src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.Alignment;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  25 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  26 import jalview.datamodel.SeqCigar;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  29 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  32 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  33
  34 import java.awt.BorderLayout;
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.Graphics;
  37 import java.awt.GridLayout;
  38 import java.awt.event.ActionEvent;
  39 import java.awt.event.ActionListener;
  40 import java.awt.print.PageFormat;
  41 import java.awt.print.Printable;
  42 import java.awt.print.PrinterException;
  43 import java.awt.print.PrinterJob;
  44 import java.util.Hashtable;
  45
  46 import javax.swing.ButtonGroup;
  47 import javax.swing.JButton;
  48 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  49 import javax.swing.JColorChooser;
  50 import javax.swing.JLabel;
  51 import javax.swing.JMenuItem;
  52 import javax.swing.JOptionPane;
  53 import javax.swing.JPanel;
  54 import javax.swing.JProgressBar;
  55 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  56
  57 /**
  58  * DOCUMENT ME!
  59  *
  60  * @author $author$
  61  * @version $Revision$
  62  */
  63 public class PCAPanel extends GPCAPanel implements Runnable,
  64         IProgressIndicator
  65 {
  66
  67   RotatableCanvas rc;
  68
  69   AlignmentPanel ap;
  70
  71   AlignmentViewport av;
  72
  73   PCAModel pcaModel;
  74
  75   int top = 0;
  76
  77   /**
  78    * Creates a new PCAPanel object.
  79    *
  80    * @param av
  81    *          DOCUMENT ME!
  82    * @param s
  83    *          DOCUMENT ME!
  84    */
  85   public PCAPanel(AlignmentPanel ap)
  86   {
  87     this.av = ap.av;
  88     this.ap = ap;
  89
  90     boolean sameLength = true;
  91     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
  92             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
  93     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
  94     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
  95     SequenceI[] seqs;
  96     if (!selected)
  97     {
  98       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
  99     }
 100     else
 101     {
 102       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 103     }
 104     SeqCigar sq[] = seqstrings.getSequences();
 105     int length = sq[0].getWidth();
 106
 107     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 108     {
 109       if (sq[i].getWidth() != length)
 110       {
 111         sameLength = false;
 112         break;
 113       }
 114     }
 115
 116     if (!sameLength)
 117     {
 118       JOptionPane
 119               .showMessageDialog(
 120                       Desktop.desktop,
 121                       MessageManager.getString("label.pca_sequences_not_aligned"),
 122                       MessageManager.getString("label.sequences_not_aligned"), JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 123
 124       return;
 125     }
 126     pcaModel = new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide);
 127     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 128
 129     rc = new RotatableCanvas(ap);
 130     this.getContentPane().add(rc, BorderLayout.CENTER);
 131     Thread worker = new Thread(this);
 132     worker.start();
 133   }
 134
 135   @Override
 136   protected void scoreMatrix_menuSelected()
 137   {
 138     scoreMatrixMenu.removeAll();
 139     for (final String sm : ResidueProperties.scoreMatrices.keySet())
 140     {
 141       if (ResidueProperties.getScoreMatrix(sm) != null)
 142       {
 143         // create an entry for this score matrix for use in PCA
 144         JCheckBoxMenuItem jm = new JCheckBoxMenuItem();
 145         jm.setText(MessageManager
 146                 .getStringOrReturn("label.score_model", sm));
 147         jm.setSelected(pcaModel.getScore_matrix().equals(sm));
 148         if ((ResidueProperties.scoreMatrices.get(sm).isDNA() && ResidueProperties.scoreMatrices
 149                 .get(sm).isProtein())
 150                 || pcaModel.isNucleotide() == ResidueProperties.scoreMatrices
 151                         .get(sm).isDNA())
 152         {
 153           final PCAPanel us = this;
 154           jm.addActionListener(new ActionListener()
 155           {
 156             @Override
 157             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 158             {
 159               if (!pcaModel.getScore_matrix().equals(sm))
 160               {
 161                 pcaModel.setScore_matrix(sm);
 162                 Thread worker = new Thread(us);
 163                 worker.start();
 164               }
 165             }
 166           });
 167           scoreMatrixMenu.add(jm);
 168         }
 169       }
 170     }
 171   }
 172
 173   public void bgcolour_actionPerformed(ActionEvent e)
 174   {
 175     Color col = JColorChooser.showDialog(this, MessageManager.getString("label.select_backgroud_colour"),
 176             rc.bgColour);
 177
 178     if (col != null)
 179     {
 180       rc.bgColour = col;
 181     }
 182     rc.repaint();
 183   }
 184
 185   /**
 186    * DOCUMENT ME!
