src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  24 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  25 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  26 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  27 import jalview.datamodel.Alignment;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  33 import jalview.util.MessageManager;
  34 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  35 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  36
  37 import java.awt.BorderLayout;
  38 import java.awt.Color;
  39 import java.awt.Graphics;
  40 import java.awt.event.ActionEvent;
  41 import java.awt.event.ActionListener;
  42 import java.awt.print.PageFormat;
  43 import java.awt.print.Printable;
  44 import java.awt.print.PrinterException;
  45 import java.awt.print.PrinterJob;
  46
  47 import javax.swing.ButtonGroup;
  48 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  49 import javax.swing.JColorChooser;
  50 import javax.swing.JMenuItem;
  51 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  52 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  53 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  54
  55 /**
  56  * DOCUMENT ME!
  57  *
  58  * @author $author$
  59  * @version $Revision$
  60  */
  61 public class PCAPanel extends GPCAPanel implements Runnable,
  62         IProgressIndicator
  63 {
  64
  65   private IProgressIndicator progressBar;
  66
  67   RotatableCanvas rc;
  68
  69   AlignmentPanel ap;
  70
  71   AlignmentViewport av;
  72
  73   PCAModel pcaModel;
  74
  75   int top = 0;
  76
  77   /**
  78    * Creates a new PCAPanel object using default score model and parameters
  79    *
  80    * @param alignPanel
  81    */
  82   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel)
  83   {
  84     this(alignPanel, ScoreModels.getInstance()
  85             .getDefaultModel(!alignPanel.av.getAlignment().isNucleotide())
  86             .getName(), SimilarityParams.SeqSpace);
  87   }
  88
  89   /**
  90    * Constructor given sequence data, a similarity (or distance) score model
  91    * name, and score calculation parameters
  92    *
  93    * @param alignPanel
  94    * @param modelName
  95    * @param params
  96    */
  97   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel, String modelName,
  98           SimilarityParamsI params)
  99   {
 100     super();
 101     this.av = alignPanel.av;
 102     this.ap = alignPanel;
 103     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
 104
 105     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
 106
 107     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 108     {
 109       @Override
 110       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 111       {
 112         close_actionPerformed();
 113       }
 114     });
 115
 116     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
 117             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
 118     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
 119     SequenceI[] seqs;
 120     if (!selected)
 121     {
 122       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 123     }
 124     else
 125     {
 126       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 127     }
 128
 129     ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance().getScoreModel(
 130             modelName, ap);
 131     pcaModel = new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide, scoreModel,
 132             params);
 133     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 134
 135     rc = new RotatableCanvas(alignPanel);
 136     this.getContentPane().add(rc, BorderLayout.CENTER);
 137     Thread worker = new Thread(this);
 138     worker.start();
 139   }
 140
 141   /**
 142    * Ensure references to potentially very large objects (the PCA matrices) are
 143    * nulled when the frame is closed
 144    */
 145   protected void close_actionPerformed()
 146   {
 147     pcaModel = null;
 148   }
 149
 150   /**
 151    * Repopulate the options and actions under the score model menu when it is
 152    * selected. Options will depend on whether 'nucleotide' or 'peptide'
 153    * modelling is selected (and also possibly on whether any additional score
 154    * models have been added).
 155    */
 156   @Override
 157   protected void scoreModel_menuSelected()
 158   {
 159     scoreModelMenu.removeAll();
 160     for (final ScoreModelI sm : ScoreModels.getInstance().getModels())
 161     {
 162       final String name = sm.getName();
 163       JCheckBoxMenuItem jm = new JCheckBoxMenuItem(name);
 164
 165       /*
 166        * if the score model doesn't provide a description, try to look one
 167        * up in the text bundle, falling back on its name
 168        */
 169       String tooltip = sm.getDescription();
 170       if (tooltip == null)
 171       {
 172         tooltip = MessageManager.getStringOrReturn("label.score_model_",
 173                 name);
 174       }
 175       jm.setToolTipText(tooltip);
 176       jm.setSelected(pcaModel.getScoreModelName().equals(name));
 177       if ((pcaModel.isNucleotide() && sm.isDNA())
 178               || (!pcaModel.isNucleotide() && sm.isProtein()))
 179       {
 180         jm.addActionListener(new ActionListener()
 181         {
 182           @Override
 183           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 184           {
 185             if (!pcaModel.getScoreModelName().equals(name))
 186             {
 187               ScoreModelI sm2 = ScoreModels.getInstance().getScoreModel(
 188                       name, ap);
 189               pcaModel.setScoreModel(sm2);
 190               Thread worker = new Thread(PCAPanel.this);
 191               worker.start();
 192             }
 193           }
 194         });
 195         scoreModelMenu.add(jm);
 196       }
 197     }
 198   }
 199
 200   @Override
 201   public void bgcolour_actionPerformed(ActionEvent e)
 202   {
 203     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 204             MessageManager.getString("label.select_background_colour"),
 205             rc.bgColour);
 206
 207     if (col != null)
 208     {
 209       rc.bgColour = col;
 210     }
 211     rc.repaint();
 212   }
 213
 214   /**
 215    * DOCUMENT ME!
