src/jalview/gui/Jalview2XML.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.Conservation;
  24 import jalview.api.FeatureColourI;
  25 import jalview.api.ViewStyleI;
  26 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  29 import jalview.datamodel.Alignment;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  32 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  33 import jalview.datamodel.RnaViewerModel;
  34 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  35 import jalview.datamodel.SequenceI;
  36 import jalview.datamodel.StructureViewerModel;
  37 import jalview.datamodel.StructureViewerModel.StructureData;
  38 import jalview.ext.varna.RnaModel;
  39 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  40 import jalview.schemabinding.version2.AlcodMap;
  41 import jalview.schemabinding.version2.AlcodonFrame;
  42 import jalview.schemabinding.version2.Annotation;
  43 import jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours;
  44 import jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement;
  45 import jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam;
  46 import jalview.schemabinding.version2.DBRef;
  47 import jalview.schemabinding.version2.Features;
  48 import jalview.schemabinding.version2.Group;
  49 import jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns;
  50 import jalview.schemabinding.version2.JGroup;
  51 import jalview.schemabinding.version2.JSeq;
  52 import jalview.schemabinding.version2.JalviewModel;
  53 import jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence;
  54 import jalview.schemabinding.version2.MapListFrom;
  55 import jalview.schemabinding.version2.MapListTo;
  56 import jalview.schemabinding.version2.Mapping;
  57 import jalview.schemabinding.version2.MappingChoice;
  58 import jalview.schemabinding.version2.OtherData;
  59 import jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem;
  60 import jalview.schemabinding.version2.Pdbids;
  61 import jalview.schemabinding.version2.Property;
  62 import jalview.schemabinding.version2.RnaViewer;
  63 import jalview.schemabinding.version2.SecondaryStructure;
  64 import jalview.schemabinding.version2.Sequence;
  65 import jalview.schemabinding.version2.SequenceSet;
  66 import jalview.schemabinding.version2.SequenceSetProperties;
  67 import jalview.schemabinding.version2.Setting;
  68 import jalview.schemabinding.version2.StructureState;
  69 import jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine;
  70 import jalview.schemabinding.version2.Tree;
  71 import jalview.schemabinding.version2.UserColours;
  72 import jalview.schemabinding.version2.Viewport;
  73 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  74 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  75 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  76 import jalview.schemes.FeatureColour;
  77 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  78 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  79 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  80 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  81 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  82 import jalview.util.MessageManager;
  83 import jalview.util.Platform;
  84 import jalview.util.StringUtils;
  85 import jalview.util.jarInputStreamProvider;
  86 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  87 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererSettings;
  88 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeaturesDisplayed;
  89 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  90 import jalview.ws.jws2.dm.AAConSettings;
  91 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  92 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  93 import jalview.ws.params.AutoCalcSetting;
  94 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  95
  96 import java.awt.Color;
  97 import java.awt.Rectangle;
  98 import java.io.BufferedReader;
  99 import java.io.DataInputStream;
 100 import java.io.DataOutputStream;
 101 import java.io.File;
 102 import java.io.FileInputStream;
 103 import java.io.FileOutputStream;
 104 import java.io.IOException;
 105 import java.io.InputStreamReader;
 106 import java.io.OutputStreamWriter;
 107 import java.io.PrintWriter;
 108 import java.lang.reflect.InvocationTargetException;
 109 import java.net.MalformedURLException;
 110 import java.net.URL;
 111 import java.util.ArrayList;
 112 import java.util.Arrays;
 113 import java.util.Enumeration;
 114 import java.util.HashMap;
 115 import java.util.HashSet;
 116 import java.util.Hashtable;
 117 import java.util.IdentityHashMap;
 118 import java.util.Iterator;
 119 import java.util.LinkedHashMap;
 120 import java.util.List;
 121 import java.util.Map;
 122 import java.util.Map.Entry;
 123 import java.util.Set;
 124 import java.util.Vector;
 125 import java.util.jar.JarEntry;
 126 import java.util.jar.JarInputStream;
 127 import java.util.jar.JarOutputStream;
 128
 129 import javax.swing.JInternalFrame;
 130 import javax.swing.JOptionPane;
 131 import javax.swing.SwingUtilities;
 132
 133 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
 134 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
 135
 136 /**
 137  * Write out the current jalview desktop state as a Jalview XML stream.
 138  *
 139  * Note: the vamsas objects referred to here are primitive versions of the
 140  * VAMSAS project schema elements - they are not the same and most likely never
 141  * will be :)
 142  *
 143  * @author $author$
 144  * @version $Revision: 1.134 $
 145  */
 146 public class Jalview2XML
 147 {
 148   private static final String VIEWER_PREFIX = "viewer_";
 149
 150   private static final String RNA_PREFIX = "rna_";
 151
 152   private static final String UTF_8 = "UTF-8";
 153
 154   // use this with nextCounter() to make unique names for entities
 155   private int counter = 0;
 156
 157   /*
 158    * SequenceI reference -> XML ID string in jalview XML. Populated as XML reps
 159    * of sequence objects are created.
 160    */
 161   IdentityHashMap<SequenceI, String> seqsToIds = null;
 162
 163   /**
 164    * jalview XML Sequence ID to jalview sequence object reference (both dataset
 165    * and alignment sequences. Populated as XML reps of sequence objects are
 166    * created.)
 167    */
 168   Map<String, SequenceI> seqRefIds = null;
 169
 170   Map<String, SequenceI> incompleteSeqs = null;
 171
 172   List<SeqFref> frefedSequence = null;
 173
 174   boolean raiseGUI = true; // whether errors are raised in dialog boxes or not
 175
 176   /*
 177    * Map of reconstructed AlignFrame objects that appear to have come from
 178    * SplitFrame objects (have a dna/protein complement view).
 179    */
 180   private Map<Viewport, AlignFrame> splitFrameCandidates = new HashMap<Viewport, AlignFrame>();
 181
 182   /*
 183    * Map from displayed rna structure models to their saved session state jar
 184    * entry names
 185    */
 186   private Map<RnaModel, String> rnaSessions = new HashMap<RnaModel, String>();
 187
 188   /**
 189    * create/return unique hash string for sq
 190    *
 191    * @param sq
 192    * @return new or existing unique string for sq
 193    */
 194   String seqHash(SequenceI sq)
 195   {
 196     if (seqsToIds == null)
 197     {
 198       initSeqRefs();
 199     }
 200     if (seqsToIds.containsKey(sq))
 201     {
 202       return seqsToIds.get(sq);
 203     }
 204     else
 205     {
 206       // create sequential key
 207       String key = "sq" + (seqsToIds.size() + 1);
 208       key = makeHashCode(sq, key); // check we don't have an external reference
 209       // for it already.
 210       seqsToIds.put(sq, key);
 211       return key;
 212     }
 213   }
 214
 215   void clearSeqRefs()
 216   {
 217     if (_cleartables)
 218     {
 219       if (seqRefIds != null)
 220       {
 221         seqRefIds.clear();
 222       }
 223       if (seqsToIds != null)
 224       {
 225         seqsToIds.clear();
 226       }
 227       if (incompleteSeqs != null)
 228       {
 229         incompleteSeqs.clear();
 230       }
 231       // seqRefIds = null;
 232       // seqsToIds = null;
 233     }
 234     else
 235     {
 236       // do nothing
 237       warn("clearSeqRefs called when _cleartables was not set. Doing nothing.");
 238       // seqRefIds = new Hashtable();
 239       // seqsToIds = new IdentityHashMap();
 240     }
 241   }
 242
 243   void initSeqRefs()
 244   {
 245     if (seqsToIds == null)
 246     {
 247       seqsToIds = new IdentityHashMap<SequenceI, String>();
 248     }
 249     if (seqRefIds == null)
 250     {
 251       seqRefIds = new HashMap<String, SequenceI>();
 252     }
 253     if (incompleteSeqs == null)
 254     {
 255       incompleteSeqs = new HashMap<String, SequenceI>();
 256     }
 257     if (frefedSequence == null)
 258     {
 259       frefedSequence = new ArrayList<SeqFref>();
 260     }
 261   }
 262
 263   public Jalview2XML()
 264   {
 265   }
 266
 267   public Jalview2XML(boolean raiseGUI)
 268   {
 269     this.raiseGUI = raiseGUI;
 270   }
 271
 272   /**
 273    * base class for resolving forward references to sequences by their ID
 274    *
 275    * @author jprocter
 276    *
 277    */
 278   abstract class SeqFref
 279   {
 280     String sref;
 281
 282     String type;
 283
 284     public SeqFref(String _sref, String type)
 285     {
 286       sref = _sref;
 287       this.type = type;
 288     }
 289
 290     public String getSref()
 291     {
 292       return sref;
 293     }
 294
 295     public SequenceI getSrefSeq()
 296     {
 297       return seqRefIds.get(sref);
 298     }
 299
 300     public boolean isResolvable()
 301     {
 302       return seqRefIds.get(sref) != null;
 303     }
 304
 305     public SequenceI getSrefDatasetSeq()
 306     {
 307       SequenceI sq = seqRefIds.get(sref);
 308       if (sq != null)
 309       {
 310         while (sq.getDatasetSequence() != null)
 311         {
 312           sq = sq.getDatasetSequence();
 313         }
 314       }
 315       return sq;
 316     }
 317
 318     /**
 319      * @return true if the forward reference was fully resolved
 320      */
 321     abstract boolean resolve();
 322
 323     @Override
 324     public String toString()
 325     {
 326       return type + " reference to " + sref;
 327     }
 328   }
 329
 330   /**
 331    * create forward reference for a mapping
 332    *
 333    * @param sref
 334    * @param _jmap
 335    * @return
 336    */
 337   public SeqFref newMappingRef(final String sref,
 338           final jalview.datamodel.Mapping _jmap)
 339   {
 340     SeqFref fref = new SeqFref(sref, "Mapping")
 341     {
 342       public jalview.datamodel.Mapping jmap = _jmap;
 343
 344       @Override
 345       boolean resolve()
 346       {
 347         SequenceI seq = getSrefDatasetSeq();
 348         if (seq == null)
 349         {
 350           return false;
 351         }
 352         jmap.setTo(seq);
 353         return true;
 354       }
 355     };
 356     return fref;
 357   }
 358
 359   public SeqFref newAlcodMapRef(final String sref,
 360           final AlignedCodonFrame _cf, final jalview.datamodel.Mapping _jmap)
 361   {
 362
 363     SeqFref fref = new SeqFref(sref, "Codon Frame")
 364     {
 365       AlignedCodonFrame cf = _cf;
 366
 367       public jalview.datamodel.Mapping mp = _jmap;
 368
 369       @Override
 370       public boolean isResolvable()
 371       {
 372         return super.isResolvable() && mp.getTo() != null;
 373       };
 374
 375       @Override
 376       boolean resolve()
 377       {
 378         SequenceI seq = getSrefDatasetSeq();
 379         if (seq == null)
 380         {
 381           return false;
 382         }
 383         cf.addMap(seq, mp.getTo(), mp.getMap());
 384         return true;
 385       }
 386     };
 387     return fref;
 388   }
 389
 390   public void resolveFrefedSequences()
 391   {
 392     Iterator<SeqFref> nextFref = frefedSequence.iterator();
 393     int toresolve = frefedSequence.size();
 394     int unresolved = 0, failedtoresolve = 0;
 395     while (nextFref.hasNext())
 396     {
 397       SeqFref ref = nextFref.next();
 398       if (ref.isResolvable())
 399       {
 400         try
 401         {
 402           if (ref.resolve())
 403           {
 404             nextFref.remove();
 405           }
 406           else
 407           {
 408             failedtoresolve++;
 409           }
 410         } catch (Exception x)
 411         {
 412           System.err
 413                   .println("IMPLEMENTATION ERROR: Failed to resolve forward reference for sequence "
 414                           + ref.getSref());
 415           x.printStackTrace();
 416           failedtoresolve++;
 417         }
 418       }
 419       else
 420       {
 421         unresolved++;
 422       }
 423     }
 424     if (unresolved > 0)
 425     {
 426       System.err.println("Jalview Project Import: There were " + unresolved
 427               + " forward references left unresolved on the stack.");
 428     }
 429     if (failedtoresolve > 0)
 430     {
 431       System.err.println("SERIOUS! " + failedtoresolve
 432               + " resolvable forward references failed to resolve.");
 433     }
 434     if (incompleteSeqs != null && incompleteSeqs.size() > 0)
 435     {
 436       System.err.println("Jalview Project Import: There are "
 437               + incompleteSeqs.size()
 438               + " sequences which may have incomplete metadata.");
 439       if (incompleteSeqs.size() < 10)
 440       {
 441         for (SequenceI s : incompleteSeqs.values())
 442         {
 443           System.err.println(s.toString());
 444         }
 445       }
 446       else
 447       {
 448         System.err
 449                 .println("Too many to report. Skipping output of incomplete sequences.");
 450       }
 451     }
 452   }
 453
 454   /**
 455    * This maintains a map of viewports, the key being the seqSetId. Important to
 456    * set historyItem and redoList for multiple views
 457    */
 458   Map<String, AlignViewport> viewportsAdded = new HashMap<String, AlignViewport>();
 459
 460   Map<String, AlignmentAnnotation> annotationIds = new HashMap<String, AlignmentAnnotation>();
 461
 462   String uniqueSetSuffix = "";
 463
 464   /**
 465    * List of pdbfiles added to Jar
 466    */
 467   List<String> pdbfiles = null;
 468
 469   // SAVES SEVERAL ALIGNMENT WINDOWS TO SAME JARFILE
 470   public void saveState(File statefile)
 471   {
 472     FileOutputStream fos = null;
 473     try
 474     {
 475       fos = new FileOutputStream(statefile);
 476       JarOutputStream jout = new JarOutputStream(fos);
 477       saveState(jout);
 478
 479     } catch (Exception e)
 480     {
 481       // TODO: inform user of the problem - they need to know if their data was
 482       // not saved !
 483       if (errorMessage == null)
 484       {
 485         errorMessage = "Couldn't write Jalview Archive to output file '"
 486                 + statefile + "' - See console error log for details";
 487       }
 488       else
 489       {
 490         errorMessage += "(output file was '" + statefile + "')";
 491       }
 492       e.printStackTrace();
 493     } finally
 494     {
 495       if (fos != null)
 496       {
 497         try
 498         {
 499           fos.close();
 500         } catch (IOException e)
 501         {
 502           // ignore
 503         }
 504       }
 505     }
 506     reportErrors();
 507   }
 508
 509   /**
 510    * Writes a jalview project archive to the given Jar output stream.
 511    *
 512    * @param jout
 513    */
 514   public void saveState(JarOutputStream jout)
 515   {
 516     AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
 517
 518     if (frames == null)
 519     {
 520       return;
 521     }
 522     saveAllFrames(Arrays.asList(frames), jout);
 523   }
 524
 525   /**
 526    * core method for storing state for a set of AlignFrames.
 527    *
 528    * @param frames
 529    *          - frames involving all data to be exported (including containing
 530    *          splitframes)
 531    * @param jout
 532    *          - project output stream
 533    */
 534   private void saveAllFrames(List<AlignFrame> frames, JarOutputStream jout)
 535   {
 536     Hashtable<String, AlignFrame> dsses = new Hashtable<String, AlignFrame>();
 537
 538     /*
 539      * ensure cached data is clear before starting
 540      */
 541     // todo tidy up seqRefIds, seqsToIds initialisation / reset
 542     rnaSessions.clear();
 543     splitFrameCandidates.clear();
 544
 545     try
 546     {
 547
 548       // NOTE UTF-8 MUST BE USED FOR WRITING UNICODE CHARS
 549       // //////////////////////////////////////////////////
 550
 551       List<String> shortNames = new ArrayList<String>();
 552       List<String> viewIds = new ArrayList<String>();
 553
 554       // REVERSE ORDER
 555       for (int i = frames.size() - 1; i > -1; i--)
 556       {
 557         AlignFrame af = frames.get(i);
 558         // skip ?
 559         if (skipList != null
 560                 && skipList
 561                         .containsKey(af.getViewport().getSequenceSetId()))
 562         {
 563           continue;
 564         }
 565
 566         String shortName = makeFilename(af, shortNames);
 567
 568         int ap, apSize = af.alignPanels.size();
 569
 570         for (ap = 0; ap < apSize; ap++)
 571         {
 572           AlignmentPanel apanel = af.alignPanels.get(ap);
 573           String fileName = apSize == 1 ? shortName : ap + shortName;
 574           if (!fileName.endsWith(".xml"))
 575           {
 576             fileName = fileName + ".xml";
 577           }
 578
 579           saveState(apanel, fileName, jout, viewIds);
 580
 581           String dssid = getDatasetIdRef(af.getViewport().getAlignment()
 582                   .getDataset());
 583           if (!dsses.containsKey(dssid))
 584           {
 585             dsses.put(dssid, af);
 586           }
 587         }
 588       }
 589
 590       writeDatasetFor(dsses, "" + jout.hashCode() + " " + uniqueSetSuffix,
 591               jout);
 592
 593       try
 594       {
 595         jout.flush();
 596       } catch (Exception foo)
 597       {
 598       }
 599       ;
 600       jout.close();
 601     } catch (Exception ex)
 602     {
 603       // TODO: inform user of the problem - they need to know if their data was
 604       // not saved !
 605       if (errorMessage == null)
 606       {
 607         errorMessage = "Couldn't write Jalview Archive - see error output for details";
 608       }
 609       ex.printStackTrace();
 610     }
 611   }
 612
 613   /**
 614    * Generates a distinct file name, based on the title of the AlignFrame, by
 615    * appending _n for increasing n until an unused name is generated. The new
 616    * name (without its extension) is added to the list.
 617    *
 618    * @param af
 619    * @param namesUsed
 620    * @return the generated name, with .xml extension
 621    */
 622   protected String makeFilename(AlignFrame af, List<String> namesUsed)
 623   {
 624     String shortName = af.getTitle();
 625
 626     if (shortName.indexOf(File.separatorChar) > -1)
 627     {
 628       shortName = shortName.substring(shortName
 629               .lastIndexOf(File.separatorChar) + 1);
 630     }
 631
 632     int count = 1;
 633
 634     while (namesUsed.contains(shortName))
 635     {
 636       if (shortName.endsWith("_" + (count - 1)))
 637       {
 638         shortName = shortName.substring(0, shortName.lastIndexOf("_"));
 639       }
 640
 641       shortName = shortName.concat("_" + count);
 642       count++;
 643     }
 644
 645     namesUsed.add(shortName);
 646
 647     if (!shortName.endsWith(".xml"))
 648     {
 649       shortName = shortName + ".xml";
 650     }
 651     return shortName;
 652   }
 653
 654   // USE THIS METHOD TO SAVE A SINGLE ALIGNMENT WINDOW
 655   public boolean saveAlignment(AlignFrame af, String jarFile,
 656           String fileName)
 657   {
 658     try
 659     {
 660       FileOutputStream fos = new FileOutputStream(jarFile);
 661       JarOutputStream jout = new JarOutputStream(fos);
 662       List<AlignFrame> frames = new ArrayList<AlignFrame>();
 663
 664       // resolve splitframes
 665       if (af.getViewport().getCodingComplement() != null)
 666       {
 667         frames = ((SplitFrame) af.getSplitViewContainer()).getAlignFrames();
 668       }
 669       else
 670       {
 671         frames.add(af);
 672       }
 673       saveAllFrames(frames, jout);
 674       try
 675       {
 676         jout.flush();
 677       } catch (Exception foo)
 678       {
 679       }
 680       ;
 681       jout.close();
 682       return true;
 683     } catch (Exception ex)
 684     {
 685       errorMessage = "Couldn't Write alignment view to Jalview Archive - see error output for details";
 686       ex.printStackTrace();
 687       return false;
 688     }
 689   }
 690
 691   private void writeDatasetFor(Hashtable<String, AlignFrame> dsses,
 692           String fileName, JarOutputStream jout)
 693   {
 694
 695     for (String dssids : dsses.keySet())
 696     {
 697       AlignFrame _af = dsses.get(dssids);
 698       String jfileName = fileName + " Dataset for " + _af.getTitle();
 699       if (!jfileName.endsWith(".xml"))
 700       {
 701         jfileName = jfileName + ".xml";
 702       }
 703       saveState(_af.alignPanel, jfileName, true, jout, null);
 704     }
 705   }
 706
 707   /**
 708    * create a JalviewModel from an alignment view and marshall it to a
 709    * JarOutputStream
 710    *
 711    * @param ap
 712    *          panel to create jalview model for
 713    * @param fileName
 714    *          name of alignment panel written to output stream
 715    * @param jout
 716    *          jar output stream
 717    * @param viewIds
 718    * @param out
 719    *          jar entry name
 720    */
 721   public JalviewModel saveState(AlignmentPanel ap, String fileName,
 722           JarOutputStream jout, List<String> viewIds)
 723   {
 724     return saveState(ap, fileName, false, jout, viewIds);
 725   }
 726
 727   /**
 728    * create a JalviewModel from an alignment view and marshall it to a
 729    * JarOutputStream
 730    *
 731    * @param ap
 732    *          panel to create jalview model for
 733    * @param fileName
 734    *          name of alignment panel written to output stream
 735    * @param storeDS
 736    *          when true, only write the dataset for the alignment, not the data
 737    *          associated with the view.
 738    * @param jout
 739    *          jar output stream
 740    * @param out
 741    *          jar entry name
 742    */
 743   public JalviewModel saveState(AlignmentPanel ap, String fileName,
 744           boolean storeDS, JarOutputStream jout, List<String> viewIds)
 745   {
 746     if (viewIds == null)
 747     {
 748       viewIds = new ArrayList<String>();
 749     }
 750
 751     initSeqRefs();
 752
 753     List<UserColourScheme> userColours = new ArrayList<UserColourScheme>();
 754
 755     AlignViewport av = ap.av;
 756
 757     JalviewModel object = new JalviewModel();
 758     object.setVamsasModel(new jalview.schemabinding.version2.VamsasModel());
 759
 760     object.setCreationDate(new java.util.Date(System.currentTimeMillis()));
 761     object.setVersion(jalview.bin.Cache.getDefault("VERSION",
 762             "Development Build"));
 763
 764     /**
 765      * rjal is full height alignment, jal is actual alignment with full metadata
 766      * but excludes hidden sequences.
 767      */
 768     jalview.datamodel.AlignmentI rjal = av.getAlignment(), jal = rjal;
 769
 770     if (av.hasHiddenRows())
 771     {
 772       rjal = jal.getHiddenSequences().getFullAlignment();
 773     }
 774
 775     SequenceSet vamsasSet = new SequenceSet();
 776     Sequence vamsasSeq;
 777     JalviewModelSequence jms = new JalviewModelSequence();
 778
 779     vamsasSet.setGapChar(jal.getGapCharacter() + "");
 780
 781     if (jal.getDataset() != null)
 782     {
 783       // dataset id is the dataset's hashcode
 784       vamsasSet.setDatasetId(getDatasetIdRef(jal.getDataset()));
 785       if (storeDS)
 786       {
 787         // switch jal and the dataset
 788         jal = jal.getDataset();
 789         rjal = jal;
 790       }
 791     }
 792     if (jal.getProperties() != null)
 793     {
 794       Enumeration en = jal.getProperties().keys();
 795       while (en.hasMoreElements())
 796       {
 797         String key = en.nextElement().toString();
 798         SequenceSetProperties ssp = new SequenceSetProperties();
 799         ssp.setKey(key);
 800         ssp.setValue(jal.getProperties().get(key).toString());
 801         vamsasSet.addSequenceSetProperties(ssp);
 802       }
 803     }
 804
 805     JSeq jseq;
 806     Set<String> calcIdSet = new HashSet<String>();
 807     // record the set of vamsas sequence XML POJO we create.
 808     HashMap<String, Sequence> vamsasSetIds = new HashMap<String, Sequence>();
 809     // SAVE SEQUENCES
 810     for (final SequenceI jds : rjal.getSequences())
 811     {
 812       final SequenceI jdatasq = jds.getDatasetSequence() == null ? jds
 813               : jds.getDatasetSequence();
 814       String id = seqHash(jds);
 815       if (vamsasSetIds.get(id) == null)
 816       {
 817         if (seqRefIds.get(id) != null && !storeDS)
 818         {
 819           // This happens for two reasons: 1. multiple views are being
 820           // serialised.
