src/jalview/gui/IdCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.Graphics2D.*;\r
   5 import java.awt.image.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import jalview.datamodel.*;\r
   8 import jalview.analysis.*;\r
   9 public class IdCanvas extends JPanel\r
  10 {\r
  11   protected AlignViewport av;\r
  12 \r
  13   protected boolean showScores  = true;\r
  14 \r
  15   protected int     maxIdLength = -1;\r
  16   protected String  maxIdStr    = null;\r
  17   BufferedImage image;\r
  18   Graphics2D gg;\r
  19   int imgHeight=0;\r
  20   boolean fastPaint = false;\r
  21 \r
  22   java.util.Vector searchResults;\r
  23 \r
  24   public IdCanvas(AlignViewport av)\r
  25   {\r
  26     setLayout(new BorderLayout());\r
  27     this.av         = av;\r
  28     PaintRefresher.Register(this);\r
  29   }\r
  30 \r
  31   public void drawIdString(Graphics2D gg,SequenceI s,int i, int starty, int ypos) {\r
  32       int charHeight = av.getCharHeight();\r
  33 \r
  34       if(searchResults!=null && searchResults.contains(s))\r
  35       {\r
  36         gg.setColor(Color.black);\r
  37         gg.fillRect(0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight)+ ypos,getWidth(),charHeight);\r
  38         gg.setColor(Color.white);\r
  39       }\r
  40       else if (av.getSelectionGroup()!=null && av.getSelectionGroup().sequences.contains(s)) {\r
  41           gg.setColor(Color.lightGray);\r
  42           gg.fillRect(0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight)+ ypos,getWidth(),charHeight);\r
  43           gg.setColor(Color.white);\r
  44       } else {\r
  45           gg.setColor(s.getColor());\r
  46           gg.fillRect(0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight)+ ypos,getWidth(),charHeight);\r
  47           gg.setColor(Color.black);\r
  48       }\r
  49 \r
  50       String string = s.getName();\r
  51       if(av.getShowFullId())\r
  52         string = s.getDisplayId();\r
  53 \r
  54       gg.drawString(string,0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight) + ypos + charHeight-   (charHeight/5));\r
  55 \r
  56   }\r
  57 \r
  58   public void fastPaint(int vertical)\r
  59   {\r
  60     if(gg==null)\r
  61     {  repaint(); return;}\r
  62 \r
  63     gg.copyArea( 0,0, getWidth(), imgHeight, 0, -vertical*av.charHeight );\r
  64 \r
  65     int ss=av.startSeq, es=av.endSeq, transY = 0;\r
  66     if (vertical > 0) // scroll down\r
  67      {\r
  68        ss = es - vertical;\r
  69        if(ss<av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
  70          ss = av.startSeq;\r
  71        else\r
  72          transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
  73      }\r
  74      else if (vertical < 0)\r
  75      {\r
  76        es = ss - vertical;\r
  77        if(es > av.endSeq)\r
  78          es = av.endSeq;\r
  79      }\r
  80 \r
  81 \r
  82 \r
  83         gg.translate(0, transY);\r
  84 \r
  85         drawIds(ss, es);\r
  86 \r
  87         gg.translate( 0, -transY );\r
  88 \r
  89 \r
  90       fastPaint = true;\r
  91       repaint();\r
  92   }\r
  93 \r
  94   public void paintComponent(Graphics g)\r
  95   {\r
  96     g.setColor(Color.white);\r
  97     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
  98 \r
  99     if (fastPaint)\r
 100     {\r
 101       fastPaint = false;\r
 102       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 103       return;\r
 104     }\r
 105 \r
 106     imgHeight = getHeight();\r
 107     imgHeight -= imgHeight % av.charHeight;\r
 108     image = new BufferedImage(getWidth(), imgHeight, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 109     gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 110     //Fill in the background\r
 111     gg.setColor(Color.white);\r
 112     gg.fillRect(0, 0, getWidth(), imgHeight);\r
 113     gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 114                         RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 115     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 116                            av.getFont().getSize());\r
 117     gg.setFont(italic);\r
 118 \r
 119     drawIds( av.getStartSeq(), av.endSeq);\r
 120 \r
 121     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 122   }\r
 123 \r
 124   void drawIds(int starty, int endy)\r
 125   {\r
 126     Color currentColor     = Color.white;\r
 127     Color currentTextColor = Color.black;\r
 128 \r
 129     if (av.getWrapAlignment())\r
 130     {\r
 131 \r
 132           int rowSize =  av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 133           // Draw the rest of the panels\r
 134 \r
 135           for(int ypos=2*av.charHeight, row=av.startRes;\r
 136               ypos <= getHeight() && row<av.alignment.getWidth();\r
 137               ypos += av.chunkHeight, row+=rowSize )\r
 138           {\r
 139             for (int i = starty; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 140             {\r
 141               SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 142               drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
 143             }\r
 144           }\r
 145 \r
 146 \r
 147     } else\r
 148     {\r
 149 \r
 150       //Now draw the id strings\r
 151       for (int i = starty; i < endy; i++)\r
 152       {\r
 153         // Selected sequence colours\r
 154 \r
 155         if(searchResults!=null && searchResults.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 156         {\r
 157           gg.setColor(Color.black);\r
 158           currentColor = Color.black;\r
 159           currentTextColor = Color.white;\r
 160       }\r
 161       else if (av.getSelectionGroup()!= null\r
 162             && av.getSelectionGroup().sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 163         {\r
 164           currentColor = Color.lightGray;\r
 165           currentTextColor = Color.black;\r
 166         }\r
 167         else\r
 168         {\r
 169           currentColor = av.alignment.getSequenceAt(i).getColor();\r
 170           currentTextColor = Color.black;\r
 171         }\r
 172 \r
 173         gg.setColor(currentColor);\r
 174 \r
 175         gg.fillRect(0,\r
 176                     AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 177                     getWidth(),\r
 178                     av.charHeight);\r
 179 \r
 180         gg.setColor(currentTextColor);\r
 181         String string = av.alignment.getSequenceAt(i).getName();\r
 182         if(av.getShowFullId())\r
 183           string = av.alignment.getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 184         gg.drawString(string, 0,\r
 185                       AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight) +\r
 186                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 187       }\r
 188 \r
 189       // add a border\r
 190       gg.setColor(Color.white);\r
 191       gg.fillRect(getWidth()-4,0,4,getHeight());\r
 192     }\r
 193 \r
 194   }\r
 195 \r
 196   public void setHighlighted(java.util.Vector found)\r
 197   {\r
 198     searchResults = found;\r
 199     repaint();\r
 200   }\r
 201 }\r