 216    */
 217   @Override
 218   public void run()
 219   {
 220     long progId = System.currentTimeMillis();
 221     IProgressIndicator progress = this;
 222     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 223     if (getParent() == null)
 224     {
 225       progress = ap.alignFrame;
 226       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 227     }
 228     progress.setProgressBar(message, progId);
 229     try
 230     {
 231       calcSettings.setEnabled(false);
 232       pcaModel.run();
 233       // ////////////////
 234       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 235       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 236       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 237
 238       pcaModel.updateRc(rc);
 239       // rc.invalidate();
 240       nuclSetting.setSelected(pcaModel.isNucleotide());
 241       protSetting.setSelected(!pcaModel.isNucleotide());
 242       top = pcaModel.getTop();
 243
 244     } catch (OutOfMemoryError er)
 245     {
 246       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 247       return;
 248     } finally
 249     {
 250       progress.setProgressBar("", progId);
 251     }
 252     calcSettings.setEnabled(true);
 253     repaint();
 254     if (getParent() == null)
 255     {
 256       addKeyListener(rc);
 257       Desktop.addInternalFrame(this, MessageManager
 258               .getString("label.principal_component_analysis"), 475, 450);
 259     }
 260   }
 261
 262   @Override
 263   protected void nuclSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 264   {
 265     if (!pcaModel.isNucleotide())
 266     {
 267       pcaModel.setNucleotide(true);
 268       pcaModel.setScoreModel(ScoreModels.getInstance().getDefaultModel(
 269               false));
 270       Thread worker = new Thread(this);
 271       worker.start();
 272     }
 273
 274   }
 275
 276   @Override
 277   protected void protSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 278   {
 279
 280     if (pcaModel.isNucleotide())
 281     {
 282       pcaModel.setNucleotide(false);
 283       pcaModel.setScoreModel(ScoreModels.getInstance()
 284               .getDefaultModel(true));
 285       Thread worker = new Thread(this);
 286       worker.start();
 287     }
 288   }
 289
 290   /**
 291    * DOCUMENT ME!
 292    */
 293   void doDimensionChange()
 294   {
 295     if (top == 0)
 296     {
 297       return;
 298     }
 299
 300     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();
 301     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();
 302     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();
 303     pcaModel.updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 304     rc.img = null;
 305     rc.rotmat.setIdentity();
 306     rc.initAxes();
 307     rc.paint(rc.getGraphics());
 308   }
 309
 310   /**
 311    * DOCUMENT ME!
 312    *
 313    * @param e
 314    *          DOCUMENT ME!
 315    */
 316   @Override
 317   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 318   {
 319     doDimensionChange();
 320   }
 321
 322   /**
 323    * DOCUMENT ME!
 324    *
 325    * @param e
 326    *          DOCUMENT ME!
 327    */
 328   @Override
 329   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 330   {
 331     doDimensionChange();
 332   }
 333
 334   /**
 335    * DOCUMENT ME!
 336    *
 337    * @param e
 338    *          DOCUMENT ME!
 339    */
 340   @Override
 341   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 342   {
 343     doDimensionChange();
 344   }
 345
 346   @Override
 347   public void outputValues_actionPerformed(ActionEvent e)
 348   {
 349     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 350     try
 351     {
 352       cap.setText(pcaModel.getDetails());
 353       Desktop.addInternalFrame(cap,
 354               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 355     } catch (OutOfMemoryError oom)
 356     {
 357       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 358       cap.dispose();
 359     }
 360   }
 361
 362   @Override
 363   public void showLabels_actionPerformed(ActionEvent e)
 364   {
 365     rc.showLabels(showLabels.getState());
 366   }
 367
 368   @Override
 369   public void print_actionPerformed(ActionEvent e)
 370   {
 371     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 372     printer.start();
 373   }
 374
 375   @Override
 376   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 377   {
 378     // this was cut'n'pasted from the equivalent TreePanel method - we should
 379     // make this an abstract function of all jalview analysis windows
 380     if (pcaModel.getSeqtrings() == null)
 381     {
 382       jalview.bin.Cache.log
 383               .info("Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 384       return;
 385     }
 386     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 387     // warrant a new window to be created
 388     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 389     // yields unaligned seqs)
 390     // or create a selection box around columns in alignment view
 391     // test Alignment(SeqCigar[])
 392     char gc = '-';
 393     try
 394     {
 395       // we try to get the associated view's gap character
 396       // but this may fail if the view was closed...
