame;
  43 import javax.swing.JLayeredPane;
  44 import javax.swing.KeyStroke;
  45 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  46
  47 /**
  48  * Performs the menu option for searching the alignment, for the next or all
  49  * matches. If matches are found, they are highlighted, and the user has the
  50  * option to create a new feature on the alignment for the matched positions.
  51  *
  52  * Searches can be for a simple base sequence, or may use a regular expression.
  53  * Any gaps are ignored.
  54  *
  55  * @author $author$
  56  * @version $Revision$
  57  */
  58 public class Finder extends GFinder
  59 {
  60   private static final int MY_HEIGHT = 120;
  61
  62   private static final int MY_WIDTH = 400;
  63
  64   AlignmentViewport av;
  65
  66   AlignmentPanel ap;
  67
  68   private static final int MIN_WIDTH = 350;
  69
  70   private static final int MIN_HEIGHT = 120;
  71
  72   JInternalFrame frame;
  73
  74   int seqIndex = 0;
  75
  76   int resIndex = -1;
  77
  78   SearchResultsI searchResults;
  79
  80   /**
  81    * Creates a new Finder object with no associated viewport or panel.
  82    */
  83   public Finder()
  84   {
  85     this(null, null);
  86     focusfixed = false;
  87   }
  88
  89   /**
  90    * Constructor given an associated viewport and alignment panel. Constructs
  91    * and displays an internal frame where the user can enter a search string.
  92    *
  93    * @param viewport
  94    * @param alignPanel
  95    */
  96   public Finder(AlignmentViewport viewport, AlignmentPanel alignPanel)
  97   {
  98     av = viewport;
  99     ap = alignPanel;
 100     focusfixed = true;
 101     frame = new JInternalFrame();
 102     frame.setContentPane(this);
 103     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 104     frame.addInternalFrameListener(
 105             new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 106             {
 107               @Override
 108               public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent e)
 109               {
 110                 closeAction();
 111               }
 112             });
 113     addEscapeHandler();
 114     Desktop.addInternalFrame(frame, MessageManager.getString("label.find"),
 115             MY_WIDTH, MY_HEIGHT);
 116     frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 117     searchBox.requestFocus();
 118   }
 119
 120   /**
 121    * Add a handler for the Escape key when the window has focus
 122    */
 123   private void addEscapeHandler()
 124   {
 125     getRootPane().getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW)
 126             .put(KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_ESCAPE, 0), "Cancel");
 127     getRootPane().getActionMap().put("Cancel", new AbstractAction()
 128     {
 129       @Override
 130       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 131       {
 132         closeAction();
 133       }
 134     });
 135   }
 136
 137   /**
 138    * Performs the 'Find Next' action.
 139    *
 140    * @param e
 141    */
 142   @Override
 143   public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)
 144   {
 145     if (getFocusedViewport())
 146     {
 147       doSearch(false);
 148     }
 149   }
 150
 151   /**
 152    * Performs the 'Find All' action.
 153    *
 154    * @param e
 155    */
 156   @Override
 157   public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)
 158   {
 159     if (getFocusedViewport())
 160     {
 161       resIndex = -1;
 162       seqIndex = 0;
 163       doSearch(true);
 164     }
 165   }
 166
 167   /**
 168    * do we only search a given alignment view ?
 169    */
 170   private boolean focusfixed;
 171
 172   /**
 173    * if !focusfixed and not in a desktop environment, checks that av and ap are
 174    * valid. Otherwise, gets the topmost alignment window and sets av and ap
 175    * accordingly
 176    *
 177    * @return false if no alignment window was found
 178    */
 179   boolean getFocusedViewport()
 180   {
 181     if (focusfixed || Desktop.desktop == null)
 182     {
 183       if (ap != null && av != null)
 184       {
 185         return true;
 186       }
 187       // we aren't in a desktop environment, so give up now.
 188       return false;
 189     }
 190     // now checks further down the window stack to fix bug
 191     // https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=36008
 192     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
 193     for (int f = 0; f < frames.length; f++)
 194     {
 195       JInternalFrame alignFrame = frames[f];
 196       if (alignFrame != null && alignFrame instanceof AlignFrame)
 197       {
 198         av = ((AlignFrame) alignFrame).viewport;
 199         ap = ((AlignFrame) alignFrame).alignPanel;
 200         return true;
 201       }
 202     }
 203     return false;
 204   }
 205
 206   /**
 207    * Opens a dialog that allows the user to create sequence features for the
 208    * find match results.
 209    */
 210   @Override
 211   public void createFeatures_actionPerformed()
 212   {
 213     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<SequenceI>();
 214     List<SequenceFeature> features = new ArrayList<SequenceFeature>();
 215
 216     String searchString = searchBox.getEditor().getItem().toString().trim();
 217     String desc = "Search Results";
 218
 219     /*
 220      * assemble dataset sequences, and template new sequence features,
 221      * for the amend features dialog
 222      */
 223     for (SearchResultMatchI match : searchResults.getResults())
 224     {
 225       seqs.add(match.getSequence().getDatasetSequence());
 226       features.add(new SequenceFeature(searchString, desc, match.getStart(),
 227               match.getEnd(), desc));
 228     }
 229
 230     new FeatureEditor(ap).amendFeatures(seqs, features, true, new Runnable()
 231     {
 232       @Override
 233               public void run()
 234               {
 235
 236                 /*
 237                  * ensure feature display is turned on to show the new features,
 238                  * and remove them as highlighted regions
 239                  */
 240                 ap.alignFrame.showSeqFeatures.setSelected(true);
 241                 av.setShowSequenceFeatures(true);
 242                 ap.highlightSearchResults(null);
 243               }
 244             });
 245   }
 246
 247   /**
 248    * Search the alignment for the next or all matches. If 'all matches', a
 249    * dialog is shown with the number of sequence ids and subsequences matched.
