src/jalview/gui/OverviewPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.renderer.OverviewRenderer;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28 import jalview.util.Platform;
  29 import jalview.viewmodel.OverviewDimensions;
  30 import jalview.viewmodel.OverviewDimensionsHideHidden;
  31 import jalview.viewmodel.OverviewDimensionsShowHidden;
  32 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  33
  34 import java.awt.BorderLayout;
  35 import java.awt.Cursor;
  36 import java.awt.Dimension;
  37 import java.awt.event.ActionEvent;
  38 import java.awt.event.ActionListener;
  39 import java.awt.event.ComponentAdapter;
  40 import java.awt.event.ComponentEvent;
  41 import java.awt.event.MouseAdapter;
  42 import java.awt.event.MouseEvent;
  43 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  44 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  45 import java.beans.PropertyVetoException;
  46
  47 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  48 import javax.swing.JInternalFrame;
  49 import javax.swing.JPanel;
  50 import javax.swing.JPopupMenu;
  51 import javax.swing.SwingUtilities;
  52
  53 /**
  54  * Panel displaying an overview of the full alignment, with an interactive box
  55  * representing the viewport onto the alignment.
  56  *
  57  * @author $author$
  58  * @version $Revision$
  59  */
  60 @SuppressWarnings("serial")
  61 public class OverviewPanel extends JPanel
  62         implements Runnable, ViewportListenerI
  63 {
  64   protected OverviewDimensions od;
  65
  66   OverviewCanvas canvas;
  67
  68   protected AlignViewportI av;
  69
  70   AlignmentViewPanel ap;
  71
  72   protected JCheckBoxMenuItem displayToggle;
  73
  74   protected boolean showHidden = true;
  75
  76   protected boolean draggingBox = false;
  77
  78   protected ProgressPanel progressPanel;
  79
  80   private Dimension dim;
  81
  82   private boolean showProgress = !Platform.isJS(); // Jalview.getInstance().getShowStatus()
  83
  84   /**
  85    * Creates a new OverviewPanel object.
  86    *
  87    * @param alPanel
  88    *          The alignment panel which is shown in the overview panel
  89    */
  90   public OverviewPanel(AlignmentViewPanel alPanel, Dimension dim)
  91   {
  92     this.av = alPanel.getAlignViewport();
  93     this.ap = alPanel;
  94     this.dim = dim;
  95
  96     showHidden = Cache.getDefault(Preferences.SHOW_OV_HIDDEN_AT_START,
  97             false);
  98     createOverviewDimensions();
  99     setLayout(new BorderLayout());
 100     progressPanel = new ProgressPanel(OverviewRenderer.UPDATE,
 101             MessageManager.getString("label.oview_calc"), getWidth());
 102     if (showProgress) // BH 2019
 103     {
 104       add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
 105     }
 106     canvas = new OverviewCanvas(this, od, av,
 107             showProgress ? progressPanel : null);
 108     canvas.setPreferredSize(canvas.getSize());
 109     add(canvas, BorderLayout.CENTER);
 110
 111     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
 112
 113     // without this the overview window does not size to fit the overview canvas
 114     // BH - no,no! - This does not include the progressPanel!
 115     // BH the problem was that OverviewCanvas.setPreferredSize() had not been set.
 116     // setPreferredSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
 117
 118     addComponentListener(new ComponentAdapter()
 119     {
 120       @Override
 121       public void componentResized(ComponentEvent evt)
 122       {
 123         int ph = (progressPanel.getParent() == null ? 0
 124                 : progressPanel.getHeight());
 125         // Resize is called on the initial display of the overview.
 126         // This code adjusts sizes to account for the progress bar if it has not
 127         // already been accounted for, which triggers another resize call for
 128         // the correct sizing, at which point the overview image is updated.
 129         // (This avoids a double recalculation of the image.)
