src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.Alignment;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  26 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  27 import jalview.datamodel.SeqCigar;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  30 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  31 import jalview.util.MessageManager;
  32 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  33 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  34
  35 import java.awt.BorderLayout;
  36 import java.awt.Color;
  37 import java.awt.Dimension;
  38 import java.awt.Graphics;
  39 import java.awt.event.ActionEvent;
  40 import java.awt.event.ActionListener;
  41 import java.awt.print.PageFormat;
  42 import java.awt.print.Printable;
  43 import java.awt.print.PrinterException;
  44 import java.awt.print.PrinterJob;
  45
  46 import javax.swing.ButtonGroup;
  47 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  48 import javax.swing.JColorChooser;
  49 import javax.swing.JMenuItem;
  50 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  51 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  52 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  53
  54 /**
  55  * DOCUMENT ME!
  56  *
  57  * @author $author$
  58  * @version $Revision$
  59  */
  60 public class PCAPanel extends GPCAPanel implements Runnable,
  61         IProgressIndicator
  62 {
  63
  64   private IProgressIndicator progressBar;
  65
  66   RotatableCanvas rc;
  67
  68   AlignmentPanel ap;
  69
  70   AlignmentViewport av;
  71
  72   PCAModel pcaModel;
  73
  74   private static final int MIN_WIDTH = 470;
  75
  76   private static final int MIN_HEIGHT = 250;
  77
  78   int top = 0;
  79
  80   /**
  81    * Creates a new PCAPanel object.
  82    *
  83    * @param av
  84    *          DOCUMENT ME!
  85    * @param s
  86    *          DOCUMENT ME!
  87    */
  88   public PCAPanel(AlignmentPanel ap)
  89   {
  90     super();
  91     this.av = ap.av;
  92     this.ap = ap;
  93
  94     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
  95
  96     boolean sameLength = true;
  97     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
  98             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
  99     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
 100     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
 101     SequenceI[] seqs;
 102     if (!selected)
 103     {
 104       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 105     }
 106     else
 107     {
 108       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 109     }
 110     SeqCigar sq[] = seqstrings.getSequences();
 111     int length = sq[0].getWidth();
 112
 113     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 114     {
 115       if (sq[i].getWidth() != length)
 116       {
 117         sameLength = false;
 118         break;
 119       }
 120     }
 121
 122     if (!sameLength)
 123     {
 124       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
 125               MessageManager.getString("label.pca_sequences_not_aligned"),
 126               MessageManager.getString("label.sequences_not_aligned"),
 127               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 128
 129       return;
 130     }
 131
 132     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 133     {
 134       @Override
 135       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 136       {
 137         close_actionPerformed();
 138       }
 139     });
 140
 141     pcaModel = new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide);
 142     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 143
 144     rc = new RotatableCanvas(ap);
 145     this.getContentPane().add(rc, BorderLayout.CENTER);
 146     Thread worker = new Thread(this);
 147     worker.start();
 148   }
 149
 150   /**
 151    * Ensure references to potentially very large objects (the PCA matrices) are
 152    * nulled when the frame is closed
 153    */
 154   protected void close_actionPerformed()
 155   {
 156     pcaModel = null;
 157   }
 158
 159   @Override
 160   protected void scoreMatrix_menuSelected()
 161   {
 162     scoreMatrixMenu.removeAll();
 163     for (final String sm : ResidueProperties.scoreMatrices.keySet())
 164     {
 165       if (ResidueProperties.getScoreMatrix(sm) != null)
 166       {
 167         // create an entry for this score matrix for use in PCA
 168         JCheckBoxMenuItem jm = new JCheckBoxMenuItem();
 169         jm.setText(MessageManager.getStringOrReturn("label.score_model_",
 170                 sm));
 171         jm.setSelected(pcaModel.getScore_matrix().equals(sm));
 172         if ((ResidueProperties.scoreMatrices.get(sm).isDNA() && ResidueProperties.scoreMatrices
 173                 .get(sm).isProtein())
 174                 || pcaModel.isNucleotide() == ResidueProperties.scoreMatrices
 175                         .get(sm).isDNA())
 176         {
 177           final PCAPanel us = this;
 178           jm.addActionListener(new ActionListener()
 179           {
 180             @Override
 181             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 182             {
 183               if (!pcaModel.getScore_matrix().equals(sm))
 184               {
 185                 pcaModel.setScore_matrix(sm);
 186                 Thread worker = new Thread(us);
 187                 worker.start();
 188               }
 189             }
 190           });
 191           scoreMatrixMenu.add(jm);
 192         }
 193       }
 194     }
 195   }
 196
 197   @Override
 198   public void bgcolour_actionPerformed(ActionEvent e)
 199   {
 200     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 201             MessageManager.getString("label.select_background_colour"),
 202             rc.bgColour);
 203
 204     if (col != null)
 205     {
 206       rc.bgColour = col;
 207     }
 208     rc.repaint();
 209   }
 210
 211   /**
 212    * DOCUMENT ME!
