src/jalview/gui/IdCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.image.*;\r
  27 \r
  28 import javax.swing.*;\r
  29 \r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * DOCUMENT ME!\r
  33  *\r
  34  * @author $author$\r
  35  * @version $Revision$\r
  36  */\r
  37 public class IdCanvas extends JPanel\r
  38 {\r
  39     protected AlignViewport av;\r
  40     protected boolean showScores = true;\r
  41     protected int maxIdLength = -1;\r
  42     protected String maxIdStr = null;\r
  43     BufferedImage image;\r
  44     Graphics2D gg;\r
  45     int imgHeight = 0;\r
  46     boolean fastPaint = false;\r
  47     java.util.Vector searchResults;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Creates a new IdCanvas object.\r
  51      *\r
  52      * @param av DOCUMENT ME!\r
  53      */\r
  54     public IdCanvas(AlignViewport av)\r
  55     {\r
  56         setLayout(new BorderLayout());\r
  57         this.av = av;\r
  58         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  59     }\r
  60 \r
  61     /**\r
  62      * DOCUMENT ME!\r
  63      *\r
  64      * @param gg DOCUMENT ME!\r
  65      * @param s DOCUMENT ME!\r
  66      * @param i DOCUMENT ME!\r
  67      * @param starty DOCUMENT ME!\r
  68      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  69      */\r
  70     public void drawIdString(Graphics2D gg, SequenceI s, int i, int starty,\r
  71         int ypos)\r
  72     {\r
  73         int charHeight = av.charHeight;\r
  74 \r
  75         if ((searchResults != null) && searchResults.contains(s))\r
  76         {\r
  77             gg.setColor(Color.black);\r
  78             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  79                 charHeight);\r
  80             gg.setColor(Color.white);\r
  81         }\r
  82         else if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
  83                 av.getSelectionGroup().sequences.contains(s))\r
  84         {\r
  85             gg.setColor(Color.lightGray);\r
  86             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  87                 charHeight);\r
  88             gg.setColor(Color.white);\r
  89         }\r
  90         else\r
  91         {\r
  92             gg.setColor(s.getColor());\r
  93             gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getWidth(),\r
  94                 charHeight);\r
  95             gg.setColor(Color.black);\r
  96         }\r
  97 \r
  98         String string = s.getName();\r
  99 \r
 100         if (av.getShowFullId())\r
 101         {\r
 102             string = s.getDisplayId();\r
 103         }\r
 104 \r
 105         gg.drawString(string, 0,\r
 106             (((i - starty + 1) * charHeight) + ypos) - (charHeight / 5));\r
 107     }\r
 108 \r
 109     /**\r
 110      * DOCUMENT ME!\r
 111      *\r
 112      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 113      */\r
 114     public void fastPaint(int vertical)\r
 115     {\r
 116         if (gg == null)\r
 117         {\r
 118             repaint();\r
 119 \r
 120             return;\r
 121         }\r
 122 \r
 123         gg.copyArea(0, 0, getWidth(), imgHeight, 0, -vertical * av.charHeight);\r
 124 \r
 125         int ss = av.startSeq;\r
 126         int es = av.endSeq;\r
 127         int transY = 0;\r
 128 \r
 129         if (vertical > 0) // scroll down\r
 130         {\r
 131             ss = es - vertical;\r
 132 \r
 133             if (ss < av.startSeq)\r
 134             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 135                 ss = av.startSeq;\r
 136             }\r
 137             else\r
 138             {\r
 139                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 140             }\r
 141         }\r
 142         else if (vertical < 0)\r
 143         {\r
 144             es = ss - vertical;\r
 145 \r
 146             if (es > av.endSeq)\r
 147             {\r
 148                 es = av.endSeq;\r
 149             }\r
 150         }\r
 151 \r
 152         gg.translate(0, transY);\r
 153 \r
 154         drawIds(ss, es);\r
 155 \r
 156         gg.translate(0, -transY);\r
 157 \r
 158         fastPaint = true;\r
 159         repaint();\r
 160     }\r
 161 \r
 162     /**\r
 163      * DOCUMENT ME!\r
 164      *\r
 165      * @param g DOCUMENT ME!\r
 166      */\r
 167     public void paintComponent(Graphics g)\r
 168     {\r
 169         g.setColor(Color.white);\r
 170         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 171 \r
 172         if (fastPaint)\r
 173         {\r
 174             fastPaint = false;\r
 175             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 176 \r