 397       gc = av.getGapCharacter();
 398     } catch (Exception ex)
 399     {
 400     }
 401     ;
 402     Object[] alAndColsel = pcaModel.getSeqtrings()
 403             .getAlignmentAndColumnSelection(gc);
 404
 405     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 406     {
 407       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 408
 409       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 410       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null) ? av
 411               .getAlignment().getDataset() : null;
 412       if (dataset != null)
 413       {
 414         al.setDataset(dataset);
 415       }
 416
 417       if (true)
 418       {
 419         // make a new frame!
 420         AlignFrame af = new AlignFrame(al,
 421                 (ColumnSelection) alAndColsel[1], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 422                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 423
 424         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 425         // found!!<<<
 426         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 427
 428         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 429         // msaorder);
 430
 431         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 432                 "label.original_data_for_params",
 433                 new String[] { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 434                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 435       }
 436     }
 437     /*
 438      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 439      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 440      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 441      * "\n"); }
 442      *
 443      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 444      */
 445   }
 446
 447   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 448   {
 449     @Override
 450     public void run()
 451     {
 452       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 453       PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());
 454
 455       printJob.setPrintable(this, pf);
 456
 457       if (printJob.printDialog())
 458       {
 459         try
 460         {
 461           printJob.print();
 462         } catch (Exception PrintException)
 463         {
 464           PrintException.printStackTrace();
 465         }
 466       }
 467     }
 468
 469     @Override
 470     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 471             throws PrinterException
 472     {
 473       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 474
 475       rc.drawBackground(pg, rc.bgColour);
 476       rc.drawScene(pg);
 477       if (rc.drawAxes == true)
 478       {
 479         rc.drawAxes(pg);
 480       }
 481
 482       if (pi == 0)
 483       {
 484         return Printable.PAGE_EXISTS;
 485       }
 486       else
 487       {
 488         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 489       }
 490     }
 491   }
 492
 493   /**
 494    * DOCUMENT ME!
 495    *
 496    * @param e
 497    *          DOCUMENT ME!
 498    */
 499   @Override
 500   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 501   {
 502     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS);
 503   }
 504
 505   /**
 506    * DOCUMENT ME!
 507    *
 508    * @param e
 509    *          DOCUMENT ME!
 510    */
 511   @Override
 512   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 513   {
 514     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG);
 515   }
 516
 517   void makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type)
 518   {
 519     int width = rc.getWidth();
 520     int height = rc.getHeight();
 521
 522     jalview.util.ImageMaker im;
 523
 524     if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
 525     {
 526       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 527               jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG, "Make PNG image from PCA",
 528               width, height, null, null, null, 0, false);
 529     }
 530     else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
 531     {
 532       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 533               jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS, "Make EPS file from PCA",
 534               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 535     }
 536     else
 537     {
 538       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 539               jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, "Make SVG file from PCA",
 540               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 541
 542     }
 543
 544     if (im.getGraphics() != null)
 545     {
 546       rc.drawBackground(im.getGraphics(), Color.black);
 547       rc.drawScene(im.getGraphics());
 548       if (rc.drawAxes == true)
 549       {
 550         rc.drawAxes(im.getGraphics());
 551       }
 552       im.writeImage();
 553     }
 554   }
 555
 556   @Override
 557   public void viewMenu_menuSelected()
 558   {
 559     buildAssociatedViewMenu();
 560   }
 561
 562   void buildAssociatedViewMenu()
 563   {
 564     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 565             .getSequenceSetId());
 566     if (aps.length == 1 && rc.av == aps[0].av)
 567     {
 568       associateViewsMenu.setVisible(false);
 569       return;
 570     }
 571
 572     associateViewsMenu.setVisible(true);
 573
 574     if ((viewMenu.getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 575     {
 576       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 577     }
 578
 579     associateViewsMenu.removeAll();
 580
 581     JRadioButtonMenuItem item;
 582     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 583     int i, iSize = aps.length;
 584     final PCAPanel thisPCAPanel = this;
 585     for (i = 0; i < iSize; i++)
 586     {
 587       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 588       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap.av == rc.av);
 589       buttonGroup.add(item);
 590       item.addActionListener(new ActionListener()
 591       {
 592         @Override