 213    */
 214   @Override
 215   public void run()
 216   {
 217     long progId = System.currentTimeMillis();
 218     IProgressIndicator progress = this;
 219     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 220     if (getParent() == null)
 221     {
 222       progress = ap.alignFrame;
 223       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 224     }
 225     progress.setProgressBar(message, progId);
 226     try
 227     {
 228       calcSettings.setEnabled(false);
 229       pcaModel.run();
 230       // ////////////////
 231       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 232       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 233       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 234
 235       pcaModel.updateRc(rc);
 236       // rc.invalidate();
 237       nuclSetting.setSelected(pcaModel.isNucleotide());
 238       protSetting.setSelected(!pcaModel.isNucleotide());
 239       jvVersionSetting.setSelected(pcaModel.isJvCalcMode());
 240       top = pcaModel.getTop();
 241
 242     } catch (OutOfMemoryError er)
 243     {
 244       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 245       return;
 246     } finally
 247     {
 248       progress.setProgressBar("", progId);
 249     }
 250     calcSettings.setEnabled(true);
 251     repaint();
 252     if (getParent() == null)
 253     {
 254       addKeyListener(rc);
 255       Desktop.addInternalFrame(this, MessageManager
 256               .getString("label.principal_component_analysis"), 475, 450);
 257       this.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 258     }
 259   }
 260
 261   @Override
 262   protected void nuclSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 263   {
 264     if (!pcaModel.isNucleotide())
 265     {
 266       pcaModel.setNucleotide(true);
 267       pcaModel.setScore_matrix("DNA");
 268       Thread worker = new Thread(this);
 269       worker.start();
 270     }
 271
 272   }
 273
 274   @Override
 275   protected void protSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 276   {
 277
 278     if (pcaModel.isNucleotide())
 279     {
 280       pcaModel.setNucleotide(false);
 281       pcaModel.setScore_matrix("BLOSUM62");
 282       Thread worker = new Thread(this);
 283       worker.start();
 284     }
 285   }
 286
 287   @Override
 288   protected void jvVersionSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 289   {
 290     pcaModel.setJvCalcMode(jvVersionSetting.isSelected());
 291     Thread worker = new Thread(this);
 292     worker.start();
 293   }
 294
 295   /**
 296    * DOCUMENT ME!
 297    */
 298   void doDimensionChange()
 299   {
 300     if (top == 0)
 301     {
 302       return;
 303     }
 304
 305     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();
 306     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();
 307     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();
 308     pcaModel.updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 309     rc.img = null;
 310     rc.rotmat.setIdentity();
 311     rc.initAxes();
 312     rc.paint(rc.getGraphics());
 313   }
 314
 315   /**
 316    * DOCUMENT ME!
 317    *
 318    * @param e
 319    *          DOCUMENT ME!
 320    */
 321   @Override
 322   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 323   {
 324     doDimensionChange();
 325   }
 326
 327   /**
 328    * DOCUMENT ME!
 329    *
 330    * @param e
 331    *          DOCUMENT ME!
 332    */
 333   @Override
 334   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 335   {
 336     doDimensionChange();
 337   }
 338
 339   /**
 340    * DOCUMENT ME!
 341    *
 342    * @param e
 343    *          DOCUMENT ME!
