src/jalview/gui/OptsAndParamsPage.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  *******************************************************************************/
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  21 import jalview.ws.params.OptionI;
  22 import jalview.ws.params.ParameterI;
  23 import jalview.ws.params.ValueConstrainI;
  24 import jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType;
  25
  26 import java.awt.BorderLayout;
  27 import java.awt.Component;
  28 import java.awt.Dimension;
  29 import java.awt.Font;
  30 import java.awt.GridLayout;
  31 import java.awt.Rectangle;
  32 import java.awt.event.ActionEvent;
  33 import java.awt.event.ActionListener;
  34 import java.awt.event.KeyEvent;
  35 import java.awt.event.KeyListener;
  36 import java.awt.event.MouseEvent;
  37 import java.awt.event.MouseListener;
  38 import java.net.URL;
  39 import java.util.ArrayList;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.List;
  42 import java.util.Map;
  43
  44 import javax.swing.JButton;
  45 import javax.swing.JCheckBox;
  46 import javax.swing.JComboBox;
  47 import javax.swing.JComponent;
  48 import javax.swing.JLabel;
  49 import javax.swing.JMenuItem;
  50 import javax.swing.JPanel;
  51 import javax.swing.JPopupMenu;
  52 import javax.swing.JScrollPane;
  53 import javax.swing.JSlider;
  54 import javax.swing.JTextArea;
  55 import javax.swing.JTextField;
  56 import javax.swing.border.TitledBorder;
  57 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  58 import javax.swing.event.ChangeListener;
  59
  60 import net.miginfocom.swing.MigLayout;
  61
  62 /**
  63  * GUI generator/manager for options and parameters. Originally abstracted from
  64  * the WsJobParameters dialog box.
  65  *
  66  * @author jprocter
  67  *
  68  */
  69 public class OptsAndParamsPage
  70 {
  71   /**
  72    * compact or verbose style parameters
  73    */
  74   boolean compact = false;
  75
  76   public class OptionBox extends JPanel implements MouseListener,
  77           ActionListener
  78   {
  79     JCheckBox enabled = new JCheckBox();
  80
  81     final URL finfo;
  82
  83     boolean hasLink = false;
  84
  85     boolean initEnabled = false;
  86
  87     String initVal = null;
  88
  89     OptionI option;
  90
  91     JLabel optlabel = new JLabel();
  92
  93     JComboBox val = new JComboBox();
  94
  95     public OptionBox(OptionI opt)
  96     {
  97       option = opt;
  98       setLayout(new BorderLayout());
  99       enabled.setSelected(opt.isRequired()); // TODO: lock required options
 100       enabled.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 101       enabled.setText("");
 102       enabled.setText(opt.getName());
 103       enabled.addActionListener(this);
 104       finfo = option.getFurtherDetails();
 105       String desc = opt.getDescription();
 106       if (finfo != null)
 107       {
 108         hasLink = true;
 109
 110         enabled.setToolTipText("<html>"
 111                 + JvSwingUtils
 112                         .wrapTooltip(((desc == null) ? "see further details by right-clicking"
 113                                 : desc)
 114                                 + "<br><img src=\"" + linkImageURL + "\"/>")
 115                 + "</html>");
 116         enabled.addMouseListener(this);
 117       }
 118       else
 119       {
 120         if (desc != null)
 121         {
 122           enabled.setToolTipText("<html>"
 123                   + JvSwingUtils.wrapTooltip(opt.getDescription())
 124                   + "</html>");
 125         }
 126       }
 127       add(enabled, BorderLayout.NORTH);
 128       for (Object str : opt.getPossibleValues())
 129       {
 130         val.addItem((String) str);
 131       }
 132       val.setSelectedItem((String) opt.getValue());
 133       if (opt.getPossibleValues().size() > 1)
 134       {
 135         setLayout(new GridLayout(1, 2));
 136         val.addActionListener(this);
 137         add(val, BorderLayout.SOUTH);
 138       }
 139       // TODO: add actionListeners for popup (to open further info),
 140       // and to update list of parameters if an option is enabled
 141       // that takes a value. JBPNote: is this TODO still valid ?