 593         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 594         {
 595           rc.applyToAllViews = false;
 596           rc.av = ap.av;
 597           rc.ap = ap;
 598           PaintRefresher.Register(thisPCAPanel, ap.av.getSequenceSetId());
 599         }
 600       });
 601
 602       associateViewsMenu.add(item);
 603     }
 604
 605     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem("All Views");
 606
 607     buttonGroup.add(itemf);
 608
 609     itemf.setSelected(rc.applyToAllViews);
 610     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 611     {
 612       @Override
 613       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 614       {
 615         rc.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 616       }
 617     });
 618     associateViewsMenu.add(itemf);
 619
 620   }
 621
 622   /*
 623    * (non-Javadoc)
 624    *
 625    * @see
 626    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 627    * )
 628    */
 629   @Override
 630   protected void outputPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 631   {
 632     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 633     try
 634     {
 635       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(false,
 636               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 637               zCombobox.getSelectedIndex()));
 638       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 639               "label.points_for_params", new String[] { this.getTitle() }),
 640               500, 500);
 641     } catch (OutOfMemoryError oom)
 642     {
 643       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 644       cap.dispose();
 645     }
 646   }
 647
 648   /*
 649    * (non-Javadoc)
 650    *
 651    * @see
 652    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 653    * .ActionEvent)
 654    */
 655   @Override
 656   protected void outputProjPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 657   {
 658     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 659     try
 660     {
 661       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(true,
 662               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 663               zCombobox.getSelectedIndex()));
 664       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 665               "label.transformed_points_for_params",
 666               new String[] { this.getTitle() }), 500, 500);
 667     } catch (OutOfMemoryError oom)
 668     {
 669       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 670       cap.dispose();
 671     }
 672   }
 673
 674   /*
 675    * (non-Javadoc)
 676    *
 677    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 678    */
 679   @Override
 680   public void setProgressBar(String message, long id)
 681   {
 682     progressBar.setProgressBar(message, id);
 683     // if (progressBars == null)
 684     // {
 685     // progressBars = new Hashtable();
 686     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 687     // }
 688     //
 689     // JPanel progressPanel;
 690     // Long lId = new Long(id);
 691     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 692     // if (progressBars.get(lId) != null)
 693     // {
 694     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 695     // statusPanel.remove(progressPanel);
 696     // progressBars.remove(lId);
 697     // progressPanel = null;
 698     // if (message != null)
 699     // {
 700     // statusBar.setText(message);
 701     // }
 702     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 703     // {
 704     // progressBarHandlers.remove(lId);
 705     // }
 706     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 707     // }
 708     // else
 709     // {
 710     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 711     //
 712     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 713     // progressBar.setIndeterminate(true);
 714     //
 715     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 716     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 717     //
 718     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 719     // statusPanel.add(progressPanel);
 720     //
 721     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 722     // }
 723     // // update GUI
 724     // // setMenusForViewport();
 725     // validate();
 726   }
 727
 728   @Override
 729   public void registerHandler(final long id,
 730           final IProgressIndicatorHandler handler)
 731   {
 732     progressBar.registerHandler(id, handler);
 733     // if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(new Long(id)))
 734     // {
 735     // throw new
 736     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 737     // }
 738     // progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
 739     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 740     // if (handler.canCancel())
 741     // {
 742     // JButton cancel = new JButton(
 743     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 744     // final IProgressIndicator us = this;
 745     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 746     // {
 747     //
 748     // @Override
 749     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 750     // {
 751     // handler.cancelActivity(id);
 752     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 753     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 754     // }
 755     // });
 756     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 757     // }
 758   }
 759
 760   /**
 761    *
 762    * @return true if any progress bars are still active
 763    */
 764   @Override
 765   public boolean operationInProgress()
 766   {
 767     return progressBar.operationInProgress();
 768   }
 769
 770   @Override
 771   protected void resetButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 772   {
 773     int t = top;
 774     top = 0; // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 775     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 776     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 777     top = t;
 778     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 779   }
 780 }