src/jalview/gui/OverviewPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.viewmodel.OverviewDimensions;
  24
  25 import java.awt.BorderLayout;
  26 import java.awt.Dimension;
  27 import java.awt.event.ComponentAdapter;
  28 import java.awt.event.ComponentEvent;
  29 import java.awt.event.MouseAdapter;
  30 import java.awt.event.MouseEvent;
  31 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  32
  33 import javax.swing.JPanel;
  34
  35 /**
  36  * Panel displaying an overview of the full alignment, with an interactive box
  37  * representing the viewport onto the alignment.
  38  *
  39  * @author $author$
  40  * @version $Revision$
  41  */
  42 public class OverviewPanel extends JPanel implements Runnable
  43 {
  44   private OverviewDimensions od;
  45
  46   private OverviewCanvas oviewCanvas;
  47
  48   private AlignViewport av;
  49
  50   private AlignmentPanel ap;
  51
  52   /**
  53    * Creates a new OverviewPanel object.
  54    *
  55    * @param alPanel
  56    *          The alignment panel which is shown in the overview panel
  57    */
  58   public OverviewPanel(AlignmentPanel alPanel)
  59   {
  60     this.av = alPanel.av;
  61     this.ap = alPanel;
  62
  63     od = new OverviewDimensions(av.getRanges(), av.isShowAnnotation());
  64
  65     oviewCanvas = new OverviewCanvas(od, av, ap, this);
  66     setLayout(new BorderLayout());
  67     add(oviewCanvas, BorderLayout.CENTER);
  68
  69     addComponentListener(new ComponentAdapter()
  70     {
  71       @Override
  72       public void componentResized(ComponentEvent evt)
  73       {
  74         if ((getWidth() != od.getWidth())
  75                 || (getHeight() != (od.getHeight())))
  76         {
  77           updateOverviewImage();
  78         }
  79       }
  80     });
  81
  82     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
  83     {
  84       @Override
  85       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
  86       {
  87         if (!av.getWrapAlignment())
  88         {
  89           od.updateViewportFromMouse(evt.getX(), evt.getY(), av
  90                   .getAlignment().getHiddenSequences(), av
  91                   .getColumnSelection(), av.getRanges());
  92           ap.setScrollValues(od.getScrollCol(), od.getScrollRow());
  93         }
  94       }
  95     });
  96
  97     addMouseListener(new MouseAdapter()
  98     {
  99       @Override
 100       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 101       {
 102         if (!av.getWrapAlignment())
 103         {
 104           od.updateViewportFromMouse(evt.getX(), evt.getY(), av
 105                   .getAlignment().getHiddenSequences(), av
 106                   .getColumnSelection(), av.getRanges());
 107           ap.setScrollValues(od.getScrollCol(), od.getScrollRow());
 108         }
 109       }
 110     });
 111
 112     updateOverviewImage();
 113   }
 114
 115   /**
 116    * Updates the overview image when the related alignment panel is updated
 117    */
 118   public void updateOverviewImage()
 119   {
 120     if (oviewCanvas.updating)
 121     {
 122       oviewCanvas.updateAgain = true;
 123       return;
 124     }
 125
 126     oviewCanvas.updating = true;
 127
 128     if ((getWidth() > 0) && (getHeight() > 0))
 129     {
 130       od.setWidth(getWidth());
 131       od.setHeight(getHeight());
 132     }
 133
 134     setPreferredSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
 135
 136     Thread thread = new Thread(this);
 137     thread.start();
 138     repaint();
 139   }
 140
 141   @Override
 142   public void run()
 143   {
 144     oviewCanvas.draw(av.isShowSequenceFeatures(), av.isShowAnnotation());
 145     setBoxPosition();
 146   }
 147
 148   /**
 149    * Update the overview panel box when the associated alignment panel is
 150    * changed
 151    *
 152    */
 153   public void setBoxPosition()
 154   {
 155     od.setBoxPosition(av.getAlignment()
 156             .getHiddenSequences(), av.getColumnSelection(), av.getRanges());
 157     repaint();
 158   }
 159 }