src/jalview/gui/IdCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  25 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  26
  27 import java.awt.BorderLayout;
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.awt.Font;
  30 import java.awt.FontMetrics;
  31 import java.awt.Graphics;
  32 import java.awt.Graphics2D;
  33 import java.awt.RenderingHints;
  34 import java.awt.image.BufferedImage;
  35 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  36 import java.util.List;
  37
  38 import javax.swing.JPanel;
  39
  40 /**
  41  * DOCUMENT ME!
  42  *
  43  * @author $author$
  44  * @version $Revision$
  45  */
  46 public class IdCanvas extends JPanel implements ViewportListenerI
  47 {
  48   protected AlignViewport av;
  49
  50   protected boolean showScores = true;
  51
  52   protected int maxIdLength = -1;
  53
  54   protected String maxIdStr = null;
  55
  56   BufferedImage image;
  57
  58   Graphics2D gg;
  59
  60   int imgHeight = 0;
  61
  62   boolean fastPaint = false;
  63
  64   List<SequenceI> searchResults;
  65
  66   FontMetrics fm;
  67
  68   AnnotationLabels labels = null;
  69
  70   AnnotationPanel ap;
  71
  72   private Font idfont;
  73
  74   /**
  75    * Creates a new IdCanvas object.
  76    *
  77    * @param av
  78    *          DOCUMENT ME!
  79    */
  80   public IdCanvas(AlignViewport av)
  81   {
  82     setLayout(new BorderLayout());
  83     this.av = av;
  84     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  85     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  86   }
  87
  88   /**
  89    * DOCUMENT ME!
  90    *
  91    * @param gg
  92    *          DOCUMENT ME!
  93    * @param hiddenRows
  94    *          true - check and display hidden row marker if need be
  95    * @param s
  96    *          DOCUMENT ME!
  97    * @param i
  98    *          DOCUMENT ME!
  99    * @param starty
 100    *          DOCUMENT ME!
 101    * @param ypos
 102    *          DOCUMENT ME!
 103    */
 104   public void drawIdString(Graphics2D gg, boolean hiddenRows, SequenceI s,
 105           int i, int starty, int ypos)
 106   {
 107     int xPos = 0;
 108     int panelWidth = getWidth();
 109     int charHeight = av.getCharHeight();
 110
 111     if ((searchResults != null) && searchResults.contains(s))
 112     {
 113       gg.setColor(Color.black);
 114       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),
 115               charHeight);
 116       gg.setColor(Color.white);
 117     }
 118     else if ((av.getSelectionGroup() != null)
 119             && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(s))
 120     {
 121       gg.setColor(Color.lightGray);
 122       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),
 123               charHeight);
 124       gg.setColor(Color.white);
 125     }
 126     else
 127     {
 128       gg.setColor(av.getSequenceColour(s));
 129       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),
 130               charHeight);
 131       gg.setColor(Color.black);
 132     }
 133
 134     if (av.isRightAlignIds())
 135     {
 136       xPos = panelWidth
 137               - fm.stringWidth(s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix())) - 4;
 138     }
 139
 140     gg.drawString(s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), xPos,
 141             (((i - starty + 1) * charHeight) + ypos) - (charHeight / 5));
 142
 143     if (hiddenRows)
 144     {
 145       drawMarker(i, starty, ypos);
 146     }
 147
 148   }
 149
 150   /**
 151    * DOCUMENT ME!
 152    *
 153    * @param vertical
 154    *          DOCUMENT ME!
 155    */
 156   public void fastPaint(int vertical)
 157   {
 158     if (gg == null)
 159     {
 160       repaint();
 161
 162       return;
 163     }
 164
 165     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 166
 167     gg.copyArea(0, 0, getWidth(), imgHeight, 0,
 168             -vertical * av.getCharHeight());
 169
 170     int ss = ranges.getStartSeq();
 171     int es = ranges.getEndSeq();
 172     int transY = 0;
 173
 174     if (vertical > 0) // scroll down
 175     {
 176       ss = es - vertical;
 177
 178       if (ss < ranges.getStartSeq())
 179       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 180         ss = ranges.getStartSeq();
 181       }
 182       else
 183       {
 184         transY = imgHeight - ((vertical + 1) * av.getCharHeight());
 185       }
 186     }
 187     else if (vertical < 0) // scroll up
 188     {
 189       es = ss - vertical;
 190
 191       if (es > ranges.getEndSeq())
 192       {
 193         es = ranges.getEndSeq();
 194       }
 195     }
 196
 197     gg.translate(0, transY);
 198
 199     drawIds(ss, es);
 200
 201     gg.translate(0, -transY);
 202
 203     fastPaint = true;
 204     repaint();
 205   }
 206
 207   /**
 208    * DOCUMENT ME!
