src/jalview/gui/IdCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class IdCanvas extends JPanel\r
  36 {\r
  37     protected AlignViewport av;\r
  38     protected boolean showScores = true;\r
  39     protected int maxIdLength = -1;\r
  40     protected String maxIdStr = null;\r
  41     BufferedImage image;\r
  42     Graphics2D gg;\r
  43     int imgHeight = 0;\r
  44     boolean fastPaint = false;\r
  45     java.util.Vector searchResults;\r
  46     FontMetrics fm;\r
  47 \r
  48     /**\r
  49      * Creates a new IdCanvas object.\r
  50      *\r
  51      * @param av DOCUMENT ME!\r
  52      */\r
  53     public IdCanvas(AlignViewport av)\r
  54     {\r
  55         setLayout(new BorderLayout());\r
  56         this.av = av;\r
  57         PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());\r
  58     }\r
  59 \r
  60     /**\r
  61      * DOCUMENT ME!\r
  62      *\r
  63      * @param gg DOCUMENT ME!\r
  64      * @param s DOCUMENT ME!\r
  65      * @param i DOCUMENT ME!\r
  66      * @param starty DOCUMENT ME!\r
  67      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  68      */\r
  69     public void drawIdString(Graphics2D gg, SequenceI s, int i, int starty, int ypos)\r
  70     {\r
  71         int xPos = 0;\r
  72         int panelWidth = getWidth();\r
  73         int charHeight = av.charHeight;\r
  74 \r
  75         if ((searchResults != null) && searchResults.contains(s))\r
  76         {\r
  77             gg.setColor(Color.black);\r
  78             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  79                 charHeight);\r
  80             gg.setColor(Color.white);\r
  81         }\r
  82         else if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
  83                 av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(s))\r
  84         {\r
  85             gg.setColor(Color.lightGray);\r
  86             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  87                 charHeight);\r
  88             gg.setColor(Color.white);\r
  89         }\r
  90         else\r
  91         {\r
  92             gg.setColor(av.getSequenceColour(s));\r
  93             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  94                 charHeight);\r
  95             gg.setColor(Color.black);\r
  96         }\r
  97 \r
  98         if (av.rightAlignIds)\r
  99         {\r
 100           xPos = panelWidth - fm.stringWidth(\r
 101               s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix())\r
 102               ) - 4;\r
 103         }\r
 104 \r
 105         gg.drawString( s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()),\r
 106                     xPos, (((i - starty + 1) * charHeight) + ypos) - (charHeight / 5));\r
 107 \r
 108         if (av.hasHiddenRows && av.showHiddenMarkers)\r
 109           drawMarker(i, starty, ypos);\r
 110 \r
 111 \r
 112     }\r
 113 \r
 114     /**\r
 115      * DOCUMENT ME!\r
 116      *\r
 117      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 118      */\r
 119     public void fastPaint(int vertical)\r
 120     {\r
 121         if (gg == null)\r
 122         {\r
 123             repaint();\r
 124 \r
 125             return;\r
 126         }\r
 127 \r
 128         gg.copyArea(0, 0, getWidth(), imgHeight, 0, -vertical * av.charHeight);\r
 129 \r
 130         int ss = av.startSeq;\r
 131         int es = av.endSeq;\r
 132         int transY = 0;\r
 133 \r
 134         if (vertical > 0) // scroll down\r
 135         {\r
 136             ss = es - vertical;\r
 137 \r
 138             if (ss < av.startSeq)\r
 139             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 140                 ss = av.startSeq;\r
 141             }\r
 142             else\r
 143             {\r
 144                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 145             }\r
 146         }\r
 147         else if (vertical < 0)\r
 148         {\r
 149             es = ss - vertical;\r
 150 \r
 151             if (es > av.endSeq)\r
 152             {\r
 153                 es = av.endSeq;\r
 154             }\r
 155         }\r
 156 \r
 157         gg.translate(0, transY);\r
 158 \r
 159         drawIds(ss, es);\r
 160 \r
 161         gg.translate(0, -transY);\r
 162 \r
 163         fastPaint = true;\r
 164         repaint();\r
 165     }\r
 166 \r
 167     /**\r
 168      * DOCUMENT ME!\r
 169      *\r
 170      * @param g DOCUMENT ME!\r
 171      */\r
 172     public void paintComponent(Graphics g)\r
 173     {\r
 174         g.setColor(Color.white);\r
 175         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 176 \r
 177         if (fastPaint)\r
 178         {\r
 179             fastPaint = false;\r
