src/jalview/gui/IdCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class IdCanvas extends JPanel\r
  36 {\r
  37     protected AlignViewport av;\r
  38     protected boolean showScores = true;\r
  39     protected int maxIdLength = -1;\r
  40     protected String maxIdStr = null;\r
  41     BufferedImage image;\r
  42     Graphics2D gg;\r
  43     int imgHeight = 0;\r
  44     boolean fastPaint = false;\r
  45     java.util.Vector searchResults;\r
  46 \r
  47     /**\r
  48      * Creates a new IdCanvas object.\r
  49      *\r
  50      * @param av DOCUMENT ME!\r
  51      */\r
  52     public IdCanvas(AlignViewport av)\r
  53     {\r
  54         setLayout(new BorderLayout());\r
  55         this.av = av;\r
  56         PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());\r
  57     }\r
  58 \r
  59     /**\r
  60      * DOCUMENT ME!\r
  61      *\r
  62      * @param gg DOCUMENT ME!\r
  63      * @param s DOCUMENT ME!\r
  64      * @param i DOCUMENT ME!\r
  65      * @param starty DOCUMENT ME!\r
  66      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  67      */\r
  68     public void drawIdString(Graphics2D gg, SequenceI s, int i, int starty, int ypos)\r
  69     {\r
  70         int charHeight = av.charHeight;\r
  71 \r
  72         if ((searchResults != null) && searchResults.contains(s))\r
  73         {\r
  74             gg.setColor(Color.black);\r
  75             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  76                 charHeight);\r
  77             gg.setColor(Color.white);\r
  78         }\r
  79         else if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
  80                 av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(s))\r
  81         {\r
  82             gg.setColor(Color.lightGray);\r
  83             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  84                 charHeight);\r
  85             gg.setColor(Color.white);\r
  86         }\r
  87         else\r
  88         {\r
  89             gg.setColor(s.getColor());\r
  90             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  91                 charHeight);\r
  92             gg.setColor(Color.black);\r
  93         }\r
  94 \r
  95 \r
  96         gg.drawString( s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()),\r
  97                       0, (((i - starty + 1) * charHeight) + ypos) - (charHeight / 5));\r
  98 \r
  99         if (av.hasHiddenRows && av.showHiddenMarkers)\r
 100           drawMarker(i, starty, ypos);\r
 101 \r
 102 \r
 103     }\r
 104 \r
 105     /**\r
 106      * DOCUMENT ME!\r
 107      *\r
 108      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 109      */\r
 110     public void fastPaint(int vertical)\r
 111     {\r
 112         if (gg == null)\r
 113         {\r
 114             repaint();\r
 115 \r
 116             return;\r
 117         }\r
 118 \r
 119         gg.copyArea(0, 0, getWidth(), imgHeight, 0, -vertical * av.charHeight);\r
 120 \r
 121         int ss = av.startSeq;\r
 122         int es = av.endSeq;\r
 123         int transY = 0;\r
 124 \r
 125         if (vertical > 0) // scroll down\r
 126         {\r
 127             ss = es - vertical;\r
 128 \r
 129             if (ss < av.startSeq)\r
 130             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 131                 ss = av.startSeq;\r
 132             }\r
 133             else\r
 134             {\r
 135                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 136             }\r
 137         }\r
 138         else if (vertical < 0)\r
 139         {\r
 140             es = ss - vertical;\r
 141 \r
 142             if (es > av.endSeq)\r
 143             {\r
 144                 es = av.endSeq;\r
 145             }\r
 146         }\r
 147 \r
 148         gg.translate(0, transY);\r
 149 \r
 150         drawIds(ss, es);\r
 151 \r
 152         gg.translate(0, -transY);\r
 153 \r
 154         fastPaint = true;\r
 155         repaint();\r
 156     }\r
 157 \r
 158     /**\r
 159      * DOCUMENT ME!\r
 160      *\r
 161      * @param g DOCUMENT ME!\r
 162      */\r
 163     public void paintComponent(Graphics g)\r
 164     {\r
 165         g.setColor(Color.white);\r
 166         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 167 \r
 168         if (fastPaint)\r
 169         {\r
 170             fastPaint = false;\r
 171             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 172 \r
 173             return;\r
 174         }\r
 175 \r