 130         if (getWidth() == od.getWidth()
 131                 && getHeight() == od.getHeight() + ph)
 132         {
 133           updateOverviewImage();
 134         }
 135         else
 136         {
 137           int w = getWidth();
 138           int h = getHeight();
 139           if ((w > 0) && (h > 0))
 140           {
 141             if (dim != null)
 142             {
 143               dim.setSize(w, h - ph);
 144             }
 145             od.setWidth(w);
 146             od.setHeight(h - ph);
 147             repaint();
 148           }
 149           // BH 2019.07.29 this is unnecessary -- it is what layout managers are
 150           // for:
 151           // setPreferredSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight() +
 152           // ph));
 153         }
 154       }
 155
 156     });
 157
 158     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 159     {
 160       @Override
 161       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 162       {
 163         if (!SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 164         {
 165           if (draggingBox)
 166           {
 167             // set the mouse position as a fixed point in the box
 168             // and drag relative to that position
 169             od.adjustViewportFromMouse(evt.getX(), evt.getY(),
 170                     av.getAlignment().getHiddenSequences(),
 171                     av.getAlignment().getHiddenColumns());
 172           }
 173           else
 174           {
 175             od.updateViewportFromMouse(evt.getX(), evt.getY(),
 176                     av.getAlignment().getHiddenSequences(),
 177                     av.getAlignment().getHiddenColumns());
 178           }
 179         }
 180       }
 181
 182       @Override
 183       public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 184       {
 185         if (od.isPositionInBox(evt.getX(), evt.getY()))
 186         {
 187           /*
 188            * using HAND_CURSOR rather than DRAG_CURSOR
 189            * as the latter is not supported on Mac
 190            */
 191           getParent().setCursor(
 192                   Cursor.getPredefinedCursor(Cursor.HAND_CURSOR));
 193         }
 194         else
 195         {
 196           // reset cursor
 197           getParent().setCursor(
 198                   Cursor.getPredefinedCursor(Cursor.CROSSHAIR_CURSOR));
 199         }
 200       }
 201
 202     });
 203
 204     addMouseListener(new MouseAdapter()
 205     {
 206       @Override
 207       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 208       {
 209
 210         if (Platform.isWinRightButton(evt))
 211         {
 212           showPopupMenu(evt);
 213           return;
 214         }
 215         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 216         {
 217           return;
 218         }
 219         // don't do anything if the mouse press is in the overview's box
 220         // (wait to see if it's a drag instead)
 221         // otherwise update the viewport
 222         if (!od.isPositionInBox(evt.getX(), evt.getY()))
 223         {
 224           draggingBox = false;
 225
 226           // display drag cursor at mouse position
 227           setCursor(Cursor.getPredefinedCursor(Cursor.MOVE_CURSOR));
 228
 229           od.updateViewportFromMouse(evt.getX(), evt.getY(),
 230                   av.getAlignment().getHiddenSequences(),
 231                   av.getAlignment().getHiddenColumns());
 232           getParent().setCursor(
 233                   Cursor.getPredefinedCursor(Cursor.HAND_CURSOR));
 234         }
 235         else
 236         {
 237           draggingBox = true;
 238           od.setDragPoint(evt.getX(), evt.getY(),
 239                   av.getAlignment().getHiddenSequences(),
 240                   av.getAlignment().getHiddenColumns());
 241         }
 242       }
 243
 244       @Override
 245       public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 246       {
 247         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 248         {
 249           showPopupMenu(evt);
 250         }
 251       }
 252
 253       @Override
 254       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 255       {
 256         draggingBox = false;
 257       }
 258
 259     });
 260
 261     // /*
 262     // * Javascript does not call componentResized on initial display,
 263     // * so do the update here
 264     // */
 265     // if (Platform.isJS())
 266     // {
 267     // updateOverviewImage();
 268     // }
 269   }
 270
 271   /**
 272    * Create the appropriate type of OverViewDimensions, with the desired size.
