src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  24 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  25 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  26 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  27 import jalview.api.analysis.ViewBasedAnalysisI;
  28 import jalview.bin.Cache;
  29 import jalview.datamodel.Alignment;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  32 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  37 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  38
  39 import java.awt.BorderLayout;
  40 import java.awt.Color;
  41 import java.awt.Graphics;
  42 import java.awt.event.ActionEvent;
  43 import java.awt.event.ActionListener;
  44 import java.awt.print.PageFormat;
  45 import java.awt.print.Printable;
  46 import java.awt.print.PrinterException;
  47 import java.awt.print.PrinterJob;
  48
  49 import javax.swing.ButtonGroup;
  50 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  51 import javax.swing.JColorChooser;
  52 import javax.swing.JMenuItem;
  53 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  54 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  55 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  56
  57 /**
  58  * DOCUMENT ME!
  59  *
  60  * @author $author$
  61  * @version $Revision$
  62  */
  63 public class PCAPanel extends GPCAPanel implements Runnable,
  64         IProgressIndicator
  65 {
  66
  67   private IProgressIndicator progressBar;
  68
  69   RotatableCanvas rc;
  70
  71   AlignmentPanel ap;
  72
  73   AlignmentViewport av;
  74
  75   PCAModel pcaModel;
  76
  77   int top = 0;
  78
  79   /**
  80    * Creates a new PCAPanel object using default score model and parameters
  81    *
  82    * @param alignPanel
  83    */
  84   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel)
  85   {
  86     this(alignPanel, ScoreModels.getInstance().getDefaultModel(
  87             !alignPanel.av.getAlignment().isNucleotide()),
  88             SimilarityParams.SeqSpace);
  89   }
  90
  91   /**
  92    * Constructor given sequence data, a similarity (or distance) score model,
  93    * and score calculation parameters
  94    *
  95    * @param alignPanel
  96    * @param scoreModel
  97    * @param params
  98    */
  99   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel, ScoreModelI scoreModel,
 100           SimilarityParamsI params)
 101   {
 102     super();
 103     this.av = alignPanel.av;
 104     this.ap = alignPanel;
 105     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
 106
 107     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
 108
 109     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 110     {
 111       @Override
 112       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 113       {
 114         close_actionPerformed();
 115       }
 116     });
 117
 118     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
 119             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
 120     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
 121     SequenceI[] seqs;
 122     if (!selected)
 123     {
 124       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 125     }
 126     else
 127     {
 128       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 129     }
 130
 131     pcaModel = new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide, scoreModel,
 132             params);
 133     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 134
 135     rc = new RotatableCanvas(alignPanel);
 136     this.getContentPane().add(rc, BorderLayout.CENTER);
 137     Thread worker = new Thread(this);
 138     worker.start();
 139   }
 140
 141   /**
 142    * Ensure references to potentially very large objects (the PCA matrices) are
 143    * nulled when the frame is closed
 144    */
 145   protected void close_actionPerformed()
 146   {
 147     pcaModel = null;
 148   }
 149
 150   /**
 151    * Repopulate the options and actions under the score model menu when it is
 152    * selected. Options will depend on whether 'nucleotide' or 'peptide'
 153    * modelling is selected (and also possibly on whether any additional score
 154    * models have been added).
 155    */
 156   @Override
 157   protected void scoreModel_menuSelected()
 158   {
 159     scoreModelMenu.removeAll();
 160     for (final ScoreModelI sm : ScoreModels.getInstance().getModels())
 161     {
 162       final String name = sm.getName();
 163       JCheckBoxMenuItem jm = new JCheckBoxMenuItem(name);
 164
 165       /*
 166        * if the score model doesn't provide a description, try to look one
 167        * up in the text bundle, falling back on its name
 168        */
 169       String tooltip = sm.getDescription();
 170       if (tooltip == null)
 171       {
 172         tooltip = MessageManager.getStringOrReturn("label.score_model_",
 173                 name);
 174       }
 175       jm.setToolTipText(tooltip);
 176       jm.setSelected(pcaModel.getScoreModelName().equals(name));
 177       if ((pcaModel.isNucleotide() && sm.isDNA())
 178               || (!pcaModel.isNucleotide() && sm.isProtein()))
 179       {
 180         jm.addActionListener(new ActionListener()
 181         {
 182           @Override
 183           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 184           {
 185             if (!pcaModel.getScoreModelName().equals(name))
 186             {
 187               ScoreModelI sm2 = configureScoreModel(sm);
 188               pcaModel.setScoreModel(sm2);
 189               Thread worker = new Thread(PCAPanel.this);
 190               worker.start();
 191             }
 192           }
 193         });
 194         scoreModelMenu.add(jm);
 195       }
 196     }
 197   }
 198
 199   @Override
 200   public void bgcolour_actionPerformed(ActionEvent e)
 201   {
 202     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 203             MessageManager.getString("label.select_background_colour"),
 204             rc.bgColour);
 205
 206     if (col != null)
 207     {
 208       rc.bgColour = col;
 209     }
 210     rc.repaint();
 211   }
 212
 213   /**
 214    * DOCUMENT ME!
