src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.jbgui.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 \r
  30 import java.util.*;\r
  31 import javax.swing.*;\r
  32 import java.io.FileOutputStream;\r
  33 import org.jibble.epsgraphics.EpsGraphics2D;\r
  34 import javax.imageio.ImageIO;\r
  35 import java.awt.image.BufferedImage;\r
  36 import java.awt.print.*;\r
  37 \r
  38 \r
  39 /**\r
  40  * DOCUMENT ME!\r
  41  *\r
  42  * @author $author$\r
  43  * @version $Revision$\r
  44  */\r
  45 public class PCAPanel extends GPCAPanel implements Runnable\r
  46 {\r
  47     PCA pca;\r
  48     int top;\r
  49     RotatableCanvas rc;\r
  50     AlignViewport av;\r
  51     SequenceI [] seqs;\r
  52 \r
  53     /**\r
  54      * Creates a new PCAPanel object.\r
  55      *\r
  56      * @param av DOCUMENT ME!\r
  57      * @param s DOCUMENT ME!\r
  58      */\r
  59     public PCAPanel(AlignViewport av)\r
  60     {\r
  61         this.av = av;\r
  62 \r
  63         boolean sameLength = true;\r
  64 \r
  65         if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
  66                 (av.getSelectionGroup().getSize() > 3))\r
  67         {\r
  68             seqs = new Sequence[av.getSelectionGroup().getSize()];\r
  69             int length = av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0).getLength();\r
  70             for (int i = 0; i < av.getSelectionGroup().getSize(); i++)\r
  71             {\r
  72                 seqs[i] = av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i);\r
  73                 if(seqs[i].getLength()!=length)\r
  74                 {\r
  75                   sameLength = false;\r
  76                   break;\r
  77                 }\r
  78             }\r
  79         }\r
  80         else\r
  81         {\r
  82             seqs = new Sequence[av.getAlignment().getHeight()];\r
  83             int length = av.alignment.getSequenceAt(0).getLength();\r
  84 \r
  85             for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
  86             {\r
  87                 seqs[i] = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
  88                 if(seqs[i].getLength()!=length)\r
  89                {\r
  90                  sameLength = false;\r
  91                  break;\r
  92                }\r
  93 \r
  94             }\r
  95         }\r
  96 \r
  97         if (!sameLength)\r
  98         {\r
  99           JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 100                                         "The sequences must be aligned before calculating PCA.\n" +\r
 101                                         "Try using the Pad function in the edit menu,\n" +\r
 102                                         "or one of the multiple sequence alignment web services.",\r
 103                                         "Sequences not aligned",\r
 104                                         JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 105 \r
 106           return;\r
 107         }\r
 108 \r
 109 \r
 110         Desktop.addInternalFrame(this, "Principal component analysis",\r
 111                                400, 400);\r
 112 \r
 113 \r
 114         rc = new RotatableCanvas(av);\r
 115         this.getContentPane().add(rc, BorderLayout.CENTER);\r
 116         Thread worker = new Thread(this);\r
 117         worker.start();\r
 118     }\r
 119 \r
 120     public void bgcolour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 121     {\r
 122       Color col = JColorChooser.showDialog(this, "Select Background Colour",\r
 123                 rc.bgColour);\r
 124 \r
 125       if(col!=null)\r
 126         rc.bgColour = col;\r
 127       rc.repaint();\r
 128     }\r
 129 \r
 130 \r
 131 \r
 132 \r
 133     /**\r
 134      * DOCUMENT ME!\r
 135      */\r
 136     public void run()\r
 137     {\r
 138       try{\r
 139         pca = new PCA(seqs);\r
 140         pca.run();\r
 141 \r
 142         // Now find the component coordinates\r
 143         int ii = 0;\r
 144 \r
 145         while ( (ii < seqs.length) && (seqs[ii] != null))\r
 146         {\r
 147           ii++;\r
 148         }\r
 149 \r
 150         double[][] comps = new double[ii][ii];\r
 151 \r
 152         for (int i = 0; i < ii; i++)\r
 153         {\r
 154           if (pca.getEigenvalue(i) > 1e-4)\r
 155           {\r
 156             comps[i] = pca.component(i);\r
 157           }\r
 158         }\r
 159 \r
 160         //////////////////\r
 161         xCombobox.setSelectedIndex(0);\r
 162         yCombobox.setSelectedIndex(1);\r
 163         zCombobox.setSelectedIndex(2);\r
 164 \r
 165         top = pca.getM().rows - 1;\r
 166 \r
 167         Vector points = new Vector();\r
