src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  24 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  25 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  26 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  27 import jalview.datamodel.Alignment;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  30 import jalview.datamodel.Annotation;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  34 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  37 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  38
  39 import java.awt.BorderLayout;
  40 import java.awt.Color;
  41 import java.awt.Dimension;
  42 import java.awt.Graphics;
  43 import java.awt.event.ActionEvent;
  44 import java.awt.event.ActionListener;
  45 import java.awt.print.PageFormat;
  46 import java.awt.print.Printable;
  47 import java.awt.print.PrinterException;
  48 import java.awt.print.PrinterJob;
  49
  50 import javax.swing.ButtonGroup;
  51 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  52 import javax.swing.JColorChooser;
  53 import javax.swing.JDialog;
  54 import javax.swing.JMenuItem;
  55 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  56 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  57 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  58
  59 /**
  60  * DOCUMENT ME!
  61  *
  62  * @author $author$
  63  * @version $Revision$
  64  */
  65 public class PCAPanel extends GPCAPanel
  66         implements Runnable, IProgressIndicator
  67 {
  68
  69   private IProgressIndicator progressBar;
  70
  71   RotatableCanvas rc;
  72
  73   AlignmentPanel ap;
  74
  75   AlignmentViewport av;
  76
  77   PCAModel pcaModel;
  78
  79   private static final int MIN_WIDTH = 470;
  80
  81   private static final int MIN_HEIGHT = 250;
  82
  83   int top = 0;
  84
  85   private boolean working;
  86
  87   /**
  88    * Creates a new PCAPanel object using default score model and parameters
  89    *
  90    * @param alignPanel
  91    */
  92   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel)
  93   {
  94     this(alignPanel,
  95             ScoreModels.getInstance()
  96                     .getDefaultModel(
  97                             !alignPanel.av.getAlignment().isNucleotide())
  98                     .getName(),
  99             SimilarityParams.SeqSpace);
 100   }
 101
 102   /**
 103    * Constructor given sequence data, a similarity (or distance) score model
 104    * name, and score calculation parameters
 105    *
 106    * @param alignPanel
 107    * @param modelName
 108    * @param params
 109    */
 110   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel, String modelName,
 111           SimilarityParamsI params)
 112   {
 113     super();
 114     this.av = alignPanel.av;
 115     this.ap = alignPanel;
 116     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
 117
 118     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
 119
 120     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 121     {
 122       @Override
 123       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 124       {
 125         close_actionPerformed();
 126       }
 127     });
 128
 129     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
 130             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
 131     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
 132     SequenceI[] seqs;
 133     if (!selected)
 134     {
 135       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 136     }
 137     else
 138     {
 139       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 140     }
 141
 142     ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance()
 143             .getScoreModel(modelName, ap);
 144     pcaModel = new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide, scoreModel,
 145             params);
 146     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 147
 148     rc = new RotatableCanvas(alignPanel);
 149     this.getContentPane().add(rc, BorderLayout.CENTER);
 150     Thread worker = new Thread(this);
 151     worker.start();
 152   }
 153
 154   /**
 155    * Ensure references to potentially very large objects (the PCA matrices) are
 156    * nulled when the frame is closed
 157    */
 158   protected void close_actionPerformed()
 159   {
 160     pcaModel = null;
 161   }
 162
 163   /**
 164    * Repopulate the options and actions under the score model menu when it is
 165    * selected. Options will depend on whether 'nucleotide' or 'peptide'
 166    * modelling is selected (and also possibly on whether any additional score
 167    * models have been added).
 168    */
 169   @Override
 170   protected void scoreModel_menuSelected()
 171   {
 172     scoreModelMenu.removeAll();
 173     for (final ScoreModelI sm : ScoreModels.getInstance().getModels())
 174     {
 175       final String name = sm.getName();
 176       JCheckBoxMenuItem jm = new JCheckBoxMenuItem(name);
 177
 178       /*
 179        * if the score model doesn't provide a description, try to look one
 180        * up in the text bundle, falling back on its name
 181        */
 182       String tooltip = sm.getDescription();
 183       if (tooltip == null)
 184       {
 185         tooltip = MessageManager.getStringOrReturn("label.score_model_",
 186                 name);
 187       }
 188       jm.setToolTipText(tooltip);
 189       jm.setSelected(pcaModel.getScoreModelName().equals(name));
 190       if ((pcaModel.isNucleotide() && sm.isDNA())
 191               || (!pcaModel.isNucleotide() && sm.isProtein()))
 192       {
 193         jm.addActionListener(new ActionListener()
 194         {
 195           @Override
 196           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 197           {
 198             if (!pcaModel.getScoreModelName().equals(name))
 199             {
 200               ScoreModelI sm2 = ScoreModels.getInstance()
 201                       .getScoreModel(name, ap);
 202               pcaModel.setScoreModel(sm2);
 203               Thread worker = new Thread(PCAPanel.this);
 204               worker.start();
 205             }
 206           }
 207         });
 208         scoreModelMenu.add(jm);
 209       }
 210     }
 211   }
 212
 213   @Override
 214   public void bgcolour_actionPerformed(ActionEvent e)
 215   {
 216     String ttl = MessageManager.getString("label.select_background_colour");
 217     ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
 218     {
 219       @Override
 220       public void colourSelected(Color c)
 221       {
 222         rc.bgColour = c;
 223         rc.repaint();
 224       }
 225     };
 226     JalviewColourChooser.showColourChooser(this, ttl, rc.bgColour,
 227             listener);
 228   }
 229
 230   /**
 231    * DOCUMENT ME!