 187    */
 188   public void run()
 189   {
 190     long progId = System.currentTimeMillis();
 191     IProgressIndicator progress = this;
 192     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 193     if (getParent() == null)
 194     {
 195       progress = ap.alignFrame;
 196       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 197     }
 198     progress.setProgressBar(message, progId);
 199     try
 200     {
 201       calcSettings.setEnabled(false);
 202       pcaModel.run();
 203       // ////////////////
 204       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 205       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 206       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 207
 208       pcaModel.updateRc(rc);
 209       // rc.invalidate();
 210       nuclSetting.setSelected(pcaModel.isNucleotide());
 211       protSetting.setSelected(!pcaModel.isNucleotide());
 212       jvVersionSetting.setSelected(pcaModel.isJvCalcMode());
 213       top = pcaModel.getTop();
 214
 215     } catch (OutOfMemoryError er)
 216     {
 217       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 218       return;
 219     } finally
 220     {
 221       progress.setProgressBar("", progId);
 222     }
 223     calcSettings.setEnabled(true);
 224     repaint();
 225     if (getParent() == null)
 226     {
 227       addKeyListener(rc);
 228       Desktop.addInternalFrame(this, MessageManager
 229               .getString("label.principal_component_analysis"), 475, 450);
 230     }
 231   }
 232
 233   @Override
 234   protected void nuclSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 235   {
 236     if (!pcaModel.isNucleotide())
 237     {
 238       pcaModel.setNucleotide(true);
 239       pcaModel.setScore_matrix("DNA");
 240       Thread worker = new Thread(this);
 241       worker.start();
 242     }
 243
 244   }
 245
 246   @Override
 247   protected void protSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 248   {
 249
 250     if (pcaModel.isNucleotide())
 251     {
 252       pcaModel.setNucleotide(false);
 253       pcaModel.setScore_matrix("BLOSUM62");
 254       Thread worker = new Thread(this);
 255       worker.start();
 256     }
 257   }
 258
 259   @Override
 260   protected void jvVersionSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 261   {
 262     pcaModel.setJvCalcMode(jvVersionSetting.isSelected());
 263     Thread worker = new Thread(this);
 264     worker.start();
 265   }
 266
 267   /**
 268    * DOCUMENT ME!
 269    */
 270   void doDimensionChange()
 271   {
 272     if (top == 0)
 273     {
 274       return;
 275     }
 276
 277     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();
 278     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();
 279     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();
 280     pcaModel.updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 281     rc.img = null;
 282     rc.rotmat.setIdentity();
 283     rc.initAxes();
 284     rc.paint(rc.getGraphics());
 285   }
 286
 287   /**
 288    * DOCUMENT ME!
 289    *
 290    * @param e
 291    *          DOCUMENT ME!
 292    */
 293   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 294   {
 295     doDimensionChange();
 296   }
 297
 298   /**
 299    * DOCUMENT ME!
 300    *
 301    * @param e
 302    *          DOCUMENT ME!
 303    */
 304   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 305   {
 306     doDimensionChange();
 307   }
 308
 309   /**
 310    * DOCUMENT ME!
 311    *
 312    * @param e
 313    *          DOCUMENT ME!
 314    */
 315   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 316   {
 317     doDimensionChange();
 318   }
 319
 320   public void outputValues_actionPerformed(ActionEvent e)
 321   {
 322     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 323     try
 324     {
 325       cap.setText(pcaModel.getDetails());
 326       Desktop.addInternalFrame(cap,
 327               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 328     } catch (OutOfMemoryError oom)
 329     {
 330       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 331       cap.dispose();
 332     }
 333   }
 334
 335   public void showLabels_actionPerformed(ActionEvent e)
 336   {
 337     rc.showLabels(showLabels.getState());
 338   }
 339
 340   public void print_actionPerformed(ActionEvent e)
 341   {
 342     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 343     printer.start();
 344   }
 345
 346   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 347   {
 348     // this was cut'n'pasted from the equivalent TreePanel method - we should
 349     // make this an abstract function of all jalview analysis windows
 350     if (pcaModel.getSeqtrings() == null)
 351     {
 352       jalview.bin.Cache.log
 353               .info("Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 354       return;
 355     }
 356     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 357     // warrant a new window to be created
 358     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 359     // yields unaligned seqs)
 360     // or create a selection box around columns in alignment view
 361     // test Alignment(SeqCigar[])
 362     char gc = '-';
 363     try
 364     {
 365       // we try to get the associated view's gap character
 366       // but this may fail if the view was closed...
