src/jalview/gui/IdCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.image.*;\r
  27 \r
  28 import javax.swing.*;\r
  29 \r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * DOCUMENT ME!\r
  33  *\r
  34  * @author $author$\r
  35  * @version $Revision$\r
  36  */\r
  37 public class IdCanvas extends JPanel\r
  38 {\r
  39     protected AlignViewport av;\r
  40     protected boolean showScores = true;\r
  41     protected int maxIdLength = -1;\r
  42     protected String maxIdStr = null;\r
  43     BufferedImage image;\r
  44     Graphics2D gg;\r
  45     int imgHeight = 0;\r
  46     boolean fastPaint = false;\r
  47     java.util.Vector searchResults;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Creates a new IdCanvas object.\r
  51      *\r
  52      * @param av DOCUMENT ME!\r
  53      */\r
  54     public IdCanvas(AlignViewport av)\r
  55     {\r
  56         setLayout(new BorderLayout());\r
  57         this.av = av;\r
  58         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  59     }\r
  60 \r
  61     /**\r
  62      * DOCUMENT ME!\r
  63      *\r
  64      * @param gg DOCUMENT ME!\r
  65      * @param s DOCUMENT ME!\r
  66      * @param i DOCUMENT ME!\r
  67      * @param starty DOCUMENT ME!\r
  68      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  69      */\r
  70     public void drawIdString(Graphics2D gg, SequenceI s, int i, int starty,\r
  71         int ypos)\r
  72     {\r
  73         int charHeight = av.charHeight;\r
  74 \r
  75         if ((searchResults != null) && searchResults.contains(s))\r
  76         {\r
  77             gg.setColor(Color.black);\r
  78             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  79                 charHeight);\r
  80             gg.setColor(Color.white);\r
  81         }\r
  82         else if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
  83                 av.getSelectionGroup().sequences.contains(s))\r
  84         {\r
  85             gg.setColor(Color.lightGray);\r
  86             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  87                 charHeight);\r
  88             gg.setColor(Color.white);\r
  89         }\r
  90         else\r
  91         {\r
  92             gg.setColor(s.getColor());\r
  93             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  94                 charHeight);\r
  95             gg.setColor(Color.black);\r
  96         }\r
  97 \r
  98         String string = s.getName();\r
  99 \r
 100         if (av.getShowFullId())\r
 101         {\r
 102             string = s.getDisplayId();\r
 103         }\r
 104 \r
 105         gg.drawString(string, 0,\r
 106             (((i - starty + 1) * charHeight) + ypos) - (charHeight / 5));\r
 107     }\r
 108 \r
 109     /**\r
 110      * DOCUMENT ME!\r
 111      *\r
 112      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 113      */\r
 114     public void fastPaint(int vertical)\r
 115     {\r
 116         if (gg == null)\r
 117         {\r
 118             repaint();\r
 119 \r
 120             return;\r
 121         }\r
 122 \r
 123         gg.copyArea(0, 0, getWidth(), imgHeight, 0, -vertical * av.charHeight);\r
 124 \r
 125         int ss = av.startSeq;\r
 126         int es = av.endSeq;\r
 127         int transY = 0;\r
 128 \r
 129         if (vertical > 0) // scroll down\r
 130         {\r
 131             ss = es - vertical;\r
 132 \r
 133             if (ss < av.startSeq)\r
 134             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 135                 ss = av.startSeq;\r
 136             }\r
 137             else\r
 138             {\r
 139                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 140             }\r
 141         }\r
 142         else if (vertical < 0)\r
 143         {\r
 144             es = ss - vertical;\r
 145 \r
 146             if (es > av.endSeq)\r
 147             {\r
 148                 es = av.endSeq;\r
 149             }\r
 150         }\r
 151 \r
 152         gg.translate(0, transY);\r
 153 \r
 154         drawIds(ss, es);\r
 155 \r
 156         gg.translate(0, -transY);\r
 157 \r
 158         fastPaint = true;\r
 159         repaint();\r
 160     }\r
 161 \r
 162     /**\r
 163      * DOCUMENT ME!\r
 164      *\r
 165      * @param g DOCUMENT ME!\r
 166      */\r
 167     public void paintComponent(Graphics g)\r
 168     {\r
 169         g.setColor(Color.white);\r
 170         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 171 \r
 172         if (fastPaint)\r
 173         {\r
 174             fastPaint = false;\r
 175             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 176 \r
 177             return;\r
 178         }\r
 179 \r
 180         imgHeight = getHeight();\r
 181         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 182 \r
 183         if (imgHeight < 1)\r
 184         {\r
 185             return;\r
 186         }\r
 187 \r
 188         image = new BufferedImage(getWidth(), imgHeight,\r
 189                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 190         gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 191 \r
 192         //Fill in the background\r
