src/jalview/gui/IdPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 \r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 \r
   8 import javax.swing.*;\r
   9 \r
  10 public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener {\r
  11 \r
  12   protected IdCanvas       idCanvas;\r
  13   protected AlignViewport  av;\r
  14   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  15   ScrollThread scrollThread = null;\r
  16 \r
  17   int            offy;\r
  18   int            width;\r
  19   int lastid = -1;\r
  20   boolean mouseDragging = false;\r
  21 \r
  22   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  23   {\r
  24     this.av         = av;\r
  25     alignPanel = parent;\r
  26     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  27     setLayout(new BorderLayout());\r
  28     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  29     addMouseListener(this);\r
  30     addMouseMotionListener(this);\r
  31   }\r
  32 \r
  33   public void mouseMoved(MouseEvent e) {}\r
  34 \r
  35 \r
  36   public void mouseDragged(MouseEvent e) {\r
  37     mouseDragging = true;\r
  38 \r
  39     int y = e.getY();\r
  40     if(av.getWrapAlignment())\r
  41       y-=2*av.charHeight;\r
  42     int seq = av.getIndex(y);\r
  43 \r
  44     if(seq<0)\r
  45       return;\r
  46 \r
  47     if (seq < lastid)\r
  48       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
  49     else if (seq > lastid)\r
  50       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
  51 \r
  52     lastid = seq;\r
  53     alignPanel.repaint();\r
  54   }\r
  55 \r
  56   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
  57   {\r
  58     if (e.getClickCount() == 2)\r
  59     {\r
  60        int y = e.getY();\r
  61        if(av.getWrapAlignment())\r
  62          y-=2*av.charHeight;\r
  63 \r
  64        int seq = av.getIndex(y);\r
  65        String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
  66 \r
  67        try{\r
  68          jalview.util.BrowserLauncher.openURL(\r
  69              "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[swall-id:" + id +\r
  70              "]+-vn+2");\r
  71        }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
  72     }\r
  73 \r
  74   }\r
  75   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
  76   {\r
  77     if(scrollThread!=null)\r
  78       scrollThread.running = false;\r
  79   }\r
  80 \r
  81   public void mouseExited (MouseEvent e)\r
  82   {\r
  83     if(av.getWrapAlignment())\r
  84       return;\r
  85 \r
  86     if(mouseDragging && e.getY()<0 && av.getStartSeq()>0)\r
  87     {\r
  88       scrollThread = new ScrollThread(true);\r
  89     }\r
  90 \r
  91     if(mouseDragging && e.getY()>=getHeight() && av.alignment.getHeight()>av.getEndSeq())\r
  92     {\r
  93       scrollThread = new ScrollThread(false);\r
  94     }\r
  95   }\r
  96 \r
  97 \r
  98   public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
  99     if (e.getClickCount() == 2)\r
 100       return;\r
 101 \r
 102     int y = e.getY();\r
 103     if(av.getWrapAlignment())\r
 104       y-=2*av.charHeight;\r
 105 \r
 106     int seq = av.getIndex(y);\r
 107     if (seq == -1)\r
 108       return;\r
 109 \r
 110     if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))\r
 111     {\r
 112       jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(alignPanel,\r
 113           (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq));\r
 114       pop.show(this, e.getX(), y);\r
 115       return;\r
 116     }\r
 117 \r
 118     if(!e.isControlDown() && !e.isShiftDown() && av.alignment.findGroup( av.alignment.getSequenceAt(seq))!=null)\r
 119     {\r
 120 \r
 121       SequenceGroup selection = new SequenceGroup();\r
 122       SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq));\r
 123       selection.setStartRes(0);\r
 124       selection.setEndRes(av.alignment.getWidth()-1);\r
 125       for (int i =0; i< sg.getSize(); i++)\r
 126         selection.addSequence(sg.getSequenceAt(i));\r
 127 \r
 128       av.setSelectionGroup(selection);\r
 129       return;\r
 130     }\r
 131 \r
 132     if(av.getSelectionGroup()==null || ( !e.isControlDown() && av.getSelectionGroup()!=null))\r
 133       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 134 \r
 135     av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
 136     av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth()-1);\r
 137 \r
 138     if(e.isShiftDown() && lastid!=-1)\r
 139       selectSeqs(lastid, seq);\r
 140     else\r
 141       selectSeq(seq);\r
 142 \r
 143     alignPanel.repaint();\r
 144   }\r
 145 \r
 146   void selectSeq(int seq)\r
 147   {\r
 148     lastid = seq;\r
 149     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 150     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq);\r
 151   }\r
 152 \r
 153   void selectSeqs(int start, int end) {\r
 154 \r
 155     lastid = start;\r
 156     if (end < start)\r
 157      {\r
 158        int tmp = start;\r
 159        start = end;\r
 160        end   = tmp;\r
 161        lastid = end;\r
 162      }\r
 163 \r
 164      for (int i = start; i <= end; i++)\r
 165         av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 166 \r
 167    }\r
 168 \r
 169 \r
 170   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 171   {\r
 172     if(scrollThread!=null)\r
 173       scrollThread.running = false;\r
 174 \r
 175     mouseDragging = false;\r
 176     PaintRefresher.Refresh(this);\r
 177   }\r
 178 \r
 179   public void highlightSearchResults( java.util.ArrayList found )\r
 180   {\r
 181     idCanvas.setHighlighted( found );\r
 182 \r
 183     if(found == null)\r
 184       return;\r
 185 \r
 186     int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI)found.get(0));\r
 187 \r
 188     // do we need to scroll the panel?\r
 189     if(av.getStartSeq()>index || av.getEndSeq()<index)\r
 190         alignPanel.setScrollValues( av.getStartRes(), index);\r
 191   }\r
 192 \r
 193   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 194   class ScrollThread\r
 195       extends Thread\r
 196   {\r
 197     boolean running = false;\r
 198     boolean up = true;\r
 199     public ScrollThread(boolean up)\r
 200     {\r
 201       this.up = up;\r
 202       start();\r
 203     }\r
 204 \r
 205     public void stopScrolling()\r
 206     {\r
 207       running = false;\r
 208     }\r
 209 \r
 210     public void run()\r
 211     {\r
 212       running = true;\r
 213       while (running)\r
 214       {\r
 215         if(alignPanel.scrollUp(up))\r
 216         {\r
 217           // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
 218           int seq = av.getStartSeq();\r
 219           if(!up)\r
 220             seq = av.getEndSeq();\r
 221 \r
 222           if (seq < lastid)\r
 223             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 224           else if (seq > lastid)\r
 225             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 226 \r
 227           lastid = seq;\r
 228         }\r
 229         else\r
 230           running = false;\r
 231 \r
 232         alignPanel.repaint();\r
 233         try\r
 234         {\r
 235           Thread.sleep(100);\r
 236         }\r
 237         catch (Exception ex)\r
 238         {}\r
 239       }\r
 240     }\r
 241 }\r
 242 \r
 243 }\r