 232    */
 233   @Override
 234   public void run()
 235   {
 236     long progId = System.currentTimeMillis();
 237     IProgressIndicator progress = this;
 238     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 239     if (getParent() == null)
 240     {
 241       progress = ap.alignFrame;
 242       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 243     }
 244     progress.setProgressBar(message, progId);
 245     working = true;
 246     try
 247     {
 248       calcSettings.setEnabled(false);
 249       pcaModel.run();
 250       // ////////////////
 251       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 252       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 253       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 254
 255       pcaModel.updateRc(rc);
 256       // rc.invalidate();
 257       nuclSetting.setSelected(pcaModel.isNucleotide());
 258       protSetting.setSelected(!pcaModel.isNucleotide());
 259       top = pcaModel.getTop();
 260
 261     } catch (OutOfMemoryError er)
 262     {
 263       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 264       working = false;
 265       return;
 266     } finally
 267     {
 268       progress.setProgressBar("", progId);
 269     }
 270     calcSettings.setEnabled(true);
 271     repaint();
 272     if (getParent() == null)
 273     {
 274       addKeyListener(rc);
 275       Desktop.addInternalFrame(this, MessageManager
 276               .getString("label.principal_component_analysis"), 475, 450);
 277       this.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 278     }
 279     working = false;
 280   }
 281
 282   @Override
 283   protected void nuclSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 284   {
 285     if (!pcaModel.isNucleotide())
 286     {
 287       pcaModel.setNucleotide(true);
 288       pcaModel.setScoreModel(
 289               ScoreModels.getInstance().getDefaultModel(false));
 290       Thread worker = new Thread(this);
 291       worker.start();
 292     }
 293
 294   }
 295
 296   @Override
 297   protected void protSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 298   {
 299
 300     if (pcaModel.isNucleotide())
 301     {
 302       pcaModel.setNucleotide(false);
 303       pcaModel.setScoreModel(
 304               ScoreModels.getInstance().getDefaultModel(true));
 305       Thread worker = new Thread(this);
 306       worker.start();
 307     }
 308   }
 309
 310   /**
 311    * DOCUMENT ME!
 312    */
 313   void doDimensionChange()
 314   {
 315     if (top == 0)
 316     {
 317       return;
 318     }
 319
 320     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();
 321     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();
 322     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();
 323     pcaModel.updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 324     rc.img = null;
 325     rc.rotmat.setIdentity();
 326     rc.initAxes();
 327     rc.paint(rc.getGraphics());
 328   }
 329
 330   /**
 331    * DOCUMENT ME!
 332    *
 333    * @param e
 334    *          DOCUMENT ME!
 335    */
 336   @Override
 337   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 338   {
 339     doDimensionChange();
 340   }
 341
 342   /**
 343    * DOCUMENT ME!
 344    *
 345    * @param e
 346    *          DOCUMENT ME!
 347    */
 348   @Override
 349   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 350   {
 351     doDimensionChange();
 352   }
 353
 354   /**
 355    * DOCUMENT ME!
 356    *
 357    * @param e
 358    *          DOCUMENT ME!
