src/jalview/gui/JalviewChimeraBindingModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  25 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.ext.rbvi.chimera.JalviewChimeraBinding;
  28 import jalview.io.DataSourceType;
  29 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  30
  31 import javax.swing.JComponent;
  32 import javax.swing.SwingUtilities;
  33
  34 public class JalviewChimeraBindingModel extends JalviewChimeraBinding
  35 {
  36   public JalviewChimeraBindingModel(ChimeraViewFrame chimeraViewFrame,
  37           StructureSelectionManager ssm, PDBEntry[] pdbentry,
  38           SequenceI[][] sequenceIs, DataSourceType protocol)
  39   {
  40     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
  41     setViewer(chimeraViewFrame);
  42   }
  43
  44   @Override
  45   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  46           AlignmentViewPanel alignment)
  47   {
  48     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  49   }
  50
  51   @Override
  52   public void refreshGUI()
  53   {
  54     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  55     {
  56       @Override
  57       public void run()
  58       {
  59         JalviewStructureDisplayI theViewer = getViewer();
  60         theViewer.updateTitleAndMenus();
  61         ((JComponent) theViewer).revalidate();
  62       }
  63     });
  64   }
  65
  66   @Override
  67   public void updateColours(Object source)
  68   {
  69     AlignmentViewPanel ap = (AlignmentViewPanel) source;
  70     // ignore events from panels not used to colour this view
  71     if (!getViewer().isUsedForColourBy(ap))
  72     {
  73       return;
  74     }
  75     if (!isLoadingFromArchive())
  76     {
  77       colourBySequence(ap);
  78     }
  79   }
  80
  81   @Override
  82   public void releaseReferences(Object svl)
  83   {
  84   }
  85
  86   @Override
  87   protected void releaseUIResources()
  88   {
  89   }
  90
  91   @Override
  92   public void refreshPdbEntries()
  93   {
  94   }
  95
  96   /**
  97    * Send an asynchronous command to Chimera, in a new thread, optionally with
  98    * an 'in progress' message in a progress bar somewhere
  99    */
 100   @Override
 101   protected void sendAsynchronousCommand(final String command,
 102           final String progressMsg)
 103   {
 104     final JalviewStructureDisplayI theViewer = getViewer();
 105     final long handle = progressMsg == null ? 0
 106             : theViewer.startProgressBar(progressMsg);
 107     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 108     {
 109       @Override
 110       public void run()
 111       {
 112         try
 113         {
 114           executeCommand(command, false);
 115         } finally
 116         {
 117           if (progressMsg != null)
 118           {
 119             theViewer.stopProgressBar(null, handle);
 120           }
 121         }
 122       }
 123     });
 124   }
 125 }