 142       setInitialValue();
 143     }
 144
 145     public void actionPerformed(ActionEvent e)
 146     {
 147       if (e.getSource() != enabled)
 148       {
 149         enabled.setSelected(true);
 150       }
 151       checkIfModified();
 152     }
 153
 154     private void checkIfModified()
 155     {
 156       boolean notmod = (initEnabled == enabled.isSelected());
 157       if (enabled.isSelected())
 158       {
 159         if (initVal != null)
 160         {
 161           notmod &= initVal.equals(val.getSelectedItem());
 162         }
 163         else
 164         {
 165           // compare against default service setting
 166           notmod &= option.getValue() == null
 167                   || option.getValue().equals(val.getSelectedItem());
 168         }
 169       }
 170       else
 171       {
 172         notmod &= (initVal!=null) ? initVal.equals(val.getSelectedItem()) : val.getSelectedItem()!=initVal;
 173       }
 174       poparent.argSetModified(this, !notmod);
 175     }
 176
 177     public OptionI getOptionIfEnabled()
 178     {
 179       if (!enabled.isSelected())
 180       {
 181         return null;
 182       }
 183       OptionI opt = option.copy();
 184       if (opt.getPossibleValues()!=null && opt.getPossibleValues().size()==1)
 185       {
 186         // Hack to make sure the default value for an enabled option with only one value is actually returned
 187         opt.setValue(opt.getPossibleValues().get(0));
 188       }
 189       if (val.getSelectedItem() != null)
 190       {
 191         opt.setValue((String) val.getSelectedItem());
 192       } else {
 193         if (option.getValue()!=null)
 194         {
 195           opt.setValue(option.getValue());
 196         }
 197       }
 198       return opt;
 199     }
 200
 201     public void mouseClicked(MouseEvent e)
 202     {
 203       if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 204       {
 205         showUrlPopUp(this, finfo.toString(), e.getX(), e.getY());
 206       }
 207     }
 208
 209     public void mouseEntered(MouseEvent e)
 210     {
 211       // TODO Auto-generated method stub
 212
 213     }
 214
 215     public void mouseExited(MouseEvent e)
 216     {
 217       // TODO Auto-generated method stub
 218
 219     }
 220
 221     public void mousePressed(MouseEvent e)
 222     {
 223       // TODO Auto-generated method stub
 224
 225     }
 226
 227     public void mouseReleased(MouseEvent e)
 228     {
 229       // TODO Auto-generated method stub
 230
 231     }
 232
 233     public void resetToDefault()
 234     {
 235       enabled.setSelected(false);
 236       if (option.isRequired())
 237       {
 238         // Apply default value
 239         selectOption(option, option.getValue());
 240       }
 241     }
 242
 243     public void setInitialValue()
 244     {
 245       initEnabled = enabled.isSelected();
 246       if (option.getPossibleValues() != null
 247               && option.getPossibleValues().size() > 1)
 248       {
 249         initVal = (String) val.getSelectedItem();
 250       }
 251       else
 252       {
 253         initVal = (initEnabled) ? (String)val.getSelectedItem() : null;
 254       }
 255     }
 256
 257   }
 258
 259   public class ParamBox extends JPanel implements ChangeListener,
 260           ActionListener, MouseListener
 261   {
 262     boolean adjusting = false;
 263
 264     boolean choice = false;
 265
 266     JComboBox choicebox;
 267
 268     JPanel controlPanel = new JPanel();
 269
 270     boolean descisvisible = false;
 271
 272     JScrollPane descPanel = new JScrollPane();
 273
 274     final URL finfo;
 275
 276     boolean integ = false;
 277
 278     Object lastVal;
 279
 280     ParameterI parameter;
 281
 282     final OptsParametersContainerI pmdialogbox;
 283
 284     JPanel settingPanel = new JPanel();
 285
 286     JButton showDesc = new JButton();
 287
 288     JSlider slider = null;
 289
 290     JTextArea string = new JTextArea();
 291
 292     ValueConstrainI validator = null;
 293
 294     JTextField valueField = null;
 295
 296     public ParamBox(final OptsParametersContainerI pmlayout, ParameterI parm)
 297     {
 298       pmdialogbox = pmlayout;
 299       finfo = parm.getFurtherDetails();
 300       validator = parm.getValidValue();
 301       parameter = parm;
 302       if (validator != null)
 303       {
 304         integ = validator.getType() == ValueType.Integer;
 305       }
 306       else
 307       {
 308         if (parameter.getPossibleValues() != null)
 309         {
 310           choice = true;
 311         }
 312       }
 313
 314       if (!compact)
 315       {
 316         makeExpanderParam(parm);
 317       }
 318       else
 319       {
 320         makeCompactParam(parm);
 321
 322       }
 323     }
 324
 325     private void makeCompactParam(ParameterI parm)
 326     {
 327       setLayout(new MigLayout("","[][grow]"));
 328
 329       String ttipText=null;
 330
 331       controlPanel.setLayout(new BorderLayout());
 332
 333       if (parm.getDescription() != null
 334               && parm.getDescription().trim().length() > 0)
 335       {
 336         // Only create description boxes if there actually is a description.