 209    *
 210    * @param g
 211    *          DOCUMENT ME!
 212    */
 213   @Override
 214   public void paintComponent(Graphics g)
 215   {
 216     g.setColor(Color.white);
 217     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 218
 219     if (fastPaint)
 220     {
 221       fastPaint = false;
 222       g.drawImage(image, 0, 0, this);
 223
 224       return;
 225     }
 226
 227     int oldHeight = imgHeight;
 228
 229     imgHeight = getHeight();
 230     imgHeight -= (imgHeight % av.getCharHeight());
 231
 232     if (imgHeight < 1)
 233     {
 234       return;
 235     }
 236
 237     if (oldHeight != imgHeight || image.getWidth(this) != getWidth())
 238     {
 239       image = new BufferedImage(getWidth(), imgHeight,
 240               BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 241     }
 242
 243     gg = (Graphics2D) image.getGraphics();
 244
 245     // Fill in the background
 246     gg.setColor(Color.white);
 247     gg.fillRect(0, 0, getWidth(), imgHeight);
 248
 249     drawIds(av.getRanges().getStartSeq(), av.getRanges().getEndSeq());
 250
 251     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 252   }
 253
 254   /**
 255    * DOCUMENT ME!
 256    *
 257    * @param starty
 258    *          DOCUMENT ME!
 259    * @param endy
 260    *          DOCUMENT ME!
 261    */
 262   void drawIds(int starty, int endy)
 263   {
 264     if (av.isSeqNameItalics())
 265     {
 266       setIdfont(new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC, av.getFont()
 267               .getSize()));
 268     }
 269     else
 270     {
 271       setIdfont(av.getFont());
 272     }
 273
 274     gg.setFont(getIdfont());
 275     fm = gg.getFontMetrics();
 276
 277     if (av.antiAlias)
 278     {
 279       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 280               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 281     }
 282
 283     Color currentColor = Color.white;
 284     Color currentTextColor = Color.black;
 285
 286     final boolean doHiddenCheck = av.isDisplayReferenceSeq()
 287             || av.hasHiddenRows(), hiddenRows = av.hasHiddenRows();
 288
 289     if (av.getWrapAlignment())
 290     {
 291       int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 292       int alheight = av.getAlignment().getHeight();
 293
 294       if (av.hasHiddenColumns())
 295       {
 296         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 297       }
 298
 299       int annotationHeight = 0;
 300
 301       if (av.isShowAnnotation())
 302       {
 303         if (ap == null)
 304         {
 305           ap = new AnnotationPanel(av);
 306         }
 307
 308         annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();
 309         if (labels == null)
 310         {
 311           labels = new AnnotationLabels(av);
 312         }
 313       }
 314
 315       int hgap = av.getCharHeight();
 316       if (av.getScaleAboveWrapped())
 317       {
 318         hgap += av.getCharHeight();
 319       }
 320
 321       int cHeight = alheight * av.getCharHeight() + hgap + annotationHeight;
 322
 323       int rowSize = av.getRanges().getEndRes()
 324               - av.getRanges().getStartRes();
 325
 326       // Draw the rest of the panels
 327       for (int ypos = hgap, row = av.getRanges().getStartRes(); (ypos <= getHeight())
 328               && (row < maxwidth); ypos += cHeight, row += rowSize)
 329       {
 330         for (int i = starty; i < alheight; i++)
 331         {
 332           SequenceI s = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 333           if (doHiddenCheck)
 334           {
 335             setHiddenFont(s);
 336           }
 337           else
 338           {
 339             gg.setFont(getIdfont());
 340           }
 341
 342           drawIdString(gg, hiddenRows, s, i, 0, ypos);
 343         }
 344
 345         if (labels != null && av.isShowAnnotation())
 346         {
 347           gg.translate(0, ypos + (alheight * av.getCharHeight()));
 348           labels.drawComponent(gg, getWidth());
 349           gg.translate(0, -ypos - (alheight * av.getCharHeight()));
 350         }
 351       }
 352     }
 353     else
 354     {
 355       // No need to hang on to labels if we're not wrapped
 356       labels = null;
 357
 358       // Now draw the id strings
 359       int panelWidth = getWidth();
 360       int xPos = 0;
 361
 362       SequenceI sequence;
 363       // Now draw the id strings
 364       for (int i = starty; i <= endy; i++)
 365       {
 366         sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 367
 368         if (sequence == null)
 369         {
 370           continue;
 371         }
 372
 373         if (doHiddenCheck)