 821           // 2. the hashCode has collided with another sequence's code. This
 822           // DOES
 823           // HAPPEN! (PF00072.15.stk does this)
 824           // JBPNote: Uncomment to debug writing out of files that do not read
 825           // back in due to ArrayOutOfBoundExceptions.
 826           // System.err.println("vamsasSeq backref: "+id+"");
 827           // System.err.println(jds.getName()+"
 828           // "+jds.getStart()+"-"+jds.getEnd()+" "+jds.getSequenceAsString());
 829           // System.err.println("Hashcode: "+seqHash(jds));
 830           // SequenceI rsq = (SequenceI) seqRefIds.get(id + "");
 831           // System.err.println(rsq.getName()+"
 832           // "+rsq.getStart()+"-"+rsq.getEnd()+" "+rsq.getSequenceAsString());
 833           // System.err.println("Hashcode: "+seqHash(rsq));
 834         }
 835         else
 836         {
 837           vamsasSeq = createVamsasSequence(id, jds);
 838           vamsasSet.addSequence(vamsasSeq);
 839           vamsasSetIds.put(id, vamsasSeq);
 840           seqRefIds.put(id, jds);
 841         }
 842       }
 843       jseq = new JSeq();
 844       jseq.setStart(jds.getStart());
 845       jseq.setEnd(jds.getEnd());
 846       jseq.setColour(av.getSequenceColour(jds).getRGB());
 847
 848       jseq.setId(id); // jseq id should be a string not a number
 849       if (!storeDS)
 850       {
 851         // Store any sequences this sequence represents
 852         if (av.hasHiddenRows())
 853         {
 854           // use rjal, contains the full height alignment
 855           jseq.setHidden(av.getAlignment().getHiddenSequences()
 856                   .isHidden(jds));
 857
 858           if (av.isHiddenRepSequence(jds))
 859           {
 860             jalview.datamodel.SequenceI[] reps = av
 861                     .getRepresentedSequences(jds).getSequencesInOrder(rjal);
 862
 863             for (int h = 0; h < reps.length; h++)
 864             {
 865               if (reps[h] != jds)
 866               {
 867                 jseq.addHiddenSequences(rjal.findIndex(reps[h]));
 868               }
 869             }
 870           }
 871         }
 872         // mark sequence as reference - if it is the reference for this view
 873         if (jal.hasSeqrep())
 874         {
 875           jseq.setViewreference(jds == jal.getSeqrep());
 876         }
 877       }
 878
 879       // TODO: omit sequence features from each alignment view's XML dump if we
 880       // are storing dataset
 881       if (jds.getSequenceFeatures() != null)
 882       {
 883         jalview.datamodel.SequenceFeature[] sf = jds.getSequenceFeatures();
 884         int index = 0;
 885         while (index < sf.length)
 886         {
 887           Features features = new Features();
 888
 889           features.setBegin(sf[index].getBegin());
 890           features.setEnd(sf[index].getEnd());
 891           features.setDescription(sf[index].getDescription());
 892           features.setType(sf[index].getType());
 893           features.setFeatureGroup(sf[index].getFeatureGroup());
 894           features.setScore(sf[index].getScore());
 895           if (sf[index].links != null)
 896           {
 897             for (int l = 0; l < sf[index].links.size(); l++)
 898             {
 899               OtherData keyValue = new OtherData();
 900               keyValue.setKey("LINK_" + l);
 901               keyValue.setValue(sf[index].links.elementAt(l).toString());
 902               features.addOtherData(keyValue);
 903             }
 904           }
 905           if (sf[index].otherDetails != null)
 906           {
 907             String key;
 908             Iterator<String> keys = sf[index].otherDetails.keySet()
 909                     .iterator();
 910             while (keys.hasNext())
 911             {
 912               key = keys.next();
 913               OtherData keyValue = new OtherData();
 914               keyValue.setKey(key);
 915               keyValue.setValue(sf[index].otherDetails.get(key).toString());
 916               features.addOtherData(keyValue);
 917             }
 918           }
 919
 920           jseq.addFeatures(features);
 921           index++;
 922         }
 923       }
 924
 925       if (jdatasq.getAllPDBEntries() != null)
 926       {
 927         Enumeration en = jdatasq.getAllPDBEntries().elements();
 928         while (en.hasMoreElements())
 929         {
 930           Pdbids pdb = new Pdbids();
 931           jalview.datamodel.PDBEntry entry = (jalview.datamodel.PDBEntry) en
 932                   .nextElement();
 933
 934           String pdbId = entry.getId();
 935           pdb.setId(pdbId);
 936           pdb.setType(entry.getType());
 937
 938           /*
 939            * Store any structure views associated with this sequence. This
 940            * section copes with duplicate entries in the project, so a dataset
 941            * only view *should* be coped with sensibly.
 942            */
 943           // This must have been loaded, is it still visible?
 944           JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
 945           String matchedFile = null;
 946           for (int f = frames.length - 1; f > -1; f--)
 947           {
 948             if (frames[f] instanceof StructureViewerBase)
 949             {
 950               StructureViewerBase viewFrame = (StructureViewerBase) frames[f];
 951               matchedFile = saveStructureState(ap, jds, pdb, entry,
 952                       viewIds, matchedFile, viewFrame);
 953               /*
 954                * Only store each structure viewer's state once in the project
 955                * jar. First time through only (storeDS==false)
 956                */
 957               String viewId = viewFrame.getViewId();
 958               if (!storeDS && !viewIds.contains(viewId))
 959               {
 960                 viewIds.add(viewId);
 961                 try
 962                 {
 963                   String viewerState = viewFrame.getStateInfo();
 964                   writeJarEntry(jout, getViewerJarEntryName(viewId),
 965                           viewerState.getBytes());
 966                 } catch (IOException e)
 967                 {
 968                   System.err.println("Error saving viewer state: "
 969                           + e.getMessage());
 970                 }
 971               }
 972             }
 973           }
 974
 975           if (matchedFile != null || entry.getFile() != null)
 976           {
 977             if (entry.getFile() != null)
 978             {
 979               // use entry's file
 980               matchedFile = entry.getFile();
 981             }
 982             pdb.setFile(matchedFile); // entry.getFile());
 983             if (pdbfiles == null)
 984             {
 985               pdbfiles = new ArrayList<String>();
 986             }
 987
 988             if (!pdbfiles.contains(pdbId))
 989             {
 990               pdbfiles.add(pdbId);
 991               copyFileToJar(jout, matchedFile, pdbId);
 992             }
 993           }
 994
 995           if (entry.getProperty() != null && !entry.getProperty().isEmpty())
 996           {
 997             PdbentryItem item = new PdbentryItem();
 998             Hashtable properties = entry.getProperty();
 999             Enumeration en2 = properties.keys();
1000             while (en2.hasMoreElements())
1001             {
1002               Property prop = new Property();
1003               String key = en2.nextElement().toString();
1004               prop.setName(key);
1005               prop.setValue(properties.get(key).toString());
1006               item.addProperty(prop);
1007             }
1008             pdb.addPdbentryItem(item);
1009           }
1010
1011           jseq.addPdbids(pdb);
1012         }
1013       }
1014
1015       saveRnaViewers(jout, jseq, jds, viewIds, ap, storeDS);
1016
1017       jms.addJSeq(jseq);
1018     }
1019
1020     if (!storeDS && av.hasHiddenRows())
1021     {
1022       jal = av.getAlignment();
1023     }
1024     // SAVE MAPPINGS
1025     // FOR DATASET
1026     if (storeDS && jal.getCodonFrames() != null)
1027     {
1028       List<AlignedCodonFrame> jac = jal.getCodonFrames();
1029       for (AlignedCodonFrame acf : jac)
1030       {
1031         AlcodonFrame alc = new AlcodonFrame();
1032         if (acf.getProtMappings() != null
1033                 && acf.getProtMappings().length > 0)
1034         {
1035           boolean hasMap = false;
1036           SequenceI[] dnas = acf.getdnaSeqs();
1037           jalview.datamodel.Mapping[] pmaps = acf.getProtMappings();
1038           for (int m = 0; m < pmaps.length; m++)
1039           {
1040             AlcodMap alcmap = new AlcodMap();
1041             alcmap.setDnasq(seqHash(dnas[m]));
1042             alcmap.setMapping(createVamsasMapping(pmaps[m], dnas[m], null,
1043                     false));
1044             alc.addAlcodMap(alcmap);
1045             hasMap = true;
1046           }
1047           if (hasMap)
1048           {
1049             vamsasSet.addAlcodonFrame(alc);
1050           }
1051         }
1052         // TODO: delete this ? dead code from 2.8.3->2.9 ?
1053         // {
1054         // AlcodonFrame alc = new AlcodonFrame();
1055         // vamsasSet.addAlcodonFrame(alc);
1056         // for (int p = 0; p < acf.aaWidth; p++)
1057         // {
1058         // Alcodon cmap = new Alcodon();
1059         // if (acf.codons[p] != null)
1060         // {
1061         // // Null codons indicate a gapped column in the translated peptide
1062         // // alignment.
1063         // cmap.setPos1(acf.codons[p][0]);
1064         // cmap.setPos2(acf.codons[p][1]);
1065         // cmap.setPos3(acf.codons[p][2]);
1066         // }
1067         // alc.addAlcodon(cmap);
1068         // }
1069         // if (acf.getProtMappings() != null
1070         // && acf.getProtMappings().length > 0)
1071         // {
1072         // SequenceI[] dnas = acf.getdnaSeqs();
1073         // jalview.datamodel.Mapping[] pmaps = acf.getProtMappings();
1074         // for (int m = 0; m < pmaps.length; m++)
1075         // {
1076         // AlcodMap alcmap = new AlcodMap();
1077         // alcmap.setDnasq(seqHash(dnas[m]));
1078         // alcmap.setMapping(createVamsasMapping(pmaps[m], dnas[m], null,
1079         // false));
1080         // alc.addAlcodMap(alcmap);
1081         // }
1082         // }
1083       }
1084     }
1085
1086     // SAVE TREES
1087     // /////////////////////////////////
1088     if (!storeDS && av.currentTree != null)
1089     {
1090       // FIND ANY ASSOCIATED TREES
1091       // NOT IMPLEMENTED FOR HEADLESS STATE AT PRESENT
1092       if (Desktop.desktop != null)
1093       {
1094         JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
1095
1096         for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1097         {
1098           if (frames[t] instanceof TreePanel)
1099           {
1100             TreePanel tp = (TreePanel) frames[t];
1101
1102             if (tp.treeCanvas.av.getAlignment() == jal)
1103             {
1104               Tree tree = new Tree();
1105               tree.setTitle(tp.getTitle());
1106               tree.setCurrentTree((av.currentTree == tp.getTree()));
1107               tree.setNewick(tp.getTree().toString());
1108               tree.setThreshold(tp.treeCanvas.threshold);
1109
1110               tree.setFitToWindow(tp.fitToWindow.getState());
1111               tree.setFontName(tp.getTreeFont().getName());
1112               tree.setFontSize(tp.getTreeFont().getSize());
1113               tree.setFontStyle(tp.getTreeFont().getStyle());
1114               tree.setMarkUnlinked(tp.placeholdersMenu.getState());
1115
1116               tree.setShowBootstrap(tp.bootstrapMenu.getState());
1117               tree.setShowDistances(tp.distanceMenu.getState());
1118
1119               tree.setHeight(tp.getHeight());
1120               tree.setWidth(tp.getWidth());
1121               tree.setXpos(tp.getX());
1122               tree.setYpos(tp.getY());
1123               tree.setId(makeHashCode(tp, null));
1124               jms.addTree(tree);
1125             }
1126           }
1127         }
1128       }
1129     }
1130
1131     // SAVE ANNOTATIONS
1132     /**
1133      * store forward refs from an annotationRow to any groups
1134      */
1135     IdentityHashMap<SequenceGroup, String> groupRefs = new IdentityHashMap<SequenceGroup, String>();
1136     if (storeDS)
1137     {
1138       for (SequenceI sq : jal.getSequences())
1139       {
1140         // Store annotation on dataset sequences only
1141         AlignmentAnnotation[] aa = sq.getAnnotation();
1142         if (aa != null && aa.length > 0)
1143         {
1144           storeAlignmentAnnotation(aa, groupRefs, av, calcIdSet, storeDS,
1145                   vamsasSet);
1146         }
1147       }
1148     }
1149     else
1150     {
1151       if (jal.getAlignmentAnnotation() != null)
1152       {
1153         // Store the annotation shown on the alignment.
1154         AlignmentAnnotation[] aa = jal.getAlignmentAnnotation();
1155         storeAlignmentAnnotation(aa, groupRefs, av, calcIdSet, storeDS,
1156                 vamsasSet);
1157       }
1158     }
1159     // SAVE GROUPS
1160     if (jal.getGroups() != null)
1161     {
1162       JGroup[] groups = new JGroup[jal.getGroups().size()];
1163       int i = -1;
1164       for (jalview.datamodel.SequenceGroup sg : jal.getGroups())
1165       {
1166         JGroup jGroup = new JGroup();
1167         groups[++i] = jGroup;
1168
1169         jGroup.setStart(sg.getStartRes());
1170         jGroup.setEnd(sg.getEndRes());
1171         jGroup.setName(sg.getName());
1172         if (groupRefs.containsKey(sg))
1173         {
1174           // group has references so set its ID field
1175           jGroup.setId(groupRefs.get(sg));
1176         }
1177         if (sg.cs != null)
1178         {
1179           if (sg.cs.conservationApplied())
1180           {
1181             jGroup.setConsThreshold(sg.cs.getConservationInc());
1182
1183             if (sg.cs instanceof jalview.schemes.UserColourScheme)
1184             {
1185               jGroup.setColour(setUserColourScheme(sg.cs, userColours, jms));
1186             }
1187             else
1188             {
1189               jGroup.setColour(ColourSchemeProperty.getColourName(sg.cs));
1190             }
1191           }
1192           else if (sg.cs instanceof jalview.schemes.AnnotationColourGradient)
1193           {
1194             jGroup.setColour("AnnotationColourGradient");
1195             jGroup.setAnnotationColours(constructAnnotationColours(
1196                     (jalview.schemes.AnnotationColourGradient) sg.cs,
1197                     userColours, jms));
1198           }
1199           else if (sg.cs instanceof jalview.schemes.UserColourScheme)
1200           {
1201             jGroup.setColour(setUserColourScheme(sg.cs, userColours, jms));
1202           }
1203           else
1204           {
1205             jGroup.setColour(ColourSchemeProperty.getColourName(sg.cs));
1206           }
1207
1208           jGroup.setPidThreshold(sg.cs.getThreshold());
1209         }
1210
1211         jGroup.setOutlineColour(sg.getOutlineColour().getRGB());
1212         jGroup.setDisplayBoxes(sg.getDisplayBoxes());
1213         jGroup.setDisplayText(sg.getDisplayText());
1214         jGroup.setColourText(sg.getColourText());
1215         jGroup.setTextCol1(sg.textColour.getRGB());
1216         jGroup.setTextCol2(sg.textColour2.getRGB());
1217         jGroup.setTextColThreshold(sg.thresholdTextColour);
1218         jGroup.setShowUnconserved(sg.getShowNonconserved());
1219         jGroup.setIgnoreGapsinConsensus(sg.getIgnoreGapsConsensus());
1220         jGroup.setShowConsensusHistogram(sg.isShowConsensusHistogram());
1221         jGroup.setShowSequenceLogo(sg.isShowSequenceLogo());
1222         jGroup.setNormaliseSequenceLogo(sg.isNormaliseSequenceLogo());
1223         for (SequenceI seq : sg.getSequences())
1224         {
1225           jGroup.addSeq(seqHash(seq));
1226         }
1227       }
1228
1229       jms.setJGroup(groups);
1230     }
1231     if (!storeDS)
1232     {
1233       // /////////SAVE VIEWPORT
1234       Viewport view = new Viewport();
1235       view.setTitle(ap.alignFrame.getTitle());
1236       view.setSequenceSetId(makeHashCode(av.getSequenceSetId(),
1237               av.getSequenceSetId()));
1238       view.setId(av.getViewId());
1239       if (av.getCodingComplement() != null)
1240       {
1241         view.setComplementId(av.getCodingComplement().getViewId());
1242       }
1243       view.setViewName(av.viewName);
1244       view.setGatheredViews(av.isGatherViewsHere());
1245
1246       Rectangle size = ap.av.getExplodedGeometry();
1247       Rectangle position = size;
1248       if (size == null)
1249       {
1250         size = ap.alignFrame.getBounds();
1251         if (av.getCodingComplement() != null)
1252         {
1253           position = ((SplitFrame) ap.alignFrame.getSplitViewContainer())
1254                   .getBounds();
1255         }
1256         else
1257         {
1258           position = size;
1259         }
1260       }
1261       view.setXpos(position.x);
1262       view.setYpos(position.y);
1263
1264       view.setWidth(size.width);
1265       view.setHeight(size.height);
1266
1267       view.setStartRes(av.startRes);
1268       view.setStartSeq(av.startSeq);
1269
1270       if (av.getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.UserColourScheme)
1271       {
1272         view.setBgColour(setUserColourScheme(av.getGlobalColourScheme(),
1273                 userColours, jms));
1274       }
1275       else if (av.getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.AnnotationColourGradient)
1276       {
1277         AnnotationColours ac = constructAnnotationColours(
1278                 (jalview.schemes.AnnotationColourGradient) av
1279                         .getGlobalColourScheme(),
1280                 userColours, jms);
1281
1282         view.setAnnotationColours(ac);
1283         view.setBgColour("AnnotationColourGradient");
1284       }
1285       else
1286       {
1287         view.setBgColour(ColourSchemeProperty.getColourName(av
1288                 .getGlobalColourScheme()));
1289       }
1290
1291       ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();
1292
1293       if (cs != null)
1294       {
1295         if (cs.conservationApplied())
1296         {
1297           view.setConsThreshold(cs.getConservationInc());
1298           if (cs instanceof jalview.schemes.UserColourScheme)
1299           {
1300             view.setBgColour(setUserColourScheme(cs, userColours, jms));
1301           }
1302         }
1303
1304         if (cs instanceof ResidueColourScheme)
1305         {
1306           view.setPidThreshold(cs.getThreshold());
1307         }
1308       }
1309
1310       view.setConservationSelected(av.getConservationSelected());
1311       view.setPidSelected(av.getAbovePIDThreshold());
1312       view.setFontName(av.font.getName());
1313       view.setFontSize(av.font.getSize());
1314       view.setFontStyle(av.font.getStyle());
1315       view.setScaleProteinAsCdna(av.getViewStyle().isScaleProteinAsCdna());
1316       view.setRenderGaps(av.isRenderGaps());
1317       view.setShowAnnotation(av.isShowAnnotation());
1318       view.setShowBoxes(av.getShowBoxes());
1319       view.setShowColourText(av.getColourText());
1320       view.setShowFullId(av.getShowJVSuffix());
1321       view.setRightAlignIds(av.isRightAlignIds());
1322       view.setShowSequenceFeatures(av.isShowSequenceFeatures());
1323       view.setShowText(av.getShowText());
1324       view.setShowUnconserved(av.getShowUnconserved());
1325       view.setWrapAlignment(av.getWrapAlignment());
1326       view.setTextCol1(av.getTextColour().getRGB());
1327       view.setTextCol2(av.getTextColour2().getRGB());
1328       view.setTextColThreshold(av.getThresholdTextColour());
1329       view.setShowConsensusHistogram(av.isShowConsensusHistogram());
1330       view.setShowSequenceLogo(av.isShowSequenceLogo());
1331       view.setNormaliseSequenceLogo(av.isNormaliseSequenceLogo());
1332       view.setShowGroupConsensus(av.isShowGroupConsensus());
1333       view.setShowGroupConservation(av.isShowGroupConservation());
1334       view.setShowNPfeatureTooltip(av.isShowNPFeats());
1335       view.setShowDbRefTooltip(av.isShowDBRefs());
1336       view.setFollowHighlight(av.isFollowHighlight());
1337       view.setFollowSelection(av.followSelection);
1338       view.setIgnoreGapsinConsensus(av.isIgnoreGapsConsensus());
1339       if (av.getFeaturesDisplayed() != null)
1340       {
1341         jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings fs = new jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings();
1342
1343         String[] renderOrder = ap.getSeqPanel().seqCanvas
1344                 .getFeatureRenderer().getRenderOrder()
1345                 .toArray(new String[0]);
1346
1347         Vector<String> settingsAdded = new Vector<String>();
1348         if (renderOrder != null)
1349         {
1350           for (String featureType : renderOrder)
1351           {
1352             FeatureColourI fcol = ap.getSeqPanel().seqCanvas
1353                     .getFeatureRenderer().getFeatureStyle(featureType);
1354             Setting setting = new Setting();
1355             setting.setType(featureType);
1356             if (!fcol.isSimpleColour())
1357             {
1358               setting.setColour(fcol.getMaxColour().getRGB());
1359               setting.setMincolour(fcol.getMinColour().getRGB());
1360               setting.setMin(fcol.getMin());
1361               setting.setMax(fcol.getMax());
1362               setting.setColourByLabel(fcol.isColourByLabel());
1363               setting.setAutoScale(fcol.isAutoScaled());
1364               setting.setThreshold(fcol.getThreshold());
1365               // -1 = No threshold, 0 = Below, 1 = Above
1366               setting.setThreshstate(fcol.isAboveThreshold() ? 1 : (fcol
1367                       .isBelowThreshold() ? 0 : -1));
1368             }
1369             else
1370             {
1371               setting.setColour(fcol.getColour().getRGB());
1372             }
1373
1374             setting.setDisplay(av.getFeaturesDisplayed().isVisible(
1375                     featureType));
1376             float rorder = ap.getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer()
1377                     .getOrder(featureType);
1378             if (rorder > -1)
1379             {
1380               setting.setOrder(rorder);
1381             }
1382             fs.addSetting(setting);
1383             settingsAdded.addElement(featureType);
1384           }
1385         }
1386
1387         // is groups actually supposed to be a map here ?
1388         Iterator<String> en = ap.getSeqPanel().seqCanvas
1389                 .getFeatureRenderer().getFeatureGroups().iterator();
1390         Vector<String> groupsAdded = new Vector<String>();
1391         while (en.hasNext())
1392         {
1393           String grp = en.next();
1394           if (groupsAdded.contains(grp))
1395           {
1396             continue;
1397           }
1398           Group g = new Group();
1399           g.setName(grp);
1400           g.setDisplay(((Boolean) ap.getSeqPanel().seqCanvas
1401                   .getFeatureRenderer().checkGroupVisibility(grp, false))
1402                   .booleanValue());
1403           fs.addGroup(g);
1404           groupsAdded.addElement(grp);
1405         }
1406         jms.setFeatureSettings(fs);
1407       }
1408
1409       if (av.hasHiddenColumns())
1410       {
1411         if (av.getColumnSelection() == null
1412                 || av.getColumnSelection().getHiddenColumns() == null)
1413         {
1414           warn("REPORT BUG: avoided null columnselection bug (DMAM reported). Please contact Jim about this.");
1415         }
1416         else
1417         {
1418           for (int c = 0; c < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
1419                   .size(); c++)
1420           {
1421             int[] region = av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
1422                     .get(c);
1423             HiddenColumns hc = new HiddenColumns();
1424             hc.setStart(region[0]);
1425             hc.setEnd(region[1]);
1426             view.addHiddenColumns(hc);
1427           }
1428         }
1429       }
1430       if (calcIdSet.size() > 0)
1431       {
1432         for (String calcId : calcIdSet)
1433         {
1434           if (calcId.trim().length() > 0)
1435           {
1436             CalcIdParam cidp = createCalcIdParam(calcId, av);
1437             // Some calcIds have no parameters.