 250    *
 251    * @param doFindAll
 252    */
 253   void doSearch(boolean doFindAll)
 254   {
 255     createFeatures.setEnabled(false);
 256
 257     String searchString = searchBox.getUserInput().trim();
 258
 259     if (isInvalidSearchString(searchString))
 260     {
 261       return;
 262     }
 263     // TODO: extend finder to match descriptions, features and annotation, and
 264     // other stuff
 265     // TODO: add switches to control what is searched - sequences, IDS,
 266     // descriptions, features
 267     jalview.analysis.Finder finder = new jalview.analysis.Finder(
 268             av.getAlignment(), av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);
 269     finder.setCaseSensitive(caseSensitive.isSelected());
 270     finder.setIncludeDescription(searchDescription.isSelected());
 271
 272     finder.setFindAll(doFindAll);
 273
 274     finder.find(searchString); // returns true if anything was actually found
 275
 276     seqIndex = finder.getSeqIndex();
 277     resIndex = finder.getResIndex();
 278
 279     searchResults = finder.getSearchResults(); // find(regex,
 280     // caseSensitive.isSelected(), )
 281     Vector<SequenceI> idMatch = finder.getIdMatch();
 282     boolean haveResults = false;
 283     // set or reset the GUI
 284     if ((idMatch.size() > 0))
 285     {
 286       haveResults = true;
 287       ap.getIdPanel().highlightSearchResults(idMatch);
 288     }
 289     else
 290     {
 291       ap.getIdPanel().highlightSearchResults(null);
 292     }
 293
 294     if (searchResults.getSize() > 0)
 295     {
 296       haveResults = true;
 297       createFeatures.setEnabled(true);
 298     }
 299     else
 300     {
 301       searchResults = null;
 302     }
 303
 304     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in
 305     // seqCanvas
 306     ap.highlightSearchResults(searchResults);
 307     // TODO: add enablers for 'SelectSequences' or 'SelectColumns' or
 308     // 'SelectRegion' selection
 309     if (!haveResults)
 310     {
 311       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(this,
 312               MessageManager.getString("label.finished_searching"), null,
 313               JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 314       resIndex = -1;
 315       seqIndex = 0;
 316     }
 317     else
 318     {
 319       if (doFindAll)
 320       {
 321         // then we report the matches that were found
 322         String message = (idMatch.size() > 0) ? "" + idMatch.size() + " IDs"
 323                 : "";
 324         if (searchResults != null)
 325         {
 326           if (idMatch.size() > 0 && searchResults.getSize() > 0)
 327           {
 328             message += " and ";
 329           }
 330           message += searchResults.getSize()
 331                   + " subsequence matches found.";
 332         }
 333         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(this, message, null,
 334                 JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 335         resIndex = -1;
 336         seqIndex = 0;
 337       }
 338     }
 339     searchBox.updateCache();
 340   }
 341
 342   /**
 343    * Displays an error dialog, and answers false, if the search string is
 344    * invalid, else answers true.
 345    *
 346    * @param searchString
 347    * @return
 348    */
 349   protected boolean isInvalidSearchString(String searchString)
 350   {
 351     String error = getSearchValidationError(searchString);
 352     if (error == null)
 353     {
 354       return false;
 355     }
 356     JvOptionPane.showInternalMessageDialog(this, error,
 357             MessageManager.getString("label.invalid_search"), // $NON-NLS-1$
 358             JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 359     return true;
 360   }
 361
 362   /**
 363    * Returns an error message string if the search string is invalid, else
 364    * returns null.
 365    *
 366    * Currently validation is limited to checking the string is not empty, and is
 367    * a valid regular expression (simple searches for base sub-sequences will
 368    * pass this test). Additional validations may be added in future if the
 369    * search syntax is expanded.
 370    *
 371    * @param searchString
 372    * @return
 373    */
 374   protected String getSearchValidationError(String searchString)
 375   {
 376     String error = null;
 377     if (searchString == null || searchString.length() == 0)
 378     {
 379       error = MessageManager.getString("label.invalid_search");
 380     }
 381     try
 382     {
 383       Pattern.compile(searchString);
 384     } catch (PatternSyntaxException e)
 385     {
 386       error = MessageManager.getString("error.invalid_regex") + ": "
 387               + e.getDescription();
 388     }
 389     return error;
 390   }
 391
 392   protected void closeAction()
 393   {
 394     frame.setVisible(false);
 395     frame.dispose();
 396     searchBox.persistCache();
 397     if (getFocusedViewport())
 398     {
 399       ap.alignFrame.requestFocus();
 400     }
 401   }
 402 }