 176         int oldHeight = imgHeight;\r
 177 \r
 178         imgHeight = getHeight();\r
 179         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 180 \r
 181         if (imgHeight < 1)\r
 182         {\r
 183             return;\r
 184         }\r
 185 \r
 186         if(oldHeight!=imgHeight || image.getWidth(this)!=getWidth())\r
 187         {\r
 188           image = new BufferedImage(getWidth(), imgHeight,\r
 189                                     BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 190         }\r
 191 \r
 192         gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 193         //Fill in the background\r
 194         gg.setColor(Color.white);\r
 195         gg.fillRect(0, 0, getWidth(), imgHeight);\r
 196 \r
 197         drawIds(av.getStartSeq(), av.endSeq);\r
 198 \r
 199         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 200     }\r
 201 \r
 202     /**\r
 203      * DOCUMENT ME!\r
 204      *\r
 205      * @param starty DOCUMENT ME!\r
 206      * @param endy DOCUMENT ME!\r
 207      */\r
 208     void drawIds(int starty, int endy)\r
 209     {\r
 210       Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 211                              av.getFont().getSize());\r
 212 \r
 213       gg.setFont(italic);\r
 214 \r
 215       if (av.antiAlias)\r
 216         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 217                             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 218 \r
 219         Color currentColor = Color.white;\r
 220         Color currentTextColor = Color.black;\r
 221 \r
 222         if (av.getWrapAlignment())\r
 223         {\r
 224           int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 225           int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 226 \r
 227           if (av.hasHiddenColumns)\r
 228             maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 229 \r
 230           int annotationHeight = 0;\r
 231           AnnotationLabels labels = null;\r
 232 \r
 233           if(av.showAnnotation)\r
 234           {\r
 235             AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);\r
 236             annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();\r
 237             labels = new AnnotationLabels(av);\r
 238           }\r
 239 \r
 240           int hgap = av.charHeight;\r
 241           if (av.scaleAboveWrapped)\r
 242             hgap += av.charHeight;\r
 243 \r
 244           int cHeight = alheight * av.charHeight\r
 245               + hgap\r
 246               + annotationHeight;\r
 247 \r
 248           int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 249 \r
 250 \r
 251             // Draw the rest of the panels\r
 252             for (int ypos = hgap, row = av.startRes;\r
 253                     (ypos <= getHeight()) && (row < maxwidth);\r
 254                     ypos += cHeight, row += rowSize)\r
 255             {\r
 256               for (int i = starty; i < alheight; i++)\r
 257               {\r
 258                 if (av.hasHiddenRows)\r
 259                 {\r
 260                   setHiddenFont(i);\r
 261                 }\r
 262                 else\r
 263                   gg.setFont(italic);\r
 264 \r
 265                 SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 266                 drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
 267               }\r
 268 \r
 269                 if(labels!=null)\r
 270                 {\r
 271                   gg.translate(0, ypos+(alheight * av.charHeight));\r
 272                   labels.drawComponent(gg, getWidth());\r
 273                   gg.translate(0, -ypos-(alheight * av.charHeight));\r
 274                 }\r
 275 \r
 276 \r
 277             }\r
 278         }\r
 279         else\r
 280         {\r
 281           //Now draw the id strings\r
 282 \r
 283             SequenceI sequence;\r
 284             //Now draw the id strings\r
 285             for (int i = starty; i < endy; i++)\r
 286             {\r
 287               sequence = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 288 \r
 289               if(sequence==null)\r
 290                 continue;\r
 291 \r
 292               if (av.hasHiddenRows)\r
 293               {\r
 294                 setHiddenFont(i);\r
 295               }\r
 296 \r
 297                 // Selected sequence colours\r
 298                 if ( (searchResults != null) &&\r
 299                     searchResults.contains(sequence))\r
 300                 {\r