1438             if (cidp != null)
1439             {
1440               view.addCalcIdParam(cidp);
1441             }
1442           }
1443         }
1444       }
1445
1446       jms.addViewport(view);
1447     }
1448     object.setJalviewModelSequence(jms);
1449     object.getVamsasModel().addSequenceSet(vamsasSet);
1450
1451     if (jout != null && fileName != null)
1452     {
1453       // We may not want to write the object to disk,
1454       // eg we can copy the alignViewport to a new view object
1455       // using save and then load
1456       try
1457       {
1458         System.out.println("Writing jar entry " + fileName);
1459         JarEntry entry = new JarEntry(fileName);
1460         jout.putNextEntry(entry);
1461         PrintWriter pout = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(jout,
1462                 UTF_8));
1463         Marshaller marshaller = new Marshaller(pout);
1464         marshaller.marshal(object);
1465         pout.flush();
1466         jout.closeEntry();
1467       } catch (Exception ex)
1468       {
1469         // TODO: raise error in GUI if marshalling failed.
1470         ex.printStackTrace();
1471       }
1472     }
1473     return object;
1474   }
1475
1476   /**
1477    * Save any Varna viewers linked to this sequence. Writes an rnaViewer element
1478    * for each viewer, with
1479    * <ul>
1480    * <li>viewer geometry (position, size, split pane divider location)</li>
1481    * <li>index of the selected structure in the viewer (currently shows gapped
1482    * or ungapped)</li>
1483    * <li>the id of the annotation holding RNA secondary structure</li>
1484    * <li>(currently only one SS is shown per viewer, may be more in future)</li>
1485    * </ul>
1486    * Varna viewer state is also written out (in native Varna XML) to separate
1487    * project jar entries. A separate entry is written for each RNA structure
1488    * displayed, with the naming convention
1489    * <ul>
1490    * <li>rna_viewId_sequenceId_annotationId_[gapped|trimmed]</li>
1491    * </ul>
1492    *
1493    * @param jout
1494    * @param jseq
1495    * @param jds
1496    * @param viewIds
1497    * @param ap
1498    * @param storeDataset
1499    */
1500   protected void saveRnaViewers(JarOutputStream jout, JSeq jseq,
1501           final SequenceI jds, List<String> viewIds, AlignmentPanel ap,
1502           boolean storeDataset)
1503   {
1504     if (Desktop.desktop == null)
1505     {
1506       return;
1507     }
1508     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
1509     for (int f = frames.length - 1; f > -1; f--)
1510     {
1511       if (frames[f] instanceof AppVarna)
1512       {
1513         AppVarna varna = (AppVarna) frames[f];
1514         /*
1515          * link the sequence to every viewer that is showing it and is linked to
1516          * its alignment panel
1517          */
1518         if (varna.isListeningFor(jds) && ap == varna.getAlignmentPanel())
1519         {
1520           String viewId = varna.getViewId();
1521           RnaViewer rna = new RnaViewer();
1522           rna.setViewId(viewId);
1523           rna.setTitle(varna.getTitle());
1524           rna.setXpos(varna.getX());
1525           rna.setYpos(varna.getY());
1526           rna.setWidth(varna.getWidth());
1527           rna.setHeight(varna.getHeight());
1528           rna.setDividerLocation(varna.getDividerLocation());
1529           rna.setSelectedRna(varna.getSelectedIndex());
1530           jseq.addRnaViewer(rna);
1531
1532           /*
1533            * Store each Varna panel's state once in the project per sequence.
1534            * First time through only (storeDataset==false)
1535            */
1536           // boolean storeSessions = false;
1537           // String sequenceViewId = viewId + seqsToIds.get(jds);
1538           // if (!storeDataset && !viewIds.contains(sequenceViewId))
1539           // {
1540           // viewIds.add(sequenceViewId);
1541           // storeSessions = true;
1542           // }
1543           for (RnaModel model : varna.getModels())
1544           {
1545             if (model.seq == jds)
1546             {
1547               /*
1548                * VARNA saves each view (sequence or alignment secondary
1549                * structure, gapped or trimmed) as a separate XML file
1550                */
1551               String jarEntryName = rnaSessions.get(model);
1552               if (jarEntryName == null)
1553               {
1554
1555                 String varnaStateFile = varna.getStateInfo(model.rna);
1556                 jarEntryName = RNA_PREFIX + viewId + "_" + nextCounter();
1557                 copyFileToJar(jout, varnaStateFile, jarEntryName);
1558                 rnaSessions.put(model, jarEntryName);
1559               }
1560               SecondaryStructure ss = new SecondaryStructure();
1561               String annotationId = varna.getAnnotation(jds).annotationId;
1562               ss.setAnnotationId(annotationId);
1563               ss.setViewerState(jarEntryName);
1564               ss.setGapped(model.gapped);
1565               ss.setTitle(model.title);
1566               rna.addSecondaryStructure(ss);
1567             }
1568           }
1569         }
1570       }
1571     }
1572   }
1573
1574   /**
1575    * Copy the contents of a file to a new entry added to the output jar
1576    *
1577    * @param jout
1578    * @param infilePath
1579    * @param jarEntryName
1580    */
1581   protected void copyFileToJar(JarOutputStream jout, String infilePath,
1582           String jarEntryName)
1583   {
1584     DataInputStream dis = null;
1585     try
1586     {
1587       File file = new File(infilePath);
1588       if (file.exists() && jout != null)
1589       {
1590         dis = new DataInputStream(new FileInputStream(file));
1591         byte[] data = new byte[(int) file.length()];
1592         dis.readFully(data);
1593         writeJarEntry(jout, jarEntryName, data);
1594       }
1595     } catch (Exception ex)
1596     {
1597       ex.printStackTrace();
1598     } finally
1599     {
1600       if (dis != null)
1601       {
1602         try
1603         {
1604           dis.close();
1605         } catch (IOException e)
1606         {
1607           // ignore
1608         }
1609       }
1610     }
1611   }
1612
1613   /**
1614    * Write the data to a new entry of given name in the output jar file
1615    *
1616    * @param jout
1617    * @param jarEntryName
1618    * @param data
1619    * @throws IOException
1620    */
1621   protected void writeJarEntry(JarOutputStream jout, String jarEntryName,
1622           byte[] data) throws IOException
1623   {
1624     if (jout != null)
1625     {
1626       System.out.println("Writing jar entry " + jarEntryName);
1627       jout.putNextEntry(new JarEntry(jarEntryName));
1628       DataOutputStream dout = new DataOutputStream(jout);
1629       dout.write(data, 0, data.length);
1630       dout.flush();
1631       jout.closeEntry();
1632     }
1633   }
1634
1635   /**
1636    * Save the state of a structure viewer
1637    *
1638    * @param ap
1639    * @param jds
1640    * @param pdb
1641    *          the archive XML element under which to save the state
1642    * @param entry
1643    * @param viewIds
1644    * @param matchedFile
1645    * @param viewFrame
1646    * @return
1647    */
1648   protected String saveStructureState(AlignmentPanel ap, SequenceI jds,
1649           Pdbids pdb, PDBEntry entry, List<String> viewIds,
1650           String matchedFile, StructureViewerBase viewFrame)
1651   {
1652     final AAStructureBindingModel bindingModel = viewFrame.getBinding();
1653
1654     /*
1655      * Look for any bindings for this viewer to the PDB file of interest
1656      * (including part matches excluding chain id)
1657      */
1658     for (int peid = 0; peid < bindingModel.getPdbCount(); peid++)
1659     {
1660       final PDBEntry pdbentry = bindingModel.getPdbEntry(peid);
1661       final String pdbId = pdbentry.getId();
1662       if (!pdbId.equals(entry.getId())
1663               && !(entry.getId().length() > 4 && entry.getId()
1664                       .toLowerCase().startsWith(pdbId.toLowerCase())))
1665       {
1666         /*
1667          * not interested in a binding to a different PDB entry here
1668          */
1669         continue;
1670       }
1671       if (matchedFile == null)
1672       {
1673         matchedFile = pdbentry.getFile();
1674       }
1675       else if (!matchedFile.equals(pdbentry.getFile()))
1676       {
1677         Cache.log
1678                 .warn("Probably lost some PDB-Sequence mappings for this structure file (which apparently has same PDB Entry code): "
1679                         + pdbentry.getFile());
1680       }
1681       // record the
1682       // file so we
1683       // can get at it if the ID
1684       // match is ambiguous (e.g.
1685       // 1QIP==1qipA)
1686
1687       for (int smap = 0; smap < viewFrame.getBinding().getSequence()[peid].length; smap++)
1688       {
1689         // if (jal.findIndex(jmol.jmb.sequence[peid][smap]) > -1)
1690         if (jds == viewFrame.getBinding().getSequence()[peid][smap])
1691         {
1692           StructureState state = new StructureState();
1693           state.setVisible(true);
1694           state.setXpos(viewFrame.getX());
1695           state.setYpos(viewFrame.getY());
1696           state.setWidth(viewFrame.getWidth());
1697           state.setHeight(viewFrame.getHeight());
1698           final String viewId = viewFrame.getViewId();
1699           state.setViewId(viewId);
1700           state.setAlignwithAlignPanel(viewFrame.isUsedforaligment(ap));
1701           state.setColourwithAlignPanel(viewFrame.isUsedforcolourby(ap));
1702           state.setColourByJmol(viewFrame.isColouredByViewer());
1703           state.setType(viewFrame.getViewerType().toString());
1704           pdb.addStructureState(state);
1705         }
1706       }
1707     }
1708     return matchedFile;
1709   }
1710
1711   private AnnotationColours constructAnnotationColours(
1712           AnnotationColourGradient acg, List<UserColourScheme> userColours,
1713           JalviewModelSequence jms)
1714   {
1715     AnnotationColours ac = new AnnotationColours();
1716     ac.setAboveThreshold(acg.getAboveThreshold());
1717     ac.setThreshold(acg.getAnnotationThreshold());
1718     ac.setAnnotation(acg.getAnnotation());
1719     if (acg.getBaseColour() instanceof jalview.schemes.UserColourScheme)
1720     {
1721       ac.setColourScheme(setUserColourScheme(acg.getBaseColour(),
1722               userColours, jms));
1723     }
1724     else
1725     {
1726       ac.setColourScheme(ColourSchemeProperty.getColourName(acg
1727               .getBaseColour()));
1728     }
1729
1730     ac.setMaxColour(acg.getMaxColour().getRGB());
1731     ac.setMinColour(acg.getMinColour().getRGB());
1732     ac.setPerSequence(acg.isSeqAssociated());
1733     ac.setPredefinedColours(acg.isPredefinedColours());
1734     return ac;
1735   }
1736
1737   private void storeAlignmentAnnotation(AlignmentAnnotation[] aa,
1738           IdentityHashMap<SequenceGroup, String> groupRefs,
1739           AlignmentViewport av, Set<String> calcIdSet, boolean storeDS,
1740           SequenceSet vamsasSet)
1741   {
1742
1743     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
1744     {
1745       Annotation an = new Annotation();
1746
1747       AlignmentAnnotation annotation = aa[i];
1748       if (annotation.annotationId != null)
1749       {
1750         annotationIds.put(annotation.annotationId, annotation);
1751       }
1752
1753       an.setId(annotation.annotationId);
1754
1755       an.setVisible(annotation.visible);
1756
1757       an.setDescription(annotation.description);
1758
1759       if (annotation.sequenceRef != null)
1760       {
1761         // 2.9 JAL-1781 xref on sequence id rather than name
1762         an.setSequenceRef(seqsToIds.get(annotation.sequenceRef));
1763       }
1764       if (annotation.groupRef != null)
1765       {
1766         String groupIdr = groupRefs.get(annotation.groupRef);
1767         if (groupIdr == null)
1768         {
1769           // make a locally unique String
1770           groupRefs.put(
1771                   annotation.groupRef,
1772                   groupIdr = ("" + System.currentTimeMillis()
1773                           + annotation.groupRef.getName() + groupRefs
1774                           .size()));
1775         }
1776         an.setGroupRef(groupIdr.toString());
1777       }
1778
1779       // store all visualization attributes for annotation
1780       an.setGraphHeight(annotation.graphHeight);
1781       an.setCentreColLabels(annotation.centreColLabels);
1782       an.setScaleColLabels(annotation.scaleColLabel);
1783       an.setShowAllColLabels(annotation.showAllColLabels);
1784       an.setBelowAlignment(annotation.belowAlignment);
1785
1786       if (annotation.graph > 0)
1787       {
1788         an.setGraph(true);
1789         an.setGraphType(annotation.graph);
1790         an.setGraphGroup(annotation.graphGroup);
1791         if (annotation.getThreshold() != null)
1792         {
1793           ThresholdLine line = new ThresholdLine();
1794           line.setLabel(annotation.getThreshold().label);
1795           line.setValue(annotation.getThreshold().value);
1796           line.setColour(annotation.getThreshold().colour.getRGB());
1797           an.setThresholdLine(line);
1798         }
1799       }
1800       else
1801       {
1802         an.setGraph(false);
1803       }
1804
1805       an.setLabel(annotation.label);
1806
1807       if (annotation == av.getAlignmentQualityAnnot()
1808               || annotation == av.getAlignmentConservationAnnotation()
1809               || annotation == av.getAlignmentConsensusAnnotation()
1810               || annotation.autoCalculated)
1811       {
1812         // new way of indicating autocalculated annotation -
1813         an.setAutoCalculated(annotation.autoCalculated);
1814       }
1815       if (annotation.hasScore())
1816       {
1817         an.setScore(annotation.getScore());
1818       }
1819
1820       if (annotation.getCalcId() != null)
1821       {
1822         calcIdSet.add(annotation.getCalcId());
1823         an.setCalcId(annotation.getCalcId());
1824       }
1825       if (annotation.hasProperties())
1826       {
1827         for (String pr : annotation.getProperties())
1828         {
1829           Property prop = new Property();
1830           prop.setName(pr);
1831           prop.setValue(annotation.getProperty(pr));
1832           an.addProperty(prop);
1833         }
1834       }
1835
1836       AnnotationElement ae;
1837       if (annotation.annotations != null)
1838       {
1839         an.setScoreOnly(false);
1840         for (int a = 0; a < annotation.annotations.length; a++)
1841         {
1842           if ((annotation == null) || (annotation.annotations[a] == null))
1843           {
1844             continue;
1845           }
1846
1847           ae = new AnnotationElement();
1848           if (annotation.annotations[a].description != null)
1849           {
1850             ae.setDescription(annotation.annotations[a].description);
1851           }
1852           if (annotation.annotations[a].displayCharacter != null)
1853           {
1854             ae.setDisplayCharacter(annotation.annotations[a].displayCharacter);
1855           }
1856
1857           if (!Float.isNaN(annotation.annotations[a].value))
1858           {
1859             ae.setValue(annotation.annotations[a].value);
1860           }
1861
1862           ae.setPosition(a);
1863           if (annotation.annotations[a].secondaryStructure > ' ')
1864           {
1865             ae.setSecondaryStructure(annotation.annotations[a].secondaryStructure
1866                     + "");
1867           }
1868
1869           if (annotation.annotations[a].colour != null
1870                   && annotation.annotations[a].colour != java.awt.Color.black)
1871           {
1872             ae.setColour(annotation.annotations[a].colour.getRGB());
1873           }
1874
1875           an.addAnnotationElement(ae);
1876           if (annotation.autoCalculated)
1877           {
1878             // only write one non-null entry into the annotation row -
1879             // sufficient to get the visualization attributes necessary to
1880             // display data
1881             continue;
1882           }
1883         }
1884       }
1885       else
1886       {
1887         an.setScoreOnly(true);
1888       }
1889       if (!storeDS || (storeDS && !annotation.autoCalculated))
1890       {
1891         // skip autocalculated annotation - these are only provided for
1892         // alignments
1893         vamsasSet.addAnnotation(an);
1894       }
1895     }
1896
1897   }
1898
1899   private CalcIdParam createCalcIdParam(String calcId, AlignViewport av)
1900   {
1901     AutoCalcSetting settings = av.getCalcIdSettingsFor(calcId);
1902     if (settings != null)
1903     {
1904       CalcIdParam vCalcIdParam = new CalcIdParam();
1905       vCalcIdParam.setCalcId(calcId);
1906       vCalcIdParam.addServiceURL(settings.getServiceURI());
1907       // generic URI allowing a third party to resolve another instance of the
1908       // service used for this calculation
1909       for (String urls : settings.getServiceURLs())
1910       {
1911         vCalcIdParam.addServiceURL(urls);
1912       }
1913       vCalcIdParam.setVersion("1.0");
1914       if (settings.getPreset() != null)
1915       {
1916         WsParamSetI setting = settings.getPreset();
1917         vCalcIdParam.setName(setting.getName());
1918         vCalcIdParam.setDescription(setting.getDescription());
1919       }
1920       else
1921       {
1922         vCalcIdParam.setName("");
1923         vCalcIdParam.setDescription("Last used parameters");
1924       }
1925       // need to be able to recover 1) settings 2) user-defined presets or
1926       // recreate settings from preset 3) predefined settings provided by
1927       // service - or settings that can be transferred (or discarded)
1928       vCalcIdParam.setParameters(settings.getWsParamFile().replace("\n",
1929               "|\\n|"));
1930       vCalcIdParam.setAutoUpdate(settings.isAutoUpdate());
1931       // todo - decide if updateImmediately is needed for any projects.
1932
1933       return vCalcIdParam;
1934     }
1935     return null;
1936   }
1937
1938   private boolean recoverCalcIdParam(CalcIdParam calcIdParam,
1939           AlignViewport av)
1940   {
1941     if (calcIdParam.getVersion().equals("1.0"))
1942     {
1943       Jws2Instance service = Jws2Discoverer.getDiscoverer()
1944               .getPreferredServiceFor(calcIdParam.getServiceURL());
1945       if (service != null)
1946       {
1947         WsParamSetI parmSet = null;
1948         try
1949         {
1950           parmSet = service.getParamStore().parseServiceParameterFile(
1951                   calcIdParam.getName(), calcIdParam.getDescription(),
1952                   calcIdParam.getServiceURL(),
1953                   calcIdParam.getParameters().replace("|\\n|", "\n"));
1954         } catch (IOException x)
1955         {
1956           warn("Couldn't parse parameter data for "
1957                   + calcIdParam.getCalcId(), x);
1958           return false;
1959         }
1960         List<ArgumentI> argList = null;
1961         if (calcIdParam.getName().length() > 0)
1962         {
1963           parmSet = service.getParamStore()
1964                   .getPreset(calcIdParam.getName());
1965           if (parmSet != null)
1966           {
1967             // TODO : check we have a good match with settings in AACon -
1968             // otherwise we'll need to create a new preset
1969           }
1970         }
1971         else
1972         {
1973           argList = parmSet.getArguments();
1974           parmSet = null;
1975         }
1976         AAConSettings settings = new AAConSettings(
1977                 calcIdParam.isAutoUpdate(), service, parmSet, argList);
1978         av.setCalcIdSettingsFor(calcIdParam.getCalcId(), settings,
1979                 calcIdParam.isNeedsUpdate());
1980         return true;
1981       }
1982       else
1983       {
1984         warn("Cannot resolve a service for the parameters used in this project. Try configuring a JABAWS server.");
1985         return false;
1986       }
1987     }
1988     throw new Error(MessageManager.formatMessage(
1989             "error.unsupported_version_calcIdparam",
1990             new Object[] { calcIdParam.toString() }));
1991   }
1992
1993   /**
1994    * External mapping between jalview objects and objects yielding a valid and
1995    * unique object ID string. This is null for normal Jalview project IO, but
1996    * non-null when a jalview project is being read or written as part of a
1997    * vamsas session.
1998    */
1999   IdentityHashMap jv2vobj = null;
2000
2001   /**
2002    * Construct a unique ID for jvobj using either existing bindings or if none
2003    * exist, the result of the hashcode call for the object.
2004    *
2005    * @param jvobj
2006    *          jalview data object
2007    * @return unique ID for referring to jvobj
2008    */
2009   private String makeHashCode(Object jvobj, String altCode)
2010   {
2011     if (jv2vobj != null)
2012     {
2013       Object id = jv2vobj.get(jvobj);
2014       if (id != null)
2015       {
2016         return id.toString();
2017       }
2018       // check string ID mappings
2019       if (jvids2vobj != null && jvobj instanceof String)
2020       {
2021         id = jvids2vobj.get(jvobj);
2022       }
2023       if (id != null)
2024       {
2025         return id.toString();
2026       }
2027       // give up and warn that something has gone wrong
2028       warn("Cannot find ID for object in external mapping : " + jvobj);
2029     }
2030     return altCode;
2031   }
2032
2033   /**
2034    * return local jalview object mapped to ID, if it exists
2035    *
2036    * @param idcode
2037    *          (may be null)
2038    * @return null or object bound to idcode
2039    */
2040   private Object retrieveExistingObj(String idcode)
2041   {
2042     if (idcode != null && vobj2jv != null)
2043     {
2044       return vobj2jv.get(idcode);
2045     }
2046     return null;
2047   }
2048
2049   /**
2050    * binding from ID strings from external mapping table to jalview data model
2051    * objects.