 168         float[][] scores = pca.getComponents(top - 1, top - 2, top - 3, 100);\r
 169 \r
 170         for (int i = 0; i < pca.getM().rows; i++)\r
 171         {\r
 172           SequencePoint sp = new SequencePoint(seqs[i], scores[i]);\r
 173           points.addElement(sp);\r
 174         }\r
 175 \r
 176         rc.setPoints(points, pca.getM().rows);\r
 177         rc.repaint();\r
 178         seqs = null;\r
 179       }\r
 180      catch(OutOfMemoryError er)\r
 181       { JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 182                                               "Out of memory calculating PCA!!"\r
 183                                               +\r
 184                                               "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 185                                               , "Out of memory",\r
 186                                               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 187         System.out.println("PCAPanel: "+er);\r
 188         System.gc();\r
 189 \r
 190       }\r
 191 \r
 192     }\r
 193 \r
 194     /**\r
 195      * DOCUMENT ME!\r
 196      */\r
 197     void doDimensionChange()\r
 198     {\r
 199         if (top == 0)\r
 200         {\r
 201             return;\r
 202         }\r
 203 \r
 204         int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();\r
 205         int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();\r
 206         int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();\r
 207 \r
 208         float[][] scores = pca.getComponents(dim1, dim2, dim3, 100);\r
 209 \r
 210         for (int i = 0; i < pca.getM().rows; i++)\r
 211         {\r
 212             ((SequencePoint) rc.points.elementAt(i)).coord = scores[i];\r
 213         }\r
 214 \r
 215         rc.img = null;\r
 216         rc.rotmat.setIdentity();\r
 217         rc.initAxes();\r
 218         rc.paint(rc.getGraphics());\r
 219     }\r
 220 \r
 221     /**\r
 222      * DOCUMENT ME!\r
 223      *\r
 224      * @param e DOCUMENT ME!\r
 225      */\r
 226     protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 227     {\r
 228         doDimensionChange();\r
 229     }\r
 230 \r
 231     /**\r
 232      * DOCUMENT ME!\r
 233      *\r
 234      * @param e DOCUMENT ME!\r
 235      */\r
 236     protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 237     {\r
 238         doDimensionChange();\r
 239     }\r
 240 \r
 241     /**\r
 242      * DOCUMENT ME!\r
 243      *\r
 244      * @param e DOCUMENT ME!\r
 245      */\r
 246     protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 247     {\r
 248         doDimensionChange();\r
 249     }\r
 250 \r
 251 \r
 252     public void outputValues_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 253     {\r
 254       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 255       Desktop.addInternalFrame(cap, "PCA details", 500,\r
 256                 500);\r
 257 \r
 258       cap.setText(pca.getDetails());\r
 259      }\r
 260 \r
 261     public void showLabels_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 262     {\r
 263       rc.showLabels(showLabels.getState());\r
 264     }\r
 265 \r
 266     public void print_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 267     {\r
 268       PCAPrinter printer = new PCAPrinter();\r
 269       printer.start();\r
 270     }\r
 271 \r
 272 \r
 273     class PCAPrinter extends Thread implements Printable\r
 274     {\r
 275       public void run()\r
 276       {\r
 277         PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();\r
 278         PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());\r
 279 \r
 280         printJob.setPrintable(this, pf);\r
 281 \r
 282         if (printJob.printDialog())\r
 283         {\r
 284           try\r
 285           {\r
 286             printJob.print();\r
 287           }\r
 288           catch (Exception PrintException)\r
 289           {\r
 290             PrintException.printStackTrace();\r
 291           }\r
 292         }\r
 293       }\r
 294 \r
 295       public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 296           throws PrinterException\r
 297       {\r
 298         pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 299 \r
 300         rc.drawBackground(pg, rc.bgColour);\r
 301         rc.drawScene(pg);\r
 302         if (rc.drawAxes == true)\r
 303         {\r
 304           rc.drawAxes(pg);\r
 305         }\r
 306 \r
 307         if (pi == 0)\r
 308           return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 309         else\r
 310           return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 311       }\r
 312     }\r
 313 \r
 314 \r
 315 \r
 316 \r