 344    */
 345   @Override
 346   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 347   {
 348     doDimensionChange();
 349   }
 350
 351   @Override
 352   public void outputValues_actionPerformed(ActionEvent e)
 353   {
 354     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 355     try
 356     {
 357       cap.setText(pcaModel.getDetails());
 358       Desktop.addInternalFrame(cap,
 359               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 360     } catch (OutOfMemoryError oom)
 361     {
 362       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 363       cap.dispose();
 364     }
 365   }
 366
 367   @Override
 368   public void showLabels_actionPerformed(ActionEvent e)
 369   {
 370     rc.showLabels(showLabels.getState());
 371   }
 372
 373   @Override
 374   public void print_actionPerformed(ActionEvent e)
 375   {
 376     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 377     printer.start();
 378   }
 379
 380   @Override
 381   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 382   {
 383     // this was cut'n'pasted from the equivalent TreePanel method - we should
 384     // make this an abstract function of all jalview analysis windows
 385     if (pcaModel.getSeqtrings() == null)
 386     {
 387       jalview.bin.Cache.log
 388               .info("Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 389       return;
 390     }
 391     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 392     // warrant a new window to be created
 393     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 394     // yields unaligned seqs)
 395     // or create a selection box around columns in alignment view
 396     // test Alignment(SeqCigar[])
 397     char gc = '-';
 398     try
 399     {
 400       // we try to get the associated view's gap character
 401       // but this may fail if the view was closed...
 402       gc = av.getGapCharacter();
 403     } catch (Exception ex)
 404     {
 405     }
 406     ;
 407     Object[] alAndColsel = pcaModel.getSeqtrings()
 408             .getAlignmentAndColumnSelection(gc);
 409
 410     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 411     {
 412       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 413
 414       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 415       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null) ? av
 416               .getAlignment().getDataset() : null;
 417       if (dataset != null)
 418       {
 419         al.setDataset(dataset);
 420       }
 421
 422       if (true)
 423       {
 424         // make a new frame!
 425         AlignFrame af = new AlignFrame(al,
 426                 (ColumnSelection) alAndColsel[1], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 427                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 428
 429         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 430         // found!!<<<
 431         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 432
 433         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 434         // msaorder);
 435
 436         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 437                 "label.original_data_for_params",
 438                 new String[] { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 439                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 440       }
 441     }
 442     /*
 443      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 444      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 445      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 446      * "\n"); }
 447      *
 448      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 449      */
 450   }
 451
 452   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 453   {
 454     @Override
 455     public void run()
 456     {
 457       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 458       PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());
 459
 460       printJob.setPrintable(this, pf);
 461
 462       if (printJob.printDialog())
 463       {
 464         try
 465         {
 466           printJob.print();
 467         } catch (Exception PrintException)
 468         {
 469           PrintException.printStackTrace();
 470         }
 471       }
 472     }
 473
 474     @Override
 475     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 476             throws PrinterException
 477     {
 478       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 479
 480       rc.drawBackground(pg, rc.bgColour);
 481       rc.drawScene(pg);
 482       if (rc.drawAxes == true)
 483       {
 484         rc.drawAxes(pg);
 485       }
 486
 487       if (pi == 0)
 488       {
 489         return Printable.PAGE_EXISTS;
 490       }
 491       else
 492       {
 493         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 494       }
 495     }
 496   }
 497
 498   /**
 499    * DOCUMENT ME!
 500    *
 501    * @param e
 502    *          DOCUMENT ME!
 503    */
 504   @Override
 505   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 506   {
 507     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS);
 508   }
 509
 510   /**
 511    * DOCUMENT ME!
 512    *
 513    * @param e
 514    *          DOCUMENT ME!
 515    */
 516   @Override
 517   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 518   {
 519     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG);
 520   }
 521
 522   void makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type)
 523   {
 524     int width = rc.getWidth();
 525     int height = rc.getHeight();
 526
 527     jalview.util.ImageMaker im;
 528
 529     if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
 530     {
 531       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 532               jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG, "Make PNG image from PCA",
 533               width, height, null, null, null, 0, false);
 534     }
 535     else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
 536     {
 537       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 538               jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS, "Make EPS file from PCA",
 539               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 540     }
 541     else
 542     {
 543       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 544               jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, "Make SVG file from PCA",
 545               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 546
 547     }
 548
 549     if (im.getGraphics() != null)
 550     {
 551       rc.drawBackground(im.getGraphics(), Color.black);
 552       rc.drawScene(im.getGraphics());
 553       if (rc.drawAxes == true)
 554       {
 555         rc.drawAxes(im.getGraphics());
 556       }
 557       im.writeImage();
 558     }
 559   }
 560
 561   @Override
 562   public void viewMenu_menuSelected()
 563   {
 564     buildAssociatedViewMenu();
 565   }
 566
 567   void buildAssociatedViewMenu()
 568   {
 569     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 570             .getSequenceSetId());