 273    */
 274   private void createOverviewDimensions()
 275   {
 276     boolean showAnnotation = (av.isShowAnnotation()
 277             && av.getAlignmentConservationAnnotation() != null);
 278     if (showHidden)
 279     {
 280       od = new OverviewDimensionsShowHidden(av.getRanges(), showAnnotation,
 281               dim);
 282     }
 283     else
 284     {
 285       od = new OverviewDimensionsHideHidden(av.getRanges(), showAnnotation,
 286               dim);
 287     }
 288
 289   }
 290
 291   /*
 292    * Displays the popup menu and acts on user input
 293    */
 294   protected void showPopupMenu(MouseEvent e)
 295   {
 296     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 297     ActionListener menuListener = new ActionListener()
 298     {
 299       @Override
 300       public void actionPerformed(ActionEvent event)
 301       {
 302         // switch on/off the hidden columns view
 303         toggleHiddenColumns();
 304         displayToggle.setSelected(showHidden);
 305       }
 306     };
 307     displayToggle = new JCheckBoxMenuItem(
 308             MessageManager.getString("label.togglehidden"));
 309     displayToggle.setEnabled(true);
 310     displayToggle.setSelected(showHidden);
 311     popup.add(displayToggle);
 312     displayToggle.addActionListener(menuListener);
 313     popup.show(this, e.getX(), e.getY());
 314   }
 315
 316   /*
 317    * Toggle overview display between showing hidden columns and hiding hidden columns
 318    */
 319   protected void toggleHiddenColumns()
 320   {
 321     showHidden = !showHidden;
 322     createOverviewDimensions();
 323     canvas.resetOviewDims(od);
 324     updateOverviewImage();
 325     setBoxPosition();
 326   }
 327
 328   /**
 329    * Updates the overview image when the related alignment panel is updated.
 330    *
 331    * Cases:
 332    *
 333    *
 334    */
 335   public void updateOverviewImage()
 336   {
 337     if (canvas == null)
 338     {
 339       /*
 340        * panel has been disposed
 341        */
 342       return;
 343     }
 344
 345     int ph = (progressPanel.getParent() == null ? 0
 346             : progressPanel.getHeight());
 347
 348     if ((getWidth() > 0) && (getHeight() > 0))
 349     {
 350       od.setWidth(getWidth());
 351       od.setHeight(getHeight() - ph);
 352     }
 353
 354     setPreferredSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight() + ph));
 355
 356     if (canvas.restartDraw())
 357     {
 358       return;
 359     }
 360
 361     Thread thread = new Thread(this);
 362     thread.start();
 363   }
 364
 365   @Override
 366   public void run()
 367   {
 368     if (canvas != null)
 369     {
 370       canvas.draw(av.isShowSequenceFeatures(),
 371               (av.isShowAnnotation()
 372                       && av.getAlignmentConservationAnnotation() != null),
 373               ap.getFeatureRenderer());
 374       setBoxPosition();
 375     }
 376   }
 377
 378   /**
 379    * Update the overview panel box when the associated alignment panel is
 380    * changed
 381    *
 382    */
 383   private void setBoxPositionOnly()
 384   {
 385     if (od != null)
 386     {
 387       od.updateBox();
 388       int oldX = od.getBoxX();
 389       int oldY = od.getBoxY();
 390       int oldWidth = od.getBoxWidth();
 391       int oldHeight = od.getBoxHeight();
 392       od.setBoxPosition(av.getAlignment().getHiddenSequences(),
 393               av.getAlignment().getHiddenColumns());
 394       repaint(oldX - 1, oldY - 1, oldWidth + 2, oldHeight + 2);
 395       repaint(od.getBoxX(), od.getBoxY(), od.getBoxWidth(),
 396               od.getBoxHeight());
 397     }
 398   }
 399
 400   private void setBoxPosition()
 401   {
 402     if (od != null)
 403     {
 404       od.setBoxPosition(av.getAlignment().getHiddenSequences(),
 405               av.getAlignment().getHiddenColumns());
 406       repaint();
 407     }
 408   }
 409
 410   @Override
 411   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 412   {
 413     setBoxPositionOnly();
 414   }
 415
 416   /**
 417    * Removes this object as a property change listener, and nulls references
 418    */
 419   protected void dispose()
 420   {
 421     try
 422     {
 423       if (av != null)
 424       {
 425         av.getRanges().removePropertyChangeListener(this);
 426       }
 427
 428       canvas.dispose();
 429
 430       /*
 431        * close the parent frame (which also removes it from the
 432        * Desktop Windows menu)
 433        */
 434       ((JInternalFrame) SwingUtilities
 435               .getAncestorOfClass(JInternalFrame.class, (this)))
 436                       .setClosed(true);
 437     } catch (PropertyVetoException e)
 438     {
 439       // ignore
 440     } finally
 441     {
 442       progressPanel = null;
 443       av = null;
 444       canvas = null;
 445       ap = null;
 446       od = null;
 447     }
 448   }
 449 }