 337         ttipText = ("<html>"
 338                   + JvSwingUtils
 339                           .wrapTooltip(parm.getDescription()+(finfo!=null ?"<br><img src=\""
 340                                   + linkImageURL
 341                                   + "\"/> Right click for further information.":""))
 342                   + "</html>");
 343       }
 344
 345       JvSwingUtils.mgAddtoLayout(this, ttipText, new JLabel(parm.getName()),controlPanel, "");
 346       updateControls(parm);
 347       validate();
 348     }
 349
 350     private void makeExpanderParam(ParameterI parm)
 351     {
 352       setPreferredSize(new Dimension(PARAM_WIDTH, PARAM_CLOSEDHEIGHT));
 353       setBorder(new TitledBorder(parm.getName()));
 354       setLayout(null);
 355       showDesc.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 6));
 356       showDesc.setText("+");
 357       string.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 358       string.setBackground(getBackground());
 359
 360       string.setEditable(false);
 361       descPanel.getViewport().setView(string);
 362
 363       descPanel.setVisible(false);
 364
 365       JPanel firstrow = new JPanel();
 366       firstrow.setLayout(null);
 367       controlPanel.setLayout(new BorderLayout());
 368       controlPanel.setBounds(new Rectangle(39, 10, PARAM_WIDTH - 70,
 369               PARAM_CLOSEDHEIGHT - 50));
 370       firstrow.add(controlPanel);
 371       firstrow.setBounds(new Rectangle(10, 20, PARAM_WIDTH - 30,
 372               PARAM_CLOSEDHEIGHT - 30));
 373
 374       final ParamBox me = this;
 375
 376       if (parm.getDescription() != null
 377               && parm.getDescription().trim().length() > 0)
 378       {
 379         // Only create description boxes if there actually is a description.
 380         if (finfo != null)
 381         {
 382           showDesc.setToolTipText("<html>"
 383                   + JvSwingUtils
 384                           .wrapTooltip("Click to show brief description<br><img src=\""
 385                                   + linkImageURL
 386                                   + "\"/> Right click for further information.")
 387                   + "</html>");
 388           showDesc.addMouseListener(this);
 389         }
 390         else
 391         {
 392           showDesc.setToolTipText("<html>"
 393                   + JvSwingUtils
 394                           .wrapTooltip("Click to show brief description.")
 395                   + "</html>");
 396         }
 397         showDesc.addActionListener(new ActionListener()
 398         {
 399
 400           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 401           {
 402             descisvisible = !descisvisible;
 403             descPanel.setVisible(descisvisible);
 404             descPanel.getVerticalScrollBar().setValue(0);
 405             me.setPreferredSize(new Dimension(PARAM_WIDTH,
 406                     (descisvisible) ? PARAM_HEIGHT : PARAM_CLOSEDHEIGHT));
 407             me.validate();
 408             pmdialogbox.refreshParamLayout();
 409           }
 410         });
 411         string.setWrapStyleWord(true);
 412         string.setLineWrap(true);
 413         string.setColumns(32);
 414         string.setText(parm.getDescription());
 415         showDesc.setBounds(new Rectangle(10, 10, 16, 16));
 416         firstrow.add(showDesc);
 417       }
 418       add(firstrow);
 419       validator = parm.getValidValue();
 420       parameter = parm;
 421       if (validator != null)
 422       {
 423         integ = validator.getType() == ValueType.Integer;
 424       }
 425       else
 426       {
 427         if (parameter.getPossibleValues() != null)
 428         {
 429           choice = true;
 430         }
 431       }
 432       updateControls(parm);
 433       descPanel.setBounds(new Rectangle(10, PARAM_CLOSEDHEIGHT,
 434               PARAM_WIDTH - 20, PARAM_HEIGHT - PARAM_CLOSEDHEIGHT - 5));
 435       add(descPanel);
 436       validate();
 437     }
 438