 180             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 181 \r
 182             return;\r
 183         }\r
 184 \r
 185         int oldHeight = imgHeight;\r
 186 \r
 187         imgHeight = getHeight();\r
 188         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 189 \r
 190         if (imgHeight < 1)\r
 191         {\r
 192             return;\r
 193         }\r
 194 \r
 195         if(oldHeight!=imgHeight || image.getWidth(this)!=getWidth())\r
 196         {\r
 197           image = new BufferedImage(getWidth(), imgHeight,\r
 198                                     BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 199         }\r
 200 \r
 201         gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 202 \r
 203         //Fill in the background\r
 204         gg.setColor(Color.white);\r
 205         gg.fillRect(0, 0, getWidth(), imgHeight);\r
 206 \r
 207         drawIds(av.getStartSeq(), av.endSeq);\r
 208 \r
 209         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 210     }\r
 211 \r
 212     /**\r
 213      * DOCUMENT ME!\r
 214      *\r
 215      * @param starty DOCUMENT ME!\r
 216      * @param endy DOCUMENT ME!\r
 217      */\r
 218     void drawIds(int starty, int endy)\r
 219     {\r
 220       Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 221                              av.getFont().getSize());\r
 222 \r
 223       gg.setFont(italic);\r
 224       fm = gg.getFontMetrics();\r
 225 \r
 226       if (av.antiAlias)\r
 227         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 228                             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 229 \r
 230         Color currentColor = Color.white;\r
 231         Color currentTextColor = Color.black;\r
 232 \r
 233         if (av.getWrapAlignment())\r
 234         {\r
 235           int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 236           int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 237 \r
 238           if (av.hasHiddenColumns)\r
 239             maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 240 \r
 241           int annotationHeight = 0;\r
 242           AnnotationLabels labels = null;\r
 243 \r
 244           if(av.showAnnotation)\r
 245           {\r
 246             AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);\r
 247             annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();\r
 248             labels = new AnnotationLabels(av);\r
 249           }\r
 250 \r
 251           int hgap = av.charHeight;\r
 252           if (av.scaleAboveWrapped)\r
 253             hgap += av.charHeight;\r
 254 \r
 255           int cHeight = alheight * av.charHeight\r
 256               + hgap\r
 257               + annotationHeight;\r
 258 \r
 259           int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 260 \r
 261 \r
 262             // Draw the rest of the panels\r
 263             for (int ypos = hgap, row = av.startRes;\r
 264                     (ypos <= getHeight()) && (row < maxwidth);\r
 265                     ypos += cHeight, row += rowSize)\r
 266             {\r
 267               for (int i = starty; i < alheight; i++)\r
 268               {\r
 269                 if (av.hasHiddenRows)\r
 270                 {\r
 271                   setHiddenFont(i);\r
 272                 }\r
 273                 else\r
 274                   gg.setFont(italic);\r
 275 \r
 276                 SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 277                 drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
 278               }\r
 279 \r
 280                 if(labels!=null)\r
 281                 {\r
 282                   gg.translate(0, ypos+(alheight * av.charHeight));\r
 283                   labels.drawComponent(gg, getWidth());\r
 284                   gg.translate(0, -ypos-(alheight * av.charHeight));\r
 285                 }\r
 286 \r
 287 \r
 288             }\r
 289         }\r
 290         else\r
 291         {\r
 292           //Now draw the id strings\r
 293           int panelWidth = getWidth();\r
 294           int xPos = 0;\r
 295 \r
 296             SequenceI sequence;\r
 297             //Now draw the id strings\r
 298             for (int i = starty; i < endy; i++)\r
 299             {\r
 300               sequence = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 301 \r
 302               if(sequence==null)\r
 303                 continue;\r
 304 \r
 305               if (av.hasHiddenRows)\r
 306               {\r
 307                 setHiddenFont(i);\r
 308               }\r
 309 \r
 310                 // Selected sequence colours\r
 311                 if ( (searchResults != null) &&\r
 312                     searchResults.contains(sequence))\r
