src/jalview/gui/JalviewChimeraBindingModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  25 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.ext.rbvi.chimera.JalviewChimeraBinding;
  28 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  29
  30 public class JalviewChimeraBindingModel extends JalviewChimeraBinding
  31 {
  32   private ChimeraViewFrame cvf;
  33
  34   private FeatureRenderer fr = null;
  35
  36
  37   public JalviewChimeraBindingModel(ChimeraViewFrame chimeraViewFrame,
  38           StructureSelectionManager ssm, PDBEntry[] pdbentry,
  39           SequenceI[][] sequenceIs, String protocol)
  40   {
  41     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
  42     cvf = chimeraViewFrame;
  43   }
  44
  45   @Override
  46   public FeatureRenderer getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  47   {
  48     AlignmentPanel ap = (alignment == null) ? cvf.getAlignmentPanel()
  49             : (AlignmentPanel) alignment;
  50     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
  51     {
  52       if (fr == null)
  53       {
  54         fr = (jalview.gui.FeatureRenderer) ap.cloneFeatureRenderer();
  55       }
  56       else
  57       {
  58         ap.updateFeatureRenderer(fr);
  59       }
  60     }
  61
  62     return fr;
  63   }
  64
  65   @Override
  66   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  67           AlignmentViewPanel alignment)
  68   {
  69     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public void refreshGUI()
  74   {
  75     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  76     {
  77       @Override
  78       public void run()
  79       {
  80         cvf.updateTitleAndMenus();
  81         cvf.revalidate();
  82       }
  83     });
  84   }
  85
  86   @Override
  87   public void updateColours(Object source)
  88   {
  89     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
  90     // ignore events from panels not used to colour this view
  91     if (!cvf.isUsedforcolourby(ap))
  92     {
  93       return;
  94     }
  95     if (!isLoadingFromArchive())
  96     {
  97       colourBySequence(ap.av.isShowSequenceFeatures(), ap);
  98     }
  99   }
 100
 101   @Override
 102   public void releaseReferences(Object svl)
 103   {
 104   }
 105
 106   @Override
 107   protected void releaseUIResources()
 108   {
 109   }
 110
 111   @Override
 112   public void refreshPdbEntries()
 113   {
 114   }
 115
 116   /**
 117    * Send an asynchronous command to Chimera, in a new thread, optionally with
 118    * an 'in progress' message in a progress bar somewhere
 119    */
 120   @Override
 121   protected void sendAsynchronousCommand(final String command,
 122           final String progressMsg)
 123   {
 124     Thread thread = new Thread(new Runnable()
 125     {
 126
 127       @Override
 128       public void run()
 129       {
 130         long stm = cvf.startProgressBar(progressMsg);
 131         try
 132         {
 133           sendChimeraCommand(command, false);
 134         } finally
 135         {
 136           cvf.stopProgressBar(null, stm);
 137         }
 138       }
 139     });
 140     thread.start();
 141
 142   }
 143
 144   @Override
 145   public JalviewStructureDisplayI getViewer()
 146   {
 147     return cvf;
 148   }
 149
 150 }