src/jalview/gui/IdCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class IdCanvas extends JPanel\r
  36 {\r
  37     protected AlignViewport av;\r
  38     protected boolean showScores = true;\r
  39     protected int maxIdLength = -1;\r
  40     protected String maxIdStr = null;\r
  41     BufferedImage image;\r
  42     Graphics2D gg;\r
  43     int imgHeight = 0;\r
  44     boolean fastPaint = false;\r
  45     java.util.Vector searchResults;\r
  46 \r
  47     /**\r
  48      * Creates a new IdCanvas object.\r
  49      *\r
  50      * @param av DOCUMENT ME!\r
  51      */\r
  52     public IdCanvas(AlignViewport av)\r
  53     {\r
  54         setLayout(new BorderLayout());\r
  55         this.av = av;\r
  56         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  57     }\r
  58 \r
  59     /**\r
  60      * DOCUMENT ME!\r
  61      *\r
  62      * @param gg DOCUMENT ME!\r
  63      * @param s DOCUMENT ME!\r
  64      * @param i DOCUMENT ME!\r
  65      * @param starty DOCUMENT ME!\r
  66      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  67      */\r
  68     public void drawIdString(Graphics2D gg, SequenceI s, int i, int starty,\r
  69         int ypos)\r
  70     {\r
  71         int charHeight = av.charHeight;\r
  72 \r
  73         if ((searchResults != null) && searchResults.contains(s))\r
  74         {\r
  75             gg.setColor(Color.black);\r
  76             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  77                 charHeight);\r
  78             gg.setColor(Color.white);\r
  79         }\r
  80         else if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
  81                 av.getSelectionGroup().sequences.contains(s))\r
  82         {\r
  83             gg.setColor(Color.lightGray);\r
  84             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  85                 charHeight);\r
  86             gg.setColor(Color.white);\r
  87         }\r
  88         else\r
  89         {\r
  90             gg.setColor(s.getColor());\r
  91             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  92                 charHeight);\r
  93             gg.setColor(Color.black);\r
  94         }\r
  95 \r
  96 \r
  97         gg.drawString( s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()),\r
  98                       0, (((i - starty + 1) * charHeight) + ypos) - (charHeight / 5));\r
  99     }\r
 100 \r
 101     /**\r
 102      * DOCUMENT ME!\r
 103      *\r
 104      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 105      */\r
 106     public void fastPaint(int vertical)\r
 107     {\r
 108         if (gg == null)\r
 109         {\r
 110             repaint();\r
 111 \r
 112             return;\r
 113         }\r
 114 \r
 115         gg.copyArea(0, 0, getWidth(), imgHeight, 0, -vertical * av.charHeight);\r
 116 \r
 117         int ss = av.startSeq;\r
 118         int es = av.endSeq;\r
 119         int transY = 0;\r
 120 \r
 121         if (vertical > 0) // scroll down\r
 122         {\r
 123             ss = es - vertical;\r
 124 \r
 125             if (ss < av.startSeq)\r
 126             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 127                 ss = av.startSeq;\r
 128             }\r
 129             else\r
 130             {\r
 131                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 132             }\r
 133         }\r
 134         else if (vertical < 0)\r
 135         {\r
 136             es = ss - vertical;\r
 137 \r
 138             if (es > av.endSeq)\r
 139             {\r
 140                 es = av.endSeq;\r
 141             }\r
 142         }\r
 143 \r
 144         gg.translate(0, transY);\r
 145 \r
 146         drawIds(ss, es);\r
 147 \r
 148         gg.translate(0, -transY);\r
 149 \r
 150         fastPaint = true;\r
 151         repaint();\r
 152     }\r
 153 \r
 154     /**\r
 155      * DOCUMENT ME!\r
 156      *\r
 157      * @param g DOCUMENT ME!\r
 158      */\r
 159     public void paintComponent(Graphics g)\r
 160     {\r
 161         g.setColor(Color.white);\r
 162         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 163 \r
 164         if (fastPaint)\r
 165         {\r
 166             fastPaint = false;\r
 167             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 168 \r
 169             return;\r
 170         }\r
 171 \r
 172         imgHeight = getHeight();\r
 173         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 174 \r
 175         if (imgHeight < 1)\r
 176         {\r
 177             return;\r
 178         }\r
 179 \r
 180         image = new BufferedImage(getWidth(), imgHeight,\r
 181                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 182         gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 183 \r
 184         //Fill in the background\r
 185         gg.setColor(Color.white);\r
 186         gg.fillRect(0, 0, getWidth(), imgHeight);\r
 187 \r
 188 \r
 189         drawIds(av.getStartSeq(), av.endSeq);\r
 190 \r
 191         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 192     }\r
 193 \r
 194     /**\r
 195      * DOCUMENT ME!\r
 196      *\r
 197      * @param starty DOCUMENT ME!\r
 198      * @param endy DOCUMENT ME!\r
 199      */\r
 200     void drawIds(int starty, int endy)\r
 201     {\r
 202       Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 203                              av.getFont().getSize());\r
 204       gg.setFont(italic);\r
 205 \r
 206       if (av.antiAlias)\r
 207         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 208                             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 209 \r
 210         Color currentColor = Color.white;\r
 211         Color currentTextColor = Color.black;\r