2052    */
2053   private Hashtable vobj2jv;
2054
2055   private Sequence createVamsasSequence(String id, SequenceI jds)
2056   {
2057     return createVamsasSequence(true, id, jds, null);
2058   }
2059
2060   private Sequence createVamsasSequence(boolean recurse, String id,
2061           SequenceI jds, SequenceI parentseq)
2062   {
2063     Sequence vamsasSeq = new Sequence();
2064     vamsasSeq.setId(id);
2065     vamsasSeq.setName(jds.getName());
2066     vamsasSeq.setSequence(jds.getSequenceAsString());
2067     vamsasSeq.setDescription(jds.getDescription());
2068     jalview.datamodel.DBRefEntry[] dbrefs = null;
2069     if (jds.getDatasetSequence() != null)
2070     {
2071       vamsasSeq.setDsseqid(seqHash(jds.getDatasetSequence()));
2072     }
2073     else
2074     {
2075       // seqId==dsseqid so we can tell which sequences really are
2076       // dataset sequences only
2077       vamsasSeq.setDsseqid(id);
2078       dbrefs = jds.getDBRefs();
2079       if (parentseq == null)
2080       {
2081         parentseq = jds;
2082       }
2083     }
2084     if (dbrefs != null)
2085     {
2086       for (int d = 0; d < dbrefs.length; d++)
2087       {
2088         DBRef dbref = new DBRef();
2089         dbref.setSource(dbrefs[d].getSource());
2090         dbref.setVersion(dbrefs[d].getVersion());
2091         dbref.setAccessionId(dbrefs[d].getAccessionId());
2092         if (dbrefs[d].hasMap())
2093         {
2094           Mapping mp = createVamsasMapping(dbrefs[d].getMap(), parentseq,
2095                   jds, recurse);
2096           dbref.setMapping(mp);
2097         }
2098         vamsasSeq.addDBRef(dbref);
2099       }
2100     }
2101     return vamsasSeq;
2102   }
2103
2104   private Mapping createVamsasMapping(jalview.datamodel.Mapping jmp,
2105           SequenceI parentseq, SequenceI jds, boolean recurse)
2106   {
2107     Mapping mp = null;
2108     if (jmp.getMap() != null)
2109     {
2110       mp = new Mapping();
2111
2112       jalview.util.MapList mlst = jmp.getMap();
2113       List<int[]> r = mlst.getFromRanges();
2114       for (int[] range : r)
2115       {
2116         MapListFrom mfrom = new MapListFrom();
2117         mfrom.setStart(range[0]);
2118         mfrom.setEnd(range[1]);
2119         mp.addMapListFrom(mfrom);
2120       }
2121       r = mlst.getToRanges();
2122       for (int[] range : r)
2123       {
2124         MapListTo mto = new MapListTo();
2125         mto.setStart(range[0]);
2126         mto.setEnd(range[1]);
2127         mp.addMapListTo(mto);
2128       }
2129       mp.setMapFromUnit(mlst.getFromRatio());
2130       mp.setMapToUnit(mlst.getToRatio());
2131       if (jmp.getTo() != null)
2132       {
2133         MappingChoice mpc = new MappingChoice();
2134
2135         // check/create ID for the sequence referenced by getTo()
2136
2137         String jmpid = "";
2138         SequenceI ps = null;
2139         if (parentseq != jmp.getTo()
2140                 && parentseq.getDatasetSequence() != jmp.getTo())
2141         {
2142           // chaining dbref rather than a handshaking one
2143           jmpid = seqHash(ps = jmp.getTo());
2144         }
2145         else
2146         {
2147           jmpid = seqHash(ps = parentseq);
2148         }
2149         mpc.setDseqFor(jmpid);
2150         if (!seqRefIds.containsKey(mpc.getDseqFor()))
2151         {
2152           jalview.bin.Cache.log.debug("creatign new DseqFor ID");
2153           seqRefIds.put(mpc.getDseqFor(), ps);
2154         }
2155         else
2156         {
2157           jalview.bin.Cache.log.debug("reusing DseqFor ID");
2158         }
2159
2160         mp.setMappingChoice(mpc);
2161       }
2162     }
2163     return mp;
2164   }
2165
2166   String setUserColourScheme(jalview.schemes.ColourSchemeI cs,
2167           List<UserColourScheme> userColours, JalviewModelSequence jms)
2168   {
2169     String id = null;
2170     jalview.schemes.UserColourScheme ucs = (jalview.schemes.UserColourScheme) cs;
2171     boolean newucs = false;
2172     if (!userColours.contains(ucs))
2173     {
2174       userColours.add(ucs);
2175       newucs = true;
2176     }
2177     id = "ucs" + userColours.indexOf(ucs);
2178     if (newucs)
2179     {
2180       // actually create the scheme's entry in the XML model
2181       java.awt.Color[] colours = ucs.getColours();
2182       jalview.schemabinding.version2.UserColours uc = new jalview.schemabinding.version2.UserColours();
2183       jalview.schemabinding.version2.UserColourScheme jbucs = new jalview.schemabinding.version2.UserColourScheme();
2184
2185       for (int i = 0; i < colours.length; i++)
2186       {
2187         jalview.schemabinding.version2.Colour col = new jalview.schemabinding.version2.Colour();
2188         col.setName(ResidueProperties.aa[i]);
2189         col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(colours[i]));
2190         jbucs.addColour(col);
2191       }
2192       if (ucs.getLowerCaseColours() != null)
2193       {
2194         colours = ucs.getLowerCaseColours();
2195         for (int i = 0; i < colours.length; i++)
2196         {
2197           jalview.schemabinding.version2.Colour col = new jalview.schemabinding.version2.Colour();
2198           col.setName(ResidueProperties.aa[i].toLowerCase());
2199           col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(colours[i]));
2200           jbucs.addColour(col);
2201         }
2202       }
2203
2204       uc.setId(id);
2205       uc.setUserColourScheme(jbucs);
2206       jms.addUserColours(uc);
2207     }
2208
2209     return id;
2210   }
2211
2212   jalview.schemes.UserColourScheme getUserColourScheme(
2213           JalviewModelSequence jms, String id)
2214   {
2215     UserColours[] uc = jms.getUserColours();
2216     UserColours colours = null;
2217
2218     for (int i = 0; i < uc.length; i++)
2219     {
2220       if (uc[i].getId().equals(id))
2221       {
2222         colours = uc[i];
2223
2224         break;
2225       }
2226     }
2227
2228     java.awt.Color[] newColours = new java.awt.Color[24];
2229
2230     for (int i = 0; i < 24; i++)
2231     {
2232       newColours[i] = new java.awt.Color(Integer.parseInt(colours
2233               .getUserColourScheme().getColour(i).getRGB(), 16));
2234     }
2235
2236     jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
2237             newColours);
2238
2239     if (colours.getUserColourScheme().getColourCount() > 24)
2240     {
2241       newColours = new java.awt.Color[23];
2242       for (int i = 0; i < 23; i++)
2243       {
2244         newColours[i] = new java.awt.Color(Integer.parseInt(colours
2245                 .getUserColourScheme().getColour(i + 24).getRGB(), 16));
2246       }
2247       ucs.setLowerCaseColours(newColours);
2248     }
2249
2250     return ucs;
2251   }
2252
2253   /**
2254    * contains last error message (if any) encountered by XML loader.
2255    */
2256   String errorMessage = null;
2257
2258   /**
2259    * flag to control whether the Jalview2XML_V1 parser should be deferred to if
2260    * exceptions are raised during project XML parsing
2261    */
2262   public boolean attemptversion1parse = true;
2263
2264   /**
2265    * Load a jalview project archive from a jar file
2266    *
2267    * @param file
2268    *          - HTTP URL or filename
2269    */
2270   public AlignFrame loadJalviewAlign(final String file)
2271   {
2272
2273     jalview.gui.AlignFrame af = null;
2274
2275     try
2276     {
2277       // create list to store references for any new Jmol viewers created
2278       newStructureViewers = new Vector<JalviewStructureDisplayI>();
2279       // UNMARSHALLER SEEMS TO CLOSE JARINPUTSTREAM, MOST ANNOYING
2280       // Workaround is to make sure caller implements the JarInputStreamProvider
2281       // interface
2282       // so we can re-open the jar input stream for each entry.
2283
2284       jarInputStreamProvider jprovider = createjarInputStreamProvider(file);
2285       af = loadJalviewAlign(jprovider);
2286
2287     } catch (MalformedURLException e)
2288     {
2289       errorMessage = "Invalid URL format for '" + file + "'";
2290       reportErrors();
2291     } finally
2292     {
2293       try
2294       {
2295         SwingUtilities.invokeAndWait(new Runnable()
2296         {
2297           @Override
2298           public void run()
2299           {
2300             setLoadingFinishedForNewStructureViewers();
2301           };
2302         });
2303       } catch (Exception x)
2304       {
2305         System.err.println("Error loading alignment: " + x.getMessage());
2306       }
2307     }
2308     return af;
2309   }
2310
2311   private jarInputStreamProvider createjarInputStreamProvider(
2312           final String file) throws MalformedURLException
2313   {
2314     URL url = null;
2315     errorMessage = null;
2316     uniqueSetSuffix = null;
2317     seqRefIds = null;
2318     viewportsAdded.clear();
2319     frefedSequence = null;
2320
2321     if (file.startsWith("http://"))
2322     {
2323       url = new URL(file);
2324     }
2325     final URL _url = url;
2326     return new jarInputStreamProvider()
2327     {
2328
2329       @Override
2330       public JarInputStream getJarInputStream() throws IOException
2331       {
2332         if (_url != null)
2333         {
2334           return new JarInputStream(_url.openStream());
2335         }
2336         else
2337         {
2338           return new JarInputStream(new FileInputStream(file));
2339         }
2340       }
2341
2342       @Override
2343       public String getFilename()
2344       {
2345         return file;
2346       }
2347     };
2348   }
2349
2350   /**
2351    * Recover jalview session from a jalview project archive. Caller may
2352    * initialise uniqueSetSuffix, seqRefIds, viewportsAdded and frefedSequence
2353    * themselves. Any null fields will be initialised with default values,
2354    * non-null fields are left alone.
2355    *
2356    * @param jprovider
2357    * @return
2358    */
2359   public AlignFrame loadJalviewAlign(final jarInputStreamProvider jprovider)
2360   {
2361     errorMessage = null;
2362     if (uniqueSetSuffix == null)
2363     {
2364       uniqueSetSuffix = System.currentTimeMillis() % 100000 + "";
2365     }
2366     if (seqRefIds == null)
2367     {
2368       initSeqRefs();
2369     }
2370     AlignFrame af = null, _af = null;
2371     IdentityHashMap<AlignmentI, AlignmentI> importedDatasets = new IdentityHashMap<AlignmentI, AlignmentI>();
2372     Map<String, AlignFrame> gatherToThisFrame = new HashMap<String, AlignFrame>();
2373     final String file = jprovider.getFilename();
2374     try
2375     {
2376       JarInputStream jin = null;
2377       JarEntry jarentry = null;
2378       int entryCount = 1;
2379
2380       do
2381       {
2382         jin = jprovider.getJarInputStream();
2383         for (int i = 0; i < entryCount; i++)
2384         {
2385           jarentry = jin.getNextJarEntry();
2386         }
2387
2388         if (jarentry != null && jarentry.getName().endsWith(".xml"))
2389         {
2390           InputStreamReader in = new InputStreamReader(jin, UTF_8);
2391           JalviewModel object = new JalviewModel();
2392
2393           Unmarshaller unmar = new Unmarshaller(object);
2394           unmar.setValidation(false);
2395           object = (JalviewModel) unmar.unmarshal(in);
2396           if (true) // !skipViewport(object))
2397           {
2398             _af = loadFromObject(object, file, true, jprovider);
2399             if (_af != null
2400                     && object.getJalviewModelSequence().getViewportCount() > 0)
2401             {
2402               if (af == null)
2403               {
2404                 // store a reference to the first view
2405                 af = _af;
2406               }
2407               if (_af.viewport.isGatherViewsHere())
2408               {
2409                 // if this is a gathered view, keep its reference since
2410                 // after gathering views, only this frame will remain
2411                 af = _af;
2412                 gatherToThisFrame.put(_af.viewport.getSequenceSetId(), _af);
2413               }
2414               // Save dataset to register mappings once all resolved
2415               importedDatasets.put(af.viewport.getAlignment().getDataset(),
2416                       af.viewport.getAlignment().getDataset());
2417             }
2418           }
2419           entryCount++;
2420         }
2421         else if (jarentry != null)
2422         {
2423           // Some other file here.
2424           entryCount++;
2425         }
2426       } while (jarentry != null);
2427       resolveFrefedSequences();
2428     } catch (IOException ex)
2429     {
2430       ex.printStackTrace();
2431       errorMessage = "Couldn't locate Jalview XML file : " + file;
2432       System.err.println("Exception whilst loading jalview XML file : "
2433               + ex + "\n");
2434     } catch (Exception ex)
2435     {
2436       System.err.println("Parsing as Jalview Version 2 file failed.");
2437       ex.printStackTrace(System.err);
2438       if (attemptversion1parse)
2439       {
2440         // Is Version 1 Jar file?
2441         try
2442         {
2443           af = new Jalview2XML_V1(raiseGUI).LoadJalviewAlign(jprovider);
2444         } catch (Exception ex2)
2445         {
2446           System.err.println("Exception whilst loading as jalviewXMLV1:");
2447           ex2.printStackTrace();
2448           af = null;
2449         }
2450       }
2451       if (Desktop.instance != null)
2452       {
2453         Desktop.instance.stopLoading();
2454       }
2455       if (af != null)
2456       {
2457         System.out.println("Successfully loaded archive file");
2458         return af;
2459       }
2460       ex.printStackTrace();
2461
2462       System.err.println("Exception whilst loading jalview XML file : "
2463               + ex + "\n");
2464     } catch (OutOfMemoryError e)
2465     {
2466       // Don't use the OOM Window here
2467       errorMessage = "Out of memory loading jalview XML file";
2468       System.err.println("Out of memory whilst loading jalview XML file");
2469       e.printStackTrace();
2470     }
2471
2472     /*
2473      * Regather multiple views (with the same sequence set id) to the frame (if
2474      * any) that is flagged as the one to gather to, i.e. convert them to tabbed
2475      * views instead of separate frames. Note this doesn't restore a state where
2476      * some expanded views in turn have tabbed views - the last "first tab" read
2477      * in will play the role of gatherer for all.
2478      */
2479     for (AlignFrame fr : gatherToThisFrame.values())
2480     {
2481       Desktop.instance.gatherViews(fr);
2482     }
2483
2484     restoreSplitFrames();
2485     for (AlignmentI ds : importedDatasets.keySet())
2486     {
2487       if (ds.getCodonFrames() != null)
2488       {
2489         StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(
2490                 Desktop.instance).registerMappings(ds.getCodonFrames());
2491       }
2492     }
2493     if (errorMessage != null)
2494     {
2495       reportErrors();
2496     }
2497
2498     if (Desktop.instance != null)
2499     {
2500       Desktop.instance.stopLoading();
2501     }
2502
2503     return af;
2504   }
2505
2506   /**
2507    * Try to reconstruct and display SplitFrame windows, where each contains
2508    * complementary dna and protein alignments. Done by pairing up AlignFrame
2509    * objects (created earlier) which have complementary viewport ids associated.
2510    */
2511   protected void restoreSplitFrames()
2512   {
2513     List<SplitFrame> gatherTo = new ArrayList<SplitFrame>();
2514     List<AlignFrame> addedToSplitFrames = new ArrayList<AlignFrame>();
2515     Map<String, AlignFrame> dna = new HashMap<String, AlignFrame>();
2516
2517     /*
2518      * Identify the DNA alignments
2519      */
2520     for (Entry<Viewport, AlignFrame> candidate : splitFrameCandidates
2521             .entrySet())
2522     {
2523       AlignFrame af = candidate.getValue();
2524       if (af.getViewport().getAlignment().isNucleotide())
2525       {
2526         dna.put(candidate.getKey().getId(), af);
2527       }
2528     }
2529
2530     /*
2531      * Try to match up the protein complements
2532      */
2533     for (Entry<Viewport, AlignFrame> candidate : splitFrameCandidates
2534             .entrySet())
2535     {
2536       AlignFrame af = candidate.getValue();
2537       if (!af.getViewport().getAlignment().isNucleotide())
2538       {
2539         String complementId = candidate.getKey().getComplementId();
2540         // only non-null complements should be in the Map
2541         if (complementId != null && dna.containsKey(complementId))
2542         {
2543           final AlignFrame dnaFrame = dna.get(complementId);
2544           SplitFrame sf = createSplitFrame(dnaFrame, af);
2545           addedToSplitFrames.add(dnaFrame);
2546           addedToSplitFrames.add(af);
2547           dnaFrame.setMenusForViewport();
2548           af.setMenusForViewport();
2549           if (af.viewport.isGatherViewsHere())
2550           {
2551             gatherTo.add(sf);
2552           }
2553         }
2554       }
2555     }
2556
2557     /*
2558      * Open any that we failed to pair up (which shouldn't happen!) as
2559      * standalone AlignFrame's.
2560      */
2561     for (Entry<Viewport, AlignFrame> candidate : splitFrameCandidates
2562             .entrySet())
2563     {
2564       AlignFrame af = candidate.getValue();
2565       if (!addedToSplitFrames.contains(af))
2566       {
2567         Viewport view = candidate.getKey();
2568         Desktop.addInternalFrame(af, view.getTitle(), view.getWidth(),
2569                 view.getHeight());
2570         af.setMenusForViewport();
2571         System.err.println("Failed to restore view " + view.getTitle()
2572                 + " to split frame");
2573       }
2574     }
2575
2576     /*
2577      * Gather back into tabbed views as flagged.
2578      */
2579     for (SplitFrame sf : gatherTo)
2580     {
2581       Desktop.instance.gatherViews(sf);
2582     }
2583
2584     splitFrameCandidates.clear();
2585   }
2586
2587   /**
2588    * Construct and display one SplitFrame holding DNA and protein alignments.
2589    *
2590    * @param dnaFrame
2591    * @param proteinFrame
2592    * @return
2593    */
2594   protected SplitFrame createSplitFrame(AlignFrame dnaFrame,
2595           AlignFrame proteinFrame)
2596   {
2597     SplitFrame splitFrame = new SplitFrame(dnaFrame, proteinFrame);
2598     String title = MessageManager.getString("label.linked_view_title");
2599     int width = (int) dnaFrame.getBounds().getWidth();
2600     int height = (int) (dnaFrame.getBounds().getHeight()
2601             + proteinFrame.getBounds().getHeight() + 50);
2602
2603     /*
2604      * SplitFrame location is saved to both enclosed frames
2605      */
2606     splitFrame.setLocation(dnaFrame.getX(), dnaFrame.getY());
2607     Desktop.addInternalFrame(splitFrame, title, width, height);
2608
2609     /*
2610      * And compute cDNA consensus (couldn't do earlier with consensus as
2611      * mappings were not yet present)
2612      */
2613     proteinFrame.viewport.alignmentChanged(proteinFrame.alignPanel);
2614
2615     return splitFrame;
2616   }
2617
2618   /**
2619    * check errorMessage for a valid error message and raise an error box in the
2620    * GUI or write the current errorMessage to stderr and then clear the error
2621    * state.
2622    */
2623   protected void reportErrors()
2624   {
2625     reportErrors(false);
2626   }
2627
2628   protected void reportErrors(final boolean saving)
2629   {
2630     if (errorMessage != null)
2631     {
2632       final String finalErrorMessage = errorMessage;
2633       if (raiseGUI)
2634       {
2635         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
2636         {
2637           @Override
2638           public void run()
2639           {
2640             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2641                     finalErrorMessage, "Error "
2642                             + (saving ? "saving" : "loading")
2643                             + " Jalview file", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2644           }
2645         });
2646       }
2647       else
2648       {
2649         System.err.println("Problem loading Jalview file: " + errorMessage);
2650       }
2651     }
2652     errorMessage = null;
2653   }
2654
2655   Map<String, String> alreadyLoadedPDB = new HashMap<String, String>();
2656
2657   /**
2658    * when set, local views will be updated from view stored in JalviewXML
2659    * Currently (28th Sep 2008) things will go horribly wrong in vamsas document
2660    * sync if this is set to true.
2661    */
2662   private final boolean updateLocalViews = false;
2663
2664   /**
2665    * Returns the path to a temporary file holding the PDB file for the given PDB
2666    * id. The first time of asking, searches for a file of that name in the
2667    * Jalview project jar, and copies it to a new temporary file. Any repeat
2668    * requests just return the path to the file previously created.
2669    *
2670    * @param jprovider
2671    * @param pdbId
2672    * @return
2673    */
2674   String loadPDBFile(jarInputStreamProvider jprovider, String pdbId,
2675           String origFile)
2676   {
2677     if (alreadyLoadedPDB.containsKey(pdbId))
2678     {
2679       return alreadyLoadedPDB.get(pdbId).toString();
2680     }
2681
2682     String tempFile = copyJarEntry(jprovider, pdbId, "jalview_pdb",
2683             origFile);
2684     if (tempFile != null)
2685     {
2686       alreadyLoadedPDB.put(pdbId, tempFile);
2687     }
2688     return tempFile;
2689   }
2690
2691   /**
2692    * Copies the jar entry of given name to a new temporary file and returns the
2693    * path to the file, or null if the entry is not found.
2694    *
2695    * @param jprovider
2696    * @param jarEntryName
2697    * @param prefix
2698    *          a prefix for the temporary file name, must be at least three
2699    *          characters long
2700    * @param origFile
2701    *          null or original file - so new file can be given the same suffix
2702    *          as the old one
2703    * @return
2704    */
2705   protected String copyJarEntry(jarInputStreamProvider jprovider,
2706           String jarEntryName, String prefix, String origFile)
2707   {
2708     BufferedReader in = null;
2709     PrintWriter out = null;
2710     String suffix = ".tmp";
2711     if (origFile == null)
2712     {
2713       origFile = jarEntryName;
2714     }
2715     int sfpos = origFile.lastIndexOf(".");
2716     if (sfpos > -1 && sfpos < (origFile.length() - 3))
2717     {
2718       suffix = "." + origFile.substring(sfpos + 1);
2719     }
2720     try
2721     {
2722       JarInputStream jin = jprovider.getJarInputStream();
2723       /*
2724        * if (jprovider.startsWith("http://")) { jin = new JarInputStream(new
2725        * URL(jprovider).openStream()); } else { jin = new JarInputStream(new
2726        * FileInputStream(jprovider)); }
2727        */
2728
2729       JarEntry entry = null;
2730       do
2731       {
2732         entry = jin.getNextJarEntry();
2733       } while (entry != null && !entry.getName().equals(jarEntryName));
2734       if (entry != null)
2735       {
2736         in = new BufferedReader(new InputStreamReader(jin, UTF_8));
2737         File outFile = File.createTempFile(prefix, suffix);
2738         outFile.deleteOnExit();
2739         out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));
2740         String data;
2741
2742         while ((data = in.readLine()) != null)
2743         {
2744           out.println(data);
2745         }
2746         out.flush();
2747         String t = outFile.getAbsolutePath();
2748         return t;
2749       }
2750       else
2751       {
2752         warn("Couldn't find entry in Jalview Jar for " + jarEntryName);
2753       }
2754     } catch (Exception ex)
2755     {
2756       ex.printStackTrace();
2757     } finally
2758     {
2759       if (in != null)
2760       {
2761         try
2762         {
2763           in.close();
2764         } catch (IOException e)
2765         {
2766           // ignore
2767         }
2768       }
2769       if (out != null)
2770       {
2771         out.close();
2772       }
2773     }
2774
2775     return null;
2776   }
2777
2778   private class JvAnnotRow
2779   {
2780     public JvAnnotRow(int i, AlignmentAnnotation jaa)
2781     {
2782       order = i;
2783       template = jaa;
2784     }
2785
2786     /**
2787      * persisted version of annotation row from which to take vis properties
2788      */
2789     public jalview.datamodel.AlignmentAnnotation template;
2790
2791     /**
2792      * original position of the annotation row in the alignment
2793      */
2794     public int order;
2795   }
2796
2797   /**
2798    * Load alignment frame from jalview XML DOM object
2799    *
2800    * @param object
2801    *          DOM
2802    * @param file
2803    *          filename source string
2804    * @param loadTreesAndStructures
2805    *          when false only create Viewport
2806    * @param jprovider
2807    *          data source provider
2808    * @return alignment frame created from view stored in DOM
2809    */
2810   AlignFrame loadFromObject(JalviewModel object, String file,
2811           boolean loadTreesAndStructures, jarInputStreamProvider jprovider)
2812   {
2813     SequenceSet vamsasSet = object.getVamsasModel().getSequenceSet(0);
2814     Sequence[] vamsasSeq = vamsasSet.getSequence();
2815
2816     JalviewModelSequence jms = object.getJalviewModelSequence();
2817
2818     Viewport view = (jms.getViewportCount() > 0) ? jms.getViewport(0)
2819             : null;
2820
2821     // ////////////////////////////////
2822     // LOAD SEQUENCES
2823
2824     List<SequenceI> hiddenSeqs = null;
2825
2826     List<SequenceI> tmpseqs = new ArrayList<SequenceI>();
2827
2828     boolean multipleView = false;
2829     SequenceI referenceseqForView = null;
2830     JSeq[] jseqs = object.getJalviewModelSequence().getJSeq();
2831     int vi = 0; // counter in vamsasSeq array
2832     for (int i = 0; i < jseqs.length; i++)
2833     {
2834       String seqId = jseqs[i].getId();
2835
2836       SequenceI tmpSeq = seqRefIds.get(seqId);
2837       if (tmpSeq != null)
2838       {
2839         if (!incompleteSeqs.containsKey(seqId))
2840         {
2841           // may not need this check, but keep it for at least 2.9,1 release
2842           if (tmpSeq.getStart() != jseqs[i].getStart()
2843                   || tmpSeq.getEnd() != jseqs[i].getEnd())
2844           {
2845             System.err
2846                     .println("Warning JAL-2154 regression: updating start/end for sequence "
2847                             + tmpSeq.toString() + " to " + jseqs[i]);
2848           }
2849         }
2850         else
2851         {
2852           incompleteSeqs.remove(seqId);
2853         }
2854         if (vamsasSeq.length > vi && vamsasSeq[vi].getId().equals(seqId))
2855         {
2856           // most likely we are reading a dataset XML document so
2857           // update from vamsasSeq section of XML for this sequence
2858           tmpSeq.setName(vamsasSeq[vi].getName());
2859           tmpSeq.setDescription(vamsasSeq[vi].getDescription());
2860           tmpSeq.setSequence(vamsasSeq[vi].getSequence());
2861           vi++;
2862         }
2863         else
2864         {
2865           // reading multiple views, so vamsasSeq set is a subset of JSeq
2866           multipleView = true;
2867         }
2868         tmpSeq.setStart(jseqs[i].getStart());
2869         tmpSeq.setEnd(jseqs[i].getEnd());
2870         tmpseqs.add(tmpSeq);
2871       }
2872       else
2873       {
2874         tmpSeq = new jalview.datamodel.Sequence(vamsasSeq[vi].getName(),
2875                 vamsasSeq[vi].getSequence());
2876         tmpSeq.setDescription(vamsasSeq[vi].getDescription());
2877         tmpSeq.setStart(jseqs[i].getStart());
2878         tmpSeq.setEnd(jseqs[i].getEnd());
2879         tmpSeq.setVamsasId(uniqueSetSuffix + seqId);
2880         seqRefIds.put(vamsasSeq[vi].getId(), tmpSeq);
2881         tmpseqs.add(tmpSeq);
2882         vi++;
2883       }
2884
2885       if (jseqs[i].hasViewreference() && jseqs[i].getViewreference())
2886       {
2887         referenceseqForView = tmpseqs.get(tmpseqs.size() - 1);
2888       }
2889
2890       if (jseqs[i].getHidden())
2891       {
2892         if (hiddenSeqs == null)
2893         {
2894           hiddenSeqs = new ArrayList<SequenceI>();
2895         }
2896
2897         hiddenSeqs.add(tmpSeq);
2898       }
2899     }
2900
2901     // /
2902     // Create the alignment object from the sequence set
2903     // ///////////////////////////////
2904     SequenceI[] orderedSeqs = tmpseqs
2905             .toArray(new SequenceI[tmpseqs.size()]);
2906
2907     AlignmentI al = null;
2908     // so we must create or recover the dataset alignment before going further
2909     // ///////////////////////////////
2910     if (vamsasSet.getDatasetId() == null || vamsasSet.getDatasetId() == "")
2911     {
2912       // older jalview projects do not have a dataset - so creat alignment and
2913       // dataset
2914       al = new Alignment(orderedSeqs);
2915       al.setDataset(null);
2916     }
2917     else
2918     {
2919       boolean isdsal = object.getJalviewModelSequence().getViewportCount() == 0;
2920       if (isdsal)
2921       {
2922         // we are importing a dataset record, so
2923         // recover reference to an alignment already materialsed as dataset
2924         al = getDatasetFor(vamsasSet.getDatasetId());
2925       }
2926       if (al == null)
2927       {
2928         // materialse the alignment
2929         al = new Alignment(orderedSeqs);
2930       }
2931       if (isdsal)
2932       {
2933         addDatasetRef(vamsasSet.getDatasetId(), al);
2934       }
2935
2936       // finally, verify all data in vamsasSet is actually present in al
2937       // passing on flag indicating if it is actually a stored dataset
2938       recoverDatasetFor(vamsasSet, al, isdsal);
2939     }
2940
2941     if (referenceseqForView != null)
2942     {
2943       al.setSeqrep(referenceseqForView);
2944     }
2945     // / Add the alignment properties
2946     for (int i = 0; i < vamsasSet.getSequenceSetPropertiesCount(); i++)
2947     {
2948       SequenceSetProperties ssp = vamsasSet.getSequenceSetProperties(i);
2949       al.setProperty(ssp.getKey(), ssp.getValue());
2950     }
2951
2952     // ///////////////////////////////
2953
2954     Hashtable pdbloaded = new Hashtable(); // TODO nothing writes to this??
2955     if (!multipleView)
2956     {
2957       // load sequence features, database references and any associated PDB
2958       // structures for the alignment
2959       //
2960       // prior to 2.10, this part would only be executed the first time a
2961       // sequence was encountered, but not afterwards.
