src/jalview/gui/IdCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.Graphics2D.*;\r
   5 \r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import jalview.datamodel.*;\r
   8 import jalview.analysis.*;\r
   9 public class IdCanvas extends JPanel\r
  10 {\r
  11   protected AlignViewport av;\r
  12 \r
  13   protected boolean showScores  = true;\r
  14 \r
  15   protected int     maxIdLength = -1;\r
  16   protected String  maxIdStr    = null;\r
  17 \r
  18   public IdCanvas(AlignViewport av)\r
  19   {\r
  20     setLayout(new BorderLayout());\r
  21     this.av         = av;\r
  22     PaintRefresher.Register(this);\r
  23   }\r
  24 \r
  25   public void drawIdString(Graphics gg,SequenceI s,int i, int starty, int ypos) {\r
  26       int charHeight = av.getCharHeight();\r
  27 \r
  28 \r
  29       if (av.getSelectionGroup()!=null && av.getSelectionGroup().sequences.contains(s)) {\r
  30           gg.setColor(Color.lightGray);\r
  31           gg.fillRect(0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight)+ ypos,getWidth(),charHeight);\r
  32           gg.setColor(Color.white);\r
  33       } else {\r
  34           gg.setColor(s.getColor());\r
  35           gg.fillRect(0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight)+ ypos,getWidth(),charHeight);\r
  36           gg.setColor(Color.black);\r
  37       }\r
  38 \r
  39       String string = s.getName();\r
  40       if(av.getShowFullId())\r
  41         string = s.getDisplayId();\r
  42 \r
  43       gg.drawString(string,0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight) + ypos + charHeight-   (charHeight/5));\r
  44 \r
  45   }\r
  46 \r
  47   public void paintComponent(Graphics gg) {\r
  48     AlignmentI al         = av.alignment;\r
  49     int        charHeight = av.charHeight;\r
  50     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC, av.getFont().getSize());\r
  51 \r
  52     gg.setFont(italic);\r
  53 \r
  54 \r
  55     //Fill in the background\r
  56     gg.setColor(Color.white);\r
  57     gg.fillRect(0,0,getWidth(),getHeight());\r
  58 \r
  59     Color currentColor     = Color.white;\r
  60     Color currentTextColor = Color.black;\r
  61 \r
  62     //Which ids are we printing\r
  63     int starty = av.getStartSeq();\r
  64     int endy   = av.endSeq;\r
  65 \r
  66     if (av.getWrapAlignment())\r
  67     {\r
  68           // Draw the rest of the panels\r
  69           int chunkHeight =  (al.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
  70           int row = av.getStartRes() / av.chunkWidth ;\r
  71           for(int ypos=2*av.charHeight;\r
  72               ypos <= getHeight() && row*av.chunkWidth<al.getWidth();\r
  73               ypos += chunkHeight, row++ )\r
  74           {\r
  75             for (int i = starty; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  76             {\r
  77               SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
  78               drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
  79             }\r
  80           }\r
  81 \r
  82 \r
  83     } else\r
  84     {\r
  85 \r
  86       //Now draw the id strings\r
  87       for (int i = starty; i < endy; i++)\r
  88       {\r
  89         // Selected sequence colours\r
  90 \r
  91         if (av.getSelectionGroup()!= null && av.getSelectionGroup().sequences.contains(al.getSequenceAt(i)))\r
  92         {\r
  93        //   if(av.alignment.findGroup(al.getSequenceAt(i)).getEndRes()==\r
  94           currentColor = Color.lightGray;\r
  95           currentTextColor = Color.black;\r
  96         }\r
  97         else\r
  98         {\r
  99           currentColor = al.getSequenceAt(i).getColor();\r
 100           currentTextColor = Color.black;\r
 101         }\r
 102 \r
 103         gg.setColor(currentColor);\r
 104 \r
 105         gg.fillRect(0,\r
 106                     AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, charHeight),\r
 107                     getWidth(),\r
 108                     charHeight);\r
 109 \r
 110         gg.setColor(currentTextColor);\r
 111         String string = al.getSequenceAt(i).getName();\r
 112         if(av.getShowFullId())\r
 113           string = al.getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 114         gg.drawString(string, 0,\r
 115                       AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, charHeight) +\r
 116                       charHeight - (charHeight / 5));\r
 117       }\r
 118     }\r
 119 \r
 120   }\r
 121 }\r