 177             return;\r
 178         }\r
 179 \r
 180         imgHeight = getHeight();\r
 181         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 182 \r
 183         if (imgHeight < 1)\r
 184         {\r
 185             return;\r
 186         }\r
 187 \r
 188         image = new BufferedImage(getWidth(), imgHeight,\r
 189                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 190         gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 191 \r
 192         //Fill in the background\r
 193         gg.setColor(Color.white);\r
 194         gg.fillRect(0, 0, getWidth(), imgHeight);\r
 195         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 196             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 197 \r
 198         Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 199                 av.getFont().getSize());\r
 200         gg.setFont(italic);\r
 201 \r
 202         drawIds(av.getStartSeq(), av.endSeq);\r
 203 \r
 204         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 205     }\r
 206 \r
 207     /**\r
 208      * DOCUMENT ME!\r
 209      *\r
 210      * @param starty DOCUMENT ME!\r
 211      * @param endy DOCUMENT ME!\r
 212      */\r
 213     void drawIds(int starty, int endy)\r
 214     {\r
 215         Color currentColor = Color.white;\r
 216         Color currentTextColor = Color.black;\r
 217 \r
 218         if (av.getWrapAlignment())\r
 219         {\r
 220             int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 221 \r
 222             // Draw the rest of the panels\r
 223             for (int ypos = 2 * av.charHeight, row = av.startRes;\r
 224                     (ypos <= getHeight()) && (row < av.alignment.getWidth());\r
 225                     ypos += av.chunkHeight, row += rowSize)\r
 226             {\r
 227                 for (int i = starty; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 228                 {\r
 229                     SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 230                     drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
 231                 }\r
 232             }\r
 233         }\r
 234         else\r
 235         {\r
 236             //Now draw the id strings\r
 237             for (int i = starty; i < endy; i++)\r
 238             {\r
 239                 // Selected sequence colours\r
 240                 if ((searchResults != null) &&\r
 241                         searchResults.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 242                 {\r
 243                     gg.setColor(Color.black);\r
 244                     currentColor = Color.black;\r
 245                     currentTextColor = Color.white;\r
 246                 }\r
 247                 else if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 248                         av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 249                             av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 250                 {\r
 251                     currentColor = Color.lightGray;\r
 252                     currentTextColor = Color.black;\r
 253                 }\r
 254                 else\r
 255                 {\r
 256                     currentColor = av.alignment.getSequenceAt(i).getColor();\r
 257                     currentTextColor = Color.black;\r
 258                 }\r
 259 \r
 260                 gg.setColor(currentColor);\r
 261 \r
 262                 gg.fillRect(0, (i - starty) * av.charHeight, getWidth(),\r
 263                     av.charHeight);\r
 264 \r
 265                 gg.setColor(currentTextColor);\r
 266 \r
 267                 String string = av.alignment.getSequenceAt(i).getName();\r
 268 \r
 269                 if (av.getShowFullId())\r
 270                 {\r
 271                     string = av.alignment.getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 272                 }\r
 273 \r
 274                 gg.drawString(string, 0,\r
 275                     (((i - starty) * av.charHeight) + av.charHeight) -\r
 276                     (av.charHeight / 5));\r
 277             }\r
 278 \r
 279             // add a border\r
 280             gg.setColor(Color.white);\r
 281             gg.fillRect(getWidth() - 4, 0, 4, getHeight());\r
 282         }\r
 283     }\r
 284 \r
 285     /**\r
 286      * DOCUMENT ME!\r
 287      *\r
 288      * @param found DOCUMENT ME!\r
 289      */\r
 290     public void setHighlighted(java.util.Vector found)\r
 291     {\r
 292         searchResults = found;\r
 293         repaint();\r
 294     }\r
 295 }\r