 212 \r
 213         if (av.getWrapAlignment())\r
 214         {\r
 215           int annotationHeight = 0;\r
 216           AnnotationLabels labels = null;\r
 217 \r
 218           if(av.showAnnotation)\r
 219           {\r
 220             AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);\r
 221             annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();\r
 222             labels = new AnnotationLabels(av);\r
 223           }\r
 224 \r
 225           int hgap = av.charHeight;\r
 226           if (av.scaleAboveWrapped)\r
 227             hgap += av.charHeight;\r
 228 \r
 229           int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 230               + hgap\r
 231               + annotationHeight;\r
 232 \r
 233             int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 234 \r
 235             // Draw the rest of the panels\r
 236             for (int ypos = hgap, row = av.startRes;\r
 237                     (ypos <= getHeight()) && (row < av.alignment.getWidth());\r
 238                     ypos += cHeight, row += rowSize)\r
 239             {\r
 240                 for (int i = starty; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 241                 {\r
 242 \r
 243                     SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 244                     gg.setFont(italic);\r
 245                     drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
 246                 }\r
 247 \r
 248                 if(labels!=null)\r
 249                 {\r
 250                   gg.translate(0, ypos+(av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 251                   labels.drawComponent(gg, getWidth());\r
 252                   gg.translate(0, -ypos-(av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 253 \r
 254                 }\r
 255             }\r
 256         }\r
 257         else\r
 258         {\r
 259             //Now draw the id strings\r
 260             int tmp, hiddenIndex = starty;\r
 261             boolean markHidden = false;\r
 262             for (int i = starty; i < endy; i++)\r
 263             {\r
 264               if (av.hasHiddenRows)\r
 265               {\r
 266                 tmp = av.adjustForHiddenSeqs(i);\r
 267                 if(hiddenIndex != tmp)\r
 268                 {\r
 269                     hiddenIndex = tmp;\r
 270                     markHidden = true;\r
 271                 }\r
 272                 else\r
 273                   markHidden = false;\r
 274 \r
 275                 hiddenIndex++;\r
 276               }\r
 277 \r
 278               if(av.hasHiddenRows && av.alignment.getSequenceAt(i).getHiddenSequences()!=null)\r
 279               {\r
 280                 currentTextColor = Color.blue;\r
 281               }\r
 282               else\r
 283                 // Selected sequence colours\r
 284                 if ((searchResults != null) &&\r
 285                         searchResults.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 286                 {\r
 287                     currentColor = Color.black;\r
 288                     currentTextColor = Color.white;\r
 289                 }\r
 290                 else if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 291                         av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 292                             av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 293                 {\r
 294                     currentColor = Color.lightGray;\r
 295                     currentTextColor = Color.black;\r
 296                 }\r
 297                 else\r
 298                 {\r
 299                     currentColor = av.alignment.getSequenceAt(i).getColor();\r
 300                     currentTextColor = Color.black;\r
 301                 }\r
 302 \r
 303                 gg.setColor(currentColor);\r
 304 \r
 305                 gg.fillRect(0, (i - starty) * av.charHeight, getWidth(),\r
 306                             av.charHeight);\r
 307 \r
 308                 if (markHidden)\r
 309                 {\r
 310                   gg.setColor(Color.blue);\r
 311                //   gg.drawLine(0, (i-starty)*av.charHeight, getWidth(),(i-starty)*av.charHeight);\r
 312                   gg.fillPolygon(new int[] { getWidth() - av.charHeight,\r
 313                                          getWidth() - av.charHeight,\r
 314                                          getWidth() },\r
 315                                 new int[]\r
 316                                 {\r
 317                                     (i-starty)*av.charHeight -av.charHeight/4,\r
 318                                     (i-starty)*av.charHeight +av.charHeight/4,\r
 319                                     (i-starty)*av.charHeight\r
 320                                 }, 3);\r
 321 \r
 322                 }\r
 323 \r
 324                 gg.setColor(currentTextColor);\r
 325 \r
 326                 String string = av.alignment.getSequenceAt(i).getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
 327 \r
 328                 gg.drawString(string, 0,\r
 329                     (((i - starty) * av.charHeight) + av.charHeight) -\r
 330                     (av.charHeight / 5));\r
 331             }\r
 332 \r
 333             // add a border\r
 334          //   gg.setColor(Color.cyan);\r
 335           //  gg.fillRect(getWidth() - 4, 0, 4, getHeight());\r
 336         }\r
 337     }\r
 338 \r
 339     /**\r
 340      * DOCUMENT ME!\r
 341      *\r
 342      * @param found DOCUMENT ME!\r
 343      */\r
 344     public void setHighlighted(java.util.Vector found)\r
 345     {\r
 346         searchResults = found;\r
 347         repaint();\r
 348     }\r
 349 }\r