 367       gc = av.getGapCharacter();
 368     } catch (Exception ex)
 369     {
 370     }
 371     ;
 372     Object[] alAndColsel = pcaModel.getSeqtrings()
 373             .getAlignmentAndColumnSelection(gc);
 374
 375     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 376     {
 377       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 378
 379       Alignment al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 380       Alignment dataset = (av != null && av.getAlignment() != null) ? av
 381               .getAlignment().getDataset() : null;
 382       if (dataset != null)
 383       {
 384         al.setDataset(dataset);
 385       }
 386
 387       if (true)
 388       {
 389         // make a new frame!
 390         AlignFrame af = new AlignFrame(al,
 391                 (ColumnSelection) alAndColsel[1], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 392                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 393
 394         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 395         // found!!<<<
 396         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 397
 398         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 399         // msaorder);
 400
 401         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 402                 "label.original_data_for_params", new String[]
 403                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 404                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 405       }
 406     }
 407     /*
 408      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 409      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 410      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 411      * "\n"); }
 412      *
 413      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 414      */
 415   }
 416
 417   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 418   {
 419     public void run()
 420     {
 421       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 422       PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());
 423
 424       printJob.setPrintable(this, pf);
 425
 426       if (printJob.printDialog())
 427       {
 428         try
 429         {
 430           printJob.print();
 431         } catch (Exception PrintException)
 432         {
 433           PrintException.printStackTrace();
 434         }
 435       }
 436     }
 437
 438     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 439             throws PrinterException
 440     {
 441       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 442
 443       rc.drawBackground(pg, rc.bgColour);
 444       rc.drawScene(pg);
 445       if (rc.drawAxes == true)
 446       {
 447         rc.drawAxes(pg);
 448       }
 449
 450       if (pi == 0)
 451       {
 452         return Printable.PAGE_EXISTS;
 453       }
 454       else
 455       {
 456         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 457       }
 458     }
 459   }
 460
 461   /**
 462    * DOCUMENT ME!
 463    *
 464    * @param e
 465    *          DOCUMENT ME!
 466    */
 467   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 468   {
 469     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS);
 470   }
 471
 472   /**
 473    * DOCUMENT ME!
 474    *
 475    * @param e
 476    *          DOCUMENT ME!
 477    */
 478   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 479   {
 480     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG);
 481   }
 482
 483   void makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type)
 484   {
 485     int width = rc.getWidth();
 486     int height = rc.getHeight();
 487
 488     jalview.util.ImageMaker im;
 489
 490     if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
 491     {
 492       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 493               jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG,
 494               "Make PNG image from PCA", width, height, null, null);
 495     }
 496     else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
 497     {
 498       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 499               jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS,
 500               "Make EPS file from PCA", width, height, null,
 501               this.getTitle());
 502     }
 503     else
 504     {
 505       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 506               jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, "Make SVG file from PCA",
 507               width, height, null, this.getTitle());
 508
 509     }
 510
 511     if (im.getGraphics() != null)
 512     {
 513       rc.drawBackground(im.getGraphics(), Color.black);
 514       rc.drawScene(im.getGraphics());
 515       if (rc.drawAxes == true)
 516       {
 517         rc.drawAxes(im.getGraphics());
 518       }
 519       im.writeImage();
 520     }
 521   }
 522
 523   public void viewMenu_menuSelected()
 524   {
 525     buildAssociatedViewMenu();
 526   }
 527
 528   void buildAssociatedViewMenu()
 529   {
 530     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 531             .getSequenceSetId());
 532     if (aps.length == 1 && rc.av == aps[0].av)
 533     {
 534       associateViewsMenu.setVisible(false);
 535       return;
 536     }
 537
 538     associateViewsMenu.setVisible(true);
 539
 540     if ((viewMenu.getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 541     {
 542       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 543     }
 544
 545     associateViewsMenu.removeAll();
 546
 547     JRadioButtonMenuItem item;
 548     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 549     int i, iSize = aps.length;
 550     final PCAPanel thisPCAPanel = this;
 551     for (i = 0; i < iSize; i++)
 552     {
 553       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 554       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap.av == rc.av);
 555       buttonGroup.add(item);
 556       item.addActionListener(new ActionListener()
 557       {
 558         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 559         {
