src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.Alignment;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  25 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  26 import jalview.datamodel.SeqCigar;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  29 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  32 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  33
  34 import java.awt.BorderLayout;
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.Graphics;
  37 import java.awt.event.ActionEvent;
  38 import java.awt.event.ActionListener;
  39 import java.awt.print.PageFormat;
  40 import java.awt.print.Printable;
  41 import java.awt.print.PrinterException;
  42 import java.awt.print.PrinterJob;
  43
  44 import javax.swing.ButtonGroup;
  45 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  46 import javax.swing.JColorChooser;
  47 import javax.swing.JMenuItem;
  48 import javax.swing.JOptionPane;
  49 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  50
  51 /**
  52  * DOCUMENT ME!
  53  *
  54  * @author $author$
  55  * @version $Revision$
  56  */
  57 public class PCAPanel extends GPCAPanel implements Runnable,
  58         IProgressIndicator
  59 {
  60
  61   private IProgressIndicator progressBar;
  62
  63   RotatableCanvas rc;
  64
  65   AlignmentPanel ap;
  66
  67   AlignmentViewport av;
  68
  69   PCAModel pcaModel;
  70
  71   int top = 0;
  72
  73   /**
  74    * Creates a new PCAPanel object.
  75    *
  76    * @param av
  77    *          DOCUMENT ME!
  78    * @param s
  79    *          DOCUMENT ME!
  80    */
  81   public PCAPanel(AlignmentPanel ap)
  82   {
  83     this.av = ap.av;
  84     this.ap = ap;
  85
  86     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
  87
  88     boolean sameLength = true;
  89     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
  90             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
  91     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
  92     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
  93     SequenceI[] seqs;
  94     if (!selected)
  95     {
  96       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
  97     }
  98     else
  99     {
 100       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 101     }
 102     SeqCigar sq[] = seqstrings.getSequences();
 103     int length = sq[0].getWidth();
 104
 105     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 106     {
 107       if (sq[i].getWidth() != length)
 108       {
 109         sameLength = false;
 110         break;
 111       }
 112     }
 113
 114     if (!sameLength)
 115     {
 116       JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
 117               MessageManager.getString("label.pca_sequences_not_aligned"),
 118               MessageManager.getString("label.sequences_not_aligned"),
 119               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 120
 121       return;
 122     }
 123     pcaModel = new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide);
 124     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 125
 126     rc = new RotatableCanvas(ap);
 127     this.getContentPane().add(rc, BorderLayout.CENTER);
 128     Thread worker = new Thread(this);
 129     worker.start();
 130   }
 131
 132   @Override
 133   protected void scoreMatrix_menuSelected()
 134   {
 135     scoreMatrixMenu.removeAll();
 136     for (final String sm : ResidueProperties.scoreMatrices.keySet())
 137     {
 138       if (ResidueProperties.getScoreMatrix(sm) != null)
 139       {
 140         // create an entry for this score matrix for use in PCA
 141         JCheckBoxMenuItem jm = new JCheckBoxMenuItem();
 142         jm.setText(MessageManager
 143                 .getStringOrReturn("label.score_model", sm));
 144         jm.setSelected(pcaModel.getScore_matrix().equals(sm));
 145         if ((ResidueProperties.scoreMatrices.get(sm).isDNA() && ResidueProperties.scoreMatrices
 146                 .get(sm).isProtein())
 147                 || pcaModel.isNucleotide() == ResidueProperties.scoreMatrices
 148                         .get(sm).isDNA())
 149         {
 150           final PCAPanel us = this;
 151           jm.addActionListener(new ActionListener()
 152           {
 153             @Override
 154             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 155             {
 156               if (!pcaModel.getScore_matrix().equals(sm))
 157               {
 158                 pcaModel.setScore_matrix(sm);
 159                 Thread worker = new Thread(us);
 160                 worker.start();
 161               }
 162             }
 163           });
 164           scoreMatrixMenu.add(jm);
 165         }
 166       }
 167     }
 168   }
 169
 170   @Override
 171   public void bgcolour_actionPerformed(ActionEvent e)
 172   {
 173     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 174             MessageManager.getString("label.select_backgroud_colour"),
 175             rc.bgColour);
 176
 177     if (col != null)
 178     {
 179       rc.bgColour = col;
 180     }
 181     rc.repaint();
 182   }
 183
 184   /**
 185    * DOCUMENT ME!