 374         {
 375           setHiddenFont(sequence);
 376         }
 377
 378         // Selected sequence colours
 379         if ((searchResults != null) && searchResults.contains(sequence))
 380         {
 381           currentColor = Color.black;
 382           currentTextColor = Color.white;
 383         }
 384         else if ((av.getSelectionGroup() != null)
 385                 && av.getSelectionGroup().getSequences(null)
 386                         .contains(sequence))
 387         {
 388           currentColor = Color.lightGray;
 389           currentTextColor = Color.black;
 390         }
 391         else
 392         {
 393           currentColor = av.getSequenceColour(sequence);
 394           currentTextColor = Color.black;
 395         }
 396
 397         gg.setColor(currentColor);
 398
 399         gg.fillRect(0, (i - starty) * av.getCharHeight(), getWidth(),
 400                 av.getCharHeight());
 401
 402         gg.setColor(currentTextColor);
 403
 404         String string = sequence.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());
 405
 406         if (av.isRightAlignIds())
 407         {
 408           xPos = panelWidth - fm.stringWidth(string) - 4;
 409         }
 410
 411         gg.drawString(string, xPos,
 412                 (((i - starty) * av.getCharHeight()) + av.getCharHeight())
 413                         - (av.getCharHeight() / 5));
 414
 415         if (hiddenRows)
 416         {
 417           drawMarker(i, starty, 0);
 418         }
 419
 420       }
 421
 422     }
 423   }
 424
 425   void drawMarker(int i, int starty, int yoffset)
 426   {
 427
 428     SequenceI[] hseqs = av.getAlignment().getHiddenSequences().hiddenSequences;
 429     // Use this method here instead of calling hiddenSeq adjust
 430     // 3 times.
 431     int hSize = hseqs.length;
 432
 433     int hiddenIndex = i;
 434     int lastIndex = i - 1;
 435     int nextIndex = i + 1;
 436
 437     for (int j = 0; j < hSize; j++)
 438     {
 439       if (hseqs[j] != null)
 440       {
 441         if (j - 1 < hiddenIndex)
 442         {
 443           hiddenIndex++;
 444         }
 445         if (j - 1 < lastIndex)
 446         {
 447           lastIndex++;
 448         }
 449         if (j - 1 < nextIndex)
 450         {
 451           nextIndex++;
 452         }
 453       }
 454     }
 455
 456     boolean below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);
 457     boolean above = (nextIndex > hiddenIndex + 1);
 458
 459     gg.setColor(Color.blue);
 460     if (below)
 461     {
 462       gg.fillPolygon(
 463               new int[] { getWidth() - av.getCharHeight(),
 464                   getWidth() - av.getCharHeight(), getWidth() },
 465               new int[] {
 466                   (i - starty) * av.getCharHeight() + yoffset,
 467                   (i - starty) * av.getCharHeight() + yoffset
 468                           + av.getCharHeight() / 4,
 469                   (i - starty) * av.getCharHeight() + yoffset }, 3);
 470     }
 471     if (above)
 472     {
 473       gg.fillPolygon(
 474               new int[] { getWidth() - av.getCharHeight(),
 475                   getWidth() - av.getCharHeight(), getWidth() },
 476               new int[] {
 477                   (i - starty + 1) * av.getCharHeight() + yoffset,
 478                   (i - starty + 1) * av.getCharHeight() + yoffset
 479                           - av.getCharHeight() / 4,
 480                   (i - starty + 1) * av.getCharHeight() + yoffset }, 3);
 481
 482     }
 483   }
 484
 485   void setHiddenFont(SequenceI seq)
 486   {
 487     Font bold = new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD, av.getFont()
 488             .getSize());
 489
 490     if (av.isReferenceSeq(seq) || av.isHiddenRepSequence(seq))
 491     {
 492       gg.setFont(bold);
 493     }
 494     else
 495     {
 496       gg.setFont(getIdfont());
 497     }
 498   }
 499
 500   /**
 501    * DOCUMENT ME!
 502    *
 503    * @param list
 504    *          DOCUMENT ME!
 505    */
 506   public void setHighlighted(List<SequenceI> list)
 507   {
 508     searchResults = list;
 509     repaint();
 510   }
 511
 512   public Font getIdfont()
 513   {
 514     return idfont;
 515   }
 516
 517   public void setIdfont(Font idfont)
 518   {
 519     this.idfont = idfont;
 520   }
 521
 522   @Override
 523   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 524   {
 525     // Respond to viewport range changes (e.g. alignment panel was scrolled)
 526     if (evt.getPropertyName().equals("startseq")
 527             || evt.getPropertyName().equals("endseq"))
 528     {
 529       fastPaint((int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
 530     }
 531   }
 532 }