2962       // now, for 2.10 projects, this is also done if the xml doc includes
2963       // dataset sequences not actually present in any particular view.
2964       //
2965       for (int i = 0; i < vamsasSeq.length; i++)
2966       {
2967         if (jseqs[i].getFeaturesCount() > 0)
2968         {
2969           Features[] features = jseqs[i].getFeatures();
2970           for (int f = 0; f < features.length; f++)
2971           {
2972             jalview.datamodel.SequenceFeature sf = new jalview.datamodel.SequenceFeature(
2973                     features[f].getType(), features[f].getDescription(),
2974                     features[f].getStatus(), features[f].getBegin(),
2975                     features[f].getEnd(), features[f].getFeatureGroup());
2976
2977             sf.setScore(features[f].getScore());
2978             for (int od = 0; od < features[f].getOtherDataCount(); od++)
2979             {
2980               OtherData keyValue = features[f].getOtherData(od);
2981               if (keyValue.getKey().startsWith("LINK"))
2982               {
2983                 sf.addLink(keyValue.getValue());
2984               }
2985               else
2986               {
2987                 sf.setValue(keyValue.getKey(), keyValue.getValue());
2988               }
2989
2990             }
2991             // adds feature to datasequence's feature set (since Jalview 2.10)
2992             al.getSequenceAt(i).addSequenceFeature(sf);
2993           }
2994         }
2995         if (vamsasSeq[i].getDBRefCount() > 0)
2996         {
2997           // adds dbrefs to datasequence's set (since Jalview 2.10)
2998           addDBRefs(
2999                   al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence() == null ? al.getSequenceAt(i)
3000                           : al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence(),
3001                   vamsasSeq[i]);
3002         }
3003         if (jseqs[i].getPdbidsCount() > 0)
3004         {
3005           Pdbids[] ids = jseqs[i].getPdbids();
3006           for (int p = 0; p < ids.length; p++)
3007           {
3008             jalview.datamodel.PDBEntry entry = new jalview.datamodel.PDBEntry();
3009             entry.setId(ids[p].getId());
3010             if (ids[p].getType() != null)
3011             {
3012               if (PDBEntry.Type.getType(ids[p].getType()) != null)
3013               {
3014                 entry.setType(PDBEntry.Type.getType(ids[p].getType()));
3015               }
3016               else
3017               {
3018                 entry.setType(PDBEntry.Type.FILE);
3019               }
3020             }
3021             // jprovider is null when executing 'New View'
3022             if (ids[p].getFile() != null && jprovider != null)
3023             {
3024               if (!pdbloaded.containsKey(ids[p].getFile()))
3025               {
3026                 entry.setFile(loadPDBFile(jprovider, ids[p].getId(),
3027                         ids[p].getFile()));
3028               }
3029               else
3030               {
3031                 entry.setFile(pdbloaded.get(ids[p].getId()).toString());
3032               }
3033             }
3034             if (ids[p].getPdbentryItem() != null)
3035             {
3036               entry.setProperty(new Hashtable());
3037               for (PdbentryItem item : ids[p].getPdbentryItem())
3038               {
3039                 for (Property pr : item.getProperty())
3040                 {
3041                   entry.getProperty().put(pr.getName(), pr.getValue());
3042                 }
3043               }
3044             }
3045             StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(
3046                     Desktop.instance).registerPDBEntry(entry);
3047             // adds PDBEntry to datasequence's set (since Jalview 2.10)
3048             if (al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence() != null)
3049             {
3050               al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addPDBId(entry);
3051             }
3052             else
3053             {
3054               al.getSequenceAt(i).addPDBId(entry);
3055             }
3056           }
3057         }
3058       }
3059     } // end !multipleview
3060
3061     // ///////////////////////////////
3062     // LOAD SEQUENCE MAPPINGS
3063
3064     if (vamsasSet.getAlcodonFrameCount() > 0)
3065     {
3066       // TODO Potentially this should only be done once for all views of an
3067       // alignment
3068       AlcodonFrame[] alc = vamsasSet.getAlcodonFrame();
3069       for (int i = 0; i < alc.length; i++)
3070       {
3071         AlignedCodonFrame cf = new AlignedCodonFrame();
3072         if (alc[i].getAlcodMapCount() > 0)
3073         {
3074           AlcodMap[] maps = alc[i].getAlcodMap();
3075           for (int m = 0; m < maps.length; m++)
3076           {
3077             SequenceI dnaseq = seqRefIds.get(maps[m].getDnasq());
3078             // Load Mapping
3079             jalview.datamodel.Mapping mapping = null;
3080             // attach to dna sequence reference.
3081             if (maps[m].getMapping() != null)
3082             {
3083               mapping = addMapping(maps[m].getMapping());
3084               if (dnaseq != null && mapping.getTo() != null)
3085               {
3086                 cf.addMap(dnaseq, mapping.getTo(), mapping.getMap());
3087               }
3088               else
3089               {
3090                 // defer to later
3091                 frefedSequence.add(newAlcodMapRef(maps[m].getDnasq(), cf,
3092                         mapping));
3093               }
3094             }
3095           }
3096           al.addCodonFrame(cf);
3097         }
3098       }
3099     }
3100
3101     // ////////////////////////////////
3102     // LOAD ANNOTATIONS
3103     List<JvAnnotRow> autoAlan = new ArrayList<JvAnnotRow>();
3104
3105     /*
3106      * store any annotations which forward reference a group's ID
3107      */
3108     Map<String, List<AlignmentAnnotation>> groupAnnotRefs = new Hashtable<String, List<AlignmentAnnotation>>();
3109
3110     if (vamsasSet.getAnnotationCount() > 0)
3111     {
3112       Annotation[] an = vamsasSet.getAnnotation();
3113
3114       for (int i = 0; i < an.length; i++)
3115       {
3116         Annotation annotation = an[i];
3117
3118         /**
3119          * test if annotation is automatically calculated for this view only
3120          */
3121         boolean autoForView = false;
3122         if (annotation.getLabel().equals("Quality")
3123                 || annotation.getLabel().equals("Conservation")
3124                 || annotation.getLabel().equals("Consensus"))
3125         {
3126           // Kludge for pre 2.5 projects which lacked the autocalculated flag
3127           autoForView = true;
3128           if (!annotation.hasAutoCalculated())
3129           {
3130             annotation.setAutoCalculated(true);
3131           }
3132         }
3133         if (autoForView
3134                 || (annotation.hasAutoCalculated() && annotation
3135                         .isAutoCalculated()))
3136         {
3137           // remove ID - we don't recover annotation from other views for
3138           // view-specific annotation
3139           annotation.setId(null);
3140         }
3141
3142         // set visiblity for other annotation in this view
3143         String annotationId = annotation.getId();
3144         if (annotationId != null && annotationIds.containsKey(annotationId))
3145         {
3146           AlignmentAnnotation jda = annotationIds.get(annotationId);
3147           // in principle Visible should always be true for annotation displayed
3148           // in multiple views
3149           if (annotation.hasVisible())
3150           {
3151             jda.visible = annotation.getVisible();
3152           }
3153
3154           al.addAnnotation(jda);
3155
3156           continue;
3157         }
3158         // Construct new annotation from model.
3159         AnnotationElement[] ae = annotation.getAnnotationElement();
3160         jalview.datamodel.Annotation[] anot = null;
3161         java.awt.Color firstColour = null;
3162         int anpos;
3163         if (!annotation.getScoreOnly())
3164         {
3165           anot = new jalview.datamodel.Annotation[al.getWidth()];
3166           for (int aa = 0; aa < ae.length && aa < anot.length; aa++)
3167           {
3168             anpos = ae[aa].getPosition();
3169
3170             if (anpos >= anot.length)
3171             {
3172               continue;
3173             }
3174
3175             anot[anpos] = new jalview.datamodel.Annotation(
3176
3177             ae[aa].getDisplayCharacter(), ae[aa].getDescription(),
3178                     (ae[aa].getSecondaryStructure() == null || ae[aa]
3179                             .getSecondaryStructure().length() == 0) ? ' '
3180                             : ae[aa].getSecondaryStructure().charAt(0),
3181                     ae[aa].getValue()
3182
3183             );
3184             // JBPNote: Consider verifying dataflow for IO of secondary
3185             // structure annotation read from Stockholm files
3186             // this was added to try to ensure that
3187             // if (anot[ae[aa].getPosition()].secondaryStructure>' ')
3188             // {
3189             // anot[ae[aa].getPosition()].displayCharacter = "";
3190             // }
3191             anot[anpos].colour = new java.awt.Color(ae[aa].getColour());
3192             if (firstColour == null)
3193             {
3194               firstColour = anot[anpos].colour;
3195             }
3196           }
3197         }
3198         jalview.datamodel.AlignmentAnnotation jaa = null;
3199
3200         if (annotation.getGraph())
3201         {
3202           float llim = 0, hlim = 0;
3203           // if (autoForView || an[i].isAutoCalculated()) {
3204           // hlim=11f;
3205           // }
3206           jaa = new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation(
3207                   annotation.getLabel(), annotation.getDescription(), anot,
3208                   llim, hlim, annotation.getGraphType());
3209
3210           jaa.graphGroup = annotation.getGraphGroup();
3211           jaa._linecolour = firstColour;
3212           if (annotation.getThresholdLine() != null)
3213           {
3214             jaa.setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine(annotation
3215                     .getThresholdLine().getValue(), annotation
3216                     .getThresholdLine().getLabel(), new java.awt.Color(
3217                     annotation.getThresholdLine().getColour())));
3218
3219           }
3220           if (autoForView || annotation.isAutoCalculated())
3221           {
3222             // Hardwire the symbol display line to ensure that labels for
3223             // histograms are displayed
3224             jaa.hasText = true;
3225           }
3226         }
3227         else
3228         {
3229           jaa = new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation(an[i].getLabel(),
3230                   an[i].getDescription(), anot);
3231           jaa._linecolour = firstColour;
3232         }
3233         // register new annotation
3234         if (an[i].getId() != null)
3235         {
3236           annotationIds.put(an[i].getId(), jaa);
3237           jaa.annotationId = an[i].getId();
3238         }
3239         // recover sequence association
3240         String sequenceRef = an[i].getSequenceRef();
3241         if (sequenceRef != null)
3242         {
3243           // from 2.9 sequenceRef is to sequence id (JAL-1781)
3244           SequenceI sequence = seqRefIds.get(sequenceRef);
3245           if (sequence == null)
3246           {
3247             // in pre-2.9 projects sequence ref is to sequence name
3248             sequence = al.findName(sequenceRef);
3249           }
3250           if (sequence != null)
3251           {
3252             jaa.createSequenceMapping(sequence, 1, true);
3253             sequence.addAlignmentAnnotation(jaa);
3254           }
3255         }
3256         // and make a note of any group association
3257         if (an[i].getGroupRef() != null && an[i].getGroupRef().length() > 0)
3258         {
3259           List<jalview.datamodel.AlignmentAnnotation> aal = groupAnnotRefs
3260                   .get(an[i].getGroupRef());
3261           if (aal == null)
3262           {
3263             aal = new ArrayList<jalview.datamodel.AlignmentAnnotation>();
3264             groupAnnotRefs.put(an[i].getGroupRef(), aal);
3265           }
3266           aal.add(jaa);
3267         }
3268
3269         if (an[i].hasScore())
3270         {
3271           jaa.setScore(an[i].getScore());
3272         }
3273         if (an[i].hasVisible())
3274         {
3275           jaa.visible = an[i].getVisible();
3276         }
3277
3278         if (an[i].hasCentreColLabels())
3279         {
3280           jaa.centreColLabels = an[i].getCentreColLabels();
3281         }
3282
3283         if (an[i].hasScaleColLabels())
3284         {
3285           jaa.scaleColLabel = an[i].getScaleColLabels();
3286         }
3287         if (an[i].hasAutoCalculated() && an[i].isAutoCalculated())
3288         {
3289           // newer files have an 'autoCalculated' flag and store calculation
3290           // state in viewport properties
3291           jaa.autoCalculated = true; // means annotation will be marked for
3292           // update at end of load.
3293         }
3294         if (an[i].hasGraphHeight())
3295         {
3296           jaa.graphHeight = an[i].getGraphHeight();
3297         }
3298         if (an[i].hasBelowAlignment())
3299         {
3300           jaa.belowAlignment = an[i].isBelowAlignment();
3301         }
3302         jaa.setCalcId(an[i].getCalcId());
3303         if (an[i].getPropertyCount() > 0)
3304         {
3305           for (jalview.schemabinding.version2.Property prop : an[i]
3306                   .getProperty())
3307           {
3308             jaa.setProperty(prop.getName(), prop.getValue());
3309           }
3310         }
3311         if (jaa.autoCalculated)
3312         {
3313           autoAlan.add(new JvAnnotRow(i, jaa));
3314         }
3315         else
3316         // if (!autoForView)
3317         {
3318           // add autocalculated group annotation and any user created annotation
3319           // for the view
3320           al.addAnnotation(jaa);
3321         }
3322       }
3323     }
3324     // ///////////////////////
3325     // LOAD GROUPS
3326     // Create alignment markup and styles for this view
3327     if (jms.getJGroupCount() > 0)
3328     {
3329       JGroup[] groups = jms.getJGroup();
3330       boolean addAnnotSchemeGroup = false;
3331       for (int i = 0; i < groups.length; i++)
3332       {
3333         JGroup jGroup = groups[i];
3334         ColourSchemeI cs = null;
3335         if (jGroup.getColour() != null)
3336         {
3337           if (jGroup.getColour().startsWith("ucs"))
3338           {
3339             cs = getUserColourScheme(jms, jGroup.getColour());
3340           }
3341           else if (jGroup.getColour().equals("AnnotationColourGradient")
3342                   && jGroup.getAnnotationColours() != null)
3343           {
3344             addAnnotSchemeGroup = true;
3345             cs = null;
3346           }
3347           else
3348           {
3349             cs = ColourSchemeProperty.getColour(al, jGroup.getColour());
3350           }
3351
3352           if (cs != null)
3353           {
3354             cs.setThreshold(jGroup.getPidThreshold(), true);
3355           }
3356         }
3357
3358         Vector<SequenceI> seqs = new Vector<SequenceI>();
3359
3360         for (int s = 0; s < jGroup.getSeqCount(); s++)
3361         {
3362           String seqId = jGroup.getSeq(s) + "";
3363           SequenceI ts = seqRefIds.get(seqId);
3364
3365           if (ts != null)
3366           {
3367             seqs.addElement(ts);
3368           }
3369         }
3370
3371         if (seqs.size() < 1)
3372         {
3373           continue;
3374         }
3375
3376         SequenceGroup sg = new SequenceGroup(seqs, jGroup.getName(), cs,
3377                 jGroup.getDisplayBoxes(), jGroup.getDisplayText(),
3378                 jGroup.getColourText(), jGroup.getStart(), jGroup.getEnd());
3379
3380         sg.setOutlineColour(new java.awt.Color(jGroup.getOutlineColour()));
3381
3382         sg.textColour = new java.awt.Color(jGroup.getTextCol1());
3383         sg.textColour2 = new java.awt.Color(jGroup.getTextCol2());
3384         sg.setShowNonconserved(jGroup.hasShowUnconserved() ? jGroup
3385                 .isShowUnconserved() : false);
3386         sg.thresholdTextColour = jGroup.getTextColThreshold();
3387         if (jGroup.hasShowConsensusHistogram())
3388         {
3389           sg.setShowConsensusHistogram(jGroup.isShowConsensusHistogram());
3390         }
3391         ;
3392         if (jGroup.hasShowSequenceLogo())
3393         {
3394           sg.setshowSequenceLogo(jGroup.isShowSequenceLogo());
3395         }
3396         if (jGroup.hasNormaliseSequenceLogo())
3397         {
3398           sg.setNormaliseSequenceLogo(jGroup.isNormaliseSequenceLogo());
3399         }
3400         if (jGroup.hasIgnoreGapsinConsensus())
3401         {
3402           sg.setIgnoreGapsConsensus(jGroup.getIgnoreGapsinConsensus());
3403         }
3404         if (jGroup.getConsThreshold() != 0)
3405         {
3406           Conservation c = new Conservation("All", 3,
3407                   sg.getSequences(null), 0, sg.getWidth() - 1);
3408           c.calculate();
3409           c.verdict(false, 25);
3410           sg.cs.setConservation(c);
3411         }
3412
3413         if (jGroup.getId() != null && groupAnnotRefs.size() > 0)
3414         {
3415           // re-instate unique group/annotation row reference
3416           List<AlignmentAnnotation> jaal = groupAnnotRefs.get(jGroup
3417                   .getId());
3418           if (jaal != null)
3419           {
3420             for (AlignmentAnnotation jaa : jaal)
3421             {
3422               jaa.groupRef = sg;
3423               if (jaa.autoCalculated)
3424               {
3425                 // match up and try to set group autocalc alignment row for this
3426                 // annotation
3427                 if (jaa.label.startsWith("Consensus for "))
3428                 {
3429                   sg.setConsensus(jaa);
3430                 }
3431                 // match up and try to set group autocalc alignment row for this
3432                 // annotation
3433                 if (jaa.label.startsWith("Conservation for "))
3434                 {
3435                   sg.setConservationRow(jaa);
3436                 }
3437               }
3438             }
3439           }
3440         }
3441         al.addGroup(sg);
3442         if (addAnnotSchemeGroup)
3443         {
3444           // reconstruct the annotation colourscheme
3445           sg.cs = constructAnnotationColour(jGroup.getAnnotationColours(),
3446                   null, al, jms, false);
3447         }
3448       }
3449     }
3450     if (view == null)
3451     {
3452       // only dataset in this model, so just return.
3453       return null;
3454     }
3455     // ///////////////////////////////
3456     // LOAD VIEWPORT
3457
3458     // If we just load in the same jar file again, the sequenceSetId
3459     // will be the same, and we end up with multiple references
3460     // to the same sequenceSet. We must modify this id on load
3461     // so that each load of the file gives a unique id
3462     String uniqueSeqSetId = view.getSequenceSetId() + uniqueSetSuffix;
3463     String viewId = (view.getId() == null ? null : view.getId()
3464             + uniqueSetSuffix);
3465     AlignFrame af = null;
3466     AlignViewport av = null;
3467     // now check to see if we really need to create a new viewport.
3468     if (multipleView && viewportsAdded.size() == 0)
3469     {
3470       // We recovered an alignment for which a viewport already exists.
3471       // TODO: fix up any settings necessary for overlaying stored state onto
3472       // state recovered from another document. (may not be necessary).
3473       // we may need a binding from a viewport in memory to one recovered from
3474       // XML.
3475       // and then recover its containing af to allow the settings to be applied.
3476       // TODO: fix for vamsas demo
3477       System.err
3478               .println("About to recover a viewport for existing alignment: Sequence set ID is "
3479                       + uniqueSeqSetId);
3480       Object seqsetobj = retrieveExistingObj(uniqueSeqSetId);
3481       if (seqsetobj != null)
3482       {
3483         if (seqsetobj instanceof String)
3484         {
3485           uniqueSeqSetId = (String) seqsetobj;
3486           System.err
3487                   .println("Recovered extant sequence set ID mapping for ID : New Sequence set ID is "
3488                           + uniqueSeqSetId);
3489         }
3490         else
3491         {
3492           System.err
3493                   .println("Warning : Collision between sequence set ID string and existing jalview object mapping.");
3494         }
3495
3496       }
3497     }
3498     /**
3499      * indicate that annotation colours are applied across all groups (pre
3500      * Jalview 2.8.1 behaviour)
3501      */
3502     boolean doGroupAnnColour = Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(
3503             "2.8.1", object.getVersion());
3504
3505     AlignmentPanel ap = null;
3506     boolean isnewview = true;
3507     if (viewId != null)
3508     {
3509       // Check to see if this alignment already has a view id == viewId
3510       jalview.gui.AlignmentPanel views[] = Desktop
3511               .getAlignmentPanels(uniqueSeqSetId);
3512       if (views != null && views.length > 0)
3513       {
3514         for (int v = 0; v < views.length; v++)
3515         {
3516           if (views[v].av.getViewId().equalsIgnoreCase(viewId))
3517           {
3518             // recover the existing alignpanel, alignframe, viewport
3519             af = views[v].alignFrame;
3520             av = views[v].av;
3521             ap = views[v];
3522             // TODO: could even skip resetting view settings if we don't want to
3523             // change the local settings from other jalview processes
3524             isnewview = false;
3525           }
3526         }
3527       }
3528     }
3529
3530     if (isnewview)
3531     {
3532       af = loadViewport(file, jseqs, hiddenSeqs, al, jms, view,
3533               uniqueSeqSetId, viewId, autoAlan);
3534       av = af.viewport;
3535       ap = af.alignPanel;
3536     }
3537
3538     /*
3539      * Load any trees, PDB structures and viewers
3540      *
3541      * Not done if flag is false (when this method is used for New View)
3542      */
3543     if (loadTreesAndStructures)
3544     {
3545       loadTrees(jms, view, af, av, ap);
3546       loadPDBStructures(jprovider, jseqs, af, ap);
3547       loadRnaViewers(jprovider, jseqs, ap);
3548     }
3549     // and finally return.
3550     return af;
3551   }
3552
3553   /**
3554    * Instantiate and link any saved RNA (Varna) viewers. The state of the Varna
3555    * panel is restored from separate jar entries, two (gapped and trimmed) per
3556    * sequence and secondary structure.
3557    *
3558    * Currently each viewer shows just one sequence and structure (gapped and
3559    * trimmed), however this method is designed to support multiple sequences or
3560    * structures in viewers if wanted in future.