 439     public void actionPerformed(ActionEvent e)
 440     {
 441       if (adjusting)
 442       {
 443         return;
 444       }
 445       if (!choice)
 446       {
 447         updateSliderFromValueField();
 448       }
 449       checkIfModified();
 450     }
 451
 452     private void checkIfModified()
 453     {
 454       Object cstate = updateSliderFromValueField();
 455       boolean notmod = false;
 456       if (cstate.getClass() == lastVal.getClass())
 457       {
 458         if (cstate instanceof int[])
 459         {
 460           notmod = (((int[]) cstate)[0] == ((int[]) lastVal)[0]);
 461         }
 462         else if (cstate instanceof float[])
 463         {
 464           notmod = (((float[]) cstate)[0] == ((float[]) lastVal)[0]);
 465         }
 466         else if (cstate instanceof String[])
 467         {
 468           notmod = (((String[]) cstate)[0].equals(((String[]) lastVal)[0]));
 469         }
 470       }
 471       pmdialogbox.argSetModified(this, !notmod);
 472     }
 473
 474     @Override
 475     public int getBaseline(int width, int height)
 476     {
 477       return 0;
 478     }
 479
 480     // from
 481     // http://stackoverflow.com/questions/2743177/top-alignment-for-flowlayout
 482     // helpful hint of using the Java 1.6 alignBaseLine property of FlowLayout
 483     @Override
 484     public Component.BaselineResizeBehavior getBaselineResizeBehavior()
 485     {
 486       return Component.BaselineResizeBehavior.CONSTANT_ASCENT;
 487     }
 488
 489     public int getBoxHeight()
 490     {
 491       return (descisvisible ? PARAM_HEIGHT : PARAM_CLOSEDHEIGHT);
 492     }
 493
 494     public ParameterI getParameter()
 495     {
 496       ParameterI prm = parameter.copy();
 497       if (choice)
 498       {
 499         prm.setValue((String) choicebox.getSelectedItem());
 500       }
 501       else
 502       {
 503         prm.setValue(valueField.getText());
 504       }
 505       return prm;
 506     }
 507
 508     public void init()
 509     {
 510       // reset the widget's initial value.
 511       lastVal = null;
 512     }
 513
 514     public void mouseClicked(MouseEvent e)
 515     {
 516       if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 517       {
 518         showUrlPopUp(this, finfo.toString(), e.getX(), e.getY());
 519       }
 520     }
 521
 522     public void mouseEntered(MouseEvent e)
 523     {
 524       // TODO Auto-generated method stub
 525
 526     }
 527
 528     public void mouseExited(MouseEvent e)
 529     {
 530       // TODO Auto-generated method stub
 531
 532     }
 533
 534     public void mousePressed(MouseEvent e)
 535     {
 536       // TODO Auto-generated method stub
 537
 538     }
 539
 540     public void mouseReleased(MouseEvent e)
 541     {
 542       // TODO Auto-generated method stub
 543
 544     }
 545
 546     public void stateChanged(ChangeEvent e)
 547     {
 548       if (!adjusting)
 549       {
 550         valueField.setText(""
 551                 + ((integ) ? ("" + (int) slider.getValue())
 552                         : ("" + (float) (slider.getValue() / 1000f))));
 553         checkIfModified();
 554       }
 555
 556     }
 557
 558     public void updateControls(ParameterI parm)
 559     {
 560       adjusting = true;
 561       boolean init = (choicebox == null && valueField == null);
 562       if (init)
 563       {
 564         if (choice)
 565         {
 566           choicebox = new JComboBox();
 567           choicebox.addActionListener(this);
 568           controlPanel.add(choicebox, BorderLayout.CENTER);
 569         }
 570         else
 571         {
 572           slider = new JSlider();
 573           slider.addChangeListener(this);
 574           valueField = new JTextField();
 575           valueField.addActionListener(this);
 576           valueField.addKeyListener(new KeyListener()
 577           {
 578
 579             @Override
 580             public void keyTyped(KeyEvent e)
 581             {
 582             }
 583
 584             @Override