 215    */
 216   @Override
 217   public void run()
 218   {
 219     long progId = System.currentTimeMillis();
 220     IProgressIndicator progress = this;
 221     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 222     if (getParent() == null)
 223     {
 224       progress = ap.alignFrame;
 225       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 226     }
 227     progress.setProgressBar(message, progId);
 228     try
 229     {
 230       calcSettings.setEnabled(false);
 231       pcaModel.run();
 232       // ////////////////
 233       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 234       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 235       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 236
 237       pcaModel.updateRc(rc);
 238       // rc.invalidate();
 239       nuclSetting.setSelected(pcaModel.isNucleotide());
 240       protSetting.setSelected(!pcaModel.isNucleotide());
 241       top = pcaModel.getTop();
 242
 243     } catch (OutOfMemoryError er)
 244     {
 245       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 246       return;
 247     } finally
 248     {
 249       progress.setProgressBar("", progId);
 250     }
 251     calcSettings.setEnabled(true);
 252     repaint();
 253     if (getParent() == null)
 254     {
 255       addKeyListener(rc);
 256       Desktop.addInternalFrame(this, MessageManager
 257               .getString("label.principal_component_analysis"), 475, 450);
 258     }
 259   }
 260
 261   @Override
 262   protected void nuclSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 263   {
 264     if (!pcaModel.isNucleotide())
 265     {
 266       pcaModel.setNucleotide(true);
 267       pcaModel.setScoreModel(ScoreModels.getInstance().getDefaultModel(
 268               false));
 269       Thread worker = new Thread(this);
 270       worker.start();
 271     }
 272
 273   }
 274
 275   @Override
 276   protected void protSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 277   {
 278
 279     if (pcaModel.isNucleotide())
 280     {
 281       pcaModel.setNucleotide(false);
 282       pcaModel.setScoreModel(ScoreModels.getInstance()
 283               .getDefaultModel(true));
 284       Thread worker = new Thread(this);
 285       worker.start();
 286     }
 287   }
 288
 289   /**
 290    * DOCUMENT ME!
 291    */
 292   void doDimensionChange()
 293   {
 294     if (top == 0)
 295     {
 296       return;
 297     }
 298
 299     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();
 300     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();
 301     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();
 302     pcaModel.updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 303     rc.img = null;
 304     rc.rotmat.setIdentity();
 305     rc.initAxes();
 306     rc.paint(rc.getGraphics());
 307   }
 308
 309   /**
 310    * DOCUMENT ME!
 311    *
 312    * @param e
 313    *          DOCUMENT ME!
 314    */
 315   @Override
 316   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 317   {
 318     doDimensionChange();
 319   }
 320
 321   /**
 322    * DOCUMENT ME!
 323    *
 324    * @param e
 325    *          DOCUMENT ME!
 326    */
 327   @Override
 328   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 329   {
 330     doDimensionChange();
 331   }
 332
 333   /**
 334    * DOCUMENT ME!
 335    *
 336    * @param e
 337    *          DOCUMENT ME!
 338    */
 339   @Override
 340   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 341   {
 342     doDimensionChange();
 343   }
 344
 345   @Override
 346   public void outputValues_actionPerformed(ActionEvent e)
 347   {
 348     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 349     try
 350     {
 351       cap.setText(pcaModel.getDetails());
 352       Desktop.addInternalFrame(cap,
 353               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 354     } catch (OutOfMemoryError oom)
 355     {
 356       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 357       cap.dispose();
 358     }
 359   }
 360
 361   @Override
 362   public void showLabels_actionPerformed(ActionEvent e)
 363   {
 364     rc.showLabels(showLabels.getState());
 365   }
 366
 367   @Override
 368   public void print_actionPerformed(ActionEvent e)
 369   {
 370     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 371     printer.start();
 372   }
 373
 374   @Override
 375   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 376   {
 377     // this was cut'n'pasted from the equivalent TreePanel method - we should
 378     // make this an abstract function of all jalview analysis windows
 379     if (pcaModel.getSeqtrings() == null)
 380     {
 381       jalview.bin.Cache.log
 382               .info("Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 383       return;
 384     }
 385     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 386     // warrant a new window to be created
 387     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 388     // yields unaligned seqs)
 389     // or create a selection box around columns in alignment view
 390     // test Alignment(SeqCigar[])
 391     char gc = '-';
 392     try
 393     {
 394       // we try to get the associated view's gap character
 395       // but this may fail if the view was closed...
