src/jalview/gui/IdCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 import java.awt.image.*;\r
  23 import javax.swing.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.analysis.*;\r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 \r
  28 public class IdCanvas\r
  29     extends JPanel\r
  30 {\r
  31   protected AlignViewport av;\r
  32   protected boolean showScores = true;\r
  33   protected int maxIdLength = -1;\r
  34   protected String maxIdStr = null;\r
  35   BufferedImage image;\r
  36   Graphics2D gg;\r
  37   int imgHeight = 0;\r
  38   boolean fastPaint = false;\r
  39   java.util.Vector searchResults;\r
  40 \r
  41   public IdCanvas(AlignViewport av)\r
  42   {\r
  43     setLayout(new BorderLayout());\r
  44     this.av = av;\r
  45     PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  46   }\r
  47 \r
  48   public void drawIdString(Graphics2D gg, SequenceI s, int i, int starty,\r
  49                            int ypos)\r
  50   {\r
  51     int charHeight = av.getCharHeight();\r
  52 \r
  53     if ( (searchResults != null) && searchResults.contains(s))\r
  54     {\r
  55       gg.setColor(Color.black);\r
  56       gg.fillRect(0,\r
  57                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, charHeight) + ypos,\r
  58                   getWidth(), charHeight);\r
  59       gg.setColor(Color.white);\r
  60     }\r
  61     else if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
  62              av.getSelectionGroup().sequences.contains(s))\r
  63     {\r
  64       gg.setColor(Color.lightGray);\r
  65       gg.fillRect(0,\r
  66                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, charHeight) + ypos,\r
  67                   getWidth(), charHeight);\r
  68       gg.setColor(Color.white);\r
  69     }\r
  70     else\r
  71     {\r
  72       gg.setColor(s.getColor());\r
  73       gg.fillRect(0,\r
  74                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, charHeight) + ypos,\r
  75                   getWidth(), charHeight);\r
  76       gg.setColor(Color.black);\r
  77     }\r
  78 \r
  79     String string = s.getName();\r
  80 \r
  81     if (av.getShowFullId())\r
  82     {\r
  83       string = s.getDisplayId();\r
  84     }\r
  85 \r
  86     gg.drawString(string, 0,\r
  87                   (AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, charHeight) + ypos +\r
  88                    charHeight) - (charHeight / 5));\r
  89   }\r
  90 \r
  91   public void fastPaint(int vertical)\r
  92   {\r
  93     if (gg == null)\r
  94     {\r
  95       repaint();\r
  96       return;\r
  97     }\r
  98 \r
  99     gg.copyArea(0, 0, getWidth(), imgHeight, 0, -vertical * av.charHeight);\r
 100 \r
 101     int ss = av.startSeq;\r
 102     int es = av.endSeq;\r
 103     int transY = 0;\r
 104 \r
 105     if (vertical > 0) // scroll down\r
 106     {\r
 107       ss = es - vertical;\r
 108 \r
 109       if (ss < av.startSeq)\r
 110       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 111         ss = av.startSeq;\r
 112       }\r
 113       else\r
 114       {\r
 115         transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 116       }\r
 117     }\r
 118     else if (vertical < 0)\r
 119     {\r
 120       es = ss - vertical;\r
 121 \r
 122       if (es > av.endSeq)\r
 123       {\r
 124         es = av.endSeq;\r
 125       }\r
 126     }\r
 127 \r
 128     gg.translate(0, transY);\r
 129 \r
 130     drawIds(ss, es);\r
 131 \r
 132     gg.translate(0, -transY);\r
 133 \r
 134     fastPaint = true;\r
 135     repaint();\r
 136   }\r
 137 \r
 138   public void paintComponent(Graphics g)\r
 139   {\r
 140     g.setColor(Color.white);\r
 141     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 142 \r
 143     if (fastPaint)\r
 144     {\r
 145       fastPaint = false;\r
 146       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 147 \r
 148       return;\r
 149     }\r
 150 \r
 151     imgHeight = getHeight();\r
 152     imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 153 \r
 154     if (imgHeight < 1)\r
 155     {\r
 156       return;\r
 157     }\r
 158 \r
 159     image = new BufferedImage(getWidth(), imgHeight,\r
 160                               BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 161     gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 162 \r
 163     //Fill in the background\r
 164     gg.setColor(Color.white);\r
 165     gg.fillRect(0, 0, getWidth(), imgHeight);\r
 166     gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 167                         RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 168 \r
 169     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 170                            av.getFont().getSize());\r
 171     gg.setFont(italic);\r
 172 \r
 173     drawIds(av.getStartSeq(), av.endSeq);\r
 174 \r
 175     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 176   }\r
 177 \r
 178   void drawIds(int starty, int endy)\r
 179   {\r
 180 \r
 181     Color currentColor = Color.white;\r
 182     Color currentTextColor = Color.black;\r
 183 \r
 184     if (av.getWrapAlignment())\r
 185     {\r
 186       int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 187 \r
 188       // Draw the rest of the panels\r
 189       for (int ypos = 2 * av.charHeight, row = av.startRes;\r
 190            (ypos <= getHeight()) && (row < av.alignment.getWidth());\r
 191            ypos += av.chunkHeight, row += rowSize)\r
 192       {\r
 193         for (int i = starty; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 194         {\r
 195           SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 196           drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
 197         }\r
 198       }\r
 199     }\r
 200     else\r
 201     {\r
 202       //Now draw the id strings\r
 203       for (int i = starty; i < endy; i++)\r
 204       {\r
 205         // Selected sequence colours\r
 206         if ( (searchResults != null) &&\r
 207             searchResults.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 208         {\r
 209           gg.setColor(Color.black);\r
 210           currentColor = Color.black;\r
 211           currentTextColor = Color.white;\r
 212         }\r
 213         else if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 214                  av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 215                      av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 216         {\r
 217           currentColor = Color.lightGray;\r
 218           currentTextColor = Color.black;\r
 219         }\r
 220         else\r
 221         {\r
 222           currentColor = av.alignment.getSequenceAt(i).getColor();\r
 223           currentTextColor = Color.black;\r
 224         }\r
 225 \r
 226         gg.setColor(currentColor);\r
 227 \r
 228         gg.fillRect(0,\r
 229                     AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 230                     getWidth(), av.charHeight);\r
 231 \r
 232         gg.setColor(currentTextColor);\r
 233 \r
 234         String string = av.alignment.getSequenceAt(i).getName();\r
 235 \r
 236         if (av.getShowFullId())\r
 237         {\r
 238           string = av.alignment.getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 239         }\r
 240 \r
 241         gg.drawString(string, 0,\r
 242                       (AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight) +\r
 243                        av.charHeight) - (av.charHeight / 5));\r
 244       }\r
 245 \r
 246       // add a border\r
 247       gg.setColor(Color.white);\r
 248       gg.fillRect(getWidth() - 4, 0, 4, getHeight());\r
 249     }\r
 250   }\r
 251 \r
 252   public void setHighlighted(java.util.Vector found)\r
 253   {\r
 254     searchResults = found;\r
 255     repaint();\r
 256   }\r
 257 }\r