 585             public void keyReleased(KeyEvent e)
 586             {
 587               if (valueField.getText().trim().length()>0)
 588                 {
 589                 actionPerformed(null);
 590                 }
 591             }
 592
 593             @Override
 594             public void keyPressed(KeyEvent e)
 595             {
 596             }
 597           });
 598           valueField.setPreferredSize(new Dimension(60, 25));
 599           controlPanel.add(slider, BorderLayout.WEST);
 600           controlPanel.add(valueField, BorderLayout.EAST);
 601
 602         }
 603       }
 604
 605       if (parm != null)
 606       {
 607         if (choice)
 608         {
 609           if (init)
 610           {
 611             List vals = parm.getPossibleValues();
 612             for (Object val : vals)
 613             {
 614               choicebox.addItem(val);
 615             }
 616           }
 617
 618           if (parm.getValue() != null)
 619           {
 620             choicebox.setSelectedItem(parm.getValue());
 621           }
 622         }
 623         else
 624         {
 625           valueField.setText(parm.getValue());
 626         }
 627       }
 628       lastVal = updateSliderFromValueField();
 629       adjusting = false;
 630     }
 631
 632     public Object updateSliderFromValueField()
 633     {
 634       int iVal;
 635       float fVal;
 636       if (validator != null)
 637       {
 638         if (integ)
 639         {
 640           iVal = 0;
 641           try
 642           {
 643             valueField.setText(valueField.getText().trim());
 644             iVal = Integer.valueOf(valueField.getText());
 645             if (validator.getMin() != null
 646                     && validator.getMin().intValue() > iVal)
 647             {
 648               iVal = validator.getMin().intValue();
 649               // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
 650               // this parameter
 651             }
 652             if (validator.getMax() != null
 653                     && validator.getMax().intValue() < iVal)
 654             {
 655               iVal = validator.getMax().intValue();
 656               // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
 657               // this parameter
 658             }
 659           } catch (Exception e)
 660           {
 661           }
 662           ;
 663           // update value field to reflect any bound checking we performed.
 664           valueField.setText(""+iVal);
 665           if (validator.getMin() != null && validator.getMax() != null)
 666           {
 667             slider.getModel().setRangeProperties(iVal, 1,
 668                     validator.getMin().intValue(),
 669                     validator.getMax().intValue(), true);
 670           }
 671           else
 672           {
 673             slider.setVisible(false);
 674           }
 675           return new int[]
 676           { iVal };
 677         }
 678         else
 679         {
 680           fVal = 0f;
 681           try
 682           {
 683             valueField.setText(valueField.getText().trim());
 684             fVal = Float.valueOf(valueField.getText());
 685             if (validator.getMin() != null
 686                     && validator.getMin().floatValue() > fVal)
 687             {
 688               fVal = validator.getMin().floatValue();
 689               // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
 690               // this parameter
 691               // update value field to reflect any bound checking we performed.
 692               valueField.setText(""+fVal);
 693             }
 694             if (validator.getMax() != null
 695                     && validator.getMax().floatValue() < fVal)
 696             {
 697               fVal = validator.getMax().floatValue();
 698               // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
 699               // this parameter
 700               // update value field to reflect any bound checking we performed.