 396       gc = av.getGapCharacter();
 397     } catch (Exception ex)
 398     {
 399     }
 400     ;
 401     Object[] alAndColsel = pcaModel.getSeqtrings()
 402             .getAlignmentAndColumnSelection(gc);
 403
 404     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 405     {
 406       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 407
 408       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 409       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null) ? av
 410               .getAlignment().getDataset() : null;
 411       if (dataset != null)
 412       {
 413         al.setDataset(dataset);
 414       }
 415
 416       if (true)
 417       {
 418         // make a new frame!
 419         AlignFrame af = new AlignFrame(al,
 420                 (ColumnSelection) alAndColsel[1], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 421                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 422
 423         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 424         // found!!<<<
 425         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 426
 427         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 428         // msaorder);
 429
 430         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 431                 "label.original_data_for_params",
 432                 new String[] { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 433                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 434       }
 435     }
 436     /*
 437      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 438      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 439      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 440      * "\n"); }
 441      *
 442      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 443      */
 444   }
 445
 446   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 447   {
 448     @Override
 449     public void run()
 450     {
 451       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 452       PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());
 453
 454       printJob.setPrintable(this, pf);
 455
 456       if (printJob.printDialog())
 457       {
 458         try
 459         {
 460           printJob.print();
 461         } catch (Exception PrintException)
 462         {
 463           PrintException.printStackTrace();
 464         }
 465       }
 466     }
 467
 468     @Override
 469     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 470             throws PrinterException
 471     {
 472       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 473
 474       rc.drawBackground(pg, rc.bgColour);
 475       rc.drawScene(pg);
 476       if (rc.drawAxes == true)
 477       {
 478         rc.drawAxes(pg);
 479       }
 480
 481       if (pi == 0)
 482       {
 483         return Printable.PAGE_EXISTS;
 484       }
 485       else
 486       {
 487         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 488       }
 489     }
 490   }
 491
 492   /**
 493    * DOCUMENT ME!
 494    *
 495    * @param e
 496    *          DOCUMENT ME!
 497    */
 498   @Override
 499   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 500   {
 501     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS);
 502   }
 503
 504   /**
 505    * DOCUMENT ME!
 506    *
 507    * @param e
 508    *          DOCUMENT ME!
 509    */
 510   @Override
 511   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 512   {
 513     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG);
 514   }
 515
 516   void makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type)
 517   {
 518     int width = rc.getWidth();
 519     int height = rc.getHeight();
 520
 521     jalview.util.ImageMaker im;
 522
 523     if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
 524     {
 525       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 526               jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG, "Make PNG image from PCA",
 527               width, height, null, null, null, 0, false);
 528     }
 529     else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
 530     {
 531       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 532               jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS, "Make EPS file from PCA",
 533               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 534     }
 535     else
 536     {
 537       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 538               jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, "Make SVG file from PCA",
 539               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 540
 541     }
 542
 543     if (im.getGraphics() != null)
 544     {
 545       rc.drawBackground(im.getGraphics(), Color.black);
 546       rc.drawScene(im.getGraphics());
 547       if (rc.drawAxes == true)
 548       {
 549         rc.drawAxes(im.getGraphics());
 550       }
 551       im.writeImage();
 552     }
 553   }
 554
 555   @Override
 556   public void viewMenu_menuSelected()
 557   {
 558     buildAssociatedViewMenu();
 559   }
 560
 561   void buildAssociatedViewMenu()
 562   {
 563     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 564             .getSequenceSetId());
 565     if (aps.length == 1 && rc.av == aps[0].av)
 566     {
 567       associateViewsMenu.setVisible(false);
 568       return;
 569     }
 570
 571     associateViewsMenu.setVisible(true);
 572
 573     if ((viewMenu.getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 574     {
 575       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 576     }
 577
 578     associateViewsMenu.removeAll();
 579
 580     JRadioButtonMenuItem item;
 581     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 582     int i, iSize = aps.length;
 583     final PCAPanel thisPCAPanel = this;
 584     for (i = 0; i < iSize; i++)
 585     {
 586       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 587       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap.av == rc.av);
 588       buttonGroup.add(item);
 589       item.addActionListener(new ActionListener()
 590       {
 591         @Override
 592         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 593         {
 594           rc.applyToAllViews = false;
 595           rc.av = ap.av;
 596           rc.ap = ap;
 597           PaintRefresher.Register(thisPCAPanel, ap.av.getSequenceSetId());
 598         }
 599       });
 600
 601       associateViewsMenu.add(item);
 602     }
 603