 560           rc.applyToAllViews = false;
 561           rc.av = ap.av;
 562           rc.ap = ap;
 563           PaintRefresher.Register(thisPCAPanel, ap.av.getSequenceSetId());
 564         }
 565       });
 566
 567       associateViewsMenu.add(item);
 568     }
 569
 570     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem("All Views");
 571
 572     buttonGroup.add(itemf);
 573
 574     itemf.setSelected(rc.applyToAllViews);
 575     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 576     {
 577       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 578       {
 579         rc.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 580       }
 581     });
 582     associateViewsMenu.add(itemf);
 583
 584   }
 585
 586   /*
 587    * (non-Javadoc)
 588    *
 589    * @see
 590    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 591    * )
 592    */
 593   protected void outputPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 594   {
 595     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 596     try
 597     {
 598       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(false,
 599               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 600               zCombobox.getSelectedIndex()));
 601       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 602               "label.points_for_params", new String[]
 603               { this.getTitle() }), 500, 500);
 604     } catch (OutOfMemoryError oom)
 605     {
 606       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 607       cap.dispose();
 608     }
 609   }
 610
 611   /*
 612    * (non-Javadoc)
 613    *
 614    * @see
 615    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 616    * .ActionEvent)
 617    */
 618   protected void outputProjPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 619   {
 620     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 621     try
 622     {
 623       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(true,
 624               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 625               zCombobox.getSelectedIndex()));
 626       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 627               "label.transformed_points_for_params", new String[]
 628               { this.getTitle() }), 500, 500);
 629     } catch (OutOfMemoryError oom)
 630     {
 631       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 632       cap.dispose();
 633     }
 634   }
 635
 636   // methods for implementing IProgressIndicator
 637   // need to refactor to a reusable stub class
 638   Hashtable progressBars, progressBarHandlers;
 639
 640   /*
 641    * (non-Javadoc)
 642    *
 643    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 644    */
 645   @Override
 646   public void setProgressBar(String message, long id)
 647   {
 648     if (progressBars == null)
 649     {
 650       progressBars = new Hashtable();
 651       progressBarHandlers = new Hashtable();
 652     }
 653
 654     JPanel progressPanel;
 655     Long lId = new Long(id);
 656     GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 657     if (progressBars.get(lId) != null)
 658     {
 659       progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 660       statusPanel.remove(progressPanel);
 661       progressBars.remove(lId);
 662       progressPanel = null;
 663       if (message != null)
 664       {
 665         statusBar.setText(message);
 666       }
 667       if (progressBarHandlers.contains(lId))
 668       {
 669         progressBarHandlers.remove(lId);
 670       }
 671       layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 672     }
 673     else
 674     {
 675       progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 676
 677       JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 678       progressBar.setIndeterminate(true);
 679
 680       progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 681       progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 682
 683       layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 684       statusPanel.add(progressPanel);
 685
 686       progressBars.put(lId, progressPanel);
 687     }
 688     // update GUI
 689     // setMenusForViewport();
 690     validate();
 691   }
 692
 693   @Override
 694   public void registerHandler(final long id,
 695           final IProgressIndicatorHandler handler)
 696   {
 697     if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(new Long(id)))
 698     {
 699       throw new Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 700     }
 701     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
 702     final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 703     if (handler.canCancel())
 704     {
 705       JButton cancel = new JButton(
 706               MessageManager.getString("action.cancel"));
 707       final IProgressIndicator us = this;
 708       cancel.addActionListener(new ActionListener()
 709       {
 710
 711         @Override
 712         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 713         {
 714           handler.cancelActivity(id);
 715           us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params", new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 716         }
 717       });
 718       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 719     }
 720   }
 721
 722   /**
 723    *
 724    * @return true if any progress bars are still active
 725    */
 726   @Override
 727   public boolean operationInProgress()
 728   {
 729     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
 730     {
 731       return true;
 732     }
 733     return false;
 734   }
 735
 736   @Override
 737   protected void resetButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 738   {
 739     int t = top;
 740     top = 0; // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 741     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 742     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 743     top = t;
 744     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 745   }
 746 }