src/jalview/gui/OverviewPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.viewmodel.OverviewDimensions;
  24
  25 import java.awt.BorderLayout;
  26 import java.awt.Dimension;
  27 import java.awt.event.ComponentAdapter;
  28 import java.awt.event.ComponentEvent;
  29 import java.awt.event.MouseAdapter;
  30 import java.awt.event.MouseEvent;
  31 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  32
  33 import javax.swing.JPanel;
  34
  35 /**
  36  * Panel displaying an overview of the full alignment, with an interactive box
  37  * representing the viewport onto the alignment.
  38  *
  39  * @author $author$
  40  * @version $Revision$
  41  */
  42 public class OverviewPanel extends JPanel implements Runnable
  43 {
  44   private OverviewDimensions od;
  45
  46   private OverviewCanvas oviewCanvas;
  47
  48   private AlignViewport av;
  49
  50   private AlignmentPanel ap;
  51
  52   /**
  53    * Creates a new OverviewPanel object.
  54    *
  55    * @param alPanel
  56    *          The alignment panel which is shown in the overview panel
  57    */
  58   public OverviewPanel(AlignmentPanel alPanel)
  59   {
  60     this.av = alPanel.av;
  61     this.ap = alPanel;
  62
  63     od = new OverviewDimensions(av.getRanges(),
  64             (av.isShowAnnotation() && av
  65                     .getAlignmentConservationAnnotation() != null));
  66
  67     oviewCanvas = new OverviewCanvas(od, av);
  68     setLayout(new BorderLayout());
  69     add(oviewCanvas, BorderLayout.CENTER);
  70
  71     addComponentListener(new ComponentAdapter()
  72     {
  73       @Override
  74       public void componentResized(ComponentEvent evt)
  75       {
  76         if ((getWidth() != od.getWidth())
  77                 || (getHeight() != (od.getHeight())))
  78         {
  79           updateOverviewImage();
  80         }
  81       }
  82     });
  83
  84     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
  85     {
  86       @Override
  87       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
  88       {
  89         if (!av.getWrapAlignment())
  90         {
  91           od.updateViewportFromMouse(evt.getX(), evt.getY(), av
  92                   .getAlignment().getHiddenSequences(), av
  93                   .getColumnSelection(), av.getRanges());
  94           ap.setScrollValues(od.getScrollCol(), od.getScrollRow());
  95         }
  96       }
  97     });
  98
  99     addMouseListener(new MouseAdapter()
 100     {
 101       @Override
 102       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 103       {
 104         if (!av.getWrapAlignment())
 105         {
 106           od.updateViewportFromMouse(evt.getX(), evt.getY(), av
 107                   .getAlignment().getHiddenSequences(), av
 108                   .getColumnSelection(), av.getRanges());
 109           ap.setScrollValues(od.getScrollCol(), od.getScrollRow());
 110         }
 111       }
 112     });
 113
 114     updateOverviewImage();
 115   }
 116
 117   /**
 118    * Updates the overview image when the related alignment panel is updated
 119    */
 120   public void updateOverviewImage()
 121   {
 122     if ((getWidth() > 0) && (getHeight() > 0))
 123     {
 124       od.setWidth(getWidth());
 125       od.setHeight(getHeight());
 126     }
 127
 128     setPreferredSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
 129
 130     if (oviewCanvas.restartDraw())
 131     {
 132       return;
 133     }
 134
 135     Thread thread = new Thread(this);
 136     thread.start();
 137     repaint();
 138
 139   }
 140
 141   @Override
 142   public void run()
 143   {
 144     oviewCanvas.draw(av.isShowSequenceFeatures(),
 145             (av.isShowAnnotation() && av
 146                     .getAlignmentConservationAnnotation() != null), ap
 147                     .getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer());
 148     setBoxPosition();
 149   }
 150
 151   /**
 152    * Update the overview panel box when the associated alignment panel is
 153    * changed
 154    *
 155    */
 156   public void setBoxPosition()
 157   {
 158     od.setBoxPosition(av.getAlignment()
 159             .getHiddenSequences(), av.getColumnSelection(), av.getRanges());
 160     repaint();
 161   }
 162 }