 359    */
 360   @Override
 361   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 362   {
 363     doDimensionChange();
 364   }
 365
 366   @Override
 367   public void outputValues_actionPerformed(ActionEvent e)
 368   {
 369     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 370     try
 371     {
 372       cap.setText(pcaModel.getDetails());
 373       Desktop.addInternalFrame(cap,
 374               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 375     } catch (OutOfMemoryError oom)
 376     {
 377       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 378       cap.dispose();
 379     }
 380   }
 381
 382   @Override
 383   public void showLabels_actionPerformed(ActionEvent e)
 384   {
 385     rc.showLabels(showLabels.getState());
 386   }
 387
 388   @Override
 389   public void print_actionPerformed(ActionEvent e)
 390   {
 391     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 392     printer.start();
 393   }
 394
 395   @Override
 396   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 397   {
 398     // this was cut'n'pasted from the equivalent TreePanel method - we should
 399     // make this an abstract function of all jalview analysis windows
 400     if (pcaModel.getSeqtrings() == null)
 401     {
 402       jalview.bin.Cache.log.info(
 403               "Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 404       return;
 405     }
 406     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 407     // warrant a new window to be created
 408     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 409     // yields unaligned seqs)
 410     // or create a selection box around columns in alignment view
 411     // test Alignment(SeqCigar[])
 412     char gc = '-';
 413     try
 414     {
 415       // we try to get the associated view's gap character
 416       // but this may fail if the view was closed...
 417       gc = av.getGapCharacter();
 418     } catch (Exception ex)
 419     {
 420     }
 421     ;
 422     Object[] alAndColsel = pcaModel.getSeqtrings()
 423             .getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 424
 425     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 426     {
 427       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 428
 429       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 430       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null)
 431               ? av.getAlignment().getDataset()
 432               : null;
 433       if (dataset != null)
 434       {
 435         al.setDataset(dataset);
 436       }
 437
 438       if (true)
 439       {
 440         // make a new frame!
 441         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 442                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 443
 444         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 445         // found!!<<<
 446         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 447
 448         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 449         // msaorder);
 450
 451         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 452                 "label.original_data_for_params", new String[]
 453                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 454                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 455       }
 456     }
 457     /*
 458      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 459      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 460      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 461      * "\n"); }
 462      *
 463      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 464      */
 465   }
 466
 467   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 468   {
 469     @Override
 470     public void run()
 471     {
 472       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 473       PageFormat defaultPage = printJob.defaultPage();
 474       PageFormat pf = printJob.pageDialog(defaultPage);
 475
 476       if (defaultPage == pf)
 477       {
 478         /*
 479          * user cancelled
 480          */
 481         return;
 482       }
 483
 484       printJob.setPrintable(this, pf);
 485
 486       if (printJob.printDialog())
 487       {
 488         try
 489         {
 490           printJob.print();
 491         } catch (Exception PrintException)
 492         {
 493           PrintException.printStackTrace();
 494         }
 495       }
 496     }
 497
 498     @Override
 499     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 500             throws PrinterException
 501     {
 502       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 503
 504       rc.drawBackground(pg, rc.bgColour);
 505       rc.drawScene(pg);
 506       if (rc.drawAxes == true)
 507       {
 508         rc.drawAxes(pg);
 509       }
 510
 511       if (pi == 0)
 512       {
 513         return Printable.PAGE_EXISTS;
 514       }
 515       else
 516       {
 517         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 518       }
 519     }
 520   }
 521
 522   /**
 523    * DOCUMENT ME!
 524    *
 525    * @param e
 526    *          DOCUMENT ME!
 527    */
 528   @Override
 529   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 530   {
 531     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS);
 532   }
 533
 534   /**
 535    * DOCUMENT ME!
 536    *
 537    * @param e
 538    *          DOCUMENT ME!
 539    */
 540   @Override
 541   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 542   {
 543     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG);
 544   }
 545
 546   void makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type)
 547   {
 548     int width = rc.getWidth();
 549     int height = rc.getHeight();
 550
 551     jalview.util.ImageMaker im;
 552
 553     if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
 554     {
 555       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 556               jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG, "Make PNG image from PCA",
 557               width, height, null, null, null, 0, false);
 558     }
 559     else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
 560     {
 561       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 562               jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS, "Make EPS file from PCA",
 563               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 564     }
 565     else
 566     {
 567       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 568               jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, "Make SVG file from PCA",
 569               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 570
 571     }
 572
 573     if (im.getGraphics() != null)
 574     {
 575       rc.drawBackground(im.getGraphics(), Color.black);
 576       rc.drawScene(im.getGraphics());
 577       if (rc.drawAxes == true)
 578       {
 579         rc.drawAxes(im.getGraphics());
 580       }
 581       im.writeImage();
 582     }
 583   }
 584
 585   @Override
 586   public void viewMenu_menuSelected()
 587   {
 588     buildAssociatedViewMenu();
 589   }
 590
 591   void buildAssociatedViewMenu()
 592   {
 593     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 594             .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
