src/jalview/gui/IdCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.gui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.Graphics2D.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 import jalview.analysis.*;\r
  28 public class IdCanvas extends JPanel\r
  29 {\r
  30   protected AlignViewport av;\r
  31 \r
  32   protected boolean showScores  = true;\r
  33 \r
  34   protected int     maxIdLength = -1;\r
  35   protected String  maxIdStr    = null;\r
  36   BufferedImage image;\r
  37   Graphics2D gg;\r
  38   int imgHeight=0;\r
  39   boolean fastPaint = false;\r
  40 \r
  41   java.util.Vector searchResults;\r
  42 \r
  43   public IdCanvas(AlignViewport av)\r
  44   {\r
  45     setLayout(new BorderLayout());\r
  46     this.av         = av;\r
  47     PaintRefresher.Register(this);\r
  48   }\r
  49 \r
  50   public void drawIdString(Graphics2D gg,SequenceI s,int i, int starty, int ypos) {\r
  51       int charHeight = av.getCharHeight();\r
  52 \r
  53       if(searchResults!=null && searchResults.contains(s))\r
  54       {\r
  55         gg.setColor(Color.black);\r
  56         gg.fillRect(0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight)+ ypos,getWidth(),charHeight);\r
  57         gg.setColor(Color.white);\r
  58       }\r
  59       else if (av.getSelectionGroup()!=null && av.getSelectionGroup().sequences.contains(s)) {\r
  60           gg.setColor(Color.lightGray);\r
  61           gg.fillRect(0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight)+ ypos,getWidth(),charHeight);\r
  62           gg.setColor(Color.white);\r
  63       } else {\r
  64           gg.setColor(s.getColor());\r
  65           gg.fillRect(0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight)+ ypos,getWidth(),charHeight);\r
  66           gg.setColor(Color.black);\r
  67       }\r
  68 \r
  69       String string = s.getName();\r
  70       if(av.getShowFullId())\r
  71         string = s.getDisplayId();\r
  72 \r
  73       gg.drawString(string,0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight) + ypos + charHeight-   (charHeight/5));\r
  74 \r
  75   }\r
  76 \r
  77   public void fastPaint(int vertical)\r
  78   {\r
  79     if(gg==null)\r
  80     {  repaint(); return;}\r
  81 \r
  82     gg.copyArea( 0,0, getWidth(), imgHeight, 0, -vertical*av.charHeight );\r
  83 \r
  84     int ss=av.startSeq, es=av.endSeq, transY = 0;\r
  85     if (vertical > 0) // scroll down\r
  86      {\r
  87        ss = es - vertical;\r
  88        if(ss<av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
  89          ss = av.startSeq;\r
  90        else\r
  91          transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
  92      }\r
  93      else if (vertical < 0)\r
  94      {\r
  95        es = ss - vertical;\r
  96        if(es > av.endSeq)\r
  97          es = av.endSeq;\r
  98      }\r
  99 \r
 100 \r
 101 \r
 102         gg.translate(0, transY);\r
 103 \r
 104         drawIds(ss, es);\r
 105 \r
 106         gg.translate( 0, -transY );\r
 107 \r
 108 \r
 109       fastPaint = true;\r
 110       repaint();\r
 111   }\r
 112 \r
 113   public void paintComponent(Graphics g)\r
 114   {\r
 115     g.setColor(Color.white);\r
 116     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 117 \r
 118     if (fastPaint)\r
 119     {\r
 120       fastPaint = false;\r
 121       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 122       return;\r
 123     }\r
 124 \r
 125     imgHeight = getHeight();\r
 126     imgHeight -= imgHeight % av.charHeight;\r
 127 \r
 128     if (imgHeight<1)\r
 129       return;\r
 130 \r
 131     image = new BufferedImage(getWidth(), imgHeight, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 132     gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 133     //Fill in the background\r
 134     gg.setColor(Color.white);\r
 135     gg.fillRect(0, 0, getWidth(), imgHeight);\r
 136     gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 137                         RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 138     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 139                            av.getFont().getSize());\r
 140     gg.setFont(italic);\r
 141 \r
 142     drawIds( av.getStartSeq(), av.endSeq);\r
 143 \r
 144     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 145   }\r
 146 \r
 147   void drawIds(int starty, int endy)\r
 148   {\r
 149     Color currentColor     = Color.white;\r
 150     Color currentTextColor = Color.black;\r
 151 \r
 152     if (av.getWrapAlignment())\r
 153     {\r
 154 \r
 155           int rowSize =  av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 156           // Draw the rest of the panels\r
 157 \r
 158           for(int ypos=2*av.charHeight, row=av.startRes;\r
 159               ypos <= getHeight() && row<av.alignment.getWidth();\r
 160               ypos += av.chunkHeight, row+=rowSize )\r
 161           {\r
 162             for (int i = starty; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 163             {\r
 164               SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 165               drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
 166             }\r
 167           }\r
 168 \r
 169 \r
 170     } else\r
 171     {\r
 172 \r
 173       //Now draw the id strings\r
 174       for (int i = starty; i < endy; i++)\r
 175       {\r
 176         // Selected sequence colours\r
 177 \r
 178         if(searchResults!=null && searchResults.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 179         {\r
 180           gg.setColor(Color.black);\r
 181           currentColor = Color.black;\r
 182           currentTextColor = Color.white;\r
 183       }\r
 184       else if (av.getSelectionGroup()!= null\r
 185             && av.getSelectionGroup().sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 186         {\r
 187           currentColor = Color.lightGray;\r
 188           currentTextColor = Color.black;\r
 189         }\r
 190         else\r
 191         {\r
 192           currentColor = av.alignment.getSequenceAt(i).getColor();\r
 193           currentTextColor = Color.black;\r
 194         }\r
 195 \r
 196         gg.setColor(currentColor);\r
 197 \r
 198         gg.fillRect(0,\r
 199                     AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 200                     getWidth(),\r
 201                     av.charHeight);\r
 202 \r
 203         gg.setColor(currentTextColor);\r
 204         String string = av.alignment.getSequenceAt(i).getName();\r
 205         if(av.getShowFullId())\r
 206           string = av.alignment.getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 207         gg.drawString(string, 0,\r
 208                       AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight) +\r
 209                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 210       }\r
 211 \r
 212       // add a border\r
 213       gg.setColor(Color.white);\r
 214       gg.fillRect(getWidth()-4,0,4,getHeight());\r
 215     }\r
 216 \r
 217   }\r
 218 \r
 219   public void setHighlighted(java.util.Vector found)\r
 220   {\r
 221     searchResults = found;\r
 222     repaint();\r
 223   }\r
 224 }\r