src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.analysis.*;
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.jbgui.*;
  28
  29 /**
  30  * DOCUMENT ME!
  31  *
  32  * @author $author$
  33  * @version $Revision$
  34  */
  35 public class PairwiseAlignPanel
  36     extends GPairwiseAlignPanel
  37 {
  38
  39   AlignViewport av;
  40   Vector sequences;
  41
  42   /**
  43    * Creates a new PairwiseAlignPanel object.
  44    *
  45    * @param av DOCUMENT ME!
  46    */
  47   public PairwiseAlignPanel(AlignViewport av)
  48   {
  49     super();
  50     this.av = av;
  51
  52     sequences = new Vector();
  53
  54     SequenceI[] seqs;
  55     String[] seqStrings = av.getViewAsString(true);
  56
  57     if (av.getSelectionGroup() == null)
  58     {
  59       seqs = av.alignment.getSequencesArray();
  60     }
  61     else
  62     {
  63       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.alignment);
  64     }
  65
  66     String type = (av.alignment.isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA : AlignSeq.PEP;
  67
  68     float[][] scores = new float[seqs.length][seqs.length];
  69     double totscore = 0;
  70     int count = seqs.length;
  71
  72     Sequence seq;
  73
  74     for (int i = 1; i < count; i++)
  75     {
  76       for (int j = 0; j < i; j++)
  77       {
  78
  79         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i],
  80                                    seqs[j], seqStrings[j], type);
  81
  82         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)
  83         {
  84           continue;
  85         }
  86
  87         as.calcScoreMatrix();
  88         as.traceAlignment();
  89
  90         as.printAlignment(System.out);
  91         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore() / (float) as.getASeq1().length;
  92         totscore = totscore + scores[i][j];
  93
  94         textarea.append(as.getOutput());
  95         seq = new Sequence(as.getS1().getName(),
  96                            as.getAStr1(),
  97                            as.getS1().getStart(),
  98                            as.getS1().getEnd()
  99             );
 100         sequences.add(seq);
 101
 102         seq = new Sequence(as.getS2().getName(),
 103                            as.getAStr2(),
 104                            as.getS2().getStart(),
 105                            as.getS2().getEnd());
 106         sequences.add(seq);
 107       }
 108     }
 109
 110     if (count > 2)
 111     {
 112       System.out.println(
 113           "Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
 114
 115       for (int i = 0; i < count; i++)
 116       {
 117         jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n",
 118                                   ("" + i) + " " +
 119                                   seqs[i].getName());
 120       }
 121
 122       System.out.println("\n");
 123
 124       for (int i = 0; i < count; i++)
 125       {
 126         for (int j = 0; j < i; j++)
 127         {
 128           jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f",
 129                                     scores[i][j] / totscore);
 130         }
 131       }
 132
 133       System.out.println("\n");
 134     }
 135   }
 136
 137   /**
 138    * DOCUMENT ME!
 139    *
 140    * @param e DOCUMENT ME!
 141    */
 142   protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 143   {
 144     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];
 145
 146     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 147     {
 148       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);
 149     }
 150
 151     AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq),
 152                                    AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 153                                    AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 154
 155     Desktop.addInternalFrame(af, "Pairwise Aligned Sequences",
 156                              AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 157                              AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 158   }
 159 }