 595     if (aps.length == 1 && rc.av == aps[0].av)
 596     {
 597       associateViewsMenu.setVisible(false);
 598       return;
 599     }
 600
 601     associateViewsMenu.setVisible(true);
 602
 603     if ((viewMenu
 604             .getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 605     {
 606       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 607     }
 608
 609     associateViewsMenu.removeAll();
 610
 611     JRadioButtonMenuItem item;
 612     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 613     int i, iSize = aps.length;
 614     final PCAPanel thisPCAPanel = this;
 615     for (i = 0; i < iSize; i++)
 616     {
 617       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 618       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap.av == rc.av);
 619       buttonGroup.add(item);
 620       item.addActionListener(new ActionListener()
 621       {
 622         @Override
 623         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 624         {
 625           rc.applyToAllViews = false;
 626           rc.av = ap.av;
 627           rc.ap = ap;
 628           PaintRefresher.Register(thisPCAPanel, ap.av.getSequenceSetId());
 629         }
 630       });
 631
 632       associateViewsMenu.add(item);
 633     }
 634
 635     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 636             "All Views");
 637
 638     buttonGroup.add(itemf);
 639
 640     itemf.setSelected(rc.applyToAllViews);
 641     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 642     {
 643       @Override
 644       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 645       {
 646         rc.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 647       }
 648     });
 649     associateViewsMenu.add(itemf);
 650
 651   }
 652
 653   /*
 654    * (non-Javadoc)
 655    *
 656    * @see
 657    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 658    * )
 659    */
 660   @Override
 661   protected void outputPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 662   {
 663     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 664     try
 665     {
 666       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(false,
 667               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 668               zCombobox.getSelectedIndex()));
 669       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
 670               .formatMessage("label.points_for_params", new String[]
 671               { this.getTitle() }), 500, 500);
 672     } catch (OutOfMemoryError oom)
 673     {
 674       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 675       cap.dispose();
 676     }
 677   }
 678
 679   /*
 680    * (non-Javadoc)
 681    *
 682    * @see
 683    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 684    * .ActionEvent)
 685    */
 686   @Override
 687   protected void outputProjPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 688   {
 689     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 690     try
 691     {
 692       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(true,
 693               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 694               zCombobox.getSelectedIndex()));
 695       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 696               "label.transformed_points_for_params", new String[]
 697               { this.getTitle() }), 500, 500);
 698     } catch (OutOfMemoryError oom)
 699     {
 700       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 701       cap.dispose();
 702     }
 703   }
 704
 705   /*
 706    * (non-Javadoc)
 707    *
 708    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 709    */
 710   @Override
 711   public void setProgressBar(String message, long id)
 712   {
 713     progressBar.setProgressBar(message, id);
 714     // if (progressBars == null)
 715     // {
 716     // progressBars = new Hashtable();
 717     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 718     // }
 719     //
 720     // JPanel progressPanel;
 721     // Long lId = new Long(id);
 722     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 723     // if (progressBars.get(lId) != null)
 724     // {
 725     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 726     // statusPanel.remove(progressPanel);
 727     // progressBars.remove(lId);
 728     // progressPanel = null;
 729     // if (message != null)
 730     // {
 731     // statusBar.setText(message);
 732     // }
 733     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 734     // {
 735     // progressBarHandlers.remove(lId);
 736     // }
 737     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 738     // }
 739     // else
 740     // {
 741     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 742     //
 743     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 744     // progressBar.setIndeterminate(true);
 745     //
 746     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 747     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 748     //
 749     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 750     // statusPanel.add(progressPanel);
 751     //
 752     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 753     // }
 754     // // update GUI
 755     // // setMenusForViewport();
 756     // validate();
 757   }
 758
 759   @Override
 760   public void registerHandler(final long id,
 761           final IProgressIndicatorHandler handler)
 762   {
 763     progressBar.registerHandler(id, handler);
 764     // if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(new Long(id)))
 765     // {
 766     // throw new
 767     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 768     // }
 769     // progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
 770     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 771     // if (handler.canCancel())
 772     // {
 773     // JButton cancel = new JButton(
 774     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 775     // final IProgressIndicator us = this;
 776     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 777     // {
 778     //
 779     // @Override
 780     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 781     // {
 782     // handler.cancelActivity(id);
 783     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 784     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 785     // }
 786     // });
 787     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 788     // }
 789   }
 790
 791   /**
 792    *
 793    * @return true if any progress bars are still active
 794    */
 795   @Override
 796   public boolean operationInProgress()
 797   {
 798     return progressBar.operationInProgress();
 799   }
 800
 801   @Override
 802   protected void resetButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 803   {
 804     int t = top;
 805     top = 0; // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 806     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 807     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 808     top = t;
 809     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 810   }
 811
 812   /**
 813    * Answers true if PCA calculation is in progress, else false
 814    *
 815    * @return
 816    */
 817   public boolean isWorking()
 818   {
 819     return working;
 820   }
 821 }