 193         gg.setColor(Color.white);\r
 194         gg.fillRect(0, 0, getWidth(), imgHeight);\r
 195 \r
 196 \r
 197         drawIds(av.getStartSeq(), av.endSeq);\r
 198 \r
 199         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 200     }\r
 201 \r
 202     /**\r
 203      * DOCUMENT ME!\r
 204      *\r
 205      * @param starty DOCUMENT ME!\r
 206      * @param endy DOCUMENT ME!\r
 207      */\r
 208     void drawIds(int starty, int endy)\r
 209     {\r
 210       Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 211                              av.getFont().getSize());\r
 212       gg.setFont(italic);\r
 213       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 214             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 215 \r
 216         Color currentColor = Color.white;\r
 217         Color currentTextColor = Color.black;\r
 218 \r
 219         if (av.getWrapAlignment())\r
 220         {\r
 221           int annotationHeight = 0;\r
 222           AnnotationLabels labels = null;\r
 223 \r
 224           if(av.showAnnotation)\r
 225           {\r
 226             AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);\r
 227             annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();\r
 228             labels = new AnnotationLabels(av);\r
 229           }\r
 230 \r
 231           int hgap = av.charHeight;\r
 232           if (av.scaleAboveWrapped)\r
 233             hgap += av.charHeight;\r
 234 \r
 235           int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 236               + hgap\r
 237               + annotationHeight;\r
 238 \r
 239             int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 240 \r
 241             // Draw the rest of the panels\r
 242             for (int ypos = hgap, row = av.startRes;\r
 243                     (ypos <= getHeight()) && (row < av.alignment.getWidth());\r
 244                     ypos += cHeight, row += rowSize)\r
 245             {\r
 246                 for (int i = starty; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 247                 {\r
 248                     SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 249                     drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
 250                 }\r
 251 \r
 252                 if(labels!=null)\r
 253                 {\r
 254                   gg.setFont(av.getFont());\r
 255                   gg.translate(0, ypos+(av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 256                   labels.drawComponent(gg, getWidth());\r
 257                   gg.translate(0, -ypos-(av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 258                   gg.setFont(italic);\r
 259                 }\r
 260             }\r
 261         }\r
 262         else\r
 263         {\r
 264             //Now draw the id strings\r
 265             for (int i = starty; i < endy; i++)\r
 266             {\r
 267                 // Selected sequence colours\r
 268                 if ((searchResults != null) &&\r
 269                         searchResults.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 270                 {\r
 271                     gg.setColor(Color.black);\r
 272                     currentColor = Color.black;\r
 273                     currentTextColor = Color.white;\r
 274                 }\r
 275                 else if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 276                         av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 277                             av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 278                 {\r
 279                     currentColor = Color.lightGray;\r
 280                     currentTextColor = Color.black;\r
 281                 }\r
 282                 else\r
 283                 {\r
 284                     currentColor = av.alignment.getSequenceAt(i).getColor();\r
 285                     currentTextColor = Color.black;\r
 286                 }\r
 287 \r
 288                 gg.setColor(currentColor);\r
 289 \r
 290                 gg.fillRect(0, (i - starty) * av.charHeight, getWidth(),\r
 291                     av.charHeight);\r
 292 \r
 293                 gg.setColor(currentTextColor);\r
 294 \r
 295                 String string = av.alignment.getSequenceAt(i).getName();\r
 296 \r
 297                 if (av.getShowFullId())\r
 298                 {\r
 299                     string = av.alignment.getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 300                 }\r
 301 \r
 302                 gg.drawString(string, 0,\r
 303                     (((i - starty) * av.charHeight) + av.charHeight) -\r
 304                     (av.charHeight / 5));\r
 305             }\r
 306 \r
 307             // add a border\r
 308             gg.setColor(Color.white);\r
 309             gg.fillRect(getWidth() - 4, 0, 4, getHeight());\r
 310         }\r
 311     }\r
 312 \r
 313     /**\r
 314      * DOCUMENT ME!\r
 315      *\r
 316      * @param found DOCUMENT ME!\r
 317      */\r
 318     public void setHighlighted(java.util.Vector found)\r
 319     {\r
 320         searchResults = found;\r
 321         repaint();\r
 322     }\r
 323 }\r