 604     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem("All Views");
 605
 606     buttonGroup.add(itemf);
 607
 608     itemf.setSelected(rc.applyToAllViews);
 609     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 610     {
 611       @Override
 612       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 613       {
 614         rc.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 615       }
 616     });
 617     associateViewsMenu.add(itemf);
 618
 619   }
 620
 621   /*
 622    * (non-Javadoc)
 623    *
 624    * @see
 625    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 626    * )
 627    */
 628   @Override
 629   protected void outputPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 630   {
 631     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 632     try
 633     {
 634       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(false,
 635               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 636               zCombobox.getSelectedIndex()));
 637       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 638               "label.points_for_params", new String[] { this.getTitle() }),
 639               500, 500);
 640     } catch (OutOfMemoryError oom)
 641     {
 642       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 643       cap.dispose();
 644     }
 645   }
 646
 647   /*
 648    * (non-Javadoc)
 649    *
 650    * @see
 651    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 652    * .ActionEvent)
 653    */
 654   @Override
 655   protected void outputProjPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 656   {
 657     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 658     try
 659     {
 660       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(true,
 661               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 662               zCombobox.getSelectedIndex()));
 663       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 664               "label.transformed_points_for_params",
 665               new String[] { this.getTitle() }), 500, 500);
 666     } catch (OutOfMemoryError oom)
 667     {
 668       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 669       cap.dispose();
 670     }
 671   }
 672
 673   /*
 674    * (non-Javadoc)
 675    *
 676    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 677    */
 678   @Override
 679   public void setProgressBar(String message, long id)
 680   {
 681     progressBar.setProgressBar(message, id);
 682     // if (progressBars == null)
 683     // {
 684     // progressBars = new Hashtable();
 685     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 686     // }
 687     //
 688     // JPanel progressPanel;
 689     // Long lId = new Long(id);
 690     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 691     // if (progressBars.get(lId) != null)
 692     // {
 693     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 694     // statusPanel.remove(progressPanel);
 695     // progressBars.remove(lId);
 696     // progressPanel = null;
 697     // if (message != null)
 698     // {
 699     // statusBar.setText(message);
 700     // }
 701     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 702     // {
 703     // progressBarHandlers.remove(lId);
 704     // }
 705     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 706     // }
 707     // else
 708     // {
 709     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 710     //
 711     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 712     // progressBar.setIndeterminate(true);
 713     //
 714     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 715     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 716     //
 717     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 718     // statusPanel.add(progressPanel);
 719     //
 720     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 721     // }
 722     // // update GUI
 723     // // setMenusForViewport();
 724     // validate();
 725   }
 726
 727   @Override
 728   public void registerHandler(final long id,
 729           final IProgressIndicatorHandler handler)
 730   {
 731     progressBar.registerHandler(id, handler);
 732     // if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(new Long(id)))
 733     // {
 734     // throw new
 735     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 736     // }
 737     // progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
 738     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 739     // if (handler.canCancel())
 740     // {
 741     // JButton cancel = new JButton(
 742     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 743     // final IProgressIndicator us = this;
 744     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 745     // {
 746     //
 747     // @Override
 748     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 749     // {
 750     // handler.cancelActivity(id);
 751     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 752     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 753     // }
 754     // });
 755     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 756     // }
 757   }
 758
 759   /**
 760    *
 761    * @return true if any progress bars are still active
 762    */
 763   @Override
 764   public boolean operationInProgress()
 765   {
 766     return progressBar.operationInProgress();
 767   }
 768
 769   @Override
 770   protected void resetButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 771   {
 772     int t = top;
 773     top = 0; // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 774     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 775     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 776     top = t;
 777     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 778   }
 779
 780   /**
 781    * If the score model is one that requires to get state data from the current
 782    * view, allow it to do so
 783    *
 784    * @param sm
 785    * @return
 786    */
 787   protected ScoreModelI configureScoreModel(ScoreModelI sm)
 788   {
 789     if (sm instanceof ViewBasedAnalysisI)
 790     {
 791       try
 792       {
 793         sm = sm.getClass().newInstance();
 794         ((ViewBasedAnalysisI) sm).configureFromAlignmentView(ap);
 795       } catch (Exception q)
 796       {
 797         Cache.log.error("Couldn't create a scoremodel instance for "
 798                 + sm.getName());
 799       }
 800     }
 801     return sm;
 802   }
 803 }