 186    */
 187   @Override
 188   public void run()
 189   {
 190     long progId = System.currentTimeMillis();
 191     IProgressIndicator progress = this;
 192     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 193     if (getParent() == null)
 194     {
 195       progress = ap.alignFrame;
 196       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 197     }
 198     progress.setProgressBar(message, progId);
 199     try
 200     {
 201       calcSettings.setEnabled(false);
 202       pcaModel.run();
 203       // ////////////////
 204       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 205       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 206       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 207
 208       pcaModel.updateRc(rc);
 209       // rc.invalidate();
 210       nuclSetting.setSelected(pcaModel.isNucleotide());
 211       protSetting.setSelected(!pcaModel.isNucleotide());
 212       jvVersionSetting.setSelected(pcaModel.isJvCalcMode());
 213       top = pcaModel.getTop();
 214
 215     } catch (OutOfMemoryError er)
 216     {
 217       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 218       return;
 219     } finally
 220     {
 221       progress.setProgressBar("", progId);
 222     }
 223     calcSettings.setEnabled(true);
 224     repaint();
 225     if (getParent() == null)
 226     {
 227       addKeyListener(rc);
 228       Desktop.addInternalFrame(this, MessageManager
 229               .getString("label.principal_component_analysis"), 475, 450);
 230     }
 231   }
 232
 233   @Override
 234   protected void nuclSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 235   {
 236     if (!pcaModel.isNucleotide())
 237     {
 238       pcaModel.setNucleotide(true);
 239       pcaModel.setScore_matrix("DNA");
 240       Thread worker = new Thread(this);
 241       worker.start();
 242     }
 243
 244   }
 245
 246   @Override
 247   protected void protSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 248   {
 249
 250     if (pcaModel.isNucleotide())
 251     {
 252       pcaModel.setNucleotide(false);
 253       pcaModel.setScore_matrix("BLOSUM62");
 254       Thread worker = new Thread(this);
 255       worker.start();
 256     }
 257   }
 258
 259   @Override
 260   protected void jvVersionSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 261   {
 262     pcaModel.setJvCalcMode(jvVersionSetting.isSelected());
 263     Thread worker = new Thread(this);
 264     worker.start();
 265   }
 266
 267   /**
 268    * DOCUMENT ME!
 269    */
 270   void doDimensionChange()
 271   {
 272     if (top == 0)
 273     {
 274       return;
 275     }
 276
 277     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();
 278     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();
 279     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();
 280     pcaModel.updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 281     rc.img = null;
 282     rc.rotmat.setIdentity();
 283     rc.initAxes();
 284     rc.paint(rc.getGraphics());
 285   }
 286
 287   /**
 288    * DOCUMENT ME!
 289    *
 290    * @param e
 291    *          DOCUMENT ME!
 292    */
 293   @Override
 294   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 295   {
 296     doDimensionChange();
 297   }
 298
 299   /**
 300    * DOCUMENT ME!
 301    *
 302    * @param e
 303    *          DOCUMENT ME!
 304    */
 305   @Override
 306   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 307   {
 308     doDimensionChange();
 309   }
 310
 311   /**
 312    * DOCUMENT ME!
 313    *
 314    * @param e
 315    *          DOCUMENT ME!
 316    */
 317   @Override
 318   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 319   {
 320     doDimensionChange();
 321   }
 322
 323   @Override
 324   public void outputValues_actionPerformed(ActionEvent e)
 325   {
 326     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 327     try
 328     {
 329       cap.setText(pcaModel.getDetails());
 330       Desktop.addInternalFrame(cap,
 331               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 332     } catch (OutOfMemoryError oom)
 333     {
 334       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 335       cap.dispose();
 336     }
 337   }
 338
 339   @Override
 340   public void showLabels_actionPerformed(ActionEvent e)
 341   {
 342     rc.showLabels(showLabels.getState());
 343   }
 344
 345   @Override
 346   public void print_actionPerformed(ActionEvent e)
 347   {
 348     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 349     printer.start();
 350   }
 351
 352   @Override
 353   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 354   {
 355     // this was cut'n'pasted from the equivalent TreePanel method - we should
 356     // make this an abstract function of all jalview analysis windows
 357     if (pcaModel.getSeqtrings() == null)
 358     {
 359       jalview.bin.Cache.log
 360               .info("Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 361       return;
 362     }
 363     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 364     // warrant a new window to be created
 365     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 366     // yields unaligned seqs)
 367     // or create a selection box around columns in alignment view
 368     // test Alignment(SeqCigar[])
 369     char gc = '-';
 370     try
 371     {
 372       // we try to get the associated view's gap character
 373       // but this may fail if the view was closed...