 317     /**\r
 318      * DOCUMENT ME!\r
 319      *\r
 320      * @param e DOCUMENT ME!\r
 321      */\r
 322     public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 323     {\r
 324       boolean accurateText = true;\r
 325 \r
 326       String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",\r
 327           "Prompt each time");\r
 328 \r
 329   // If we need to prompt, and if the GUI is visible then\r
 330   // Prompt for EPS rendering style\r
 331       if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")\r
 332           && !\r
 333           (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 334            && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true")))\r
 335       {\r
 336         EPSOptions eps = new EPSOptions();\r
 337         renderStyle = eps.getValue();\r
 338 \r
 339         if (renderStyle == null || eps.cancelled)\r
 340           return;\r
 341 \r
 342       }\r
 343 \r
 344       if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))\r
 345       {\r
 346         accurateText = false;\r
 347       }\r
 348 \r
 349       int width = rc.getWidth();\r
 350       int height = rc.getHeight();\r
 351 \r
 352       try\r
 353       {\r
 354         jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(\r
 355             jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 356                 "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 357             {"eps"},\r
 358             new String[]\r
 359             {"Encapsulated Postscript"},\r
 360             "Encapsulated Postscript");\r
 361         chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 362         chooser.setDialogTitle("Create EPS file from PCA");\r
 363         chooser.setToolTipText("Save");\r
 364 \r
 365         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 366 \r
 367         if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 368         {\r
 369           return;\r
 370         }\r
 371 \r
 372         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 373                                       chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 374 \r
 375         FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 376         EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("PCA", out, 0, 0, width,\r
 377                                              height);\r
 378 \r
 379         pg.setAccurateTextMode(accurateText);\r
 380 \r
 381         rc.drawBackground(pg, rc.bgColour);\r
 382         rc.drawScene(pg);\r
 383 \r
 384         if (rc.drawAxes == true)\r
 385         {\r
 386           rc.drawAxes(pg);\r
 387         }\r
 388 \r
 389 \r
 390         pg.flush();\r
 391         pg.close();\r
 392       }\r
 393       catch (Exception ex)\r
 394       {\r
 395         ex.printStackTrace();\r
 396       }\r
 397     }\r
 398 \r
 399     /**\r
 400      * DOCUMENT ME!\r
 401      *\r
 402      * @param e DOCUMENT ME!\r
 403      */\r
 404     public void png_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 405     {\r
 406       int width = rc.getWidth();\r
 407       int height = rc.getHeight();\r
 408 \r
 409       try\r
 410       {\r
 411         jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(\r
 412             jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 413                 "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 414             {"png"},\r
 415             new String[]\r
 416             {"Portable network graphics"},\r
 417             "Portable network graphics");\r
 418 \r
 419         chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 420         chooser.setDialogTitle("Create PNG image from PCA");\r
 421         chooser.setToolTipText("Save");\r
 422 \r
 423         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 424 \r
 425         if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 426         {\r
 427           return;\r
 428         }\r
 429 \r
 430         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 431                                       chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 432 \r
 433         FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 434 \r
 435         BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
 436                                              BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 437         Graphics big = bi.getGraphics();\r
 438 \r
 439         big.drawImage(rc.img,0,0,this);\r
 440 \r
 441         ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 442         out.close();\r
 443       }\r
 444       catch (Exception ex)\r
 445       {\r
 446         ex.printStackTrace();\r
 447       }\r
 448     }\r
 449 \r
 450   }\r