3561    *
3562    * @param jprovider
3563    * @param jseqs
3564    * @param ap
3565    */
3566   private void loadRnaViewers(jarInputStreamProvider jprovider,
3567           JSeq[] jseqs, AlignmentPanel ap)
3568   {
3569     /*
3570      * scan the sequences for references to viewers; create each one the first
3571      * time it is referenced, add Rna models to existing viewers
3572      */
3573     for (JSeq jseq : jseqs)
3574     {
3575       for (int i = 0; i < jseq.getRnaViewerCount(); i++)
3576       {
3577         RnaViewer viewer = jseq.getRnaViewer(i);
3578         AppVarna appVarna = findOrCreateVarnaViewer(viewer,
3579                 uniqueSetSuffix, ap);
3580
3581         for (int j = 0; j < viewer.getSecondaryStructureCount(); j++)
3582         {
3583           SecondaryStructure ss = viewer.getSecondaryStructure(j);
3584           SequenceI seq = seqRefIds.get(jseq.getId());
3585           AlignmentAnnotation ann = this.annotationIds.get(ss
3586                   .getAnnotationId());
3587
3588           /*
3589            * add the structure to the Varna display (with session state copied
3590            * from the jar to a temporary file)
3591            */
3592           boolean gapped = ss.isGapped();
3593           String rnaTitle = ss.getTitle();
3594           String sessionState = ss.getViewerState();
3595           String tempStateFile = copyJarEntry(jprovider, sessionState,
3596                   "varna", null);
3597           RnaModel rna = new RnaModel(rnaTitle, ann, seq, null, gapped);
3598           appVarna.addModelSession(rna, rnaTitle, tempStateFile);
3599         }
3600         appVarna.setInitialSelection(viewer.getSelectedRna());
3601       }
3602     }
3603   }
3604
3605   /**
3606    * Locate and return an already instantiated matching AppVarna, or create one
3607    * if not found
3608    *
3609    * @param viewer
3610    * @param viewIdSuffix
3611    * @param ap
3612    * @return
3613    */
3614   protected AppVarna findOrCreateVarnaViewer(RnaViewer viewer,
3615           String viewIdSuffix, AlignmentPanel ap)
3616   {
3617     /*
3618      * on each load a suffix is appended to the saved viewId, to avoid conflicts
3619      * if load is repeated
3620      */
3621     String postLoadId = viewer.getViewId() + viewIdSuffix;
3622     for (JInternalFrame frame : getAllFrames())
3623     {
3624       if (frame instanceof AppVarna)
3625       {
3626         AppVarna varna = (AppVarna) frame;
3627         if (postLoadId.equals(varna.getViewId()))
3628         {
3629           // this viewer is already instantiated
3630           // could in future here add ap as another 'parent' of the
3631           // AppVarna window; currently just 1-to-many
3632           return varna;
3633         }
3634       }
3635     }
3636
3637     /*
3638      * viewer not found - make it
3639      */
3640     RnaViewerModel model = new RnaViewerModel(postLoadId,
3641             viewer.getTitle(), viewer.getXpos(), viewer.getYpos(),
3642             viewer.getWidth(), viewer.getHeight(),
3643             viewer.getDividerLocation());
3644     AppVarna varna = new AppVarna(model, ap);
3645
3646     return varna;
3647   }
3648
3649   /**
3650    * Load any saved trees
3651    *
3652    * @param jms
3653    * @param view
3654    * @param af
3655    * @param av
3656    * @param ap
3657    */
3658   protected void loadTrees(JalviewModelSequence jms, Viewport view,
3659           AlignFrame af, AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
3660   {
3661     // TODO result of automated refactoring - are all these parameters needed?
3662     try
3663     {
3664       for (int t = 0; t < jms.getTreeCount(); t++)
3665       {
3666
3667         Tree tree = jms.getTree(t);
3668
3669         TreePanel tp = (TreePanel) retrieveExistingObj(tree.getId());
3670         if (tp == null)
3671         {
3672           tp = af.ShowNewickTree(
3673                   new jalview.io.NewickFile(tree.getNewick()),
3674                   tree.getTitle(), tree.getWidth(), tree.getHeight(),
3675                   tree.getXpos(), tree.getYpos());
3676           if (tree.getId() != null)
3677           {
3678             // perhaps bind the tree id to something ?
3679           }
3680         }
3681         else
3682         {
3683           // update local tree attributes ?
3684           // TODO: should check if tp has been manipulated by user - if so its
3685           // settings shouldn't be modified
3686           tp.setTitle(tree.getTitle());
3687           tp.setBounds(new Rectangle(tree.getXpos(), tree.getYpos(), tree
3688                   .getWidth(), tree.getHeight()));
3689           tp.av = av; // af.viewport; // TODO: verify 'associate with all
3690           // views'
3691           // works still
3692           tp.treeCanvas.av = av; // af.viewport;
3693           tp.treeCanvas.ap = ap; // af.alignPanel;
3694
3695         }
3696         if (tp == null)
3697         {
3698           warn("There was a problem recovering stored Newick tree: \n"
3699                   + tree.getNewick());
3700           continue;
3701         }
3702
3703         tp.fitToWindow.setState(tree.getFitToWindow());
3704         tp.fitToWindow_actionPerformed(null);
3705
3706         if (tree.getFontName() != null)
3707         {
3708           tp.setTreeFont(new java.awt.Font(tree.getFontName(), tree
3709                   .getFontStyle(), tree.getFontSize()));
3710         }
3711         else
3712         {
3713           tp.setTreeFont(new java.awt.Font(view.getFontName(), view
3714                   .getFontStyle(), tree.getFontSize()));
3715         }
3716
3717         tp.showPlaceholders(tree.getMarkUnlinked());
3718         tp.showBootstrap(tree.getShowBootstrap());
3719         tp.showDistances(tree.getShowDistances());
3720
3721         tp.treeCanvas.threshold = tree.getThreshold();
3722
3723         if (tree.getCurrentTree())
3724         {
3725           af.viewport.setCurrentTree(tp.getTree());
3726         }
3727       }
3728
3729     } catch (Exception ex)
3730     {
3731       ex.printStackTrace();
3732     }
3733   }
3734
3735   /**
3736    * Load and link any saved structure viewers.
3737    *
3738    * @param jprovider
3739    * @param jseqs
3740    * @param af
3741    * @param ap
3742    */
3743   protected void loadPDBStructures(jarInputStreamProvider jprovider,
3744           JSeq[] jseqs, AlignFrame af, AlignmentPanel ap)
3745   {
3746     /*
3747      * Run through all PDB ids on the alignment, and collect mappings between
3748      * distinct view ids and all sequences referring to that view.
3749      */
3750     Map<String, StructureViewerModel> structureViewers = new LinkedHashMap<String, StructureViewerModel>();
3751
3752     for (int i = 0; i < jseqs.length; i++)
3753     {
3754       if (jseqs[i].getPdbidsCount() > 0)
3755       {
3756         Pdbids[] ids = jseqs[i].getPdbids();
3757         for (int p = 0; p < ids.length; p++)
3758         {
3759           final int structureStateCount = ids[p].getStructureStateCount();
3760           for (int s = 0; s < structureStateCount; s++)
3761           {
3762             // check to see if we haven't already created this structure view
3763             final StructureState structureState = ids[p]
3764                     .getStructureState(s);
3765             String sviewid = (structureState.getViewId() == null) ? null
3766                     : structureState.getViewId() + uniqueSetSuffix;
3767             jalview.datamodel.PDBEntry jpdb = new jalview.datamodel.PDBEntry();
3768             // Originally : ids[p].getFile()
3769             // : TODO: verify external PDB file recovery still works in normal
3770             // jalview project load
3771             jpdb.setFile(loadPDBFile(jprovider, ids[p].getId(),
3772                     ids[p].getFile()));
3773             jpdb.setId(ids[p].getId());
3774
3775             int x = structureState.getXpos();
3776             int y = structureState.getYpos();
3777             int width = structureState.getWidth();
3778             int height = structureState.getHeight();
3779
3780             // Probably don't need to do this anymore...
3781             // Desktop.desktop.getComponentAt(x, y);
3782             // TODO: NOW: check that this recovers the PDB file correctly.
3783             String pdbFile = loadPDBFile(jprovider, ids[p].getId(),
3784                     ids[p].getFile());
3785             jalview.datamodel.SequenceI seq = seqRefIds.get(jseqs[i]
3786                     .getId() + "");
3787             if (sviewid == null)
3788             {
3789               sviewid = "_jalview_pre2_4_" + x + "," + y + "," + width
3790                       + "," + height;
3791             }
3792             if (!structureViewers.containsKey(sviewid))
3793             {
3794               structureViewers.put(sviewid,
3795                       new StructureViewerModel(x, y, width, height, false,
3796                               false, true, structureState.getViewId(),
3797                               structureState.getType()));
3798               // Legacy pre-2.7 conversion JAL-823 :
3799               // do not assume any view has to be linked for colour by
3800               // sequence
3801             }
3802
3803             // assemble String[] { pdb files }, String[] { id for each
3804             // file }, orig_fileloc, SequenceI[][] {{ seqs_file 1 }, {
3805             // seqs_file 2}, boolean[] {
3806             // linkAlignPanel,superposeWithAlignpanel}} from hash
3807             StructureViewerModel jmoldat = structureViewers.get(sviewid);
3808             jmoldat.setAlignWithPanel(jmoldat.isAlignWithPanel()
3809                     | (structureState.hasAlignwithAlignPanel() ? structureState
3810                             .getAlignwithAlignPanel() : false));
3811
3812             /*
3813              * Default colour by linked panel to false if not specified (e.g.
3814              * for pre-2.7 projects)
3815              */
3816             boolean colourWithAlignPanel = jmoldat.isColourWithAlignPanel();
3817             colourWithAlignPanel |= (structureState
3818                     .hasColourwithAlignPanel() ? structureState
3819                     .getColourwithAlignPanel() : false);
3820             jmoldat.setColourWithAlignPanel(colourWithAlignPanel);
3821
3822             /*
3823              * Default colour by viewer to true if not specified (e.g. for
3824              * pre-2.7 projects)
3825              */
3826             boolean colourByViewer = jmoldat.isColourByViewer();
3827             colourByViewer &= structureState.hasColourByJmol() ? structureState
3828                     .getColourByJmol() : true;
3829             jmoldat.setColourByViewer(colourByViewer);
3830
3831             if (jmoldat.getStateData().length() < structureState
3832                     .getContent().length())
3833             {
3834               {
3835                 jmoldat.setStateData(structureState.getContent());
3836               }
3837             }
3838             if (ids[p].getFile() != null)
3839             {
3840               File mapkey = new File(ids[p].getFile());
3841               StructureData seqstrmaps = jmoldat.getFileData().get(mapkey);
3842               if (seqstrmaps == null)
3843               {
3844                 jmoldat.getFileData().put(
3845                         mapkey,
3846                         seqstrmaps = jmoldat.new StructureData(pdbFile,
3847                                 ids[p].getId()));
3848               }
3849               if (!seqstrmaps.getSeqList().contains(seq))
3850               {
3851                 seqstrmaps.getSeqList().add(seq);
3852                 // TODO and chains?
3853               }
3854             }
3855             else
3856             {
3857               errorMessage = ("The Jmol views in this project were imported\nfrom an older version of Jalview.\nPlease review the sequence colour associations\nin the Colour by section of the Jmol View menu.\n\nIn the case of problems, see note at\nhttp://issues.jalview.org/browse/JAL-747");
3858               warn(errorMessage);
3859             }
3860           }
3861         }
3862       }
3863     }
3864     // Instantiate the associated structure views
3865     for (Entry<String, StructureViewerModel> entry : structureViewers
3866             .entrySet())
3867     {
3868       try
3869       {
3870         createOrLinkStructureViewer(entry, af, ap, jprovider);
3871       } catch (Exception e)
3872       {
3873         System.err.println("Error loading structure viewer: "
3874                 + e.getMessage());
3875         // failed - try the next one
3876       }
3877     }
3878   }
3879
3880   /**
3881    *
3882    * @param viewerData
3883    * @param af
3884    * @param ap
3885    * @param jprovider
3886    */
3887   protected void createOrLinkStructureViewer(
3888           Entry<String, StructureViewerModel> viewerData, AlignFrame af,
3889           AlignmentPanel ap, jarInputStreamProvider jprovider)
3890   {
3891     final StructureViewerModel stateData = viewerData.getValue();
3892
3893     /*
3894      * Search for any viewer windows already open from other alignment views
3895      * that exactly match the stored structure state
3896      */
3897     StructureViewerBase comp = findMatchingViewer(viewerData);
3898
3899     if (comp != null)
3900     {
3901       linkStructureViewer(ap, comp, stateData);
3902       return;
3903     }
3904
3905     /*
3906      * From 2.9: stateData.type contains JMOL or CHIMERA, data is in jar entry
3907      * "viewer_"+stateData.viewId
3908      */
3909     if (ViewerType.CHIMERA.toString().equals(stateData.getType()))
3910     {
3911       createChimeraViewer(viewerData, af, jprovider);
3912     }
3913     else
3914     {
3915       /*
3916        * else Jmol (if pre-2.9, stateData contains JMOL state string)
3917        */
3918       createJmolViewer(viewerData, af, jprovider);
3919     }
3920   }
3921
3922   /**
3923    * Create a new Chimera viewer.
3924    *
3925    * @param data
3926    * @param af
3927    * @param jprovider
3928    */
3929   protected void createChimeraViewer(
3930           Entry<String, StructureViewerModel> viewerData, AlignFrame af,
3931           jarInputStreamProvider jprovider)
3932   {
3933     StructureViewerModel data = viewerData.getValue();
3934     String chimeraSessionFile = data.getStateData();
3935
3936     /*
3937      * Copy Chimera session from jar entry "viewer_"+viewId to a temporary file
3938      *
3939      * NB this is the 'saved' viewId as in the project file XML, _not_ the
3940      * 'uniquified' sviewid used to reconstruct the viewer here
3941      */
3942     String viewerJarEntryName = getViewerJarEntryName(data.getViewId());
3943     chimeraSessionFile = copyJarEntry(jprovider, viewerJarEntryName,
3944             "chimera", null);
3945
3946     Set<Entry<File, StructureData>> fileData = data.getFileData()
3947             .entrySet();
3948     List<PDBEntry> pdbs = new ArrayList<PDBEntry>();
3949     List<SequenceI[]> allseqs = new ArrayList<SequenceI[]>();
3950     for (Entry<File, StructureData> pdb : fileData)
3951     {
3952       String filePath = pdb.getValue().getFilePath();
3953       String pdbId = pdb.getValue().getPdbId();
3954       // pdbs.add(new PDBEntry(filePath, pdbId));
3955       pdbs.add(new PDBEntry(pdbId, null, PDBEntry.Type.PDB, filePath));
3956       final List<SequenceI> seqList = pdb.getValue().getSeqList();
3957       SequenceI[] seqs = seqList.toArray(new SequenceI[seqList.size()]);
3958       allseqs.add(seqs);
3959     }
3960
3961     boolean colourByChimera = data.isColourByViewer();
3962     boolean colourBySequence = data.isColourWithAlignPanel();
3963
3964     // TODO use StructureViewer as a factory here, see JAL-1761
3965     final PDBEntry[] pdbArray = pdbs.toArray(new PDBEntry[pdbs.size()]);
3966     final SequenceI[][] seqsArray = allseqs.toArray(new SequenceI[allseqs
3967             .size()][]);
3968     String newViewId = viewerData.getKey();
3969
3970     ChimeraViewFrame cvf = new ChimeraViewFrame(chimeraSessionFile,
3971             af.alignPanel, pdbArray, seqsArray, colourByChimera,
3972             colourBySequence, newViewId);
3973     cvf.setSize(data.getWidth(), data.getHeight());
3974     cvf.setLocation(data.getX(), data.getY());
3975   }
3976
3977   /**
3978    * Create a new Jmol window. First parse the Jmol state to translate filenames
3979    * loaded into the view, and record the order in which files are shown in the
3980    * Jmol view, so we can add the sequence mappings in same order.
3981    *
3982    * @param viewerData
3983    * @param af
3984    * @param jprovider
3985    */
3986   protected void createJmolViewer(
3987           final Entry<String, StructureViewerModel> viewerData,
3988           AlignFrame af, jarInputStreamProvider jprovider)
3989   {
3990     final StructureViewerModel svattrib = viewerData.getValue();
3991     String state = svattrib.getStateData();
3992
3993     /*
3994      * Pre-2.9: state element value is the Jmol state string
3995      *
3996      * 2.9+: @type is "JMOL", state data is in a Jar file member named "viewer_"
3997      * + viewId
3998      */
3999     if (ViewerType.JMOL.toString().equals(svattrib.getType()))
4000     {
4001       state = readJarEntry(jprovider,
4002               getViewerJarEntryName(svattrib.getViewId()));
4003     }
4004
4005     List<String> pdbfilenames = new ArrayList<String>();
4006     List<SequenceI[]> seqmaps = new ArrayList<SequenceI[]>();
4007     List<String> pdbids = new ArrayList<String>();
4008     StringBuilder newFileLoc = new StringBuilder(64);
4009     int cp = 0, ncp, ecp;
4010     Map<File, StructureData> oldFiles = svattrib.getFileData();
4011     while ((ncp = state.indexOf("load ", cp)) > -1)
4012     {
4013       do
4014       {
4015         // look for next filename in load statement
4016         newFileLoc.append(state.substring(cp,
4017                 ncp = (state.indexOf("\"", ncp + 1) + 1)));
4018         String oldfilenam = state.substring(ncp,
4019                 ecp = state.indexOf("\"", ncp));
4020         // recover the new mapping data for this old filename
4021         // have to normalize filename - since Jmol and jalview do
4022         // filename
4023         // translation differently.
4024         StructureData filedat = oldFiles.get(new File(oldfilenam));
4025         if (filedat == null)
4026         {
4027           String reformatedOldFilename = oldfilenam.replaceAll("/", "\\\\");
4028           filedat = oldFiles.get(new File(reformatedOldFilename));
4029         }
4030         newFileLoc.append(Platform.escapeString(filedat.getFilePath()));
4031         pdbfilenames.add(filedat.getFilePath());
4032         pdbids.add(filedat.getPdbId());
4033         seqmaps.add(filedat.getSeqList().toArray(new SequenceI[0]));
4034         newFileLoc.append("\"");
4035         cp = ecp + 1; // advance beyond last \" and set cursor so we can
4036                       // look for next file statement.
4037       } while ((ncp = state.indexOf("/*file*/", cp)) > -1);
4038     }
4039     if (cp > 0)
4040     {
4041       // just append rest of state
4042       newFileLoc.append(state.substring(cp));
4043     }
4044     else
4045     {
4046       System.err.print("Ignoring incomplete Jmol state for PDB ids: ");
4047       newFileLoc = new StringBuilder(state);
4048       newFileLoc.append("; load append ");
4049       for (File id : oldFiles.keySet())
4050       {
4051         // add this and any other pdb files that should be present in
4052         // the viewer
4053         StructureData filedat = oldFiles.get(id);
4054         newFileLoc.append(filedat.getFilePath());
4055         pdbfilenames.add(filedat.getFilePath());
4056         pdbids.add(filedat.getPdbId());
4057         seqmaps.add(filedat.getSeqList().toArray(new SequenceI[0]));
4058         newFileLoc.append(" \"");
4059         newFileLoc.append(filedat.getFilePath());
4060         newFileLoc.append("\"");
4061
4062       }
4063       newFileLoc.append(";");
4064     }
4065
4066     if (newFileLoc.length() == 0)
4067     {
4068       return;
4069     }
4070     int histbug = newFileLoc.indexOf("history = ");
4071     if (histbug > -1)
4072     {
4073       /*
4074        * change "history = [true|false];" to "history = [1|0];"
4075        */
4076       histbug += 10;
4077       int diff = histbug == -1 ? -1 : newFileLoc.indexOf(";", histbug);
4078       String val = (diff == -1) ? null : newFileLoc
4079               .substring(histbug, diff);
4080       if (val != null && val.length() >= 4)
4081       {
4082         if (val.contains("e")) // eh? what can it be?
4083         {
4084           if (val.trim().equals("true"))
4085           {
4086             val = "1";
4087           }
4088           else
4089           {
4090             val = "0";
4091           }
4092           newFileLoc.replace(histbug, diff, val);
4093         }
4094       }
4095     }
4096
4097     final String[] pdbf = pdbfilenames.toArray(new String[pdbfilenames
4098             .size()]);
4099     final String[] id = pdbids.toArray(new String[pdbids.size()]);
4100     final SequenceI[][] sq = seqmaps
4101             .toArray(new SequenceI[seqmaps.size()][]);
4102     final String fileloc = newFileLoc.toString();
4103     final String sviewid = viewerData.getKey();
4104     final AlignFrame alf = af;
4105     final Rectangle rect = new Rectangle(svattrib.getX(), svattrib.getY(),
4106             svattrib.getWidth(), svattrib.getHeight());
4107     try
4108     {
4109       javax.swing.SwingUtilities.invokeAndWait(new Runnable()
4110       {
4111         @Override
4112         public void run()
4113         {
4114           JalviewStructureDisplayI sview = null;
4115           try
4116           {
4117             sview = new StructureViewer(alf.alignPanel
4118                     .getStructureSelectionManager()).createView(
4119                     StructureViewer.ViewerType.JMOL, pdbf, id, sq,
4120                     alf.alignPanel, svattrib, fileloc, rect, sviewid);
4121             addNewStructureViewer(sview);
4122           } catch (OutOfMemoryError ex)
4123           {
4124             new OOMWarning("restoring structure view for PDB id " + id,
4125                     (OutOfMemoryError) ex.getCause());
4126             if (sview != null && sview.isVisible())
4127             {
4128               sview.closeViewer(false);
4129               sview.setVisible(false);
4130               sview.dispose();
4131             }
4132           }
4133         }
4134       });
4135     } catch (InvocationTargetException ex)
4136     {
4137       warn("Unexpected error when opening Jmol view.", ex);
4138
4139     } catch (InterruptedException e)
4140     {
4141       // e.printStackTrace();
4142     }
4143
4144   }
4145
4146   /**
4147    * Generates a name for the entry in the project jar file to hold state
4148    * information for a structure viewer
4149    *
4150    * @param viewId
4151    * @return
4152    */
4153   protected String getViewerJarEntryName(String viewId)
4154   {
4155     return VIEWER_PREFIX + viewId;
4156   }
4157
4158   /**
4159    * Returns any open frame that matches given structure viewer data. The match
4160    * is based on the unique viewId, or (for older project versions) the frame's
4161    * geometry.
4162    *
4163    * @param viewerData
4164    * @return
4165    */
4166   protected StructureViewerBase findMatchingViewer(
4167           Entry<String, StructureViewerModel> viewerData)
4168   {
4169     final String sviewid = viewerData.getKey();
4170     final StructureViewerModel svattrib = viewerData.getValue();
4171     StructureViewerBase comp = null;
4172     JInternalFrame[] frames = getAllFrames();
4173     for (JInternalFrame frame : frames)
4174     {
4175       if (frame instanceof StructureViewerBase)
4176       {
4177         /*
4178          * Post jalview 2.4 schema includes structure view id
4179          */
4180         if (sviewid != null
4181                 && ((StructureViewerBase) frame).getViewId()
4182                         .equals(sviewid))
4183         {
4184           comp = (StructureViewerBase) frame;
4185           break; // break added in 2.9
4186         }
4187         /*
4188          * Otherwise test for matching position and size of viewer frame
4189          */
4190         else if (frame.getX() == svattrib.getX()
4191                 && frame.getY() == svattrib.getY()
4192                 && frame.getHeight() == svattrib.getHeight()
4193                 && frame.getWidth() == svattrib.getWidth())
4194         {
4195           comp = (StructureViewerBase) frame;
4196           // no break in faint hope of an exact match on viewId
4197         }
4198       }
4199     }
4200     return comp;
4201   }
4202
4203   /**
4204    * Link an AlignmentPanel to an existing structure viewer.
4205    *
4206    * @param ap
4207    * @param viewer
4208    * @param oldFiles
4209    * @param useinViewerSuperpos
4210    * @param usetoColourbyseq
4211    * @param viewerColouring
4212    */
4213   protected void linkStructureViewer(AlignmentPanel ap,
4214           StructureViewerBase viewer, StructureViewerModel stateData)
4215   {
4216     // NOTE: if the jalview project is part of a shared session then
4217     // view synchronization should/could be done here.
