src/jalview/gui/JalviewChimeraBindingModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  25 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.ext.rbvi.chimera.JalviewChimeraBinding;
  28 import jalview.io.DataSourceType;
  29 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  30
  31 import javax.swing.SwingUtilities;
  32
  33 public class JalviewChimeraBindingModel extends JalviewChimeraBinding
  34 {
  35   private ChimeraViewFrame cvf;
  36
  37   private FeatureRenderer fr = null;
  38
  39
  40   public JalviewChimeraBindingModel(ChimeraViewFrame chimeraViewFrame,
  41           StructureSelectionManager ssm, PDBEntry[] pdbentry,
  42           SequenceI[][] sequenceIs, DataSourceType protocol)
  43   {
  44     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
  45     cvf = chimeraViewFrame;
  46   }
  47
  48   @Override
  49   public FeatureRenderer getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  50   {
  51     AlignmentPanel ap = (alignment == null) ? cvf.getAlignmentPanel()
  52             : (AlignmentPanel) alignment;
  53     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
  54     {
  55       if (fr == null)
  56       {
  57         fr = (jalview.gui.FeatureRenderer) ap.cloneFeatureRenderer();
  58       }
  59       else
  60       {
  61         ap.updateFeatureRenderer(fr);
  62       }
  63     }
  64
  65     return fr;
  66   }
  67
  68   @Override
  69   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  70           AlignmentViewPanel alignment)
  71   {
  72     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public void refreshGUI()
  77   {
  78     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  79     {
  80       @Override
  81       public void run()
  82       {
  83         cvf.updateTitleAndMenus();
  84         cvf.revalidate();
  85       }
  86     });
  87   }
  88
  89   @Override
  90   public void updateColours(Object source)
  91   {
  92     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
  93     // ignore events from panels not used to colour this view
  94     if (!cvf.isUsedforcolourby(ap))
  95     {
  96       return;
  97     }
  98     if (!isLoadingFromArchive())
  99     {
 100       colourBySequence(ap.av.isShowSequenceFeatures(), ap);
 101     }
 102   }
 103
 104   @Override
 105   public void releaseReferences(Object svl)
 106   {
 107   }
 108
 109   @Override
 110   protected void releaseUIResources()
 111   {
 112   }
 113
 114   @Override
 115   public void refreshPdbEntries()
 116   {
 117   }
 118
 119   /**
 120    * Send an asynchronous command to Chimera, in a new thread, optionally with
 121    * an 'in progress' message in a progress bar somewhere
 122    */
 123   @Override
 124   protected void sendAsynchronousCommand(final String command,
 125           final String progressMsg)
 126   {
 127     final long handle = progressMsg == null ? 0 : cvf
 128             .startProgressBar(progressMsg);
 129     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 130     {
 131       @Override
 132       public void run()
 133       {
 134         try
 135         {
 136           sendChimeraCommand(command, false);
 137         } finally
 138         {
 139           if (progressMsg != null)
 140           {
 141             cvf.stopProgressBar(null, handle);
 142           }
 143         }
 144       }
 145     });
 146   }
 147
 148   @Override
 149   public JalviewStructureDisplayI getViewer()
 150   {
 151     return cvf;
 152   }
 153 }