 301                   currentColor = Color.black;\r
 302                   currentTextColor = Color.white;\r
 303                 }\r
 304                 else if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 305                          av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(\r
 306                              sequence))\r
 307                 {\r
 308                   currentColor = Color.lightGray;\r
 309                   currentTextColor = Color.black;\r
 310                 }\r
 311                 else\r
 312                 {\r
 313                   currentColor = sequence.getColor();\r
 314                   currentTextColor = Color.black;\r
 315                 }\r
 316 \r
 317                 gg.setColor(currentColor);\r
 318 \r
 319                 gg.fillRect(0, (i - starty) * av.charHeight, getWidth(),\r
 320                             av.charHeight);\r
 321 \r
 322                 gg.setColor(currentTextColor);\r
 323 \r
 324                 String string = sequence.getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
 325 \r
 326                 gg.drawString(string, 0,\r
 327                     (((i - starty) * av.charHeight) + av.charHeight) -\r
 328                     (av.charHeight / 5));\r
 329 \r
 330                if(av.hasHiddenRows && av.showHiddenMarkers)\r
 331                  drawMarker(i, starty, 0);\r
 332 \r
 333             }\r
 334 \r
 335         }\r
 336     }\r
 337 \r
 338     void drawMarker(int i, int starty, int yoffset)\r
 339     {\r
 340 \r
 341       SequenceI [] hseqs = av.alignment.getHiddenSequences().hiddenSequences;\r
 342       //Use this method here instead of calling hiddenSeq adjust\r
 343       //3 times.\r
 344       int hSize = hseqs.length;\r
 345 \r
 346       int hiddenIndex = i;\r
 347       int lastIndex = i - 1;\r
 348       int nextIndex = i + 1;\r
 349 \r
 350       for(int j=0; j<hSize; j++)\r
 351       {\r
 352         if (hseqs[j] != null)\r
 353         {\r
 354           if(j-1<hiddenIndex)\r
 355             hiddenIndex++;\r
 356           if(j-1<lastIndex)\r
 357             lastIndex++;\r
 358           if(j-1<nextIndex)\r
 359             nextIndex++;\r
 360         }\r
 361       }\r
 362 \r
 363       boolean below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);\r
 364       boolean above = (nextIndex > hiddenIndex+1);\r
 365 \r
 366 \r
 367         gg.setColor(Color.blue);\r
 368         if(below)\r
 369         {\r
 370           gg.fillPolygon(new int[]\r
 371                          {getWidth()- av.charHeight,\r
 372                          getWidth()- av.charHeight,\r
 373                          getWidth()},\r
 374                          new int[]\r
 375                          {\r
 376                          (i - starty) * av.charHeight +yoffset,\r
 377                          (i - starty) * av.charHeight +yoffset+ av.charHeight / 4,\r
 378                          (i - starty) * av.charHeight+yoffset\r
 379           }, 3);\r
 380         }\r
 381         if(above)\r
 382         {\r
 383           gg.fillPolygon(new int[]\r
 384                         {getWidth()- av.charHeight,\r
 385                         getWidth()- av.charHeight,\r
 386                         getWidth() },\r
 387                         new int[]\r
 388                         {\r
 389                         (i - starty+1) * av.charHeight +yoffset,\r
 390                         (i - starty+1) * av.charHeight +yoffset- av.charHeight / 4,\r
 391                         (i - starty+1) * av.charHeight +yoffset\r
 392          }, 3);\r
 393 \r
 394         }\r
 395     }\r
 396 \r
 397     void setHiddenFont(int i)\r
 398     {\r
 399       Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 400                              av.getFont().getSize());\r
 401       Font bold = new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD,\r
 402                            av.getFont().getSize());\r
 403 \r
 404 \r
 405       if (av.alignment.getSequenceAt(i)!=null\r
 406           && av.alignment.getSequenceAt(i).getHiddenSequences() != null)\r
 407         gg.setFont(bold);\r
 408       else\r
 409         gg.setFont(italic);\r
 410     }\r
 411 \r
 412     /**\r
 413      * DOCUMENT ME!\r
 414      *\r
 415      * @param found DOCUMENT ME!\r
 416      */\r
 417     public void setHighlighted(java.util.Vector found)\r
 418     {\r
 419         searchResults = found;\r
 420         repaint();\r
 421     }\r
 422 }\r