src/jalview/gui/OverviewCanvas.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import jalview.api.AlignViewportI;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.renderer.AnnotationRenderer;
   6 import jalview.viewmodel.OverviewDimensions;
   7
   8 import java.awt.Color;
   9 import java.awt.Dimension;
  10 import java.awt.Graphics;
  11 import java.awt.image.BufferedImage;
  12
  13 import javax.swing.JComponent;
  14
  15 public class OverviewCanvas extends JComponent
  16 {
  17   private static final Color TRANS_GREY = new Color(100, 100, 100, 25);
  18
  19   private BufferedImage miniMe;
  20
  21   private BufferedImage lastMiniMe = null;
  22
  23   public boolean resizing = false;
  24
  25   // This is set true if the user resizes whilst
  26   // the overview is being calculated
  27   public boolean resizeAgain = false;
  28
  29   // Can set different properties in this seqCanvas than
  30   // main visible SeqCanvas
  31   private SequenceRenderer sr;
  32
  33   private jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr;
  34
  35   private final AnnotationRenderer renderer = new AnnotationRenderer();
  36
  37   OverviewDimensions od;
  38
  39   OverviewPanel op;
  40
  41   AlignViewport av;
  42
  43   AlignmentPanel ap;
  44
  45   public OverviewCanvas(OverviewDimensions overviewDims,
  46           AlignViewportI alignvp, AlignmentPanel alignp, OverviewPanel overp)
  47   {
  48     od = overviewDims;
  49     av = alignp.av;
  50     ap = alignp;
  51     op = overp;
  52
  53     sr = new SequenceRenderer(av);
  54     sr.renderGaps = false;
  55     sr.forOverview = true;
  56     fr = new FeatureRenderer(ap);
  57   }
  58
  59   public void draw(boolean showSequenceFeatures, boolean showAnnotation)
  60   {
  61     miniMe = null;
  62
  63     if (showSequenceFeatures)
  64     {
  65       fr.transferSettings(ap.getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer());
  66     }
  67
  68     // why do we need to set preferred size again? was set in
  69     // updateOverviewImage
  70     setPreferredSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
  71
  72     miniMe = new BufferedImage(od.getWidth(), od.getHeight(),
  73             BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
  74
  75     Graphics mg = miniMe.getGraphics();
  76     mg.setColor(Color.orange);
  77     mg.fillRect(0, 0, od.getWidth(), miniMe.getHeight());
  78
  79     // calculate sampleCol and sampleRow
  80     // alignment width is max number of residues/bases
  81     // alignment height is number of sequences
  82     int alwidth = av.getAlignment().getWidth();
  83     int alheight = av.getAlignment().getAbsoluteHeight();
  84
  85     // sampleCol or sampleRow is the width/height allocated to each residue
  86     // in particular, sometimes we may need more than one row/col of the
  87     // BufferedImage allocated
  88     // sampleCol is how much of a residue to assign to each pixel
  89     // sampleRow is how many sequences to assign to each pixel
  90     float sampleCol = alwidth / (float) od.getWidth();
  91     float sampleRow = alheight / (float) od.getSequencesHeight();
  92
  93     buildImage(sampleRow, sampleCol);
  94
  95     if (showAnnotation)
  96     {
  97       renderer.updateFromAlignViewport(av);
  98       for (int col = 0; col < od.getWidth() && !resizeAgain; col++)
  99       {
 100         mg.translate(col, od.getSequencesHeight());
 101         renderer.drawGraph(mg, av.getAlignmentConservationAnnotation(),
 102                 av.getAlignmentConservationAnnotation().annotations,
 103                 (int) (sampleCol) + 1, od.getGraphHeight(),
 104                 (int) (col * sampleCol), (int) (col * sampleCol) + 1);
 105         mg.translate(-col, -od.getSequencesHeight());
 106
 107       }
 108     }
 109     System.gc();
 110
 111     resizing = false;
 112