 374       gc = av.getGapCharacter();
 375     } catch (Exception ex)
 376     {
 377     }
 378     ;
 379     Object[] alAndColsel = pcaModel.getSeqtrings()
 380             .getAlignmentAndColumnSelection(gc);
 381
 382     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 383     {
 384       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 385
 386       Alignment al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 387       Alignment dataset = (av != null && av.getAlignment() != null) ? av
 388               .getAlignment().getDataset() : null;
 389       if (dataset != null)
 390       {
 391         al.setDataset(dataset);
 392       }
 393
 394       if (true)
 395       {
 396         // make a new frame!
 397         AlignFrame af = new AlignFrame(al,
 398                 (ColumnSelection) alAndColsel[1], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 399                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 400
 401         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 402         // found!!<<<
 403         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 404
 405         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 406         // msaorder);
 407
 408         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 409                 "label.original_data_for_params",
 410                 new String[] { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 411                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 412       }
 413     }
 414     /*
 415      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 416      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 417      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 418      * "\n"); }
 419      *
 420      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 421      */
 422   }
 423
 424   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 425   {
 426     @Override
 427     public void run()
 428     {
 429       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 430       PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());
 431
 432       printJob.setPrintable(this, pf);
 433
 434       if (printJob.printDialog())
 435       {
 436         try
 437         {
 438           printJob.print();
 439         } catch (Exception PrintException)
 440         {
 441           PrintException.printStackTrace();
 442         }
 443       }
 444     }
 445
 446     @Override
 447     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 448             throws PrinterException
 449     {
 450       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 451
 452       rc.drawBackground(pg, rc.bgColour);
 453       rc.drawScene(pg);
 454       if (rc.drawAxes == true)
 455       {
 456         rc.drawAxes(pg);
 457       }
 458
 459       if (pi == 0)
 460       {
 461         return Printable.PAGE_EXISTS;
 462       }
 463       else
 464       {
 465         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 466       }
 467     }
 468   }
 469
 470   /**
 471    * DOCUMENT ME!
 472    *
 473    * @param e
 474    *          DOCUMENT ME!
 475    */
 476   @Override
 477   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 478   {
 479     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS);
 480   }
 481
 482   /**
 483    * DOCUMENT ME!
 484    *
 485    * @param e
 486    *          DOCUMENT ME!
 487    */
 488   @Override
 489   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 490   {
 491     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG);
 492   }
 493
 494   void makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type)
 495   {
 496     int width = rc.getWidth();
 497     int height = rc.getHeight();
 498
 499     jalview.util.ImageMaker im;
 500
 501     if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
 502     {
 503       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 504               jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG, "Make PNG image from PCA",
 505               width, height, null, null, null, 0, false);
 506     }
 507     else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
 508     {
 509       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 510               jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS, "Make EPS file from PCA",
 511               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 512     }
 513     else
 514     {
 515       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 516               jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, "Make SVG file from PCA",
 517               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 518
 519     }
 520
 521     if (im.getGraphics() != null)
 522     {
 523       rc.drawBackground(im.getGraphics(), Color.black);
 524       rc.drawScene(im.getGraphics());
 525       if (rc.drawAxes == true)
 526       {
 527         rc.drawAxes(im.getGraphics());
 528       }
 529       im.writeImage();
 530     }
 531   }
 532
 533   @Override
 534   public void viewMenu_menuSelected()
 535   {
 536     buildAssociatedViewMenu();
 537   }
 538
 539   void buildAssociatedViewMenu()
 540   {
 541     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 542             .getSequenceSetId());
 543     if (aps.length == 1 && rc.av == aps[0].av)
 544     {
 545       associateViewsMenu.setVisible(false);
 546       return;
 547     }
 548
 549     associateViewsMenu.setVisible(true);
 550
 551     if ((viewMenu.getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 552     {
 553       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 554     }
 555
 556     associateViewsMenu.removeAll();
 557
 558     JRadioButtonMenuItem item;
 559     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 560     int i, iSize = aps.length;
 561     final PCAPanel thisPCAPanel = this;
 562     for (i = 0; i < iSize; i++)
 563     {
 564       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 565       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap.av == rc.av);
 566       buttonGroup.add(item);
 567       item.addActionListener(new ActionListener()
 568       {
 569         @Override