 313                 {\r
 314                   currentColor = Color.black;\r
 315                   currentTextColor = Color.white;\r
 316                 }\r
 317                 else if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 318                          av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(\r
 319                              sequence))\r
 320                 {\r
 321                   currentColor = Color.lightGray;\r
 322                   currentTextColor = Color.black;\r
 323                 }\r
 324                 else\r
 325                 {\r
 326                   currentColor = av.getSequenceColour(sequence);\r
 327                   currentTextColor = Color.black;\r
 328                 }\r
 329 \r
 330                 gg.setColor(currentColor);\r
 331 \r
 332                 gg.fillRect(0, (i - starty) * av.charHeight, getWidth(),\r
 333                             av.charHeight);\r
 334 \r
 335                 gg.setColor(currentTextColor);\r
 336 \r
 337                 String string = sequence.getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
 338 \r
 339 \r
 340                 if(av.rightAlignIds)\r
 341                 {\r
 342                   xPos = panelWidth - fm.stringWidth(string) - 4;\r
 343                 }\r
 344 \r
 345                 gg.drawString(string, xPos,\r
 346                     (((i - starty) * av.charHeight) + av.charHeight) -\r
 347                     (av.charHeight / 5));\r
 348 \r
 349                if(av.hasHiddenRows && av.showHiddenMarkers)\r
 350                  drawMarker(i, starty, 0);\r
 351 \r
 352             }\r
 353 \r
 354         }\r
 355     }\r
 356 \r
 357     void drawMarker(int i, int starty, int yoffset)\r
 358     {\r
 359 \r
 360       SequenceI [] hseqs = av.alignment.getHiddenSequences().hiddenSequences;\r
 361       //Use this method here instead of calling hiddenSeq adjust\r
 362       //3 times.\r
 363       int hSize = hseqs.length;\r
 364 \r
 365       int hiddenIndex = i;\r
 366       int lastIndex = i - 1;\r
 367       int nextIndex = i + 1;\r
 368 \r
 369       for(int j=0; j<hSize; j++)\r
 370       {\r
 371         if (hseqs[j] != null)\r
 372         {\r
 373           if(j-1<hiddenIndex)\r
 374             hiddenIndex++;\r
 375           if(j-1<lastIndex)\r
 376             lastIndex++;\r
 377           if(j-1<nextIndex)\r
 378             nextIndex++;\r
 379         }\r
 380       }\r
 381 \r
 382       boolean below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);\r
 383       boolean above = (nextIndex > hiddenIndex+1);\r
 384 \r
 385 \r
 386         gg.setColor(Color.blue);\r
 387         if(below)\r
 388         {\r
 389           gg.fillPolygon(new int[]\r
 390                          {getWidth()- av.charHeight,\r
 391                          getWidth()- av.charHeight,\r
 392                          getWidth()},\r
 393                          new int[]\r
 394                          {\r
 395                          (i - starty) * av.charHeight +yoffset,\r
 396                          (i - starty) * av.charHeight +yoffset+ av.charHeight / 4,\r
 397                          (i - starty) * av.charHeight+yoffset\r
 398           }, 3);\r
 399         }\r
 400         if(above)\r
 401         {\r
 402           gg.fillPolygon(new int[]\r
 403                         {getWidth()- av.charHeight,\r
 404                         getWidth()- av.charHeight,\r
 405                         getWidth() },\r
 406                         new int[]\r
 407                         {\r
 408                         (i - starty+1) * av.charHeight +yoffset,\r
 409                         (i - starty+1) * av.charHeight +yoffset- av.charHeight / 4,\r
 410                         (i - starty+1) * av.charHeight +yoffset\r
 411          }, 3);\r
 412 \r
 413         }\r
 414     }\r
 415 \r
 416     void setHiddenFont(int i)\r
 417     {\r
 418       Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 419                              av.getFont().getSize());\r
 420       Font bold = new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD,\r
 421                            av.getFont().getSize());\r
 422 \r
 423 \r
 424       if (av.alignment.getSequenceAt(i)!=null\r
 425           && av.alignment.getSequenceAt(i).getHiddenSequences() != null)\r
 426         gg.setFont(bold);\r
 427       else\r
 428         gg.setFont(italic);\r
 429     }\r
 430 \r
 431     /**\r
 432      * DOCUMENT ME!\r
 433      *\r
 434      * @param found DOCUMENT ME!\r
 435      */\r
 436     public void setHighlighted(java.util.Vector found)\r
 437     {\r
 438         searchResults = found;\r
 439         repaint();\r
 440     }\r
 441 }\r