 113     if (resizeAgain)
 114     {
 115       resizeAgain = false;
 116       op.updateOverviewImage();
 117     }
 118     else
 119     {
 120       lastMiniMe = miniMe;
 121     }
 122   }
 123
 124   @Override
 125   public void paintComponent(Graphics g)
 126   {
 127     if (resizing || resizeAgain)
 128     {
 129       if (lastMiniMe == null)
 130       {
 131         g.setColor(Color.white);
 132         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 133       }
 134       else
 135       {
 136         g.drawImage(lastMiniMe, 0, 0, getWidth(), getHeight(), this);
 137       }
 138       g.setColor(TRANS_GREY);
 139       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 140     }
 141     else if (lastMiniMe != null)
 142     {
 143       g.drawImage(lastMiniMe, 0, 0, this);
 144       if (lastMiniMe != miniMe)
 145       {
 146         g.setColor(TRANS_GREY);
 147         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 148       }
 149     }
 150
 151     g.setColor(Color.red);
 152     od.drawBox(g);
 153   }
 154
 155   /*
 156    * Build the overview panel image
 157    */
 158   private void buildImage(float sampleRow, float sampleCol)
 159   {
 160     int lastcol = -1;
 161     int lastrow = -1;
 162     int color = Color.white.getRGB();
 163
 164     SequenceI seq = null;
 165
 166     final boolean hasHiddenCols = av.hasHiddenColumns();
 167     boolean hiddenRow = false;
 168     // get hidden row and hidden column map once at beginning.
 169     // clone featureRenderer settings to avoid race conditions... if state is
 170     // updated just need to refresh again
 171     for (int row = 0; row < od.getSequencesHeight() && !resizeAgain; row++)
 172     {
 173       boolean doCopy = true;
 174       int currentrow = (int) (row * sampleRow);
 175       if (currentrow != lastrow)
 176       {
 177         doCopy = false;
 178
 179         lastrow = currentrow;
 180
 181         // get the sequence which would be at alignment index 'lastrow' if no
 182         // rows were hidden, and determine whether it is hidden or not
 183         hiddenRow = av.getAlignment().isHidden(lastrow);
 184         seq = av.getAlignment().getSequenceAtAbsoluteIndex(lastrow);
 185       }
 186
 187       for (int col = 0; col < od.getWidth() && !resizeAgain; col++)
 188       {
 189         if (doCopy)
 190         {
 191           color = miniMe.getRGB(col, row - 1);
 192         }
 193         else if ((int) (col * sampleCol) != lastcol
 194                 || (int) (row * sampleRow) != lastrow)
 195         {
 196           lastcol = (int) (col * sampleCol);
 197           color = getColumnColourFromSequence(seq, hiddenRow,
 198                   hasHiddenCols, lastcol);
 199         }
 200         // else we just use the color we already have , so don't need to set it
 201
 202         miniMe.setRGB(col, row, color);
 203       }
 204     }
 205   }
 206
 207   /*
 208    * Find the colour of a sequence at a specified column position
 209    */
 210   private int getColumnColourFromSequence(jalview.datamodel.SequenceI seq,
 211           boolean hiddenRow, boolean hasHiddenCols, int lastcol)
 212   {
 213     int color;
 214
 215     if (seq == null)
 216     {
 217       color = Color.white.getRGB();
 218     }
 219     else if (seq.getLength() > lastcol)
 220     {
 221       color = sr.getResidueBoxColour(seq, lastcol).getRGB();
 222
 223       if (av.isShowSequenceFeatures())
 224       {
 225         color = fr.findFeatureColour(color, seq, lastcol);
 226       }
 227     }
 228     else
 229     {
 230       color = Color.white.getRGB();
 231     }
 232
 233     if (hiddenRow
 234             || (hasHiddenCols && !av.getColumnSelection()
 235                     .isVisible(lastcol)))
 236     {
 237       color = new Color(color).darker().darker().getRGB();
 238     }
 239
 240     return color;
 241   }
 242
 243 }