 570         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 571         {
 572           rc.applyToAllViews = false;
 573           rc.av = ap.av;
 574           rc.ap = ap;
 575           PaintRefresher.Register(thisPCAPanel, ap.av.getSequenceSetId());
 576         }
 577       });
 578
 579       associateViewsMenu.add(item);
 580     }
 581
 582     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem("All Views");
 583
 584     buttonGroup.add(itemf);
 585
 586     itemf.setSelected(rc.applyToAllViews);
 587     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 588     {
 589       @Override
 590       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 591       {
 592         rc.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 593       }
 594     });
 595     associateViewsMenu.add(itemf);
 596
 597   }
 598
 599   /*
 600    * (non-Javadoc)
 601    *
 602    * @see
 603    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 604    * )
 605    */
 606   @Override
 607   protected void outputPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 608   {
 609     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 610     try
 611     {
 612       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(false,
 613               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 614               zCombobox.getSelectedIndex()));
 615       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 616               "label.points_for_params", new String[] { this.getTitle() }),
 617               500, 500);
 618     } catch (OutOfMemoryError oom)
 619     {
 620       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 621       cap.dispose();
 622     }
 623   }
 624
 625   /*
 626    * (non-Javadoc)
 627    *
 628    * @see
 629    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 630    * .ActionEvent)
 631    */
 632   @Override
 633   protected void outputProjPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 634   {
 635     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 636     try
 637     {
 638       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(true,
 639               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 640               zCombobox.getSelectedIndex()));
 641       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 642               "label.transformed_points_for_params",
 643               new String[] { this.getTitle() }), 500, 500);
 644     } catch (OutOfMemoryError oom)
 645     {
 646       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 647       cap.dispose();
 648     }
 649   }
 650
 651   /*
 652    * (non-Javadoc)
 653    *
 654    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 655    */
 656   @Override
 657   public void setProgressBar(String message, long id)
 658   {
 659     progressBar.setProgressBar(message, id);
 660     // if (progressBars == null)
 661     // {
 662     // progressBars = new Hashtable();
 663     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 664     // }
 665     //
 666     // JPanel progressPanel;
 667     // Long lId = new Long(id);
 668     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 669     // if (progressBars.get(lId) != null)
 670     // {
 671     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 672     // statusPanel.remove(progressPanel);
 673     // progressBars.remove(lId);
 674     // progressPanel = null;
 675     // if (message != null)
 676     // {
 677     // statusBar.setText(message);
 678     // }
 679     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 680     // {
 681     // progressBarHandlers.remove(lId);
 682     // }
 683     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 684     // }
 685     // else
 686     // {
 687     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 688     //
 689     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 690     // progressBar.setIndeterminate(true);
 691     //
 692     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 693     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 694     //
 695     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 696     // statusPanel.add(progressPanel);
 697     //
 698     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 699     // }
 700     // // update GUI
 701     // // setMenusForViewport();
 702     // validate();
 703   }
 704
 705   @Override
 706   public void registerHandler(final long id,
 707           final IProgressIndicatorHandler handler)
 708   {
 709     progressBar.registerHandler(id, handler);
 710     // if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(new Long(id)))
 711     // {
 712     // throw new
 713     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 714     // }
 715     // progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
 716     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 717     // if (handler.canCancel())
 718     // {
 719     // JButton cancel = new JButton(
 720     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 721     // final IProgressIndicator us = this;
 722     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 723     // {
 724     //
 725     // @Override
 726     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 727     // {
 728     // handler.cancelActivity(id);
 729     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 730     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 731     // }
 732     // });
 733     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 734     // }
 735   }
 736
 737   /**
 738    *
 739    * @return true if any progress bars are still active
 740    */
 741   @Override
 742   public boolean operationInProgress()
 743   {
 744     return progressBar.operationInProgress();
 745   }
 746
 747   @Override
 748   protected void resetButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 749   {
 750     int t = top;
 751     top = 0; // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 752     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 753     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 754     top = t;
 755     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 756   }
 757 }