4218
4219     final boolean useinViewerSuperpos = stateData.isAlignWithPanel();
4220     final boolean usetoColourbyseq = stateData.isColourWithAlignPanel();
4221     final boolean viewerColouring = stateData.isColourByViewer();
4222     Map<File, StructureData> oldFiles = stateData.getFileData();
4223
4224     /*
4225      * Add mapping for sequences in this view to an already open viewer
4226      */
4227     final AAStructureBindingModel binding = viewer.getBinding();
4228     for (File id : oldFiles.keySet())
4229     {
4230       // add this and any other pdb files that should be present in the
4231       // viewer
4232       StructureData filedat = oldFiles.get(id);
4233       String pdbFile = filedat.getFilePath();
4234       SequenceI[] seq = filedat.getSeqList().toArray(new SequenceI[0]);
4235       binding.getSsm().setMapping(seq, null, pdbFile,
4236               jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);
4237       binding.addSequenceForStructFile(pdbFile, seq);
4238     }
4239     // and add the AlignmentPanel's reference to the view panel
4240     viewer.addAlignmentPanel(ap);
4241     if (useinViewerSuperpos)
4242     {
4243       viewer.useAlignmentPanelForSuperposition(ap);
4244     }
4245     else
4246     {
4247       viewer.excludeAlignmentPanelForSuperposition(ap);
4248     }
4249     if (usetoColourbyseq)
4250     {
4251       viewer.useAlignmentPanelForColourbyseq(ap, !viewerColouring);
4252     }
4253     else
4254     {
4255       viewer.excludeAlignmentPanelForColourbyseq(ap);
4256     }
4257   }
4258
4259   /**
4260    * Get all frames within the Desktop.
4261    *
4262    * @return
4263    */
4264   protected JInternalFrame[] getAllFrames()
4265   {
4266     JInternalFrame[] frames = null;
4267     // TODO is this necessary - is it safe - risk of hanging?
4268     do
4269     {
4270       try
4271       {
4272         frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
4273       } catch (ArrayIndexOutOfBoundsException e)
4274       {
4275         // occasional No such child exceptions are thrown here...
4276         try
4277         {
4278           Thread.sleep(10);
4279         } catch (InterruptedException f)
4280         {
4281         }
4282       }
4283     } while (frames == null);
4284     return frames;
4285   }
4286
4287   /**
4288    * Answers true if 'version' is equal to or later than 'supported', where each
4289    * is formatted as major/minor versions like "2.8.3" or "2.3.4b1" for bugfix
4290    * changes. Development and test values for 'version' are leniently treated
4291    * i.e. answer true.
4292    *
4293    * @param supported
4294    *          - minimum version we are comparing against
4295    * @param version
4296    *          - version of data being processsed
4297    * @return
4298    */
4299   public static boolean isVersionStringLaterThan(String supported,
4300           String version)
4301   {
4302     if (supported == null || version == null
4303             || version.equalsIgnoreCase("DEVELOPMENT BUILD")
4304             || version.equalsIgnoreCase("Test")
4305             || version.equalsIgnoreCase("AUTOMATED BUILD"))
4306     {
4307       System.err.println("Assuming project file with "
4308               + (version == null ? "null" : version)
4309               + " is compatible with Jalview version " + supported);
4310       return true;
4311     }
4312     else
4313     {
4314       return StringUtils.compareVersions(version, supported, "b") >= 0;
4315     }
4316   }
4317
4318   Vector<JalviewStructureDisplayI> newStructureViewers = null;
4319
4320   protected void addNewStructureViewer(JalviewStructureDisplayI sview)
4321   {
4322     if (newStructureViewers != null)
4323     {
4324       sview.getBinding().setFinishedLoadingFromArchive(false);
4325       newStructureViewers.add(sview);
4326     }
4327   }
4328
4329   protected void setLoadingFinishedForNewStructureViewers()
4330   {
4331     if (newStructureViewers != null)
4332     {
4333       for (JalviewStructureDisplayI sview : newStructureViewers)
4334       {
4335         sview.getBinding().setFinishedLoadingFromArchive(true);
4336       }
4337       newStructureViewers.clear();
4338       newStructureViewers = null;
4339     }
4340   }
4341
4342   AlignFrame loadViewport(String file, JSeq[] JSEQ,
4343           List<SequenceI> hiddenSeqs, AlignmentI al,
4344           JalviewModelSequence jms, Viewport view, String uniqueSeqSetId,
4345           String viewId, List<JvAnnotRow> autoAlan)
4346   {
4347     AlignFrame af = null;
4348     af = new AlignFrame(al, view.getWidth(), view.getHeight(),
4349             uniqueSeqSetId, viewId);
4350
4351     af.setFileName(file, "Jalview");
4352
4353     for (int i = 0; i < JSEQ.length; i++)
4354     {
4355       af.viewport.setSequenceColour(af.viewport.getAlignment()
4356               .getSequenceAt(i), new java.awt.Color(JSEQ[i].getColour()));
4357     }
4358
4359     if (al.hasSeqrep())
4360     {
4361       af.getViewport().setColourByReferenceSeq(true);
4362       af.getViewport().setDisplayReferenceSeq(true);
4363     }
4364
4365     af.viewport.setGatherViewsHere(view.getGatheredViews());
4366
4367     if (view.getSequenceSetId() != null)
4368     {
4369       AlignmentViewport av = viewportsAdded.get(uniqueSeqSetId);
4370
4371       af.viewport.setSequenceSetId(uniqueSeqSetId);
4372       if (av != null)
4373       {
4374         // propagate shared settings to this new view
4375         af.viewport.setHistoryList(av.getHistoryList());
4376         af.viewport.setRedoList(av.getRedoList());
4377       }
4378       else
4379       {
4380         viewportsAdded.put(uniqueSeqSetId, af.viewport);
4381       }
4382       // TODO: check if this method can be called repeatedly without
4383       // side-effects if alignpanel already registered.
4384       PaintRefresher.Register(af.alignPanel, uniqueSeqSetId);
4385     }
4386     // apply Hidden regions to view.
4387     if (hiddenSeqs != null)
4388     {
4389       for (int s = 0; s < JSEQ.length; s++)
4390       {
4391         SequenceGroup hidden = new SequenceGroup();
4392         boolean isRepresentative = false;
4393         for (int r = 0; r < JSEQ[s].getHiddenSequencesCount(); r++)
4394         {
4395           isRepresentative = true;
4396           SequenceI sequenceToHide = al.getSequenceAt(JSEQ[s]
4397                   .getHiddenSequences(r));
4398           hidden.addSequence(sequenceToHide, false);
4399           // remove from hiddenSeqs list so we don't try to hide it twice
4400           hiddenSeqs.remove(sequenceToHide);
4401         }
4402         if (isRepresentative)
4403         {
4404           SequenceI representativeSequence = al.getSequenceAt(s);
4405           hidden.addSequence(representativeSequence, false);
4406           af.viewport.hideRepSequences(representativeSequence, hidden);
4407         }
4408       }
4409
4410       SequenceI[] hseqs = hiddenSeqs.toArray(new SequenceI[hiddenSeqs
4411               .size()]);
4412       af.viewport.hideSequence(hseqs);
4413
4414     }
4415     // recover view properties and display parameters
4416     if (view.getViewName() != null)
4417     {
4418       af.viewport.viewName = view.getViewName();
4419       af.setInitialTabVisible();
4420     }
4421     af.setBounds(view.getXpos(), view.getYpos(), view.getWidth(),
4422             view.getHeight());
4423
4424     af.viewport.setShowAnnotation(view.getShowAnnotation());
4425     af.viewport.setAbovePIDThreshold(view.getPidSelected());
4426
4427     af.viewport.setColourText(view.getShowColourText());
4428
4429     af.viewport.setConservationSelected(view.getConservationSelected());
4430     af.viewport.setShowJVSuffix(view.getShowFullId());
4431     af.viewport.setRightAlignIds(view.getRightAlignIds());
4432     af.viewport.setFont(
4433             new java.awt.Font(view.getFontName(), view.getFontStyle(), view
4434                     .getFontSize()), true);
4435     ViewStyleI vs = af.viewport.getViewStyle();
4436     vs.setScaleProteinAsCdna(view.isScaleProteinAsCdna());
4437     af.viewport.setViewStyle(vs);
4438     // TODO: allow custom charWidth/Heights to be restored by updating them
4439     // after setting font - which means set above to false
4440     af.viewport.setRenderGaps(view.getRenderGaps());
4441     af.viewport.setWrapAlignment(view.getWrapAlignment());
4442     af.viewport.setShowAnnotation(view.getShowAnnotation());
4443
4444     af.viewport.setShowBoxes(view.getShowBoxes());
4445
4446     af.viewport.setShowText(view.getShowText());
4447
4448     af.viewport.setTextColour(new java.awt.Color(view.getTextCol1()));
4449     af.viewport.setTextColour2(new java.awt.Color(view.getTextCol2()));
4450     af.viewport.setThresholdTextColour(view.getTextColThreshold());
4451     af.viewport.setShowUnconserved(view.hasShowUnconserved() ? view
4452             .isShowUnconserved() : false);
4453     af.viewport.setStartRes(view.getStartRes());
4454     af.viewport.setStartSeq(view.getStartSeq());
4455     af.alignPanel.updateLayout();
4456     ColourSchemeI cs = null;
4457     // apply colourschemes
4458     if (view.getBgColour() != null)
4459     {
4460       if (view.getBgColour().startsWith("ucs"))
4461       {
4462         cs = getUserColourScheme(jms, view.getBgColour());
4463       }
4464       else if (view.getBgColour().startsWith("Annotation"))
4465       {
4466         AnnotationColours viewAnnColour = view.getAnnotationColours();
4467         cs = constructAnnotationColour(viewAnnColour, af, al, jms, true);
4468
4469         // annpos
4470
4471       }
4472       else
4473       {
4474         cs = ColourSchemeProperty.getColour(al, view.getBgColour());
4475       }
4476
4477       if (cs != null)
4478       {
4479         cs.setThreshold(view.getPidThreshold(), true);
4480         cs.setConsensus(af.viewport.getSequenceConsensusHash());
4481       }
4482     }
4483
4484     af.viewport.setGlobalColourScheme(cs);
4485     af.viewport.setColourAppliesToAllGroups(false);
4486
4487     if (view.getConservationSelected() && cs != null)
4488     {
4489       cs.setConservationInc(view.getConsThreshold());
4490     }
4491
4492     af.changeColour(cs);
4493
4494     af.viewport.setColourAppliesToAllGroups(true);
4495
4496     af.viewport.setShowSequenceFeatures(view.getShowSequenceFeatures());
4497
4498     if (view.hasCentreColumnLabels())
4499     {
4500       af.viewport.setCentreColumnLabels(view.getCentreColumnLabels());
4501     }
4502     if (view.hasIgnoreGapsinConsensus())
4503     {
4504       af.viewport.setIgnoreGapsConsensus(view.getIgnoreGapsinConsensus(),
4505               null);
4506     }
4507     if (view.hasFollowHighlight())
4508     {
4509       af.viewport.setFollowHighlight(view.getFollowHighlight());
4510     }
4511     if (view.hasFollowSelection())
4512     {
4513       af.viewport.followSelection = view.getFollowSelection();
4514     }
4515     if (view.hasShowConsensusHistogram())
4516     {
4517       af.viewport.setShowConsensusHistogram(view
4518               .getShowConsensusHistogram());
4519     }
4520     else
4521     {
4522       af.viewport.setShowConsensusHistogram(true);
4523     }
4524     if (view.hasShowSequenceLogo())
4525     {
4526       af.viewport.setShowSequenceLogo(view.getShowSequenceLogo());
4527     }
4528     else
4529     {
4530       af.viewport.setShowSequenceLogo(false);
4531     }
4532     if (view.hasNormaliseSequenceLogo())
4533     {
4534       af.viewport.setNormaliseSequenceLogo(view.getNormaliseSequenceLogo());
4535     }
4536     if (view.hasShowDbRefTooltip())
4537     {
4538       af.viewport.setShowDBRefs(view.getShowDbRefTooltip());
4539     }
4540     if (view.hasShowNPfeatureTooltip())
4541     {
4542       af.viewport.setShowNPFeats(view.hasShowNPfeatureTooltip());
4543     }
4544     if (view.hasShowGroupConsensus())
4545     {
4546       af.viewport.setShowGroupConsensus(view.getShowGroupConsensus());
4547     }
4548     else
4549     {
4550       af.viewport.setShowGroupConsensus(false);
4551     }
4552     if (view.hasShowGroupConservation())
4553     {
4554       af.viewport.setShowGroupConservation(view.getShowGroupConservation());
4555     }
4556     else
4557     {
4558       af.viewport.setShowGroupConservation(false);
4559     }
4560
4561     // recover featre settings
4562     if (jms.getFeatureSettings() != null)
4563     {
4564       FeaturesDisplayed fdi;
4565       af.viewport.setFeaturesDisplayed(fdi = new FeaturesDisplayed());
4566       String[] renderOrder = new String[jms.getFeatureSettings()
4567               .getSettingCount()];
4568       Map<String, FeatureColourI> featureColours = new Hashtable<String, FeatureColourI>();
4569       Map<String, Float> featureOrder = new Hashtable<String, Float>();
4570
4571       for (int fs = 0; fs < jms.getFeatureSettings().getSettingCount(); fs++)
4572       {
4573         Setting setting = jms.getFeatureSettings().getSetting(fs);
4574         if (setting.hasMincolour())
4575         {
4576           FeatureColourI gc = setting.hasMin() ? new FeatureColour(
4577                   new Color(setting.getMincolour()), new Color(
4578                           setting.getColour()), setting.getMin(),
4579                   setting.getMax()) : new FeatureColour(new Color(
4580                   setting.getMincolour()), new Color(setting.getColour()),
4581                   0, 1);
4582           if (setting.hasThreshold())
4583           {
4584             gc.setThreshold(setting.getThreshold());
4585             int threshstate = setting.getThreshstate();
4586             // -1 = None, 0 = Below, 1 = Above threshold
4587             if (threshstate == 0)
4588             {
4589               gc.setBelowThreshold(true);
4590             }
4591             else if (threshstate == 1)
4592             {
4593               gc.setAboveThreshold(true);
4594             }
4595           }
4596           gc.setAutoScaled(true); // default
4597           if (setting.hasAutoScale())
4598           {
4599             gc.setAutoScaled(setting.getAutoScale());
4600           }
4601           if (setting.hasColourByLabel())
4602           {
4603             gc.setColourByLabel(setting.getColourByLabel());
4604           }
4605           // and put in the feature colour table.
4606           featureColours.put(setting.getType(), gc);
4607         }
4608         else
4609         {
4610           featureColours.put(setting.getType(), new FeatureColour(
4611                   new Color(setting.getColour())));
4612         }
4613         renderOrder[fs] = setting.getType();
4614         if (setting.hasOrder())
4615         {
4616           featureOrder.put(setting.getType(), setting.getOrder());
4617         }
4618         else
4619         {
4620           featureOrder.put(setting.getType(), new Float(fs
4621                   / jms.getFeatureSettings().getSettingCount()));
4622         }
4623         if (setting.getDisplay())
4624         {
4625           fdi.setVisible(setting.getType());
4626         }
4627       }
4628       Map<String, Boolean> fgtable = new Hashtable<String, Boolean>();
4629       for (int gs = 0; gs < jms.getFeatureSettings().getGroupCount(); gs++)
4630       {
4631         Group grp = jms.getFeatureSettings().getGroup(gs);
4632         fgtable.put(grp.getName(), new Boolean(grp.getDisplay()));
4633       }
4634       // FeatureRendererSettings frs = new FeatureRendererSettings(renderOrder,
4635       // fgtable, featureColours, jms.getFeatureSettings().hasTransparency() ?
4636       // jms.getFeatureSettings().getTransparency() : 0.0, featureOrder);
4637       FeatureRendererSettings frs = new FeatureRendererSettings(
4638               renderOrder, fgtable, featureColours, 1.0f, featureOrder);
4639       af.alignPanel.getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer()
4640               .transferSettings(frs);
4641
4642     }
4643
4644     if (view.getHiddenColumnsCount() > 0)
4645     {
4646       for (int c = 0; c < view.getHiddenColumnsCount(); c++)
4647       {
4648         af.viewport.hideColumns(view.getHiddenColumns(c).getStart(), view
4649                 .getHiddenColumns(c).getEnd() // +1
4650                 );
4651       }
4652     }
4653     if (view.getCalcIdParam() != null)
4654     {
4655       for (CalcIdParam calcIdParam : view.getCalcIdParam())
4656       {
4657         if (calcIdParam != null)
4658         {
4659           if (recoverCalcIdParam(calcIdParam, af.viewport))
4660           {
4661           }
4662           else
4663           {
4664             warn("Couldn't recover parameters for "
4665                     + calcIdParam.getCalcId());
4666           }
4667         }
4668       }
4669     }
4670     af.setMenusFromViewport(af.viewport);
4671     af.setTitle(view.getTitle());
4672     // TODO: we don't need to do this if the viewport is aready visible.
4673     /*
4674      * Add the AlignFrame to the desktop (it may be 'gathered' later), unless it
4675      * has a 'cdna/protein complement' view, in which case save it in order to
4676      * populate a SplitFrame once all views have been read in.
4677      */
4678     String complementaryViewId = view.getComplementId();
4679     if (complementaryViewId == null)
4680     {
4681       Desktop.addInternalFrame(af, view.getTitle(), view.getWidth(),
4682               view.getHeight());
4683       // recompute any autoannotation
4684       af.alignPanel.updateAnnotation(false, true);
4685       reorderAutoannotation(af, al, autoAlan);
4686       af.alignPanel.alignmentChanged();
4687     }
4688     else
4689     {
4690       splitFrameCandidates.put(view, af);
4691     }
4692     return af;
4693   }
4694
4695   private ColourSchemeI constructAnnotationColour(
4696           AnnotationColours viewAnnColour, AlignFrame af, AlignmentI al,
4697           JalviewModelSequence jms, boolean checkGroupAnnColour)
4698   {
4699     boolean propagateAnnColour = false;
4700     ColourSchemeI cs = null;
4701     AlignmentI annAlignment = af != null ? af.viewport.getAlignment() : al;
4702     if (checkGroupAnnColour && al.getGroups() != null
4703             && al.getGroups().size() > 0)
4704     {
4705       // pre 2.8.1 behaviour
4706       // check to see if we should transfer annotation colours
4707       propagateAnnColour = true;
4708       for (jalview.datamodel.SequenceGroup sg : al.getGroups())
4709       {
4710         if (sg.cs instanceof AnnotationColourGradient)
4711         {
4712           propagateAnnColour = false;
4713         }
4714       }
4715     }
4716     // int find annotation
4717     if (annAlignment.getAlignmentAnnotation() != null)
4718     {
4719       for (int i = 0; i < annAlignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)
4720       {
4721         if (annAlignment.getAlignmentAnnotation()[i].label
4722                 .equals(viewAnnColour.getAnnotation()))
4723         {
4724           if (annAlignment.getAlignmentAnnotation()[i].getThreshold() == null)
4725           {
4726             annAlignment.getAlignmentAnnotation()[i]
4727                     .setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine(
4728                             viewAnnColour.getThreshold(), "Threshold",
4729                             java.awt.Color.black)
4730
4731                     );
4732           }
4733
4734           if (viewAnnColour.getColourScheme().equals("None"))
4735           {
4736             cs = new AnnotationColourGradient(
4737                     annAlignment.getAlignmentAnnotation()[i],
4738                     new java.awt.Color(viewAnnColour.getMinColour()),
4739                     new java.awt.Color(viewAnnColour.getMaxColour()),
4740                     viewAnnColour.getAboveThreshold());
4741           }
4742           else if (viewAnnColour.getColourScheme().startsWith("ucs"))
4743           {
4744             cs = new AnnotationColourGradient(
4745                     annAlignment.getAlignmentAnnotation()[i],
4746                     getUserColourScheme(jms,
4747                             viewAnnColour.getColourScheme()),
4748                     viewAnnColour.getAboveThreshold());
4749           }
4750           else
4751           {
4752             cs = new AnnotationColourGradient(
4753                     annAlignment.getAlignmentAnnotation()[i],
4754                     ColourSchemeProperty.getColour(al,
4755                             viewAnnColour.getColourScheme()),
4756                     viewAnnColour.getAboveThreshold());
4757           }
4758           if (viewAnnColour.hasPerSequence())
4759           {
4760             ((AnnotationColourGradient) cs).setSeqAssociated(viewAnnColour
4761                     .isPerSequence());
4762           }
4763           if (viewAnnColour.hasPredefinedColours())
4764           {
4765             ((AnnotationColourGradient) cs)
4766                     .setPredefinedColours(viewAnnColour
4767                             .isPredefinedColours());
4768           }
4769           if (propagateAnnColour && al.getGroups() != null)
4770           {
4771             // Also use these settings for all the groups
4772             for (int g = 0; g < al.getGroups().size(); g++)
4773             {
4774               jalview.datamodel.SequenceGroup sg = al.getGroups().get(g);
4775
4776               if (sg.cs == null)
4777               {
4778                 continue;
4779               }
4780
4781               /*
4782                * if (viewAnnColour.getColourScheme().equals("None" )) { sg.cs =
4783                * new AnnotationColourGradient(
4784                * annAlignment.getAlignmentAnnotation()[i], new
4785                * java.awt.Color(viewAnnColour. getMinColour()), new
4786                * java.awt.Color(viewAnnColour. getMaxColour()),
4787                * viewAnnColour.getAboveThreshold()); } else
4788                */
4789               {
4790                 sg.cs = new AnnotationColourGradient(
4791                         annAlignment.getAlignmentAnnotation()[i], sg.cs,
4792                         viewAnnColour.getAboveThreshold());
4793                 if (cs instanceof AnnotationColourGradient)
4794                 {
4795                   if (viewAnnColour.hasPerSequence())
4796                   {
4797                     ((AnnotationColourGradient) cs)
4798                             .setSeqAssociated(viewAnnColour.isPerSequence());
4799                   }
4800                   if (viewAnnColour.hasPredefinedColours())
4801                   {
4802                     ((AnnotationColourGradient) cs)
4803                             .setPredefinedColours(viewAnnColour
4804                                     .isPredefinedColours());
4805                   }
4806                 }
4807               }
4808
4809             }
4810           }
4811
4812           break;
4813         }
4814
4815       }
4816     }
4817     return cs;
4818   }
4819
4820   private void reorderAutoannotation(AlignFrame af, AlignmentI al,
4821           List<JvAnnotRow> autoAlan)
4822   {
4823     // copy over visualization settings for autocalculated annotation in the
4824     // view
4825     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
4826     {
4827       /**
4828        * Kludge for magic autoannotation names (see JAL-811)
4829        */
4830       String[] magicNames = new String[] { "Consensus", "Quality",
4831           "Conservation" };
4832       JvAnnotRow nullAnnot = new JvAnnotRow(-1, null);
4833       Hashtable<String, JvAnnotRow> visan = new Hashtable<String, JvAnnotRow>();
4834       for (String nm : magicNames)
4835       {
4836         visan.put(nm, nullAnnot);
4837       }
4838       for (JvAnnotRow auan : autoAlan)
4839       {
4840         visan.put(auan.template.label
4841                 + (auan.template.getCalcId() == null ? "" : "\t"
4842                         + auan.template.getCalcId()), auan);
4843       }
4844       int hSize = al.getAlignmentAnnotation().length;
4845       List<JvAnnotRow> reorder = new ArrayList<JvAnnotRow>();
4846       // work through any autoCalculated annotation already on the view
4847       // removing it if it should be placed in a different location on the
4848       // annotation panel.