 701               valueField.setText(""+fVal);
 702             }
 703           } catch (Exception e)
 704           {
 705           }
 706           ;
 707           if (validator.getMin() != null && validator.getMax() != null)
 708           {
 709             slider.getModel().setRangeProperties((int) fVal * 1000, 1,
 710                     (int) validator.getMin().floatValue() * 1000,
 711                     (int) validator.getMax().floatValue() * 1000, true);
 712           }
 713           else
 714           {
 715             slider.setVisible(false);
 716           }
 717           return new float[]
 718           { fVal };
 719         }
 720       }
 721       else
 722       {
 723         if (!choice)
 724         {
 725           slider.setVisible(false);
 726           return new String[]
 727           { valueField.getText().trim() };
 728         }
 729         else
 730         {
 731           return new String[]
 732           { (String) choicebox.getSelectedItem() };
 733         }
 734       }
 735
 736     }
 737   }
 738
 739   public static final int PARAM_WIDTH = 340;
 740
 741   public static final int PARAM_HEIGHT = 150;
 742
 743   public static final int PARAM_CLOSEDHEIGHT = 80;
 744
 745   public OptsAndParamsPage(OptsParametersContainerI paramContainer)
 746   {
 747     this(paramContainer,false);
 748   }
 749   public OptsAndParamsPage(OptsParametersContainerI paramContainer, boolean compact)
 750   {
 751     poparent = paramContainer;
 752     this.compact=compact;
 753   }
 754
 755   public static void showUrlPopUp(JComponent invoker, final String finfo,
 756           int x, int y)
 757   {
 758
 759     JPopupMenu mnu = new JPopupMenu();
 760     JMenuItem mitem = new JMenuItem("View " + finfo);
 761     mitem.addActionListener(new ActionListener()
 762     {
 763
 764       @Override
 765       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 766       {
 767         Desktop.showUrl(finfo);
 768
 769       }
 770     });
 771     mnu.add(mitem);
 772     mnu.show(invoker, x, y);
 773   }
 774
 775   URL linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
 776
 777   Map<String, OptionBox> optSet = new Hashtable<String, OptionBox>();
 778
 779   Map<String, ParamBox> paramSet = new Hashtable<String, ParamBox>();
 780
 781   public Map<String, OptionBox> getOptSet()
 782   {
 783     return optSet;
 784   }
 785
 786   public void setOptSet(Map<String, OptionBox> optSet)
 787   {
 788     this.optSet = optSet;
 789   }
 790
 791   public Map<String, ParamBox> getParamSet()
 792   {
 793     return paramSet;
 794   }
 795
 796   public void setParamSet(Map<String, ParamBox> paramSet)
 797   {
 798     this.paramSet = paramSet;
 799   }
 800
 801   OptsParametersContainerI poparent;
 802
 803   OptionBox addOption(OptionI opt)
 804   {
 805     OptionBox cb = optSet.get(opt.getName());
 806     if (cb == null)
 807     {
 808       cb = new OptionBox(opt);
 809       optSet.put(opt.getName(), cb);
 810       // jobOptions.add(cb, FlowLayout.LEFT);
 811     }
 812     return cb;
 813   }
 814
 815   ParamBox addParameter(ParameterI arg)
 816   {
 817     ParamBox pb = paramSet.get(arg.getName());
 818     if (pb == null)
 819     {
 820       pb = new ParamBox(poparent, arg);
 821       paramSet.put(arg.getName(), pb);
 822       // paramList.add(pb);
 823     }
 824     pb.init();
 825     // take the defaults from the parameter
 826     pb.updateControls(arg);
 827     return pb;
 828   }
 829
 830   void selectOption(OptionI option, String string)
 831   {
 832     OptionBox cb = optSet.get(option.getName());
 833     if (cb == null)
 834     {
 835       cb = addOption(option);
 836     }
 837     cb.enabled.setSelected(string != null); // initial state for an option.
 838     if (string != null)
 839     {
 840       if (option.getPossibleValues().contains(string))
 841       {
 842         cb.val.setSelectedItem(string);
 843       }
 844       else
 845       {
 846         throw new Error("Invalid value " + string + " for option " + option);
 847       }
 848
 849     }
 850     if (option.isRequired() && !cb.enabled.isSelected())
 851     {
 852       // TODO: indicate paramset is not valid.. option needs to be selected!
 853     }
 854     cb.setInitialValue();
 855   }
 856
 857   void setParameter(ParameterI arg)
 858   {
 859     ParamBox pb = paramSet.get(arg.getName());
 860     if (pb == null)
 861     {
 862       addParameter(arg);
 863     }
 864     else
 865     {
 866       pb.updateControls(arg);
 867     }
 868
 869   }
 870
 871   /**
 872    * recover options and parameters from GUI
 873    *
 874    * @return
 875    */
 876   public List<ArgumentI> getCurrentSettings()
 877   {
 878     List<ArgumentI> argSet = new ArrayList<ArgumentI>();
 879     for (OptionBox opts : getOptSet().values())
 880     {
 881       OptionI opt = opts.getOptionIfEnabled();
 882       if (opt != null)
 883       {
 884         argSet.add(opt);
 885       }
 886     }
 887     for (ParamBox parambox : getParamSet().values())
 888     {
 889       ParameterI parm = parambox.getParameter();
 890       if (parm != null)
 891       {
 892         argSet.add(parm);
 893       }
 894     }
 895
 896     return argSet;
 897   }
 898
 899 }