 571     if (aps.length == 1 && rc.av == aps[0].av)
 572     {
 573       associateViewsMenu.setVisible(false);
 574       return;
 575     }
 576
 577     associateViewsMenu.setVisible(true);
 578
 579     if ((viewMenu.getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 580     {
 581       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 582     }
 583
 584     associateViewsMenu.removeAll();
 585
 586     JRadioButtonMenuItem item;
 587     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 588     int i, iSize = aps.length;
 589     final PCAPanel thisPCAPanel = this;
 590     for (i = 0; i < iSize; i++)
 591     {
 592       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 593       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap.av == rc.av);
 594       buttonGroup.add(item);
 595       item.addActionListener(new ActionListener()
 596       {
 597         @Override
 598         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 599         {
 600           rc.applyToAllViews = false;
 601           rc.av = ap.av;
 602           rc.ap = ap;
 603           PaintRefresher.Register(thisPCAPanel, ap.av.getSequenceSetId());
 604         }
 605       });
 606
 607       associateViewsMenu.add(item);
 608     }
 609
 610     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem("All Views");
 611
 612     buttonGroup.add(itemf);
 613
 614     itemf.setSelected(rc.applyToAllViews);
 615     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 616     {
 617       @Override
 618       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 619       {
 620         rc.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 621       }
 622     });
 623     associateViewsMenu.add(itemf);
 624
 625   }
 626
 627   /*
 628    * (non-Javadoc)
 629    *
 630    * @see
 631    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 632    * )
 633    */
 634   @Override
 635   protected void outputPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 636   {
 637     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 638     try
 639     {
 640       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(false,
 641               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 642               zCombobox.getSelectedIndex()));
 643       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 644               "label.points_for_params", new String[] { this.getTitle() }),
 645               500, 500);
 646     } catch (OutOfMemoryError oom)
 647     {
 648       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 649       cap.dispose();
 650     }
 651   }
 652
 653   /*
 654    * (non-Javadoc)
 655    *
 656    * @see
 657    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 658    * .ActionEvent)
 659    */
 660   @Override
 661   protected void outputProjPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 662   {
 663     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 664     try
 665     {
 666       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(true,
 667               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 668               zCombobox.getSelectedIndex()));
 669       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 670               "label.transformed_points_for_params",
 671               new String[] { this.getTitle() }), 500, 500);
 672     } catch (OutOfMemoryError oom)
 673     {
 674       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 675       cap.dispose();
 676     }
 677   }
 678
 679   /*
 680    * (non-Javadoc)
 681    *
 682    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 683    */
 684   @Override
 685   public void setProgressBar(String message, long id)
 686   {
 687     progressBar.setProgressBar(message, id);
 688     // if (progressBars == null)
 689     // {
 690     // progressBars = new Hashtable();
 691     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 692     // }
 693     //
 694     // JPanel progressPanel;
 695     // Long lId = new Long(id);
 696     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 697     // if (progressBars.get(lId) != null)
 698     // {
 699     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 700     // statusPanel.remove(progressPanel);
 701     // progressBars.remove(lId);
 702     // progressPanel = null;
 703     // if (message != null)
 704     // {
 705     // statusBar.setText(message);
 706     // }
 707     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 708     // {
 709     // progressBarHandlers.remove(lId);
 710     // }
 711     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 712     // }
 713     // else
 714     // {
 715     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 716     //
 717     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 718     // progressBar.setIndeterminate(true);
 719     //
 720     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 721     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 722     //
 723     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 724     // statusPanel.add(progressPanel);
 725     //
 726     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 727     // }
 728     // // update GUI
 729     // // setMenusForViewport();
 730     // validate();
 731   }
 732
 733   @Override
 734   public void registerHandler(final long id,
 735           final IProgressIndicatorHandler handler)
 736   {
 737     progressBar.registerHandler(id, handler);
 738     // if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(new Long(id)))
 739     // {
 740     // throw new
 741     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 742     // }
 743     // progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
 744     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 745     // if (handler.canCancel())
 746     // {
 747     // JButton cancel = new JButton(
 748     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 749     // final IProgressIndicator us = this;
 750     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 751     // {
 752     //
 753     // @Override
 754     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 755     // {
 756     // handler.cancelActivity(id);
 757     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 758     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 759     // }
 760     // });
 761     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 762     // }
 763   }
 764
 765   /**
 766    *
 767    * @return true if any progress bars are still active
 768    */
 769   @Override
 770   public boolean operationInProgress()
 771   {
 772     return progressBar.operationInProgress();
 773   }
 774
 775   @Override
 776   protected void resetButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 777   {
 778     int t = top;
 779     top = 0; // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 780     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 781     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 782     top = t;
 783     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 784   }
 785 }