4849       List<String> remains = new ArrayList<String>(visan.keySet());
4850       for (int h = 0; h < hSize; h++)
4851       {
4852         jalview.datamodel.AlignmentAnnotation jalan = al
4853                 .getAlignmentAnnotation()[h];
4854         if (jalan.autoCalculated)
4855         {
4856           String k;
4857           JvAnnotRow valan = visan.get(k = jalan.label);
4858           if (jalan.getCalcId() != null)
4859           {
4860             valan = visan.get(k = jalan.label + "\t" + jalan.getCalcId());
4861           }
4862
4863           if (valan != null)
4864           {
4865             // delete the auto calculated row from the alignment
4866             al.deleteAnnotation(jalan, false);
4867             remains.remove(k);
4868             hSize--;
4869             h--;
4870             if (valan != nullAnnot)
4871             {
4872               if (jalan != valan.template)
4873               {
4874                 // newly created autoannotation row instance
4875                 // so keep a reference to the visible annotation row
4876                 // and copy over all relevant attributes
4877                 if (valan.template.graphHeight >= 0)
4878
4879                 {
4880                   jalan.graphHeight = valan.template.graphHeight;
4881                 }
4882                 jalan.visible = valan.template.visible;
4883               }
4884               reorder.add(new JvAnnotRow(valan.order, jalan));
4885             }
4886           }
4887         }
4888       }
4889       // Add any (possibly stale) autocalculated rows that were not appended to
4890       // the view during construction
4891       for (String other : remains)
4892       {
4893         JvAnnotRow othera = visan.get(other);
4894         if (othera != nullAnnot && othera.template.getCalcId() != null
4895                 && othera.template.getCalcId().length() > 0)
4896         {
4897           reorder.add(othera);
4898         }
4899       }
4900       // now put the automatic annotation in its correct place
4901       int s = 0, srt[] = new int[reorder.size()];
4902       JvAnnotRow[] rws = new JvAnnotRow[reorder.size()];
4903       for (JvAnnotRow jvar : reorder)
4904       {
4905         rws[s] = jvar;
4906         srt[s++] = jvar.order;
4907       }
4908       reorder.clear();
4909       jalview.util.QuickSort.sort(srt, rws);
4910       // and re-insert the annotation at its correct position
4911       for (JvAnnotRow jvar : rws)
4912       {
4913         al.addAnnotation(jvar.template, jvar.order);
4914       }
4915       af.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
4916     }
4917   }
4918
4919   Hashtable skipList = null;
4920
4921   /**
4922    * TODO remove this method
4923    *
4924    * @param view
4925    * @return AlignFrame bound to sequenceSetId from view, if one exists. private
4926    *         AlignFrame getSkippedFrame(Viewport view) { if (skipList==null) {
4927    *         throw new Error("Implementation Error. No skipList defined for this
4928    *         Jalview2XML instance."); } return (AlignFrame)
4929    *         skipList.get(view.getSequenceSetId()); }
4930    */
4931
4932   /**
4933    * Check if the Jalview view contained in object should be skipped or not.
4934    *
4935    * @param object
4936    * @return true if view's sequenceSetId is a key in skipList
4937    */
4938   private boolean skipViewport(JalviewModel object)
4939   {
4940     if (skipList == null)
4941     {
4942       return false;
4943     }
4944     String id;
4945     if (skipList.containsKey(id = object.getJalviewModelSequence()
4946             .getViewport()[0].getSequenceSetId()))
4947     {
4948       if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled())
4949       {
4950         Cache.log.debug("Skipping seuqence set id " + id);
4951       }
4952       return true;
4953     }
4954     return false;
4955   }
4956
4957   public void addToSkipList(AlignFrame af)
4958   {
4959     if (skipList == null)
4960     {
4961       skipList = new Hashtable();
4962     }
4963     skipList.put(af.getViewport().getSequenceSetId(), af);
4964   }
4965
4966   public void clearSkipList()
4967   {
4968     if (skipList != null)
4969     {
4970       skipList.clear();
4971       skipList = null;
4972     }
4973   }
4974
4975   private void recoverDatasetFor(SequenceSet vamsasSet, AlignmentI al,
4976           boolean ignoreUnrefed)
4977   {
4978     jalview.datamodel.AlignmentI ds = getDatasetFor(vamsasSet
4979             .getDatasetId());
4980     Vector dseqs = null;
4981     if (ds == null)
4982     {
4983       // create a list of new dataset sequences
4984       dseqs = new Vector();
4985     }
4986     for (int i = 0, iSize = vamsasSet.getSequenceCount(); i < iSize; i++)
4987     {
4988       Sequence vamsasSeq = vamsasSet.getSequence(i);
4989       ensureJalviewDatasetSequence(vamsasSeq, ds, dseqs, ignoreUnrefed, i);
4990     }
4991     // create a new dataset
4992     if (ds == null)
4993     {
4994       SequenceI[] dsseqs = new SequenceI[dseqs.size()];
4995       dseqs.copyInto(dsseqs);
4996       ds = new jalview.datamodel.Alignment(dsseqs);
4997       debug("Created new dataset " + vamsasSet.getDatasetId()
4998               + " for alignment " + System.identityHashCode(al));
4999       addDatasetRef(vamsasSet.getDatasetId(), ds);
5000     }
5001     // set the dataset for the newly imported alignment.
5002     if (al.getDataset() == null && !ignoreUnrefed)
5003     {
5004       al.setDataset(ds);
5005     }
5006   }
5007
5008   /**
5009    *
5010    * @param vamsasSeq
5011    *          sequence definition to create/merge dataset sequence for
5012    * @param ds
5013    *          dataset alignment
5014    * @param dseqs
5015    *          vector to add new dataset sequence to
5016    * @param ignoreUnrefed
5017    *          - when true, don't create new sequences from vamsasSeq if it's id
5018    *          doesn't already have an asssociated Jalview sequence.
5019    * @param vseqpos
5020    *          - used to reorder the sequence in the alignment according to the
5021    *          vamsasSeq array ordering, to preserve ordering of dataset
5022    */
5023   private void ensureJalviewDatasetSequence(Sequence vamsasSeq,
5024           AlignmentI ds, Vector dseqs, boolean ignoreUnrefed, int vseqpos)
5025   {
5026     // JBP TODO: Check this is called for AlCodonFrames to support recovery of
5027     // xRef Codon Maps
5028     SequenceI sq = seqRefIds.get(vamsasSeq.getId());
5029     boolean reorder = false;
5030     SequenceI dsq = null;
5031     if (sq != null && sq.getDatasetSequence() != null)
5032     {
5033       dsq = sq.getDatasetSequence();
5034     }
5035     else
5036     {
5037       reorder = true;
5038     }
5039     if (sq == null && ignoreUnrefed)
5040     {
5041       return;
5042     }
5043     String sqid = vamsasSeq.getDsseqid();
5044     if (dsq == null)
5045     {
5046       // need to create or add a new dataset sequence reference to this sequence
5047       if (sqid != null)
5048       {
5049         dsq = seqRefIds.get(sqid);
5050       }
5051       // check again
5052       if (dsq == null)
5053       {
5054         // make a new dataset sequence
5055         dsq = sq.createDatasetSequence();
5056         if (sqid == null)
5057         {
5058           // make up a new dataset reference for this sequence
5059           sqid = seqHash(dsq);
5060         }
5061         dsq.setVamsasId(uniqueSetSuffix + sqid);
5062         seqRefIds.put(sqid, dsq);
5063         if (ds == null)
5064         {
5065           if (dseqs != null)
5066           {
5067             dseqs.addElement(dsq);
5068           }
5069         }
5070         else
5071         {
5072           ds.addSequence(dsq);
5073         }
5074       }
5075       else
5076       {
5077         if (sq != dsq)
5078         { // make this dataset sequence sq's dataset sequence
5079           sq.setDatasetSequence(dsq);
5080           // and update the current dataset alignment
5081           if (ds == null)
5082           {
5083             if (dseqs != null)
5084             {
5085               if (!dseqs.contains(dsq))
5086               {
5087                 dseqs.add(dsq);
5088               }
5089             }
5090             else
5091             {
5092               if (ds.findIndex(dsq) < 0)
5093               {
5094                 ds.addSequence(dsq);
5095               }
5096             }
5097           }
5098         }
5099       }
5100     }
5101     // TODO: refactor this as a merge dataset sequence function
5102     // now check that sq (the dataset sequence) sequence really is the union of
5103     // all references to it
5104     // boolean pre = sq.getStart() < dsq.getStart();
5105     // boolean post = sq.getEnd() > dsq.getEnd();
5106     // if (pre || post)
5107     if (sq != dsq)
5108     {
5109       // StringBuffer sb = new StringBuffer();
5110       String newres = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps(
5111               jalview.util.Comparison.GapChars, sq.getSequenceAsString());
5112       if (!newres.equalsIgnoreCase(dsq.getSequenceAsString())
5113               && newres.length() > dsq.getLength())
5114       {
5115         // Update with the longer sequence.
5116         synchronized (dsq)
5117         {
5118           /*
5119            * if (pre) { sb.insert(0, newres .substring(0, dsq.getStart() -
5120            * sq.getStart())); dsq.setStart(sq.getStart()); } if (post) {
5121            * sb.append(newres.substring(newres.length() - sq.getEnd() -
5122            * dsq.getEnd())); dsq.setEnd(sq.getEnd()); }
5123            */
5124           dsq.setSequence(newres);
5125         }
5126         // TODO: merges will never happen if we 'know' we have the real dataset
5127         // sequence - this should be detected when id==dssid
5128         System.err
5129                 .println("DEBUG Notice:  Merged dataset sequence (if you see this often, post at http://issues.jalview.org/browse/JAL-1474)"); // ("
5130         // + (pre ? "prepended" : "") + " "
5131         // + (post ? "appended" : ""));
5132       }
5133     }
5134     else
5135     {
5136       // sequence refs are identical. We may need to update the existing dataset
5137       // alignment with this one, though.
5138       if (ds != null && dseqs == null)
5139       {
5140         int opos = ds.findIndex(dsq);
5141         SequenceI tseq = null;
5142         if (opos != -1 && vseqpos != opos)
5143         {
5144           // remove from old position
5145           ds.deleteSequence(dsq);
5146         }
5147         if (vseqpos < ds.getHeight())
5148         {
5149           if (vseqpos != opos)
5150           {
5151             // save sequence at destination position
5152             tseq = ds.getSequenceAt(vseqpos);
5153             ds.replaceSequenceAt(vseqpos, dsq);
5154             ds.addSequence(tseq);
5155           }
5156         }
5157         else
5158         {
5159           ds.addSequence(dsq);
5160         }
5161       }
5162     }
5163   }
5164
5165   /*
5166    * TODO use AlignmentI here and in related methods - needs
5167    * AlignmentI.getDataset() changed to return AlignmentI instead of Alignment
5168    */
5169   Hashtable<String, AlignmentI> datasetIds = null;
5170
5171   IdentityHashMap<AlignmentI, String> dataset2Ids = null;
5172
5173   private AlignmentI getDatasetFor(String datasetId)
5174   {
5175     if (datasetIds == null)
5176     {
5177       datasetIds = new Hashtable<String, AlignmentI>();
5178       return null;
5179     }
5180     if (datasetIds.containsKey(datasetId))
5181     {
5182       return datasetIds.get(datasetId);
5183     }
5184     return null;
5185   }
5186
5187   private void addDatasetRef(String datasetId, AlignmentI dataset)
5188   {
5189     if (datasetIds == null)
5190     {
5191       datasetIds = new Hashtable<String, AlignmentI>();
5192     }
5193     datasetIds.put(datasetId, dataset);
5194   }
5195
5196   /**
5197    * make a new dataset ID for this jalview dataset alignment
5198    *
5199    * @param dataset
5200    * @return
5201    */
5202   private String getDatasetIdRef(AlignmentI dataset)
5203   {
5204     if (dataset.getDataset() != null)
5205     {
5206       warn("Serious issue!  Dataset Object passed to getDatasetIdRef is not a Jalview DATASET alignment...");
5207     }
5208     String datasetId = makeHashCode(dataset, null);
5209     if (datasetId == null)
5210     {
5211       // make a new datasetId and record it
5212       if (dataset2Ids == null)
5213       {
5214         dataset2Ids = new IdentityHashMap<AlignmentI, String>();
5215       }
5216       else
5217       {
5218         datasetId = dataset2Ids.get(dataset);
5219       }
5220       if (datasetId == null)
5221       {
5222         datasetId = "ds" + dataset2Ids.size() + 1;
5223         dataset2Ids.put(dataset, datasetId);
5224       }
5225     }
5226     return datasetId;
5227   }
5228
5229   private void addDBRefs(SequenceI datasetSequence, Sequence sequence)
5230   {
5231     for (int d = 0; d < sequence.getDBRefCount(); d++)
5232     {
5233       DBRef dr = sequence.getDBRef(d);
5234       jalview.datamodel.DBRefEntry entry = new jalview.datamodel.DBRefEntry(
5235               sequence.getDBRef(d).getSource(), sequence.getDBRef(d)
5236                       .getVersion(), sequence.getDBRef(d).getAccessionId());
5237       if (dr.getMapping() != null)
5238       {
5239         entry.setMap(addMapping(dr.getMapping()));
5240       }
5241       datasetSequence.addDBRef(entry);
5242     }
5243   }
5244
5245   private jalview.datamodel.Mapping addMapping(Mapping m)
5246   {
5247     SequenceI dsto = null;
5248     // Mapping m = dr.getMapping();
5249     int fr[] = new int[m.getMapListFromCount() * 2];
5250     Enumeration f = m.enumerateMapListFrom();
5251     for (int _i = 0; f.hasMoreElements(); _i += 2)
5252     {
5253       MapListFrom mf = (MapListFrom) f.nextElement();
5254       fr[_i] = mf.getStart();
5255       fr[_i + 1] = mf.getEnd();
5256     }
5257     int fto[] = new int[m.getMapListToCount() * 2];
5258     f = m.enumerateMapListTo();
5259     for (int _i = 0; f.hasMoreElements(); _i += 2)
5260     {
5261       MapListTo mf = (MapListTo) f.nextElement();
5262       fto[_i] = mf.getStart();
5263       fto[_i + 1] = mf.getEnd();
5264     }
5265     jalview.datamodel.Mapping jmap = new jalview.datamodel.Mapping(dsto,
5266             fr, fto, (int) m.getMapFromUnit(), (int) m.getMapToUnit());
5267     if (m.getMappingChoice() != null)
5268     {
5269       MappingChoice mc = m.getMappingChoice();
5270       if (mc.getDseqFor() != null)
5271       {
5272         String dsfor = "" + mc.getDseqFor();
5273         if (seqRefIds.containsKey(dsfor))
5274         {
5275           /**
5276            * recover from hash
5277            */
5278           jmap.setTo(seqRefIds.get(dsfor));
5279         }
5280         else
5281         {
5282           frefedSequence.add(newMappingRef(dsfor, jmap));
5283         }
5284       }
5285       else
5286       {
5287         /**
5288          * local sequence definition
5289          */
5290         Sequence ms = mc.getSequence();
5291         SequenceI djs = null;
5292         String sqid = ms.getDsseqid();
5293         if (sqid != null && sqid.length() > 0)
5294         {
5295           /*
5296            * recover dataset sequence
5297            */
5298           djs = seqRefIds.get(sqid);
5299         }
5300         else
5301         {
5302           System.err
5303                   .println("Warning - making up dataset sequence id for DbRef sequence map reference");
5304           sqid = ((Object) ms).toString(); // make up a new hascode for
5305           // undefined dataset sequence hash
5306           // (unlikely to happen)
5307         }
5308
5309         if (djs == null)
5310         {
5311           /**
5312            * make a new dataset sequence and add it to refIds hash
5313            */
5314           djs = new jalview.datamodel.Sequence(ms.getName(),
5315                   ms.getSequence());
5316           djs.setStart(jmap.getMap().getToLowest());
5317           djs.setEnd(jmap.getMap().getToHighest());
5318           djs.setVamsasId(uniqueSetSuffix + sqid);
5319           jmap.setTo(djs);
5320           incompleteSeqs.put(sqid, djs);
5321           seqRefIds.put(sqid, djs);
5322
5323         }
5324         jalview.bin.Cache.log.debug("about to recurse on addDBRefs.");
5325         addDBRefs(djs, ms);
5326
5327       }
5328     }
5329     return (jmap);
5330
5331   }
5332
5333   public jalview.gui.AlignmentPanel copyAlignPanel(AlignmentPanel ap,
5334           boolean keepSeqRefs)
5335   {
5336     initSeqRefs();
5337     JalviewModel jm = saveState(ap, null, null, null);
5338
5339     if (!keepSeqRefs)
5340     {
5341       clearSeqRefs();
5342       jm.getJalviewModelSequence().getViewport(0).setSequenceSetId(null);
5343     }
5344     else
5345     {
5346       uniqueSetSuffix = "";
5347       jm.getJalviewModelSequence().getViewport(0).setId(null); // we don't
5348       // overwrite the
5349       // view we just
5350       // copied
5351     }
5352     if (this.frefedSequence == null)
5353     {
5354       frefedSequence = new Vector();
5355     }
5356
5357     viewportsAdded.clear();
5358
5359     AlignFrame af = loadFromObject(jm, null, false, null);
5360     af.alignPanels.clear();
5361     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
5362
5363     /*
5364      * if(ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()!=null) { for(int i=0;
5365      * i<ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++) {
5366      * if(!ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated) {
5367      * af.alignPanel.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i] =
5368      * ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i]; } } }
5369      */
5370
5371     return af.alignPanel;
5372   }
5373
5374   /**
5375    * flag indicating if hashtables should be cleared on finalization TODO this
5376    * flag may not be necessary
5377    */
5378   private final boolean _cleartables = true;
5379
5380   private Hashtable jvids2vobj;
5381
5382   /*
5383    * (non-Javadoc)
5384    *
5385    * @see java.lang.Object#finalize()
5386    */
5387   @Override
5388   protected void finalize() throws Throwable
5389   {
5390     // really make sure we have no buried refs left.
5391     if (_cleartables)
5392     {
5393       clearSeqRefs();
5394     }
5395     this.seqRefIds = null;
5396     this.seqsToIds = null;
5397     super.finalize();
5398   }
5399
5400   private void warn(String msg)
5401   {
5402     warn(msg, null);
5403   }
5404
5405   private void warn(String msg, Exception e)
5406   {
5407     if (Cache.log != null)
5408     {
5409       if (e != null)
5410       {
5411         Cache.log.warn(msg, e);
5412       }
5413       else
5414       {
5415         Cache.log.warn(msg);
5416       }
5417     }
5418     else
5419     {
5420       System.err.println("Warning: " + msg);
5421       if (e != null)
5422       {
5423         e.printStackTrace();
5424       }
5425     }
5426   }
5427
5428   private void debug(String string)
5429   {
5430     debug(string, null);
5431   }
5432
5433   private void debug(String msg, Exception e)
5434   {
5435     if (Cache.log != null)
5436     {
5437       if (e != null)
5438       {
5439         Cache.log.debug(msg, e);
5440       }
5441       else
5442       {
5443         Cache.log.debug(msg);
5444       }
5445     }
5446     else
5447     {
5448       System.err.println("Warning: " + msg);
5449       if (e != null)
5450       {
5451         e.printStackTrace();
5452       }
5453     }
5454   }
5455
5456   /**
5457    * set the object to ID mapping tables used to write/recover objects and XML
5458    * ID strings for the jalview project. If external tables are provided then
5459    * finalize and clearSeqRefs will not clear the tables when the Jalview2XML
5460    * object goes out of scope. - also populates the datasetIds hashtable with
5461    * alignment objects containing dataset sequences
5462    *
5463    * @param vobj2jv
5464    *          Map from ID strings to jalview datamodel
5465    * @param jv2vobj
5466    *          Map from jalview datamodel to ID strings
5467    *
5468    *
5469    */
5470   public void setObjectMappingTables(Hashtable vobj2jv,
5471           IdentityHashMap jv2vobj)
5472   {
5473     this.jv2vobj = jv2vobj;
5474     this.vobj2jv = vobj2jv;
5475     Iterator ds = jv2vobj.keySet().iterator();
5476     String id;
5477     while (ds.hasNext())
5478     {
5479       Object jvobj = ds.next();
5480       id = jv2vobj.get(jvobj).toString();
5481       if (jvobj instanceof jalview.datamodel.Alignment)
5482       {
5483         if (((jalview.datamodel.Alignment) jvobj).getDataset() == null)
5484         {
5485           addDatasetRef(id, (jalview.datamodel.Alignment) jvobj);
5486         }
5487       }
5488       else if (jvobj instanceof jalview.datamodel.Sequence)
5489       {
5490         // register sequence object so the XML parser can recover it.
5491         if (seqRefIds == null)
5492         {
5493           seqRefIds = new HashMap<String, SequenceI>();
5494         }
5495         if (seqsToIds == null)
5496         {
5497           seqsToIds = new IdentityHashMap<SequenceI, String>();
5498         }
5499         seqRefIds.put(jv2vobj.get(jvobj).toString(), (SequenceI) jvobj);
5500         seqsToIds.put((SequenceI) jvobj, id);
5501       }
5502       else if (jvobj instanceof jalview.datamodel.AlignmentAnnotation)
5503       {
5504         String anid;
5505         AlignmentAnnotation jvann = (AlignmentAnnotation) jvobj;
5506         annotationIds.put(anid = jv2vobj.get(jvobj).toString(), jvann);
5507         if (jvann.annotationId == null)
5508         {
5509           jvann.annotationId = anid;
5510         }
5511         if (!jvann.annotationId.equals(anid))
5512         {
5513           // TODO verify that this is the correct behaviour
5514           this.warn("Overriding Annotation ID for " + anid
5515                   + " from different id : " + jvann.annotationId);
5516           jvann.annotationId = anid;
5517         }
5518       }
5519       else if (jvobj instanceof String)
5520       {
5521         if (jvids2vobj == null)
5522         {
5523           jvids2vobj = new Hashtable();
5524           jvids2vobj.put(jvobj, jv2vobj.get(jvobj).toString());
5525         }
5526       }
5527       else
5528       {
5529         Cache.log.debug("Ignoring " + jvobj.getClass() + " (ID = " + id);
5530       }
5531     }
5532   }
5533
5534   /**
5535    * set the uniqueSetSuffix used to prefix/suffix object IDs for jalview
5536    * objects created from the project archive. If string is null (default for
5537    * construction) then suffix will be set automatically.
5538    *
5539    * @param string
5540    */
5541   public void setUniqueSetSuffix(String string)
5542   {
5543     uniqueSetSuffix = string;
5544
5545   }
5546
5547   /**
5548    * uses skipList2 as the skipList for skipping views on sequence sets
5549    * associated with keys in the skipList
5550    *
5551    * @param skipList2
5552    */
5553   public void setSkipList(Hashtable skipList2)
5554   {
5555     skipList = skipList2;
5556   }
5557
5558   /**
5559    * Reads the jar entry of given name and returns its contents, or null if the
5560    * entry is not found.
5561    *
5562    * @param jprovider
5563    * @param jarEntryName
5564    * @return
5565    */
5566   protected String readJarEntry(jarInputStreamProvider jprovider,
5567           String jarEntryName)
5568   {
5569     String result = null;
5570     BufferedReader in = null;
5571
5572     try
5573     {
5574       /*
5575        * Reopen the jar input stream and traverse its entries to find a matching
5576        * name
5577        */
5578       JarInputStream jin = jprovider.getJarInputStream();
5579       JarEntry entry = null;
5580       do
5581       {
5582         entry = jin.getNextJarEntry();
5583       } while (entry != null && !entry.getName().equals(jarEntryName));
5584
5585       if (entry != null)
5586       {
5587         StringBuilder out = new StringBuilder(256);
5588         in = new BufferedReader(new InputStreamReader(jin, UTF_8));
5589         String data;
5590
5591         while ((data = in.readLine()) != null)
5592         {
5593           out.append(data);
5594         }
5595         result = out.toString();
5596       }
5597       else
5598       {
5599         warn("Couldn't find entry in Jalview Jar for " + jarEntryName);
5600       }
5601     } catch (Exception ex)
5602     {
5603       ex.printStackTrace();
5604     } finally
5605     {
5606       if (in != null)
5607       {
5608         try
5609         {
5610           in.close();
5611         } catch (IOException e)
5612         {
5613           // ignore
5614         }
5615       }
5616     }
5617
5618     return result;
5619   }
5620
5621   /**
5622    * Returns an incrementing counter (0, 1, 2...)
5623    *
5624    * @return
5625    */
5626   private synchronized int nextCounter()
5627   {
5628     return counter++;
5629   }
5630 }